bamtk.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <unistd.h>
   3 #include "bam.h"
   4
   5 #ifndef PACKAGE_VERSION
   6 #define PACKAGE_VERSION "0.1.1"
   7 #endif
   8
   9 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
  10 int bam_pileup(int argc, char *argv[]);
  11 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
  12 int bam_index(int argc, char *argv[]);
  13 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
  14 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
  15 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
  16
  17 static int view_aux(const bam1_t *b, void *data)
  18 {
  19         bam_view1((bam_header_t*)data, b);
  20         return 0;
  21 }
  22 static int view_auxb(const bam1_t *b, void *data)
  23 {
  24         bam_write1((bamFile)data, b);
  25         return 0;
  26 }
  27
  28 int bam_view(int argc, char *argv[])
  29 {
  30         bamFile fp, fpout = 0;
  31         bam_header_t *header;
  32         bam1_t *b;
  33         int ret, c, is_bam = 0;
  34         while ((c = getopt(argc, argv, "b")) >= 0) {
  35                 switch (c) {
  36                 case 'b': is_bam = 1; break;
  37                 default: fprintf(stderr, "Unrecognized option: -%c\n", c); return 1;
  38                 }
  39         }
  40         if (argc == optind) {
  41                 fprintf(stderr, "Usage: samtools view [-b] <in.bam> [<region> [...]]\n");
  42                 return 1;
  43         }
  44         fp = strcmp(argv[optind], "-")? bam_open(argv[optind], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  45         assert(fp);
  46         header = bam_header_read(fp);
  47         if (is_bam) {
  48                 assert(fpout = bam_dopen(fileno(stdout), "w"));
  49                 bam_header_write(fpout, header);
  50         }
  51         if (optind + 1 == argc) {
  52                 b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
  53                 while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0) bam_view1(header, b);
  54                 if (ret < -1) fprintf(stderr, "[bam_view] truncated file? Continue anyway. (%d)\n", ret);
  55                 free(b->data); free(b);
  56         } else {
  57                 int i;
  58                 bam_index_t *idx;
  59                 idx = bam_index_load(argv[optind]);
  60                 for (i = optind + 1; i < argc; ++i) {
  61                         int tid, beg, end;
  62                         bam_parse_region(header, argv[i], &tid, &beg, &end);
  63                         if (is_bam) bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, fpout, view_auxb);
  64                         else bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, header, view_aux);
  65                 }
  66                 bam_index_destroy(idx);
  67         }
  68         bam_header_destroy(header);
  69         bam_close(fp);
  70         if (is_bam) bam_close(fpout);
  71         return 0;
  72 }
  73
  74 static int usage()
  75 {
  76         fprintf(stderr, "\n");
  77         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
  78         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", PACKAGE_VERSION);
  79         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
  80         fprintf(stderr, "Command: import      import from the text format\n");
  81         fprintf(stderr, "         view        export to the text format\n");
  82         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
  83         fprintf(stderr, "         merge       merge multiple sorted alignment files\n");
  84         fprintf(stderr, "         pileup      generate pileup output\n");
  85         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
  86 #ifndef _NO_CURSES
  87         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
  88 #endif
  89         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
  90         fprintf(stderr, "\n");
  91         return 1;
  92 }
  93
  94 int main(int argc, char *argv[])
  95 {
  96         if (argc < 2) return usage();
  97         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return bam_view(argc-1, argv+1);
  98         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return bam_taf2baf(argc-1, argv+1);
  99         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) return bam_pileup(argc-1, argv+1);
 100         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
 101         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
 102         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
 103         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
 104 #ifndef _NO_CURSES
 105         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
 106 #endif
 107         else {
 108                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
 109                 return 1;
 110         }
 111         return 0;
 112 }