bam_tview_curses.c

   1 #include "bam_tview_curses.h"
   2
   3
   4 #define FROM_TV(ptr) ((curses_tview_t*)ptr)
   5
   6 static void curses_destroy(tview_t* base)
   7         {
   8         curses_tview_t* tv=(curses_tview_t*)base;
   9
  10
  11         delwin(tv->wgoto); delwin(tv->whelp);
  12         endwin();
  13
  14         base_tv_destroy(base);
  15
  16         free(tv);
  17         }
  18
  19 /*
  20  void (*my_mvprintw)(struct AbstractTview* ,int,int,const char*,...);
  21     void (*my_)(struct AbstractTview*,int,int,int);
  22     void (*my_attron)(struct AbstractTview*,int);
  23     void (*my_attroff)(struct AbstractTview*,int);
  24     void (*my_clear)(struct AbstractTview*);
  25     int (*my_colorpair)(struct AbstractTview*,int);
  26 */
  27
  28 static void curses_mvprintw(struct AbstractTview* tv,int y ,int x,const char* fmt,...)
  29         {
  30         unsigned int size=tv->mcol+2;
  31         char* str=malloc(size);
  32         va_list argptr;
  33         va_start(argptr, fmt);
  34         vsnprintf(str,size, fmt, argptr);
  35         va_end(argptr);
  36         mvprintw(y,x,str);
  37         free(str);
  38         }
  39
  40 static void curses_mvaddch(struct AbstractTview* tv,int y,int x,int ch)
  41         {
  42         mvaddch(y,x,ch);
  43         }
  44
  45 static void curses_attron(struct AbstractTview* tv,int flag)
  46     {
  47     attron(flag);
  48     }
  49 static void curses_attroff(struct AbstractTview* tv,int flag)
  50     {
  51     attroff(flag);
  52     }
  53 static void curses_clear(struct AbstractTview* tv)
  54     {
  55     clear();
  56     }
  57
  58 static int curses_colorpair(struct AbstractTview* tv,int flag)
  59     {
  60     return COLOR_PAIR(flag);
  61     }
  62
  63
  64 #define SET_CALLBACK(fun) base->my_##fun=curses_##fun;
  65
  66
  67
  68 curses_tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
  69         {
  70         curses_tview_t *tv = (curses_tview_t*)calloc(1, sizeof(curses_tview_t));
  71         tview_t* base=(tview_t*)tv;
  72         if(tv==0)
  73                 {
  74                 fprintf(stderr,"Calloc failed\n");
  75                 return 0;
  76                 }
  77
  78         base_tv_init(base,fn,fn_fa,samples);
  79         /* initialize callbacks */
  80         SET_CALLBACK(destroy);
  81         SET_CALLBACK(mvprintw);
  82         SET_CALLBACK(mvaddch);
  83         SET_CALLBACK(attron);
  84         SET_CALLBACK(attroff);
  85         SET_CALLBACK(clear);
  86         SET_CALLBACK(colorpair);
  87
  88         initscr();
  89         keypad(stdscr, TRUE);
  90         clear();
  91         noecho();
  92         cbreak();
  93
  94         getmaxyx(stdscr, base->mrow, base->mcol);
  95         tv->wgoto = newwin(3, TV_MAX_GOTO + 10, 10, 5);
  96         tv->whelp = newwin(29, 40, 5, 5);
  97
  98         start_color();
  99         init_pair(1, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 100         init_pair(2, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 101         init_pair(3, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 102         init_pair(4, COLOR_WHITE, COLOR_BLACK);
 103         init_pair(5, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 104         init_pair(6, COLOR_CYAN, COLOR_BLACK);
 105         init_pair(7, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 106         init_pair(8, COLOR_RED, COLOR_BLACK);
 107         init_pair(9, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 108         return tv;
 109         }
 110
 111
 112 static void tv_win_goto(curses_tview_t *tv, int *tid, int *pos)
 113         {
 114         char str[256], *p;
 115         int i, l = 0;
 116         tview_t *base=(tview_t*)tv;
 117         wborder(tv->wgoto, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 118         mvwprintw(tv->wgoto, 1, 2, "Goto: ");
 119         for (;;) {
 120                 int c = wgetch(tv->wgoto);
 121                 wrefresh(tv->wgoto);
 122                 if (c == KEY_BACKSPACE || c == '\010' || c == '\177') {
 123                         if(l > 0) --l;
 124                 } else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
 125                         int _tid = -1, _beg, _end;
 126                         if (str[0] == '=') {
 127                                 _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
 128                                 if (_beg > 0) {
 129                                         *pos = _beg;
 130                                         return;
 131                                 }
 132                         } else {
 133                                 bam_parse_region(base->header, str, &_tid, &_beg, &_end);
 134                                 if (_tid >= 0) {
 135                                         *tid = _tid; *pos = _beg;
 136                                         return;
 137                                 }
 138                         }
 139                 } else if (isgraph(c)) {
 140                         if (l < TV_MAX_GOTO) str[l++] = c;
 141                 } else if (c == '\027') l = 0;
 142                 else if (c == '\033') return;
 143                 str[l] = '\0';
 144                 for (i = 0; i < TV_MAX_GOTO; ++i) mvwaddch(tv->wgoto, 1, 8 + i, ' ');
 145                 mvwprintw(tv->wgoto, 1, 8, "%s", str);
 146         }
 147 }
 148
 149
 150
 151
 152 static void tv_win_help(curses_tview_t *tv) {
 153         int r = 1;
 154         tview_t* base=(tview_t*)base;
 155         WINDOW *win = tv->whelp;
 156         wborder(win, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 157         mvwprintw(win, r++, 2, "        -=-    Help    -=- ");
 158         r++;
 159         mvwprintw(win, r++, 2, "?          This window");
 160         mvwprintw(win, r++, 2, "Arrows     Small scroll movement");
 161         mvwprintw(win, r++, 2, "h,j,k,l    Small scroll movement");
 162         mvwprintw(win, r++, 2, "H,J,K,L    Large scroll movement");
 163         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-H     Scroll 1k left");
 164         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-L     Scroll 1k right");
 165         mvwprintw(win, r++, 2, "space      Scroll one screen");
 166         mvwprintw(win, r++, 2, "backspace  Scroll back one screen");
 167         mvwprintw(win, r++, 2, "g          Go to specific location");
 168         mvwprintw(win, r++, 2, "m          Color for mapping qual");
 169         mvwprintw(win, r++, 2, "n          Color for nucleotide");
 170         mvwprintw(win, r++, 2, "b          Color for base quality");
 171         mvwprintw(win, r++, 2, "c          Color for cs color");
 172         mvwprintw(win, r++, 2, "z          Color for cs qual");
 173         mvwprintw(win, r++, 2, ".          Toggle on/off dot view");
 174         mvwprintw(win, r++, 2, "s          Toggle on/off ref skip");
 175         mvwprintw(win, r++, 2, "r          Toggle on/off rd name");
 176         mvwprintw(win, r++, 2, "N          Turn on nt view");
 177         mvwprintw(win, r++, 2, "C          Turn on cs view");
 178         mvwprintw(win, r++, 2, "i          Toggle on/off ins");
 179         mvwprintw(win, r++, 2, "q          Exit");
 180         r++;
 181         mvwprintw(win, r++, 2, "Underline:      Secondary or orphan");
 182         mvwprintw(win, r++, 2, "Blue:    0-9    Green: 10-19");
 183         mvwprintw(win, r++, 2, "Yellow: 20-29   White: >=30");
 184         wrefresh(win);
 185         wgetch(win);
 186 }
 187
 188 void tv_loop(curses_tview_t *CTV)
 189 {
 190         int tid, pos;
 191         tview_t* tv=(tview_t*)CTV;
 192         tid = tv->curr_tid; pos = tv->left_pos;
 193         while (1) {
 194                 int c = getch();
 195                 switch (c) {
 196                         case '?': tv_win_help(CTV); break;
 197                         case '\033':
 198                         case 'q': goto end_loop;
 199                         case '/':
 200                         case 'g': tv_win_goto(CTV, &tid, &pos); break;
 201                         case 'm': tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ; break;
 202                         case 'b': tv->color_for = TV_COLOR_BASEQ; break;
 203                         case 'n': tv->color_for = TV_COLOR_NUCL; break;
 204                         case 'c': tv->color_for = TV_COLOR_COL; break;
 205                         case 'z': tv->color_for = TV_COLOR_COLQ; break;
 206                         case 's': tv->no_skip = !tv->no_skip; break;
 207                         case 'r': tv->show_name = !tv->show_name; break;
 208                         case KEY_LEFT:
 209                         case 'h': --pos; break;
 210                         case KEY_RIGHT:
 211                         case 'l': ++pos; break;
 212                         case KEY_SLEFT:
 213                         case 'H': pos -= 20; break;
 214                         case KEY_SRIGHT:
 215                         case 'L': pos += 20; break;
 216                         case '.': tv->is_dot = !tv->is_dot; break;
 217                         case 'N': tv->base_for = TV_BASE_NUCL; break;
 218                         case 'C': tv->base_for = TV_BASE_COLOR_SPACE; break;
 219                         case 'i': tv->ins = !tv->ins; break;
 220                         case '\010': pos -= 1000; break;
 221                         case '\014': pos += 1000; break;
 222                         case ' ': pos += tv->mcol; break;
 223                         case KEY_UP:
 224                         case 'j': --tv->row_shift; break;
 225                         case KEY_DOWN:
 226                         case 'k': ++tv->row_shift; break;
 227                         case KEY_BACKSPACE:
 228                         case '\177': pos -= tv->mcol; break;
 229                         case KEY_RESIZE: getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol); break;
 230                         default: continue;
 231                 }
 232                 if (pos < 0) pos = 0;
 233                 if (tv->row_shift < 0) tv->row_shift = 0;
 234                 tv_draw_aln(tv, tid, pos);
 235         }
 236 end_loop:
 237         return;
 238 }
 239
 240 void error(const char *format, ...)
 241 {
 242     if ( !format )
 243     {
 244         fprintf(stderr, "\n");
 245         fprintf(stderr, "Usage: bamtk tview [options] <aln.bam> [ref.fasta]\n");
 246         fprintf(stderr, "Options:\n");
 247         fprintf(stderr, "   -p chr:pos      go directly to this position\n");
 248         fprintf(stderr, "   -s STR          display only reads from this sample or grou\n");
 249         fprintf(stderr, "\n\n");
 250     }
 251     else
 252     {
 253         va_list ap;
 254         va_start(ap, format);
 255         vfprintf(stderr, format, ap);
 256         va_end(ap);
 257     }
 258     exit(-1);
 259 }
 260
 261
 262 int bam_tview_main(int argc, char *argv[])
 263 {
 264         curses_tview_t *CTV;
 265         tview_t* tv=NULL;
 266     char *samples=NULL, *position=NULL;
 267     int c;
 268     while ((c = getopt(argc, argv, "s:p:")) >= 0) {
 269         switch (c) {
 270             case 's': samples=optarg; break;
 271             case 'p': position=optarg; break;
 272             default: error(NULL);
 273         }
 274     }
 275         if (argc==optind) error(NULL);
 276         CTV = curses_tv_init(argv[optind], (optind+1>=argc)? 0 : argv[optind+1], samples);
 277         tv=(tview_t*)CTV;
 278     if ( position )
 279     {
 280         int _tid = -1, _beg, _end;
 281         bam_parse_region(tv->header, position, &_tid, &_beg, &_end);
 282         if (_tid >= 0) { tv->curr_tid = _tid; tv->left_pos = _beg; }
 283     }
 284         tv_draw_aln(tv, tv->curr_tid, tv->left_pos);
 285         tv_loop(CTV);
 286         tv->my_destroy(tv);
 287
 288         return 0;
 289 }