bam_tview_curses.c

   1 #include "bam_tview_curses.h"
   2
   3
   4
   5
   6 static void curses_tv_destroy(tview_t* base)
   7         {
   8         curses_tview_t* tv=(curses_tview_t*)base;
   9
  10
  11         delwin(tv->wgoto); delwin(tv->whelp);
  12         endwin();
  13
  14         base_tv_destroy(base);
  15
  16         free(tv);
  17         }
  18
  19 /*
  20  void (*my_mvprintw)(struct AbstractTview* ,int,int,const char*,...);
  21     void (*my_)(struct AbstractTview*,int,int,int);
  22     void (*my_attron)(struct AbstractTview*,int);
  23     void (*my_attroff)(struct AbstractTview*,int);
  24     void (*my_clear)(struct AbstractTview*);
  25     int (*my_colorpair)(struct AbstractTview*,int);
  26 */
  27
  28 static void curses_mvprintw(struct AbstractTview* tv,int y ,int x,const char* fmt,...)
  29         {
  30         }
  31 static void curses_mvaddch(struct AbstractTview* tv,int y,int x,int ch)
  32         {
  33         }
  34 static void curses_attron(struct AbstractTview* tv,int flag)
  35     {
  36     }
  37 static void curses_attroff(struct AbstractTview* tv,int flag)
  38     {
  39     }
  40 static void curses_clear(struct AbstractTview* tv)
  41     {
  42     }
  43
  44 static int curses_colorpair(struct AbstractTview* tv,int flag)
  45     {
  46     }
  47
  48
  49 #define SET_CALLBACK(fun) base->my_##fun=curses_##fun;
  50
  51
  52
  53 curses_tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
  54         {
  55         curses_tview_t *tv = (curses_tview_t*)calloc(1, sizeof(curses_tview_t));
  56         tview_t* base=(tview_t*)tv;
  57         if(tv==0)
  58                 {
  59                 fprintf(stderr,"Calloc failed\n");
  60                 return 0;
  61                 }
  62
  63         base_tv_init(base,fn,fn_fa,samples);
  64         /* initialize callbacks */
  65         SET_CALLBACK(destroy);
  66         SET_CALLBACK(mvprintw);
  67         SET_CALLBACK(mvaddch);
  68         SET_CALLBACK(attron);
  69         SET_CALLBACK(attroff);
  70         SET_CALLBACK(clear);
  71         SET_CALLBACK(colorpair);
  72
  73         initscr();
  74         keypad(stdscr, TRUE);
  75         clear();
  76         noecho();
  77         cbreak();
  78
  79         getmaxyx(stdscr, base->mrow, base->mcol);
  80         tv->wgoto = newwin(3, TV_MAX_GOTO + 10, 10, 5);
  81         tv->whelp = newwin(29, 40, 5, 5);
  82
  83         start_color();
  84         init_pair(1, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
  85         init_pair(2, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
  86         init_pair(3, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
  87         init_pair(4, COLOR_WHITE, COLOR_BLACK);
  88         init_pair(5, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
  89         init_pair(6, COLOR_CYAN, COLOR_BLACK);
  90         init_pair(7, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
  91         init_pair(8, COLOR_RED, COLOR_BLACK);
  92         init_pair(9, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
  93         return tv;
  94         }
  95
  96
  97 static void tv_win_goto(curses_tview_t *tv, int *tid, int *pos)
  98         {
  99         char str[256], *p;
 100         int i, l = 0;
 101         tview_t *base=(tview_t*)tv;
 102         wborder(tv->wgoto, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 103         mvwprintw(tv->wgoto, 1, 2, "Goto: ");
 104         for (;;) {
 105                 int c = wgetch(tv->wgoto);
 106                 wrefresh(tv->wgoto);
 107                 if (c == KEY_BACKSPACE || c == '\010' || c == '\177') {
 108                         if(l > 0) --l;
 109                 } else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
 110                         int _tid = -1, _beg, _end;
 111                         if (str[0] == '=') {
 112                                 _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
 113                                 if (_beg > 0) {
 114                                         *pos = _beg;
 115                                         return;
 116                                 }
 117                         } else {
 118                                 bam_parse_region(base->header, str, &_tid, &_beg, &_end);
 119                                 if (_tid >= 0) {
 120                                         *tid = _tid; *pos = _beg;
 121                                         return;
 122                                 }
 123                         }
 124                 } else if (isgraph(c)) {
 125                         if (l < TV_MAX_GOTO) str[l++] = c;
 126                 } else if (c == '\027') l = 0;
 127                 else if (c == '\033') return;
 128                 str[l] = '\0';
 129                 for (i = 0; i < TV_MAX_GOTO; ++i) mvwaddch(tv->wgoto, 1, 8 + i, ' ');
 130                 mvwprintw(tv->wgoto, 1, 8, "%s", str);
 131         }
 132 }
 133
 134
 135
 136
 137 static void tv_win_help(curses_tview_t *tv) {
 138         int r = 1;
 139         tview_t* base=(tview_t*)base;
 140         WINDOW *win = tv->whelp;
 141         wborder(win, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 142         mvwprintw(win, r++, 2, "        -=-    Help    -=- ");
 143         r++;
 144         mvwprintw(win, r++, 2, "?          This window");
 145         mvwprintw(win, r++, 2, "Arrows     Small scroll movement");
 146         mvwprintw(win, r++, 2, "h,j,k,l    Small scroll movement");
 147         mvwprintw(win, r++, 2, "H,J,K,L    Large scroll movement");
 148         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-H     Scroll 1k left");
 149         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-L     Scroll 1k right");
 150         mvwprintw(win, r++, 2, "space      Scroll one screen");
 151         mvwprintw(win, r++, 2, "backspace  Scroll back one screen");
 152         mvwprintw(win, r++, 2, "g          Go to specific location");
 153         mvwprintw(win, r++, 2, "m          Color for mapping qual");
 154         mvwprintw(win, r++, 2, "n          Color for nucleotide");
 155         mvwprintw(win, r++, 2, "b          Color for base quality");
 156         mvwprintw(win, r++, 2, "c          Color for cs color");
 157         mvwprintw(win, r++, 2, "z          Color for cs qual");
 158         mvwprintw(win, r++, 2, ".          Toggle on/off dot view");
 159         mvwprintw(win, r++, 2, "s          Toggle on/off ref skip");
 160         mvwprintw(win, r++, 2, "r          Toggle on/off rd name");
 161         mvwprintw(win, r++, 2, "N          Turn on nt view");
 162         mvwprintw(win, r++, 2, "C          Turn on cs view");
 163         mvwprintw(win, r++, 2, "i          Toggle on/off ins");
 164         mvwprintw(win, r++, 2, "q          Exit");
 165         r++;
 166         mvwprintw(win, r++, 2, "Underline:      Secondary or orphan");
 167         mvwprintw(win, r++, 2, "Blue:    0-9    Green: 10-19");
 168         mvwprintw(win, r++, 2, "Yellow: 20-29   White: >=30");
 169         wrefresh(win);
 170         wgetch(win);
 171 }
 172
 173 void tv_loop(curses_tview_t *CTV)
 174 {
 175         int tid, pos;
 176         tview_t* tv=(tview_t*)CTV;
 177         tid = tv->curr_tid; pos = tv->left_pos;
 178         while (1) {
 179                 int c = getch();
 180                 switch (c) {
 181                         case '?': tv_win_help(CTV); break;
 182                         case '\033':
 183                         case 'q': goto end_loop;
 184                         case '/':
 185                         case 'g': tv_win_goto(CTV, &tid, &pos); break;
 186                         case 'm': tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ; break;
 187                         case 'b': tv->color_for = TV_COLOR_BASEQ; break;
 188                         case 'n': tv->color_for = TV_COLOR_NUCL; break;
 189                         case 'c': tv->color_for = TV_COLOR_COL; break;
 190                         case 'z': tv->color_for = TV_COLOR_COLQ; break;
 191                         case 's': tv->no_skip = !tv->no_skip; break;
 192                         case 'r': tv->show_name = !tv->show_name; break;
 193                         case KEY_LEFT:
 194                         case 'h': --pos; break;
 195                         case KEY_RIGHT:
 196                         case 'l': ++pos; break;
 197                         case KEY_SLEFT:
 198                         case 'H': pos -= 20; break;
 199                         case KEY_SRIGHT:
 200                         case 'L': pos += 20; break;
 201                         case '.': tv->is_dot = !tv->is_dot; break;
 202                         case 'N': tv->base_for = TV_BASE_NUCL; break;
 203                         case 'C': tv->base_for = TV_BASE_COLOR_SPACE; break;
 204                         case 'i': tv->ins = !tv->ins; break;
 205                         case '\010': pos -= 1000; break;
 206                         case '\014': pos += 1000; break;
 207                         case ' ': pos += tv->mcol; break;
 208                         case KEY_UP:
 209                         case 'j': --tv->row_shift; break;
 210                         case KEY_DOWN:
 211                         case 'k': ++tv->row_shift; break;
 212                         case KEY_BACKSPACE:
 213                         case '\177': pos -= tv->mcol; break;
 214                         case KEY_RESIZE: getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol); break;
 215                         default: continue;
 216                 }
 217                 if (pos < 0) pos = 0;
 218                 if (tv->row_shift < 0) tv->row_shift = 0;
 219                 tv_draw_aln(tv, tid, pos);
 220         }
 221 end_loop:
 222         return;
 223 }
 224
 225 void error(const char *format, ...)
 226 {
 227     if ( !format )
 228     {
 229         fprintf(stderr, "\n");
 230         fprintf(stderr, "Usage: bamtk tview [options] <aln.bam> [ref.fasta]\n");
 231         fprintf(stderr, "Options:\n");
 232         fprintf(stderr, "   -p chr:pos      go directly to this position\n");
 233         fprintf(stderr, "   -s STR          display only reads from this sample or grou\n");
 234         fprintf(stderr, "\n\n");
 235     }
 236     else
 237     {
 238         va_list ap;
 239         va_start(ap, format);
 240         vfprintf(stderr, format, ap);
 241         va_end(ap);
 242     }
 243     exit(-1);
 244 }
 245
 246
 247 int bam_tview_main(int argc, char *argv[])
 248 {
 249         curses_tview_t *CTV;
 250         tview_t* tv=NULL;
 251     char *samples=NULL, *position=NULL;
 252     int c;
 253     while ((c = getopt(argc, argv, "s:p:")) >= 0) {
 254         switch (c) {
 255             case 's': samples=optarg; break;
 256             case 'p': position=optarg; break;
 257             default: error(NULL);
 258         }
 259     }
 260         if (argc==optind) error(NULL);
 261         CTV = curses_tv_init(argv[optind], (optind+1>=argc)? 0 : argv[optind+1], samples);
 262         tv=(tview_t*)CTV;
 263     if ( position )
 264     {
 265         int _tid = -1, _beg, _end;
 266         bam_parse_region(tv->header, position, &_tid, &_beg, &_end);
 267         if (_tid >= 0) { tv->curr_tid = _tid; tv->left_pos = _beg; }
 268     }
 269         tv_draw_aln(tv, tv->curr_tid, tv->left_pos);
 270         tv_loop(CTV);
 271         tv->destroy(tv);
 272         free(tv);
 273         return 0;
 274 }