bam_tview.h

   1 #ifndef BAM_TVIEW_H
   2 #define BAM_TVIEW_H
   3
   4 #include <ctype.h>
   5 #include <assert.h>
   6 #include <string.h>
   7 #include <math.h>
   8 #include <unistd.h>
   9 #include "bam.h"
  10 #include "faidx.h"
  11 #include "bam2bcf.h"
  12 #include "sam_header.h"
  13 #include "khash.h"
  14
  15 KHASH_MAP_INIT_STR(kh_rg, const char *)
  16
  17 typedef struct AbstractTview {
  18         int mrow, mcol;
  19
  20         bam_index_t *idx;
  21         bam_lplbuf_t *lplbuf;
  22         bam_header_t *header;
  23         bamFile fp;
  24         int curr_tid, left_pos;
  25         faidx_t *fai;
  26         bcf_callaux_t *bca;
  27
  28         int ccol, last_pos, row_shift, base_for, color_for, is_dot, l_ref, ins, no_skip, show_name;
  29         char *ref;
  30     khash_t(kh_rg) *rg_hash;
  31     /* callbacks */
  32     void (*my_destroy)(struct AbstractTview* );
  33     void (*my_mvprintw)(struct AbstractTview* ,int,int,const char*,...);
  34     void (*my_mvaddch)(struct AbstractTview*,int,int,int);
  35     void (*my_attron)(struct AbstractTview*,int);
  36     void (*my_attroff)(struct AbstractTview*,int);
  37     void (*my_clear)(struct AbstractTview*);
  38     int (*my_colorpair)(struct AbstractTview*,int);
  39 } tview_t;
  40
  41
  42 char bam_aux_getCEi(bam1_t *b, int i);
  43 char bam_aux_getCSi(bam1_t *b, int i);
  44 char bam_aux_getCQi(bam1_t *b, int i);
  45
  46 #define TV_MIN_ALNROW 2
  47 #define TV_MAX_GOTO  40
  48 #define TV_LOW_MAPQ  10
  49
  50 #define TV_COLOR_MAPQ   0
  51 #define TV_COLOR_BASEQ  1
  52 #define TV_COLOR_NUCL   2
  53 #define TV_COLOR_COL    3
  54 #define TV_COLOR_COLQ   4
  55
  56 #define TV_BASE_NUCL 0
  57 #define TV_BASE_COLOR_SPACE 1
  58
  59 int tv_pl_func(uint32_t tid, uint32_t pos, int n, const bam_pileup1_t *pl, void *data);
  60 int base_tv_init(tview_t*,const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples);
  61 void base_tv_destroy(tview_t*);
  62
  63 int tv_draw_aln(tview_t *tv, int tid, int pos);
  64
  65
  66 enum {
  67         BAM_TVIEW_UNDERLINE
  68         };
  69
  70 #endif
  71