bam_tview.c

   1 #undef _HAVE_CURSES
   2
   3 #if _CURSES_LIB == 0
   4 #elif _CURSES_LIB == 1
   5 #include <curses.h>
   6 #ifndef NCURSES_VERSION
   7 #warning "_CURSES_LIB=1 but NCURSES_VERSION not defined; tview is NOT compiled"
   8 #else
   9 #define _HAVE_CURSES
  10 #endif
  11 #elif _CURSES_LIB == 2
  12 #include <xcurses.h>
  13 #define _HAVE_CURSES
  14 #else
  15 #warning "_CURSES_LIB is not 0, 1 or 2; tview is NOT compiled"
  16 #endif
  17
  18 #ifdef _HAVE_CURSES
  19 #include <ctype.h>
  20 #include <assert.h>
  21 #include <string.h>
  22 #include <math.h>
  23 #include <unistd.h>
  24 #include "bam.h"
  25 #include "faidx.h"
  26 #include "bam2bcf.h"
  27 #include "sam_header.h"
  28 #include "khash.h"
  29
  30 KHASH_MAP_INIT_STR(kh_rg, const char *)
  31
  32 char bam_aux_getCEi(bam1_t *b, int i);
  33 char bam_aux_getCSi(bam1_t *b, int i);
  34 char bam_aux_getCQi(bam1_t *b, int i);
  35
  36 #define TV_MIN_ALNROW 2
  37 #define TV_MAX_GOTO  40
  38 #define TV_LOW_MAPQ  10
  39
  40 #define TV_COLOR_MAPQ   0
  41 #define TV_COLOR_BASEQ  1
  42 #define TV_COLOR_NUCL   2
  43 #define TV_COLOR_COL    3
  44 #define TV_COLOR_COLQ   4
  45
  46 #define TV_BASE_NUCL 0
  47 #define TV_BASE_COLOR_SPACE 1
  48
  49 typedef struct {
  50         int mrow, mcol;
  51         WINDOW *wgoto, *whelp;
  52
  53         bam_index_t *idx;
  54         bam_lplbuf_t *lplbuf;
  55         bam_header_t *header;
  56         bamFile fp;
  57         int curr_tid, left_pos;
  58         faidx_t *fai;
  59         bcf_callaux_t *bca;
  60
  61         int ccol, last_pos, row_shift, base_for, color_for, is_dot, l_ref, ins, no_skip, show_name;
  62         char *ref;
  63     khash_t(kh_rg) *rg_hash;
  64 } tview_t;
  65
  66 int tv_pl_func(uint32_t tid, uint32_t pos, int n, const bam_pileup1_t *pl, void *data)
  67 {
  68         extern unsigned char bam_nt16_table[256];
  69         tview_t *tv = (tview_t*)data;
  70         int i, j, c, rb, attr, max_ins = 0;
  71         uint32_t call = 0;
  72         if (pos < tv->left_pos || tv->ccol > tv->mcol) return 0; // out of screen
  73         // print referece
  74         rb = (tv->ref && pos - tv->left_pos < tv->l_ref)? tv->ref[pos - tv->left_pos] : 'N';
  75         for (i = tv->last_pos + 1; i < pos; ++i) {
  76                 if (i%10 == 0 && tv->mcol - tv->ccol >= 10) mvprintw(0, tv->ccol, "%-d", i+1);
  77                 c = tv->ref? tv->ref[i - tv->left_pos] : 'N';
  78                 mvaddch(1, tv->ccol++, c);
  79         }
  80         if (pos%10 == 0 && tv->mcol - tv->ccol >= 10) mvprintw(0, tv->ccol, "%-d", pos+1);
  81         { // call consensus
  82                 bcf_callret1_t bcr;
  83                 int qsum[4], a1, a2, tmp;
  84                 double p[3], prior = 30;
  85                 bcf_call_glfgen(n, pl, bam_nt16_table[rb], tv->bca, &bcr);
  86                 for (i = 0; i < 4; ++i) qsum[i] = bcr.qsum[i]<<2 | i;
  87                 for (i = 1; i < 4; ++i) // insertion sort
  88                         for (j = i; j > 0 && qsum[j] > qsum[j-1]; --j)
  89                                 tmp = qsum[j], qsum[j] = qsum[j-1], qsum[j-1] = tmp;
  90                 a1 = qsum[0]&3; a2 = qsum[1]&3;
  91                 p[0] = bcr.p[a1*5+a1]; p[1] = bcr.p[a1*5+a2] + prior; p[2] = bcr.p[a2*5+a2];
  92                 if ("ACGT"[a1] != toupper(rb)) p[0] += prior + 3;
  93                 if ("ACGT"[a2] != toupper(rb)) p[2] += prior + 3;
  94                 if (p[0] < p[1] && p[0] < p[2]) call = (1<<a1)<<16 | (int)((p[1]<p[2]?p[1]:p[2]) - p[0] + .499);
  95                 else if (p[2] < p[1] && p[2] < p[0]) call = (1<<a2)<<16 | (int)((p[0]<p[1]?p[0]:p[1]) - p[2] + .499);
  96                 else call = (1<<a1|1<<a2)<<16 | (int)((p[0]<p[2]?p[0]:p[2]) - p[1] + .499);
  97         }
  98         attr = A_UNDERLINE;
  99         c = ",ACMGRSVTWYHKDBN"[call>>16&0xf];
 100         i = (call&0xffff)/10+1;
 101         if (i > 4) i = 4;
 102         attr |= COLOR_PAIR(i);
 103         if (c == toupper(rb)) c = '.';
 104         attron(attr);
 105         mvaddch(2, tv->ccol, c);
 106         attroff(attr);
 107         if(tv->ins) {
 108                 // calculate maximum insert
 109                 for (i = 0; i < n; ++i) {
 110                         const bam_pileup1_t *p = pl + i;
 111                         if (p->indel > 0 && max_ins < p->indel) max_ins = p->indel;
 112                 }
 113         }
 114         // core loop
 115         for (j = 0; j <= max_ins; ++j) {
 116                 for (i = 0; i < n; ++i) {
 117                         const bam_pileup1_t *p = pl + i;
 118                         int row = TV_MIN_ALNROW + p->level - tv->row_shift;
 119                         if (j == 0) {
 120                                 if (!p->is_del) {
 121                                         if (tv->base_for == TV_BASE_COLOR_SPACE &&
 122                                                         (c = bam_aux_getCSi(p->b, p->qpos))) {
 123                                                 // assume that if we found one color, we will be able to get the color error
 124                                                 if (tv->is_dot && '-' == bam_aux_getCEi(p->b, p->qpos)) c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
 125                                         } else {
 126                                                 if (tv->show_name) {
 127                                                         char *name = bam1_qname(p->b);
 128                                                         c = (p->qpos + 1 >= p->b->core.l_qname)? ' ' : name[p->qpos];
 129                                                 } else {
 130                                                         c = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos)];
 131                                                         if (tv->is_dot && toupper(c) == toupper(rb)) c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
 132                                                 }
 133                                         }
 134                                 } else c = p->is_refskip? (bam1_strand(p->b)? '<' : '>') : '*';
 135                         } else { // padding
 136                                 if (j > p->indel) c = '*';
 137                                 else { // insertion
 138                                         if (tv->base_for ==  TV_BASE_NUCL) {
 139                                                 if (tv->show_name) {
 140                                                         char *name = bam1_qname(p->b);
 141                                                         c = (p->qpos + j + 1 >= p->b->core.l_qname)? ' ' : name[p->qpos + j];
 142                                                 } else {
 143                                                         c = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos + j)];
 144                                                         if (j == 0 && tv->is_dot && toupper(c) == toupper(rb)) c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
 145                                                 }
 146                                         } else {
 147                                                 c = bam_aux_getCSi(p->b, p->qpos + j);
 148                                                 if (tv->is_dot && '-' == bam_aux_getCEi(p->b, p->qpos + j)) c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
 149                                         }
 150                                 }
 151                         }
 152                         if (row > TV_MIN_ALNROW && row < tv->mrow) {
 153                                 int x;
 154                                 attr = 0;
 155                                 if (((p->b->core.flag&BAM_FPAIRED) && !(p->b->core.flag&BAM_FPROPER_PAIR))
 156                                                 || (p->b->core.flag & BAM_FSECONDARY)) attr |= A_UNDERLINE;
 157                                 if (tv->color_for == TV_COLOR_BASEQ) {
 158                                         x = bam1_qual(p->b)[p->qpos]/10 + 1;
 159                                         if (x > 4) x = 4;
 160                                         attr |= COLOR_PAIR(x);
 161                                 } else if (tv->color_for == TV_COLOR_MAPQ) {
 162                                         x = p->b->core.qual/10 + 1;
 163                                         if (x > 4) x = 4;
 164                                         attr |= COLOR_PAIR(x);
 165                                 } else if (tv->color_for == TV_COLOR_NUCL) {
 166                                         x = bam_nt16_nt4_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos)] + 5;
 167                                         attr |= COLOR_PAIR(x);
 168                                 } else if(tv->color_for == TV_COLOR_COL) {
 169                                         x = 0;
 170                                         switch(bam_aux_getCSi(p->b, p->qpos)) {
 171                                                 case '0': x = 0; break;
 172                                                 case '1': x = 1; break;
 173                                                 case '2': x = 2; break;
 174                                                 case '3': x = 3; break;
 175                                                 case '4': x = 4; break;
 176                                                 default: x = bam_nt16_nt4_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos)]; break;
 177                                         }
 178                                         x+=5;
 179                                         attr |= COLOR_PAIR(x);
 180                                 } else if(tv->color_for == TV_COLOR_COLQ) {
 181                                         x = bam_aux_getCQi(p->b, p->qpos);
 182                                         if(0 == x) x = bam1_qual(p->b)[p->qpos];
 183                                         x = x/10 + 1;
 184                                         if (x > 4) x = 4;
 185                                         attr |= COLOR_PAIR(x);
 186                                 }
 187                                 attron(attr);
 188                                 mvaddch(row, tv->ccol, bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c));
 189                                 attroff(attr);
 190                         }
 191                 }
 192                 c = j? '*' : rb;
 193                 if (c == '*') {
 194                         attr = COLOR_PAIR(8);
 195                         attron(attr);
 196                         mvaddch(1, tv->ccol++, c);
 197                         attroff(attr);
 198                 } else mvaddch(1, tv->ccol++, c);
 199         }
 200         tv->last_pos = pos;
 201         return 0;
 202 }
 203
 204 tview_t *tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, char *samples)
 205 {
 206         tview_t *tv = (tview_t*)calloc(1, sizeof(tview_t));
 207         tv->is_dot = 1;
 208         tv->fp = bam_open(fn, "r");
 209         bgzf_set_cache_size(tv->fp, 8 * 1024 *1024);
 210         assert(tv->fp);
 211         tv->header = bam_header_read(tv->fp);
 212         tv->idx = bam_index_load(fn);
 213         if (tv->idx == 0) exit(1);
 214         tv->lplbuf = bam_lplbuf_init(tv_pl_func, tv);
 215         if (fn_fa) tv->fai = fai_load(fn_fa);
 216         tv->bca = bcf_call_init(0.83, 13);
 217         tv->ins = 1;
 218
 219     if ( samples )
 220     {
 221         if ( !tv->header->dict ) tv->header->dict = sam_header_parse2(tv->header->text);
 222         void *iter = tv->header->dict;
 223         const char *key, *val;
 224         int n = 0;
 225         tv->rg_hash = kh_init(kh_rg);
 226         while ( (iter = sam_header2key_val(iter, "RG","ID","SM", &key, &val)) )
 227         {
 228             if ( !strcmp(samples,key) || (val && !strcmp(samples,val)) )
 229             {
 230                 khiter_t k = kh_get(kh_rg, tv->rg_hash, key);
 231                 if ( k != kh_end(tv->rg_hash) ) continue;
 232                 int ret;
 233                 k = kh_put(kh_rg, tv->rg_hash, key, &ret);
 234                 kh_value(tv->rg_hash, k) = val;
 235                 n++;
 236             }
 237         }
 238         if ( !n )
 239         {
 240             fprintf(stderr,"The sample or read group \"%s\" not present.\n", samples);
 241             exit(-1);
 242         }
 243     }
 244
 245         initscr();
 246         keypad(stdscr, TRUE);
 247         clear();
 248         noecho();
 249         cbreak();
 250         tv->mrow = 24; tv->mcol = 80;
 251         getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol);
 252         tv->wgoto = newwin(3, TV_MAX_GOTO + 10, 10, 5);
 253         tv->whelp = newwin(29, 40, 5, 5);
 254         tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ;
 255         start_color();
 256         init_pair(1, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 257         init_pair(2, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 258         init_pair(3, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 259         init_pair(4, COLOR_WHITE, COLOR_BLACK);
 260         init_pair(5, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 261         init_pair(6, COLOR_CYAN, COLOR_BLACK);
 262         init_pair(7, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 263         init_pair(8, COLOR_RED, COLOR_BLACK);
 264         init_pair(9, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 265         return tv;
 266 }
 267
 268 void tv_destroy(tview_t *tv)
 269 {
 270         delwin(tv->wgoto); delwin(tv->whelp);
 271         endwin();
 272
 273         bam_lplbuf_destroy(tv->lplbuf);
 274         bcf_call_destroy(tv->bca);
 275         bam_index_destroy(tv->idx);
 276         if (tv->fai) fai_destroy(tv->fai);
 277         free(tv->ref);
 278         bam_header_destroy(tv->header);
 279         bam_close(tv->fp);
 280         free(tv);
 281 }
 282
 283 int tv_fetch_func(const bam1_t *b, void *data)
 284 {
 285         tview_t *tv = (tview_t*)data;
 286     if ( tv->rg_hash )
 287     {
 288         const uint8_t *rg = bam_aux_get(b, "RG");
 289         if ( !rg ) return 0;
 290         khiter_t k = kh_get(kh_rg, tv->rg_hash, (const char*)(rg + 1));
 291         if ( k == kh_end(tv->rg_hash) ) return 0;
 292     }
 293         if (tv->no_skip) {
 294                 uint32_t *cigar = bam1_cigar(b); // this is cheating...
 295                 int i;
 296                 for (i = 0; i <b->core.n_cigar; ++i) {
 297                         if ((cigar[i]&0xf) == BAM_CREF_SKIP)
 298                                 cigar[i] = cigar[i]>>4<<4 | BAM_CDEL;
 299                 }
 300         }
 301         bam_lplbuf_push(b, tv->lplbuf);
 302         return 0;
 303 }
 304
 305 int tv_draw_aln(tview_t *tv, int tid, int pos)
 306 {
 307         // reset
 308         clear();
 309         tv->curr_tid = tid; tv->left_pos = pos;
 310         tv->last_pos = tv->left_pos - 1;
 311         tv->ccol = 0;
 312         // print ref and consensus
 313         if (tv->fai) {
 314                 char *str;
 315                 if (tv->ref) free(tv->ref);
 316                 str = (char*)calloc(strlen(tv->header->target_name[tv->curr_tid]) + 30, 1);
 317                 sprintf(str, "%s:%d-%d", tv->header->target_name[tv->curr_tid], tv->left_pos + 1, tv->left_pos + tv->mcol);
 318                 tv->ref = fai_fetch(tv->fai, str, &tv->l_ref);
 319                 free(str);
 320         }
 321         // draw aln
 322         bam_lplbuf_reset(tv->lplbuf);
 323         bam_fetch(tv->fp, tv->idx, tv->curr_tid, tv->left_pos, tv->left_pos + tv->mcol, tv, tv_fetch_func);
 324         bam_lplbuf_push(0, tv->lplbuf);
 325
 326         while (tv->ccol < tv->mcol) {
 327                 int pos = tv->last_pos + 1;
 328                 if (pos%10 == 0 && tv->mcol - tv->ccol >= 10) mvprintw(0, tv->ccol, "%-d", pos+1);
 329                 mvaddch(1, tv->ccol++, (tv->ref && pos < tv->l_ref)? tv->ref[pos - tv->left_pos] : 'N');
 330                 ++tv->last_pos;
 331         }
 332         return 0;
 333 }
 334
 335 static void tv_win_goto(tview_t *tv, int *tid, int *pos)
 336 {
 337         char str[256], *p;
 338         int i, l = 0;
 339         wborder(tv->wgoto, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 340         mvwprintw(tv->wgoto, 1, 2, "Goto: ");
 341         for (;;) {
 342                 int c = wgetch(tv->wgoto);
 343                 wrefresh(tv->wgoto);
 344                 if (c == KEY_BACKSPACE || c == '\010' || c == '\177') {
 345                         if(l > 0) --l;
 346                 } else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
 347                         int _tid = -1, _beg, _end;
 348                         if (str[0] == '=') {
 349                                 _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
 350                                 if (_beg > 0) {
 351                                         *pos = _beg;
 352                                         return;
 353                                 }
 354                         } else {
 355                                 bam_parse_region(tv->header, str, &_tid, &_beg, &_end);
 356                                 if (_tid >= 0) {
 357                                         *tid = _tid; *pos = _beg;
 358                                         return;
 359                                 }
 360                         }
 361                 } else if (isgraph(c)) {
 362                         if (l < TV_MAX_GOTO) str[l++] = c;
 363                 } else if (c == '\027') l = 0;
 364                 else if (c == '\033') return;
 365                 str[l] = '\0';
 366                 for (i = 0; i < TV_MAX_GOTO; ++i) mvwaddch(tv->wgoto, 1, 8 + i, ' ');
 367                 mvwprintw(tv->wgoto, 1, 8, "%s", str);
 368         }
 369 }
 370
 371 static void tv_win_help(tview_t *tv) {
 372         int r = 1;
 373         WINDOW *win = tv->whelp;
 374         wborder(win, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 375         mvwprintw(win, r++, 2, "        -=-    Help    -=- ");
 376         r++;
 377         mvwprintw(win, r++, 2, "?          This window");
 378         mvwprintw(win, r++, 2, "Arrows     Small scroll movement");
 379         mvwprintw(win, r++, 2, "h,j,k,l    Small scroll movement");
 380         mvwprintw(win, r++, 2, "H,J,K,L    Large scroll movement");
 381         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-H     Scroll 1k left");
 382         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-L     Scroll 1k right");
 383         mvwprintw(win, r++, 2, "space      Scroll one screen");
 384         mvwprintw(win, r++, 2, "backspace  Scroll back one screen");
 385         mvwprintw(win, r++, 2, "g          Go to specific location");
 386         mvwprintw(win, r++, 2, "m          Color for mapping qual");
 387         mvwprintw(win, r++, 2, "n          Color for nucleotide");
 388         mvwprintw(win, r++, 2, "b          Color for base quality");
 389         mvwprintw(win, r++, 2, "c          Color for cs color");
 390         mvwprintw(win, r++, 2, "z          Color for cs qual");
 391         mvwprintw(win, r++, 2, ".          Toggle on/off dot view");
 392         mvwprintw(win, r++, 2, "s          Toggle on/off ref skip");
 393         mvwprintw(win, r++, 2, "r          Toggle on/off rd name");
 394         mvwprintw(win, r++, 2, "N          Turn on nt view");
 395         mvwprintw(win, r++, 2, "C          Turn on cs view");
 396         mvwprintw(win, r++, 2, "i          Toggle on/off ins");
 397         mvwprintw(win, r++, 2, "q          Exit");
 398         r++;
 399         mvwprintw(win, r++, 2, "Underline:      Secondary or orphan");
 400         mvwprintw(win, r++, 2, "Blue:    0-9    Green: 10-19");
 401         mvwprintw(win, r++, 2, "Yellow: 20-29   White: >=30");
 402         wrefresh(win);
 403         wgetch(win);
 404 }
 405
 406 void tv_loop(tview_t *tv)
 407 {
 408         int tid, pos;
 409         tid = tv->curr_tid; pos = tv->left_pos;
 410         while (1) {
 411                 int c = getch();
 412                 switch (c) {
 413                         case '?': tv_win_help(tv); break;
 414                         case '\033':
 415                         case 'q': goto end_loop;
 416                         case '/':
 417                         case 'g': tv_win_goto(tv, &tid, &pos); break;
 418                         case 'm': tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ; break;
 419                         case 'b': tv->color_for = TV_COLOR_BASEQ; break;
 420                         case 'n': tv->color_for = TV_COLOR_NUCL; break;
 421                         case 'c': tv->color_for = TV_COLOR_COL; break;
 422                         case 'z': tv->color_for = TV_COLOR_COLQ; break;
 423                         case 's': tv->no_skip = !tv->no_skip; break;
 424                         case 'r': tv->show_name = !tv->show_name; break;
 425                         case KEY_LEFT:
 426                         case 'h': --pos; break;
 427                         case KEY_RIGHT:
 428                         case 'l': ++pos; break;
 429                         case KEY_SLEFT:
 430                         case 'H': pos -= 20; break;
 431                         case KEY_SRIGHT:
 432                         case 'L': pos += 20; break;
 433                         case '.': tv->is_dot = !tv->is_dot; break;
 434                         case 'N': tv->base_for = TV_BASE_NUCL; break;
 435                         case 'C': tv->base_for = TV_BASE_COLOR_SPACE; break;
 436                         case 'i': tv->ins = !tv->ins; break;
 437                         case '\010': pos -= 1000; break;
 438                         case '\014': pos += 1000; break;
 439                         case ' ': pos += tv->mcol; break;
 440                         case KEY_UP:
 441                         case 'j': --tv->row_shift; break;
 442                         case KEY_DOWN:
 443                         case 'k': ++tv->row_shift; break;
 444                         case KEY_BACKSPACE:
 445                         case '\177': pos -= tv->mcol; break;
 446                         case KEY_RESIZE: getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol); break;
 447                         default: continue;
 448                 }
 449                 if (pos < 0) pos = 0;
 450                 if (tv->row_shift < 0) tv->row_shift = 0;
 451                 tv_draw_aln(tv, tid, pos);
 452         }
 453 end_loop:
 454         return;
 455 }
 456
 457 void error(const char *format, ...)
 458 {
 459     if ( !format )
 460     {
 461         fprintf(stderr, "\n");
 462         fprintf(stderr, "Usage: bamtk tview [options] <aln.bam> [ref.fasta]\n");
 463         fprintf(stderr, "Options:\n");
 464         fprintf(stderr, "   -p chr:pos      go directly to this position\n");
 465         fprintf(stderr, "   -s STR          display only reads from this sample or grou\n");
 466         fprintf(stderr, "\n\n");
 467     }
 468     else
 469     {
 470         va_list ap;
 471         va_start(ap, format);
 472         vfprintf(stderr, format, ap);
 473         va_end(ap);
 474     }
 475     exit(-1);
 476 }
 477
 478
 479 int bam_tview_main(int argc, char *argv[])
 480 {
 481         tview_t *tv;
 482     char *samples=NULL, *position=NULL;
 483     int c;
 484     while ((c = getopt(argc, argv, "s:p:")) >= 0) {
 485         switch (c) {
 486             case 's': samples=optarg; break;
 487             case 'p': position=optarg; break;
 488             default: error(NULL);
 489         }
 490     }
 491         if (argc==optind) error(NULL);
 492         tv = tv_init(argv[optind], (optind+1>=argc)? 0 : argv[optind+1], samples);
 493     if ( position )
 494     {
 495         int _tid = -1, _beg, _end;
 496         bam_parse_region(tv->header, position, &_tid, &_beg, &_end);
 497         if (_tid >= 0) { tv->curr_tid = _tid; tv->left_pos = _beg; }
 498     }
 499         tv_draw_aln(tv, tv->curr_tid, tv->left_pos);
 500         tv_loop(tv);
 501         tv_destroy(tv);
 502         return 0;
 503 }
 504 #else // #ifdef _HAVE_CURSES
 505 #include <stdio.h>
 506 #warning "No curses library is available; tview is disabled."
 507 int bam_tview_main(int argc, char *argv[])
 508 {
 509         fprintf(stderr, "[bam_tview_main] The ncurses library is unavailable; tview is not compiled.\n");
 510         return 1;
 511 }
 512 #endif // #ifdef _HAVE_CURSES