bam_plcmd.c

   1 #include <math.h>
   2 #include <stdio.h>
   3 #include <unistd.h>
   4 #include <ctype.h>
   5 #include <string.h>
   6 #include <errno.h>
   7 #include "sam.h"
   8 #include "faidx.h"
   9 #include "kstring.h"
  10
  11 static inline int printw(int c, FILE *fp)
  12 {
  13         char buf[16];
  14         int l, x;
  15         if (c == 0) return fputc('0', fp);
  16         for (l = 0, x = c < 0? -c : c; x > 0; x /= 10) buf[l++] = x%10 + '0';
  17         if (c < 0) buf[l++] = '-';
  18         buf[l] = 0;
  19         for (x = 0; x < l/2; ++x) {
  20                 int y = buf[x]; buf[x] = buf[l-1-x]; buf[l-1-x] = y;
  21         }
  22         fputs(buf, fp);
  23         return 0;
  24 }
  25
  26 static inline void pileup_seq(const bam_pileup1_t *p, int pos, int ref_len, const char *ref)
  27 {
  28         int j;
  29         if (p->is_head) {
  30                 putchar('^');
  31                 putchar(p->b->core.qual > 93? 126 : p->b->core.qual + 33);
  32         }
  33         if (!p->is_del) {
  34                 int c = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos)];
  35                 if (ref) {
  36                         int rb = pos < ref_len? ref[pos] : 'N';
  37                         if (c == '=' || bam_nt16_table[c] == bam_nt16_table[rb]) c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
  38                         else c = bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c);
  39                 } else {
  40                         if (c == '=') c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
  41                         else c = bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c);
  42                 }
  43                 putchar(c);
  44         } else putchar(p->is_refskip? (bam1_strand(p->b)? '<' : '>') : '*');
  45         if (p->indel > 0) {
  46                 putchar('+'); printw(p->indel, stdout);
  47                 for (j = 1; j <= p->indel; ++j) {
  48                         int c = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos + j)];
  49                         putchar(bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c));
  50                 }
  51         } else if (p->indel < 0) {
  52                 printw(p->indel, stdout);
  53                 for (j = 1; j <= -p->indel; ++j) {
  54                         int c = (ref && (int)pos+j < ref_len)? ref[pos+j] : 'N';
  55                         putchar(bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c));
  56                 }
  57         }
  58         if (p->is_tail) putchar('$');
  59 }
  60
  61 #include <assert.h>
  62 #include "bam2bcf.h"
  63 #include "sample.h"
  64
  65 #define MPLP_GLF   0x10
  66 #define MPLP_NO_COMP 0x20
  67 #define MPLP_NO_ORPHAN 0x40
  68 #define MPLP_REALN   0x80
  69 #define MPLP_FMT_DP 0x100
  70 #define MPLP_FMT_SP 0x200
  71 #define MPLP_NO_INDEL 0x400
  72 #define MPLP_EXT_BAQ 0x800
  73 #define MPLP_ILLUMINA13 0x1000
  74
  75 void *bed_read(const char *fn);
  76 void bed_destroy(void *_h);
  77 int bed_overlap(const void *_h, const char *chr, int beg, int end);
  78
  79 typedef struct {
  80         int max_mq, min_mq, flag, min_baseQ, capQ_thres, max_depth, max_indel_depth;
  81         int openQ, extQ, tandemQ, min_support; // for indels
  82         double min_frac; // for indels
  83         char *reg, *pl_list;
  84         faidx_t *fai;
  85         void *bed, *rghash;
  86 } mplp_conf_t;
  87
  88 typedef struct {
  89         bamFile fp;
  90         bam_iter_t iter;
  91         bam_header_t *h;
  92         int ref_id;
  93         char *ref;
  94         const mplp_conf_t *conf;
  95 } mplp_aux_t;
  96
  97 typedef struct {
  98         int n;
  99         int *n_plp, *m_plp;
 100         bam_pileup1_t **plp;
 101 } mplp_pileup_t;
 102
 103 static int mplp_func(void *data, bam1_t *b)
 104 {
 105         extern int bam_realn(bam1_t *b, const char *ref);
 106         extern int bam_prob_realn_core(bam1_t *b, const char *ref, int);
 107         extern int bam_cap_mapQ(bam1_t *b, char *ref, int thres);
 108         mplp_aux_t *ma = (mplp_aux_t*)data;
 109         int ret, skip = 0;
 110         do {
 111                 int has_ref;
 112                 ret = ma->iter? bam_iter_read(ma->fp, ma->iter, b) : bam_read1(ma->fp, b);
 113                 if (ret < 0) break;
 114                 if (b->core.tid < 0 || (b->core.flag&BAM_FUNMAP)) { // exclude unmapped reads
 115                         skip = 1;
 116                         continue;
 117                 }
 118                 if (ma->conf->bed) { // test overlap
 119                         skip = !bed_overlap(ma->conf->bed, ma->h->target_name[b->core.tid], b->core.pos, bam_calend(&b->core, bam1_cigar(b)));
 120                         if (skip) continue;
 121                 }
 122                 if (ma->conf->rghash) { // exclude read groups
 123                         uint8_t *rg = bam_aux_get(b, "RG");
 124                         skip = (rg && bcf_str2id(ma->conf->rghash, (const char*)(rg+1)) >= 0);
 125                         if (skip) continue;
 126                 }
 127                 if (ma->conf->flag & MPLP_ILLUMINA13) {
 128                         int i;
 129                         uint8_t *qual = bam1_qual(b);
 130                         for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i)
 131                                 qual[i] = qual[i] > 31? qual[i] - 31 : 0;
 132                 }
 133                 has_ref = (ma->ref && ma->ref_id == b->core.tid)? 1 : 0;
 134                 skip = 0;
 135                 if (has_ref && (ma->conf->flag&MPLP_REALN)) bam_prob_realn_core(b, ma->ref, (ma->conf->flag & MPLP_EXT_BAQ)? 3 : 1);
 136                 if (has_ref && ma->conf->capQ_thres > 10) {
 137                         int q = bam_cap_mapQ(b, ma->ref, ma->conf->capQ_thres);
 138                         if (q < 0) skip = 1;
 139                         else if (b->core.qual > q) b->core.qual = q;
 140                 }
 141                 else if (b->core.qual < ma->conf->min_mq) skip = 1;
 142                 else if ((ma->conf->flag&MPLP_NO_ORPHAN) && (b->core.flag&1) && !(b->core.flag&2)) skip = 1;
 143         } while (skip);
 144         return ret;
 145 }
 146
 147 static void group_smpl(mplp_pileup_t *m, bam_sample_t *sm, kstring_t *buf,
 148                                            int n, char *const*fn, int *n_plp, const bam_pileup1_t **plp)
 149 {
 150         int i, j;
 151         memset(m->n_plp, 0, m->n * sizeof(int));
 152         for (i = 0; i < n; ++i) {
 153                 for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 154                         const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
 155                         uint8_t *q;
 156                         int id = -1;
 157                         q = bam_aux_get(p->b, "RG");
 158                         if (q) id = bam_smpl_rg2smid(sm, fn[i], (char*)q+1, buf);
 159                         if (id < 0) id = bam_smpl_rg2smid(sm, fn[i], 0, buf);
 160                         if (id < 0 || id >= m->n) {
 161                                 assert(q); // otherwise a bug
 162                                 fprintf(stderr, "[%s] Read group %s used in file %s but absent from the header or an alignment missing read group.\n", __func__, (char*)q+1, fn[i]);
 163                                 exit(1);
 164                         }
 165                         if (m->n_plp[id] == m->m_plp[id]) {
 166                                 m->m_plp[id] = m->m_plp[id]? m->m_plp[id]<<1 : 8;
 167                                 m->plp[id] = realloc(m->plp[id], sizeof(bam_pileup1_t) * m->m_plp[id]);
 168                         }
 169                         m->plp[id][m->n_plp[id]++] = *p;
 170                 }
 171         }
 172 }
 173
 174 static int mpileup(mplp_conf_t *conf, int n, char **fn)
 175 {
 176         extern void *bcf_call_add_rg(void *rghash, const char *hdtext, const char *list);
 177         extern void bcf_call_del_rghash(void *rghash);
 178         mplp_aux_t **data;
 179         int i, tid, pos, *n_plp, beg0 = 0, end0 = 1u<<29, ref_len, ref_tid, max_depth, max_indel_depth;
 180         const bam_pileup1_t **plp;
 181         bam_mplp_t iter;
 182         bam_header_t *h = 0;
 183         char *ref;
 184         void *rghash = 0;
 185
 186         bcf_callaux_t *bca = 0;
 187         bcf_callret1_t *bcr = 0;
 188         bcf_call_t bc;
 189         bcf_t *bp = 0;
 190         bcf_hdr_t *bh = 0;
 191
 192         bam_sample_t *sm = 0;
 193         kstring_t buf;
 194         mplp_pileup_t gplp;
 195
 196         memset(&gplp, 0, sizeof(mplp_pileup_t));
 197         memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
 198         memset(&bc, 0, sizeof(bcf_call_t));
 199         data = calloc(n, sizeof(void*));
 200         plp = calloc(n, sizeof(void*));
 201         n_plp = calloc(n, sizeof(int*));
 202         sm = bam_smpl_init();
 203
 204         // read the header and initialize data
 205         for (i = 0; i < n; ++i) {
 206                 bam_header_t *h_tmp;
 207                 data[i] = calloc(1, sizeof(mplp_aux_t));
 208                 data[i]->fp = strcmp(fn[i], "-") == 0? bam_dopen(fileno(stdin), "r") : bam_open(fn[i], "r");
 209                 data[i]->conf = conf;
 210                 h_tmp = bam_header_read(data[i]->fp);
 211                 data[i]->h = i? h : h_tmp; // for i==0, "h" has not been set yet
 212                 bam_smpl_add(sm, fn[i], h_tmp->text);
 213                 rghash = bcf_call_add_rg(rghash, h_tmp->text, conf->pl_list);
 214                 if (conf->reg) {
 215                         int beg, end;
 216                         bam_index_t *idx;
 217                         idx = bam_index_load(fn[i]);
 218                         if (idx == 0) {
 219                                 fprintf(stderr, "[%s] fail to load index for %d-th input.\n", __func__, i+1);
 220                                 exit(1);
 221                         }
 222                         if (bam_parse_region(h_tmp, conf->reg, &tid, &beg, &end) < 0) {
 223                                 fprintf(stderr, "[%s] malformatted region or wrong seqname for %d-th input.\n", __func__, i+1);
 224                                 exit(1);
 225                         }
 226                         if (i == 0) beg0 = beg, end0 = end;
 227                         data[i]->iter = bam_iter_query(idx, tid, beg, end);
 228                         bam_index_destroy(idx);
 229                 }
 230                 if (i == 0) h = h_tmp;
 231                 else {
 232                         // FIXME: to check consistency
 233                         bam_header_destroy(h_tmp);
 234                 }
 235         }
 236         gplp.n = sm->n;
 237         gplp.n_plp = calloc(sm->n, sizeof(int));
 238         gplp.m_plp = calloc(sm->n, sizeof(int));
 239         gplp.plp = calloc(sm->n, sizeof(void*));
 240
 241         fprintf(stderr, "[%s] %d samples in %d input files\n", __func__, sm->n, n);
 242         // write the VCF header
 243         if (conf->flag & MPLP_GLF) {
 244                 kstring_t s;
 245                 bh = calloc(1, sizeof(bcf_hdr_t));
 246                 s.l = s.m = 0; s.s = 0;
 247                 bp = bcf_open("-", (conf->flag&MPLP_NO_COMP)? "wu" : "w");
 248                 for (i = 0; i < h->n_targets; ++i) {
 249                         kputs(h->target_name[i], &s);
 250                         kputc('\0', &s);
 251                 }
 252                 bh->l_nm = s.l;
 253                 bh->name = malloc(s.l);
 254                 memcpy(bh->name, s.s, s.l);
 255                 s.l = 0;
 256                 for (i = 0; i < sm->n; ++i) {
 257                         kputs(sm->smpl[i], &s); kputc('\0', &s);
 258                 }
 259                 bh->l_smpl = s.l;
 260                 bh->sname = malloc(s.l);
 261                 memcpy(bh->sname, s.s, s.l);
 262                 bh->txt = malloc(strlen(BAM_VERSION) + 64);
 263                 bh->l_txt = 1 + sprintf(bh->txt, "##samtoolsVersion=%s\n", BAM_VERSION);
 264                 free(s.s);
 265                 bcf_hdr_sync(bh);
 266                 bcf_hdr_write(bp, bh);
 267                 bca = bcf_call_init(-1., conf->min_baseQ);
 268                 bcr = calloc(sm->n, sizeof(bcf_callret1_t));
 269                 bca->rghash = rghash;
 270                 bca->openQ = conf->openQ, bca->extQ = conf->extQ, bca->tandemQ = conf->tandemQ;
 271                 bca->min_frac = conf->min_frac;
 272                 bca->min_support = conf->min_support;
 273         }
 274         ref_tid = -1; ref = 0;
 275         iter = bam_mplp_init(n, mplp_func, (void**)data);
 276         max_depth = conf->max_depth;
 277         if (max_depth * sm->n > 1<<20)
 278                 fprintf(stderr, "(%s) Max depth is above 1M. Potential memory hog!\n", __func__);
 279         if (max_depth * sm->n < 8000) {
 280                 max_depth = 8000 / sm->n;
 281                 fprintf(stderr, "<%s> Set max per-file depth to %d\n", __func__, max_depth);
 282         }
 283         max_indel_depth = conf->max_indel_depth * sm->n;
 284         bam_mplp_set_maxcnt(iter, max_depth);
 285         while (bam_mplp_auto(iter, &tid, &pos, n_plp, plp) > 0) {
 286                 if (conf->reg && (pos < beg0 || pos >= end0)) continue; // out of the region requested
 287                 if (conf->bed && tid >= 0 && !bed_overlap(conf->bed, h->target_name[tid], pos, pos+1)) continue;
 288                 if (tid != ref_tid) {
 289                         free(ref); ref = 0;
 290                         if (conf->fai) ref = fai_fetch(conf->fai, h->target_name[tid], &ref_len);
 291                         for (i = 0; i < n; ++i) data[i]->ref = ref, data[i]->ref_id = tid;
 292                         ref_tid = tid;
 293                 }
 294                 if (conf->flag & MPLP_GLF) {
 295                         int total_depth, _ref0, ref16;
 296                         bcf1_t *b = calloc(1, sizeof(bcf1_t));
 297                         for (i = total_depth = 0; i < n; ++i) total_depth += n_plp[i];
 298                         group_smpl(&gplp, sm, &buf, n, fn, n_plp, plp);
 299                         _ref0 = (ref && pos < ref_len)? ref[pos] : 'N';
 300                         ref16 = bam_nt16_table[_ref0];
 301                         for (i = 0; i < gplp.n; ++i)
 302                                 bcf_call_glfgen(gplp.n_plp[i], gplp.plp[i], ref16, bca, bcr + i);
 303                         bcf_call_combine(gplp.n, bcr, ref16, &bc);
 304                         bcf_call2bcf(tid, pos, &bc, b, (conf->flag&(MPLP_FMT_DP|MPLP_FMT_SP))? bcr : 0,
 305                                                  (conf->flag&MPLP_FMT_SP), 0, 0);
 306                         bcf_write(bp, bh, b);
 307                         bcf_destroy(b);
 308                         // call indels
 309                         if (!(conf->flag&MPLP_NO_INDEL) && total_depth < max_indel_depth && bcf_call_gap_prep(gplp.n, gplp.n_plp, gplp.plp, pos, bca, ref, rghash) >= 0) {
 310                                 for (i = 0; i < gplp.n; ++i)
 311                                         bcf_call_glfgen(gplp.n_plp[i], gplp.plp[i], -1, bca, bcr + i);
 312                                 if (bcf_call_combine(gplp.n, bcr, -1, &bc) >= 0) {
 313                                         b = calloc(1, sizeof(bcf1_t));
 314                                         bcf_call2bcf(tid, pos, &bc, b, (conf->flag&(MPLP_FMT_DP|MPLP_FMT_SP))? bcr : 0,
 315                                                                  (conf->flag&MPLP_FMT_SP), bca, ref);
 316                                         bcf_write(bp, bh, b);
 317                                         bcf_destroy(b);
 318                                 }
 319                         }
 320                 } else {
 321                         printf("%s\t%d\t%c", h->target_name[tid], pos + 1, (ref && pos < ref_len)? ref[pos] : 'N');
 322                         for (i = 0; i < n; ++i) {
 323                                 int j;
 324                                 printf("\t%d\t", n_plp[i]);
 325                                 if (n_plp[i] == 0) printf("*\t*");
 326                                 else {
 327                                         for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j)
 328                                                 pileup_seq(plp[i] + j, pos, ref_len, ref);
 329                                         putchar('\t');
 330                                         for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 331                                                 const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
 332                                                 int c = bam1_qual(p->b)[p->qpos] + 33;
 333                                                 if (c > 126) c = 126;
 334                                                 putchar(c);
 335                                         }
 336                                 }
 337                         }
 338                         putchar('\n');
 339                 }
 340         }
 341
 342         bcf_close(bp);
 343         bam_smpl_destroy(sm); free(buf.s);
 344         for (i = 0; i < gplp.n; ++i) free(gplp.plp[i]);
 345         free(gplp.plp); free(gplp.n_plp); free(gplp.m_plp);
 346         bcf_call_del_rghash(rghash);
 347         bcf_hdr_destroy(bh); bcf_call_destroy(bca); free(bc.PL); free(bcr);
 348         bam_mplp_destroy(iter);
 349         bam_header_destroy(h);
 350         for (i = 0; i < n; ++i) {
 351                 bam_close(data[i]->fp);
 352                 if (data[i]->iter) bam_iter_destroy(data[i]->iter);
 353                 free(data[i]);
 354         }
 355         free(data); free(plp); free(ref); free(n_plp);
 356         return 0;
 357 }
 358
 359 #define MAX_PATH_LEN 1024
 360 static int read_file_list(const char *file_list,int *n,char **argv[])
 361 {
 362     char buf[MAX_PATH_LEN];
 363     int len, nfiles;
 364     char **files;
 365
 366     FILE *fh = fopen(file_list,"r");
 367     if ( !fh )
 368     {
 369         fprintf(stderr,"%s: %s\n", file_list,strerror(errno));
 370         return 1;
 371     }
 372
 373     // Speed is not an issue here, determine the number of files by reading the file twice
 374     nfiles = 0;
 375     while ( fgets(buf,MAX_PATH_LEN,fh) ) nfiles++;
 376
 377     if ( fseek(fh, 0L, SEEK_SET) )
 378     {
 379         fprintf(stderr,"%s: %s\n", file_list,strerror(errno));
 380         return 1;
 381     }
 382
 383     files = calloc(nfiles,sizeof(char*));
 384     nfiles = 0;
 385     while ( fgets(buf,MAX_PATH_LEN,fh) )
 386     {
 387         len = strlen(buf);
 388         while ( len>0 && isspace(buf[len-1]) ) len--;
 389         if ( !len ) continue;
 390
 391         files[nfiles] = malloc(sizeof(char)*(len+1));
 392         strncpy(files[nfiles],buf,len);
 393         files[nfiles][len] = 0;
 394         nfiles++;
 395     }
 396     fclose(fh);
 397     if ( !nfiles )
 398     {
 399         fprintf(stderr,"No files read from %s\n", file_list);
 400         return 1;
 401     }
 402     *argv = files;
 403     *n    = nfiles;
 404     return 0;
 405 }
 406 #undef MAX_PATH_LEN
 407
 408 int bam_mpileup(int argc, char *argv[])
 409 {
 410         int c;
 411     const char *file_list = NULL;
 412     char **fn = NULL;
 413     int nfiles = 0, use_orphan = 0;
 414         mplp_conf_t mplp;
 415         memset(&mplp, 0, sizeof(mplp_conf_t));
 416         mplp.max_mq = 60;
 417         mplp.min_baseQ = 13;
 418         mplp.capQ_thres = 0;
 419         mplp.max_depth = 250; mplp.max_indel_depth = 250;
 420         mplp.openQ = 40; mplp.extQ = 20; mplp.tandemQ = 100;
 421         mplp.min_frac = 0.002; mplp.min_support = 1;
 422         mplp.flag = MPLP_NO_ORPHAN | MPLP_REALN;
 423         while ((c = getopt(argc, argv, "Agf:r:l:M:q:Q:uaRC:BDSd:L:b:P:o:e:h:Im:F:EG:6")) >= 0) {
 424                 switch (c) {
 425                 case 'f':
 426                         mplp.fai = fai_load(optarg);
 427                         if (mplp.fai == 0) return 1;
 428                         break;
 429                 case 'd': mplp.max_depth = atoi(optarg); break;
 430                 case 'r': mplp.reg = strdup(optarg); break;
 431                 case 'l': mplp.bed = bed_read(optarg); break;
 432                 case 'P': mplp.pl_list = strdup(optarg); break;
 433                 case 'g': mplp.flag |= MPLP_GLF; break;
 434                 case 'u': mplp.flag |= MPLP_NO_COMP | MPLP_GLF; break;
 435                 case 'a': mplp.flag |= MPLP_NO_ORPHAN | MPLP_REALN; break;
 436                 case 'B': mplp.flag &= ~MPLP_REALN; break;
 437                 case 'R': mplp.flag |= MPLP_REALN; break;
 438                 case 'D': mplp.flag |= MPLP_FMT_DP; break;
 439                 case 'S': mplp.flag |= MPLP_FMT_SP; break;
 440                 case 'I': mplp.flag |= MPLP_NO_INDEL; break;
 441                 case 'E': mplp.flag |= MPLP_EXT_BAQ; break;
 442                 case '6': mplp.flag |= MPLP_ILLUMINA13; break;
 443                 case 'C': mplp.capQ_thres = atoi(optarg); break;
 444                 case 'M': mplp.max_mq = atoi(optarg); break;
 445                 case 'q': mplp.min_mq = atoi(optarg); break;
 446                 case 'Q': mplp.min_baseQ = atoi(optarg); break;
 447         case 'b': file_list = optarg; break;
 448                 case 'o': mplp.openQ = atoi(optarg); break;
 449                 case 'e': mplp.extQ = atoi(optarg); break;
 450                 case 'h': mplp.tandemQ = atoi(optarg); break;
 451                 case 'A': use_orphan = 1; break;
 452                 case 'F': mplp.min_frac = atof(optarg); break;
 453                 case 'm': mplp.min_support = atoi(optarg); break;
 454                 case 'L': mplp.max_indel_depth = atoi(optarg); break;
 455                 case 'G': {
 456                                 FILE *fp_rg;
 457                                 char buf[1024];
 458                                 mplp.rghash = bcf_str2id_init();
 459                                 if ((fp_rg = fopen(optarg, "r")) == 0)
 460                                         fprintf(stderr, "(%s) Fail to open file %s. Continue anyway.\n", __func__, optarg);
 461                                 while (!feof(fp_rg) && fscanf(fp_rg, "%s", buf) > 0) // this is not a good style, but forgive me...
 462                                         bcf_str2id_add(mplp.rghash, strdup(buf));
 463                                 fclose(fp_rg);
 464                         }
 465                         break;
 466                 }
 467         }
 468         if (use_orphan) mplp.flag &= ~MPLP_NO_ORPHAN;
 469         if (argc == 1) {
 470                 fprintf(stderr, "\n");
 471                 fprintf(stderr, "Usage: samtools mpileup [options] in1.bam [in2.bam [...]]\n\n");
 472                 fprintf(stderr, "Input options:\n\n");
 473                 fprintf(stderr, "       -6           assume the quality is in the Illumina-1.3+ encoding\n");
 474                 fprintf(stderr, "       -A           count anomalous read pairs\n");
 475                 fprintf(stderr, "       -B           disable BAQ computation\n");
 476                 fprintf(stderr, "       -b FILE      list of input BAM files [null]\n");
 477                 fprintf(stderr, "       -d INT       max per-BAM depth to avoid excessive memory usage [%d]\n", mplp.max_depth);
 478                 fprintf(stderr, "       -E           extended BAQ for higher sensitivity but lower specificity\n");
 479                 fprintf(stderr, "       -f FILE      faidx indexed reference sequence file [null]\n");
 480                 fprintf(stderr, "       -G FILE      exclude read groups listed in FILE [null]\n");
 481                 fprintf(stderr, "       -l FILE      list of positions (chr pos) or regions (BED) [null]\n");
 482                 fprintf(stderr, "       -M INT       cap mapping quality at INT [%d]\n", mplp.max_mq);
 483                 fprintf(stderr, "       -r STR       region in which pileup is generated [null]\n");
 484                 fprintf(stderr, "       -q INT       skip alignments with mapQ smaller than INT [%d]\n", mplp.min_mq);
 485                 fprintf(stderr, "       -Q INT       skip bases with baseQ/BAQ smaller than INT [%d]\n", mplp.min_baseQ);
 486                 fprintf(stderr, "\nOutput options:\n\n");
 487                 fprintf(stderr, "       -D           output per-sample DP in BCF (require -g/-u)\n");
 488                 fprintf(stderr, "       -g           generate BCF output (genotype likelihoods)\n");
 489                 fprintf(stderr, "       -S           output per-sample strand bias P-value in BCF (require -g/-u)\n");
 490                 fprintf(stderr, "       -u           generate uncompress BCF output\n");
 491                 fprintf(stderr, "\nSNP/INDEL genotype likelihoods options (effective with `-g' or `-u'):\n\n");
 492                 fprintf(stderr, "       -e INT       Phred-scaled gap extension seq error probability [%d]\n", mplp.extQ);
 493                 fprintf(stderr, "       -F FLOAT     minimum fraction of gapped reads for candidates [%g]\n", mplp.min_frac);
 494                 fprintf(stderr, "       -h INT       coefficient for homopolymer errors [%d]\n", mplp.tandemQ);
 495                 fprintf(stderr, "       -I           do not perform indel calling\n");
 496                 fprintf(stderr, "       -L INT       max per-sample depth for INDEL calling [%d]\n", mplp.max_indel_depth);
 497                 fprintf(stderr, "       -m INT       minimum gapped reads for indel candidates [%d]\n", mplp.min_support);
 498                 fprintf(stderr, "       -o INT       Phred-scaled gap open sequencing error probability [%d]\n", mplp.openQ);
 499                 fprintf(stderr, "       -P STR       comma separated list of platforms for indels [all]\n");
 500                 fprintf(stderr, "\n");
 501                 fprintf(stderr, "Notes: Assuming diploid individuals.\n\n");
 502                 return 1;
 503         }
 504     if (file_list) {
 505         if ( read_file_list(file_list,&nfiles,&fn) ) return 1;
 506         mpileup(&mplp,nfiles,fn);
 507         for (c=0; c<nfiles; c++) free(fn[c]);
 508         free(fn);
 509     } else mpileup(&mplp, argc - optind, argv + optind);
 510         if (mplp.rghash) bcf_str2id_thorough_destroy(mplp.rghash);
 511         free(mplp.reg); free(mplp.pl_list);
 512         if (mplp.fai) fai_destroy(mplp.fai);
 513         if (mplp.bed) bed_destroy(mplp.bed);
 514         return 0;
 515 }