bam_mcns.h

   1 #ifndef BAM_MCNS_H
   2 #define BAM_MCNS_H
   3
   4 #include "bam.h"
   5
   6 struct __mc_aux_t;
   7 typedef struct __mc_aux_t mc_aux_t;
   8
   9 #define MC_PTYPE_FULL  1
  10 #define MC_PTYPE_COND2 2
  11
  12 #ifdef __cplusplus
  13 extern "C" {
  14 #endif
  15
  16         mc_aux_t *mc_init(int n);
  17         void mc_init_prior(mc_aux_t *ma, int type, double theta);
  18         void mc_destroy(mc_aux_t *ma);
  19         double mc_freq0(int ref, int *n, const bam_pileup1_t **plp, mc_aux_t *ma, int *_ref, int *alt);
  20         double mc_freq_iter(double f0, mc_aux_t *ma);
  21         double mc_freq_post(mc_aux_t *ma);
  22         double mc_ref_prob(mc_aux_t *ma);
  23         int mc_call_gt(const mc_aux_t *ma, double f0, int k);
  24
  25 #ifdef __cplusplus
  26 }
  27 #endif
  28
  29 #endif