bam_mcns.h

   1 #ifndef BAM_MCNS_H
   2 #define BAM_MCNS_H
   3
   4 #include "bam.h"
   5
   6 struct __mc_aux_t;
   7 typedef struct __mc_aux_t mc_aux_t;
   8
   9 #ifdef __cplusplus
  10 extern "C" {
  11 #endif
  12
  13         mc_aux_t *mc_init(int n);
  14         void mc_destroy(mc_aux_t *ma);
  15         double mc_freq0(int ref, int *n, const bam_pileup1_t **plp, mc_aux_t *ma, int *_ref, int *alt);
  16         double mc_freq_iter(double f0, mc_aux_t *ma);
  17         double mc_freq_post(mc_aux_t *ma);
  18         double mc_ref_prob(mc_aux_t *ma);
  19         int mc_call_gt(const mc_aux_t *ma, double f0, int k);
  20
  21 #ifdef __cplusplus
  22 }
  23 #endif
  24
  25 #endif