bam_mcns.h

   1 #ifndef BAM_MCNS_H
   2 #define BAM_MCNS_H
   3
   4 #include "bam.h"
   5
   6 struct __mc_aux_t;
   7 typedef struct __mc_aux_t mc_aux_t;
   8
   9 typedef struct {
  10         // O(n)
  11         int ref, alt, alt2;
  12         double f_em, f_naive, f_nielsen;
  13         // O(n^2)
  14         double PD, p_ref, f_exp;
  15         // O(n^3)
  16         double f_map, p_map; // map=maximum a posterior
  17 } mc_rst_t;
  18
  19 #define MC_PTYPE_FULL  1
  20 #define MC_PTYPE_COND2 2
  21 #define MC_PTYPE_FLAT  3
  22
  23 #ifdef __cplusplus
  24 extern "C" {
  25 #endif
  26
  27         mc_aux_t *mc_init(int n);
  28         void mc_init_prior(mc_aux_t *ma, int type, double theta);
  29         void mc_destroy(mc_aux_t *ma);
  30         int mc_cal(int ref, int *n, const bam_pileup1_t **plp, mc_aux_t *ma, mc_rst_t *rst, int level);
  31         int mc_call_gt(const mc_aux_t *ma, double f0, int k);
  32         void mc_dump_afs(mc_aux_t *ma);
  33
  34 #ifdef __cplusplus
  35 }
  36 #endif
  37
  38 #endif