bam_mcns.c

   1 #include <math.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include "bam_mcns.h"
   4
   5 #define MC_MIN_QUAL 20
   6 #define MC_MAX_SUMQ 3000
   7 #define MC_MAX_SUMQP 1e-300
   8
   9 struct __mc_aux_t {
  10         int n, N;
  11         int ref, alt;
  12         double *q2p, *pdg; // pdg -> P(D|g)
  13         int *qsum, *bcnt;
  14 };
  15
  16 mc_aux_t *mc_init(int n) // FIXME: assuming diploid
  17 {
  18         mc_aux_t *ma;
  19         int i;
  20         ma = calloc(1, sizeof(mc_aux_t));
  21         ma->n = n; ma->N = 2 * n;
  22         ma->q2p = calloc(MC_MAX_SUMQ + 1, sizeof(double));
  23         ma->qsum = calloc(4 * ma->n, sizeof(int));
  24         ma->bcnt = calloc(4 * ma->n, sizeof(int));
  25         ma->pdg = calloc(3 * ma->n, sizeof(double));
  26         for (i = 0; i <= MC_MAX_SUMQ; ++i)
  27                 ma->q2p[i] = pow(10., -i / 10.);
  28         return ma;
  29 }
  30
  31 void mc_destroy(mc_aux_t *ma)
  32 {
  33         if (ma) {
  34                 free(ma->qsum); free(ma->bcnt);
  35                 free(ma->q2p); free(ma->pdg);
  36                 free(ma);
  37         }
  38 }
  39
  40 static void sum_err(int *n, const bam_pileup1_t **plp, mc_aux_t *ma)
  41 {
  42         int i, j;
  43         memset(ma->qsum, 0, sizeof(int) * 4 * ma->n);
  44         memset(ma->bcnt, 0, sizeof(int) * 4 * ma->n);
  45         for (j = 0; j < ma->n; ++j) {
  46                 int *qsum = ma->qsum + j * 4;
  47                 int *bcnt = ma->bcnt + j * 4;
  48                 for (i = 0; i < n[j]; ++i) {
  49                         const bam_pileup1_t *p = plp[j] + i;
  50                         int q, b;
  51                         if (p->is_del || (p->b->core.flag&BAM_FUNMAP)) continue;
  52                         q = bam1_qual(p->b)[p->qpos];
  53                         if (p->b->core.qual < q) q = p->b->core.qual;
  54                         if (q < MC_MIN_QUAL) continue; // small qual
  55                         b = bam_nt16_nt4_table[(int)bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos)];
  56                         if (b > 3) continue; // N
  57                         qsum[b] += q;
  58                         ++bcnt[b];
  59                 }
  60         }
  61 }
  62
  63 static void set_allele(int ref, mc_aux_t *ma)
  64 {
  65         int i, j, sum[4], tmp;
  66         sum[0] = sum[1] = sum[2] = sum[3] = 0;
  67         for (i = 0; i < ma->n; ++i)
  68                 for (j = 0; j < 4; ++j)
  69                         sum[j] += ma->qsum[i * 4 + j];
  70         for (j = 0; j < 4; ++j) sum[j] = sum[j]<<2 | j;
  71         for (i = 1; i < 4; ++i) // insertion sort
  72                 for (j = i; j > 0 && sum[j] < sum[j-1]; --j)
  73                         tmp = sum[j], sum[j] = sum[j-1], sum[j-1] = tmp;
  74         ma->ref = sum[3]&3; ma->alt = sum[2]&3;
  75         if (ref == ma->alt) tmp = ma->ref, ma->ref = ma->alt, ma->alt = tmp;
  76         // note that ma->ref might not be ref in case of triallele
  77 }
  78
  79 static void cal_pdg(mc_aux_t *ma)
  80 {
  81         int i, j;
  82         for (j = 0; j < ma->n; ++j) {
  83                 int pi[3], *qsum, *bcnt;
  84                 double *pdg = ma->pdg + j * 3;
  85                 qsum = ma->qsum + j * 4;
  86                 bcnt = ma->bcnt + j * 4;
  87                 pi[1] = 3 * (bcnt[ma->ref] + bcnt[ma->alt]);
  88                 pi[0] = qsum[ma->alt];
  89                 pi[2] = qsum[ma->ref];
  90                 for (i = 0; i < 3; ++i)
  91                         pdg[i] = pi[i] < MC_MAX_SUMQ? MC_MAX_SUMQP : ma->q2p[pi[i]];
  92         }
  93 }
  94
  95 double mc_freq0(int ref, int *n, const bam_pileup1_t **plp, mc_aux_t *ma, int *_ref, int *alt)
  96 {
  97         int i, acnt[4], j;
  98         double f0;
  99         sum_err(n, plp, ma);
 100         set_allele(ref, ma);
 101         cal_pdg(ma);
 102         acnt[0] = acnt[1] = acnt[2] = acnt[3] = 0;
 103         for (i = 0; i < ma->n; ++i)
 104                 for (j = 0; j < 4; ++j)
 105                         acnt[j] += ma->bcnt[i * 4 + j];
 106         f0 = acnt[ma->ref] + acnt[ma->alt] == 0? -1.
 107                 : (double)acnt[ref] / (acnt[ma->ref] + acnt[ma->alt]);
 108         *_ref = ma->ref; *alt = ma->alt;
 109         return f0;
 110 }
 111
 112 double mc_freq_iter(double f0, mc_aux_t *ma)
 113 {
 114         double f, f3[3];
 115         int i, j;
 116         f3[0] = f0*f0; f3[1] = 2.*f0*(1.-f0); f3[2] = (1.-f0)*(1.-f0);
 117         for (i = 0, f = 0.; i < ma->n; ++i) {
 118                 double up, dn, *pdg;
 119                 pdg = ma->pdg + i * 3;
 120                 for (j = 1, up = 0.; j < 3; ++j)
 121                         up += j * pdg[j] * f3[j];
 122                 for (j = 0, dn = 0.; j < 3; ++j)
 123                         dn += pdg[j] * f3[j];
 124                 f += up / dn;
 125         }
 126         return f;
 127 }