bam_maqcns.h

   1 #ifndef BAM_MAQCNS_H
   2 #define BAM_MAQCNS_H
   3
   4 #include "glf.h"
   5
   6 struct __bmc_aux_t;
   7
   8 typedef struct {
   9         float het_rate, theta;
  10         int n_hap;
  11
  12         float eta, q_r;
  13         double *fk, *coef;
  14         double *lhet;
  15         struct __bmc_aux_t *aux;
  16 } bam_maqcns_t;
  17
  18 typedef struct {
  19         int mm_penalty, indel_err, ambi_thres;
  20 } bam_maqindel_opt_t;
  21
  22 typedef struct {
  23         int indel1, indel2;
  24         int cnt1, cnt2, cnt_ambi, cnt_anti;
  25         char *s1, *s2;
  26 } bam_maqindel_ret_t;
  27
  28 #ifdef __cplusplus
  29 extern "C" {
  30 #endif
  31
  32         bam_maqcns_t *bam_maqcns_init();
  33         void bam_maqcns_prepare(bam_maqcns_t *bm);
  34         void bam_maqcns_destroy(bam_maqcns_t *bm);
  35         glf1_t *bam_maqcns_glfgen(int n, const bam_pileup1_t *pl, uint8_t ref_base, bam_maqcns_t *bm);
  36         uint32_t bam_maqcns_call(int n, const bam_pileup1_t *pl, bam_maqcns_t *bm);
  37         // return: cns<<28 | cns2<<24 | mapQ<<16 | cnsQ<<8 | cnsQ2
  38         uint32_t glf2cns(const glf1_t *g, int q_r);
  39
  40         bam_maqindel_opt_t *bam_maqindel_opt_init();
  41         bam_maqindel_ret_t *bam_maqindel(int n, int pos, const bam_maqindel_opt_t *mi, const bam_pileup1_t *pl, const char *ref);
  42         void bam_maqindel_ret_destroy(bam_maqindel_ret_t*);
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 }
  46 #endif
  47
  48 #endif