bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 KHASH_MAP_INIT_INT(aux, uint8_t*)
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   6
   7 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
   8 {
   9         if (header->hash == 0) {
  10                 int ret, i;
  11                 khiter_t iter;
  12                 khash_t(s) *h;
  13                 header->hash = h = kh_init(s);
  14                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  15                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  16                         kh_value(h, iter) = i;
  17                 }
  18         }
  19 }
  20
  21 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  22 {
  23         if (header->hash)
  24                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  25 }
  26
  27 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  28 {
  29         khint_t k;
  30         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  31         k = kh_get(s, h, seq_name);
  32         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  33 }
  34
  35 void bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
  36 {
  37         char *s, *p;
  38         int i, l, k;
  39         khiter_t iter;
  40         khash_t(s) *h;
  41
  42         bam_init_header_hash(header);
  43         h = (khash_t(s)*)header->hash;
  44
  45         l = strlen(str);
  46         p = s = (char*)malloc(l+1);
  47         /* squeeze out "," */
  48         for (i = k = 0; i != l; ++i)
  49                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
  50         s[k] = 0;
  51         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
  52         s[i] = 0;
  53         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
  54         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
  55                 *ref_id = -1; free(s);
  56                 return;
  57         }
  58         *ref_id = kh_value(h, iter);
  59         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
  60                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
  61                 return;
  62         }
  63         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
  64         *begin = atoi(p);
  65         if (i < k) {
  66                 p = s + i + 1;
  67                 *end = atoi(p);
  68         } else *end = 1<<29;
  69         if (*begin > 0) --*begin;
  70         assert(*begin <= *end);
  71         free(s);
  72 }
  73
  74 void bam_aux_init(bam1_t *b)
  75 {
  76         khash_t(aux) *h;
  77         uint8_t *s;
  78         if (b->hash == 0) {
  79                 h = kh_init(aux);
  80                 b->hash = h;
  81         } else {
  82                 h = (khash_t(aux)*)b->hash;
  83                 kh_clear(aux, h);
  84         }
  85         s = bam1_aux(b);
  86         while (s < b->data + b->data_len) {
  87                 uint32_t x = (uint32_t)s[0]<<8 | s[1];
  88                 int ret, type;
  89                 khint_t k;
  90                 s += 2; type = toupper(*s); ++s;
  91                 k = kh_put(aux, h, x, &ret);
  92                 kh_value(h, k) = s;
  93                 if (type == 'C') ++s;
  94                 else if (type == 'S') s += 2;
  95                 else if (type == 'I') s += 4;
  96                 else if (type == 'F') s += 4;
  97                 else if (type == 'Z') { while (*s) putchar(*s++); ++s; }
  98         }
  99 }
 100 void bam_aux_destroy(bam1_t *b)
 101 {
 102         khash_t(aux) *h = (khash_t(aux)*)b->hash;
 103         kh_destroy(aux, h);
 104         b->hash = 0;
 105 }
 106 static uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
 107 {
 108         uint32_t x = (uint32_t)tag[0]<<8 | tag[1];
 109         khint_t k;
 110         khash_t(aux) *h;
 111         if (b->hash == 0) bam_aux_init(b);
 112         h = (khash_t(aux)*)b->hash;
 113         k = kh_get(aux, h, x);
 114         if (k == kh_end(h)) return 0;
 115         return kh_value(h, k);
 116 }
 117 int32_t bam_aux_geti(bam1_t *b, const char tag[2], int *err)
 118 {
 119         int type;
 120         uint8_t *s = bam_aux_get_core(b, tag);
 121         *err = 0;
 122         if (s == 0) { *err = -1; return 0; }
 123         type = *s++;
 124         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 125         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 126         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 127         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 128         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 129         else { *err = -2; return 0; }
 130 }
 131 float bam_aux_getf(bam1_t *b, const char tag[2], int *err)
 132 {
 133         int type;
 134         uint8_t *s = bam_aux_get_core(b, tag);
 135         *err = 0;
 136         type = *s++;
 137         if (s == 0) { *err = -1; return 0; }
 138         if (type == 'f') return *(float*)s;
 139         else { *err = -2; return 0; }
 140 }
 141 char bam_aux_getc(bam1_t *b, const char tag[2], int *err)
 142 {
 143         int type;
 144         uint8_t *s = bam_aux_get_core(b, tag);
 145         *err = 0;
 146         type = *s++;
 147         if (s == 0) { *err = -1; return 0; }
 148         if (type == 'c') return *(char*)s;
 149         else { *err = -2; return 0; }
 150 }
 151 char *bam_aux_getZH(bam1_t *b, const char tag[2], int *err)
 152 {
 153         int type;
 154         uint8_t *s = bam_aux_get_core(b, tag);
 155         *err = 0;
 156         type = *s++;
 157         if (s == 0) { *err = -1; return 0; }
 158         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 159         else { *err = -2; return 0; }
 160 }