bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 typedef char *str_p;
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   6 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
   7
   8 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
   9 {
  10         int ori_len = b->data_len;
  11         b->data_len += 3 + len;
  12         b->l_aux += 3 + len;
  13         if (b->m_data < b->data_len) {
  14                 b->m_data = b->data_len;
  15                 kroundup32(b->m_data);
  16                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  17         }
  18         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  19         b->data[ori_len + 2] = type;
  20         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  21 }
  22
  23 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
  24 {
  25         return bam_aux_get(b, tag);
  26 }
  27
  28 #define __skip_tag(s) do { \
  29                 int type = toupper(*(s));                                                                               \
  30                 ++(s);                                                                                                                  \
  31                 if (type == 'C' || type == 'A') ++(s);                                                  \
  32                 else if (type == 'S') (s) += 2;                                                                 \
  33                 else if (type == 'I' || type == 'F') (s) += 4;                                  \
  34                 else if (type == 'D') (s) += 8;                                                                 \
  35                 else if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
  36         } while (0)
  37
  38 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
  39 {
  40         uint8_t *s;
  41         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  42         s = bam1_aux(b);
  43         while (s < b->data + b->data_len) {
  44                 int x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  45                 printf("%c%c\n", s[0], s[1]);
  46                 s += 2;
  47                 if (x == y) return s;
  48                 __skip_tag(s);
  49         }
  50         return 0;
  51 }
  52 // s MUST BE returned by bam_aux_get()
  53 int bam_aux_del(bam1_t *b, uint8_t *s)
  54 {
  55         uint8_t *p, *aux;
  56         aux = bam1_aux(b);
  57         p = s - 2;
  58         __skip_tag(s);
  59         memmove(p, s, b->l_aux - (s - aux));
  60         b->data_len -= s - p;
  61         b->l_aux -= s - p;
  62         return 0;
  63 }
  64
  65 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  66 {
  67         if (header->hash == 0) {
  68                 int ret, i;
  69                 khiter_t iter;
  70                 khash_t(s) *h;
  71                 header->hash = h = kh_init(s);
  72                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  73                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  74                         kh_value(h, iter) = i;
  75                 }
  76         }
  77 }
  78
  79 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  80 {
  81         if (header->hash)
  82                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  83 }
  84
  85 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  86 {
  87         khint_t k;
  88         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  89         k = kh_get(s, h, seq_name);
  90         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  91 }
  92
  93 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
  94 {
  95         char *s, *p;
  96         int i, l, k;
  97         khiter_t iter;
  98         khash_t(s) *h;
  99
 100         bam_init_header_hash(header);
 101         h = (khash_t(s)*)header->hash;
 102
 103         l = strlen(str);
 104         p = s = (char*)malloc(l+1);
 105         /* squeeze out "," */
 106         for (i = k = 0; i != l; ++i)
 107                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
 108         s[k] = 0;
 109         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
 110         s[i] = 0;
 111         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
 112         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
 113                 *ref_id = -1; free(s);
 114                 return -1;
 115         }
 116         *ref_id = kh_value(h, iter);
 117         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
 118                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
 119                 return -1;
 120         }
 121         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
 122         *begin = atoi(p);
 123         if (i < k) {
 124                 p = s + i + 1;
 125                 *end = atoi(p);
 126         } else *end = 1<<29;
 127         if (*begin > 0) --*begin;
 128         free(s);
 129         if (*begin > *end) {
 130                 fprintf(stderr, "[bam_parse_region] invalid region.\n");
 131                 return -1;
 132         }
 133         return 0;
 134 }
 135
 136 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 137 {
 138         int type;
 139         if (s == 0) return 0;
 140         type = *s++;
 141         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 142         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 143         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 144         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 145         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 146         else return 0;
 147 }
 148
 149 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 150 {
 151         int type;
 152         type = *s++;
 153         if (s == 0) return 0.0;
 154         if (type == 'f') return *(float*)s;
 155         else return 0.0;
 156 }
 157
 158 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 159 {
 160         int type;
 161         type = *s++;
 162         if (s == 0) return 0.0;
 163         if (type == 'd') return *(double*)s;
 164         else return 0.0;
 165 }
 166
 167 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 168 {
 169         int type;
 170         type = *s++;
 171         if (s == 0) return 0;
 172         if (type == 'A') return *(char*)s;
 173         else return 0;
 174 }
 175
 176 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 177 {
 178         int type;
 179         type = *s++;
 180         if (s == 0) return 0;
 181         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 182         else return 0;
 183 }
 184
 185 /******************
 186  * rg2lib related *
 187  ******************/
 188
 189 int bam_strmap_put(void *rg2lib, const char *rg, const char *lib)
 190 {
 191         int ret;
 192         khint_t k;
 193         khash_t(r2l) *h = (khash_t(r2l)*)rg2lib;
 194         char *key;
 195         if (h == 0) return 1;
 196         key = strdup(rg);
 197         k = kh_put(r2l, h, key, &ret);
 198         if (ret) kh_val(h, k) = strdup(lib);
 199         else {
 200                 fprintf(stderr, "[bam_rg2lib_put] duplicated @RG ID: %s\n", rg);
 201                 free(key);
 202         }
 203         return 0;
 204 }
 205
 206 const char *bam_strmap_get(const void *rg2lib, const char *rg)
 207 {
 208         const khash_t(r2l) *h = (const khash_t(r2l)*)rg2lib;
 209         khint_t k;
 210         if (h == 0) return 0;
 211         k = kh_get(r2l, h, rg);
 212         if (k != kh_end(h)) return (const char*)kh_val(h, k);
 213         else return 0;
 214 }
 215
 216 void *bam_strmap_dup(const void *rg2lib)
 217 {
 218         const khash_t(r2l) *h = (const khash_t(r2l)*)rg2lib;
 219         khash_t(r2l) *g;
 220         khint_t k, l;
 221         int ret;
 222         if (h == 0) return 0;
 223         g = kh_init(r2l);
 224         for (k = kh_begin(h); k < kh_end(h); ++k) {
 225                 if (kh_exist(h, k)) {
 226                         char *key = strdup(kh_key(h, k));
 227                         l = kh_put(r2l, g, key, &ret);
 228                         kh_val(g, l) = strdup(kh_val(h, k));
 229                 }
 230         }
 231         return g;
 232 }
 233
 234 void *bam_strmap_init()
 235 {
 236         return (void*)kh_init(r2l);
 237 }
 238
 239 void bam_strmap_destroy(void *rg2lib)
 240 {
 241         khash_t(r2l) *h = (khash_t(r2l)*)rg2lib;
 242         khint_t k;
 243         if (h == 0) return;
 244         for (k = kh_begin(h); k < kh_end(h); ++k) {
 245                 if (kh_exist(h, k)) {
 246                         free((char*)kh_key(h, k)); free(kh_val(h, k));
 247                 }
 248         }
 249         kh_destroy(r2l, h);
 250 }