bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   5
   6 uint8_t *bam_aux_get(bam1_t *b, const char tag[2])
   7 {
   8         uint8_t *s;
   9         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  10         s = bam1_aux(b);
  11         while (s < b->data + b->data_len) {
  12                 int type, x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  13                 s += 2;
  14                 if (x == y) return s;
  15                 type = toupper(*s); ++s;
  16                 if (type == 'C') ++s;
  17                 else if (type == 'S') s += 2;
  18                 else if (type == 'I' || type == 'F') s += 4;
  19                 else if (type == 'D') s += 8;
  20                 else if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*s) putchar(*s++); ++s; }
  21         }
  22         return 0;
  23 }
  24
  25 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  26 {
  27         if (header->hash == 0) {
  28                 int ret, i;
  29                 khiter_t iter;
  30                 khash_t(s) *h;
  31                 header->hash = h = kh_init(s);
  32                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  33                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  34                         kh_value(h, iter) = i;
  35                 }
  36         }
  37 }
  38
  39 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  40 {
  41         if (header->hash)
  42                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  43 }
  44
  45 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  46 {
  47         khint_t k;
  48         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  49         k = kh_get(s, h, seq_name);
  50         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  51 }
  52
  53 void bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
  54 {
  55         char *s, *p;
  56         int i, l, k;
  57         khiter_t iter;
  58         khash_t(s) *h;
  59
  60         bam_init_header_hash(header);
  61         h = (khash_t(s)*)header->hash;
  62
  63         l = strlen(str);
  64         p = s = (char*)malloc(l+1);
  65         /* squeeze out "," */
  66         for (i = k = 0; i != l; ++i)
  67                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
  68         s[k] = 0;
  69         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
  70         s[i] = 0;
  71         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
  72         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
  73                 *ref_id = -1; free(s);
  74                 return;
  75         }
  76         *ref_id = kh_value(h, iter);
  77         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
  78                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
  79                 return;
  80         }
  81         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
  82         *begin = atoi(p);
  83         if (i < k) {
  84                 p = s + i + 1;
  85                 *end = atoi(p);
  86         } else *end = 1<<29;
  87         if (*begin > 0) --*begin;
  88         assert(*begin <= *end);
  89         free(s);
  90 }
  91
  92 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
  93 {
  94         int type;
  95         if (s == 0) return 0;
  96         type = *s++;
  97         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
  98         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
  99         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 100         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 101         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 102         else return 0;
 103 }
 104
 105 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 106 {
 107         int type;
 108         type = *s++;
 109         if (s == 0) return 0.0;
 110         if (type == 'f') return *(float*)s;
 111         else return 0.0;
 112 }
 113
 114 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 115 {
 116         int type;
 117         type = *s++;
 118         if (s == 0) return 0.0;
 119         if (type == 'd') return *(double*)s;
 120         else return 0.0;
 121 }
 122
 123 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 124 {
 125         int type;
 126         type = *s++;
 127         if (s == 0) return 0;
 128         if (type == 'A') return *(char*)s;
 129         else return 0;
 130 }
 131
 132 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 133 {
 134         int type;
 135         type = *s++;
 136         if (s == 0) return 0;
 137         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 138         else return 0;
 139 }