bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   5
   6 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
   7 {
   8         int ori_len = b->data_len;
   9         b->data_len += 3 + len;
  10         b->l_aux += 3 + len;
  11         if (b->m_data < b->data_len) {
  12                 b->m_data = b->data_len;
  13                 kroundup32(b->m_data);
  14                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  15         }
  16         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  17         b->data[ori_len + 2] = type;
  18         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  19 }
  20
  21 uint8_t *bam_aux_get(bam1_t *b, const char tag[2])
  22 {
  23         uint8_t *s;
  24         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  25         s = bam1_aux(b);
  26         while (s < b->data + b->data_len) {
  27                 int type, x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  28                 s += 2;
  29                 if (x == y) return s;
  30                 type = toupper(*s); ++s;
  31                 if (type == 'C') ++s;
  32                 else if (type == 'S') s += 2;
  33                 else if (type == 'I' || type == 'F') s += 4;
  34                 else if (type == 'D') s += 8;
  35                 else if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*s) putchar(*s++); ++s; }
  36         }
  37         return 0;
  38 }
  39
  40 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  41 {
  42         if (header->hash == 0) {
  43                 int ret, i;
  44                 khiter_t iter;
  45                 khash_t(s) *h;
  46                 header->hash = h = kh_init(s);
  47                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  48                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  49                         kh_value(h, iter) = i;
  50                 }
  51         }
  52 }
  53
  54 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  55 {
  56         if (header->hash)
  57                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  58 }
  59
  60 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  61 {
  62         khint_t k;
  63         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  64         k = kh_get(s, h, seq_name);
  65         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  66 }
  67
  68 void bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
  69 {
  70         char *s, *p;
  71         int i, l, k;
  72         khiter_t iter;
  73         khash_t(s) *h;
  74
  75         bam_init_header_hash(header);
  76         h = (khash_t(s)*)header->hash;
  77
  78         l = strlen(str);
  79         p = s = (char*)malloc(l+1);
  80         /* squeeze out "," */
  81         for (i = k = 0; i != l; ++i)
  82                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
  83         s[k] = 0;
  84         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
  85         s[i] = 0;
  86         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
  87         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
  88                 *ref_id = -1; free(s);
  89                 return;
  90         }
  91         *ref_id = kh_value(h, iter);
  92         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
  93                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
  94                 return;
  95         }
  96         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
  97         *begin = atoi(p);
  98         if (i < k) {
  99                 p = s + i + 1;
 100                 *end = atoi(p);
 101         } else *end = 1<<29;
 102         if (*begin > 0) --*begin;
 103         assert(*begin <= *end);
 104         free(s);
 105 }
 106
 107 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 108 {
 109         int type;
 110         if (s == 0) return 0;
 111         type = *s++;
 112         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 113         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 114         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 115         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 116         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 117         else return 0;
 118 }
 119
 120 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 121 {
 122         int type;
 123         type = *s++;
 124         if (s == 0) return 0.0;
 125         if (type == 'f') return *(float*)s;
 126         else return 0.0;
 127 }
 128
 129 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 130 {
 131         int type;
 132         type = *s++;
 133         if (s == 0) return 0.0;
 134         if (type == 'd') return *(double*)s;
 135         else return 0.0;
 136 }
 137
 138 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 139 {
 140         int type;
 141         type = *s++;
 142         if (s == 0) return 0;
 143         if (type == 'A') return *(char*)s;
 144         else return 0;
 145 }
 146
 147 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 148 {
 149         int type;
 150         type = *s++;
 151         if (s == 0) return 0;
 152         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 153         else return 0;
 154 }
 155
 156 char bam_aux_getCSi(bam1_t *b, int i)
 157 {
 158         uint8_t *c = bam_aux_get(b, "CS");
 159         char *cs = NULL;
 160
 161         // return the base if the tag was not found
 162         if(0 == c) return 0;
 163
 164         cs = bam_aux2Z(c);
 165         // adjust for strandedness and leading adaptor
 166         if(bam1_strand(b)) i = strlen(cs) - 1 - i;
 167         else i++;
 168         return cs[i];
 169 }
 170
 171 char bam_aux_getCQi(bam1_t *b, int i)
 172 {
 173         uint8_t *c = bam_aux_get(b, "CQ");
 174         char *cq = NULL;
 175
 176         // return the base if the tag was not found
 177         if(0 == c) return 0;
 178
 179         cq = bam_aux2Z(c);
 180         // adjust for strandedness
 181         if(bam1_strand(b)) i = strlen(cq) - 1 - i;
 182         return cq[i];
 183 }
 184
 185 char bam_aux_nt2int(char a)
 186 {
 187         switch(toupper(a)) {
 188                 case 'A':
 189                         return 0;
 190                         break;
 191                 case 'C':
 192                         return 1;
 193                         break;
 194                 case 'G':
 195                         return 2;
 196                         break;
 197                 case 'T':
 198                         return 3;
 199                         break;
 200                 default:
 201                         return 4;
 202                         break;
 203         }
 204 }
 205
 206 char bam_aux_ntnt2cs(char a, char b)
 207 {
 208         a = bam_aux_nt2int(a);
 209         b = bam_aux_nt2int(b);
 210         if(4 == a || 4 == b) return '4';
 211         return "0123"[(int)(a ^ b)];
 212 }
 213
 214 char bam_aux_getCEi(bam1_t *b, int i)
 215 {
 216         int cs_i;
 217         uint8_t *c = bam_aux_get(b, "CS");
 218         char *cs = NULL;
 219         char prev_b, cur_b;
 220         char cur_color, cor_color;
 221
 222         // return the base if the tag was not found
 223         if(0 == c) return 0;
 224
 225         cs = bam_aux2Z(c);
 226
 227         // adjust for strandedness and leading adaptor
 228         if(bam1_strand(b)) { //reverse strand
 229                 cs_i = strlen(cs) - 1 - i;
 230                 // get current color
 231                 cur_color = cs[cs_i];
 232                 // get previous base
 233                 prev_b = (0 == cs_i) ? cs[0] : bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i+1)];
 234                 // get current base
 235                 cur_b = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i)];
 236         }
 237         else {
 238                 cs_i=i+1;
 239                 // get current color
 240                 cur_color = cs[cs_i];
 241                 // get previous base
 242                 prev_b = (0 == i) ? cs[0] : bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i-1)];
 243                 // get current base
 244                 cur_b = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i)];
 245         }
 246
 247         // corrected color
 248         cor_color = bam_aux_ntnt2cs(prev_b, cur_b);
 249
 250         if(cur_color == cor_color) {
 251                 return '-';
 252         }
 253         else {
 254                 return cur_color;
 255         }
 256 }