bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "errmod.h"
   6 #include "bcftools/bcf.h"
   7
   8 #define BAM2BCF_INDELREG_THRES 13
   9
  10 typedef struct __bcf_callaux_t {
  11         int max_bases, capQ, min_baseQ;
  12         int openQ, extQ, tandemQ;
  13         // for internal uses
  14         uint16_t *bases;
  15         errmod_t *e;
  16 } bcf_callaux_t;
  17
  18 typedef struct {
  19         int depth, indelreg;
  20         float ins_len, del_len;
  21         int qsum[4];
  22         int anno[16];
  23         float p[25];
  24 } bcf_callret1_t;
  25
  26 typedef struct {
  27         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  28         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  29         int indelreg;
  30         float ins_len, del_len;
  31         int depth, anno[16];
  32         uint8_t *PL;
  33 } bcf_call_t;
  34
  35 #ifdef __cplusplus
  36 extern "C" {
  37 #endif
  38
  39         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  40         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  41         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base /*4-bit*/, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  42         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  43         int bcf_call_combine_gap(int n, const bcf_callret1_t *calls, bcf_call_t *call);
  44         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b, bcf_callret1_t *bcr, int is_SP);
  45         int bcf_call_glfgen_gap(int pos, int _n, const bam_pileup1_t *pl, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  46
  47 #ifdef __cplusplus
  48 }
  49 #endif
  50
  51 #endif