bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "bcftools/bcf.h"
   6
   7 struct __bcf_callaux_t;
   8 typedef struct __bcf_callaux_t bcf_callaux_t;
   9
  10 typedef struct {
  11         int depth, d[4];
  12         int dsum[2], d2sum[2];
  13         uint64_t sum_Q2;
  14         float p[25], esum[5];
  15 } bcf_callret1_t;
  16
  17 typedef struct {
  18         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  19         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  20         int d[4], depth, rmsQ;
  21         double davg[2], dstd[2];
  22         uint8_t *PL;
  23 } bcf_call_t;
  24
  25 #ifdef __cplusplus
  26 extern "C" {
  27 #endif
  28
  29         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  30         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  31         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base /*4-bit*/, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  32         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  33         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b);
  34
  35 #ifdef __cplusplus
  36 }
  37 #endif
  38
  39 #endif