bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "errmod.h"
   6 #include "bcftools/bcf.h"
   7
   8 #define B2B_INDEL_NULL 10000
   9 #define B2B_MAX_MNP    4 // cannot be larger than 4!!!
  10 #define B2B_MNP_WIN    10
  11 #define B2B_REF_INDEL  (-1)
  12 #define B2B_REF_MNP    (-2)
  13
  14 typedef struct __bcf_callaux_t {
  15         int capQ, min_baseQ;
  16         int openQ, extQ, tandemQ;
  17         // for internal uses
  18         int max_bases;
  19         int indel_types[4];
  20         int maxins, indelreg, last_mnp_pos;
  21         char *inscns;
  22         uint16_t *bases;
  23         errmod_t *e;
  24         void *rghash;
  25 } bcf_callaux_t;
  26
  27 typedef struct {
  28         int depth, ori_depth, qsum[4];
  29         int anno[16];
  30         float p[25];
  31 } bcf_callret1_t;
  32
  33 typedef struct {
  34         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  35         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen; // ori_ref can be B2B_REF_INDEL/B2B_REF_MNP
  36         int anno[16], depth, ori_depth;
  37         uint8_t *PL;
  38 } bcf_call_t;
  39
  40 #ifdef __cplusplus
  41 extern "C" {
  42 #endif
  43
  44         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  45         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  46         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  47         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  48         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b, bcf_callret1_t *bcr, int is_SP,
  49                                          const bcf_callaux_t *bca, const char *ref);
  50         int bcf_call_gap_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref,
  51                                                   const void *rghash);
  52         int bcf_call_mnp_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref);
  53
  54 #ifdef __cplusplus
  55 }
  56 #endif
  57
  58 #endif