bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "errmod.h"
   6 #include "bcftools/bcf.h"
   7
   8 #define B2B_INDEL_NULL 10000
   9
  10 #define B2B_FMT_DP 0x1
  11 #define B2B_FMT_SP 0x2
  12 #define B2B_FMT_DV 0x4
  13
  14 typedef struct __bcf_callaux_t {
  15         int capQ, min_baseQ;
  16         int openQ, extQ, tandemQ; // for indels
  17         int min_support; // for collecting indel candidates
  18         double min_frac; // for collecting indel candidates
  19         // for internal uses
  20         int max_bases;
  21         int indel_types[4];
  22         int maxins, indelreg;
  23         char *inscns;
  24         uint16_t *bases;
  25         errmod_t *e;
  26         void *rghash;
  27 } bcf_callaux_t;
  28
  29 typedef struct {
  30         int depth, n_supp, ori_depth, qsum[4];
  31         int anno[16];
  32         float p[25];
  33     int mvd[3]; // mean variant distance, number of variant reads, average read length
  34 } bcf_callret1_t;
  35
  36 typedef struct {
  37         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  38         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  39         int n_supp; // number of supporting non-reference reads
  40         int anno[16], depth, ori_depth;
  41         uint8_t *PL;
  42     float vdb; // variant distance bias
  43 } bcf_call_t;
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  50         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  51         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  52         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  53         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b, bcf_callret1_t *bcr, int fmt_flag,
  54                                          const bcf_callaux_t *bca, const char *ref);
  55         int bcf_call_gap_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref,
  56                                                   const void *rghash);
  57
  58 #ifdef __cplusplus
  59 }
  60 #endif
  61
  62 #endif