NEWS

   1 Beta Release 0.1.3 (XX April, 2009)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes in SAMtools:
   5
   6  * SAMtools is more consistent with the specification: a) '*' in the
   7    QUAL field is allowed; b) the field separator is TAB only and SPACE
   8    is treated as a character in a field; c) empty header is allowed.
   9
  10  * Implemented GLFv3 support in pileup.
  11
  12  * Fixed a severe bug in fixmate: strand information is wrongly
  13    overwritten.
  14
  15  * Fixed a bug in alignment retrieval: alignments bridging n*16384bp are
  16    not correctly retrieved sometimes.
  17
  18  * Move indel_filter.pl to samtools.pl and improved the filtering by
  19    checking the actual number of alignments containing indels. The indel
  20    pileup line is also changed a little to make this filtration easier.
  21
  22  * Fixed a minor bug in indexing: the bin number of an unmapped read is
  23    wrongly calculated.
  24
  25  * Added `flagstat' command to show statistics on the FLAG field.
  26
  27  * Improved indel caller by setting the maximum window size in local
  28    realignment.
  29
  30 Changes in other utilities:
  31
  32  * Fixed a bug in maq2sam: a tag name is obsolete.
  33
  34  * Improvement to wgsim: a) added support for SOLiD read simulation; b)
  35    show the number of substitutions/indels/errors in read name; c)
  36    considerable code clean up.
  37
  38  * Various converters: improved functionality in general.
  39
  40 (0.1.3: XX April 2009, rXXX)
  41
  42
  43
  44 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
  45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  46
  47 Notable changes in SAMtools:
  48
  49  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
  50    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
  51    caller. The pileup format is also changed accordingly.
  52
  53  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
  54    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
  55    correctly set.
  56
  57  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
  58    related flags from a name-sorted alignment.
  59
  60  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
  61
  62  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
  63
  64  * Generate GLFv2 from pileup.
  65
  66  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
  67    failure.
  68
  69  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
  70    work.
  71
  72  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
  73    have problem to compile it.
  74
  75  * Fixed a bug in import command when there are reads without
  76    coordinates.
  77
  78  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
  79
  80  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
  81
  82  * Fixed a bug in merge command.
  83
  84 Changes in other utilities:
  85
  86  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
  87    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
  88    longer indels.
  89
  90  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
  91    alignment on reads generated by wgsim.
  92
  93  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
  94    work properly when multiple hits are output.
  95
  96  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
  97    be retained when multiple hits are present.
  98
  99  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
 100
 101  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
 102
 103  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
 104    indel are not properly handled, though.
 105
 106  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
 107    default Illumina output.
 108
 109 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
 110
 111
 112
 113 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
 114 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 115
 116 The is the first public release of samtools. For more information,
 117 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
 118 http://samtools.sourceforge.net