NEWS

   1 Beta Release 0.1.4 (21 May, 2009)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes:
   5
   6  * Added the 'rmdupse' command: removing duplicates for SE reads.
   7
   8  * Fixed a critical bug in the indel caller: clipped alignments are not
   9    processed correctly.
  10
  11  * Fixed a bug in the tview: gapped alignment may be incorrectly
  12    displayed.
  13
  14  * Unified the interface to BAM and SAM I/O. This is done by
  15    implementing a wrapper on top of the old APIs and therefore old APIs
  16    are still valid. The new I/O APIs also recognize the @SQ header
  17    lines.
  18
  19  * Generate the MD tag.
  20
  21  * Generate "=" bases. However, the indel caller will not work when "="
  22    bases are present.
  23
  24  * Enhanced support of color-read display (by Nils Homer).
  25
  26  * Implemented the GNU building system. However, currently the building
  27    system does not generate libbam.a. We will improve this later. For
  28    the time being, `make -f Makefile.generic' is preferred.
  29
  30  * Fixed a minor bug in pileup: the first read in a chromosome may be
  31    skipped.
  32
  33  * Fixed bugs in bam_aux.c. These bugs do not affect other components as
  34    they were not used previously.
  35
  36  * Output the 'SM' tag from maq2sam.
  37
  38 (0.1.4: 21 May 2009, r297)
  39
  40
  41
  42 Beta Release 0.1.3 (15 April, 2009)
  43 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  44
  45 Notable changes in SAMtools:
  46
  47  * SAMtools is more consistent with the specification: a) '*' in the
  48    QUAL field is allowed; b) the field separator is TAB only and SPACE
  49    is treated as a character in a field; c) empty header is allowed.
  50
  51  * Implemented GLFv3 support in pileup.
  52
  53  * Fixed a severe bug in fixmate: strand information is wrongly
  54    overwritten.
  55
  56  * Fixed a bug in alignment retrieval: alignments bridging n*16384bp are
  57    not correctly retrieved sometimes.
  58
  59  * Fixed a bug in rmdup: segfault if unmapped reads are present.
  60
  61  * Move indel_filter.pl to samtools.pl and improved the filtering by
  62    checking the actual number of alignments containing indels. The indel
  63    pileup line is also changed a little to make this filtration easier.
  64
  65  * Fixed a minor bug in indexing: the bin number of an unmapped read is
  66    wrongly calculated.
  67
  68  * Added `flagstat' command to show statistics on the FLAG field.
  69
  70  * Improved indel caller by setting the maximum window size in local
  71    realignment.
  72
  73 Changes in other utilities:
  74
  75  * Fixed a bug in maq2sam: a tag name is obsolete.
  76
  77  * Improvement to wgsim: a) added support for SOLiD read simulation; b)
  78    show the number of substitutions/indels/errors in read name; c)
  79    considerable code clean up.
  80
  81  * Various converters: improved functionality in general.
  82
  83  * Updated the example SAM due to the previous bug in fixmate.
  84
  85 (0.1.3: 15 April 2009, r227)
  86
  87
  88
  89 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
  90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  91
  92 Notable changes in SAMtools:
  93
  94  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
  95    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
  96    caller. The pileup format is also changed accordingly.
  97
  98  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
  99    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
 100    correctly set.
 101
 102  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
 103    related flags from a name-sorted alignment.
 104
 105  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
 106
 107  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
 108
 109  * Generate GLFv2 from pileup.
 110
 111  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
 112    failure.
 113
 114  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
 115    work.
 116
 117  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
 118    have problem to compile it.
 119
 120  * Fixed a bug in import command when there are reads without
 121    coordinates.
 122
 123  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
 124
 125  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
 126
 127  * Fixed a bug in merge command.
 128
 129 Changes in other utilities:
 130
 131  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
 132    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
 133    longer indels.
 134
 135  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
 136    alignment on reads generated by wgsim.
 137
 138  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
 139    work properly when multiple hits are output.
 140
 141  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
 142    be retained when multiple hits are present.
 143
 144  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
 145
 146  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
 147
 148  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
 149    indel are not properly handled, though.
 150
 151  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
 152    default Illumina output.
 153
 154 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
 155
 156
 157
 158 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
 159 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 160
 161 The is the first public release of samtools. For more information,
 162 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
 163 http://samtools.sourceforge.net