Makefile.mingw

   1 CC=                     gcc.exe
   2 AR=                     ar.exe
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2
   4 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_CURSES_LIB=0 #-D_USE_KNETFILE
   5 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   6                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o
   7 AOBJS=          bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
   8                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
   9                         bamtk.o
  10 PROG=           samtools
  11 INCLUDES=       -Iwin32
  12 SUBDIRS=        .
  13 LIBPATH=
  14
  15 .SUFFIXES:.c .o
  16
  17 .c.o:
  18                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  19
  20 all:$(PROG)
  21
  22 lib:libbam.a
  23
  24 libbam.a:$(LOBJS)
  25                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  26
  27 samtools:lib $(AOBJS)
  28                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz
  29
  30 razip:razip.o razf.o
  31                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
  32
  33 bgzip:bgzip.o bgzf.o
  34                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
  35
  36 razip.o:razf.h
  37 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
  38 sam.o:sam.h bam.h
  39 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  40 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  41 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
  42 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  43 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  44 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  45 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
  46 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  47 bam_md.o:bam.h faidx.h
  48 glf.o:glf.h
  49
  50 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  51 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  52
  53 clean:
  54                 rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a