Makefile.am

   1 EXTRA_DIST = autogen.sh
   2 bin_PROGRAMS = bgzip samtools razip
   3 SUBDIRS = . misc
   4
   5 bgzip_SOURCES = bgzip.c bgzf.c
   6 bgzip_LDADD = -lm -lz
   7
   8 samtools_SOURCES = bamtk.c bam.c bam_aux.c bam_import.c bam_index.c \
   9                                    bam_lpileup.c bam_maqcns.c bam_mate.c bam_md.c bam_pileup.c \
  10                                    bam_plcmd.c bam_rmdup.c bam_sort.c bam_stat.c \
  11                                    bam_tview.c bgzf.c faidx.c glf.c kstring.c razf.c \
  12                                    bam.h bam_endian.h bam_maqcns.h bgzf.h faidx.h glf.h \
  13                                    khash.h kseq.h kstring.h ksort.h razf.h zutil.h
  14 samtools_LDADD = -lm -lz -lcurses
  15
  16 razip_SOURCES = razip.c razf.c
  17 razip_LDADD = -lm -lz
  18 dist_bin_SCRIPTS = bowtie2sam.pl export2sam.pl novo2sam.pl samtools.pl soap2sam.pl wgsim_eval.pl zoom2sam.pl
  19 bin_PROGRAMS = faidx maq2sam-short maq2sam-long md5fa md5sum-lite wgsim
  20
  21 faidx_SOURCES = ../faidx.c ../faidx.c
  22 #faidx_LDFLAGS = -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN
  23
  24 md5fa_SOURCES = md5.c md5.h md5fa.c ../kseq.h
  25 #md5fa_LDADD = -lz
  26
  27 md5sum_lite_SOURCES = md5.c md5.h
  28 #md5sum_lite_LDFLAGS = -DMD5SUM_MAIN
  29
  30 maq2sam_short_SOURCES = maq2sam.c
  31 #maq2sam_short_LDADD = -lz
  32
  33 maq2sam_long_SOURCES = maq2sam.c
  34 #maq2sam_long_LDADD = -lz
  35
  36 wgsim_SOURCES = wgsim.c
  37 wgsim_LDADD = -lm
  38
  39 faidx:../faidx.c ../faidx.h
  40         $(CC) $(CFLAGS) -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN -o $@ ../faidx.c
  41 md5fa:md5.o md5fa.o md5.h ../kseq.h
  42         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5.o md5fa.o -lz
  43 md5fa.o:md5.h md5fa.c
  44         $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ md5fa.c
  45 md5sum-lite:md5sum-lite.o
  46         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5sum-lite.o
  47 md5sum-lite.o:md5.c md5.h
  48         $(CC) -c $(CFLAGS) -DMD5SUM_MAIN -o $@ md5.c
  49 maq2sam-short:maq2sam-short.o
  50         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam-short.o -lz
  51 maq2sam-short.o:maq2sam.c
  52         $(CC) -c $(CFLAGS) -o $@ maq2sam.c
  53 maq2sam-long:maq2sam-long.o
  54         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam-long.o -lz
  55 maq2sam-long.o:maq2sam.c
  56         $(CC) -c $(CFLAGS) -DMAQ_LONGREADS -D_MAQ_LONGREADS -o $@ maq2sam.c