ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:53:14 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.3-24 (r296)
   8  * another similar bug in the indel caller
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:50:28 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  14    M /trunk/samtools/bamtk.c
  15
  16  * samtools-0.1.3-23 (r295)
  17  * fixed a critical bug in the indel caller
  18
  19 ------------------------------------------------------------------------
  20 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 13:00:20 +0100 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
  21 Changed paths:
  22    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  23
  24 added a missing header file
  25
  26 ------------------------------------------------------------------------
  27 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 23:44:25 +0100 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
  28 Changed paths:
  29    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  30    M /trunk/samtools/bamtk.c
  31
  32  * samtools-0.1.3-22 (r293)
  33  * open tview in the dot-view mode by default
  34
  35 ------------------------------------------------------------------------
  36 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 21:01:23 +0100 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
  37 Changed paths:
  38    M /trunk/samtools/samtools.1
  39
  40 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
  41 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
  42 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
  43 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
  44
  45
  46 ------------------------------------------------------------------------
  47 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 15:23:13 +0100 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
  48 Changed paths:
  49    M /trunk/samtools/bam.h
  50    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  51    M /trunk/samtools/bamtk.c
  52
  53  * samtools-0.1.3-21 (286)
  54  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
  55
  56 ------------------------------------------------------------------------
  57 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 10:07:55 +0100 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
  58 Changed paths:
  59    M /trunk/samtools/bam.h
  60    M /trunk/samtools/bam_index.c
  61    M /trunk/samtools/bamtk.c
  62
  63  * samtools-0.1.3-20 (r276)
  64  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
  65    make it work with the latest SVN.
  66  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
  67
  68 ------------------------------------------------------------------------
  69 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 21:14:10 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
  70 Changed paths:
  71    M /trunk/samtools/ChangeLog
  72    M /trunk/samtools/bam.h
  73    M /trunk/samtools/bamtk.c
  74
  75  * samtools-0.1.3-19 (r275)
  76  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
  77    backward compatibility with Bio::DB::Sam
  78
  79 ------------------------------------------------------------------------
  80 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
  81 Changed paths:
  82    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
  83    M /trunk/samtools/bamtk.c
  84
  85  * samtools-0.1.3-18 (r273)
  86  * rmdupse: do not remove unmapped reads
  87
  88 ------------------------------------------------------------------------
  89 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
  90 Changed paths:
  91    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
  92
  93 change a parameter. It does nothing
  94
  95 ------------------------------------------------------------------------
  96 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
  97 Changed paths:
  98    M /trunk/samtools/Makefile.am
  99    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 100    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 101    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 102    M /trunk/samtools/bamtk.c
 103    M /trunk/samtools/configure.ac
 104
 105  * samtools-0.1.3-17 (r271)
 106  * added 'rmdupse' command
 107
 108 ------------------------------------------------------------------------
 109 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 110 Changed paths:
 111    M /trunk/samtools/bamtk.c
 112    M /trunk/samtools/sam_view.c
 113
 114  * samtools-0.1.3-16 (r267)
 115  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
 116
 117 ------------------------------------------------------------------------
 118 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 119 Changed paths:
 120    M /trunk/samtools/bam_import.c
 121    M /trunk/samtools/bamtk.c
 122
 123  * samtools-0.1.3-15 (r266)
 124  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
 125
 126 ------------------------------------------------------------------------
 127 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 128 Changed paths:
 129    M /trunk/samtools/bam.h
 130    M /trunk/samtools/bam_import.c
 131    M /trunk/samtools/bamtk.c
 132    M /trunk/samtools/sam.c
 133    M /trunk/samtools/sam_view.c
 134
 135  * samtools-0.1.3-14 (r262)
 136  * make samopen() recognize @SQ header lines
 137
 138 ------------------------------------------------------------------------
 139 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 140 Changed paths:
 141    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 142    M /trunk/samtools/bamtk.c
 143    M /trunk/samtools/bgzf.c
 144    M /trunk/samtools/sam.c
 145    M /trunk/samtools/sam_view.c
 146
 147  * samtools-0.1.3-13 (r260)
 148  * report error for file I/O error
 149
 150 ------------------------------------------------------------------------
 151 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
 152 Changed paths:
 153    M /trunk/samtools/Makefile.am
 154
 155 update Makefile.am
 156
 157 ------------------------------------------------------------------------
 158 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 159 Changed paths:
 160    M /trunk/samtools/bam.h
 161    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 162    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 163    M /trunk/samtools/bamtk.c
 164    M /trunk/samtools/sam.c
 165    M /trunk/samtools/sam.h
 166
 167  * samtools-0.1.3-12 (r259)
 168  * use the new I/O interface in pileup
 169
 170 ------------------------------------------------------------------------
 171 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 172 Changed paths:
 173    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 174    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 175    M /trunk/samtools/bam.c
 176    M /trunk/samtools/bam.h
 177    M /trunk/samtools/bam_import.c
 178    M /trunk/samtools/bamtk.c
 179    A /trunk/samtools/sam.c
 180    A /trunk/samtools/sam.h
 181    A /trunk/samtools/sam_view.c
 182
 183  * samtools-0.1.3-11 (r258)
 184  * unify the interface to BAM and SAM I/O
 185
 186 ------------------------------------------------------------------------
 187 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 188 Changed paths:
 189    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 190    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 191    M /trunk/samtools/bamtk.c
 192
 193  * samtools-0.1.3-10 (r257)
 194  * allow hex with "pileup -m"
 195
 196 ------------------------------------------------------------------------
 197 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
 198 Changed paths:
 199    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 200    M /trunk/samtools/bamtk.c
 201
 202  * samtools-0.1.3-9 (r256)
 203  * fixed a bug in bam_lpileup.c
 204  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
 205
 206 ------------------------------------------------------------------------
 207 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
 208 Changed paths:
 209    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 210    M /trunk/samtools/bamtk.c
 211
 212  * samtools-0.1.3-8 (r251)
 213  * fixed a bug when there are reads without coordinates
 214
 215 ------------------------------------------------------------------------
 216 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 217 Changed paths:
 218    A /trunk/samtools/AUTHORS
 219    A /trunk/samtools/README
 220    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 221
 222 added missing files
 223
 224 ------------------------------------------------------------------------
 225 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 226 Changed paths:
 227    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 228    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 229    M /trunk/samtools/configure.ac
 230    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 231
 232 improve large file support in compilation
 233
 234 ------------------------------------------------------------------------
 235 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 236 Changed paths:
 237    M /trunk/samtools/INSTALL
 238
 239 update INSTALL
 240
 241 ------------------------------------------------------------------------
 242 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 243 Changed paths:
 244    M /trunk/samtools/Makefile.am
 245    M /trunk/samtools/autogen.sh
 246    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 247    M /trunk/samtools/configure.ac
 248    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 249
 250 fixed various issues about the GNU building scripts
 251
 252 ------------------------------------------------------------------------
 253 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
 254 Changed paths:
 255    M /trunk/samtools/ChangeLog
 256    D /trunk/samtools/Makefile
 257    A /trunk/samtools/Makefile.am
 258    A /trunk/samtools/Makefile.generic
 259    A /trunk/samtools/autogen.sh
 260    M /trunk/samtools/bam.h
 261    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 262    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 263    M /trunk/samtools/bamtk.c
 264    A /trunk/samtools/cleanup.sh
 265    A /trunk/samtools/configure.ac
 266    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 267    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
 268
 269  * samtools-0.1.3-7 (r246)
 270  * incorporated revisions from Nils Homer
 271  * enhanced support of displaying color-space reads
 272
 273 ------------------------------------------------------------------------
 274 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
 275 Changed paths:
 276    M /trunk/samtools/bam_md.c
 277    M /trunk/samtools/bamtk.c
 278
 279  * samtools-0.1.3-6 (r244)
 280  * fixed segfault for unmapped reads
 281
 282 ------------------------------------------------------------------------
 283 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 284 Changed paths:
 285    M /trunk/samtools/bam.h
 286    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 287    M /trunk/samtools/bam_md.c
 288    M /trunk/samtools/bamtk.c
 289
 290  * samtools-0.1.3-5 (r243)
 291  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
 292  * check MD
 293  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
 294
 295 ------------------------------------------------------------------------
 296 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
 297 Changed paths:
 298    M /trunk/samtools/bam_md.c
 299    M /trunk/samtools/bamtk.c
 300
 301  * samtools-0.1.3-4 (r242)
 302  * fixed a memory leak
 303
 304 ------------------------------------------------------------------------
 305 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 306 Changed paths:
 307    M /trunk/samtools/Makefile
 308    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 309    M /trunk/samtools/bam.h
 310    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 311    A /trunk/samtools/bam_md.c
 312    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 313    M /trunk/samtools/bamtk.c
 314
 315  * samtools-0.1.3-3 (r240)
 316  * generate MD tag
 317  * generate "=" bases
 318  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
 319
 320 ------------------------------------------------------------------------
 321 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 322 Changed paths:
 323    M /trunk/samtools/bam.h
 324    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 325    M /trunk/samtools/bamtk.c
 326
 327  * samtools-0.1.3-2 (r239)
 328  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
 329  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
 330  * added tagview for testing bam_aux
 331
 332 ------------------------------------------------------------------------
 333 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
 334 Changed paths:
 335    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 336    M /trunk/samtools/bamtk.c
 337
 338  * samtools-0.1.3-1
 339  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
 340
 341 ------------------------------------------------------------------------
 342 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
 343 Changed paths:
 344    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 345
 346 a missing file in Makefile.lite
 347
 348 ------------------------------------------------------------------------
 349 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 350 Changed paths:
 351    M /trunk/samtools/NEWS
 352    M /trunk/samtools/bamtk.c
 353
 354 Release samtools-0.1.3
 355
 356 ------------------------------------------------------------------------
 357 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 358 Changed paths:
 359    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 360    M /trunk/samtools/bamtk.c
 361
 362  * samtools-0.1.2-28
 363  * make samtools more robust to weird input such as empty file
 364
 365 ------------------------------------------------------------------------
 366 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 367 Changed paths:
 368    M /trunk/samtools/ChangeLog
 369    M /trunk/samtools/NEWS
 370    M /trunk/samtools/samtools.1
 371
 372 prepare for release 0.1.3
 373
 374 ------------------------------------------------------------------------
 375 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 376 Changed paths:
 377    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
 378
 379 convert NCBI-BLASTN to SAM
 380
 381 ------------------------------------------------------------------------
 382 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 383 Changed paths:
 384    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 385    M /trunk/samtools/bamtk.c
 386
 387  * samtools-0.1.2-27
 388  * fixed a small memory leak in tview
 389
 390 ------------------------------------------------------------------------
 391 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 392 Changed paths:
 393    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 394    M /trunk/samtools/bamtk.c
 395
 396  * samtools-0.1.2-26
 397  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
 398
 399 ------------------------------------------------------------------------
 400 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
 401 Changed paths:
 402    M /trunk/samtools/ChangeLog
 403    M /trunk/samtools/NEWS
 404
 405 proposed NEWS for the new release (have not yet)
 406
 407 ------------------------------------------------------------------------
 408 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 409 Changed paths:
 410    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 411
 412  * samtools.pl-0.1.1
 413  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
 414    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
 415
 416 ------------------------------------------------------------------------
 417 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 418 Changed paths:
 419    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 420    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 421    M /trunk/samtools/bamtk.c
 422    M /trunk/samtools/samtools.1
 423
 424  * samtools-0.1.2-25
 425  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
 426    containing indels
 427
 428 ------------------------------------------------------------------------
 429 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
 430 Changed paths:
 431    M /trunk/samtools/ChangeLog
 432
 433 update ChangeLog from "svn log"
 434
 435 ------------------------------------------------------------------------
 436 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
 437 Changed paths:
 438    M /trunk/samtools/bam.c
 439    M /trunk/samtools/bam_import.c
 440    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 441    M /trunk/samtools/bamtk.c
 442    M /trunk/samtools/kseq.h
 443
 444  * samtools-0.1.2-24
 445  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
 446  * allow empty header
 447
 448 ------------------------------------------------------------------------
 449 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 450 Changed paths:
 451    M /trunk/samtools/bam.c
 452    M /trunk/samtools/bam_import.c
 453    M /trunk/samtools/bamtk.c
 454
 455  * samtools-0.1.2-23
 456  * recognize '*' at the QUAL field
 457
 458 ------------------------------------------------------------------------
 459 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 460 Changed paths:
 461    M /trunk/samtools/bam_import.c
 462    M /trunk/samtools/bamtk.c
 463    M /trunk/samtools/kseq.h
 464
 465  * samtools-0.1.2-22
 466  * the field separater is TAB only, now
 467
 468 ------------------------------------------------------------------------
 469 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 470 Changed paths:
 471    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 472
 473  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
 474
 475 ------------------------------------------------------------------------
 476 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
 477 Changed paths:
 478    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 479    M /trunk/samtools/bamtk.c
 480    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 481
 482  * samtools-0.1.2-21
 483  * fixed a nasty bug in `fixmate'
 484
 485 ------------------------------------------------------------------------
 486 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 487 Changed paths:
 488    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 489    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 490    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 491
 492 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
 493
 494 ------------------------------------------------------------------------
 495 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 496 Changed paths:
 497    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 498    M /trunk/samtools/bamtk.c
 499
 500  * samtools-0.1.2-20
 501  * check if file is truncated in flagstat
 502
 503 ------------------------------------------------------------------------
 504 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 505 Changed paths:
 506    M /trunk/samtools/bamtk.c
 507
 508  * samtools-0.1.2-19
 509  * print the header if requested
 510
 511 ------------------------------------------------------------------------
 512 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
 513 Changed paths:
 514    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 515    M /trunk/samtools/bamtk.c
 516
 517  * samtools-0.1.2-18
 518  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
 519
 520 ------------------------------------------------------------------------
 521 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
 522 Changed paths:
 523    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
 524    D /trunk/samtools/Makefile.std
 525    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
 526    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
 527
 528 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
 529
 530 ------------------------------------------------------------------------
 531 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 532 Changed paths:
 533    D /trunk/samtools/Makefile
 534    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
 535    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 536    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 537    M /trunk/samtools/bamtk.c
 538    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 539    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
 540    M /trunk/samtools/samtools.1
 541
 542  * samtools-0.1.2-17
 543  * incorporating Nils' changes
 544  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
 545
 546 ------------------------------------------------------------------------
 547 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 548 Changed paths:
 549    M /trunk/samtools/Makefile
 550    M /trunk/samtools/bam_import.c
 551    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 552    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 553    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 554    M /trunk/samtools/bamtk.c
 555    M /trunk/samtools/kseq.h
 556    A /trunk/samtools/kstring.c
 557    A /trunk/samtools/kstring.h
 558
 559  * samtools-0.1.2-16
 560  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 561  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
 562
 563 ------------------------------------------------------------------------
 564 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
 565 Changed paths:
 566    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 567
 568  * soap2sam.pl-0.1.2
 569  * more robust to truncated soap output
 570
 571 ------------------------------------------------------------------------
 572 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
 573 Changed paths:
 574    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 575
 576 added bam_stat.o to Makefile.lite
 577
 578 ------------------------------------------------------------------------
 579 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 580 Changed paths:
 581    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 582    M /trunk/samtools/bamtk.c
 583
 584  * samtools-0.1.2-15
 585  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
 586
 587 ------------------------------------------------------------------------
 588 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 589 Changed paths:
 590    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 591    M /trunk/samtools/bamtk.c
 592    M /trunk/samtools/glf.c
 593    M /trunk/samtools/glf.h
 594    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 595
 596  * samtools-0.1.2-14
 597  * implemented GLFv3
 598
 599 ------------------------------------------------------------------------
 600 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 601 Changed paths:
 602    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 603    M /trunk/samtools/bamtk.c
 604
 605  * samtools-0.1.2-13
 606  * fixed a minor bug in displaying pileup
 607
 608 ------------------------------------------------------------------------
 609 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 610 Changed paths:
 611    M /trunk/samtools/ChangeLog
 612    M /trunk/samtools/bamtk.c
 613
 614  * samtools-0.1.2-12
 615  * optionally print SAM header
 616
 617 ------------------------------------------------------------------------
 618 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
 619 Changed paths:
 620    M /trunk/samtools/bamtk.c
 621    M /trunk/samtools/glf.c
 622
 623  * samtools-0.1.2-11
 624  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
 625
 626 ------------------------------------------------------------------------
 627 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
 628 Changed paths:
 629    M /trunk/samtools/Makefile
 630    M /trunk/samtools/bam_import.c
 631    M /trunk/samtools/bam_index.c
 632    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 633    M /trunk/samtools/bamtk.c
 634    M /trunk/samtools/glf.c
 635    M /trunk/samtools/glf.h
 636
 637  * samtools-0.1.2-10
 638  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 639  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 640  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
 641
 642 ------------------------------------------------------------------------
 643 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
 644 Changed paths:
 645    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 646
 647  * wgsim-0.2.3
 648  * fixed a bug in simulating indels
 649
 650 ------------------------------------------------------------------------
 651 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
 652 Changed paths:
 653    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 654
 655  * wgsim-0.2.2
 656  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
 657    not like long read names.
 658
 659 ------------------------------------------------------------------------
 660 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
 661 Changed paths:
 662    M /trunk/samtools/ChangeLog
 663    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 664    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 665
 666  * wgsim-0.2.1
 667  * fixed a bug about color read coordinates
 668  * fixed a bug in read names
 669  * wgsim_eval.pl-0.1.3
 670  * make the script work with color reads
 671
 672 ------------------------------------------------------------------------
 673 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
 674 Changed paths:
 675    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 676    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 677
 678  * wgsim: added a note
 679
 680 ------------------------------------------------------------------------
 681 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
 682 Changed paths:
 683    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 684    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 685
 686  * wgsim-0.2.0
 687  * considerable code clean up
 688  * print number of substitutions/indels/errors on each read
 689  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 690  * wgsim_eval.pl-0.1.2
 691  * change in accordant with wgsim
 692
 693 ------------------------------------------------------------------------
 694 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
 695 Changed paths:
 696    M /trunk/samtools/bam_index.c
 697    M /trunk/samtools/bamtk.c
 698
 699  * samtools-0.1.2-9
 700  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
 701
 702 ------------------------------------------------------------------------
 703 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
 704 Changed paths:
 705    M /trunk/samtools/bamtk.c
 706
 707 Fix annoying segv when invalid region specified.
 708
 709 ------------------------------------------------------------------------
 710 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
 711 Changed paths:
 712    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 713    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 714
 715  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 716
 717 ------------------------------------------------------------------------
 718 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 719 Changed paths:
 720    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 721    M /trunk/samtools/bamtk.c
 722
 723  * samtools-0.1.2-7
 724  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 725
 726 ------------------------------------------------------------------------
 727 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 728 Changed paths:
 729    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 730    M /trunk/samtools/bamtk.c
 731
 732  * samtools-0.1.2-7
 733  * fixed a minor bug in flagstat
 734
 735 ------------------------------------------------------------------------
 736 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 737 Changed paths:
 738    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 739    M /trunk/samtools/bamtk.c
 740    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 741
 742  * samtools-0.1.2-6
 743  * improve indel caller by setting maximum window size
 744
 745 ------------------------------------------------------------------------
 746 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
 747 Changed paths:
 748    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 749    M /trunk/samtools/bamtk.c
 750
 751  * output max mapping quality in indel line
 752
 753 ------------------------------------------------------------------------
 754 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
 755 Changed paths:
 756    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 757
 758 fixed a bug in generating tag AM
 759
 760 ------------------------------------------------------------------------
 761 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
 762 Changed paths:
 763    M /trunk/samtools/bam_index.c
 764    M /trunk/samtools/bamtk.c
 765
 766 fixed a potential memory problem in indexing
 767
 768 ------------------------------------------------------------------------
 769 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
 770 Changed paths:
 771    M /trunk/samtools/Makefile
 772
 773 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
 774
 775 ------------------------------------------------------------------------
 776 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
 777 Changed paths:
 778    M /trunk/samtools/ChangeLog
 779    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 780    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 781    M /trunk/samtools/bamtk.c
 782
 783  * samtools-0.1.2-3
 784  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 785  * improve flagstat report a little bit
 786
 787 ------------------------------------------------------------------------
 788 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
 789 Changed paths:
 790    M /trunk/samtools/Makefile
 791    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 792    M /trunk/samtools/bamtk.c
 793
 794  * samtools-0.1.2-1
 795  * added flagstat command
 796
 797 ------------------------------------------------------------------------
 798 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 799 Changed paths:
 800    M /trunk/samtools/ChangeLog
 801    M /trunk/samtools/NEWS
 802    M /trunk/samtools/bamtk.c
 803    M /trunk/samtools/samtools.1
 804
 805 Release SAMtools-0.1.2
 806
 807 ------------------------------------------------------------------------
 808 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 809 Changed paths:
 810    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 811
 812 Script for filtering indel results
 813
 814 ------------------------------------------------------------------------
 815 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 816 Changed paths:
 817    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 818
 819 convert ZOOM to SAM
 820
 821 ------------------------------------------------------------------------
 822 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 823 Changed paths:
 824    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 825
 826 add a script to convert novo alignment to SAM
 827
 828 ------------------------------------------------------------------------
 829 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 830 Changed paths:
 831    M /trunk/samtools/ChangeLog
 832    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 833    M /trunk/samtools/samtools.1
 834
 835 update documentation and ChangeLog
 836
 837 ------------------------------------------------------------------------
 838 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 839 Changed paths:
 840    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 841    M /trunk/samtools/bamtk.c
 842
 843  * samtools-0.1.1-19
 844  * fixed a bug in "merge" command line
 845
 846 ------------------------------------------------------------------------
 847 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 848 Changed paths:
 849    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 850    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 851    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 852    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 853    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 854    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 855
 856  * merge from branches/dev/
 857  * all future development will happen here
 858
 859 ------------------------------------------------------------------------
 860 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 861 Changed paths:
 862    M /trunk/samtools/COPYING
 863    M /trunk/samtools/ChangeLog
 864    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 865    M /trunk/samtools/Makefile
 866    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 867    M /trunk/samtools/bam.c
 868    M /trunk/samtools/bam.h
 869    M /trunk/samtools/bam_import.c
 870    M /trunk/samtools/bam_index.c
 871    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 872    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 873    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 874    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 875    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 876    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 877    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 878    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 879    M /trunk/samtools/bamtk.c
 880    M /trunk/samtools/bgzf.h
 881    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 882    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 883    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 884    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 885    M /trunk/samtools/faidx.c
 886    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 887    M /trunk/samtools/glf.h
 888    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 889    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 890    M /trunk/samtools/razf.c
 891    M /trunk/samtools/source.dot
 892
 893  * Merge from branches/dev/
 894  * all future development will happen here at trunk/
 895
 896 ------------------------------------------------------------------------
 897 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 898 Changed paths:
 899    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 900    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 901
 902 Fix problem with compiling without curses.
 903
 904 ------------------------------------------------------------------------
 905 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 906 Changed paths:
 907    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 908
 909 Create trunk copy
 910
 911 ------------------------------------------------------------------------
 912 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 913 Changed paths:
 914    A /branches/dev/samtools/NEWS
 915    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 916    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 917
 918 Release samtools-0.1.1
 919
 920 ------------------------------------------------------------------------
 921 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 922 Changed paths:
 923    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 924    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 925    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 926    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 927    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 928    M /branches/dev/samtools/razf.c
 929    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 930
 931  * samtools-0.1.0-66
 932  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 933  * fixed a memory leak in parsing a region
 934  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 935  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 936  * fixed a bug in indexing for small alignment
 937  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 938  * updated documentation
 939  * prepare to release 0.1.1
 940
 941 ------------------------------------------------------------------------
 942 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 943 Changed paths:
 944    A /branches/dev/samtools/examples
 945    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 946    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 947    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 948    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 949
 950 example
 951
 952 ------------------------------------------------------------------------
 953 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 954 Changed paths:
 955    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 956
 957 update ChangeLog
 958
 959 ------------------------------------------------------------------------
 960 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 961 Changed paths:
 962    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 963
 964  * added comments
 965  * fixed several bugs
 966
 967 ------------------------------------------------------------------------
 968 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 969 Changed paths:
 970    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 971
 972 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 973
 974 ------------------------------------------------------------------------
 975 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 976 Changed paths:
 977    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 978    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 979    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 980    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 981    A /branches/dev/samtools/source.dot
 982
 983  * samtools-0.1.0-65
 984  * pileup: generate maq-like simple output
 985  * pileup: allow to output pileup at required sites
 986  * source.dot: source file relationship graph
 987  * tview: fixed a minor bug
 988
 989 ------------------------------------------------------------------------
 990 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 991 Changed paths:
 992    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 993
 994 remove all2sam.pl
 995
 996 ------------------------------------------------------------------------
 997 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 998 Changed paths:
 999    A /branches/dev/samtools/COPYING
1000    M /branches/dev/samtools/bam.h
1001    M /branches/dev/samtools/faidx.h
1002    M /branches/dev/samtools/khash.h
1003    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1004    M /branches/dev/samtools/ksort.h
1005    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1006
1007 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
1008
1009 ------------------------------------------------------------------------
1010 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1011 Changed paths:
1012    M /branches/dev/samtools/bam.c
1013    M /branches/dev/samtools/bam.h
1014    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1015    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1016    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1017
1018  * samtools-0.1.0-64
1019  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
1020
1021 ------------------------------------------------------------------------
1022 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1023 Changed paths:
1024    M /branches/dev/samtools/bam.c
1025    M /branches/dev/samtools/bam.h
1026    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1027    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1028    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1029
1030  * samtools-0.1.0-63
1031  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
1032
1033 ------------------------------------------------------------------------
1034 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
1035 Changed paths:
1036    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1037    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1038    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1039
1040  * samtools-0.1.0-62
1041  * fixed a memory leak
1042
1043 ------------------------------------------------------------------------
1044 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
1045 Changed paths:
1046    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1047    M /branches/dev/samtools/bam.h
1048    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1049
1050 update documentation, ChangeLog and a comment
1051
1052 ------------------------------------------------------------------------
1053 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
1054 Changed paths:
1055    M /branches/dev/samtools/Makefile
1056    M /branches/dev/samtools/bam.h
1057    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1058    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1059    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1060    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1061    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1062    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1063
1064  * samtools-0.1.0-61
1065  * moved pileup command to a separate source file
1066  * added indel caller
1067  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
1068  * updated documentation
1069
1070 ------------------------------------------------------------------------
1071 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
1072 Changed paths:
1073    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1074    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1075
1076  * samtools-0.1.0-60
1077  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
1078
1079 ------------------------------------------------------------------------
1080 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
1081 Changed paths:
1082    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1083    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1084    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1085
1086  * samtools-0.1.0-59
1087  * pileup: outputing consensus is now optional
1088  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
1089    I am not quite sure why the previous version may have problem.
1090
1091 ------------------------------------------------------------------------
1092 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
1093 Changed paths:
1094    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1095    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1096
1097  * samtools-0.1.0-58
1098  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
1099    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
1100    and imposing it would make it harder to generate for other language
1101    bindings.
1102
1103 ------------------------------------------------------------------------
1104 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1105 Changed paths:
1106    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1107
1108 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
1109
1110 ------------------------------------------------------------------------
1111 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1112 Changed paths:
1113    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1114
1115 update manual
1116
1117 ------------------------------------------------------------------------
1118 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
1119 Changed paths:
1120    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1121    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1122
1123  * samtools-0.1.0-57
1124  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
1125  * made the parser a bit more robust
1126
1127 ------------------------------------------------------------------------
1128 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1129 Changed paths:
1130    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1131    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1132    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1133
1134  * samtools-0.1.0-56
1135  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
1136  * fixed a typo in bam_index.c
1137  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
1138
1139 ------------------------------------------------------------------------
1140 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
1141 Changed paths:
1142    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1143
1144 update manual
1145
1146 ------------------------------------------------------------------------
1147 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1148 Changed paths:
1149    M /branches/dev/samtools/bam.h
1150    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1151    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1152
1153  * samtools-0.1.0-55
1154  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
1155  * removed -v from pileup
1156  * made pileup take the reference sequence
1157
1158 ------------------------------------------------------------------------
1159 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
1160 Changed paths:
1161    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1162    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1163    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1164
1165  * samtools-0.1.0-54
1166  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
1167  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
1168
1169 ------------------------------------------------------------------------
1170 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1171 Changed paths:
1172    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1173
1174 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
1175
1176 ------------------------------------------------------------------------
1177 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1178 Changed paths:
1179    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1180
1181 also calculate unordered md5sum check
1182
1183 ------------------------------------------------------------------------
1184 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1185 Changed paths:
1186    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1187
1188 fixed a minor bug when there are space in the sequence
1189
1190 ------------------------------------------------------------------------
1191 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1192 Changed paths:
1193    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1194
1195 fixed a potential memory leak
1196
1197 ------------------------------------------------------------------------
1198 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1199 Changed paths:
1200    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1201    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1202    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1203
1204  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
1205
1206 ------------------------------------------------------------------------
1207 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1208 Changed paths:
1209    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1210
1211 nothing, really
1212
1213 ------------------------------------------------------------------------
1214 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1215 Changed paths:
1216    M /branches/dev/samtools/Makefile
1217    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1218    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1219    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
1220    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
1221    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1222
1223  * fixed two warnings in kseq.h
1224  * added md5sum utilities
1225
1226 ------------------------------------------------------------------------
1227 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
1228 Changed paths:
1229    M /branches/dev/samtools/Makefile
1230    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1231    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1232    A /branches/dev/samtools/kseq.h
1233    D /branches/dev/samtools/kstream.h
1234
1235  * samtools-0.1.0-52
1236  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
1237    extra functions in kseq.h.
1238  * also compile stand-alone faidx
1239
1240 ------------------------------------------------------------------------
1241 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1242 Changed paths:
1243    M /branches/dev/samtools/bam.h
1244    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1245    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1246
1247  * samtools-0.1.0-51
1248  * sorting by read names is available
1249
1250 ------------------------------------------------------------------------
1251 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1252 Changed paths:
1253    M /branches/dev/samtools/bam.c
1254    M /branches/dev/samtools/bam.h
1255    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1256    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1257    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1258    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1259    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1260    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1261    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1262
1263  * samtools-0.1.0-50
1264  * format change to meet the latest specification
1265
1266 ------------------------------------------------------------------------
1267 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
1268 Changed paths:
1269    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1270    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1271
1272  * minor change in maqcns: special care when n==0
1273  * change maq2sam to meet the latest specification
1274
1275 ------------------------------------------------------------------------
1276 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1277 Changed paths:
1278    M /branches/dev/samtools/razf.c
1279    M /branches/dev/samtools/razf.h
1280
1281 considerable code clean up in razf
1282
1283 ------------------------------------------------------------------------
1284 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1285 Changed paths:
1286    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1287    M /branches/dev/samtools/Makefile
1288    M /branches/dev/samtools/faidx.c
1289
1290 make RAZF optional in faidx.c
1291
1292 ------------------------------------------------------------------------
1293 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
1294 Changed paths:
1295    M /branches/dev/samtools/Makefile
1296    M /branches/dev/samtools/bam.h
1297    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1298    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1299    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1300
1301  * samtools-0.1.0-49
1302  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
1303
1304 ------------------------------------------------------------------------
1305 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
1306 Changed paths:
1307    M /branches/dev/samtools/bam.c
1308    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1309    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1310    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1311    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1312    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1313
1314  * samtools-0.1.0-48
1315  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
1316  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
1317  * supporting hex strings
1318
1319 ------------------------------------------------------------------------
1320 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1321 Changed paths:
1322    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1323    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1324
1325  * samtools-0.1.0-47
1326  * fixed the bug in maqcns
1327
1328 ------------------------------------------------------------------------
1329 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1330 Changed paths:
1331    M /branches/dev/samtools/Makefile
1332    M /branches/dev/samtools/bam.h
1333    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1334    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1335    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1336    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1337    A /branches/dev/samtools/glf.h
1338
1339  * samtools-0.1.0-46
1340  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
1341
1342 ------------------------------------------------------------------------
1343 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
1344 Changed paths:
1345    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1346    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1347    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1348
1349  * samtools-0.1.0-45
1350  * tview: display padded alignment (but not P operation)
1351  * better coordinates and reference sequence
1352
1353 ------------------------------------------------------------------------
1354 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
1355 Changed paths:
1356    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1357
1358 new ChangeLog
1359
1360 ------------------------------------------------------------------------
1361 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1362 Changed paths:
1363    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
1364    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
1365
1366 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
1367 the log of my personal SVN repository.
1368
1369 ------------------------------------------------------------------------
1370 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
1371 Changed paths:
1372    M /branches/dev/samtools/Makefile
1373    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1374    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1375
1376  * samtools-0.1.0-44
1377  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
1378    missing these declarations will make bgzf buggy
1379  * get rid of some harmless warings
1380  * use BGZF by default, now
1381
1382 ------------------------------------------------------------------------
1383 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1384 Changed paths:
1385    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1386    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1387    M /branches/dev/samtools/razf.c
1388
1389  * samtools-0.1.0-43
1390  * fixed a bug in razf_read()
1391  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
1392
1393 ------------------------------------------------------------------------
1394 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1395 Changed paths:
1396    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1397
1398 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
1399
1400 ------------------------------------------------------------------------
1401 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1402 Changed paths:
1403    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1404
1405  * samtools-0.1.0-42
1406  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
1407    also update the version number anyway to avoid confusion
1408
1409 ------------------------------------------------------------------------
1410 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1411 Changed paths:
1412    M /branches/dev/samtools/razf.c
1413
1414 a change from Jue, but I think it should not matter
1415
1416 ------------------------------------------------------------------------
1417 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
1418 Changed paths:
1419    M /branches/dev/samtools/razf.c
1420
1421 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
1422 rarely happens, very rarely.
1423
1424 ------------------------------------------------------------------------
1425 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1426 Changed paths:
1427    M /branches/dev/samtools/razf.c
1428
1429 fixed a bug in razf, with the help of Jue
1430
1431 ------------------------------------------------------------------------
1432 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1433 Changed paths:
1434    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1435
1436 remove a comment
1437
1438 ------------------------------------------------------------------------
1439 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1440 Changed paths:
1441    M /branches/dev/samtools/Makefile
1442    M /branches/dev/samtools/bam.h
1443    M /branches/dev/samtools/razf.c
1444    M /branches/dev/samtools/razf.h
1445
1446  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
1447
1448 ------------------------------------------------------------------------
1449 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1450 Changed paths:
1451    A /branches/dev/samtools/samtools.1
1452
1453 the manual page
1454
1455 ------------------------------------------------------------------------
1456 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
1457 Changed paths:
1458    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1459    A /branches/dev/samtools/Makefile
1460    A /branches/dev/samtools/bam.c
1461    A /branches/dev/samtools/bam.h
1462    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1463    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
1464    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
1465    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
1466    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
1467    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1468    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1469    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1470    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
1471    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
1472    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
1473    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
1474    A /branches/dev/samtools/faidx.c
1475    A /branches/dev/samtools/faidx.h
1476    A /branches/dev/samtools/khash.h
1477    A /branches/dev/samtools/ksort.h
1478    A /branches/dev/samtools/kstream.h
1479    A /branches/dev/samtools/misc
1480    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1481    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1482    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1483    A /branches/dev/samtools/razf.c
1484    A /branches/dev/samtools/razf.h
1485    A /branches/dev/samtools/razip.c
1486    A /branches/dev/samtools/zutil.h
1487
1488 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
1489 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
1490
1491 ------------------------------------------------------------------------
1492 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1493 Changed paths:
1494    A /branches/dev/samtools
1495
1496 samtools (C version)
1497
1498 ------------------------------------------------------------------------