ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
   5
   6 convert NCBI-BLASTN to SAM
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
  10 Changed paths:
  11    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
  12    M /trunk/samtools/bamtk.c
  13
  14  * samtools-0.1.2-27
  15  * fixed a small memory leak in tview
  16
  17 ------------------------------------------------------------------------
  18 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
  19 Changed paths:
  20    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
  21    M /trunk/samtools/bamtk.c
  22
  23  * samtools-0.1.2-26
  24  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
  25
  26 ------------------------------------------------------------------------
  27 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
  28 Changed paths:
  29    M /trunk/samtools/ChangeLog
  30    M /trunk/samtools/NEWS
  31
  32 proposed NEWS for the new release (have not yet)
  33
  34 ------------------------------------------------------------------------
  35 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
  36 Changed paths:
  37    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  38
  39  * samtools.pl-0.1.1
  40  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
  41    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
  42
  43 ------------------------------------------------------------------------
  44 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
  45 Changed paths:
  46    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  47    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  48    M /trunk/samtools/bamtk.c
  49    M /trunk/samtools/samtools.1
  50
  51  * samtools-0.1.2-25
  52  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
  53    containing indels
  54
  55 ------------------------------------------------------------------------
  56 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
  57 Changed paths:
  58    M /trunk/samtools/ChangeLog
  59
  60 update ChangeLog from "svn log"
  61
  62 ------------------------------------------------------------------------
  63 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
  64 Changed paths:
  65    M /trunk/samtools/bam.c
  66    M /trunk/samtools/bam_import.c
  67    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  68    M /trunk/samtools/bamtk.c
  69    M /trunk/samtools/kseq.h
  70
  71  * samtools-0.1.2-24
  72  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
  73  * allow empty header
  74
  75 ------------------------------------------------------------------------
  76 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
  77 Changed paths:
  78    M /trunk/samtools/bam.c
  79    M /trunk/samtools/bam_import.c
  80    M /trunk/samtools/bamtk.c
  81
  82  * samtools-0.1.2-23
  83  * recognize '*' at the QUAL field
  84
  85 ------------------------------------------------------------------------
  86 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
  87 Changed paths:
  88    M /trunk/samtools/bam_import.c
  89    M /trunk/samtools/bamtk.c
  90    M /trunk/samtools/kseq.h
  91
  92  * samtools-0.1.2-22
  93  * the field separater is TAB only, now
  94
  95 ------------------------------------------------------------------------
  96 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
  97 Changed paths:
  98    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
  99
 100  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
 101
 102 ------------------------------------------------------------------------
 103 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
 104 Changed paths:
 105    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 106    M /trunk/samtools/bamtk.c
 107    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 108
 109  * samtools-0.1.2-21
 110  * fixed a nasty bug in `fixmate'
 111
 112 ------------------------------------------------------------------------
 113 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 114 Changed paths:
 115    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 116    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 117    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 118
 119 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
 120
 121 ------------------------------------------------------------------------
 122 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 123 Changed paths:
 124    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 125    M /trunk/samtools/bamtk.c
 126
 127  * samtools-0.1.2-20
 128  * check if file is truncated in flagstat
 129
 130 ------------------------------------------------------------------------
 131 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 132 Changed paths:
 133    M /trunk/samtools/bamtk.c
 134
 135  * samtools-0.1.2-19
 136  * print the header if requested
 137
 138 ------------------------------------------------------------------------
 139 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
 140 Changed paths:
 141    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 142    M /trunk/samtools/bamtk.c
 143
 144  * samtools-0.1.2-18
 145  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
 146
 147 ------------------------------------------------------------------------
 148 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
 149 Changed paths:
 150    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
 151    D /trunk/samtools/Makefile.std
 152    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
 153    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
 154
 155 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
 156
 157 ------------------------------------------------------------------------
 158 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 159 Changed paths:
 160    D /trunk/samtools/Makefile
 161    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
 162    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 163    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 164    M /trunk/samtools/bamtk.c
 165    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 166    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
 167    M /trunk/samtools/samtools.1
 168
 169  * samtools-0.1.2-17
 170  * incorporating Nils' changes
 171  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
 172
 173 ------------------------------------------------------------------------
 174 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 175 Changed paths:
 176    M /trunk/samtools/Makefile
 177    M /trunk/samtools/bam_import.c
 178    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 179    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 180    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 181    M /trunk/samtools/bamtk.c
 182    M /trunk/samtools/kseq.h
 183    A /trunk/samtools/kstring.c
 184    A /trunk/samtools/kstring.h
 185
 186  * samtools-0.1.2-16
 187  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 188  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
 189
 190 ------------------------------------------------------------------------
 191 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
 192 Changed paths:
 193    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 194
 195  * soap2sam.pl-0.1.2
 196  * more robust to truncated soap output
 197
 198 ------------------------------------------------------------------------
 199 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
 200 Changed paths:
 201    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 202
 203 added bam_stat.o to Makefile.lite
 204
 205 ------------------------------------------------------------------------
 206 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 207 Changed paths:
 208    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 209    M /trunk/samtools/bamtk.c
 210
 211  * samtools-0.1.2-15
 212  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
 213
 214 ------------------------------------------------------------------------
 215 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 216 Changed paths:
 217    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 218    M /trunk/samtools/bamtk.c
 219    M /trunk/samtools/glf.c
 220    M /trunk/samtools/glf.h
 221    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 222
 223  * samtools-0.1.2-14
 224  * implemented GLFv3
 225
 226 ------------------------------------------------------------------------
 227 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 228 Changed paths:
 229    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 230    M /trunk/samtools/bamtk.c
 231
 232  * samtools-0.1.2-13
 233  * fixed a minor bug in displaying pileup
 234
 235 ------------------------------------------------------------------------
 236 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 237 Changed paths:
 238    M /trunk/samtools/ChangeLog
 239    M /trunk/samtools/bamtk.c
 240
 241  * samtools-0.1.2-12
 242  * optionally print SAM header
 243
 244 ------------------------------------------------------------------------
 245 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
 246 Changed paths:
 247    M /trunk/samtools/bamtk.c
 248    M /trunk/samtools/glf.c
 249
 250  * samtools-0.1.2-11
 251  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
 252
 253 ------------------------------------------------------------------------
 254 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
 255 Changed paths:
 256    M /trunk/samtools/Makefile
 257    M /trunk/samtools/bam_import.c
 258    M /trunk/samtools/bam_index.c
 259    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 260    M /trunk/samtools/bamtk.c
 261    M /trunk/samtools/glf.c
 262    M /trunk/samtools/glf.h
 263
 264  * samtools-0.1.2-10
 265  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 266  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 267  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
 268
 269 ------------------------------------------------------------------------
 270 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
 271 Changed paths:
 272    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 273
 274  * wgsim-0.2.3
 275  * fixed a bug in simulating indels
 276
 277 ------------------------------------------------------------------------
 278 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
 279 Changed paths:
 280    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 281
 282  * wgsim-0.2.2
 283  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
 284    not like long read names.
 285
 286 ------------------------------------------------------------------------
 287 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
 288 Changed paths:
 289    M /trunk/samtools/ChangeLog
 290    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 291    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 292
 293  * wgsim-0.2.1
 294  * fixed a bug about color read coordinates
 295  * fixed a bug in read names
 296  * wgsim_eval.pl-0.1.3
 297  * make the script work with color reads
 298
 299 ------------------------------------------------------------------------
 300 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
 301 Changed paths:
 302    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 303    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 304
 305  * wgsim: added a note
 306
 307 ------------------------------------------------------------------------
 308 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
 309 Changed paths:
 310    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 311    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 312
 313  * wgsim-0.2.0
 314  * considerable code clean up
 315  * print number of substitutions/indels/errors on each read
 316  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 317  * wgsim_eval.pl-0.1.2
 318  * change in accordant with wgsim
 319
 320 ------------------------------------------------------------------------
 321 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
 322 Changed paths:
 323    M /trunk/samtools/bam_index.c
 324    M /trunk/samtools/bamtk.c
 325
 326  * samtools-0.1.2-9
 327  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
 328
 329 ------------------------------------------------------------------------
 330 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
 331 Changed paths:
 332    M /trunk/samtools/bamtk.c
 333
 334 Fix annoying segv when invalid region specified.
 335
 336 ------------------------------------------------------------------------
 337 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
 338 Changed paths:
 339    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 340    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 341
 342  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 343
 344 ------------------------------------------------------------------------
 345 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 346 Changed paths:
 347    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 348    M /trunk/samtools/bamtk.c
 349
 350  * samtools-0.1.2-7
 351  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 352
 353 ------------------------------------------------------------------------
 354 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 355 Changed paths:
 356    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 357    M /trunk/samtools/bamtk.c
 358
 359  * samtools-0.1.2-7
 360  * fixed a minor bug in flagstat
 361
 362 ------------------------------------------------------------------------
 363 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 364 Changed paths:
 365    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 366    M /trunk/samtools/bamtk.c
 367    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 368
 369  * samtools-0.1.2-6
 370  * improve indel caller by setting maximum window size
 371
 372 ------------------------------------------------------------------------
 373 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
 374 Changed paths:
 375    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 376    M /trunk/samtools/bamtk.c
 377
 378  * output max mapping quality in indel line
 379
 380 ------------------------------------------------------------------------
 381 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
 382 Changed paths:
 383    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 384
 385 fixed a bug in generating tag AM
 386
 387 ------------------------------------------------------------------------
 388 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
 389 Changed paths:
 390    M /trunk/samtools/bam_index.c
 391    M /trunk/samtools/bamtk.c
 392
 393 fixed a potential memory problem in indexing
 394
 395 ------------------------------------------------------------------------
 396 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
 397 Changed paths:
 398    M /trunk/samtools/Makefile
 399
 400 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
 401
 402 ------------------------------------------------------------------------
 403 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
 404 Changed paths:
 405    M /trunk/samtools/ChangeLog
 406    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 407    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 408    M /trunk/samtools/bamtk.c
 409
 410  * samtools-0.1.2-3
 411  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 412  * improve flagstat report a little bit
 413
 414 ------------------------------------------------------------------------
 415 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
 416 Changed paths:
 417    M /trunk/samtools/Makefile
 418    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 419    M /trunk/samtools/bamtk.c
 420
 421  * samtools-0.1.2-1
 422  * added flagstat command
 423
 424 ------------------------------------------------------------------------
 425 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 426 Changed paths:
 427    M /trunk/samtools/ChangeLog
 428    M /trunk/samtools/NEWS
 429    M /trunk/samtools/bamtk.c
 430    M /trunk/samtools/samtools.1
 431
 432 Release SAMtools-0.1.2
 433
 434 ------------------------------------------------------------------------
 435 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 436 Changed paths:
 437    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 438
 439 Script for filtering indel results
 440
 441 ------------------------------------------------------------------------
 442 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 443 Changed paths:
 444    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 445
 446 convert ZOOM to SAM
 447
 448 ------------------------------------------------------------------------
 449 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 450 Changed paths:
 451    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 452
 453 add a script to convert novo alignment to SAM
 454
 455 ------------------------------------------------------------------------
 456 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 457 Changed paths:
 458    M /trunk/samtools/ChangeLog
 459    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 460    M /trunk/samtools/samtools.1
 461
 462 update documentation and ChangeLog
 463
 464 ------------------------------------------------------------------------
 465 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 466 Changed paths:
 467    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 468    M /trunk/samtools/bamtk.c
 469
 470  * samtools-0.1.1-19
 471  * fixed a bug in "merge" command line
 472
 473 ------------------------------------------------------------------------
 474 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 475 Changed paths:
 476    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 477    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 478    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 479    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 480    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 481    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 482
 483  * merge from branches/dev/
 484  * all future development will happen here
 485
 486 ------------------------------------------------------------------------
 487 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 488 Changed paths:
 489    M /trunk/samtools/COPYING
 490    M /trunk/samtools/ChangeLog
 491    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 492    M /trunk/samtools/Makefile
 493    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 494    M /trunk/samtools/bam.c
 495    M /trunk/samtools/bam.h
 496    M /trunk/samtools/bam_import.c
 497    M /trunk/samtools/bam_index.c
 498    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 499    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 500    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 501    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 502    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 503    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 504    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 505    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 506    M /trunk/samtools/bamtk.c
 507    M /trunk/samtools/bgzf.h
 508    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 509    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 510    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 511    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 512    M /trunk/samtools/faidx.c
 513    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 514    M /trunk/samtools/glf.h
 515    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 516    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 517    M /trunk/samtools/razf.c
 518    M /trunk/samtools/source.dot
 519
 520  * Merge from branches/dev/
 521  * all future development will happen here at trunk/
 522
 523 ------------------------------------------------------------------------
 524 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 525 Changed paths:
 526    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 527    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 528
 529 Fix problem with compiling without curses.
 530
 531 ------------------------------------------------------------------------
 532 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 533 Changed paths:
 534    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 535
 536 Create trunk copy
 537
 538 ------------------------------------------------------------------------
 539 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 540 Changed paths:
 541    A /branches/dev/samtools/NEWS
 542    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 543    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 544
 545 Release samtools-0.1.1
 546
 547 ------------------------------------------------------------------------
 548 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 549 Changed paths:
 550    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 551    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 552    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 553    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 554    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 555    M /branches/dev/samtools/razf.c
 556    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 557
 558  * samtools-0.1.0-66
 559  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 560  * fixed a memory leak in parsing a region
 561  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 562  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 563  * fixed a bug in indexing for small alignment
 564  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 565  * updated documentation
 566  * prepare to release 0.1.1
 567
 568 ------------------------------------------------------------------------
 569 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 570 Changed paths:
 571    A /branches/dev/samtools/examples
 572    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 573    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 574    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 575    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 576
 577 example
 578
 579 ------------------------------------------------------------------------
 580 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 581 Changed paths:
 582    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 583
 584 update ChangeLog
 585
 586 ------------------------------------------------------------------------
 587 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 588 Changed paths:
 589    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 590
 591  * added comments
 592  * fixed several bugs
 593
 594 ------------------------------------------------------------------------
 595 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 596 Changed paths:
 597    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 598
 599 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 600
 601 ------------------------------------------------------------------------
 602 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 603 Changed paths:
 604    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 605    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 606    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 607    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 608    A /branches/dev/samtools/source.dot
 609
 610  * samtools-0.1.0-65
 611  * pileup: generate maq-like simple output
 612  * pileup: allow to output pileup at required sites
 613  * source.dot: source file relationship graph
 614  * tview: fixed a minor bug
 615
 616 ------------------------------------------------------------------------
 617 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 618 Changed paths:
 619    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 620
 621 remove all2sam.pl
 622
 623 ------------------------------------------------------------------------
 624 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 625 Changed paths:
 626    A /branches/dev/samtools/COPYING
 627    M /branches/dev/samtools/bam.h
 628    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 629    M /branches/dev/samtools/khash.h
 630    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 631    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 632    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 633
 634 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 635
 636 ------------------------------------------------------------------------
 637 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 638 Changed paths:
 639    M /branches/dev/samtools/bam.c
 640    M /branches/dev/samtools/bam.h
 641    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 642    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 643    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 644
 645  * samtools-0.1.0-64
 646  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 647
 648 ------------------------------------------------------------------------
 649 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 650 Changed paths:
 651    M /branches/dev/samtools/bam.c
 652    M /branches/dev/samtools/bam.h
 653    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 654    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 655    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 656
 657  * samtools-0.1.0-63
 658  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 659
 660 ------------------------------------------------------------------------
 661 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 662 Changed paths:
 663    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 664    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 665    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 666
 667  * samtools-0.1.0-62
 668  * fixed a memory leak
 669
 670 ------------------------------------------------------------------------
 671 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 672 Changed paths:
 673    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 674    M /branches/dev/samtools/bam.h
 675    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 676
 677 update documentation, ChangeLog and a comment
 678
 679 ------------------------------------------------------------------------
 680 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 681 Changed paths:
 682    M /branches/dev/samtools/Makefile
 683    M /branches/dev/samtools/bam.h
 684    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 685    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 686    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 687    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 688    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 689    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 690
 691  * samtools-0.1.0-61
 692  * moved pileup command to a separate source file
 693  * added indel caller
 694  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 695  * updated documentation
 696
 697 ------------------------------------------------------------------------
 698 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 699 Changed paths:
 700    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 701    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 702
 703  * samtools-0.1.0-60
 704  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 705
 706 ------------------------------------------------------------------------
 707 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 708 Changed paths:
 709    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 710    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 711    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 712
 713  * samtools-0.1.0-59
 714  * pileup: outputing consensus is now optional
 715  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 716    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 717
 718 ------------------------------------------------------------------------
 719 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 720 Changed paths:
 721    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 722    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 723
 724  * samtools-0.1.0-58
 725  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 726    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 727    and imposing it would make it harder to generate for other language
 728    bindings.
 729
 730 ------------------------------------------------------------------------
 731 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 732 Changed paths:
 733    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 734
 735 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 736
 737 ------------------------------------------------------------------------
 738 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 739 Changed paths:
 740    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 741
 742 update manual
 743
 744 ------------------------------------------------------------------------
 745 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 746 Changed paths:
 747    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 748    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 749
 750  * samtools-0.1.0-57
 751  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 752  * made the parser a bit more robust
 753
 754 ------------------------------------------------------------------------
 755 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 756 Changed paths:
 757    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 758    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 759    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 760
 761  * samtools-0.1.0-56
 762  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 763  * fixed a typo in bam_index.c
 764  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 765
 766 ------------------------------------------------------------------------
 767 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 768 Changed paths:
 769    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 770
 771 update manual
 772
 773 ------------------------------------------------------------------------
 774 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 775 Changed paths:
 776    M /branches/dev/samtools/bam.h
 777    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 778    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 779
 780  * samtools-0.1.0-55
 781  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 782  * removed -v from pileup
 783  * made pileup take the reference sequence
 784
 785 ------------------------------------------------------------------------
 786 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 787 Changed paths:
 788    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 789    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 790    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 791
 792  * samtools-0.1.0-54
 793  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 794  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 795
 796 ------------------------------------------------------------------------
 797 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 798 Changed paths:
 799    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 800
 801 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 802
 803 ------------------------------------------------------------------------
 804 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 805 Changed paths:
 806    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 807
 808 also calculate unordered md5sum check
 809
 810 ------------------------------------------------------------------------
 811 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 812 Changed paths:
 813    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 814
 815 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 816
 817 ------------------------------------------------------------------------
 818 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 819 Changed paths:
 820    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 821
 822 fixed a potential memory leak
 823
 824 ------------------------------------------------------------------------
 825 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 826 Changed paths:
 827    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 828    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 829    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 830
 831  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 832
 833 ------------------------------------------------------------------------
 834 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 835 Changed paths:
 836    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 837
 838 nothing, really
 839
 840 ------------------------------------------------------------------------
 841 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 842 Changed paths:
 843    M /branches/dev/samtools/Makefile
 844    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 845    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 846    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 847    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 848    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 849
 850  * fixed two warnings in kseq.h
 851  * added md5sum utilities
 852
 853 ------------------------------------------------------------------------
 854 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 855 Changed paths:
 856    M /branches/dev/samtools/Makefile
 857    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 858    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 859    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 860    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 861
 862  * samtools-0.1.0-52
 863  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 864    extra functions in kseq.h.
 865  * also compile stand-alone faidx
 866
 867 ------------------------------------------------------------------------
 868 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 869 Changed paths:
 870    M /branches/dev/samtools/bam.h
 871    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 872    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 873
 874  * samtools-0.1.0-51
 875  * sorting by read names is available
 876
 877 ------------------------------------------------------------------------
 878 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 879 Changed paths:
 880    M /branches/dev/samtools/bam.c
 881    M /branches/dev/samtools/bam.h
 882    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 883    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 884    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 885    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 886    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 887    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 888    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 889
 890  * samtools-0.1.0-50
 891  * format change to meet the latest specification
 892
 893 ------------------------------------------------------------------------
 894 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 895 Changed paths:
 896    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 897    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 898
 899  * minor change in maqcns: special care when n==0
 900  * change maq2sam to meet the latest specification
 901
 902 ------------------------------------------------------------------------
 903 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 904 Changed paths:
 905    M /branches/dev/samtools/razf.c
 906    M /branches/dev/samtools/razf.h
 907
 908 considerable code clean up in razf
 909
 910 ------------------------------------------------------------------------
 911 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 912 Changed paths:
 913    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 914    M /branches/dev/samtools/Makefile
 915    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 916
 917 make RAZF optional in faidx.c
 918
 919 ------------------------------------------------------------------------
 920 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 921 Changed paths:
 922    M /branches/dev/samtools/Makefile
 923    M /branches/dev/samtools/bam.h
 924    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 925    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 926    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 927
 928  * samtools-0.1.0-49
 929  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 930
 931 ------------------------------------------------------------------------
 932 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 933 Changed paths:
 934    M /branches/dev/samtools/bam.c
 935    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 936    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 937    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 938    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 939    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 940
 941  * samtools-0.1.0-48
 942  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 943  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 944  * supporting hex strings
 945
 946 ------------------------------------------------------------------------
 947 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 948 Changed paths:
 949    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 950    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 951
 952  * samtools-0.1.0-47
 953  * fixed the bug in maqcns
 954
 955 ------------------------------------------------------------------------
 956 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 957 Changed paths:
 958    M /branches/dev/samtools/Makefile
 959    M /branches/dev/samtools/bam.h
 960    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 961    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 962    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 963    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 964    A /branches/dev/samtools/glf.h
 965
 966  * samtools-0.1.0-46
 967  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 968
 969 ------------------------------------------------------------------------
 970 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 971 Changed paths:
 972    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 973    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 974    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 975
 976  * samtools-0.1.0-45
 977  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 978  * better coordinates and reference sequence
 979
 980 ------------------------------------------------------------------------
 981 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 982 Changed paths:
 983    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 984
 985 new ChangeLog
 986
 987 ------------------------------------------------------------------------
 988 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 989 Changed paths:
 990    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 991    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 992
 993 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 994 the log of my personal SVN repository.
 995
 996 ------------------------------------------------------------------------
 997 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 998 Changed paths:
 999    M /branches/dev/samtools/Makefile
1000    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1001    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1002
1003  * samtools-0.1.0-44
1004  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
1005    missing these declarations will make bgzf buggy
1006  * get rid of some harmless warings
1007  * use BGZF by default, now
1008
1009 ------------------------------------------------------------------------
1010 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1011 Changed paths:
1012    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1013    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1014    M /branches/dev/samtools/razf.c
1015
1016  * samtools-0.1.0-43
1017  * fixed a bug in razf_read()
1018  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
1019
1020 ------------------------------------------------------------------------
1021 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1022 Changed paths:
1023    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1024
1025 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
1026
1027 ------------------------------------------------------------------------
1028 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1029 Changed paths:
1030    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1031
1032  * samtools-0.1.0-42
1033  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
1034    also update the version number anyway to avoid confusion
1035
1036 ------------------------------------------------------------------------
1037 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1038 Changed paths:
1039    M /branches/dev/samtools/razf.c
1040
1041 a change from Jue, but I think it should not matter
1042
1043 ------------------------------------------------------------------------
1044 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
1045 Changed paths:
1046    M /branches/dev/samtools/razf.c
1047
1048 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
1049 rarely happens, very rarely.
1050
1051 ------------------------------------------------------------------------
1052 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1053 Changed paths:
1054    M /branches/dev/samtools/razf.c
1055
1056 fixed a bug in razf, with the help of Jue
1057
1058 ------------------------------------------------------------------------
1059 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1060 Changed paths:
1061    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1062
1063 remove a comment
1064
1065 ------------------------------------------------------------------------
1066 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1067 Changed paths:
1068    M /branches/dev/samtools/Makefile
1069    M /branches/dev/samtools/bam.h
1070    M /branches/dev/samtools/razf.c
1071    M /branches/dev/samtools/razf.h
1072
1073  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
1074
1075 ------------------------------------------------------------------------
1076 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1077 Changed paths:
1078    A /branches/dev/samtools/samtools.1
1079
1080 the manual page
1081
1082 ------------------------------------------------------------------------
1083 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
1084 Changed paths:
1085    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1086    A /branches/dev/samtools/Makefile
1087    A /branches/dev/samtools/bam.c
1088    A /branches/dev/samtools/bam.h
1089    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1090    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
1091    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
1092    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
1093    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
1094    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1095    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1096    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1097    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
1098    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
1099    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
1100    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
1101    A /branches/dev/samtools/faidx.c
1102    A /branches/dev/samtools/faidx.h
1103    A /branches/dev/samtools/khash.h
1104    A /branches/dev/samtools/ksort.h
1105    A /branches/dev/samtools/kstream.h
1106    A /branches/dev/samtools/misc
1107    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1108    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1109    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1110    A /branches/dev/samtools/razf.c
1111    A /branches/dev/samtools/razf.h
1112    A /branches/dev/samtools/razip.c
1113    A /branches/dev/samtools/zutil.h
1114
1115 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
1116 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
1117
1118 ------------------------------------------------------------------------
1119 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1120 Changed paths:
1121    A /branches/dev/samtools
1122
1123 samtools (C version)
1124
1125 ------------------------------------------------------------------------