ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam.h
   5    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
   6    M /trunk/samtools/bamtk.c
   7
   8  * samtools-0.1.8-21 (r780)
   9  * minor speedup to pileup
  10
  11 ------------------------------------------------------------------------
  12 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
  13 Changed paths:
  14    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  15    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  16    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
  17
  18 improve pileup a little bit
  19
  20 ------------------------------------------------------------------------
  21 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
  22 Changed paths:
  23    M /trunk/samtools/bam.h
  24    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  25    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  26    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  27    M /trunk/samtools/bamtk.c
  28
  29  * samtools-0.1.8-20 (r778)
  30  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
  31
  32 ------------------------------------------------------------------------
  33 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
  34 Changed paths:
  35    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  36    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
  37    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  38    M /trunk/samtools/bamtk.c
  39    M /trunk/samtools/examples/Makefile
  40
  41  * samtools-0.1.8-19 (r777)
  42  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
  43
  44 ------------------------------------------------------------------------
  45 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
  46 Changed paths:
  47    M /trunk/samtools/bam_md.c
  48
  49 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/sam_view.c
  55
  56 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
  57 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
  58
  59 ------------------------------------------------------------------------
  60 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
  61 Changed paths:
  62    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
  63    M /trunk/samtools/kaln.c
  64
  65  * Minor code changes. No real effect.
  66  * change quality to 30 in toy.sam
  67
  68 ------------------------------------------------------------------------
  69 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
  70 Changed paths:
  71    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
  72    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
  73
  74 added another toy example
  75
  76 ------------------------------------------------------------------------
  77 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
  78 Changed paths:
  79    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  80    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
  81    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  82
  83 improve the LD statistics
  84
  85 ------------------------------------------------------------------------
  86 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
  87 Changed paths:
  88    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  89    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  90
  91  * a minor fix to the -L option
  92  * add ldstats to vcfutils.pl
  93
  94 ------------------------------------------------------------------------
  95 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
  96 Changed paths:
  97    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
  98
  99 a minor change
 100
 101 ------------------------------------------------------------------------
 102 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 103 Changed paths:
 104    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 105    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 106
 107 forget to add the key file
 108
 109 ------------------------------------------------------------------------
 110 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
 111 Changed paths:
 112    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 113    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 114    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 115    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 116    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 117    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 118
 119  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 120  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 121  * calculate adjacent LD
 122
 123 ------------------------------------------------------------------------
 124 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
 125 Changed paths:
 126    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 127
 128 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
 129
 130 ------------------------------------------------------------------------
 131 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
 132 Changed paths:
 133    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 134    M /trunk/samtools/kaln.c
 135
 136  * removed a comment line in kaln.c
 137  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
 138
 139 ------------------------------------------------------------------------
 140 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
 141 Changed paths:
 142    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
 143
 144 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
 145 ------------------------------------------------------------------------
 146 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
 147 Changed paths:
 148    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 149    M /trunk/samtools/bamtk.c
 150    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
 151    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 152    M /trunk/samtools/samtools.1
 153
 154  * samtools-0.1.8-18 (r763)
 155  * added bcftools manual page
 156  * minor fix to mpileup and view command lines
 157
 158 ------------------------------------------------------------------------
 159 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
 160 Changed paths:
 161    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 162    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 163    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 164
 165  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 166  * allow to call genotypes at variant sites
 167
 168 ------------------------------------------------------------------------
 169 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
 170 Changed paths:
 171    M /trunk/samtools/kaln.c
 172    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 173
 174 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
 175 being conservative here is a good thing...
 176
 177 ------------------------------------------------------------------------
 178 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
 179 Changed paths:
 180    M /trunk/samtools/bamtk.c
 181    M /trunk/samtools/kaln.c
 182    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 183
 184  * samtools-0.1.8-17 (r760)
 185  * the default gap open penalty is too small (a typo)
 186  * added comments on hmm_realn
 187  * Java implementation
 188
 189 ------------------------------------------------------------------------
 190 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 191 Changed paths:
 192    M /trunk/samtools/bamtk.c
 193
 194 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
 195
 196 ------------------------------------------------------------------------
 197 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 198 Changed paths:
 199    M /trunk/samtools/kaln.c
 200
 201 round to the nearest integer
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
 205 Changed paths:
 206    M /trunk/samtools/kaln.c
 207
 208 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
 209 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
 210 multiplication. OK. I will stop.
 211
 212 ------------------------------------------------------------------------
 213 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 214 Changed paths:
 215    M /trunk/samtools/kaln.c
 216
 217 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
 218
 219 ------------------------------------------------------------------------
 220 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 221 Changed paths:
 222    M /trunk/samtools/kaln.c
 223
 224 minor changes
 225
 226 ------------------------------------------------------------------------
 227 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 228 Changed paths:
 229    M /trunk/samtools/bam_md.c
 230    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 231    M /trunk/samtools/kaln.c
 232
 233 prob_realn() seems working!
 234
 235 ------------------------------------------------------------------------
 236 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 237 Changed paths:
 238    M /trunk/samtools/kaln.c
 239
 240 minor
 241
 242 ------------------------------------------------------------------------
 243 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 244 Changed paths:
 245    M /trunk/samtools/kaln.c
 246    M /trunk/samtools/kaln.h
 247
 248 Convert phredQ to probabilities
 249
 250 ------------------------------------------------------------------------
 251 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 252 Changed paths:
 253    M /trunk/samtools/kaln.c
 254    M /trunk/samtools/kaln.h
 255
 256 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
 257
 258 ------------------------------------------------------------------------
 259 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 260 Changed paths:
 261    M /trunk/samtools/kaln.c
 262
 263 improve numerical stability
 264
 265 ------------------------------------------------------------------------
 266 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 267 Changed paths:
 268    M /trunk/samtools/kaln.c
 269
 270 more comments
 271
 272 ------------------------------------------------------------------------
 273 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 274 Changed paths:
 275    M /trunk/samtools/kaln.c
 276
 277 fixed a bug in banded DP
 278
 279 ------------------------------------------------------------------------
 280 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
 281 Changed paths:
 282    M /trunk/samtools/kaln.c
 283
 284  * fixed that weird issue.
 285  * the banded version is NOT working
 286
 287 ------------------------------------------------------------------------
 288 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 289 Changed paths:
 290    M /trunk/samtools/kaln.c
 291
 292 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
 293
 294 ------------------------------------------------------------------------
 295 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 296 Changed paths:
 297    M /trunk/samtools/kaln.c
 298
 299 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
 300 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
 301 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
 302 the implementation may not be obvious.
 303
 304
 305 ------------------------------------------------------------------------
 306 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 307 Changed paths:
 308    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 309    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 310    M /trunk/samtools/kaln.c
 311    M /trunk/samtools/kaln.h
 312
 313 ...
 314
 315 ------------------------------------------------------------------------
 316 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 317 Changed paths:
 318    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 319
 320 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
 321 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
 322
 323 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
 324 to samtools merge's exit status.
 325
 326 ------------------------------------------------------------------------
 327 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
 328 Changed paths:
 329    M /trunk/samtools/bam_index.c
 330
 331 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
 332 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
 333 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
 334 call, so the cost is insignificant in the normal case.
 335
 336 ------------------------------------------------------------------------
 337 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
 338 Changed paths:
 339    M /trunk/samtools/bam.c
 340    M /trunk/samtools/bam.h
 341
 342 Add bam_validate1().
 343
 344 ------------------------------------------------------------------------
 345 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 346 Changed paths:
 347    M /trunk/samtools/bam_md.c
 348    M /trunk/samtools/bamtk.c
 349
 350  * samtools-0.1.8-15 (r379)
 351  * allow to change capQ parameter in calmd
 352
 353 ------------------------------------------------------------------------
 354 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
 355 Changed paths:
 356    M /trunk/samtools/bam_index.c
 357    M /trunk/samtools/sam_view.c
 358
 359 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
 360 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
 361 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
 362 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
 363 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
 364 returned) indicates corrupted input.
 365
 366 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
 367
 368 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
 369 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
 370 to the .bam file it is being used with.
 371
 372 ------------------------------------------------------------------------
 373 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 374 Changed paths:
 375    M /trunk/samtools/bam_index.c
 376
 377 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
 378 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
 379
 380 ------------------------------------------------------------------------
 381 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 382 Changed paths:
 383    M /trunk/samtools/bam.h
 384    M /trunk/samtools/bam_index.c
 385    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 386
 387  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
 388
 389 ------------------------------------------------------------------------
 390 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 391 Changed paths:
 392    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 393
 394 improve qstats by checking the alleles as well
 395
 396 ------------------------------------------------------------------------
 397 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 398 Changed paths:
 399    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 400
 401 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
 402
 403 ------------------------------------------------------------------------
 404 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 405 Changed paths:
 406    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 407
 408 hapmap2vcf convertor
 409
 410 ------------------------------------------------------------------------
 411 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
 412 Changed paths:
 413    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 414    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 415    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 416    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 417
 418  * added comments
 419  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
 420
 421 ------------------------------------------------------------------------
 422 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 423 Changed paths:
 424    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 425    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 426    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 427    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 428    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 429    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 430
 431  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
 432
 433 ------------------------------------------------------------------------
 434 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
 435 Changed paths:
 436    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 437    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 438    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
 439
 440 fixed a bug in indexing
 441
 442 ------------------------------------------------------------------------
 443 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 444 Changed paths:
 445    M /trunk/samtools/bam.c
 446    M /trunk/samtools/bam_md.c
 447    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 448
 449  * fixed a bug in capQ
 450  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
 451
 452 ------------------------------------------------------------------------
 453 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 454 Changed paths:
 455    M /trunk/samtools/bgzip.c
 456    M /trunk/samtools/razip.c
 457
 458  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
 459  * copy tabix/bgzip to here
 460
 461 ------------------------------------------------------------------------
 462 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 463 Changed paths:
 464    M /trunk/samtools/bam_md.c
 465    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 466    M /trunk/samtools/bamtk.c
 467
 468  * samtools-0.1.8-14 (r727)
 469  * allow to change the capQ parameter at the command line
 470
 471 ------------------------------------------------------------------------
 472 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
 473 Changed paths:
 474    M /trunk/samtools/bam_md.c
 475    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 476    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 477    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 478
 479  * added varFilter to vcfutils.pl
 480  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
 481  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
 482
 483 ------------------------------------------------------------------------
 484 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
 485 Changed paths:
 486    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 487    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
 488    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 489
 490  * convert BCF to QCALL input
 491
 492 ------------------------------------------------------------------------
 493 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 494 Changed paths:
 495    M /trunk/samtools/bam_md.c
 496
 497 dynamic band width in realignment
 498
 499 ------------------------------------------------------------------------
 500 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 501 Changed paths:
 502    M /trunk/samtools/bam_md.c
 503    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 504
 505 fixed a bug in realignment
 506
 507 ------------------------------------------------------------------------
 508 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 509 Changed paths:
 510    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 511
 512 fixed a minor issue
 513
 514 ------------------------------------------------------------------------
 515 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 516 Changed paths:
 517    M /trunk/samtools/Makefile
 518    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 519    M /trunk/samtools/bam_md.c
 520
 521 fixed a bug in realignment
 522
 523 ------------------------------------------------------------------------
 524 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 525 Changed paths:
 526    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 527
 528 minor changes. It is BUGGY now!
 529
 530 ------------------------------------------------------------------------
 531 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
 532 Changed paths:
 533    M /trunk/samtools/bam_md.c
 534    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 535    M /trunk/samtools/kaln.c
 536    M /trunk/samtools/kaln.h
 537
 538  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
 539  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
 540  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
 541
 542 ------------------------------------------------------------------------
 543 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 544 Changed paths:
 545    M /trunk/samtools
 546
 547 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
 548
 549 ------------------------------------------------------------------------
 550 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
 551 Changed paths:
 552    M /trunk/samtools
 553    M /trunk/samtools/bcftools
 554    M /trunk/samtools/misc
 555
 556 Add svn:ignore properties listing the generated files.
 557 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
 558
 559 ------------------------------------------------------------------------
 560 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
 561 Changed paths:
 562    M /trunk/samtools/bamtk.c
 563    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 564    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 565    M /trunk/samtools/sample.c
 566    M /trunk/samtools/sample.h
 567
 568  * samtools-0.1.8-13 (r715)
 569  * fixed a bug in identifying SM across files
 570  * bcftools: estimate heterozygosity
 571  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
 572
 573 ------------------------------------------------------------------------
 574 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
 575 Changed paths:
 576    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 577    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 578    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 579    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 580
 581 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
 582
 583 ------------------------------------------------------------------------
 584 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
 585 Changed paths:
 586    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 587    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 588    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 589    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 590
 591  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
 592  * fixed a bug in the contrast caller
 593  * calculate heterozygosity
 594
 595 ------------------------------------------------------------------------
 596 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 597 Changed paths:
 598    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 599    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 600    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 601
 602 SNP calling from the GL field
 603
 604 ------------------------------------------------------------------------
 605 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 606 Changed paths:
 607    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 608
 609 fixed another problem
 610
 611 ------------------------------------------------------------------------
 612 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
 613 Changed paths:
 614    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 615    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 616
 617  * fixed bugs in parsing VCF
 618  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
 619
 620 ------------------------------------------------------------------------
 621 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 622 Changed paths:
 623    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 624    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 625
 626 Do not compile _BCF_QUAD by default
 627
 628 ------------------------------------------------------------------------
 629 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 630 Changed paths:
 631    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 632    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 633    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 634    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 635
 636 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
 637
 638 ------------------------------------------------------------------------
 639 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 640 Changed paths:
 641    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 642
 643 more commands for my own uses
 644
 645 ------------------------------------------------------------------------
 646 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 647 Changed paths:
 648    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 649
 650 Utilities for processing VCF
 651
 652 ------------------------------------------------------------------------
 653 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
 654 Changed paths:
 655    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 656    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 657    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 658    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 659
 660 preliminary contrast variant caller
 661
 662 ------------------------------------------------------------------------
 663 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
 664 Changed paths:
 665    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 666    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 667    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 668
 669 z' and z'' can be calculated
 670
 671 ------------------------------------------------------------------------
 672 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
 673 Changed paths:
 674    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 675    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
 676    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 677    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 678
 679  * rename vcfout.c as call1.c
 680  * prepare to add two-sample comparison
 681
 682 ------------------------------------------------------------------------
 683 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
 684 Changed paths:
 685    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 686
 687 fixed a bug in calculating the t statistics
 688
 689 ------------------------------------------------------------------------
 690 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
 691 Changed paths:
 692    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 693    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 694    M /trunk/samtools/bamtk.c
 695    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
 696    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 697
 698  * samtools-0.1.8-13 (r698)
 699  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
 700
 701 ------------------------------------------------------------------------
 702 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
 703 Changed paths:
 704    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
 705
 706 added regularized incomplete beta function
 707
 708 ------------------------------------------------------------------------
 709 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
 710 Changed paths:
 711    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 712    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 713
 714 change the default correlation coefficient
 715
 716 ------------------------------------------------------------------------
 717 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
 718 Changed paths:
 719    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 720    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 721
 722 print QUAL as floating numbers
 723
 724 ------------------------------------------------------------------------
 725 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
 726 Changed paths:
 727    M /trunk/samtools/Makefile
 728    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 729    M /trunk/samtools/bamtk.c
 730    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 731    A /trunk/samtools/sample.c
 732    A /trunk/samtools/sample.h
 733
 734  * samtools-0.1.8-12 (r692)
 735  * group data by samples in "mpileup -g"
 736
 737 ------------------------------------------------------------------------
 738 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
 739 Changed paths:
 740    M /trunk/samtools/Makefile
 741    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
 742    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
 743    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 744
 745 remove VCF output in mpileup
 746
 747 ------------------------------------------------------------------------
 748 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
 749 Changed paths:
 750    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 751    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 752
 753  * use the revised MAQ error model for mpileup
 754  * prepare to remove the independent model from mpileup
 755
 756 ------------------------------------------------------------------------
 757 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
 758 Changed paths:
 759    M /trunk/samtools/Makefile
 760    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 761    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 762    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 763    A /trunk/samtools/errmod.c
 764    A /trunk/samtools/errmod.h
 765    M /trunk/samtools/ksort.h
 766
 767 added revised MAQ error model
 768
 769 ------------------------------------------------------------------------
 770 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
 771 Changed paths:
 772    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 773    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 774    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 775
 776 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
 777
 778 ------------------------------------------------------------------------
 779 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
 780 Changed paths:
 781    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
 782    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 783
 784  * write a little more VCF header
 785  * concatenate BCFs
 786
 787 ------------------------------------------------------------------------
 788 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
 789 Changed paths:
 790    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 791    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 792    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
 793
 794 use float for QUAL
 795
 796 ------------------------------------------------------------------------
 797 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
 798 Changed paths:
 799    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 800    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 801
 802 faster for large sample size (in principle)
 803
 804 ------------------------------------------------------------------------
 805 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
 806 Changed paths:
 807    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 808
 809  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
 810  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
 811  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
 812
 813 ------------------------------------------------------------------------
 814 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
 815 Changed paths:
 816    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 817
 818 fixed an issue in parsing integer
 819
 820 ------------------------------------------------------------------------
 821 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
 822 Changed paths:
 823    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 824
 825 do not print refname if file is converted from VCF
 826
 827 ------------------------------------------------------------------------
 828 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
 829 Changed paths:
 830    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 831
 832  * parse PL
 833  * fixed a bug in parsing VCF
 834
 835 ------------------------------------------------------------------------
 836 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
 837 Changed paths:
 838    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 839    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 840    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 841    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
 842    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 843    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 844    M /trunk/samtools/bgzf.c
 845    M /trunk/samtools/kstring.c
 846
 847  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
 848  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
 849  * improved view interface
 850
 851 ------------------------------------------------------------------------
 852 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
 853 Changed paths:
 854    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 855    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 856    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 857    M /trunk/samtools/kstring.c
 858    M /trunk/samtools/kstring.h
 859
 860  * improved kstring (added kstrtok)
 861  * removed the limit on the format string length in bcftools
 862  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
 863
 864 ------------------------------------------------------------------------
 865 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
 866 Changed paths:
 867    A /trunk/samtools/bcftools/README
 868    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 869
 870 help messages
 871
 872 ------------------------------------------------------------------------
 873 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
 874 Changed paths:
 875    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 876
 877 perform single-tail test for ED4
 878
 879 ------------------------------------------------------------------------
 880 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
 881 Changed paths:
 882    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 883    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
 884    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 885
 886  * test depth, end distance and HWE
 887
 888 ------------------------------------------------------------------------
 889 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
 890 Changed paths:
 891    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
 892
 893 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
 894
 895 ------------------------------------------------------------------------
 896 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
 897 Changed paths:
 898    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 899    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 900    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
 901    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 902    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 903    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 904
 905  * bcftools: add HWE (no testing for now)
 906  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
 907
 908 ------------------------------------------------------------------------
 909 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
 910 Changed paths:
 911    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
 912
 913  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
 914  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
 915
 916 ------------------------------------------------------------------------
 917 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
 918 Changed paths:
 919    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
 920
 921 Fisher's exact test
 922
 923 ------------------------------------------------------------------------
 924 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
 925 Changed paths:
 926    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 927    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 928    M /trunk/samtools/bamtk.c
 929    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 930
 931  * samtools-0.1.8-11 (r672)
 932  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
 933
 934 ------------------------------------------------------------------------
 935 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
 936 Changed paths:
 937    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 938    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 939    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
 940
 941  * the code base is stablized again.
 942  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
 943
 944 ------------------------------------------------------------------------
 945 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
 946 Changed paths:
 947    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 948
 949 minor
 950
 951 ------------------------------------------------------------------------
 952 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
 953 Changed paths:
 954    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 955
 956 unfinished vcf parser
 957
 958 ------------------------------------------------------------------------
 959 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
 960 Changed paths:
 961    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 962    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 963    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 964    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 965    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
 966    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
 967    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 968    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 969
 970  * added prelimiary VCF parser (not finished)
 971  * change struct a bit
 972
 973 ------------------------------------------------------------------------
 974 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
 975 Changed paths:
 976    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 977    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 978    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 979    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 980
 981  * allow to set min base q
 982  * fixed a bug in mpileup -u
 983
 984 ------------------------------------------------------------------------
 985 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
 986 Changed paths:
 987    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
 988
 989 spec
 990
 991 ------------------------------------------------------------------------
 992 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
 993 Changed paths:
 994    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 995
 996 added more examples
 997
 998 ------------------------------------------------------------------------
 999 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1000 Changed paths:
1001    M /trunk/samtools/Makefile
1002    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1003    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1004    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1005
1006 fixed compilation error
1007
1008 ------------------------------------------------------------------------
1009 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1010 Changed paths:
1011    M /trunk/samtools/Makefile
1012    D /trunk/samtools/bcf.c
1013    D /trunk/samtools/bcf.h
1014    A /trunk/samtools/bcftools
1015    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1016    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1017    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1018    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1019    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1020    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1021    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1022    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1023    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1024
1025 move bcftools to samtools
1026
1027 ------------------------------------------------------------------------
1028 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1029 Changed paths:
1030    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1031
1032 fixed another minor bug
1033
1034 ------------------------------------------------------------------------
1035 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1036 Changed paths:
1037    M /trunk/samtools/bamtk.c
1038    M /trunk/samtools/bcf.c
1039
1040  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1041  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1042
1043 ------------------------------------------------------------------------
1044 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1045 Changed paths:
1046    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1047    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1048
1049  * fixed a bug
1050  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1051
1052 ------------------------------------------------------------------------
1053 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1054 Changed paths:
1055    M /trunk/bcftools/bcf.c
1056    M /trunk/samtools/bcf.c
1057
1058 missing a column in VCF output...
1059
1060 ------------------------------------------------------------------------
1061 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1062 Changed paths:
1063    M /trunk/samtools/bcf.c
1064
1065 fixed a memory leak
1066
1067 ------------------------------------------------------------------------
1068 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1069 Changed paths:
1070    M /trunk/samtools/bcf.c
1071
1072 fixed a bug in bcf reader
1073
1074 ------------------------------------------------------------------------
1075 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1076 Changed paths:
1077    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1078
1079 fixed a bug
1080
1081 ------------------------------------------------------------------------
1082 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
1083 Changed paths:
1084    M /trunk/samtools/Makefile
1085    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1086    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1087    M /trunk/samtools/bamtk.c
1088
1089  * samtools-0.1.8-9 (r649)
1090  * lossless representation of PL in BCF output
1091
1092 ------------------------------------------------------------------------
1093 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1094 Changed paths:
1095    M /trunk/samtools/Makefile
1096    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
1097    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
1098    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1099    A /trunk/samtools/bcf.c
1100    A /trunk/samtools/bcf.h
1101
1102 Generate binary VCF
1103
1104 ------------------------------------------------------------------------
1105 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
1106 Changed paths:
1107    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1108    M /trunk/samtools/bamtk.c
1109
1110  * samtools-0.1.8-8 (r644)
1111  * mpileup becomes a little stable again
1112  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
1113  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
1114
1115 ------------------------------------------------------------------------
1116 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
1117 Changed paths:
1118    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1119
1120  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
1121  * I am going to clean up mcns a little bit
1122
1123 ------------------------------------------------------------------------
1124 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1125 Changed paths:
1126    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1127    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1128    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1129
1130 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
1131
1132 ------------------------------------------------------------------------
1133 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1134 Changed paths:
1135    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1136
1137 NOT ready yet. Going to make further changes...
1138
1139 ------------------------------------------------------------------------
1140 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
1141 Changed paths:
1142    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1143    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1144    M /trunk/samtools/bamtk.c
1145
1146  * samtools-0.1.8-7 (r639)
1147  * fixed the reference allele assignment
1148
1149 ------------------------------------------------------------------------
1150 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
1151 Changed paths:
1152    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1153    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1154    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1155    M /trunk/samtools/bamtk.c
1156
1157  * samtools-0.1.8-6 (r638)
1158  * skip isnan/isinf in case of float underflow
1159  * added the flat prior
1160  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
1161
1162 ------------------------------------------------------------------------
1163 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1164 Changed paths:
1165    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1166
1167 minor changes
1168
1169 ------------------------------------------------------------------------
1170 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1171 Changed paths:
1172    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1173    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1174    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1175    M /trunk/samtools/bamtk.c
1176
1177 minor tweaks
1178
1179 ------------------------------------------------------------------------
1180 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1181 Changed paths:
1182    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1183    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1184    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1185
1186 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
1187
1188 ------------------------------------------------------------------------
1189 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1190 Changed paths:
1191    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1192
1193 another minor fix to mpileup
1194
1195 ------------------------------------------------------------------------
1196 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1197 Changed paths:
1198    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1199
1200 added the format column
1201
1202 ------------------------------------------------------------------------
1203 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1204 Changed paths:
1205    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1206    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1207    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1208    M /trunk/samtools/bamtk.c
1209
1210 added an alternative prior
1211
1212 ------------------------------------------------------------------------
1213 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1214 Changed paths:
1215    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1216    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1217    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1218
1219 calculate posterior allele frequency
1220
1221 ------------------------------------------------------------------------
1222 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1223 Changed paths:
1224    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1225    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1226    M /trunk/samtools/bamtk.c
1227
1228  * samtools-0.1.8-3 (r627)
1229  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
1230
1231 ------------------------------------------------------------------------
1232 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1233 Changed paths:
1234    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1235    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1236    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1237    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1238
1239  * preliminary multisample SNP caller.
1240  * something looks not so right, but it largely works
1241
1242 ------------------------------------------------------------------------
1243 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1244 Changed paths:
1245    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1246    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1247    M /trunk/samtools/bamtk.c
1248
1249  * samtools-0.1.8-2 (r617)
1250  * allele frequency calculation apparently works...
1251
1252 ------------------------------------------------------------------------
1253 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1254 Changed paths:
1255    M /trunk/samtools/Makefile
1256    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
1257    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
1258    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1259
1260  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
1261  * improved the mpileup interface
1262
1263 ------------------------------------------------------------------------
1264 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
1265 Changed paths:
1266    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1267    M /trunk/samtools/bamtk.c
1268    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1269
1270  * samtools-0.1.8-1 (r615)
1271  * allow to get mpileup at required sites
1272
1273 ------------------------------------------------------------------------
1274 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1275 Changed paths:
1276    M /trunk/samtools/ChangeLog
1277    M /trunk/samtools/NEWS
1278    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1279    M /trunk/samtools/bamtk.c
1280    M /trunk/samtools/samtools.1
1281
1282 Release samtools-0.1.8
1283
1284 ------------------------------------------------------------------------
1285 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1286 Changed paths:
1287    M /trunk/samtools/knetfile.c
1288
1289 fixed a compiling issue for Windows
1290
1291 ------------------------------------------------------------------------
1292 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1293 Changed paths:
1294    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1295
1296 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
1297
1298 ------------------------------------------------------------------------
1299 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1300 Changed paths:
1301    M /trunk/samtools/NEWS
1302    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1303
1304 change the command line option of pileup
1305
1306 ------------------------------------------------------------------------
1307 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1308 Changed paths:
1309    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1310    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
1311    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
1312
1313 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
1314
1315 ------------------------------------------------------------------------
1316 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
1317 Changed paths:
1318    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1319    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1320    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1321    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1322
1323  * make tview more friendly
1324  * a temporary remedy for an issue in indel calling
1325
1326 ------------------------------------------------------------------------
1327 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1328 Changed paths:
1329    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1330    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1331    M /trunk/samtools/bamtk.c
1332
1333  * samtools-0.1.7-r607
1334  * improved the genotype accuracy for indels
1335  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
1336
1337 ------------------------------------------------------------------------
1338 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
1339 Changed paths:
1340    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1341
1342 removed a debugging example
1343
1344 ------------------------------------------------------------------------
1345 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1346 Changed paths:
1347    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1348    M /trunk/samtools/bamtk.c
1349
1350  * samtools-.1.7-18 (r605)
1351  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
1352    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
1353
1354 ------------------------------------------------------------------------
1355 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
1356 Changed paths:
1357    M /trunk/samtools/bam.h
1358    M /trunk/samtools/bam_index.c
1359    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1360
1361 fixed a minor bug in idxstats
1362
1363 ------------------------------------------------------------------------
1364 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
1365 Changed paths:
1366    M /trunk/samtools/bam_index.c
1367
1368 fixed a minor bug in indexing
1369
1370 ------------------------------------------------------------------------
1371 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
1372 Changed paths:
1373    M /trunk/samtools/ChangeLog
1374    M /trunk/samtools/bam.c
1375
1376 change printf() to puts in exporting
1377
1378 ------------------------------------------------------------------------
1379 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1380 Changed paths:
1381    M /trunk/samtools/bamtk.c
1382
1383 minor fix. No actual effect.
1384
1385 ------------------------------------------------------------------------
1386 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1387 Changed paths:
1388    M /trunk/samtools/Makefile
1389
1390 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
1391
1392 ------------------------------------------------------------------------
1393 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1394 Changed paths:
1395    M /trunk/samtools/ChangeLog
1396    M /trunk/samtools/bam_index.c
1397    M /trunk/samtools/bamtk.c
1398
1399  * samtools-0.1.7-17 (r596)
1400  * also keep the number of coor-less reads in the index file
1401
1402 ------------------------------------------------------------------------
1403 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1404 Changed paths:
1405    M /trunk/samtools/bam_index.c
1406    M /trunk/samtools/bamtk.c
1407
1408  * samtools-0.1.7-16 (r595)
1409  * write additional information to bam index
1410
1411 ------------------------------------------------------------------------
1412 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1413 Changed paths:
1414    M /trunk/samtools/bam_index.c
1415
1416 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
1417
1418 ------------------------------------------------------------------------
1419 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
1420 Changed paths:
1421    M /trunk/samtools/bam.h
1422    M /trunk/samtools/bam_index.c
1423    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1424    M /trunk/samtools/samtools.1
1425
1426 rename iterf as iter
1427
1428 ------------------------------------------------------------------------
1429 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
1430 Changed paths:
1431    M /trunk/samtools/ChangeLog
1432    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1433    M /trunk/samtools/bam_index.c
1434    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1435    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1436    M /trunk/samtools/bamtk.c
1437
1438  * samtools-0.1.7-15 (r592)
1439  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
1440  * improved the functionality of mpileup
1441
1442 ------------------------------------------------------------------------
1443 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1444 Changed paths:
1445    M /trunk/samtools/bam.h
1446    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1447    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1448    M /trunk/samtools/bamtk.c
1449
1450  * samtools-0.1.7-14 (r591)
1451  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
1452
1453 ------------------------------------------------------------------------
1454 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1455 Changed paths:
1456    M /trunk/samtools/bam.h
1457    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1458    M /trunk/samtools/bamtk.c
1459
1460  * samtools-0.1.7-13 (r590)
1461  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
1462
1463 ------------------------------------------------------------------------
1464 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1465 Changed paths:
1466    M /trunk/samtools/bam.h
1467    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1468    M /trunk/samtools/bamtk.c
1469
1470  * samtools-0.1.7-12 (r589)
1471  * added iterator-like APIs for pileup
1472
1473 ------------------------------------------------------------------------
1474 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1475 Changed paths:
1476    M /trunk/samtools/bam_index.c
1477    M /trunk/samtools/bamtk.c
1478
1479  * samtools-0.1.7-11 (r588)
1480  * ported a few improvements from tabix back to samtools
1481
1482 ------------------------------------------------------------------------
1483 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1484 Changed paths:
1485    M /trunk/samtools/bam.h
1486    M /trunk/samtools/bam_index.c
1487    M /trunk/samtools/bamtk.c
1488
1489  * samtools-0.1.7-10 (r587)
1490  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
1491
1492 ------------------------------------------------------------------------
1493 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1494 Changed paths:
1495    M /trunk/samtools/Makefile
1496    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
1497    M /trunk/samtools/bamtk.c
1498    M /trunk/samtools/bgzf.c
1499
1500  * samtools-0.1.7-9 (r586)
1501  * added "reheader" to replace the BAM header
1502
1503 ------------------------------------------------------------------------
1504 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1505 Changed paths:
1506    M /trunk/samtools/bam.c
1507    M /trunk/samtools/bamtk.c
1508    M /trunk/samtools/kstring.h
1509
1510  * samtools-0.1.7-8 (r585)
1511  * speed up "view"
1512
1513 ------------------------------------------------------------------------
1514 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
1515 Changed paths:
1516    M /trunk/samtools/bam.c
1517    M /trunk/samtools/bamtk.c
1518    M /trunk/samtools/bgzf.c
1519    M /trunk/samtools/bgzf.h
1520    M /trunk/samtools/kstring.h
1521    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1522
1523  * samtools-0.1.7-7 (r584)
1524  * ported tabix BGZF to samtools
1525  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
1526
1527 ------------------------------------------------------------------------
1528 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
1529 Changed paths:
1530    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
1531
1532 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
1533 ------------------------------------------------------------------------
1534 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
1535 Changed paths:
1536    M /trunk/samtools/samtools.1
1537
1538 Added a note about the indels coordinates
1539 ------------------------------------------------------------------------
1540 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
1541 Changed paths:
1542    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1543
1544 Added the possibility to print or not to print the reference allele
1545 ------------------------------------------------------------------------
1546 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
1547 Changed paths:
1548    M /trunk/samtools/sam_header.c
1549
1550 More descriptive message for space separated tags
1551 ------------------------------------------------------------------------
1552 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
1553 Changed paths:
1554    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1555
1556 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
1557 ------------------------------------------------------------------------
1558 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
1559 Changed paths:
1560    M /trunk/samtools/sam_header.c
1561
1562 Fixed the order of sequences in the header
1563 ------------------------------------------------------------------------
1564 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
1565 Changed paths:
1566    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1567
1568 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
1569 ------------------------------------------------------------------------
1570 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
1571 Changed paths:
1572    M /trunk/samtools/bam.c
1573
1574 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
1575 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
1576 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
1577
1578 ------------------------------------------------------------------------
1579 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
1580 Changed paths:
1581    M /trunk/samtools/AUTHORS
1582    M /trunk/samtools/bam.h
1583    M /trunk/samtools/bam_import.c
1584    M /trunk/samtools/sam_header.c
1585
1586 Improved efficiency of header parsing
1587 ------------------------------------------------------------------------
1588 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
1589 Changed paths:
1590    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1591
1592 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
1593
1594
1595 ------------------------------------------------------------------------
1596 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
1597 Changed paths:
1598    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1599
1600 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
1601 ------------------------------------------------------------------------
1602 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
1603 Changed paths:
1604    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1605
1606 Print an error for pileups in simple format
1607 ------------------------------------------------------------------------
1608 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
1609 Changed paths:
1610    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1611
1612 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
1613
1614 ------------------------------------------------------------------------
1615 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1616 Changed paths:
1617    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1618
1619 Added possibility to specify a custom column title for the data column
1620 ------------------------------------------------------------------------
1621 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1622 Changed paths:
1623    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1624
1625 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
1626 ------------------------------------------------------------------------
1627 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
1628 Changed paths:
1629    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1630
1631 Added VCF header
1632 ------------------------------------------------------------------------
1633 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
1634 Changed paths:
1635    M /trunk/samtools/ChangeLog
1636    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1637    M /trunk/samtools/bamtk.c
1638    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1639    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1640
1641  * samtools-0.1.7-6
1642  * fixed a bug in faidx
1643
1644 ------------------------------------------------------------------------
1645 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
1646 Changed paths:
1647    M /trunk/samtools/faidx.c
1648
1649 Put the right filename in the error message.
1650
1651 ------------------------------------------------------------------------
1652 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
1653 Changed paths:
1654    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1655    M /trunk/samtools/bamtk.c
1656
1657  * samtools-0.1.7-5 (r528)
1658  * further add new consensus generation strategy
1659
1660 ------------------------------------------------------------------------
1661 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1662 Changed paths:
1663    M /trunk/samtools/knetfile.c
1664
1665 Fixed a bug in knet_seek
1666 ------------------------------------------------------------------------
1667 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1668 Changed paths:
1669    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1670
1671 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
1672 ------------------------------------------------------------------------
1673 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1674 Changed paths:
1675    M /trunk/samtools/sam_header.c
1676
1677 Allow tabs in the CO header field
1678 ------------------------------------------------------------------------
1679 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
1680 Changed paths:
1681    M /trunk/samtools/Makefile
1682    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1683
1684 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
1685 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
1686
1687 ------------------------------------------------------------------------
1688 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
1689 Changed paths:
1690    M /trunk/samtools/Makefile
1691    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1692
1693 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
1694 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
1695 facilitate non-knet builds.
1696
1697 ------------------------------------------------------------------------
1698 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
1699 Changed paths:
1700    M /trunk/samtools/bamtk.c
1701    M /trunk/samtools/sam_view.c
1702
1703  * samtools-0.1.7-4 (r522)
1704  * fixed a bug in "view -r"
1705  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
1706
1707 ------------------------------------------------------------------------
1708 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
1709 Changed paths:
1710    M /trunk/samtools/bam_md.c
1711    M /trunk/samtools/bamtk.c
1712
1713  * samtools-0.1.7-3 (r521)
1714  * calmd: optionally mask matching bases as N
1715
1716 ------------------------------------------------------------------------
1717 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
1718 Changed paths:
1719    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1720    M /trunk/samtools/bamtk.c
1721    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1722
1723  * samtools-0.1.7-2 (r520)
1724  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
1725  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
1726
1727 ------------------------------------------------------------------------
1728 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
1729 Changed paths:
1730    M /trunk/samtools/Makefile
1731
1732 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
1733 as well, even with old-fashioned linkers.
1734
1735 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
1736 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
1737
1738 ------------------------------------------------------------------------
1739 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
1740 Changed paths:
1741    M /trunk/samtools/Makefile
1742    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1743
1744 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
1745
1746 ------------------------------------------------------------------------
1747 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
1748 Changed paths:
1749    M /trunk/samtools/bam_index.c
1750
1751 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
1752
1753 ------------------------------------------------------------------------
1754 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
1755 Changed paths:
1756    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
1757
1758 another example program
1759
1760 ------------------------------------------------------------------------
1761 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
1762 Changed paths:
1763    M /trunk/samtools/bam_import.c
1764    M /trunk/samtools/bamtk.c
1765    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1766    M /trunk/samtools/sam.c
1767
1768  * samtools-0.1.7-1 (r515)
1769  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
1770
1771 ------------------------------------------------------------------------
1772 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
1773 Changed paths:
1774    M /trunk/samtools/bam.c
1775
1776 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
1777
1778 ------------------------------------------------------------------------
1779 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
1780 Changed paths:
1781    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1782
1783 Update Makefile.mingw for the same reason
1784
1785 ------------------------------------------------------------------------
1786 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
1787 Changed paths:
1788    M /trunk/samtools/Makefile
1789
1790 Fixed a bug in compiling razip
1791
1792 ------------------------------------------------------------------------
1793 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
1794 Changed paths:
1795    M /trunk/samtools/ChangeLog
1796    M /trunk/samtools/NEWS
1797    M /trunk/samtools/bamtk.c
1798    M /trunk/samtools/samtools.1
1799
1800 Release samtools-0.1.7 (r510)
1801
1802 ------------------------------------------------------------------------
1803 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
1804 Changed paths:
1805    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1806    M /trunk/samtools/bamtk.c
1807
1808  * samtools-0.1.6-22 (r509)
1809  * forget to fix a similar problem in glfgen
1810
1811 ------------------------------------------------------------------------
1812 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
1813 Changed paths:
1814    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1815    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1816    M /trunk/samtools/bamtk.c
1817    M /trunk/samtools/sam_view.c
1818
1819  * samtools-0.1.6-21 (r508)
1820  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
1821
1822 ------------------------------------------------------------------------
1823 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
1824 Changed paths:
1825    M /trunk/samtools/bamtk.c
1826    M /trunk/samtools/sam_view.c
1827
1828  * samtools-0.1.6-19 (r494)
1829  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
1830
1831 ------------------------------------------------------------------------
1832 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
1833 Changed paths:
1834    M /trunk/samtools/Makefile
1835    M /trunk/samtools/bam.c
1836    M /trunk/samtools/bam_import.c
1837    M /trunk/samtools/bamtk.c
1838    M /trunk/samtools/sam.c
1839    M /trunk/samtools/sam_header.c
1840
1841  * samtools-0.1.6-18 (r493)
1842  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
1843  * a little code clean up in sam_header.c
1844
1845 ------------------------------------------------------------------------
1846 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
1847 Changed paths:
1848    M /trunk/samtools/sam_header.c
1849
1850 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
1851 ------------------------------------------------------------------------
1852 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
1853 Changed paths:
1854    M /trunk/samtools/sam_view.c
1855
1856  * BUGGY VERSION
1857  * fixed a minor bug
1858
1859 ------------------------------------------------------------------------
1860 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
1861 Changed paths:
1862    M /trunk/samtools/bam.c
1863    M /trunk/samtools/bam.h
1864    M /trunk/samtools/bam_import.c
1865    M /trunk/samtools/sam.c
1866
1867  * BUGGY VERSION
1868  * improved the interface a bit
1869  * bug unfixed
1870
1871 ------------------------------------------------------------------------
1872 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
1873 Changed paths:
1874    M /trunk/samtools/bam_import.c
1875    M /trunk/samtools/sam_header.c
1876    M /trunk/samtools/sam_header.h
1877
1878  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
1879  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
1880
1881 ------------------------------------------------------------------------
1882 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
1883 Changed paths:
1884    M /trunk/samtools/Makefile
1885    M /trunk/samtools/bam.c
1886    M /trunk/samtools/bam.h
1887    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1888    M /trunk/samtools/bam_import.c
1889    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1890    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1891    M /trunk/samtools/kaln.c
1892    M /trunk/samtools/sam.c
1893    M /trunk/samtools/sam_header.c
1894    M /trunk/samtools/sam_header.h
1895    M /trunk/samtools/sam_view.c
1896
1897  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
1898  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
1899
1900 ------------------------------------------------------------------------
1901 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
1902 Changed paths:
1903    M /trunk/samtools/sam_header.c
1904    M /trunk/samtools/sam_header.h
1905
1906 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
1907 ------------------------------------------------------------------------
1908 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
1909 Changed paths:
1910    M /trunk/samtools/sam_header.c
1911
1912
1913 ------------------------------------------------------------------------
1914 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
1915 Changed paths:
1916    A /trunk/samtools/sam_header.c
1917    A /trunk/samtools/sam_header.h
1918
1919
1920 ------------------------------------------------------------------------
1921 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
1922 Changed paths:
1923    M /trunk/samtools/bam_import.c
1924    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1925    M /trunk/samtools/bamtk.c
1926    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1927
1928  * samtools-0.1.6-17 (r484)
1929  * fixed a memory leak in rmdupse
1930  * fixed a bug in parsing @RG header lines
1931  * test rmdup in examples/
1932
1933 ------------------------------------------------------------------------
1934 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
1935 Changed paths:
1936    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1937    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1938    M /trunk/samtools/bamtk.c
1939
1940  * samtools-0.1.6-16 (r483)
1941  * unify the interface of rmdup and rmdupse
1942  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
1943
1944 ------------------------------------------------------------------------
1945 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
1946 Changed paths:
1947    M /trunk/samtools/bam.h
1948    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1949    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1950    M /trunk/samtools/bamtk.c
1951    A /trunk/samtools/klist.h
1952
1953  * samtools-0.1.6-15 (r482)
1954  * rewrite rmdupse
1955  * rmdupse is now library aware
1956
1957 ------------------------------------------------------------------------
1958 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
1959 Changed paths:
1960    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1961    M /trunk/samtools/bamtk.c
1962
1963  * samtools-0.1.6-14 (r480)
1964  * rmdup is now RG aware
1965
1966 ------------------------------------------------------------------------
1967 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
1968 Changed paths:
1969    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1970
1971 added a small unitity to parse SRA XML files
1972
1973 ------------------------------------------------------------------------
1974 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
1975 Changed paths:
1976    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1977    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1978    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1979    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1980    M /trunk/samtools/bamtk.c
1981
1982  * samtools-0.1.6-13 (r479)
1983  * merge: optionally use file names as RG tags
1984
1985 ------------------------------------------------------------------------
1986 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
1987 Changed paths:
1988    M /trunk/samtools/bam.c
1989    M /trunk/samtools/bam.h
1990    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1991    M /trunk/samtools/bamtk.c
1992    M /trunk/samtools/kaln.c
1993
1994  * samtools-0.1.6-12 (r478)
1995  * fixed a bug in the indel caller
1996
1997 ------------------------------------------------------------------------
1998 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
1999 Changed paths:
2000    M /trunk/samtools/bam_index.c
2001    M /trunk/samtools/bamtk.c
2002
2003  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2004  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2005
2006 ------------------------------------------------------------------------
2007 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2008 Changed paths:
2009    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2010
2011 Added the sam2vcf.pl script.
2012 ------------------------------------------------------------------------
2013 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2014 Changed paths:
2015    M /trunk/samtools/Makefile
2016    M /trunk/samtools/bam.c
2017    M /trunk/samtools/bam.h
2018    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2019    M /trunk/samtools/bamtk.c
2020    A /trunk/samtools/kaln.c
2021    A /trunk/samtools/kaln.h
2022
2023 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2024
2025 ------------------------------------------------------------------------
2026 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2027 Changed paths:
2028    M /trunk/samtools/knetfile.c
2029
2030 Removed the offending knet_seek message.
2031 ------------------------------------------------------------------------
2032 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2033 Changed paths:
2034    M /trunk/samtools/knetfile.c
2035    M /trunk/samtools/razf.c
2036
2037 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2038 ------------------------------------------------------------------------
2039 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2040 Changed paths:
2041    M /trunk/samtools/samtools.1
2042
2043 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2044
2045 ------------------------------------------------------------------------
2046 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2047 Changed paths:
2048    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2049
2050 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2051
2052 ------------------------------------------------------------------------
2053 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2054 Changed paths:
2055    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2056    M /trunk/samtools/bamtk.c
2057    M /trunk/samtools/knetfile.c
2058    M /trunk/samtools/knetfile.h
2059
2060  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2061  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2062
2063 ------------------------------------------------------------------------
2064 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2065 Changed paths:
2066    M /trunk/samtools/bam_index.c
2067    M /trunk/samtools/bamtk.c
2068
2069  * samtools-0.1.6-9 (r469)
2070  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
2071
2072 ------------------------------------------------------------------------
2073 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
2074 Changed paths:
2075    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2076    M /trunk/samtools/bamtk.c
2077    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2078
2079  * samtools-0.1.6-7 (r468)
2080  * make merge stable
2081
2082 ------------------------------------------------------------------------
2083 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
2084 Changed paths:
2085    M /trunk/samtools/bgzf.c
2086    M /trunk/samtools/bgzip.c
2087    M /trunk/samtools/razf.c
2088    M /trunk/samtools/razip.c
2089
2090 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
2091 ------------------------------------------------------------------------
2092 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
2093 Changed paths:
2094    M /trunk/samtools/ChangeLog
2095    M /trunk/samtools/bam_md.c
2096    M /trunk/samtools/bamtk.c
2097
2098  * samtools-0.1.6-6 (r466)
2099  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
2100
2101 ------------------------------------------------------------------------
2102 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
2103 Changed paths:
2104    M /trunk/samtools/bam.c
2105    M /trunk/samtools/knetfile.c
2106
2107 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
2108 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
2109
2110 ------------------------------------------------------------------------
2111 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
2112 Changed paths:
2113    M /trunk/samtools/knetfile.c
2114    M /trunk/samtools/razf.c
2115
2116 A bug fix, "samtools view" is now working again.
2117 ------------------------------------------------------------------------
2118 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
2119 Changed paths:
2120    M /trunk/samtools/bamtk.c
2121    M /trunk/samtools/faidx.c
2122    M /trunk/samtools/knetfile.c
2123    M /trunk/samtools/knetfile.h
2124    M /trunk/samtools/razf.c
2125    M /trunk/samtools/razf.h
2126
2127  * samtools-0.1.6-5 (r462)
2128  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
2129
2130 ------------------------------------------------------------------------
2131 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
2132 Changed paths:
2133    M /trunk/samtools/samtools.1
2134
2135 fixed a formatting issue
2136
2137 ------------------------------------------------------------------------
2138 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
2139 Changed paths:
2140    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2141    M /trunk/samtools/bamtk.c
2142
2143  * samtools-0.1.6-4 (r459)
2144  * make sort output the result to stdout when -o is in use
2145
2146 ------------------------------------------------------------------------
2147 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
2148 Changed paths:
2149    M /trunk/samtools/bamtk.c
2150    M /trunk/samtools/faidx.c
2151    M /trunk/samtools/faidx.h
2152    M /trunk/samtools/samtools.1
2153
2154  * samtools-0.1.6-2 (r458)
2155  * added more interface to faidx (by Nils)
2156  * updated documentation
2157
2158 ------------------------------------------------------------------------
2159 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
2160 Changed paths:
2161    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2162    M /trunk/samtools/bamtk.c
2163
2164  * samtools-0.1.6-2 (r457)
2165  * get rid of three assert() in bam_sort.c
2166
2167 ------------------------------------------------------------------------
2168 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
2169 Changed paths:
2170    M /trunk/samtools/razf.c
2171
2172 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
2173 when opening the file fails.
2174
2175 ------------------------------------------------------------------------
2176 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
2177 Changed paths:
2178    M /trunk/samtools/ChangeLog
2179    M /trunk/samtools/NEWS
2180    M /trunk/samtools/bamtk.c
2181    M /trunk/samtools/samtools.1
2182    D /trunk/samtools/source.dot
2183
2184 Release samtools-0.1.6
2185
2186 ------------------------------------------------------------------------
2187 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
2188 Changed paths:
2189    M /trunk/samtools/bam_md.c
2190    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2191    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2192    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2193    M /trunk/samtools/bamtk.c
2194    M /trunk/samtools/samtools.1
2195
2196  * samtools-0.1.5-34 (r451)
2197  * applied the patch by John
2198  * improved the help message a little bit
2199
2200 ------------------------------------------------------------------------
2201 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
2202 Changed paths:
2203    M /trunk/samtools/bam_color.c
2204    M /trunk/samtools/bamtk.c
2205
2206  * samtools-0.1.5-33 (r450)
2207  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
2208
2209 ------------------------------------------------------------------------
2210 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
2211 Changed paths:
2212    M /trunk/samtools/bam_import.c
2213    M /trunk/samtools/bam_md.c
2214    M /trunk/samtools/bamtk.c
2215    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2216
2217  * samtools-0.1.5-32 (r449)
2218  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
2219  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
2220
2221 ------------------------------------------------------------------------
2222 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
2223 Changed paths:
2224    M /trunk/samtools/ChangeLog
2225    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2226    M /trunk/samtools/bamtk.c
2227    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2228
2229  * samtools-0.1.5-31 (r448)
2230  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
2231
2232 ------------------------------------------------------------------------
2233 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
2234 Changed paths:
2235    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2236    M /trunk/samtools/bamtk.c
2237
2238  * samtools-0.1.5-30 (r447)
2239  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
2240
2241 ------------------------------------------------------------------------
2242 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
2243 Changed paths:
2244    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2245    M /trunk/samtools/bamtk.c
2246
2247  *
2248
2249 ------------------------------------------------------------------------
2250 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
2251 Changed paths:
2252    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2253    M /trunk/samtools/bamtk.c
2254
2255  * samtools-0.1.5-28 (r444)
2256  * bug in "merge -n"
2257
2258 ------------------------------------------------------------------------
2259 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
2260 Changed paths:
2261    M /trunk/samtools/bam.c
2262    M /trunk/samtools/bam_import.c
2263    M /trunk/samtools/bamtk.c
2264
2265  * samtools-0.1.5-27 (r443)
2266  * SEQ and QUAL can be "*"
2267  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
2268
2269 ------------------------------------------------------------------------
2270 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
2271 Changed paths:
2272    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2273    M /trunk/samtools/bamtk.c
2274    M /trunk/samtools/misc/md5.c
2275    M /trunk/samtools/misc/md5.h
2276    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
2277
2278  * samtools-0.1.5-26 (r442)
2279  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
2280  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
2281
2282 ------------------------------------------------------------------------
2283 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
2284 Changed paths:
2285    M /trunk/samtools/bgzf.c
2286    M /trunk/samtools/bgzf.h
2287    M /trunk/samtools/bgzip.c
2288
2289 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
2290
2291 ------------------------------------------------------------------------
2292 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
2293 Changed paths:
2294    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2295    M /trunk/samtools/bamtk.c
2296
2297  * samtools-0.1.5-25 (r436)
2298  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
2299
2300 ------------------------------------------------------------------------
2301 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2302 Changed paths:
2303    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2304
2305 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
2306
2307 ------------------------------------------------------------------------
2308 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2309 Changed paths:
2310    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2311
2312 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
2313
2314 ------------------------------------------------------------------------
2315 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
2316 Changed paths:
2317    M /trunk/samtools/bamtk.c
2318    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2319    M /trunk/samtools/sam_view.c
2320
2321  * samtools-0.1.5-24 (r435)
2322  * fixed a typo
2323
2324 ------------------------------------------------------------------------
2325 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
2326 Changed paths:
2327    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2328    M /trunk/samtools/bamtk.c
2329
2330  * samtools-0.1.5-23 (r434)
2331  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
2332
2333 ------------------------------------------------------------------------
2334 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
2335 Changed paths:
2336    M /trunk/samtools/knetfile.c
2337
2338  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
2339  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
2340
2341 ------------------------------------------------------------------------
2342 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
2343 Changed paths:
2344    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2345    M /trunk/samtools/bamtk.c
2346    M /trunk/samtools/faidx.c
2347    M /trunk/samtools/razf.c
2348    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
2349    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
2350
2351  * samtools-0.1.5-22 (r432)
2352  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
2353  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
2354  * PDCurses support in Windows
2355
2356 ------------------------------------------------------------------------
2357 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2358 Changed paths:
2359    M /trunk/samtools/win32/libz.a
2360
2361 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
2362
2363 ------------------------------------------------------------------------
2364 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2365 Changed paths:
2366    M /trunk/samtools/knetfile.c
2367
2368 add comments
2369
2370 ------------------------------------------------------------------------
2371 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
2372 Changed paths:
2373    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2374    M /trunk/samtools/bamtk.c
2375    M /trunk/samtools/knetfile.c
2376    M /trunk/samtools/knetfile.h
2377
2378  * samtools-0.1.5-21 (r428)
2379  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
2380
2381 ------------------------------------------------------------------------
2382 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2383 Changed paths:
2384    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2385
2386 simplify MinGW Makefile
2387
2388 ------------------------------------------------------------------------
2389 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2390 Changed paths:
2391    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
2392    M /trunk/samtools/bam_import.c
2393    M /trunk/samtools/bamtk.c
2394    A /trunk/samtools/win32
2395    A /trunk/samtools/win32/libz.a
2396    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
2397    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
2398
2399  * samtools-0.1.5-20 (r427)
2400  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
2401    functionality are not tested at the moment.
2402  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
2403
2404 ------------------------------------------------------------------------
2405 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
2406 Changed paths:
2407    M /trunk/samtools/bamtk.c
2408    M /trunk/samtools/sam_view.c
2409
2410  * samtools-0.1.5-19 (r426)
2411  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
2412
2413 ------------------------------------------------------------------------
2414 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2415 Changed paths:
2416    M /trunk/samtools/bgzf.c
2417
2418 compatible with Windows binary files
2419
2420 ------------------------------------------------------------------------
2421 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2422 Changed paths:
2423    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2424    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2425    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2426    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2427    M /trunk/samtools/bamtk.c
2428    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2429
2430  * samtools-0.1.5-18 (r423)
2431  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
2432    of debugging at the moment
2433  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
2434
2435 ------------------------------------------------------------------------
2436 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
2437 Changed paths:
2438    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
2439
2440 convert BLAT psl to SAM.
2441
2442 ------------------------------------------------------------------------
2443 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
2444 Changed paths:
2445    M /trunk/samtools/ChangeLog
2446    M /trunk/samtools/bam.c
2447    M /trunk/samtools/bamtk.c
2448    M /trunk/samtools/bgzf.c
2449    M /trunk/samtools/bgzf.h
2450    M /trunk/samtools/knetfile.c
2451    M /trunk/samtools/sam.c
2452    M /trunk/samtools/sam_view.c
2453
2454  * samtools-0.1.5-17 (r422)
2455  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
2456  * write an empty BGZF block to every BGZF file
2457  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
2458  * update ChangeLog
2459
2460 ------------------------------------------------------------------------
2461 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
2462 Changed paths:
2463    M /trunk/samtools/bam_import.c
2464    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2465    M /trunk/samtools/bamtk.c
2466    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2467    M /trunk/samtools/sam.c
2468    M /trunk/samtools/sam.h
2469    M /trunk/samtools/sam_view.c
2470
2471  * samtools-0.1.5-16 (r421)
2472  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
2473
2474 ------------------------------------------------------------------------
2475 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
2476 Changed paths:
2477    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2478
2479 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
2480
2481 ------------------------------------------------------------------------
2482 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
2483 Changed paths:
2484    M /trunk/samtools/bam_import.c
2485    M /trunk/samtools/bamtk.c
2486    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2487    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2488
2489  * samtools-0.1.5-15 (r419)
2490  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
2491  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
2492  * add "unique" command to samtools.pl
2493
2494 ------------------------------------------------------------------------
2495 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
2496 Changed paths:
2497    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2498
2499 skip @header lines in SAM
2500
2501 ------------------------------------------------------------------------
2502 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2503 Changed paths:
2504    M /trunk/samtools/bamtk.c
2505    M /trunk/samtools/sam_view.c
2506
2507  * samtools-0.1.5-14 (r417)
2508  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
2509
2510 ------------------------------------------------------------------------
2511 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2512 Changed paths:
2513    M /trunk/samtools/bam.c
2514    M /trunk/samtools/bam.h
2515    M /trunk/samtools/bam_import.c
2516    M /trunk/samtools/bamtk.c
2517    M /trunk/samtools/sam.c
2518    M /trunk/samtools/sam.h
2519    M /trunk/samtools/sam_view.c
2520
2521  * samtools-0.1.5-17 (r416)
2522  * support import/export SAM with string tags
2523
2524 ------------------------------------------------------------------------
2525 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2526 Changed paths:
2527    M /trunk/samtools/bam.c
2528    M /trunk/samtools/bam.h
2529    M /trunk/samtools/bam_import.c
2530    M /trunk/samtools/bamtk.c
2531    M /trunk/samtools/sam.c
2532    M /trunk/samtools/sam.h
2533    M /trunk/samtools/sam_view.c
2534
2535  * samtools-0.1.5-12 (r415)
2536  * FLAG now can be in HEX
2537
2538 ------------------------------------------------------------------------
2539 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
2540 Changed paths:
2541    M /trunk/samtools/kstring.h
2542
2543 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
2544
2545 ------------------------------------------------------------------------
2546 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
2547 Changed paths:
2548    M /trunk/samtools/kstring.c
2549    M /trunk/samtools/kstring.h
2550
2551 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
2552
2553 ------------------------------------------------------------------------
2554 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
2555 Changed paths:
2556    M /trunk/samtools/bam_index.c
2557
2558 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
2559
2560 ------------------------------------------------------------------------
2561 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2562 Changed paths:
2563    M /trunk/samtools/bam_md.c
2564    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2565    M /trunk/samtools/bamtk.c
2566    M /trunk/samtools/bgzf.c
2567
2568  * samtools-0.1.5-11 (r408)
2569  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
2570    from fillmd.
2571  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
2572
2573 ------------------------------------------------------------------------
2574 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2575 Changed paths:
2576    M /trunk/samtools/bam.h
2577    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2578    M /trunk/samtools/bam_md.c
2579    M /trunk/samtools/bamtk.c
2580    M /trunk/samtools/sam.h
2581
2582  * samtools-0.1.5-10 (r407)
2583  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
2584  * fillmd: generate the NM tag
2585  * fillmd: cmd interface improvement
2586
2587 ------------------------------------------------------------------------
2588 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
2589 Changed paths:
2590    M /trunk/samtools/Makefile
2591
2592 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
2593
2594 ------------------------------------------------------------------------
2595 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2596 Changed paths:
2597    M /trunk/samtools/Makefile
2598    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2599    M /trunk/samtools/bamtk.c
2600
2601  * samtools-0.1.5-9 (r405)
2602  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
2603
2604 ------------------------------------------------------------------------
2605 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2606 Changed paths:
2607    M /trunk/samtools/Makefile
2608    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2609    M /trunk/samtools/bamtk.c
2610
2611  * samtools-0.1.5-8 (r404)
2612  * compatible with PDCurses
2613
2614 ------------------------------------------------------------------------
2615 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2616 Changed paths:
2617    M /trunk/samtools/bamtk.c
2618    M /trunk/samtools/kseq.h
2619
2620  * samtools-0.1.5-7 (r403)
2621  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
2622
2623 ------------------------------------------------------------------------
2624 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
2625 Changed paths:
2626    M /trunk/samtools/bam_import.c
2627    M /trunk/samtools/bam_index.c
2628    M /trunk/samtools/bamtk.c
2629    M /trunk/samtools/bgzf.c
2630
2631  * samtools-0.1.5-6 (r402)
2632  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
2633  * improve portability to MinGW
2634
2635 ------------------------------------------------------------------------
2636 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2637 Changed paths:
2638    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
2639    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
2640    D /trunk/samtools/bam_lite.c
2641
2642  * move bam_lite.c to bam-lite
2643  * copy bam.h to bam-lite
2644
2645 ------------------------------------------------------------------------
2646 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2647 Changed paths:
2648    M /trunk/samtools/bam.h
2649    M /trunk/samtools/bam_lite.c
2650    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2651    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2652    M /trunk/samtools/bamtk.c
2653
2654  * samtools-0.1.5-5 (r395)
2655  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
2656
2657 ------------------------------------------------------------------------
2658 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
2659 Changed paths:
2660    M /trunk/samtools/bamtk.c
2661    M /trunk/samtools/knetfile.c
2662    M /trunk/samtools/knetfile.h
2663
2664  * samtools-0.1.5-4 (r394)
2665  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
2666
2667 ------------------------------------------------------------------------
2668 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
2669 Changed paths:
2670    M /trunk/samtools/bam_index.c
2671    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2672    M /trunk/samtools/bamtk.c
2673    M /trunk/samtools/knetfile.c
2674    M /trunk/samtools/knetfile.h
2675
2676  * samtools-0.1.5-3 (r393)
2677  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
2678  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
2679    not seen the sideeffect so far.
2680
2681 ------------------------------------------------------------------------
2682 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
2683 Changed paths:
2684    M /trunk/samtools/samtools.1
2685
2686 Remove the warning in tview
2687
2688 ------------------------------------------------------------------------
2689 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
2690 Changed paths:
2691    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2692    M /trunk/samtools/bamtk.c
2693
2694  * samtools-0.1.5-2 (r391)
2695  * do not show a blank screen when no reads mapped
2696
2697 ------------------------------------------------------------------------
2698 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
2699 Changed paths:
2700    M /trunk/samtools/bam.h
2701    A /trunk/samtools/bam_lite.c
2702    M /trunk/samtools/bamtk.c
2703
2704  * samtools-0.1.5-1 (r390)
2705  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
2706  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
2707
2708 ------------------------------------------------------------------------
2709 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2710 Changed paths:
2711    M /trunk/samtools/bamtk.c
2712    M /trunk/samtools/knetfile.c
2713
2714 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
2715
2716 ------------------------------------------------------------------------
2717 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2718 Changed paths:
2719    M /trunk/samtools/bamtk.c
2720    M /trunk/samtools/sam.c
2721
2722 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
2723
2724 ------------------------------------------------------------------------
2725 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2726 Changed paths:
2727    M /trunk/samtools/Makefile
2728    M /trunk/samtools/bam.h
2729    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2730    M /trunk/samtools/bamtk.c
2731
2732 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
2733
2734 ------------------------------------------------------------------------
2735 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2736 Changed paths:
2737    M /trunk/samtools/ChangeLog
2738    M /trunk/samtools/NEWS
2739    M /trunk/samtools/bamtk.c
2740    M /trunk/samtools/samtools.1
2741
2742 Release samtools-0.1.5
2743
2744 ------------------------------------------------------------------------
2745 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
2746 Changed paths:
2747    M /trunk/samtools/bamtk.c
2748    M /trunk/samtools/sam.c
2749
2750  * samtools-0.1.4-23 (r372)
2751  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
2752
2753 ------------------------------------------------------------------------
2754 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
2755 Changed paths:
2756    M /trunk/samtools/samtools.1
2757
2758 update documentation
2759
2760 ------------------------------------------------------------------------
2761 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
2762 Changed paths:
2763    M /trunk/samtools/Makefile
2764
2765 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
2766
2767 ------------------------------------------------------------------------
2768 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
2769 Changed paths:
2770    M /trunk/samtools/ChangeLog
2771    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2772    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2773    M /trunk/samtools/bamtk.c
2774
2775  * samtools-0.1.4-22 (r369)
2776  * in pileup, optionally print E2 and U2
2777  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
2778
2779 ------------------------------------------------------------------------
2780 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
2781 Changed paths:
2782    M /trunk/samtools/bam.c
2783    M /trunk/samtools/bam.h
2784    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2785    M /trunk/samtools/bam_index.c
2786    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2787    M /trunk/samtools/bam_md.c
2788    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2789    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2790    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2791    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2792    M /trunk/samtools/bamtk.c
2793    M /trunk/samtools/faidx.c
2794    M /trunk/samtools/faidx.h
2795    M /trunk/samtools/glf.c
2796
2797  * samtools-0.1.4-21 (r368)
2798  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
2799    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
2800    inconsistency. I was just a bit lazy.
2801  * small memory leak may be present on failure, though
2802
2803 ------------------------------------------------------------------------
2804 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
2805 Changed paths:
2806    M /trunk/samtools/knetfile.c
2807
2808 reduce the chance of blocking in FTP connection
2809
2810 ------------------------------------------------------------------------
2811 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
2812 Changed paths:
2813    M /trunk/samtools/knetfile.c
2814
2815 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
2816
2817 ------------------------------------------------------------------------
2818 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
2819 Changed paths:
2820    M /trunk/samtools/bam_index.c
2821    M /trunk/samtools/bamtk.c
2822    M /trunk/samtools/knetfile.c
2823    M /trunk/samtools/knetfile.h
2824
2825  * samtools-0.1.4-20 (r365)
2826  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
2827
2828 ------------------------------------------------------------------------
2829 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
2830 Changed paths:
2831    M /trunk/samtools/bamtk.c
2832    M /trunk/samtools/knetfile.c
2833
2834  * samtools-0.1.4-19 (r364)
2835  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
2836
2837 ------------------------------------------------------------------------
2838 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
2839 Changed paths:
2840    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2841    M /trunk/samtools/bamtk.c
2842    M /trunk/samtools/bgzf.c
2843    M /trunk/samtools/bgzf.h
2844    M /trunk/samtools/knetfile.c
2845    M /trunk/samtools/knetfile.h
2846
2847  * samtools-0.1.4-18 (r363)
2848  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
2849  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
2850
2851 ------------------------------------------------------------------------
2852 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
2853 Changed paths:
2854    M /trunk/samtools/bgzf.c
2855
2856 write changelog
2857
2858 ------------------------------------------------------------------------
2859 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
2860 Changed paths:
2861    M /trunk/samtools/bam_index.c
2862    M /trunk/samtools/bamtk.c
2863
2864  * samtools-0.1.4-17 (r361)
2865  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
2866
2867 ------------------------------------------------------------------------
2868 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
2869 Changed paths:
2870    M /trunk/samtools/Makefile
2871    M /trunk/samtools/bam_import.c
2872    M /trunk/samtools/bam_index.c
2873    M /trunk/samtools/bamtk.c
2874    M /trunk/samtools/bgzf.c
2875    M /trunk/samtools/bgzf.h
2876    M /trunk/samtools/knetfile.c
2877    M /trunk/samtools/knetfile.h
2878
2879  * samtools-0.1.4-16 (r360)
2880  * report more information in index when the input is not sorted
2881  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
2882  * support knetfile library in BGZF
2883
2884 ------------------------------------------------------------------------
2885 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
2886 Changed paths:
2887    M /trunk/samtools/knetfile.c
2888    M /trunk/samtools/knetfile.h
2889
2890 fixed bugs in knetfile.*
2891
2892 ------------------------------------------------------------------------
2893 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
2894 Changed paths:
2895    A /trunk/samtools/knetfile.h
2896
2897 this is the header file
2898
2899 ------------------------------------------------------------------------
2900 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
2901 Changed paths:
2902    A /trunk/samtools/knetfile.c
2903
2904  * open a file at FTP
2905  * preliminary version
2906
2907 ------------------------------------------------------------------------
2908 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
2909 Changed paths:
2910    M /trunk/samtools/bam.c
2911    M /trunk/samtools/bamtk.c
2912
2913  * samtools-0.1.4-15 (r354)
2914  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
2915
2916 ------------------------------------------------------------------------
2917 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
2918 Changed paths:
2919    M /trunk/samtools/bamtk.c
2920    M /trunk/samtools/faidx.c
2921
2922  * samtools-0.1.4-13 (r351)
2923  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
2924  * hope this does not introduce new bugs...
2925
2926 ------------------------------------------------------------------------
2927 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
2928 Changed paths:
2929    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2930    M /trunk/samtools/bamtk.c
2931
2932  * samtools-0.1.4-13 (r350)
2933  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
2934
2935 ------------------------------------------------------------------------
2936 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
2937 Changed paths:
2938    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2939    M /trunk/samtools/bamtk.c
2940    M /trunk/samtools/sam_view.c
2941
2942  * samtools-0.1.4-12 (r347)
2943  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
2944
2945 ------------------------------------------------------------------------
2946 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
2947 Changed paths:
2948    M /trunk/samtools/Makefile
2949    M /trunk/samtools/bamtk.c
2950    M /trunk/samtools/sam_view.c
2951    M /trunk/samtools/samtools.1
2952
2953  * samtools-0.1.4-11 (r346)
2954  * allow to select a read group at view command-line
2955
2956 ------------------------------------------------------------------------
2957 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
2958 Changed paths:
2959    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
2960
2961 added more comments
2962
2963 ------------------------------------------------------------------------
2964 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
2965 Changed paths:
2966    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
2967
2968 nothing really
2969
2970 ------------------------------------------------------------------------
2971 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
2972 Changed paths:
2973    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2974    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
2975
2976 added an example of calculating read depth
2977
2978 ------------------------------------------------------------------------
2979 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
2980 Changed paths:
2981    M /trunk/samtools/Makefile
2982    M /trunk/samtools/bam.h
2983    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2984    A /trunk/samtools/bam_color.c
2985    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2986    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2987    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2988    M /trunk/samtools/bamtk.c
2989    M /trunk/samtools/sam.c
2990    M /trunk/samtools/sam.h
2991
2992  * samtools-0.1.4-10 (r341)
2993  * only include key APIs in libbam.a
2994  * move color-specific routines to bam_color.c
2995  * update documentations
2996  * remove the support of -q in pileup
2997
2998 ------------------------------------------------------------------------
2999 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3000 Changed paths:
3001    M /trunk/samtools/INSTALL
3002    M /trunk/samtools/Makefile
3003    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3004    M /trunk/samtools/bam_import.c
3005    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3006    M /trunk/samtools/bamtk.c
3007    M /trunk/samtools/razf.c
3008    M /trunk/samtools/sam_view.c
3009
3010  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3011  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3012  * fixed a compilation warning
3013  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3014  * detect NCURSES in bam_tview.c
3015
3016 ------------------------------------------------------------------------
3017 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3018 Changed paths:
3019    M /trunk/samtools/INSTALL
3020
3021 update INSTALL
3022
3023 ------------------------------------------------------------------------
3024 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3025 Changed paths:
3026    M /trunk/samtools/bam.c
3027    M /trunk/samtools/bam.h
3028    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3029    M /trunk/samtools/bam_import.c
3030    M /trunk/samtools/bamtk.c
3031    M /trunk/samtools/kstring.h
3032    M /trunk/samtools/sam.c
3033    M /trunk/samtools/sam_view.c
3034
3035  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3036  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3037    command line
3038
3039 ------------------------------------------------------------------------
3040 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3041 Changed paths:
3042    M /trunk/samtools/bamtk.c
3043    M /trunk/samtools/bgzf.c
3044    M /trunk/samtools/bgzf.h
3045    M /trunk/samtools/sam.c
3046    M /trunk/samtools/sam_view.c
3047
3048  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3049  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3050  * "samtools view" support "-u" command-line option
3051
3052 ------------------------------------------------------------------------
3053 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3054 Changed paths:
3055    M /trunk/samtools/Makefile
3056    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3057    M /trunk/samtools/razf.c
3058    M /trunk/samtools/razf.h
3059    M /trunk/samtools/razip.c
3060
3061  * no changes to samtools itself
3062  * remove zlib source codes
3063  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3064  * on old version of zlib, writing is not available
3065
3066 ------------------------------------------------------------------------
3067 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3068 Changed paths:
3069    D /trunk/samtools/zlib
3070
3071 remove zlib for simplification...
3072
3073 ------------------------------------------------------------------------
3074 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3075 Changed paths:
3076    M /trunk/samtools/bam.h
3077    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3078    M /trunk/samtools/bamtk.c
3079
3080  * samtools-0.1.4-6 (r334)
3081  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
3082    been implemented in that.
3083  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
3084
3085 ------------------------------------------------------------------------
3086 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3087 Changed paths:
3088    M /trunk/samtools/ChangeLog
3089
3090 update ChangeLog
3091
3092 ------------------------------------------------------------------------
3093 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3094 Changed paths:
3095    M /trunk/samtools/AUTHORS
3096    M /trunk/samtools/Makefile
3097    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3098
3099 fixed minor things in Makefile
3100
3101 ------------------------------------------------------------------------
3102 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3103 Changed paths:
3104    M /trunk/samtools/bamtk.c
3105
3106  * samtools-0.1.4-5 (r3310
3107  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
3108    changes in the Makefile building system.
3109
3110 ------------------------------------------------------------------------
3111 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3112 Changed paths:
3113    M /trunk/samtools/AUTHORS
3114    D /trunk/samtools/README
3115
3116 update information...
3117
3118 ------------------------------------------------------------------------
3119 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3120 Changed paths:
3121    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
3122
3123  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
3124  * this version works with indels
3125
3126 ------------------------------------------------------------------------
3127 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3128 Changed paths:
3129    M /trunk/samtools/INSTALL
3130    M /trunk/samtools/Makefile
3131    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3132    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
3133
3134  * update Makefile
3135  * update INSTALL instruction
3136
3137 ------------------------------------------------------------------------
3138 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3139 Changed paths:
3140    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
3141    D /trunk/samtools/Makefile.am
3142    D /trunk/samtools/Makefile.generic
3143    D /trunk/samtools/Makefile.lite
3144    D /trunk/samtools/autogen.sh
3145    D /trunk/samtools/cleanup.sh
3146    D /trunk/samtools/configure.ac
3147    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
3148    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3149    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3150    M /trunk/samtools/razf.c
3151    A /trunk/samtools/zlib
3152    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
3153    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
3154    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
3155    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
3156    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
3157    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
3158    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
3159    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
3160    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
3161    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
3162    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
3163    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
3164    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
3165    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
3166    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
3167    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
3168    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
3169    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
3170    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
3171    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
3172    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
3173    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
3174    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
3175    D /trunk/samtools/zutil.h
3176
3177  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
3178  * prepare to changed back to the Makefile building system
3179  * unfinished! (will be soon)
3180
3181 ------------------------------------------------------------------------
3182 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3183 Changed paths:
3184    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3185
3186 Unfinished
3187
3188 ------------------------------------------------------------------------
3189 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3190 Changed paths:
3191    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3192    M /trunk/samtools/bamtk.c
3193
3194  * samtools-0.1.4-4 (r325)
3195  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
3196
3197 ------------------------------------------------------------------------
3198 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
3199 Changed paths:
3200    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3201    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3202    M /trunk/samtools/bamtk.c
3203    M /trunk/samtools/sam.c
3204    M /trunk/samtools/sam.h
3205
3206  * samtools-0.1.4-3 (r324)
3207  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
3208  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
3209
3210 ------------------------------------------------------------------------
3211 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3212 Changed paths:
3213    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3214
3215  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
3216  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
3217
3218 ------------------------------------------------------------------------
3219 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
3220 Changed paths:
3221    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
3222
3223 fixed a typo
3224
3225 ------------------------------------------------------------------------
3226 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
3227 Changed paths:
3228    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3229
3230 just typo. no real change
3231
3232 ------------------------------------------------------------------------
3233 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
3234 Changed paths:
3235    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3236
3237 a little bit code cleanup
3238
3239 ------------------------------------------------------------------------
3240 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
3241 Changed paths:
3242    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3243
3244  * samtools.pl-0.3.1
3245  * change default parameters
3246  * optionally print filtered variants
3247
3248 ------------------------------------------------------------------------
3249 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3250 Changed paths:
3251    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3252
3253  * samtools.pl-0.3.0
3254  * combine snpFilter and indelFilter
3255
3256 ------------------------------------------------------------------------
3257 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3258 Changed paths:
3259    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3260
3261  * samtools.pl-0.2.3
3262  * change a default parameter
3263
3264 ------------------------------------------------------------------------
3265 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
3266 Changed paths:
3267    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3268    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3269    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3270    M /trunk/samtools/bamtk.c
3271    M /trunk/samtools/sam.c
3272
3273  * samtools-0.1.4-2 (r316)
3274  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
3275  * pileup: always calculate RMS mapq
3276  * pileup: allow to output variant sites only
3277
3278 ------------------------------------------------------------------------
3279 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
3280 Changed paths:
3281    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3282
3283  * samtools.pl-0.2.2
3284  * added pileup2fq
3285
3286 ------------------------------------------------------------------------
3287 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
3288 Changed paths:
3289    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3290
3291  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
3292
3293 ------------------------------------------------------------------------
3294 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3295 Changed paths:
3296    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3297
3298  * samtools.pl-0.2.1
3299  * fixed a typo
3300
3301 ------------------------------------------------------------------------
3302 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3303 Changed paths:
3304    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3305
3306  * samtools.pl-0.2.0
3307  * snpFilter
3308
3309 ------------------------------------------------------------------------
3310 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3311 Changed paths:
3312    M /trunk/samtools/bgzf.c
3313
3314  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
3315  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
3316
3317 ------------------------------------------------------------------------
3318 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
3319 Changed paths:
3320    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
3321
3322 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
3323
3324 ------------------------------------------------------------------------
3325 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3326 Changed paths:
3327    M /trunk/samtools/bamtk.c
3328    M /trunk/samtools/sam.c
3329
3330  * samtools-0.1.4-1 (r304)
3331  * fixed a minor bug in printing headers
3332
3333 ------------------------------------------------------------------------
3334 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
3335 Changed paths:
3336    M /trunk/samtools/ChangeLog
3337    M /trunk/samtools/NEWS
3338    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3339    M /trunk/samtools/bamtk.c
3340    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3341    M /trunk/samtools/samtools.1
3342
3343 Release samtools-0.1.4
3344
3345 ------------------------------------------------------------------------
3346 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3347 Changed paths:
3348    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3349    M /trunk/samtools/bamtk.c
3350
3351  * samtools-0.1.3-24 (r296)
3352  * another similar bug in the indel caller
3353
3354 ------------------------------------------------------------------------
3355 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3356 Changed paths:
3357    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3358    M /trunk/samtools/bamtk.c
3359
3360  * samtools-0.1.3-23 (r295)
3361  * fixed a critical bug in the indel caller
3362
3363 ------------------------------------------------------------------------
3364 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
3365 Changed paths:
3366    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3367
3368 added a missing header file
3369
3370 ------------------------------------------------------------------------
3371 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
3372 Changed paths:
3373    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3374    M /trunk/samtools/bamtk.c
3375
3376  * samtools-0.1.3-22 (r293)
3377  * open tview in the dot-view mode by default
3378
3379 ------------------------------------------------------------------------
3380 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
3381 Changed paths:
3382    M /trunk/samtools/samtools.1
3383
3384 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
3385 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
3386 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
3387 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
3388
3389
3390 ------------------------------------------------------------------------
3391 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
3392 Changed paths:
3393    M /trunk/samtools/bam.h
3394    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3395    M /trunk/samtools/bamtk.c
3396
3397  * samtools-0.1.3-21 (286)
3398  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
3399
3400 ------------------------------------------------------------------------
3401 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
3402 Changed paths:
3403    M /trunk/samtools/bam.h
3404    M /trunk/samtools/bam_index.c
3405    M /trunk/samtools/bamtk.c
3406
3407  * samtools-0.1.3-20 (r276)
3408  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
3409    make it work with the latest SVN.
3410  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
3411
3412 ------------------------------------------------------------------------
3413 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
3414 Changed paths:
3415    M /trunk/samtools/ChangeLog
3416    M /trunk/samtools/bam.h
3417    M /trunk/samtools/bamtk.c
3418
3419  * samtools-0.1.3-19 (r275)
3420  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
3421    backward compatibility with Bio::DB::Sam
3422
3423 ------------------------------------------------------------------------
3424 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3425 Changed paths:
3426    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3427    M /trunk/samtools/bamtk.c
3428
3429  * samtools-0.1.3-18 (r273)
3430  * rmdupse: do not remove unmapped reads
3431
3432 ------------------------------------------------------------------------
3433 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
3434 Changed paths:
3435    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3436
3437 change a parameter. It does nothing
3438
3439 ------------------------------------------------------------------------
3440 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3441 Changed paths:
3442    M /trunk/samtools/Makefile.am
3443    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3444    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3445    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3446    M /trunk/samtools/bamtk.c
3447    M /trunk/samtools/configure.ac
3448
3449  * samtools-0.1.3-17 (r271)
3450  * added 'rmdupse' command
3451
3452 ------------------------------------------------------------------------
3453 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3454 Changed paths:
3455    M /trunk/samtools/bamtk.c
3456    M /trunk/samtools/sam_view.c
3457
3458  * samtools-0.1.3-16 (r267)
3459  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
3460
3461 ------------------------------------------------------------------------
3462 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3463 Changed paths:
3464    M /trunk/samtools/bam_import.c
3465    M /trunk/samtools/bamtk.c
3466
3467  * samtools-0.1.3-15 (r266)
3468  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
3469
3470 ------------------------------------------------------------------------
3471 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3472 Changed paths:
3473    M /trunk/samtools/bam.h
3474    M /trunk/samtools/bam_import.c
3475    M /trunk/samtools/bamtk.c
3476    M /trunk/samtools/sam.c
3477    M /trunk/samtools/sam_view.c
3478
3479  * samtools-0.1.3-14 (r262)
3480  * make samopen() recognize @SQ header lines
3481
3482 ------------------------------------------------------------------------
3483 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3484 Changed paths:
3485    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3486    M /trunk/samtools/bamtk.c
3487    M /trunk/samtools/bgzf.c
3488    M /trunk/samtools/sam.c
3489    M /trunk/samtools/sam_view.c
3490
3491  * samtools-0.1.3-13 (r260)
3492  * report error for file I/O error
3493
3494 ------------------------------------------------------------------------
3495 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
3496 Changed paths:
3497    M /trunk/samtools/Makefile.am
3498
3499 update Makefile.am
3500
3501 ------------------------------------------------------------------------
3502 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3503 Changed paths:
3504    M /trunk/samtools/bam.h
3505    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3506    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3507    M /trunk/samtools/bamtk.c
3508    M /trunk/samtools/sam.c
3509    M /trunk/samtools/sam.h
3510
3511  * samtools-0.1.3-12 (r259)
3512  * use the new I/O interface in pileup
3513
3514 ------------------------------------------------------------------------
3515 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3516 Changed paths:
3517    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3518    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3519    M /trunk/samtools/bam.c
3520    M /trunk/samtools/bam.h
3521    M /trunk/samtools/bam_import.c
3522    M /trunk/samtools/bamtk.c
3523    A /trunk/samtools/sam.c
3524    A /trunk/samtools/sam.h
3525    A /trunk/samtools/sam_view.c
3526
3527  * samtools-0.1.3-11 (r258)
3528  * unify the interface to BAM and SAM I/O
3529
3530 ------------------------------------------------------------------------
3531 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3532 Changed paths:
3533    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3534    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3535    M /trunk/samtools/bamtk.c
3536
3537  * samtools-0.1.3-10 (r257)
3538  * allow hex with "pileup -m"
3539
3540 ------------------------------------------------------------------------
3541 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
3542 Changed paths:
3543    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3544    M /trunk/samtools/bamtk.c
3545
3546  * samtools-0.1.3-9 (r256)
3547  * fixed a bug in bam_lpileup.c
3548  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
3549
3550 ------------------------------------------------------------------------
3551 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
3552 Changed paths:
3553    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3554    M /trunk/samtools/bamtk.c
3555
3556  * samtools-0.1.3-8 (r251)
3557  * fixed a bug when there are reads without coordinates
3558
3559 ------------------------------------------------------------------------
3560 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3561 Changed paths:
3562    A /trunk/samtools/AUTHORS
3563    A /trunk/samtools/README
3564    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3565
3566 added missing files
3567
3568 ------------------------------------------------------------------------
3569 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3570 Changed paths:
3571    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3572    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3573    M /trunk/samtools/configure.ac
3574    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3575
3576 improve large file support in compilation
3577
3578 ------------------------------------------------------------------------
3579 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3580 Changed paths:
3581    M /trunk/samtools/INSTALL
3582
3583 update INSTALL
3584
3585 ------------------------------------------------------------------------
3586 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3587 Changed paths:
3588    M /trunk/samtools/Makefile.am
3589    M /trunk/samtools/autogen.sh
3590    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3591    M /trunk/samtools/configure.ac
3592    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3593
3594 fixed various issues about the GNU building scripts
3595
3596 ------------------------------------------------------------------------
3597 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
3598 Changed paths:
3599    M /trunk/samtools/ChangeLog
3600    D /trunk/samtools/Makefile
3601    A /trunk/samtools/Makefile.am
3602    A /trunk/samtools/Makefile.generic
3603    A /trunk/samtools/autogen.sh
3604    M /trunk/samtools/bam.h
3605    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3606    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3607    M /trunk/samtools/bamtk.c
3608    A /trunk/samtools/cleanup.sh
3609    A /trunk/samtools/configure.ac
3610    D /trunk/samtools/misc/Makefile
3611    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
3612
3613  * samtools-0.1.3-7 (r246)
3614  * incorporated revisions from Nils Homer
3615  * enhanced support of displaying color-space reads
3616
3617 ------------------------------------------------------------------------
3618 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
3619 Changed paths:
3620    M /trunk/samtools/bam_md.c
3621    M /trunk/samtools/bamtk.c
3622
3623  * samtools-0.1.3-6 (r244)
3624  * fixed segfault for unmapped reads
3625
3626 ------------------------------------------------------------------------
3627 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3628 Changed paths:
3629    M /trunk/samtools/bam.h
3630    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3631    M /trunk/samtools/bam_md.c
3632    M /trunk/samtools/bamtk.c
3633
3634  * samtools-0.1.3-5 (r243)
3635  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
3636  * check MD
3637  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
3638
3639 ------------------------------------------------------------------------
3640 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
3641 Changed paths:
3642    M /trunk/samtools/bam_md.c
3643    M /trunk/samtools/bamtk.c
3644
3645  * samtools-0.1.3-4 (r242)
3646  * fixed a memory leak
3647
3648 ------------------------------------------------------------------------
3649 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3650 Changed paths:
3651    M /trunk/samtools/Makefile
3652    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3653    M /trunk/samtools/bam.h
3654    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3655    A /trunk/samtools/bam_md.c
3656    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3657    M /trunk/samtools/bamtk.c
3658
3659  * samtools-0.1.3-3 (r240)
3660  * generate MD tag
3661  * generate "=" bases
3662  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
3663
3664 ------------------------------------------------------------------------
3665 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3666 Changed paths:
3667    M /trunk/samtools/bam.h
3668    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3669    M /trunk/samtools/bamtk.c
3670
3671  * samtools-0.1.3-2 (r239)
3672  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
3673  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
3674  * added tagview for testing bam_aux
3675
3676 ------------------------------------------------------------------------
3677 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
3678 Changed paths:
3679    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3680    M /trunk/samtools/bamtk.c
3681
3682  * samtools-0.1.3-1
3683  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
3684
3685 ------------------------------------------------------------------------
3686 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
3687 Changed paths:
3688    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3689
3690 a missing file in Makefile.lite
3691
3692 ------------------------------------------------------------------------
3693 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3694 Changed paths:
3695    M /trunk/samtools/NEWS
3696    M /trunk/samtools/bamtk.c
3697
3698 Release samtools-0.1.3
3699
3700 ------------------------------------------------------------------------
3701 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3702 Changed paths:
3703    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3704    M /trunk/samtools/bamtk.c
3705
3706  * samtools-0.1.2-28
3707  * make samtools more robust to weird input such as empty file
3708
3709 ------------------------------------------------------------------------
3710 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3711 Changed paths:
3712    M /trunk/samtools/ChangeLog
3713    M /trunk/samtools/NEWS
3714    M /trunk/samtools/samtools.1
3715
3716 prepare for release 0.1.3
3717
3718 ------------------------------------------------------------------------
3719 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3720 Changed paths:
3721    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
3722
3723 convert NCBI-BLASTN to SAM
3724
3725 ------------------------------------------------------------------------
3726 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3727 Changed paths:
3728    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3729    M /trunk/samtools/bamtk.c
3730
3731  * samtools-0.1.2-27
3732  * fixed a small memory leak in tview
3733
3734 ------------------------------------------------------------------------
3735 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3736 Changed paths:
3737    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3738    M /trunk/samtools/bamtk.c
3739
3740  * samtools-0.1.2-26
3741  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
3742
3743 ------------------------------------------------------------------------
3744 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
3745 Changed paths:
3746    M /trunk/samtools/ChangeLog
3747    M /trunk/samtools/NEWS
3748
3749 proposed NEWS for the new release (have not yet)
3750
3751 ------------------------------------------------------------------------
3752 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
3753 Changed paths:
3754    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3755
3756  * samtools.pl-0.1.1
3757  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
3758    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
3759
3760 ------------------------------------------------------------------------
3761 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
3762 Changed paths:
3763    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3764    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3765    M /trunk/samtools/bamtk.c
3766    M /trunk/samtools/samtools.1
3767
3768  * samtools-0.1.2-25
3769  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
3770    containing indels
3771
3772 ------------------------------------------------------------------------
3773 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
3774 Changed paths:
3775    M /trunk/samtools/ChangeLog
3776
3777 update ChangeLog from "svn log"
3778
3779 ------------------------------------------------------------------------
3780 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
3781 Changed paths:
3782    M /trunk/samtools/bam.c
3783    M /trunk/samtools/bam_import.c
3784    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3785    M /trunk/samtools/bamtk.c
3786    M /trunk/samtools/kseq.h
3787
3788  * samtools-0.1.2-24
3789  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
3790  * allow empty header
3791
3792 ------------------------------------------------------------------------
3793 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
3794 Changed paths:
3795    M /trunk/samtools/bam.c
3796    M /trunk/samtools/bam_import.c
3797    M /trunk/samtools/bamtk.c
3798
3799  * samtools-0.1.2-23
3800  * recognize '*' at the QUAL field
3801
3802 ------------------------------------------------------------------------
3803 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
3804 Changed paths:
3805    M /trunk/samtools/bam_import.c
3806    M /trunk/samtools/bamtk.c
3807    M /trunk/samtools/kseq.h
3808
3809  * samtools-0.1.2-22
3810  * the field separater is TAB only, now
3811
3812 ------------------------------------------------------------------------
3813 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
3814 Changed paths:
3815    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
3816
3817  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
3818
3819 ------------------------------------------------------------------------
3820 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
3821 Changed paths:
3822    M /trunk/samtools/bam_mate.c
3823    M /trunk/samtools/bamtk.c
3824    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
3825
3826  * samtools-0.1.2-21
3827  * fixed a nasty bug in `fixmate'
3828
3829 ------------------------------------------------------------------------
3830 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
3831 Changed paths:
3832    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
3833    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
3834    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3835
3836 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
3837
3838 ------------------------------------------------------------------------
3839 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
3840 Changed paths:
3841    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3842    M /trunk/samtools/bamtk.c
3843
3844  * samtools-0.1.2-20
3845  * check if file is truncated in flagstat
3846
3847 ------------------------------------------------------------------------
3848 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
3849 Changed paths:
3850    M /trunk/samtools/bamtk.c
3851
3852  * samtools-0.1.2-19
3853  * print the header if requested
3854
3855 ------------------------------------------------------------------------
3856 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
3857 Changed paths:
3858    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3859    M /trunk/samtools/bamtk.c
3860
3861  * samtools-0.1.2-18
3862  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
3863
3864 ------------------------------------------------------------------------
3865 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
3866 Changed paths:
3867    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
3868    D /trunk/samtools/Makefile.std
3869    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
3870    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
3871
3872 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
3873
3874 ------------------------------------------------------------------------
3875 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
3876 Changed paths:
3877    D /trunk/samtools/Makefile
3878    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
3879    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3880    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3881    M /trunk/samtools/bamtk.c
3882    D /trunk/samtools/misc/Makefile
3883    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
3884    M /trunk/samtools/samtools.1
3885
3886  * samtools-0.1.2-17
3887  * incorporating Nils' changes
3888  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
3889
3890 ------------------------------------------------------------------------
3891 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
3892 Changed paths:
3893    M /trunk/samtools/Makefile
3894    M /trunk/samtools/bam_import.c
3895    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3896    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3897    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3898    M /trunk/samtools/bamtk.c
3899    M /trunk/samtools/kseq.h
3900    A /trunk/samtools/kstring.c
3901    A /trunk/samtools/kstring.h
3902
3903  * samtools-0.1.2-16
3904  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
3905  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
3906
3907 ------------------------------------------------------------------------
3908 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
3909 Changed paths:
3910    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
3911
3912  * soap2sam.pl-0.1.2
3913  * more robust to truncated soap output
3914
3915 ------------------------------------------------------------------------
3916 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
3917 Changed paths:
3918    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3919
3920 added bam_stat.o to Makefile.lite
3921
3922 ------------------------------------------------------------------------
3923 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
3924 Changed paths:
3925    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3926    M /trunk/samtools/bamtk.c
3927
3928  * samtools-0.1.2-15
3929  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
3930
3931 ------------------------------------------------------------------------
3932 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
3933 Changed paths:
3934    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3935    M /trunk/samtools/bamtk.c
3936    M /trunk/samtools/glf.c
3937    M /trunk/samtools/glf.h
3938    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3939
3940  * samtools-0.1.2-14
3941  * implemented GLFv3
3942
3943 ------------------------------------------------------------------------
3944 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
3945 Changed paths:
3946    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3947    M /trunk/samtools/bamtk.c
3948
3949  * samtools-0.1.2-13
3950  * fixed a minor bug in displaying pileup
3951
3952 ------------------------------------------------------------------------
3953 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
3954 Changed paths:
3955    M /trunk/samtools/ChangeLog
3956    M /trunk/samtools/bamtk.c
3957
3958  * samtools-0.1.2-12
3959  * optionally print SAM header
3960
3961 ------------------------------------------------------------------------
3962 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
3963 Changed paths:
3964    M /trunk/samtools/bamtk.c
3965    M /trunk/samtools/glf.c
3966
3967  * samtools-0.1.2-11
3968  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
3969
3970 ------------------------------------------------------------------------
3971 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
3972 Changed paths:
3973    M /trunk/samtools/Makefile
3974    M /trunk/samtools/bam_import.c
3975    M /trunk/samtools/bam_index.c
3976    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3977    M /trunk/samtools/bamtk.c
3978    M /trunk/samtools/glf.c
3979    M /trunk/samtools/glf.h
3980
3981  * samtools-0.1.2-10
3982  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
3983  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
3984  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
3985
3986 ------------------------------------------------------------------------
3987 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
3988 Changed paths:
3989    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
3990
3991  * wgsim-0.2.3
3992  * fixed a bug in simulating indels
3993
3994 ------------------------------------------------------------------------
3995 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
3996 Changed paths:
3997    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
3998
3999  * wgsim-0.2.2
4000  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4001    not like long read names.
4002
4003 ------------------------------------------------------------------------
4004 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4005 Changed paths:
4006    M /trunk/samtools/ChangeLog
4007    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4008    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4009
4010  * wgsim-0.2.1
4011  * fixed a bug about color read coordinates
4012  * fixed a bug in read names
4013  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4014  * make the script work with color reads
4015
4016 ------------------------------------------------------------------------
4017 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4018 Changed paths:
4019    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4020    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4021
4022  * wgsim: added a note
4023
4024 ------------------------------------------------------------------------
4025 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4026 Changed paths:
4027    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4028    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4029
4030  * wgsim-0.2.0
4031  * considerable code clean up
4032  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4033  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4034  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4035  * change in accordant with wgsim
4036
4037 ------------------------------------------------------------------------
4038 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4039 Changed paths:
4040    M /trunk/samtools/bam_index.c
4041    M /trunk/samtools/bamtk.c
4042
4043  * samtools-0.1.2-9
4044  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
4045
4046 ------------------------------------------------------------------------
4047 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
4048 Changed paths:
4049    M /trunk/samtools/bamtk.c
4050
4051 Fix annoying segv when invalid region specified.
4052
4053 ------------------------------------------------------------------------
4054 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
4055 Changed paths:
4056    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4057    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4058
4059  * move indel_filter.pl to samtools.pl
4060
4061 ------------------------------------------------------------------------
4062 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
4063 Changed paths:
4064    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4065    M /trunk/samtools/bamtk.c
4066
4067  * samtools-0.1.2-7
4068  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
4069
4070 ------------------------------------------------------------------------
4071 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
4072 Changed paths:
4073    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4074    M /trunk/samtools/bamtk.c
4075
4076  * samtools-0.1.2-7
4077  * fixed a minor bug in flagstat
4078
4079 ------------------------------------------------------------------------
4080 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
4081 Changed paths:
4082    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4083    M /trunk/samtools/bamtk.c
4084    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4085
4086  * samtools-0.1.2-6
4087  * improve indel caller by setting maximum window size
4088
4089 ------------------------------------------------------------------------
4090 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
4091 Changed paths:
4092    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4093    M /trunk/samtools/bamtk.c
4094
4095  * output max mapping quality in indel line
4096
4097 ------------------------------------------------------------------------
4098 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
4099 Changed paths:
4100    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4101
4102 fixed a bug in generating tag AM
4103
4104 ------------------------------------------------------------------------
4105 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
4106 Changed paths:
4107    M /trunk/samtools/bam_index.c
4108    M /trunk/samtools/bamtk.c
4109
4110 fixed a potential memory problem in indexing
4111
4112 ------------------------------------------------------------------------
4113 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
4114 Changed paths:
4115    M /trunk/samtools/Makefile
4116
4117 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
4118
4119 ------------------------------------------------------------------------
4120 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
4121 Changed paths:
4122    M /trunk/samtools/ChangeLog
4123    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4124    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4125    M /trunk/samtools/bamtk.c
4126
4127  * samtools-0.1.2-3
4128  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
4129  * improve flagstat report a little bit
4130
4131 ------------------------------------------------------------------------
4132 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
4133 Changed paths:
4134    M /trunk/samtools/Makefile
4135    A /trunk/samtools/bam_stat.c
4136    M /trunk/samtools/bamtk.c
4137
4138  * samtools-0.1.2-1
4139  * added flagstat command
4140
4141 ------------------------------------------------------------------------
4142 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4143 Changed paths:
4144    M /trunk/samtools/ChangeLog
4145    M /trunk/samtools/NEWS
4146    M /trunk/samtools/bamtk.c
4147    M /trunk/samtools/samtools.1
4148
4149 Release SAMtools-0.1.2
4150
4151 ------------------------------------------------------------------------
4152 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4153 Changed paths:
4154    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4155
4156 Script for filtering indel results
4157
4158 ------------------------------------------------------------------------
4159 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
4160 Changed paths:
4161    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
4162
4163 convert ZOOM to SAM
4164
4165 ------------------------------------------------------------------------
4166 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
4167 Changed paths:
4168    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
4169
4170 add a script to convert novo alignment to SAM
4171
4172 ------------------------------------------------------------------------
4173 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
4174 Changed paths:
4175    M /trunk/samtools/ChangeLog
4176    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
4177    M /trunk/samtools/samtools.1
4178
4179 update documentation and ChangeLog
4180
4181 ------------------------------------------------------------------------
4182 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
4183 Changed paths:
4184    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4185    M /trunk/samtools/bamtk.c
4186
4187  * samtools-0.1.1-19
4188  * fixed a bug in "merge" command line
4189
4190 ------------------------------------------------------------------------
4191 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4192 Changed paths:
4193    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4194    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
4195    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
4196    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
4197    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
4198    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
4199
4200  * merge from branches/dev/
4201  * all future development will happen here
4202
4203 ------------------------------------------------------------------------
4204 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4205 Changed paths:
4206    M /trunk/samtools/COPYING
4207    M /trunk/samtools/ChangeLog
4208    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
4209    M /trunk/samtools/Makefile
4210    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
4211    M /trunk/samtools/bam.c
4212    M /trunk/samtools/bam.h
4213    M /trunk/samtools/bam_import.c
4214    M /trunk/samtools/bam_index.c
4215    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4216    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4217    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4218    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
4219    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4220    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4221    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
4222    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4223    M /trunk/samtools/bamtk.c
4224    M /trunk/samtools/bgzf.h
4225    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
4226    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
4227    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
4228    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4229    M /trunk/samtools/faidx.c
4230    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
4231    M /trunk/samtools/glf.h
4232    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4233    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4234    M /trunk/samtools/razf.c
4235    M /trunk/samtools/source.dot
4236
4237  * Merge from branches/dev/
4238  * all future development will happen here at trunk/
4239
4240 ------------------------------------------------------------------------
4241 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
4242 Changed paths:
4243    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4244    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4245
4246 Fix problem with compiling without curses.
4247
4248 ------------------------------------------------------------------------
4249 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4250 Changed paths:
4251    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
4252
4253 Create trunk copy
4254
4255 ------------------------------------------------------------------------
4256 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4257 Changed paths:
4258    A /branches/dev/samtools/NEWS
4259    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4260    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4261
4262 Release samtools-0.1.1
4263
4264 ------------------------------------------------------------------------
4265 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
4266 Changed paths:
4267    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4268    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4269    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4270    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4271    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4272    M /branches/dev/samtools/razf.c
4273    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4274
4275  * samtools-0.1.0-66
4276  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
4277  * fixed a memory leak in parsing a region
4278  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
4279  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
4280  * fixed a bug in indexing for small alignment
4281  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
4282  * updated documentation
4283  * prepare to release 0.1.1
4284
4285 ------------------------------------------------------------------------
4286 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4287 Changed paths:
4288    A /branches/dev/samtools/examples
4289    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
4290    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
4291    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
4292    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
4293
4294 example
4295
4296 ------------------------------------------------------------------------
4297 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4298 Changed paths:
4299    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4300
4301 update ChangeLog
4302
4303 ------------------------------------------------------------------------
4304 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
4305 Changed paths:
4306    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4307
4308  * added comments
4309  * fixed several bugs
4310
4311 ------------------------------------------------------------------------
4312 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
4313 Changed paths:
4314    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4315
4316 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
4317
4318 ------------------------------------------------------------------------
4319 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
4320 Changed paths:
4321    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4322    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4323    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4324    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4325    A /branches/dev/samtools/source.dot
4326
4327  * samtools-0.1.0-65
4328  * pileup: generate maq-like simple output
4329  * pileup: allow to output pileup at required sites
4330  * source.dot: source file relationship graph
4331  * tview: fixed a minor bug
4332
4333 ------------------------------------------------------------------------
4334 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
4335 Changed paths:
4336    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4337
4338 remove all2sam.pl
4339
4340 ------------------------------------------------------------------------
4341 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
4342 Changed paths:
4343    A /branches/dev/samtools/COPYING
4344    M /branches/dev/samtools/bam.h
4345    M /branches/dev/samtools/faidx.h
4346    M /branches/dev/samtools/khash.h
4347    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4348    M /branches/dev/samtools/ksort.h
4349    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4350
4351 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
4352
4353 ------------------------------------------------------------------------
4354 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4355 Changed paths:
4356    M /branches/dev/samtools/bam.c
4357    M /branches/dev/samtools/bam.h
4358    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4359    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4360    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4361
4362  * samtools-0.1.0-64
4363  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
4364
4365 ------------------------------------------------------------------------
4366 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4367 Changed paths:
4368    M /branches/dev/samtools/bam.c
4369    M /branches/dev/samtools/bam.h
4370    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4371    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4372    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4373
4374  * samtools-0.1.0-63
4375  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
4376
4377 ------------------------------------------------------------------------
4378 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
4379 Changed paths:
4380    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4381    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4382    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4383
4384  * samtools-0.1.0-62
4385  * fixed a memory leak
4386
4387 ------------------------------------------------------------------------
4388 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
4389 Changed paths:
4390    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4391    M /branches/dev/samtools/bam.h
4392    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4393
4394 update documentation, ChangeLog and a comment
4395
4396 ------------------------------------------------------------------------
4397 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
4398 Changed paths:
4399    M /branches/dev/samtools/Makefile
4400    M /branches/dev/samtools/bam.h
4401    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4402    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
4403    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4404    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4405    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4406    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4407
4408  * samtools-0.1.0-61
4409  * moved pileup command to a separate source file
4410  * added indel caller
4411  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
4412  * updated documentation
4413
4414 ------------------------------------------------------------------------
4415 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
4416 Changed paths:
4417    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4418    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4419
4420  * samtools-0.1.0-60
4421  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
4422
4423 ------------------------------------------------------------------------
4424 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
4425 Changed paths:
4426    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4427    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4428    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4429
4430  * samtools-0.1.0-59
4431  * pileup: outputing consensus is now optional
4432  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
4433    I am not quite sure why the previous version may have problem.
4434
4435 ------------------------------------------------------------------------
4436 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
4437 Changed paths:
4438    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4439    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4440
4441  * samtools-0.1.0-58
4442  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
4443    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
4444    and imposing it would make it harder to generate for other language
4445    bindings.
4446
4447 ------------------------------------------------------------------------
4448 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4449 Changed paths:
4450    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4451
4452 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
4453
4454 ------------------------------------------------------------------------
4455 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4456 Changed paths:
4457    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4458
4459 update manual
4460
4461 ------------------------------------------------------------------------
4462 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
4463 Changed paths:
4464    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4465    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4466
4467  * samtools-0.1.0-57
4468  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
4469  * made the parser a bit more robust
4470
4471 ------------------------------------------------------------------------
4472 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4473 Changed paths:
4474    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4475    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4476    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4477
4478  * samtools-0.1.0-56
4479  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
4480  * fixed a typo in bam_index.c
4481  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
4482
4483 ------------------------------------------------------------------------
4484 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
4485 Changed paths:
4486    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4487
4488 update manual
4489
4490 ------------------------------------------------------------------------
4491 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4492 Changed paths:
4493    M /branches/dev/samtools/bam.h
4494    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4495    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4496
4497  * samtools-0.1.0-55
4498  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
4499  * removed -v from pileup
4500  * made pileup take the reference sequence
4501
4502 ------------------------------------------------------------------------
4503 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
4504 Changed paths:
4505    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4506    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4507    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4508
4509  * samtools-0.1.0-54
4510  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
4511  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
4512
4513 ------------------------------------------------------------------------
4514 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4515 Changed paths:
4516    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4517
4518 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
4519
4520 ------------------------------------------------------------------------
4521 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4522 Changed paths:
4523    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4524
4525 also calculate unordered md5sum check
4526
4527 ------------------------------------------------------------------------
4528 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4529 Changed paths:
4530    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4531
4532 fixed a minor bug when there are space in the sequence
4533
4534 ------------------------------------------------------------------------
4535 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4536 Changed paths:
4537    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4538
4539 fixed a potential memory leak
4540
4541 ------------------------------------------------------------------------
4542 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
4543 Changed paths:
4544    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4545    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4546    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4547
4548  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
4549
4550 ------------------------------------------------------------------------
4551 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
4552 Changed paths:
4553    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4554
4555 nothing, really
4556
4557 ------------------------------------------------------------------------
4558 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4559 Changed paths:
4560    M /branches/dev/samtools/Makefile
4561    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4562    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
4563    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
4564    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
4565    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4566
4567  * fixed two warnings in kseq.h
4568  * added md5sum utilities
4569
4570 ------------------------------------------------------------------------
4571 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
4572 Changed paths:
4573    M /branches/dev/samtools/Makefile
4574    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4575    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4576    A /branches/dev/samtools/kseq.h
4577    D /branches/dev/samtools/kstream.h
4578
4579  * samtools-0.1.0-52
4580  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
4581    extra functions in kseq.h.
4582  * also compile stand-alone faidx
4583
4584 ------------------------------------------------------------------------
4585 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4586 Changed paths:
4587    M /branches/dev/samtools/bam.h
4588    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4589    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4590
4591  * samtools-0.1.0-51
4592  * sorting by read names is available
4593
4594 ------------------------------------------------------------------------
4595 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4596 Changed paths:
4597    M /branches/dev/samtools/bam.c
4598    M /branches/dev/samtools/bam.h
4599    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4600    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4601    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4602    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4603    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4604    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4605    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4606
4607  * samtools-0.1.0-50
4608  * format change to meet the latest specification
4609
4610 ------------------------------------------------------------------------
4611 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
4612 Changed paths:
4613    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4614    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4615
4616  * minor change in maqcns: special care when n==0
4617  * change maq2sam to meet the latest specification
4618
4619 ------------------------------------------------------------------------
4620 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
4621 Changed paths:
4622    M /branches/dev/samtools/razf.c
4623    M /branches/dev/samtools/razf.h
4624
4625 considerable code clean up in razf
4626
4627 ------------------------------------------------------------------------
4628 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
4629 Changed paths:
4630    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4631    M /branches/dev/samtools/Makefile
4632    M /branches/dev/samtools/faidx.c
4633
4634 make RAZF optional in faidx.c
4635
4636 ------------------------------------------------------------------------
4637 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
4638 Changed paths:
4639    M /branches/dev/samtools/Makefile
4640    M /branches/dev/samtools/bam.h
4641    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4642    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4643    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4644
4645  * samtools-0.1.0-49
4646  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
4647
4648 ------------------------------------------------------------------------
4649 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
4650 Changed paths:
4651    M /branches/dev/samtools/bam.c
4652    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4653    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4654    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4655    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4656    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4657
4658  * samtools-0.1.0-48
4659  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
4660  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
4661  * supporting hex strings
4662
4663 ------------------------------------------------------------------------
4664 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
4665 Changed paths:
4666    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4667    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4668
4669  * samtools-0.1.0-47
4670  * fixed the bug in maqcns
4671
4672 ------------------------------------------------------------------------
4673 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
4674 Changed paths:
4675    M /branches/dev/samtools/Makefile
4676    M /branches/dev/samtools/bam.h
4677    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4678    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
4679    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4680    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4681    A /branches/dev/samtools/glf.h
4682
4683  * samtools-0.1.0-46
4684  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
4685
4686 ------------------------------------------------------------------------
4687 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
4688 Changed paths:
4689    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4690    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4691    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4692
4693  * samtools-0.1.0-45
4694  * tview: display padded alignment (but not P operation)
4695  * better coordinates and reference sequence
4696
4697 ------------------------------------------------------------------------
4698 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
4699 Changed paths:
4700    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
4701
4702 new ChangeLog
4703
4704 ------------------------------------------------------------------------
4705 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
4706 Changed paths:
4707    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
4708    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
4709
4710 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
4711 the log of my personal SVN repository.
4712
4713 ------------------------------------------------------------------------
4714 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
4715 Changed paths:
4716    M /branches/dev/samtools/Makefile
4717    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4718    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4719
4720  * samtools-0.1.0-44
4721  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
4722    missing these declarations will make bgzf buggy
4723  * get rid of some harmless warings
4724  * use BGZF by default, now
4725
4726 ------------------------------------------------------------------------
4727 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
4728 Changed paths:
4729    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4730    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4731    M /branches/dev/samtools/razf.c
4732
4733  * samtools-0.1.0-43
4734  * fixed a bug in razf_read()
4735  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
4736
4737 ------------------------------------------------------------------------
4738 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4739 Changed paths:
4740    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4741
4742 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
4743
4744 ------------------------------------------------------------------------
4745 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
4746 Changed paths:
4747    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4748
4749  * samtools-0.1.0-42
4750  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
4751    also update the version number anyway to avoid confusion
4752
4753 ------------------------------------------------------------------------
4754 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4755 Changed paths:
4756    M /branches/dev/samtools/razf.c
4757
4758 a change from Jue, but I think it should not matter
4759
4760 ------------------------------------------------------------------------
4761 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
4762 Changed paths:
4763    M /branches/dev/samtools/razf.c
4764
4765 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
4766 rarely happens, very rarely.
4767
4768 ------------------------------------------------------------------------
4769 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4770 Changed paths:
4771    M /branches/dev/samtools/razf.c
4772
4773 fixed a bug in razf, with the help of Jue
4774
4775 ------------------------------------------------------------------------
4776 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4777 Changed paths:
4778    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4779
4780 remove a comment
4781
4782 ------------------------------------------------------------------------
4783 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4784 Changed paths:
4785    M /branches/dev/samtools/Makefile
4786    M /branches/dev/samtools/bam.h
4787    M /branches/dev/samtools/razf.c
4788    M /branches/dev/samtools/razf.h
4789
4790  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
4791
4792 ------------------------------------------------------------------------
4793 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
4794 Changed paths:
4795    A /branches/dev/samtools/samtools.1
4796
4797 the manual page
4798
4799 ------------------------------------------------------------------------
4800 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
4801 Changed paths:
4802    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
4803    A /branches/dev/samtools/Makefile
4804    A /branches/dev/samtools/bam.c
4805    A /branches/dev/samtools/bam.h
4806    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4807    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
4808    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
4809    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
4810    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
4811    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4812    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4813    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4814    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
4815    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
4816    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
4817    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
4818    A /branches/dev/samtools/faidx.c
4819    A /branches/dev/samtools/faidx.h
4820    A /branches/dev/samtools/khash.h
4821    A /branches/dev/samtools/ksort.h
4822    A /branches/dev/samtools/kstream.h
4823    A /branches/dev/samtools/misc
4824    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
4825    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4826    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4827    A /branches/dev/samtools/razf.c
4828    A /branches/dev/samtools/razf.h
4829    A /branches/dev/samtools/razip.c
4830    A /branches/dev/samtools/zutil.h
4831
4832 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
4833 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
4834
4835 ------------------------------------------------------------------------
4836 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
4837 Changed paths:
4838    A /branches/dev/samtools
4839
4840 samtools (C version)
4841
4842 ------------------------------------------------------------------------