ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r797 | lh3lh3 | 2010-11-08 13:39:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
   5    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
   6    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
   7    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
   8    M /trunk/samtools/bamtk.c
   9
  10  * samtools-0.1.9-2 (r797)
  11  * mpileup: indel calling seems to be working
  12
  13 ------------------------------------------------------------------------
  14 r796 | lh3lh3 | 2010-11-08 10:54:46 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
  15 Changed paths:
  16    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  17    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  18    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  19    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  20    M /trunk/samtools/kaln.c
  21
  22 indel calling is apparently working, but more information needs to be collected
  23
  24 ------------------------------------------------------------------------
  25 r795 | lh3lh3 | 2010-11-08 00:39:18 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
  26 Changed paths:
  27    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  28    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  29
  30 fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.
  31
  32 ------------------------------------------------------------------------
  33 r794 | lh3lh3 | 2010-11-07 22:23:16 -0500 (Sun, 07 Nov 2010) | 2 lines
  34 Changed paths:
  35    M /trunk/samtools/Makefile
  36    M /trunk/samtools/bam.h
  37    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  38    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  39    A /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  40    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  41    M /trunk/samtools/kaln.c
  42    M /trunk/samtools/kaln.h
  43
  44 prepare for the indel caller. It is not ready yet.
  45
  46 ------------------------------------------------------------------------
  47 r793 | lh3lh3 | 2010-11-05 11:28:23 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 2 lines
  48 Changed paths:
  49    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  50    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  51    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  52
  53 Revert to r790. The recent changes are not good...
  54
  55 ------------------------------------------------------------------------
  56 r792 | lh3lh3 | 2010-11-05 00:19:14 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 6 lines
  57 Changed paths:
  58    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  59    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  60    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  61
  62  * this revision is UNSTABLE
  63
  64  * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
  65    several things I do not quite understand.
  66
  67
  68 ------------------------------------------------------------------------
  69 r791 | lh3lh3 | 2010-11-04 22:58:43 -0400 (Thu, 04 Nov 2010) | 2 lines
  70 Changed paths:
  71    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  72    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  73    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  74
  75 for backup. no effective changes
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r790 | lh3lh3 | 2010-11-03 15:51:24 -0400 (Wed, 03 Nov 2010) | 2 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  81    M /trunk/samtools/kprobaln.c
  82
  83 fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c
  84
  85 ------------------------------------------------------------------------
  86 r789 | lh3lh3 | 2010-11-02 15:41:27 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 4 lines
  87 Changed paths:
  88    M /trunk/samtools/Makefile
  89    M /trunk/samtools/bam_md.c
  90    M /trunk/samtools/kaln.c
  91    M /trunk/samtools/kaln.h
  92    A /trunk/samtools/kprobaln.c
  93    A /trunk/samtools/kprobaln.h
  94
  95 Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
  96 present, the results should be identical to the previous.
  97
  98
  99 ------------------------------------------------------------------------
 100 r788 | petulda | 2010-11-02 12:19:04 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 1 line
 101 Changed paths:
 102    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 103
 104 Added -b option: read file names from a file
 105 ------------------------------------------------------------------------
 106 r787 | lh3lh3 | 2010-10-29 23:17:22 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 7 lines
 107 Changed paths:
 108    M /trunk/samtools/bam.h
 109    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 110    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 111    M /trunk/samtools/bamtk.c
 112
 113  * samtools-0.1.9-2 (r787)
 114
 115  * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
 116    BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
 117    improved.
 118
 119
 120 ------------------------------------------------------------------------
 121 r786 | lh3lh3 | 2010-10-29 12:10:40 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 3 lines
 122 Changed paths:
 123    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 124    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 125    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 126    M /trunk/samtools/bamtk.c
 127    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 128    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 129
 130  * samtools-0.1.9-1 (r786)
 131  * samtools: optionally perform exact test for each sample
 132
 133 ------------------------------------------------------------------------
 134 r785 | lh3lh3 | 2010-10-29 09:42:25 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 2 lines
 135 Changed paths:
 136    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 137    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 138    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 139    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 140
 141 Optionally output "DP", the individual read depth
 142
 143 ------------------------------------------------------------------------
 144 r784 | lh3lh3 | 2010-10-27 23:10:27 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 145 Changed paths:
 146    M /trunk/samtools/samtools.1
 147
 148 acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.
 149
 150 ------------------------------------------------------------------------
 151 r783 | lh3lh3 | 2010-10-27 22:47:47 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 152 Changed paths:
 153    M /trunk/samtools/ChangeLog
 154    M /trunk/samtools/NEWS
 155    M /trunk/samtools/bamtk.c
 156    M /trunk/samtools/samtools.1
 157
 158 Release samtools-0.1.9 (r783)
 159
 160 ------------------------------------------------------------------------
 161 r782 | lh3lh3 | 2010-10-27 19:58:54 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 162 Changed paths:
 163    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 164
 165 fixed a silly bug in pileup
 166
 167 ------------------------------------------------------------------------
 168 r781 | lh3lh3 | 2010-10-27 14:39:48 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 5 lines
 169 Changed paths:
 170    M /trunk/samtools/ChangeLog
 171    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 172    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 173    M /trunk/samtools/bamtk.c
 174    M /trunk/samtools/samtools.1
 175
 176  * samtools-0.1.8-22 (r781)
 177  * made BAQ the default behavior of mpileup
 178  * updated manual
 179  * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.
 180
 181 ------------------------------------------------------------------------
 182 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 183 Changed paths:
 184    M /trunk/samtools/bam.h
 185    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 186    M /trunk/samtools/bamtk.c
 187
 188  * samtools-0.1.8-21 (r780)
 189  * minor speedup to pileup
 190
 191 ------------------------------------------------------------------------
 192 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 193 Changed paths:
 194    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 195    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 196    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 197
 198 improve pileup a little bit
 199
 200 ------------------------------------------------------------------------
 201 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 202 Changed paths:
 203    M /trunk/samtools/bam.h
 204    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 205    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 206    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 207    M /trunk/samtools/bamtk.c
 208
 209  * samtools-0.1.8-20 (r778)
 210  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
 211
 212 ------------------------------------------------------------------------
 213 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
 214 Changed paths:
 215    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 216    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 217    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 218    M /trunk/samtools/bamtk.c
 219    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 220
 221  * samtools-0.1.8-19 (r777)
 222  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
 223
 224 ------------------------------------------------------------------------
 225 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
 226 Changed paths:
 227    M /trunk/samtools/bam_md.c
 228
 229 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
 230
 231 ------------------------------------------------------------------------
 232 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
 233 Changed paths:
 234    M /trunk/samtools/sam_view.c
 235
 236 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
 237 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
 238
 239 ------------------------------------------------------------------------
 240 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
 241 Changed paths:
 242    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 243    M /trunk/samtools/kaln.c
 244
 245  * Minor code changes. No real effect.
 246  * change quality to 30 in toy.sam
 247
 248 ------------------------------------------------------------------------
 249 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
 250 Changed paths:
 251    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
 252    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 253
 254 added another toy example
 255
 256 ------------------------------------------------------------------------
 257 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
 258 Changed paths:
 259    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 260    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 261    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 262
 263 improve the LD statistics
 264
 265 ------------------------------------------------------------------------
 266 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
 267 Changed paths:
 268    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 269    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 270
 271  * a minor fix to the -L option
 272  * add ldstats to vcfutils.pl
 273
 274 ------------------------------------------------------------------------
 275 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 276 Changed paths:
 277    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 278
 279 a minor change
 280
 281 ------------------------------------------------------------------------
 282 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 283 Changed paths:
 284    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 285    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 286
 287 forget to add the key file
 288
 289 ------------------------------------------------------------------------
 290 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
 291 Changed paths:
 292    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 293    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 294    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 295    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 296    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 297    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 298
 299  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 300  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 301  * calculate adjacent LD
 302
 303 ------------------------------------------------------------------------
 304 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
 305 Changed paths:
 306    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 307
 308 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
 309
 310 ------------------------------------------------------------------------
 311 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
 312 Changed paths:
 313    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 314    M /trunk/samtools/kaln.c
 315
 316  * removed a comment line in kaln.c
 317  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
 318
 319 ------------------------------------------------------------------------
 320 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
 321 Changed paths:
 322    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
 323
 324 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
 325 ------------------------------------------------------------------------
 326 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
 327 Changed paths:
 328    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 329    M /trunk/samtools/bamtk.c
 330    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
 331    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 332    M /trunk/samtools/samtools.1
 333
 334  * samtools-0.1.8-18 (r763)
 335  * added bcftools manual page
 336  * minor fix to mpileup and view command lines
 337
 338 ------------------------------------------------------------------------
 339 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
 340 Changed paths:
 341    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 342    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 343    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 344
 345  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 346  * allow to call genotypes at variant sites
 347
 348 ------------------------------------------------------------------------
 349 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
 350 Changed paths:
 351    M /trunk/samtools/kaln.c
 352    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 353
 354 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
 355 being conservative here is a good thing...
 356
 357 ------------------------------------------------------------------------
 358 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
 359 Changed paths:
 360    M /trunk/samtools/bamtk.c
 361    M /trunk/samtools/kaln.c
 362    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 363
 364  * samtools-0.1.8-17 (r760)
 365  * the default gap open penalty is too small (a typo)
 366  * added comments on hmm_realn
 367  * Java implementation
 368
 369 ------------------------------------------------------------------------
 370 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 371 Changed paths:
 372    M /trunk/samtools/bamtk.c
 373
 374 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
 375
 376 ------------------------------------------------------------------------
 377 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 378 Changed paths:
 379    M /trunk/samtools/kaln.c
 380
 381 round to the nearest integer
 382
 383 ------------------------------------------------------------------------
 384 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
 385 Changed paths:
 386    M /trunk/samtools/kaln.c
 387
 388 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
 389 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
 390 multiplication. OK. I will stop.
 391
 392 ------------------------------------------------------------------------
 393 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 394 Changed paths:
 395    M /trunk/samtools/kaln.c
 396
 397 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
 398
 399 ------------------------------------------------------------------------
 400 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 401 Changed paths:
 402    M /trunk/samtools/kaln.c
 403
 404 minor changes
 405
 406 ------------------------------------------------------------------------
 407 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 408 Changed paths:
 409    M /trunk/samtools/bam_md.c
 410    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 411    M /trunk/samtools/kaln.c
 412
 413 prob_realn() seems working!
 414
 415 ------------------------------------------------------------------------
 416 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 417 Changed paths:
 418    M /trunk/samtools/kaln.c
 419
 420 minor
 421
 422 ------------------------------------------------------------------------
 423 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 424 Changed paths:
 425    M /trunk/samtools/kaln.c
 426    M /trunk/samtools/kaln.h
 427
 428 Convert phredQ to probabilities
 429
 430 ------------------------------------------------------------------------
 431 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 432 Changed paths:
 433    M /trunk/samtools/kaln.c
 434    M /trunk/samtools/kaln.h
 435
 436 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
 437
 438 ------------------------------------------------------------------------
 439 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 440 Changed paths:
 441    M /trunk/samtools/kaln.c
 442
 443 improve numerical stability
 444
 445 ------------------------------------------------------------------------
 446 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 447 Changed paths:
 448    M /trunk/samtools/kaln.c
 449
 450 more comments
 451
 452 ------------------------------------------------------------------------
 453 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 454 Changed paths:
 455    M /trunk/samtools/kaln.c
 456
 457 fixed a bug in banded DP
 458
 459 ------------------------------------------------------------------------
 460 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
 461 Changed paths:
 462    M /trunk/samtools/kaln.c
 463
 464  * fixed that weird issue.
 465  * the banded version is NOT working
 466
 467 ------------------------------------------------------------------------
 468 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 469 Changed paths:
 470    M /trunk/samtools/kaln.c
 471
 472 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
 473
 474 ------------------------------------------------------------------------
 475 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 476 Changed paths:
 477    M /trunk/samtools/kaln.c
 478
 479 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
 480 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
 481 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
 482 the implementation may not be obvious.
 483
 484
 485 ------------------------------------------------------------------------
 486 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 487 Changed paths:
 488    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 489    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 490    M /trunk/samtools/kaln.c
 491    M /trunk/samtools/kaln.h
 492
 493 ...
 494
 495 ------------------------------------------------------------------------
 496 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 497 Changed paths:
 498    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 499
 500 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
 501 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
 502
 503 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
 504 to samtools merge's exit status.
 505
 506 ------------------------------------------------------------------------
 507 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
 508 Changed paths:
 509    M /trunk/samtools/bam_index.c
 510
 511 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
 512 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
 513 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
 514 call, so the cost is insignificant in the normal case.
 515
 516 ------------------------------------------------------------------------
 517 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
 518 Changed paths:
 519    M /trunk/samtools/bam.c
 520    M /trunk/samtools/bam.h
 521
 522 Add bam_validate1().
 523
 524 ------------------------------------------------------------------------
 525 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 526 Changed paths:
 527    M /trunk/samtools/bam_md.c
 528    M /trunk/samtools/bamtk.c
 529
 530  * samtools-0.1.8-15 (r379)
 531  * allow to change capQ parameter in calmd
 532
 533 ------------------------------------------------------------------------
 534 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
 535 Changed paths:
 536    M /trunk/samtools/bam_index.c
 537    M /trunk/samtools/sam_view.c
 538
 539 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
 540 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
 541 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
 542 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
 543 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
 544 returned) indicates corrupted input.
 545
 546 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
 547
 548 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
 549 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
 550 to the .bam file it is being used with.
 551
 552 ------------------------------------------------------------------------
 553 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 554 Changed paths:
 555    M /trunk/samtools/bam_index.c
 556
 557 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
 558 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
 559
 560 ------------------------------------------------------------------------
 561 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 562 Changed paths:
 563    M /trunk/samtools/bam.h
 564    M /trunk/samtools/bam_index.c
 565    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 566
 567  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
 568
 569 ------------------------------------------------------------------------
 570 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 571 Changed paths:
 572    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 573
 574 improve qstats by checking the alleles as well
 575
 576 ------------------------------------------------------------------------
 577 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 578 Changed paths:
 579    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 580
 581 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
 582
 583 ------------------------------------------------------------------------
 584 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 585 Changed paths:
 586    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 587
 588 hapmap2vcf convertor
 589
 590 ------------------------------------------------------------------------
 591 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
 592 Changed paths:
 593    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 594    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 595    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 596    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 597
 598  * added comments
 599  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
 600
 601 ------------------------------------------------------------------------
 602 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 603 Changed paths:
 604    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 605    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 606    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 607    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 608    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 609    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 610
 611  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
 612
 613 ------------------------------------------------------------------------
 614 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
 615 Changed paths:
 616    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 617    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 618    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
 619
 620 fixed a bug in indexing
 621
 622 ------------------------------------------------------------------------
 623 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 624 Changed paths:
 625    M /trunk/samtools/bam.c
 626    M /trunk/samtools/bam_md.c
 627    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 628
 629  * fixed a bug in capQ
 630  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
 631
 632 ------------------------------------------------------------------------
 633 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 634 Changed paths:
 635    M /trunk/samtools/bgzip.c
 636    M /trunk/samtools/razip.c
 637
 638  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
 639  * copy tabix/bgzip to here
 640
 641 ------------------------------------------------------------------------
 642 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 643 Changed paths:
 644    M /trunk/samtools/bam_md.c
 645    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 646    M /trunk/samtools/bamtk.c
 647
 648  * samtools-0.1.8-14 (r727)
 649  * allow to change the capQ parameter at the command line
 650
 651 ------------------------------------------------------------------------
 652 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
 653 Changed paths:
 654    M /trunk/samtools/bam_md.c
 655    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 656    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 657    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 658
 659  * added varFilter to vcfutils.pl
 660  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
 661  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
 662
 663 ------------------------------------------------------------------------
 664 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
 665 Changed paths:
 666    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 667    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
 668    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 669
 670  * convert BCF to QCALL input
 671
 672 ------------------------------------------------------------------------
 673 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 674 Changed paths:
 675    M /trunk/samtools/bam_md.c
 676
 677 dynamic band width in realignment
 678
 679 ------------------------------------------------------------------------
 680 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 681 Changed paths:
 682    M /trunk/samtools/bam_md.c
 683    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 684
 685 fixed a bug in realignment
 686
 687 ------------------------------------------------------------------------
 688 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 689 Changed paths:
 690    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 691
 692 fixed a minor issue
 693
 694 ------------------------------------------------------------------------
 695 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 696 Changed paths:
 697    M /trunk/samtools/Makefile
 698    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 699    M /trunk/samtools/bam_md.c
 700
 701 fixed a bug in realignment
 702
 703 ------------------------------------------------------------------------
 704 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 705 Changed paths:
 706    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 707
 708 minor changes. It is BUGGY now!
 709
 710 ------------------------------------------------------------------------
 711 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
 712 Changed paths:
 713    M /trunk/samtools/bam_md.c
 714    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 715    M /trunk/samtools/kaln.c
 716    M /trunk/samtools/kaln.h
 717
 718  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
 719  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
 720  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
 721
 722 ------------------------------------------------------------------------
 723 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 724 Changed paths:
 725    M /trunk/samtools
 726
 727 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
 728
 729 ------------------------------------------------------------------------
 730 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
 731 Changed paths:
 732    M /trunk/samtools
 733    M /trunk/samtools/bcftools
 734    M /trunk/samtools/misc
 735
 736 Add svn:ignore properties listing the generated files.
 737 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
 738
 739 ------------------------------------------------------------------------
 740 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
 741 Changed paths:
 742    M /trunk/samtools/bamtk.c
 743    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 744    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 745    M /trunk/samtools/sample.c
 746    M /trunk/samtools/sample.h
 747
 748  * samtools-0.1.8-13 (r715)
 749  * fixed a bug in identifying SM across files
 750  * bcftools: estimate heterozygosity
 751  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
 752
 753 ------------------------------------------------------------------------
 754 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
 755 Changed paths:
 756    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 757    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 758    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 759    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 760
 761 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
 762
 763 ------------------------------------------------------------------------
 764 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
 765 Changed paths:
 766    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 767    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 768    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 769    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 770
 771  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
 772  * fixed a bug in the contrast caller
 773  * calculate heterozygosity
 774
 775 ------------------------------------------------------------------------
 776 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 777 Changed paths:
 778    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 779    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 780    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 781
 782 SNP calling from the GL field
 783
 784 ------------------------------------------------------------------------
 785 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 786 Changed paths:
 787    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 788
 789 fixed another problem
 790
 791 ------------------------------------------------------------------------
 792 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
 793 Changed paths:
 794    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 795    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 796
 797  * fixed bugs in parsing VCF
 798  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
 799
 800 ------------------------------------------------------------------------
 801 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 802 Changed paths:
 803    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 804    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 805
 806 Do not compile _BCF_QUAD by default
 807
 808 ------------------------------------------------------------------------
 809 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 810 Changed paths:
 811    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 812    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 813    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 814    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 815
 816 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
 817
 818 ------------------------------------------------------------------------
 819 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 820 Changed paths:
 821    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 822
 823 more commands for my own uses
 824
 825 ------------------------------------------------------------------------
 826 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 827 Changed paths:
 828    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 829
 830 Utilities for processing VCF
 831
 832 ------------------------------------------------------------------------
 833 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
 834 Changed paths:
 835    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 836    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 837    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 838    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 839
 840 preliminary contrast variant caller
 841
 842 ------------------------------------------------------------------------
 843 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
 844 Changed paths:
 845    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 846    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 847    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 848
 849 z' and z'' can be calculated
 850
 851 ------------------------------------------------------------------------
 852 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
 853 Changed paths:
 854    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 855    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
 856    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 857    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 858
 859  * rename vcfout.c as call1.c
 860  * prepare to add two-sample comparison
 861
 862 ------------------------------------------------------------------------
 863 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
 864 Changed paths:
 865    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 866
 867 fixed a bug in calculating the t statistics
 868
 869 ------------------------------------------------------------------------
 870 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
 871 Changed paths:
 872    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 873    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 874    M /trunk/samtools/bamtk.c
 875    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
 876    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 877
 878  * samtools-0.1.8-13 (r698)
 879  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
 880
 881 ------------------------------------------------------------------------
 882 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
 883 Changed paths:
 884    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
 885
 886 added regularized incomplete beta function
 887
 888 ------------------------------------------------------------------------
 889 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
 890 Changed paths:
 891    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 892    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 893
 894 change the default correlation coefficient
 895
 896 ------------------------------------------------------------------------
 897 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
 898 Changed paths:
 899    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 900    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 901
 902 print QUAL as floating numbers
 903
 904 ------------------------------------------------------------------------
 905 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
 906 Changed paths:
 907    M /trunk/samtools/Makefile
 908    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 909    M /trunk/samtools/bamtk.c
 910    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 911    A /trunk/samtools/sample.c
 912    A /trunk/samtools/sample.h
 913
 914  * samtools-0.1.8-12 (r692)
 915  * group data by samples in "mpileup -g"
 916
 917 ------------------------------------------------------------------------
 918 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
 919 Changed paths:
 920    M /trunk/samtools/Makefile
 921    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
 922    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
 923    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 924
 925 remove VCF output in mpileup
 926
 927 ------------------------------------------------------------------------
 928 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
 929 Changed paths:
 930    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 931    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 932
 933  * use the revised MAQ error model for mpileup
 934  * prepare to remove the independent model from mpileup
 935
 936 ------------------------------------------------------------------------
 937 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
 938 Changed paths:
 939    M /trunk/samtools/Makefile
 940    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 941    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 942    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 943    A /trunk/samtools/errmod.c
 944    A /trunk/samtools/errmod.h
 945    M /trunk/samtools/ksort.h
 946
 947 added revised MAQ error model
 948
 949 ------------------------------------------------------------------------
 950 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
 951 Changed paths:
 952    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 953    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 954    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 955
 956 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
 957
 958 ------------------------------------------------------------------------
 959 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
 960 Changed paths:
 961    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
 962    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 963
 964  * write a little more VCF header
 965  * concatenate BCFs
 966
 967 ------------------------------------------------------------------------
 968 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
 969 Changed paths:
 970    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 971    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 972    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
 973
 974 use float for QUAL
 975
 976 ------------------------------------------------------------------------
 977 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
 978 Changed paths:
 979    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 980    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 981
 982 faster for large sample size (in principle)
 983
 984 ------------------------------------------------------------------------
 985 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
 986 Changed paths:
 987    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 988
 989  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
 990  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
 991  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
 992
 993 ------------------------------------------------------------------------
 994 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
 995 Changed paths:
 996    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
 997
 998 fixed an issue in parsing integer
 999
1000 ------------------------------------------------------------------------
1001 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1002 Changed paths:
1003    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1004
1005 do not print refname if file is converted from VCF
1006
1007 ------------------------------------------------------------------------
1008 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
1009 Changed paths:
1010    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1011
1012  * parse PL
1013  * fixed a bug in parsing VCF
1014
1015 ------------------------------------------------------------------------
1016 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1017 Changed paths:
1018    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1019    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1020    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1021    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1022    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1023    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1024    M /trunk/samtools/bgzf.c
1025    M /trunk/samtools/kstring.c
1026
1027  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
1028  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
1029  * improved view interface
1030
1031 ------------------------------------------------------------------------
1032 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1033 Changed paths:
1034    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1035    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1036    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1037    M /trunk/samtools/kstring.c
1038    M /trunk/samtools/kstring.h
1039
1040  * improved kstring (added kstrtok)
1041  * removed the limit on the format string length in bcftools
1042  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
1043
1044 ------------------------------------------------------------------------
1045 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1046 Changed paths:
1047    A /trunk/samtools/bcftools/README
1048    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1049
1050 help messages
1051
1052 ------------------------------------------------------------------------
1053 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1054 Changed paths:
1055    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1056
1057 perform single-tail test for ED4
1058
1059 ------------------------------------------------------------------------
1060 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1061 Changed paths:
1062    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1063    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1064    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1065
1066  * test depth, end distance and HWE
1067
1068 ------------------------------------------------------------------------
1069 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1070 Changed paths:
1071    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1072
1073 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
1074
1075 ------------------------------------------------------------------------
1076 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1077 Changed paths:
1078    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1079    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1080    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1081    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1082    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1083    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1084
1085  * bcftools: add HWE (no testing for now)
1086  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
1087
1088 ------------------------------------------------------------------------
1089 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1090 Changed paths:
1091    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1092
1093  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
1094  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
1095
1096 ------------------------------------------------------------------------
1097 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1098 Changed paths:
1099    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1100
1101 Fisher's exact test
1102
1103 ------------------------------------------------------------------------
1104 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1105 Changed paths:
1106    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1107    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1108    M /trunk/samtools/bamtk.c
1109    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1110
1111  * samtools-0.1.8-11 (r672)
1112  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
1113
1114 ------------------------------------------------------------------------
1115 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1116 Changed paths:
1117    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1118    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1119    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1120
1121  * the code base is stablized again.
1122  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
1123
1124 ------------------------------------------------------------------------
1125 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1126 Changed paths:
1127    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1128
1129 minor
1130
1131 ------------------------------------------------------------------------
1132 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1133 Changed paths:
1134    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1135
1136 unfinished vcf parser
1137
1138 ------------------------------------------------------------------------
1139 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1140 Changed paths:
1141    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1142    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1143    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1144    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1145    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1146    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1147    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1148    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1149
1150  * added prelimiary VCF parser (not finished)
1151  * change struct a bit
1152
1153 ------------------------------------------------------------------------
1154 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1155 Changed paths:
1156    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1157    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1158    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1159    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1160
1161  * allow to set min base q
1162  * fixed a bug in mpileup -u
1163
1164 ------------------------------------------------------------------------
1165 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1166 Changed paths:
1167    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1168
1169 spec
1170
1171 ------------------------------------------------------------------------
1172 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1173 Changed paths:
1174    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1175
1176 added more examples
1177
1178 ------------------------------------------------------------------------
1179 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1180 Changed paths:
1181    M /trunk/samtools/Makefile
1182    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1183    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1184    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1185
1186 fixed compilation error
1187
1188 ------------------------------------------------------------------------
1189 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1190 Changed paths:
1191    M /trunk/samtools/Makefile
1192    D /trunk/samtools/bcf.c
1193    D /trunk/samtools/bcf.h
1194    A /trunk/samtools/bcftools
1195    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1196    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1197    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1198    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1199    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1200    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1201    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1202    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1203    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1204
1205 move bcftools to samtools
1206
1207 ------------------------------------------------------------------------
1208 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1209 Changed paths:
1210    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1211
1212 fixed another minor bug
1213
1214 ------------------------------------------------------------------------
1215 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1216 Changed paths:
1217    M /trunk/samtools/bamtk.c
1218    M /trunk/samtools/bcf.c
1219
1220  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1221  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1222
1223 ------------------------------------------------------------------------
1224 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1225 Changed paths:
1226    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1227    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1228
1229  * fixed a bug
1230  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1231
1232 ------------------------------------------------------------------------
1233 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1234 Changed paths:
1235    M /trunk/bcftools/bcf.c
1236    M /trunk/samtools/bcf.c
1237
1238 missing a column in VCF output...
1239
1240 ------------------------------------------------------------------------
1241 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1242 Changed paths:
1243    M /trunk/samtools/bcf.c
1244
1245 fixed a memory leak
1246
1247 ------------------------------------------------------------------------
1248 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1249 Changed paths:
1250    M /trunk/samtools/bcf.c
1251
1252 fixed a bug in bcf reader
1253
1254 ------------------------------------------------------------------------
1255 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1256 Changed paths:
1257    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1258
1259 fixed a bug
1260
1261 ------------------------------------------------------------------------
1262 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
1263 Changed paths:
1264    M /trunk/samtools/Makefile
1265    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1266    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1267    M /trunk/samtools/bamtk.c
1268
1269  * samtools-0.1.8-9 (r649)
1270  * lossless representation of PL in BCF output
1271
1272 ------------------------------------------------------------------------
1273 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1274 Changed paths:
1275    M /trunk/samtools/Makefile
1276    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
1277    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
1278    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1279    A /trunk/samtools/bcf.c
1280    A /trunk/samtools/bcf.h
1281
1282 Generate binary VCF
1283
1284 ------------------------------------------------------------------------
1285 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
1286 Changed paths:
1287    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1288    M /trunk/samtools/bamtk.c
1289
1290  * samtools-0.1.8-8 (r644)
1291  * mpileup becomes a little stable again
1292  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
1293  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
1294
1295 ------------------------------------------------------------------------
1296 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
1297 Changed paths:
1298    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1299
1300  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
1301  * I am going to clean up mcns a little bit
1302
1303 ------------------------------------------------------------------------
1304 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1305 Changed paths:
1306    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1307    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1308    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1309
1310 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
1311
1312 ------------------------------------------------------------------------
1313 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1314 Changed paths:
1315    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1316
1317 NOT ready yet. Going to make further changes...
1318
1319 ------------------------------------------------------------------------
1320 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
1321 Changed paths:
1322    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1323    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1324    M /trunk/samtools/bamtk.c
1325
1326  * samtools-0.1.8-7 (r639)
1327  * fixed the reference allele assignment
1328
1329 ------------------------------------------------------------------------
1330 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
1331 Changed paths:
1332    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1333    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1334    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1335    M /trunk/samtools/bamtk.c
1336
1337  * samtools-0.1.8-6 (r638)
1338  * skip isnan/isinf in case of float underflow
1339  * added the flat prior
1340  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
1341
1342 ------------------------------------------------------------------------
1343 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1344 Changed paths:
1345    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1346
1347 minor changes
1348
1349 ------------------------------------------------------------------------
1350 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1351 Changed paths:
1352    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1353    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1354    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1355    M /trunk/samtools/bamtk.c
1356
1357 minor tweaks
1358
1359 ------------------------------------------------------------------------
1360 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1361 Changed paths:
1362    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1363    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1364    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1365
1366 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
1367
1368 ------------------------------------------------------------------------
1369 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1370 Changed paths:
1371    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1372
1373 another minor fix to mpileup
1374
1375 ------------------------------------------------------------------------
1376 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1377 Changed paths:
1378    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1379
1380 added the format column
1381
1382 ------------------------------------------------------------------------
1383 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1384 Changed paths:
1385    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1386    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1387    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1388    M /trunk/samtools/bamtk.c
1389
1390 added an alternative prior
1391
1392 ------------------------------------------------------------------------
1393 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1394 Changed paths:
1395    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1396    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1397    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1398
1399 calculate posterior allele frequency
1400
1401 ------------------------------------------------------------------------
1402 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1403 Changed paths:
1404    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1405    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1406    M /trunk/samtools/bamtk.c
1407
1408  * samtools-0.1.8-3 (r627)
1409  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
1410
1411 ------------------------------------------------------------------------
1412 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1413 Changed paths:
1414    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1415    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1416    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1417    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1418
1419  * preliminary multisample SNP caller.
1420  * something looks not so right, but it largely works
1421
1422 ------------------------------------------------------------------------
1423 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1424 Changed paths:
1425    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1426    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1427    M /trunk/samtools/bamtk.c
1428
1429  * samtools-0.1.8-2 (r617)
1430  * allele frequency calculation apparently works...
1431
1432 ------------------------------------------------------------------------
1433 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1434 Changed paths:
1435    M /trunk/samtools/Makefile
1436    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
1437    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
1438    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1439
1440  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
1441  * improved the mpileup interface
1442
1443 ------------------------------------------------------------------------
1444 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
1445 Changed paths:
1446    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1447    M /trunk/samtools/bamtk.c
1448    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1449
1450  * samtools-0.1.8-1 (r615)
1451  * allow to get mpileup at required sites
1452
1453 ------------------------------------------------------------------------
1454 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1455 Changed paths:
1456    M /trunk/samtools/ChangeLog
1457    M /trunk/samtools/NEWS
1458    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1459    M /trunk/samtools/bamtk.c
1460    M /trunk/samtools/samtools.1
1461
1462 Release samtools-0.1.8
1463
1464 ------------------------------------------------------------------------
1465 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1466 Changed paths:
1467    M /trunk/samtools/knetfile.c
1468
1469 fixed a compiling issue for Windows
1470
1471 ------------------------------------------------------------------------
1472 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1473 Changed paths:
1474    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1475
1476 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
1477
1478 ------------------------------------------------------------------------
1479 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1480 Changed paths:
1481    M /trunk/samtools/NEWS
1482    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1483
1484 change the command line option of pileup
1485
1486 ------------------------------------------------------------------------
1487 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1488 Changed paths:
1489    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1490    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
1491    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
1492
1493 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
1494
1495 ------------------------------------------------------------------------
1496 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
1497 Changed paths:
1498    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1499    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1500    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1501    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1502
1503  * make tview more friendly
1504  * a temporary remedy for an issue in indel calling
1505
1506 ------------------------------------------------------------------------
1507 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1508 Changed paths:
1509    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1510    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1511    M /trunk/samtools/bamtk.c
1512
1513  * samtools-0.1.7-r607
1514  * improved the genotype accuracy for indels
1515  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
1516
1517 ------------------------------------------------------------------------
1518 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
1519 Changed paths:
1520    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1521
1522 removed a debugging example
1523
1524 ------------------------------------------------------------------------
1525 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1526 Changed paths:
1527    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1528    M /trunk/samtools/bamtk.c
1529
1530  * samtools-.1.7-18 (r605)
1531  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
1532    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
1533
1534 ------------------------------------------------------------------------
1535 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
1536 Changed paths:
1537    M /trunk/samtools/bam.h
1538    M /trunk/samtools/bam_index.c
1539    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1540
1541 fixed a minor bug in idxstats
1542
1543 ------------------------------------------------------------------------
1544 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
1545 Changed paths:
1546    M /trunk/samtools/bam_index.c
1547
1548 fixed a minor bug in indexing
1549
1550 ------------------------------------------------------------------------
1551 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
1552 Changed paths:
1553    M /trunk/samtools/ChangeLog
1554    M /trunk/samtools/bam.c
1555
1556 change printf() to puts in exporting
1557
1558 ------------------------------------------------------------------------
1559 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1560 Changed paths:
1561    M /trunk/samtools/bamtk.c
1562
1563 minor fix. No actual effect.
1564
1565 ------------------------------------------------------------------------
1566 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1567 Changed paths:
1568    M /trunk/samtools/Makefile
1569
1570 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
1571
1572 ------------------------------------------------------------------------
1573 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1574 Changed paths:
1575    M /trunk/samtools/ChangeLog
1576    M /trunk/samtools/bam_index.c
1577    M /trunk/samtools/bamtk.c
1578
1579  * samtools-0.1.7-17 (r596)
1580  * also keep the number of coor-less reads in the index file
1581
1582 ------------------------------------------------------------------------
1583 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1584 Changed paths:
1585    M /trunk/samtools/bam_index.c
1586    M /trunk/samtools/bamtk.c
1587
1588  * samtools-0.1.7-16 (r595)
1589  * write additional information to bam index
1590
1591 ------------------------------------------------------------------------
1592 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1593 Changed paths:
1594    M /trunk/samtools/bam_index.c
1595
1596 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
1597
1598 ------------------------------------------------------------------------
1599 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
1600 Changed paths:
1601    M /trunk/samtools/bam.h
1602    M /trunk/samtools/bam_index.c
1603    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1604    M /trunk/samtools/samtools.1
1605
1606 rename iterf as iter
1607
1608 ------------------------------------------------------------------------
1609 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
1610 Changed paths:
1611    M /trunk/samtools/ChangeLog
1612    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1613    M /trunk/samtools/bam_index.c
1614    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1615    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1616    M /trunk/samtools/bamtk.c
1617
1618  * samtools-0.1.7-15 (r592)
1619  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
1620  * improved the functionality of mpileup
1621
1622 ------------------------------------------------------------------------
1623 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1624 Changed paths:
1625    M /trunk/samtools/bam.h
1626    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1627    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1628    M /trunk/samtools/bamtk.c
1629
1630  * samtools-0.1.7-14 (r591)
1631  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
1632
1633 ------------------------------------------------------------------------
1634 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1635 Changed paths:
1636    M /trunk/samtools/bam.h
1637    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1638    M /trunk/samtools/bamtk.c
1639
1640  * samtools-0.1.7-13 (r590)
1641  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
1642
1643 ------------------------------------------------------------------------
1644 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1645 Changed paths:
1646    M /trunk/samtools/bam.h
1647    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1648    M /trunk/samtools/bamtk.c
1649
1650  * samtools-0.1.7-12 (r589)
1651  * added iterator-like APIs for pileup
1652
1653 ------------------------------------------------------------------------
1654 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1655 Changed paths:
1656    M /trunk/samtools/bam_index.c
1657    M /trunk/samtools/bamtk.c
1658
1659  * samtools-0.1.7-11 (r588)
1660  * ported a few improvements from tabix back to samtools
1661
1662 ------------------------------------------------------------------------
1663 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1664 Changed paths:
1665    M /trunk/samtools/bam.h
1666    M /trunk/samtools/bam_index.c
1667    M /trunk/samtools/bamtk.c
1668
1669  * samtools-0.1.7-10 (r587)
1670  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
1671
1672 ------------------------------------------------------------------------
1673 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1674 Changed paths:
1675    M /trunk/samtools/Makefile
1676    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
1677    M /trunk/samtools/bamtk.c
1678    M /trunk/samtools/bgzf.c
1679
1680  * samtools-0.1.7-9 (r586)
1681  * added "reheader" to replace the BAM header
1682
1683 ------------------------------------------------------------------------
1684 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1685 Changed paths:
1686    M /trunk/samtools/bam.c
1687    M /trunk/samtools/bamtk.c
1688    M /trunk/samtools/kstring.h
1689
1690  * samtools-0.1.7-8 (r585)
1691  * speed up "view"
1692
1693 ------------------------------------------------------------------------
1694 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
1695 Changed paths:
1696    M /trunk/samtools/bam.c
1697    M /trunk/samtools/bamtk.c
1698    M /trunk/samtools/bgzf.c
1699    M /trunk/samtools/bgzf.h
1700    M /trunk/samtools/kstring.h
1701    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1702
1703  * samtools-0.1.7-7 (r584)
1704  * ported tabix BGZF to samtools
1705  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
1706
1707 ------------------------------------------------------------------------
1708 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
1709 Changed paths:
1710    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
1711
1712 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
1713 ------------------------------------------------------------------------
1714 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
1715 Changed paths:
1716    M /trunk/samtools/samtools.1
1717
1718 Added a note about the indels coordinates
1719 ------------------------------------------------------------------------
1720 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
1721 Changed paths:
1722    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1723
1724 Added the possibility to print or not to print the reference allele
1725 ------------------------------------------------------------------------
1726 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
1727 Changed paths:
1728    M /trunk/samtools/sam_header.c
1729
1730 More descriptive message for space separated tags
1731 ------------------------------------------------------------------------
1732 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
1733 Changed paths:
1734    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1735
1736 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
1737 ------------------------------------------------------------------------
1738 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
1739 Changed paths:
1740    M /trunk/samtools/sam_header.c
1741
1742 Fixed the order of sequences in the header
1743 ------------------------------------------------------------------------
1744 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
1745 Changed paths:
1746    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1747
1748 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
1749 ------------------------------------------------------------------------
1750 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
1751 Changed paths:
1752    M /trunk/samtools/bam.c
1753
1754 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
1755 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
1756 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
1757
1758 ------------------------------------------------------------------------
1759 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
1760 Changed paths:
1761    M /trunk/samtools/AUTHORS
1762    M /trunk/samtools/bam.h
1763    M /trunk/samtools/bam_import.c
1764    M /trunk/samtools/sam_header.c
1765
1766 Improved efficiency of header parsing
1767 ------------------------------------------------------------------------
1768 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
1769 Changed paths:
1770    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1771
1772 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
1773
1774
1775 ------------------------------------------------------------------------
1776 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
1777 Changed paths:
1778    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1779
1780 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
1781 ------------------------------------------------------------------------
1782 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
1783 Changed paths:
1784    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1785
1786 Print an error for pileups in simple format
1787 ------------------------------------------------------------------------
1788 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
1789 Changed paths:
1790    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1791
1792 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
1793
1794 ------------------------------------------------------------------------
1795 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1796 Changed paths:
1797    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1798
1799 Added possibility to specify a custom column title for the data column
1800 ------------------------------------------------------------------------
1801 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1802 Changed paths:
1803    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1804
1805 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
1806 ------------------------------------------------------------------------
1807 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
1808 Changed paths:
1809    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1810
1811 Added VCF header
1812 ------------------------------------------------------------------------
1813 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
1814 Changed paths:
1815    M /trunk/samtools/ChangeLog
1816    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1817    M /trunk/samtools/bamtk.c
1818    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1819    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1820
1821  * samtools-0.1.7-6
1822  * fixed a bug in faidx
1823
1824 ------------------------------------------------------------------------
1825 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
1826 Changed paths:
1827    M /trunk/samtools/faidx.c
1828
1829 Put the right filename in the error message.
1830
1831 ------------------------------------------------------------------------
1832 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
1833 Changed paths:
1834    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1835    M /trunk/samtools/bamtk.c
1836
1837  * samtools-0.1.7-5 (r528)
1838  * further add new consensus generation strategy
1839
1840 ------------------------------------------------------------------------
1841 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1842 Changed paths:
1843    M /trunk/samtools/knetfile.c
1844
1845 Fixed a bug in knet_seek
1846 ------------------------------------------------------------------------
1847 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1848 Changed paths:
1849    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1850
1851 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
1852 ------------------------------------------------------------------------
1853 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1854 Changed paths:
1855    M /trunk/samtools/sam_header.c
1856
1857 Allow tabs in the CO header field
1858 ------------------------------------------------------------------------
1859 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
1860 Changed paths:
1861    M /trunk/samtools/Makefile
1862    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1863
1864 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
1865 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
1866
1867 ------------------------------------------------------------------------
1868 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
1869 Changed paths:
1870    M /trunk/samtools/Makefile
1871    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1872
1873 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
1874 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
1875 facilitate non-knet builds.
1876
1877 ------------------------------------------------------------------------
1878 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
1879 Changed paths:
1880    M /trunk/samtools/bamtk.c
1881    M /trunk/samtools/sam_view.c
1882
1883  * samtools-0.1.7-4 (r522)
1884  * fixed a bug in "view -r"
1885  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
1886
1887 ------------------------------------------------------------------------
1888 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
1889 Changed paths:
1890    M /trunk/samtools/bam_md.c
1891    M /trunk/samtools/bamtk.c
1892
1893  * samtools-0.1.7-3 (r521)
1894  * calmd: optionally mask matching bases as N
1895
1896 ------------------------------------------------------------------------
1897 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
1898 Changed paths:
1899    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1900    M /trunk/samtools/bamtk.c
1901    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1902
1903  * samtools-0.1.7-2 (r520)
1904  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
1905  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
1906
1907 ------------------------------------------------------------------------
1908 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
1909 Changed paths:
1910    M /trunk/samtools/Makefile
1911
1912 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
1913 as well, even with old-fashioned linkers.
1914
1915 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
1916 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
1917
1918 ------------------------------------------------------------------------
1919 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
1920 Changed paths:
1921    M /trunk/samtools/Makefile
1922    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1923
1924 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
1925
1926 ------------------------------------------------------------------------
1927 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
1928 Changed paths:
1929    M /trunk/samtools/bam_index.c
1930
1931 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
1932
1933 ------------------------------------------------------------------------
1934 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
1935 Changed paths:
1936    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
1937
1938 another example program
1939
1940 ------------------------------------------------------------------------
1941 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
1942 Changed paths:
1943    M /trunk/samtools/bam_import.c
1944    M /trunk/samtools/bamtk.c
1945    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1946    M /trunk/samtools/sam.c
1947
1948  * samtools-0.1.7-1 (r515)
1949  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
1950
1951 ------------------------------------------------------------------------
1952 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
1953 Changed paths:
1954    M /trunk/samtools/bam.c
1955
1956 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
1957
1958 ------------------------------------------------------------------------
1959 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
1960 Changed paths:
1961    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1962
1963 Update Makefile.mingw for the same reason
1964
1965 ------------------------------------------------------------------------
1966 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
1967 Changed paths:
1968    M /trunk/samtools/Makefile
1969
1970 Fixed a bug in compiling razip
1971
1972 ------------------------------------------------------------------------
1973 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
1974 Changed paths:
1975    M /trunk/samtools/ChangeLog
1976    M /trunk/samtools/NEWS
1977    M /trunk/samtools/bamtk.c
1978    M /trunk/samtools/samtools.1
1979
1980 Release samtools-0.1.7 (r510)
1981
1982 ------------------------------------------------------------------------
1983 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
1984 Changed paths:
1985    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1986    M /trunk/samtools/bamtk.c
1987
1988  * samtools-0.1.6-22 (r509)
1989  * forget to fix a similar problem in glfgen
1990
1991 ------------------------------------------------------------------------
1992 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
1993 Changed paths:
1994    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1995    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1996    M /trunk/samtools/bamtk.c
1997    M /trunk/samtools/sam_view.c
1998
1999  * samtools-0.1.6-21 (r508)
2000  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
2001
2002 ------------------------------------------------------------------------
2003 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
2004 Changed paths:
2005    M /trunk/samtools/bamtk.c
2006    M /trunk/samtools/sam_view.c
2007
2008  * samtools-0.1.6-19 (r494)
2009  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
2010
2011 ------------------------------------------------------------------------
2012 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
2013 Changed paths:
2014    M /trunk/samtools/Makefile
2015    M /trunk/samtools/bam.c
2016    M /trunk/samtools/bam_import.c
2017    M /trunk/samtools/bamtk.c
2018    M /trunk/samtools/sam.c
2019    M /trunk/samtools/sam_header.c
2020
2021  * samtools-0.1.6-18 (r493)
2022  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
2023  * a little code clean up in sam_header.c
2024
2025 ------------------------------------------------------------------------
2026 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
2027 Changed paths:
2028    M /trunk/samtools/sam_header.c
2029
2030 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
2031 ------------------------------------------------------------------------
2032 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2033 Changed paths:
2034    M /trunk/samtools/sam_view.c
2035
2036  * BUGGY VERSION
2037  * fixed a minor bug
2038
2039 ------------------------------------------------------------------------
2040 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
2041 Changed paths:
2042    M /trunk/samtools/bam.c
2043    M /trunk/samtools/bam.h
2044    M /trunk/samtools/bam_import.c
2045    M /trunk/samtools/sam.c
2046
2047  * BUGGY VERSION
2048  * improved the interface a bit
2049  * bug unfixed
2050
2051 ------------------------------------------------------------------------
2052 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2053 Changed paths:
2054    M /trunk/samtools/bam_import.c
2055    M /trunk/samtools/sam_header.c
2056    M /trunk/samtools/sam_header.h
2057
2058  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
2059  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
2060
2061 ------------------------------------------------------------------------
2062 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2063 Changed paths:
2064    M /trunk/samtools/Makefile
2065    M /trunk/samtools/bam.c
2066    M /trunk/samtools/bam.h
2067    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2068    M /trunk/samtools/bam_import.c
2069    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2070    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2071    M /trunk/samtools/kaln.c
2072    M /trunk/samtools/sam.c
2073    M /trunk/samtools/sam_header.c
2074    M /trunk/samtools/sam_header.h
2075    M /trunk/samtools/sam_view.c
2076
2077  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
2078  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
2079
2080 ------------------------------------------------------------------------
2081 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
2082 Changed paths:
2083    M /trunk/samtools/sam_header.c
2084    M /trunk/samtools/sam_header.h
2085
2086 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
2087 ------------------------------------------------------------------------
2088 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2089 Changed paths:
2090    M /trunk/samtools/sam_header.c
2091
2092
2093 ------------------------------------------------------------------------
2094 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2095 Changed paths:
2096    A /trunk/samtools/sam_header.c
2097    A /trunk/samtools/sam_header.h
2098
2099
2100 ------------------------------------------------------------------------
2101 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
2102 Changed paths:
2103    M /trunk/samtools/bam_import.c
2104    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2105    M /trunk/samtools/bamtk.c
2106    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2107
2108  * samtools-0.1.6-17 (r484)
2109  * fixed a memory leak in rmdupse
2110  * fixed a bug in parsing @RG header lines
2111  * test rmdup in examples/
2112
2113 ------------------------------------------------------------------------
2114 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2115 Changed paths:
2116    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2117    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2118    M /trunk/samtools/bamtk.c
2119
2120  * samtools-0.1.6-16 (r483)
2121  * unify the interface of rmdup and rmdupse
2122  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
2123
2124 ------------------------------------------------------------------------
2125 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2126 Changed paths:
2127    M /trunk/samtools/bam.h
2128    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2129    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2130    M /trunk/samtools/bamtk.c
2131    A /trunk/samtools/klist.h
2132
2133  * samtools-0.1.6-15 (r482)
2134  * rewrite rmdupse
2135  * rmdupse is now library aware
2136
2137 ------------------------------------------------------------------------
2138 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
2139 Changed paths:
2140    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2141    M /trunk/samtools/bamtk.c
2142
2143  * samtools-0.1.6-14 (r480)
2144  * rmdup is now RG aware
2145
2146 ------------------------------------------------------------------------
2147 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
2148 Changed paths:
2149    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2150
2151 added a small unitity to parse SRA XML files
2152
2153 ------------------------------------------------------------------------
2154 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
2155 Changed paths:
2156    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2157    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2158    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2159    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2160    M /trunk/samtools/bamtk.c
2161
2162  * samtools-0.1.6-13 (r479)
2163  * merge: optionally use file names as RG tags
2164
2165 ------------------------------------------------------------------------
2166 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
2167 Changed paths:
2168    M /trunk/samtools/bam.c
2169    M /trunk/samtools/bam.h
2170    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2171    M /trunk/samtools/bamtk.c
2172    M /trunk/samtools/kaln.c
2173
2174  * samtools-0.1.6-12 (r478)
2175  * fixed a bug in the indel caller
2176
2177 ------------------------------------------------------------------------
2178 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
2179 Changed paths:
2180    M /trunk/samtools/bam_index.c
2181    M /trunk/samtools/bamtk.c
2182
2183  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2184  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2185
2186 ------------------------------------------------------------------------
2187 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2188 Changed paths:
2189    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2190
2191 Added the sam2vcf.pl script.
2192 ------------------------------------------------------------------------
2193 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2194 Changed paths:
2195    M /trunk/samtools/Makefile
2196    M /trunk/samtools/bam.c
2197    M /trunk/samtools/bam.h
2198    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2199    M /trunk/samtools/bamtk.c
2200    A /trunk/samtools/kaln.c
2201    A /trunk/samtools/kaln.h
2202
2203 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2204
2205 ------------------------------------------------------------------------
2206 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2207 Changed paths:
2208    M /trunk/samtools/knetfile.c
2209
2210 Removed the offending knet_seek message.
2211 ------------------------------------------------------------------------
2212 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2213 Changed paths:
2214    M /trunk/samtools/knetfile.c
2215    M /trunk/samtools/razf.c
2216
2217 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2218 ------------------------------------------------------------------------
2219 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2220 Changed paths:
2221    M /trunk/samtools/samtools.1
2222
2223 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2224
2225 ------------------------------------------------------------------------
2226 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2227 Changed paths:
2228    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2229
2230 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2231
2232 ------------------------------------------------------------------------
2233 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2234 Changed paths:
2235    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2236    M /trunk/samtools/bamtk.c
2237    M /trunk/samtools/knetfile.c
2238    M /trunk/samtools/knetfile.h
2239
2240  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2241  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2242
2243 ------------------------------------------------------------------------
2244 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2245 Changed paths:
2246    M /trunk/samtools/bam_index.c
2247    M /trunk/samtools/bamtk.c
2248
2249  * samtools-0.1.6-9 (r469)
2250  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
2251
2252 ------------------------------------------------------------------------
2253 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
2254 Changed paths:
2255    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2256    M /trunk/samtools/bamtk.c
2257    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2258
2259  * samtools-0.1.6-7 (r468)
2260  * make merge stable
2261
2262 ------------------------------------------------------------------------
2263 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
2264 Changed paths:
2265    M /trunk/samtools/bgzf.c
2266    M /trunk/samtools/bgzip.c
2267    M /trunk/samtools/razf.c
2268    M /trunk/samtools/razip.c
2269
2270 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
2271 ------------------------------------------------------------------------
2272 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
2273 Changed paths:
2274    M /trunk/samtools/ChangeLog
2275    M /trunk/samtools/bam_md.c
2276    M /trunk/samtools/bamtk.c
2277
2278  * samtools-0.1.6-6 (r466)
2279  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
2280
2281 ------------------------------------------------------------------------
2282 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
2283 Changed paths:
2284    M /trunk/samtools/bam.c
2285    M /trunk/samtools/knetfile.c
2286
2287 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
2288 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
2289
2290 ------------------------------------------------------------------------
2291 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
2292 Changed paths:
2293    M /trunk/samtools/knetfile.c
2294    M /trunk/samtools/razf.c
2295
2296 A bug fix, "samtools view" is now working again.
2297 ------------------------------------------------------------------------
2298 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
2299 Changed paths:
2300    M /trunk/samtools/bamtk.c
2301    M /trunk/samtools/faidx.c
2302    M /trunk/samtools/knetfile.c
2303    M /trunk/samtools/knetfile.h
2304    M /trunk/samtools/razf.c
2305    M /trunk/samtools/razf.h
2306
2307  * samtools-0.1.6-5 (r462)
2308  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
2309
2310 ------------------------------------------------------------------------
2311 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
2312 Changed paths:
2313    M /trunk/samtools/samtools.1
2314
2315 fixed a formatting issue
2316
2317 ------------------------------------------------------------------------
2318 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
2319 Changed paths:
2320    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2321    M /trunk/samtools/bamtk.c
2322
2323  * samtools-0.1.6-4 (r459)
2324  * make sort output the result to stdout when -o is in use
2325
2326 ------------------------------------------------------------------------
2327 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
2328 Changed paths:
2329    M /trunk/samtools/bamtk.c
2330    M /trunk/samtools/faidx.c
2331    M /trunk/samtools/faidx.h
2332    M /trunk/samtools/samtools.1
2333
2334  * samtools-0.1.6-2 (r458)
2335  * added more interface to faidx (by Nils)
2336  * updated documentation
2337
2338 ------------------------------------------------------------------------
2339 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
2340 Changed paths:
2341    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2342    M /trunk/samtools/bamtk.c
2343
2344  * samtools-0.1.6-2 (r457)
2345  * get rid of three assert() in bam_sort.c
2346
2347 ------------------------------------------------------------------------
2348 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
2349 Changed paths:
2350    M /trunk/samtools/razf.c
2351
2352 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
2353 when opening the file fails.
2354
2355 ------------------------------------------------------------------------
2356 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
2357 Changed paths:
2358    M /trunk/samtools/ChangeLog
2359    M /trunk/samtools/NEWS
2360    M /trunk/samtools/bamtk.c
2361    M /trunk/samtools/samtools.1
2362    D /trunk/samtools/source.dot
2363
2364 Release samtools-0.1.6
2365
2366 ------------------------------------------------------------------------
2367 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
2368 Changed paths:
2369    M /trunk/samtools/bam_md.c
2370    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2371    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2372    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2373    M /trunk/samtools/bamtk.c
2374    M /trunk/samtools/samtools.1
2375
2376  * samtools-0.1.5-34 (r451)
2377  * applied the patch by John
2378  * improved the help message a little bit
2379
2380 ------------------------------------------------------------------------
2381 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
2382 Changed paths:
2383    M /trunk/samtools/bam_color.c
2384    M /trunk/samtools/bamtk.c
2385
2386  * samtools-0.1.5-33 (r450)
2387  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
2388
2389 ------------------------------------------------------------------------
2390 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
2391 Changed paths:
2392    M /trunk/samtools/bam_import.c
2393    M /trunk/samtools/bam_md.c
2394    M /trunk/samtools/bamtk.c
2395    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2396
2397  * samtools-0.1.5-32 (r449)
2398  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
2399  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
2400
2401 ------------------------------------------------------------------------
2402 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
2403 Changed paths:
2404    M /trunk/samtools/ChangeLog
2405    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2406    M /trunk/samtools/bamtk.c
2407    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2408
2409  * samtools-0.1.5-31 (r448)
2410  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
2411
2412 ------------------------------------------------------------------------
2413 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
2414 Changed paths:
2415    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2416    M /trunk/samtools/bamtk.c
2417
2418  * samtools-0.1.5-30 (r447)
2419  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
2420
2421 ------------------------------------------------------------------------
2422 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
2423 Changed paths:
2424    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2425    M /trunk/samtools/bamtk.c
2426
2427  *
2428
2429 ------------------------------------------------------------------------
2430 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
2431 Changed paths:
2432    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2433    M /trunk/samtools/bamtk.c
2434
2435  * samtools-0.1.5-28 (r444)
2436  * bug in "merge -n"
2437
2438 ------------------------------------------------------------------------
2439 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
2440 Changed paths:
2441    M /trunk/samtools/bam.c
2442    M /trunk/samtools/bam_import.c
2443    M /trunk/samtools/bamtk.c
2444
2445  * samtools-0.1.5-27 (r443)
2446  * SEQ and QUAL can be "*"
2447  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
2448
2449 ------------------------------------------------------------------------
2450 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
2451 Changed paths:
2452    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2453    M /trunk/samtools/bamtk.c
2454    M /trunk/samtools/misc/md5.c
2455    M /trunk/samtools/misc/md5.h
2456    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
2457
2458  * samtools-0.1.5-26 (r442)
2459  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
2460  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
2461
2462 ------------------------------------------------------------------------
2463 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
2464 Changed paths:
2465    M /trunk/samtools/bgzf.c
2466    M /trunk/samtools/bgzf.h
2467    M /trunk/samtools/bgzip.c
2468
2469 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
2470
2471 ------------------------------------------------------------------------
2472 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
2473 Changed paths:
2474    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2475    M /trunk/samtools/bamtk.c
2476
2477  * samtools-0.1.5-25 (r436)
2478  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
2479
2480 ------------------------------------------------------------------------
2481 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2482 Changed paths:
2483    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2484
2485 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
2486
2487 ------------------------------------------------------------------------
2488 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2489 Changed paths:
2490    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2491
2492 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
2493
2494 ------------------------------------------------------------------------
2495 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
2496 Changed paths:
2497    M /trunk/samtools/bamtk.c
2498    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2499    M /trunk/samtools/sam_view.c
2500
2501  * samtools-0.1.5-24 (r435)
2502  * fixed a typo
2503
2504 ------------------------------------------------------------------------
2505 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
2506 Changed paths:
2507    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2508    M /trunk/samtools/bamtk.c
2509
2510  * samtools-0.1.5-23 (r434)
2511  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
2512
2513 ------------------------------------------------------------------------
2514 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
2515 Changed paths:
2516    M /trunk/samtools/knetfile.c
2517
2518  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
2519  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
2520
2521 ------------------------------------------------------------------------
2522 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
2523 Changed paths:
2524    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2525    M /trunk/samtools/bamtk.c
2526    M /trunk/samtools/faidx.c
2527    M /trunk/samtools/razf.c
2528    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
2529    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
2530
2531  * samtools-0.1.5-22 (r432)
2532  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
2533  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
2534  * PDCurses support in Windows
2535
2536 ------------------------------------------------------------------------
2537 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2538 Changed paths:
2539    M /trunk/samtools/win32/libz.a
2540
2541 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
2542
2543 ------------------------------------------------------------------------
2544 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2545 Changed paths:
2546    M /trunk/samtools/knetfile.c
2547
2548 add comments
2549
2550 ------------------------------------------------------------------------
2551 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
2552 Changed paths:
2553    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2554    M /trunk/samtools/bamtk.c
2555    M /trunk/samtools/knetfile.c
2556    M /trunk/samtools/knetfile.h
2557
2558  * samtools-0.1.5-21 (r428)
2559  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
2560
2561 ------------------------------------------------------------------------
2562 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2563 Changed paths:
2564    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2565
2566 simplify MinGW Makefile
2567
2568 ------------------------------------------------------------------------
2569 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2570 Changed paths:
2571    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
2572    M /trunk/samtools/bam_import.c
2573    M /trunk/samtools/bamtk.c
2574    A /trunk/samtools/win32
2575    A /trunk/samtools/win32/libz.a
2576    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
2577    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
2578
2579  * samtools-0.1.5-20 (r427)
2580  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
2581    functionality are not tested at the moment.
2582  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
2583
2584 ------------------------------------------------------------------------
2585 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
2586 Changed paths:
2587    M /trunk/samtools/bamtk.c
2588    M /trunk/samtools/sam_view.c
2589
2590  * samtools-0.1.5-19 (r426)
2591  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
2592
2593 ------------------------------------------------------------------------
2594 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2595 Changed paths:
2596    M /trunk/samtools/bgzf.c
2597
2598 compatible with Windows binary files
2599
2600 ------------------------------------------------------------------------
2601 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2602 Changed paths:
2603    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2604    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2605    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2606    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2607    M /trunk/samtools/bamtk.c
2608    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2609
2610  * samtools-0.1.5-18 (r423)
2611  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
2612    of debugging at the moment
2613  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
2614
2615 ------------------------------------------------------------------------
2616 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
2617 Changed paths:
2618    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
2619
2620 convert BLAT psl to SAM.
2621
2622 ------------------------------------------------------------------------
2623 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
2624 Changed paths:
2625    M /trunk/samtools/ChangeLog
2626    M /trunk/samtools/bam.c
2627    M /trunk/samtools/bamtk.c
2628    M /trunk/samtools/bgzf.c
2629    M /trunk/samtools/bgzf.h
2630    M /trunk/samtools/knetfile.c
2631    M /trunk/samtools/sam.c
2632    M /trunk/samtools/sam_view.c
2633
2634  * samtools-0.1.5-17 (r422)
2635  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
2636  * write an empty BGZF block to every BGZF file
2637  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
2638  * update ChangeLog
2639
2640 ------------------------------------------------------------------------
2641 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
2642 Changed paths:
2643    M /trunk/samtools/bam_import.c
2644    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2645    M /trunk/samtools/bamtk.c
2646    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2647    M /trunk/samtools/sam.c
2648    M /trunk/samtools/sam.h
2649    M /trunk/samtools/sam_view.c
2650
2651  * samtools-0.1.5-16 (r421)
2652  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
2653
2654 ------------------------------------------------------------------------
2655 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
2656 Changed paths:
2657    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2658
2659 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
2660
2661 ------------------------------------------------------------------------
2662 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
2663 Changed paths:
2664    M /trunk/samtools/bam_import.c
2665    M /trunk/samtools/bamtk.c
2666    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2667    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2668
2669  * samtools-0.1.5-15 (r419)
2670  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
2671  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
2672  * add "unique" command to samtools.pl
2673
2674 ------------------------------------------------------------------------
2675 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
2676 Changed paths:
2677    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2678
2679 skip @header lines in SAM
2680
2681 ------------------------------------------------------------------------
2682 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2683 Changed paths:
2684    M /trunk/samtools/bamtk.c
2685    M /trunk/samtools/sam_view.c
2686
2687  * samtools-0.1.5-14 (r417)
2688  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
2689
2690 ------------------------------------------------------------------------
2691 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2692 Changed paths:
2693    M /trunk/samtools/bam.c
2694    M /trunk/samtools/bam.h
2695    M /trunk/samtools/bam_import.c
2696    M /trunk/samtools/bamtk.c
2697    M /trunk/samtools/sam.c
2698    M /trunk/samtools/sam.h
2699    M /trunk/samtools/sam_view.c
2700
2701  * samtools-0.1.5-17 (r416)
2702  * support import/export SAM with string tags
2703
2704 ------------------------------------------------------------------------
2705 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2706 Changed paths:
2707    M /trunk/samtools/bam.c
2708    M /trunk/samtools/bam.h
2709    M /trunk/samtools/bam_import.c
2710    M /trunk/samtools/bamtk.c
2711    M /trunk/samtools/sam.c
2712    M /trunk/samtools/sam.h
2713    M /trunk/samtools/sam_view.c
2714
2715  * samtools-0.1.5-12 (r415)
2716  * FLAG now can be in HEX
2717
2718 ------------------------------------------------------------------------
2719 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
2720 Changed paths:
2721    M /trunk/samtools/kstring.h
2722
2723 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
2724
2725 ------------------------------------------------------------------------
2726 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
2727 Changed paths:
2728    M /trunk/samtools/kstring.c
2729    M /trunk/samtools/kstring.h
2730
2731 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
2732
2733 ------------------------------------------------------------------------
2734 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
2735 Changed paths:
2736    M /trunk/samtools/bam_index.c
2737
2738 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
2739
2740 ------------------------------------------------------------------------
2741 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2742 Changed paths:
2743    M /trunk/samtools/bam_md.c
2744    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2745    M /trunk/samtools/bamtk.c
2746    M /trunk/samtools/bgzf.c
2747
2748  * samtools-0.1.5-11 (r408)
2749  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
2750    from fillmd.
2751  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
2752
2753 ------------------------------------------------------------------------
2754 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2755 Changed paths:
2756    M /trunk/samtools/bam.h
2757    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2758    M /trunk/samtools/bam_md.c
2759    M /trunk/samtools/bamtk.c
2760    M /trunk/samtools/sam.h
2761
2762  * samtools-0.1.5-10 (r407)
2763  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
2764  * fillmd: generate the NM tag
2765  * fillmd: cmd interface improvement
2766
2767 ------------------------------------------------------------------------
2768 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
2769 Changed paths:
2770    M /trunk/samtools/Makefile
2771
2772 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
2773
2774 ------------------------------------------------------------------------
2775 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2776 Changed paths:
2777    M /trunk/samtools/Makefile
2778    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2779    M /trunk/samtools/bamtk.c
2780
2781  * samtools-0.1.5-9 (r405)
2782  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
2783
2784 ------------------------------------------------------------------------
2785 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2786 Changed paths:
2787    M /trunk/samtools/Makefile
2788    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2789    M /trunk/samtools/bamtk.c
2790
2791  * samtools-0.1.5-8 (r404)
2792  * compatible with PDCurses
2793
2794 ------------------------------------------------------------------------
2795 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2796 Changed paths:
2797    M /trunk/samtools/bamtk.c
2798    M /trunk/samtools/kseq.h
2799
2800  * samtools-0.1.5-7 (r403)
2801  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
2802
2803 ------------------------------------------------------------------------
2804 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
2805 Changed paths:
2806    M /trunk/samtools/bam_import.c
2807    M /trunk/samtools/bam_index.c
2808    M /trunk/samtools/bamtk.c
2809    M /trunk/samtools/bgzf.c
2810
2811  * samtools-0.1.5-6 (r402)
2812  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
2813  * improve portability to MinGW
2814
2815 ------------------------------------------------------------------------
2816 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2817 Changed paths:
2818    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
2819    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
2820    D /trunk/samtools/bam_lite.c
2821
2822  * move bam_lite.c to bam-lite
2823  * copy bam.h to bam-lite
2824
2825 ------------------------------------------------------------------------
2826 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2827 Changed paths:
2828    M /trunk/samtools/bam.h
2829    M /trunk/samtools/bam_lite.c
2830    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2831    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2832    M /trunk/samtools/bamtk.c
2833
2834  * samtools-0.1.5-5 (r395)
2835  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
2836
2837 ------------------------------------------------------------------------
2838 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
2839 Changed paths:
2840    M /trunk/samtools/bamtk.c
2841    M /trunk/samtools/knetfile.c
2842    M /trunk/samtools/knetfile.h
2843
2844  * samtools-0.1.5-4 (r394)
2845  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
2846
2847 ------------------------------------------------------------------------
2848 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
2849 Changed paths:
2850    M /trunk/samtools/bam_index.c
2851    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2852    M /trunk/samtools/bamtk.c
2853    M /trunk/samtools/knetfile.c
2854    M /trunk/samtools/knetfile.h
2855
2856  * samtools-0.1.5-3 (r393)
2857  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
2858  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
2859    not seen the sideeffect so far.
2860
2861 ------------------------------------------------------------------------
2862 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
2863 Changed paths:
2864    M /trunk/samtools/samtools.1
2865
2866 Remove the warning in tview
2867
2868 ------------------------------------------------------------------------
2869 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
2870 Changed paths:
2871    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2872    M /trunk/samtools/bamtk.c
2873
2874  * samtools-0.1.5-2 (r391)
2875  * do not show a blank screen when no reads mapped
2876
2877 ------------------------------------------------------------------------
2878 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
2879 Changed paths:
2880    M /trunk/samtools/bam.h
2881    A /trunk/samtools/bam_lite.c
2882    M /trunk/samtools/bamtk.c
2883
2884  * samtools-0.1.5-1 (r390)
2885  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
2886  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
2887
2888 ------------------------------------------------------------------------
2889 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2890 Changed paths:
2891    M /trunk/samtools/bamtk.c
2892    M /trunk/samtools/knetfile.c
2893
2894 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
2895
2896 ------------------------------------------------------------------------
2897 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2898 Changed paths:
2899    M /trunk/samtools/bamtk.c
2900    M /trunk/samtools/sam.c
2901
2902 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
2903
2904 ------------------------------------------------------------------------
2905 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2906 Changed paths:
2907    M /trunk/samtools/Makefile
2908    M /trunk/samtools/bam.h
2909    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2910    M /trunk/samtools/bamtk.c
2911
2912 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
2913
2914 ------------------------------------------------------------------------
2915 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2916 Changed paths:
2917    M /trunk/samtools/ChangeLog
2918    M /trunk/samtools/NEWS
2919    M /trunk/samtools/bamtk.c
2920    M /trunk/samtools/samtools.1
2921
2922 Release samtools-0.1.5
2923
2924 ------------------------------------------------------------------------
2925 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
2926 Changed paths:
2927    M /trunk/samtools/bamtk.c
2928    M /trunk/samtools/sam.c
2929
2930  * samtools-0.1.4-23 (r372)
2931  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
2932
2933 ------------------------------------------------------------------------
2934 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
2935 Changed paths:
2936    M /trunk/samtools/samtools.1
2937
2938 update documentation
2939
2940 ------------------------------------------------------------------------
2941 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
2942 Changed paths:
2943    M /trunk/samtools/Makefile
2944
2945 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
2946
2947 ------------------------------------------------------------------------
2948 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
2949 Changed paths:
2950    M /trunk/samtools/ChangeLog
2951    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2952    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2953    M /trunk/samtools/bamtk.c
2954
2955  * samtools-0.1.4-22 (r369)
2956  * in pileup, optionally print E2 and U2
2957  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
2958
2959 ------------------------------------------------------------------------
2960 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
2961 Changed paths:
2962    M /trunk/samtools/bam.c
2963    M /trunk/samtools/bam.h
2964    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2965    M /trunk/samtools/bam_index.c
2966    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2967    M /trunk/samtools/bam_md.c
2968    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2969    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2970    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2971    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2972    M /trunk/samtools/bamtk.c
2973    M /trunk/samtools/faidx.c
2974    M /trunk/samtools/faidx.h
2975    M /trunk/samtools/glf.c
2976
2977  * samtools-0.1.4-21 (r368)
2978  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
2979    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
2980    inconsistency. I was just a bit lazy.
2981  * small memory leak may be present on failure, though
2982
2983 ------------------------------------------------------------------------
2984 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
2985 Changed paths:
2986    M /trunk/samtools/knetfile.c
2987
2988 reduce the chance of blocking in FTP connection
2989
2990 ------------------------------------------------------------------------
2991 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
2992 Changed paths:
2993    M /trunk/samtools/knetfile.c
2994
2995 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
2996
2997 ------------------------------------------------------------------------
2998 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
2999 Changed paths:
3000    M /trunk/samtools/bam_index.c
3001    M /trunk/samtools/bamtk.c
3002    M /trunk/samtools/knetfile.c
3003    M /trunk/samtools/knetfile.h
3004
3005  * samtools-0.1.4-20 (r365)
3006  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
3007
3008 ------------------------------------------------------------------------
3009 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3010 Changed paths:
3011    M /trunk/samtools/bamtk.c
3012    M /trunk/samtools/knetfile.c
3013
3014  * samtools-0.1.4-19 (r364)
3015  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
3016
3017 ------------------------------------------------------------------------
3018 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
3019 Changed paths:
3020    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3021    M /trunk/samtools/bamtk.c
3022    M /trunk/samtools/bgzf.c
3023    M /trunk/samtools/bgzf.h
3024    M /trunk/samtools/knetfile.c
3025    M /trunk/samtools/knetfile.h
3026
3027  * samtools-0.1.4-18 (r363)
3028  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
3029  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
3030
3031 ------------------------------------------------------------------------
3032 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3033 Changed paths:
3034    M /trunk/samtools/bgzf.c
3035
3036 write changelog
3037
3038 ------------------------------------------------------------------------
3039 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3040 Changed paths:
3041    M /trunk/samtools/bam_index.c
3042    M /trunk/samtools/bamtk.c
3043
3044  * samtools-0.1.4-17 (r361)
3045  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
3046
3047 ------------------------------------------------------------------------
3048 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
3049 Changed paths:
3050    M /trunk/samtools/Makefile
3051    M /trunk/samtools/bam_import.c
3052    M /trunk/samtools/bam_index.c
3053    M /trunk/samtools/bamtk.c
3054    M /trunk/samtools/bgzf.c
3055    M /trunk/samtools/bgzf.h
3056    M /trunk/samtools/knetfile.c
3057    M /trunk/samtools/knetfile.h
3058
3059  * samtools-0.1.4-16 (r360)
3060  * report more information in index when the input is not sorted
3061  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
3062  * support knetfile library in BGZF
3063
3064 ------------------------------------------------------------------------
3065 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3066 Changed paths:
3067    M /trunk/samtools/knetfile.c
3068    M /trunk/samtools/knetfile.h
3069
3070 fixed bugs in knetfile.*
3071
3072 ------------------------------------------------------------------------
3073 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3074 Changed paths:
3075    A /trunk/samtools/knetfile.h
3076
3077 this is the header file
3078
3079 ------------------------------------------------------------------------
3080 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3081 Changed paths:
3082    A /trunk/samtools/knetfile.c
3083
3084  * open a file at FTP
3085  * preliminary version
3086
3087 ------------------------------------------------------------------------
3088 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
3089 Changed paths:
3090    M /trunk/samtools/bam.c
3091    M /trunk/samtools/bamtk.c
3092
3093  * samtools-0.1.4-15 (r354)
3094  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
3095
3096 ------------------------------------------------------------------------
3097 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
3098 Changed paths:
3099    M /trunk/samtools/bamtk.c
3100    M /trunk/samtools/faidx.c
3101
3102  * samtools-0.1.4-13 (r351)
3103  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
3104  * hope this does not introduce new bugs...
3105
3106 ------------------------------------------------------------------------
3107 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
3108 Changed paths:
3109    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3110    M /trunk/samtools/bamtk.c
3111
3112  * samtools-0.1.4-13 (r350)
3113  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
3114
3115 ------------------------------------------------------------------------
3116 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3117 Changed paths:
3118    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3119    M /trunk/samtools/bamtk.c
3120    M /trunk/samtools/sam_view.c
3121
3122  * samtools-0.1.4-12 (r347)
3123  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
3124
3125 ------------------------------------------------------------------------
3126 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3127 Changed paths:
3128    M /trunk/samtools/Makefile
3129    M /trunk/samtools/bamtk.c
3130    M /trunk/samtools/sam_view.c
3131    M /trunk/samtools/samtools.1
3132
3133  * samtools-0.1.4-11 (r346)
3134  * allow to select a read group at view command-line
3135
3136 ------------------------------------------------------------------------
3137 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3138 Changed paths:
3139    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3140
3141 added more comments
3142
3143 ------------------------------------------------------------------------
3144 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3145 Changed paths:
3146    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3147
3148 nothing really
3149
3150 ------------------------------------------------------------------------
3151 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3152 Changed paths:
3153    M /trunk/samtools/examples/Makefile
3154    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3155
3156 added an example of calculating read depth
3157
3158 ------------------------------------------------------------------------
3159 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3160 Changed paths:
3161    M /trunk/samtools/Makefile
3162    M /trunk/samtools/bam.h
3163    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3164    A /trunk/samtools/bam_color.c
3165    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3166    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3167    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3168    M /trunk/samtools/bamtk.c
3169    M /trunk/samtools/sam.c
3170    M /trunk/samtools/sam.h
3171
3172  * samtools-0.1.4-10 (r341)
3173  * only include key APIs in libbam.a
3174  * move color-specific routines to bam_color.c
3175  * update documentations
3176  * remove the support of -q in pileup
3177
3178 ------------------------------------------------------------------------
3179 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3180 Changed paths:
3181    M /trunk/samtools/INSTALL
3182    M /trunk/samtools/Makefile
3183    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3184    M /trunk/samtools/bam_import.c
3185    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3186    M /trunk/samtools/bamtk.c
3187    M /trunk/samtools/razf.c
3188    M /trunk/samtools/sam_view.c
3189
3190  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3191  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3192  * fixed a compilation warning
3193  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3194  * detect NCURSES in bam_tview.c
3195
3196 ------------------------------------------------------------------------
3197 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3198 Changed paths:
3199    M /trunk/samtools/INSTALL
3200
3201 update INSTALL
3202
3203 ------------------------------------------------------------------------
3204 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3205 Changed paths:
3206    M /trunk/samtools/bam.c
3207    M /trunk/samtools/bam.h
3208    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3209    M /trunk/samtools/bam_import.c
3210    M /trunk/samtools/bamtk.c
3211    M /trunk/samtools/kstring.h
3212    M /trunk/samtools/sam.c
3213    M /trunk/samtools/sam_view.c
3214
3215  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3216  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3217    command line
3218
3219 ------------------------------------------------------------------------
3220 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3221 Changed paths:
3222    M /trunk/samtools/bamtk.c
3223    M /trunk/samtools/bgzf.c
3224    M /trunk/samtools/bgzf.h
3225    M /trunk/samtools/sam.c
3226    M /trunk/samtools/sam_view.c
3227
3228  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3229  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3230  * "samtools view" support "-u" command-line option
3231
3232 ------------------------------------------------------------------------
3233 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3234 Changed paths:
3235    M /trunk/samtools/Makefile
3236    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3237    M /trunk/samtools/razf.c
3238    M /trunk/samtools/razf.h
3239    M /trunk/samtools/razip.c
3240
3241  * no changes to samtools itself
3242  * remove zlib source codes
3243  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3244  * on old version of zlib, writing is not available
3245
3246 ------------------------------------------------------------------------
3247 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3248 Changed paths:
3249    D /trunk/samtools/zlib
3250
3251 remove zlib for simplification...
3252
3253 ------------------------------------------------------------------------
3254 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3255 Changed paths:
3256    M /trunk/samtools/bam.h
3257    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3258    M /trunk/samtools/bamtk.c
3259
3260  * samtools-0.1.4-6 (r334)
3261  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
3262    been implemented in that.
3263  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
3264
3265 ------------------------------------------------------------------------
3266 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3267 Changed paths:
3268    M /trunk/samtools/ChangeLog
3269
3270 update ChangeLog
3271
3272 ------------------------------------------------------------------------
3273 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3274 Changed paths:
3275    M /trunk/samtools/AUTHORS
3276    M /trunk/samtools/Makefile
3277    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3278
3279 fixed minor things in Makefile
3280
3281 ------------------------------------------------------------------------
3282 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3283 Changed paths:
3284    M /trunk/samtools/bamtk.c
3285
3286  * samtools-0.1.4-5 (r3310
3287  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
3288    changes in the Makefile building system.
3289
3290 ------------------------------------------------------------------------
3291 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3292 Changed paths:
3293    M /trunk/samtools/AUTHORS
3294    D /trunk/samtools/README
3295
3296 update information...
3297
3298 ------------------------------------------------------------------------
3299 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3300 Changed paths:
3301    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
3302
3303  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
3304  * this version works with indels
3305
3306 ------------------------------------------------------------------------
3307 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3308 Changed paths:
3309    M /trunk/samtools/INSTALL
3310    M /trunk/samtools/Makefile
3311    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3312    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
3313
3314  * update Makefile
3315  * update INSTALL instruction
3316
3317 ------------------------------------------------------------------------
3318 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3319 Changed paths:
3320    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
3321    D /trunk/samtools/Makefile.am
3322    D /trunk/samtools/Makefile.generic
3323    D /trunk/samtools/Makefile.lite
3324    D /trunk/samtools/autogen.sh
3325    D /trunk/samtools/cleanup.sh
3326    D /trunk/samtools/configure.ac
3327    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
3328    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3329    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3330    M /trunk/samtools/razf.c
3331    A /trunk/samtools/zlib
3332    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
3333    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
3334    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
3335    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
3336    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
3337    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
3338    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
3339    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
3340    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
3341    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
3342    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
3343    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
3344    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
3345    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
3346    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
3347    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
3348    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
3349    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
3350    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
3351    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
3352    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
3353    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
3354    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
3355    D /trunk/samtools/zutil.h
3356
3357  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
3358  * prepare to changed back to the Makefile building system
3359  * unfinished! (will be soon)
3360
3361 ------------------------------------------------------------------------
3362 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3363 Changed paths:
3364    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3365
3366 Unfinished
3367
3368 ------------------------------------------------------------------------
3369 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3370 Changed paths:
3371    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3372    M /trunk/samtools/bamtk.c
3373
3374  * samtools-0.1.4-4 (r325)
3375  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
3376
3377 ------------------------------------------------------------------------
3378 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
3379 Changed paths:
3380    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3381    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3382    M /trunk/samtools/bamtk.c
3383    M /trunk/samtools/sam.c
3384    M /trunk/samtools/sam.h
3385
3386  * samtools-0.1.4-3 (r324)
3387  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
3388  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
3389
3390 ------------------------------------------------------------------------
3391 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3392 Changed paths:
3393    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3394
3395  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
3396  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
3397
3398 ------------------------------------------------------------------------
3399 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
3400 Changed paths:
3401    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
3402
3403 fixed a typo
3404
3405 ------------------------------------------------------------------------
3406 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
3407 Changed paths:
3408    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3409
3410 just typo. no real change
3411
3412 ------------------------------------------------------------------------
3413 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
3414 Changed paths:
3415    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3416
3417 a little bit code cleanup
3418
3419 ------------------------------------------------------------------------
3420 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
3421 Changed paths:
3422    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3423
3424  * samtools.pl-0.3.1
3425  * change default parameters
3426  * optionally print filtered variants
3427
3428 ------------------------------------------------------------------------
3429 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3430 Changed paths:
3431    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3432
3433  * samtools.pl-0.3.0
3434  * combine snpFilter and indelFilter
3435
3436 ------------------------------------------------------------------------
3437 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3438 Changed paths:
3439    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3440
3441  * samtools.pl-0.2.3
3442  * change a default parameter
3443
3444 ------------------------------------------------------------------------
3445 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
3446 Changed paths:
3447    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3448    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3449    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3450    M /trunk/samtools/bamtk.c
3451    M /trunk/samtools/sam.c
3452
3453  * samtools-0.1.4-2 (r316)
3454  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
3455  * pileup: always calculate RMS mapq
3456  * pileup: allow to output variant sites only
3457
3458 ------------------------------------------------------------------------
3459 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
3460 Changed paths:
3461    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3462
3463  * samtools.pl-0.2.2
3464  * added pileup2fq
3465
3466 ------------------------------------------------------------------------
3467 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
3468 Changed paths:
3469    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3470
3471  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
3472
3473 ------------------------------------------------------------------------
3474 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3475 Changed paths:
3476    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3477
3478  * samtools.pl-0.2.1
3479  * fixed a typo
3480
3481 ------------------------------------------------------------------------
3482 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3483 Changed paths:
3484    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3485
3486  * samtools.pl-0.2.0
3487  * snpFilter
3488
3489 ------------------------------------------------------------------------
3490 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3491 Changed paths:
3492    M /trunk/samtools/bgzf.c
3493
3494  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
3495  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
3496
3497 ------------------------------------------------------------------------
3498 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
3499 Changed paths:
3500    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
3501
3502 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
3503
3504 ------------------------------------------------------------------------
3505 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3506 Changed paths:
3507    M /trunk/samtools/bamtk.c
3508    M /trunk/samtools/sam.c
3509
3510  * samtools-0.1.4-1 (r304)
3511  * fixed a minor bug in printing headers
3512
3513 ------------------------------------------------------------------------
3514 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
3515 Changed paths:
3516    M /trunk/samtools/ChangeLog
3517    M /trunk/samtools/NEWS
3518    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3519    M /trunk/samtools/bamtk.c
3520    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3521    M /trunk/samtools/samtools.1
3522
3523 Release samtools-0.1.4
3524
3525 ------------------------------------------------------------------------
3526 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3527 Changed paths:
3528    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3529    M /trunk/samtools/bamtk.c
3530
3531  * samtools-0.1.3-24 (r296)
3532  * another similar bug in the indel caller
3533
3534 ------------------------------------------------------------------------
3535 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3536 Changed paths:
3537    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3538    M /trunk/samtools/bamtk.c
3539
3540  * samtools-0.1.3-23 (r295)
3541  * fixed a critical bug in the indel caller
3542
3543 ------------------------------------------------------------------------
3544 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
3545 Changed paths:
3546    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3547
3548 added a missing header file
3549
3550 ------------------------------------------------------------------------
3551 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
3552 Changed paths:
3553    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3554    M /trunk/samtools/bamtk.c
3555
3556  * samtools-0.1.3-22 (r293)
3557  * open tview in the dot-view mode by default
3558
3559 ------------------------------------------------------------------------
3560 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
3561 Changed paths:
3562    M /trunk/samtools/samtools.1
3563
3564 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
3565 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
3566 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
3567 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
3568
3569
3570 ------------------------------------------------------------------------
3571 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
3572 Changed paths:
3573    M /trunk/samtools/bam.h
3574    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3575    M /trunk/samtools/bamtk.c
3576
3577  * samtools-0.1.3-21 (286)
3578  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
3579
3580 ------------------------------------------------------------------------
3581 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
3582 Changed paths:
3583    M /trunk/samtools/bam.h
3584    M /trunk/samtools/bam_index.c
3585    M /trunk/samtools/bamtk.c
3586
3587  * samtools-0.1.3-20 (r276)
3588  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
3589    make it work with the latest SVN.
3590  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
3591
3592 ------------------------------------------------------------------------
3593 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
3594 Changed paths:
3595    M /trunk/samtools/ChangeLog
3596    M /trunk/samtools/bam.h
3597    M /trunk/samtools/bamtk.c
3598
3599  * samtools-0.1.3-19 (r275)
3600  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
3601    backward compatibility with Bio::DB::Sam
3602
3603 ------------------------------------------------------------------------
3604 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3605 Changed paths:
3606    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3607    M /trunk/samtools/bamtk.c
3608
3609  * samtools-0.1.3-18 (r273)
3610  * rmdupse: do not remove unmapped reads
3611
3612 ------------------------------------------------------------------------
3613 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
3614 Changed paths:
3615    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3616
3617 change a parameter. It does nothing
3618
3619 ------------------------------------------------------------------------
3620 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3621 Changed paths:
3622    M /trunk/samtools/Makefile.am
3623    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3624    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3625    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3626    M /trunk/samtools/bamtk.c
3627    M /trunk/samtools/configure.ac
3628
3629  * samtools-0.1.3-17 (r271)
3630  * added 'rmdupse' command
3631
3632 ------------------------------------------------------------------------
3633 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3634 Changed paths:
3635    M /trunk/samtools/bamtk.c
3636    M /trunk/samtools/sam_view.c
3637
3638  * samtools-0.1.3-16 (r267)
3639  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
3640
3641 ------------------------------------------------------------------------
3642 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3643 Changed paths:
3644    M /trunk/samtools/bam_import.c
3645    M /trunk/samtools/bamtk.c
3646
3647  * samtools-0.1.3-15 (r266)
3648  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
3649
3650 ------------------------------------------------------------------------
3651 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3652 Changed paths:
3653    M /trunk/samtools/bam.h
3654    M /trunk/samtools/bam_import.c
3655    M /trunk/samtools/bamtk.c
3656    M /trunk/samtools/sam.c
3657    M /trunk/samtools/sam_view.c
3658
3659  * samtools-0.1.3-14 (r262)
3660  * make samopen() recognize @SQ header lines
3661
3662 ------------------------------------------------------------------------
3663 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3664 Changed paths:
3665    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3666    M /trunk/samtools/bamtk.c
3667    M /trunk/samtools/bgzf.c
3668    M /trunk/samtools/sam.c
3669    M /trunk/samtools/sam_view.c
3670
3671  * samtools-0.1.3-13 (r260)
3672  * report error for file I/O error
3673
3674 ------------------------------------------------------------------------
3675 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
3676 Changed paths:
3677    M /trunk/samtools/Makefile.am
3678
3679 update Makefile.am
3680
3681 ------------------------------------------------------------------------
3682 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3683 Changed paths:
3684    M /trunk/samtools/bam.h
3685    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3686    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3687    M /trunk/samtools/bamtk.c
3688    M /trunk/samtools/sam.c
3689    M /trunk/samtools/sam.h
3690
3691  * samtools-0.1.3-12 (r259)
3692  * use the new I/O interface in pileup
3693
3694 ------------------------------------------------------------------------
3695 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3696 Changed paths:
3697    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3698    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3699    M /trunk/samtools/bam.c
3700    M /trunk/samtools/bam.h
3701    M /trunk/samtools/bam_import.c
3702    M /trunk/samtools/bamtk.c
3703    A /trunk/samtools/sam.c
3704    A /trunk/samtools/sam.h
3705    A /trunk/samtools/sam_view.c
3706
3707  * samtools-0.1.3-11 (r258)
3708  * unify the interface to BAM and SAM I/O
3709
3710 ------------------------------------------------------------------------
3711 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3712 Changed paths:
3713    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3714    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3715    M /trunk/samtools/bamtk.c
3716
3717  * samtools-0.1.3-10 (r257)
3718  * allow hex with "pileup -m"
3719
3720 ------------------------------------------------------------------------
3721 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
3722 Changed paths:
3723    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3724    M /trunk/samtools/bamtk.c
3725
3726  * samtools-0.1.3-9 (r256)
3727  * fixed a bug in bam_lpileup.c
3728  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
3729
3730 ------------------------------------------------------------------------
3731 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
3732 Changed paths:
3733    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3734    M /trunk/samtools/bamtk.c
3735
3736  * samtools-0.1.3-8 (r251)
3737  * fixed a bug when there are reads without coordinates
3738
3739 ------------------------------------------------------------------------
3740 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3741 Changed paths:
3742    A /trunk/samtools/AUTHORS
3743    A /trunk/samtools/README
3744    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3745
3746 added missing files
3747
3748 ------------------------------------------------------------------------
3749 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3750 Changed paths:
3751    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3752    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3753    M /trunk/samtools/configure.ac
3754    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3755
3756 improve large file support in compilation
3757
3758 ------------------------------------------------------------------------
3759 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3760 Changed paths:
3761    M /trunk/samtools/INSTALL
3762
3763 update INSTALL
3764
3765 ------------------------------------------------------------------------
3766 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3767 Changed paths:
3768    M /trunk/samtools/Makefile.am
3769    M /trunk/samtools/autogen.sh
3770    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3771    M /trunk/samtools/configure.ac
3772    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3773
3774 fixed various issues about the GNU building scripts
3775
3776 ------------------------------------------------------------------------
3777 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
3778 Changed paths:
3779    M /trunk/samtools/ChangeLog
3780    D /trunk/samtools/Makefile
3781    A /trunk/samtools/Makefile.am
3782    A /trunk/samtools/Makefile.generic
3783    A /trunk/samtools/autogen.sh
3784    M /trunk/samtools/bam.h
3785    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3786    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3787    M /trunk/samtools/bamtk.c
3788    A /trunk/samtools/cleanup.sh
3789    A /trunk/samtools/configure.ac
3790    D /trunk/samtools/misc/Makefile
3791    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
3792
3793  * samtools-0.1.3-7 (r246)
3794  * incorporated revisions from Nils Homer
3795  * enhanced support of displaying color-space reads
3796
3797 ------------------------------------------------------------------------
3798 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
3799 Changed paths:
3800    M /trunk/samtools/bam_md.c
3801    M /trunk/samtools/bamtk.c
3802
3803  * samtools-0.1.3-6 (r244)
3804  * fixed segfault for unmapped reads
3805
3806 ------------------------------------------------------------------------
3807 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3808 Changed paths:
3809    M /trunk/samtools/bam.h
3810    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3811    M /trunk/samtools/bam_md.c
3812    M /trunk/samtools/bamtk.c
3813
3814  * samtools-0.1.3-5 (r243)
3815  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
3816  * check MD
3817  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
3818
3819 ------------------------------------------------------------------------
3820 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
3821 Changed paths:
3822    M /trunk/samtools/bam_md.c
3823    M /trunk/samtools/bamtk.c
3824
3825  * samtools-0.1.3-4 (r242)
3826  * fixed a memory leak
3827
3828 ------------------------------------------------------------------------
3829 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3830 Changed paths:
3831    M /trunk/samtools/Makefile
3832    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3833    M /trunk/samtools/bam.h
3834    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3835    A /trunk/samtools/bam_md.c
3836    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3837    M /trunk/samtools/bamtk.c
3838
3839  * samtools-0.1.3-3 (r240)
3840  * generate MD tag
3841  * generate "=" bases
3842  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
3843
3844 ------------------------------------------------------------------------
3845 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3846 Changed paths:
3847    M /trunk/samtools/bam.h
3848    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3849    M /trunk/samtools/bamtk.c
3850
3851  * samtools-0.1.3-2 (r239)
3852  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
3853  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
3854  * added tagview for testing bam_aux
3855
3856 ------------------------------------------------------------------------
3857 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
3858 Changed paths:
3859    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3860    M /trunk/samtools/bamtk.c
3861
3862  * samtools-0.1.3-1
3863  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
3864
3865 ------------------------------------------------------------------------
3866 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
3867 Changed paths:
3868    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3869
3870 a missing file in Makefile.lite
3871
3872 ------------------------------------------------------------------------
3873 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3874 Changed paths:
3875    M /trunk/samtools/NEWS
3876    M /trunk/samtools/bamtk.c
3877
3878 Release samtools-0.1.3
3879
3880 ------------------------------------------------------------------------
3881 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3882 Changed paths:
3883    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3884    M /trunk/samtools/bamtk.c
3885
3886  * samtools-0.1.2-28
3887  * make samtools more robust to weird input such as empty file
3888
3889 ------------------------------------------------------------------------
3890 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3891 Changed paths:
3892    M /trunk/samtools/ChangeLog
3893    M /trunk/samtools/NEWS
3894    M /trunk/samtools/samtools.1
3895
3896 prepare for release 0.1.3
3897
3898 ------------------------------------------------------------------------
3899 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3900 Changed paths:
3901    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
3902
3903 convert NCBI-BLASTN to SAM
3904
3905 ------------------------------------------------------------------------
3906 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3907 Changed paths:
3908    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3909    M /trunk/samtools/bamtk.c
3910
3911  * samtools-0.1.2-27
3912  * fixed a small memory leak in tview
3913
3914 ------------------------------------------------------------------------
3915 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3916 Changed paths:
3917    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3918    M /trunk/samtools/bamtk.c
3919
3920  * samtools-0.1.2-26
3921  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
3922
3923 ------------------------------------------------------------------------
3924 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
3925 Changed paths:
3926    M /trunk/samtools/ChangeLog
3927    M /trunk/samtools/NEWS
3928
3929 proposed NEWS for the new release (have not yet)
3930
3931 ------------------------------------------------------------------------
3932 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
3933 Changed paths:
3934    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3935
3936  * samtools.pl-0.1.1
3937  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
3938    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
3939
3940 ------------------------------------------------------------------------
3941 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
3942 Changed paths:
3943    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3944    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3945    M /trunk/samtools/bamtk.c
3946    M /trunk/samtools/samtools.1
3947
3948  * samtools-0.1.2-25
3949  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
3950    containing indels
3951
3952 ------------------------------------------------------------------------
3953 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
3954 Changed paths:
3955    M /trunk/samtools/ChangeLog
3956
3957 update ChangeLog from "svn log"
3958
3959 ------------------------------------------------------------------------
3960 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
3961 Changed paths:
3962    M /trunk/samtools/bam.c
3963    M /trunk/samtools/bam_import.c
3964    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3965    M /trunk/samtools/bamtk.c
3966    M /trunk/samtools/kseq.h
3967
3968  * samtools-0.1.2-24
3969  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
3970  * allow empty header
3971
3972 ------------------------------------------------------------------------
3973 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
3974 Changed paths:
3975    M /trunk/samtools/bam.c
3976    M /trunk/samtools/bam_import.c
3977    M /trunk/samtools/bamtk.c
3978
3979  * samtools-0.1.2-23
3980  * recognize '*' at the QUAL field
3981
3982 ------------------------------------------------------------------------
3983 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
3984 Changed paths:
3985    M /trunk/samtools/bam_import.c
3986    M /trunk/samtools/bamtk.c
3987    M /trunk/samtools/kseq.h
3988
3989  * samtools-0.1.2-22
3990  * the field separater is TAB only, now
3991
3992 ------------------------------------------------------------------------
3993 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
3994 Changed paths:
3995    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
3996
3997  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
3998
3999 ------------------------------------------------------------------------
4000 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
4001 Changed paths:
4002    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4003    M /trunk/samtools/bamtk.c
4004    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4005
4006  * samtools-0.1.2-21
4007  * fixed a nasty bug in `fixmate'
4008
4009 ------------------------------------------------------------------------
4010 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4011 Changed paths:
4012    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
4013    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4014    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4015
4016 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
4017
4018 ------------------------------------------------------------------------
4019 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4020 Changed paths:
4021    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4022    M /trunk/samtools/bamtk.c
4023
4024  * samtools-0.1.2-20
4025  * check if file is truncated in flagstat
4026
4027 ------------------------------------------------------------------------
4028 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4029 Changed paths:
4030    M /trunk/samtools/bamtk.c
4031
4032  * samtools-0.1.2-19
4033  * print the header if requested
4034
4035 ------------------------------------------------------------------------
4036 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
4037 Changed paths:
4038    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4039    M /trunk/samtools/bamtk.c
4040
4041  * samtools-0.1.2-18
4042  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
4043
4044 ------------------------------------------------------------------------
4045 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
4046 Changed paths:
4047    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
4048    D /trunk/samtools/Makefile.std
4049    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
4050    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
4051
4052 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
4053
4054 ------------------------------------------------------------------------
4055 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4056 Changed paths:
4057    D /trunk/samtools/Makefile
4058    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
4059    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4060    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4061    M /trunk/samtools/bamtk.c
4062    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4063    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
4064    M /trunk/samtools/samtools.1
4065
4066  * samtools-0.1.2-17
4067  * incorporating Nils' changes
4068  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
4069
4070 ------------------------------------------------------------------------
4071 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4072 Changed paths:
4073    M /trunk/samtools/Makefile
4074    M /trunk/samtools/bam_import.c
4075    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4076    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4077    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4078    M /trunk/samtools/bamtk.c
4079    M /trunk/samtools/kseq.h
4080    A /trunk/samtools/kstring.c
4081    A /trunk/samtools/kstring.h
4082
4083  * samtools-0.1.2-16
4084  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
4085  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
4086
4087 ------------------------------------------------------------------------
4088 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
4089 Changed paths:
4090    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4091
4092  * soap2sam.pl-0.1.2
4093  * more robust to truncated soap output
4094
4095 ------------------------------------------------------------------------
4096 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
4097 Changed paths:
4098    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4099
4100 added bam_stat.o to Makefile.lite
4101
4102 ------------------------------------------------------------------------
4103 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4104 Changed paths:
4105    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4106    M /trunk/samtools/bamtk.c
4107
4108  * samtools-0.1.2-15
4109  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
4110
4111 ------------------------------------------------------------------------
4112 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4113 Changed paths:
4114    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4115    M /trunk/samtools/bamtk.c
4116    M /trunk/samtools/glf.c
4117    M /trunk/samtools/glf.h
4118    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4119
4120  * samtools-0.1.2-14
4121  * implemented GLFv3
4122
4123 ------------------------------------------------------------------------
4124 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4125 Changed paths:
4126    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4127    M /trunk/samtools/bamtk.c
4128
4129  * samtools-0.1.2-13
4130  * fixed a minor bug in displaying pileup
4131
4132 ------------------------------------------------------------------------
4133 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4134 Changed paths:
4135    M /trunk/samtools/ChangeLog
4136    M /trunk/samtools/bamtk.c
4137
4138  * samtools-0.1.2-12
4139  * optionally print SAM header
4140
4141 ------------------------------------------------------------------------
4142 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
4143 Changed paths:
4144    M /trunk/samtools/bamtk.c
4145    M /trunk/samtools/glf.c
4146
4147  * samtools-0.1.2-11
4148  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
4149
4150 ------------------------------------------------------------------------
4151 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
4152 Changed paths:
4153    M /trunk/samtools/Makefile
4154    M /trunk/samtools/bam_import.c
4155    M /trunk/samtools/bam_index.c
4156    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4157    M /trunk/samtools/bamtk.c
4158    M /trunk/samtools/glf.c
4159    M /trunk/samtools/glf.h
4160
4161  * samtools-0.1.2-10
4162  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
4163  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
4164  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
4165
4166 ------------------------------------------------------------------------
4167 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
4168 Changed paths:
4169    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4170
4171  * wgsim-0.2.3
4172  * fixed a bug in simulating indels
4173
4174 ------------------------------------------------------------------------
4175 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
4176 Changed paths:
4177    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4178
4179  * wgsim-0.2.2
4180  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4181    not like long read names.
4182
4183 ------------------------------------------------------------------------
4184 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4185 Changed paths:
4186    M /trunk/samtools/ChangeLog
4187    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4188    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4189
4190  * wgsim-0.2.1
4191  * fixed a bug about color read coordinates
4192  * fixed a bug in read names
4193  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4194  * make the script work with color reads
4195
4196 ------------------------------------------------------------------------
4197 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4198 Changed paths:
4199    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4200    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4201
4202  * wgsim: added a note
4203
4204 ------------------------------------------------------------------------
4205 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4206 Changed paths:
4207    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4208    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4209
4210  * wgsim-0.2.0
4211  * considerable code clean up
4212  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4213  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4214  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4215  * change in accordant with wgsim
4216
4217 ------------------------------------------------------------------------
4218 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4219 Changed paths:
4220    M /trunk/samtools/bam_index.c
4221    M /trunk/samtools/bamtk.c
4222
4223  * samtools-0.1.2-9
4224  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
4225
4226 ------------------------------------------------------------------------
4227 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
4228 Changed paths:
4229    M /trunk/samtools/bamtk.c
4230
4231 Fix annoying segv when invalid region specified.
4232
4233 ------------------------------------------------------------------------
4234 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
4235 Changed paths:
4236    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4237    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4238
4239  * move indel_filter.pl to samtools.pl
4240
4241 ------------------------------------------------------------------------
4242 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
4243 Changed paths:
4244    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4245    M /trunk/samtools/bamtk.c
4246
4247  * samtools-0.1.2-7
4248  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
4249
4250 ------------------------------------------------------------------------
4251 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
4252 Changed paths:
4253    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4254    M /trunk/samtools/bamtk.c
4255
4256  * samtools-0.1.2-7
4257  * fixed a minor bug in flagstat
4258
4259 ------------------------------------------------------------------------
4260 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
4261 Changed paths:
4262    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4263    M /trunk/samtools/bamtk.c
4264    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4265
4266  * samtools-0.1.2-6
4267  * improve indel caller by setting maximum window size
4268
4269 ------------------------------------------------------------------------
4270 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
4271 Changed paths:
4272    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4273    M /trunk/samtools/bamtk.c
4274
4275  * output max mapping quality in indel line
4276
4277 ------------------------------------------------------------------------
4278 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
4279 Changed paths:
4280    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4281
4282 fixed a bug in generating tag AM
4283
4284 ------------------------------------------------------------------------
4285 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
4286 Changed paths:
4287    M /trunk/samtools/bam_index.c
4288    M /trunk/samtools/bamtk.c
4289
4290 fixed a potential memory problem in indexing
4291
4292 ------------------------------------------------------------------------
4293 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
4294 Changed paths:
4295    M /trunk/samtools/Makefile
4296
4297 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
4298
4299 ------------------------------------------------------------------------
4300 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
4301 Changed paths:
4302    M /trunk/samtools/ChangeLog
4303    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4304    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4305    M /trunk/samtools/bamtk.c
4306
4307  * samtools-0.1.2-3
4308  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
4309  * improve flagstat report a little bit
4310
4311 ------------------------------------------------------------------------
4312 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
4313 Changed paths:
4314    M /trunk/samtools/Makefile
4315    A /trunk/samtools/bam_stat.c
4316    M /trunk/samtools/bamtk.c
4317
4318  * samtools-0.1.2-1
4319  * added flagstat command
4320
4321 ------------------------------------------------------------------------
4322 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4323 Changed paths:
4324    M /trunk/samtools/ChangeLog
4325    M /trunk/samtools/NEWS
4326    M /trunk/samtools/bamtk.c
4327    M /trunk/samtools/samtools.1
4328
4329 Release SAMtools-0.1.2
4330
4331 ------------------------------------------------------------------------
4332 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4333 Changed paths:
4334    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4335
4336 Script for filtering indel results
4337
4338 ------------------------------------------------------------------------
4339 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
4340 Changed paths:
4341    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
4342
4343 convert ZOOM to SAM
4344
4345 ------------------------------------------------------------------------
4346 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
4347 Changed paths:
4348    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
4349
4350 add a script to convert novo alignment to SAM
4351
4352 ------------------------------------------------------------------------
4353 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
4354 Changed paths:
4355    M /trunk/samtools/ChangeLog
4356    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
4357    M /trunk/samtools/samtools.1
4358
4359 update documentation and ChangeLog
4360
4361 ------------------------------------------------------------------------
4362 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
4363 Changed paths:
4364    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4365    M /trunk/samtools/bamtk.c
4366
4367  * samtools-0.1.1-19
4368  * fixed a bug in "merge" command line
4369
4370 ------------------------------------------------------------------------
4371 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4372 Changed paths:
4373    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4374    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
4375    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
4376    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
4377    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
4378    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
4379
4380  * merge from branches/dev/
4381  * all future development will happen here
4382
4383 ------------------------------------------------------------------------
4384 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4385 Changed paths:
4386    M /trunk/samtools/COPYING
4387    M /trunk/samtools/ChangeLog
4388    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
4389    M /trunk/samtools/Makefile
4390    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
4391    M /trunk/samtools/bam.c
4392    M /trunk/samtools/bam.h
4393    M /trunk/samtools/bam_import.c
4394    M /trunk/samtools/bam_index.c
4395    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4396    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4397    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4398    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
4399    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4400    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4401    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
4402    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4403    M /trunk/samtools/bamtk.c
4404    M /trunk/samtools/bgzf.h
4405    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
4406    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
4407    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
4408    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4409    M /trunk/samtools/faidx.c
4410    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
4411    M /trunk/samtools/glf.h
4412    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4413    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4414    M /trunk/samtools/razf.c
4415    M /trunk/samtools/source.dot
4416
4417  * Merge from branches/dev/
4418  * all future development will happen here at trunk/
4419
4420 ------------------------------------------------------------------------
4421 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
4422 Changed paths:
4423    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4424    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4425
4426 Fix problem with compiling without curses.
4427
4428 ------------------------------------------------------------------------
4429 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4430 Changed paths:
4431    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
4432
4433 Create trunk copy
4434
4435 ------------------------------------------------------------------------
4436 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4437 Changed paths:
4438    A /branches/dev/samtools/NEWS
4439    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4440    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4441
4442 Release samtools-0.1.1
4443
4444 ------------------------------------------------------------------------
4445 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
4446 Changed paths:
4447    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4448    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4449    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4450    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4451    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4452    M /branches/dev/samtools/razf.c
4453    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4454
4455  * samtools-0.1.0-66
4456  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
4457  * fixed a memory leak in parsing a region
4458  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
4459  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
4460  * fixed a bug in indexing for small alignment
4461  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
4462  * updated documentation
4463  * prepare to release 0.1.1
4464
4465 ------------------------------------------------------------------------
4466 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4467 Changed paths:
4468    A /branches/dev/samtools/examples
4469    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
4470    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
4471    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
4472    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
4473
4474 example
4475
4476 ------------------------------------------------------------------------
4477 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4478 Changed paths:
4479    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4480
4481 update ChangeLog
4482
4483 ------------------------------------------------------------------------
4484 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
4485 Changed paths:
4486    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4487
4488  * added comments
4489  * fixed several bugs
4490
4491 ------------------------------------------------------------------------
4492 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
4493 Changed paths:
4494    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4495
4496 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
4497
4498 ------------------------------------------------------------------------
4499 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
4500 Changed paths:
4501    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4502    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4503    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4504    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4505    A /branches/dev/samtools/source.dot
4506
4507  * samtools-0.1.0-65
4508  * pileup: generate maq-like simple output
4509  * pileup: allow to output pileup at required sites
4510  * source.dot: source file relationship graph
4511  * tview: fixed a minor bug
4512
4513 ------------------------------------------------------------------------
4514 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
4515 Changed paths:
4516    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4517
4518 remove all2sam.pl
4519
4520 ------------------------------------------------------------------------
4521 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
4522 Changed paths:
4523    A /branches/dev/samtools/COPYING
4524    M /branches/dev/samtools/bam.h
4525    M /branches/dev/samtools/faidx.h
4526    M /branches/dev/samtools/khash.h
4527    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4528    M /branches/dev/samtools/ksort.h
4529    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4530
4531 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
4532
4533 ------------------------------------------------------------------------
4534 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4535 Changed paths:
4536    M /branches/dev/samtools/bam.c
4537    M /branches/dev/samtools/bam.h
4538    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4539    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4540    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4541
4542  * samtools-0.1.0-64
4543  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
4544
4545 ------------------------------------------------------------------------
4546 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4547 Changed paths:
4548    M /branches/dev/samtools/bam.c
4549    M /branches/dev/samtools/bam.h
4550    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4551    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4552    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4553
4554  * samtools-0.1.0-63
4555  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
4556
4557 ------------------------------------------------------------------------
4558 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
4559 Changed paths:
4560    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4561    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4562    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4563
4564  * samtools-0.1.0-62
4565  * fixed a memory leak
4566
4567 ------------------------------------------------------------------------
4568 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
4569 Changed paths:
4570    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4571    M /branches/dev/samtools/bam.h
4572    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4573
4574 update documentation, ChangeLog and a comment
4575
4576 ------------------------------------------------------------------------
4577 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
4578 Changed paths:
4579    M /branches/dev/samtools/Makefile
4580    M /branches/dev/samtools/bam.h
4581    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4582    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
4583    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4584    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4585    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4586    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4587
4588  * samtools-0.1.0-61
4589  * moved pileup command to a separate source file
4590  * added indel caller
4591  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
4592  * updated documentation
4593
4594 ------------------------------------------------------------------------
4595 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
4596 Changed paths:
4597    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4598    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4599
4600  * samtools-0.1.0-60
4601  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
4602
4603 ------------------------------------------------------------------------
4604 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
4605 Changed paths:
4606    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4607    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4608    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4609
4610  * samtools-0.1.0-59
4611  * pileup: outputing consensus is now optional
4612  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
4613    I am not quite sure why the previous version may have problem.
4614
4615 ------------------------------------------------------------------------
4616 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
4617 Changed paths:
4618    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4619    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4620
4621  * samtools-0.1.0-58
4622  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
4623    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
4624    and imposing it would make it harder to generate for other language
4625    bindings.
4626
4627 ------------------------------------------------------------------------
4628 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4629 Changed paths:
4630    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4631
4632 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
4633
4634 ------------------------------------------------------------------------
4635 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4636 Changed paths:
4637    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4638
4639 update manual
4640
4641 ------------------------------------------------------------------------
4642 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
4643 Changed paths:
4644    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4645    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4646
4647  * samtools-0.1.0-57
4648  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
4649  * made the parser a bit more robust
4650
4651 ------------------------------------------------------------------------
4652 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4653 Changed paths:
4654    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4655    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4656    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4657
4658  * samtools-0.1.0-56
4659  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
4660  * fixed a typo in bam_index.c
4661  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
4662
4663 ------------------------------------------------------------------------
4664 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
4665 Changed paths:
4666    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4667
4668 update manual
4669
4670 ------------------------------------------------------------------------
4671 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4672 Changed paths:
4673    M /branches/dev/samtools/bam.h
4674    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4675    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4676
4677  * samtools-0.1.0-55
4678  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
4679  * removed -v from pileup
4680  * made pileup take the reference sequence
4681
4682 ------------------------------------------------------------------------
4683 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
4684 Changed paths:
4685    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4686    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4687    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4688
4689  * samtools-0.1.0-54
4690  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
4691  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
4692
4693 ------------------------------------------------------------------------
4694 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4695 Changed paths:
4696    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4697
4698 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
4699
4700 ------------------------------------------------------------------------
4701 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4702 Changed paths:
4703    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4704
4705 also calculate unordered md5sum check
4706
4707 ------------------------------------------------------------------------
4708 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4709 Changed paths:
4710    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4711
4712 fixed a minor bug when there are space in the sequence
4713
4714 ------------------------------------------------------------------------
4715 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4716 Changed paths:
4717    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4718
4719 fixed a potential memory leak
4720
4721 ------------------------------------------------------------------------
4722 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
4723 Changed paths:
4724    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4725    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4726    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4727
4728  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
4729
4730 ------------------------------------------------------------------------
4731 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
4732 Changed paths:
4733    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4734
4735 nothing, really
4736
4737 ------------------------------------------------------------------------
4738 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4739 Changed paths:
4740    M /branches/dev/samtools/Makefile
4741    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4742    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
4743    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
4744    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
4745    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4746
4747  * fixed two warnings in kseq.h
4748  * added md5sum utilities
4749
4750 ------------------------------------------------------------------------
4751 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
4752 Changed paths:
4753    M /branches/dev/samtools/Makefile
4754    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4755    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4756    A /branches/dev/samtools/kseq.h
4757    D /branches/dev/samtools/kstream.h
4758
4759  * samtools-0.1.0-52
4760  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
4761    extra functions in kseq.h.
4762  * also compile stand-alone faidx
4763
4764 ------------------------------------------------------------------------
4765 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4766 Changed paths:
4767    M /branches/dev/samtools/bam.h
4768    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4769    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4770
4771  * samtools-0.1.0-51
4772  * sorting by read names is available
4773
4774 ------------------------------------------------------------------------
4775 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4776 Changed paths:
4777    M /branches/dev/samtools/bam.c
4778    M /branches/dev/samtools/bam.h
4779    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4780    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4781    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4782    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4783    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4784    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4785    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4786
4787  * samtools-0.1.0-50
4788  * format change to meet the latest specification
4789
4790 ------------------------------------------------------------------------
4791 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
4792 Changed paths:
4793    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4794    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4795
4796  * minor change in maqcns: special care when n==0
4797  * change maq2sam to meet the latest specification
4798
4799 ------------------------------------------------------------------------
4800 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
4801 Changed paths:
4802    M /branches/dev/samtools/razf.c
4803    M /branches/dev/samtools/razf.h
4804
4805 considerable code clean up in razf
4806
4807 ------------------------------------------------------------------------
4808 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
4809 Changed paths:
4810    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4811    M /branches/dev/samtools/Makefile
4812    M /branches/dev/samtools/faidx.c
4813
4814 make RAZF optional in faidx.c
4815
4816 ------------------------------------------------------------------------
4817 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
4818 Changed paths:
4819    M /branches/dev/samtools/Makefile
4820    M /branches/dev/samtools/bam.h
4821    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4822    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4823    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4824
4825  * samtools-0.1.0-49
4826  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
4827
4828 ------------------------------------------------------------------------
4829 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
4830 Changed paths:
4831    M /branches/dev/samtools/bam.c
4832    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4833    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4834    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4835    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4836    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4837
4838  * samtools-0.1.0-48
4839  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
4840  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
4841  * supporting hex strings
4842
4843 ------------------------------------------------------------------------
4844 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
4845 Changed paths:
4846    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4847    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4848
4849  * samtools-0.1.0-47
4850  * fixed the bug in maqcns
4851
4852 ------------------------------------------------------------------------
4853 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
4854 Changed paths:
4855    M /branches/dev/samtools/Makefile
4856    M /branches/dev/samtools/bam.h
4857    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4858    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
4859    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4860    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4861    A /branches/dev/samtools/glf.h
4862
4863  * samtools-0.1.0-46
4864  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
4865
4866 ------------------------------------------------------------------------
4867 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
4868 Changed paths:
4869    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4870    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4871    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4872
4873  * samtools-0.1.0-45
4874  * tview: display padded alignment (but not P operation)
4875  * better coordinates and reference sequence
4876
4877 ------------------------------------------------------------------------
4878 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
4879 Changed paths:
4880    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
4881
4882 new ChangeLog
4883
4884 ------------------------------------------------------------------------
4885 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
4886 Changed paths:
4887    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
4888    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
4889
4890 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
4891 the log of my personal SVN repository.
4892
4893 ------------------------------------------------------------------------
4894 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
4895 Changed paths:
4896    M /branches/dev/samtools/Makefile
4897    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4898    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4899
4900  * samtools-0.1.0-44
4901  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
4902    missing these declarations will make bgzf buggy
4903  * get rid of some harmless warings
4904  * use BGZF by default, now
4905
4906 ------------------------------------------------------------------------
4907 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
4908 Changed paths:
4909    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4910    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4911    M /branches/dev/samtools/razf.c
4912
4913  * samtools-0.1.0-43
4914  * fixed a bug in razf_read()
4915  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
4916
4917 ------------------------------------------------------------------------
4918 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4919 Changed paths:
4920    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4921
4922 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
4923
4924 ------------------------------------------------------------------------
4925 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
4926 Changed paths:
4927    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4928
4929  * samtools-0.1.0-42
4930  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
4931    also update the version number anyway to avoid confusion
4932
4933 ------------------------------------------------------------------------
4934 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4935 Changed paths:
4936    M /branches/dev/samtools/razf.c
4937
4938 a change from Jue, but I think it should not matter
4939
4940 ------------------------------------------------------------------------
4941 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
4942 Changed paths:
4943    M /branches/dev/samtools/razf.c
4944
4945 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
4946 rarely happens, very rarely.
4947
4948 ------------------------------------------------------------------------
4949 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4950 Changed paths:
4951    M /branches/dev/samtools/razf.c
4952
4953 fixed a bug in razf, with the help of Jue
4954
4955 ------------------------------------------------------------------------
4956 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4957 Changed paths:
4958    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4959
4960 remove a comment
4961
4962 ------------------------------------------------------------------------
4963 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
4964 Changed paths:
4965    M /branches/dev/samtools/Makefile
4966    M /branches/dev/samtools/bam.h
4967    M /branches/dev/samtools/razf.c
4968    M /branches/dev/samtools/razf.h
4969
4970  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
4971
4972 ------------------------------------------------------------------------
4973 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
4974 Changed paths:
4975    A /branches/dev/samtools/samtools.1
4976
4977 the manual page
4978
4979 ------------------------------------------------------------------------
4980 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
4981 Changed paths:
4982    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
4983    A /branches/dev/samtools/Makefile
4984    A /branches/dev/samtools/bam.c
4985    A /branches/dev/samtools/bam.h
4986    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4987    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
4988    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
4989    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
4990    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
4991    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4992    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4993    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4994    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
4995    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
4996    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
4997    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
4998    A /branches/dev/samtools/faidx.c
4999    A /branches/dev/samtools/faidx.h
5000    A /branches/dev/samtools/khash.h
5001    A /branches/dev/samtools/ksort.h
5002    A /branches/dev/samtools/kstream.h
5003    A /branches/dev/samtools/misc
5004    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5005    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5006    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5007    A /branches/dev/samtools/razf.c
5008    A /branches/dev/samtools/razf.h
5009    A /branches/dev/samtools/razip.c
5010    A /branches/dev/samtools/zutil.h
5011
5012 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
5013 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
5014
5015 ------------------------------------------------------------------------
5016 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5017 Changed paths:
5018    A /branches/dev/samtools
5019
5020 samtools (C version)
5021
5022 ------------------------------------------------------------------------