ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.3-18 (r273)
   8  * rmdupse: do not remove unmapped reads
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
  14
  15 change a parameter. It does nothing
  16
  17 ------------------------------------------------------------------------
  18 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
  19 Changed paths:
  20    M /trunk/samtools/Makefile.am
  21    M /trunk/samtools/Makefile.generic
  22    M /trunk/samtools/Makefile.lite
  23    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
  24    M /trunk/samtools/bamtk.c
  25    M /trunk/samtools/configure.ac
  26
  27  * samtools-0.1.3-17 (r271)
  28  * added 'rmdupse' command
  29
  30 ------------------------------------------------------------------------
  31 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
  32 Changed paths:
  33    M /trunk/samtools/bamtk.c
  34    M /trunk/samtools/sam_view.c
  35
  36  * samtools-0.1.3-16 (r267)
  37  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
  38
  39 ------------------------------------------------------------------------
  40 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
  41 Changed paths:
  42    M /trunk/samtools/bam_import.c
  43    M /trunk/samtools/bamtk.c
  44
  45  * samtools-0.1.3-15 (r266)
  46  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
  47
  48 ------------------------------------------------------------------------
  49 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
  50 Changed paths:
  51    M /trunk/samtools/bam.h
  52    M /trunk/samtools/bam_import.c
  53    M /trunk/samtools/bamtk.c
  54    M /trunk/samtools/sam.c
  55    M /trunk/samtools/sam_view.c
  56
  57  * samtools-0.1.3-14 (r262)
  58  * make samopen() recognize @SQ header lines
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  64    M /trunk/samtools/bamtk.c
  65    M /trunk/samtools/bgzf.c
  66    M /trunk/samtools/sam.c
  67    M /trunk/samtools/sam_view.c
  68
  69  * samtools-0.1.3-13 (r260)
  70  * report error for file I/O error
  71
  72 ------------------------------------------------------------------------
  73 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
  74 Changed paths:
  75    M /trunk/samtools/Makefile.am
  76
  77 update Makefile.am
  78
  79 ------------------------------------------------------------------------
  80 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
  81 Changed paths:
  82    M /trunk/samtools/bam.h
  83    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  84    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  85    M /trunk/samtools/bamtk.c
  86    M /trunk/samtools/sam.c
  87    M /trunk/samtools/sam.h
  88
  89  * samtools-0.1.3-12 (r259)
  90  * use the new I/O interface in pileup
  91
  92 ------------------------------------------------------------------------
  93 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
  94 Changed paths:
  95    M /trunk/samtools/Makefile.generic
  96    M /trunk/samtools/Makefile.lite
  97    M /trunk/samtools/bam.c
  98    M /trunk/samtools/bam.h
  99    M /trunk/samtools/bam_import.c
 100    M /trunk/samtools/bamtk.c
 101    A /trunk/samtools/sam.c
 102    A /trunk/samtools/sam.h
 103    A /trunk/samtools/sam_view.c
 104
 105  * samtools-0.1.3-11 (r258)
 106  * unify the interface to BAM and SAM I/O
 107
 108 ------------------------------------------------------------------------
 109 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 110 Changed paths:
 111    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 112    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 113    M /trunk/samtools/bamtk.c
 114
 115  * samtools-0.1.3-10 (r257)
 116  * allow hex with "pileup -m"
 117
 118 ------------------------------------------------------------------------
 119 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
 120 Changed paths:
 121    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 122    M /trunk/samtools/bamtk.c
 123
 124  * samtools-0.1.3-9 (r256)
 125  * fixed a bug in bam_lpileup.c
 126  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
 127
 128 ------------------------------------------------------------------------
 129 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
 130 Changed paths:
 131    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 132    M /trunk/samtools/bamtk.c
 133
 134  * samtools-0.1.3-8 (r251)
 135  * fixed a bug when there are reads without coordinates
 136
 137 ------------------------------------------------------------------------
 138 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 139 Changed paths:
 140    A /trunk/samtools/AUTHORS
 141    A /trunk/samtools/README
 142    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 143
 144 added missing files
 145
 146 ------------------------------------------------------------------------
 147 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 148 Changed paths:
 149    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 150    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 151    M /trunk/samtools/configure.ac
 152    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 153
 154 improve large file support in compilation
 155
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 158 Changed paths:
 159    M /trunk/samtools/INSTALL
 160
 161 update INSTALL
 162
 163 ------------------------------------------------------------------------
 164 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 165 Changed paths:
 166    M /trunk/samtools/Makefile.am
 167    M /trunk/samtools/autogen.sh
 168    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 169    M /trunk/samtools/configure.ac
 170    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 171
 172 fixed various issues about the GNU building scripts
 173
 174 ------------------------------------------------------------------------
 175 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
 176 Changed paths:
 177    M /trunk/samtools/ChangeLog
 178    D /trunk/samtools/Makefile
 179    A /trunk/samtools/Makefile.am
 180    A /trunk/samtools/Makefile.generic
 181    A /trunk/samtools/autogen.sh
 182    M /trunk/samtools/bam.h
 183    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 184    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 185    M /trunk/samtools/bamtk.c
 186    A /trunk/samtools/cleanup.sh
 187    A /trunk/samtools/configure.ac
 188    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 189    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
 190
 191  * samtools-0.1.3-7 (r246)
 192  * incorporated revisions from Nils Homer
 193  * enhanced support of displaying color-space reads
 194
 195 ------------------------------------------------------------------------
 196 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
 197 Changed paths:
 198    M /trunk/samtools/bam_md.c
 199    M /trunk/samtools/bamtk.c
 200
 201  * samtools-0.1.3-6 (r244)
 202  * fixed segfault for unmapped reads
 203
 204 ------------------------------------------------------------------------
 205 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 206 Changed paths:
 207    M /trunk/samtools/bam.h
 208    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 209    M /trunk/samtools/bam_md.c
 210    M /trunk/samtools/bamtk.c
 211
 212  * samtools-0.1.3-5 (r243)
 213  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
 214  * check MD
 215  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
 216
 217 ------------------------------------------------------------------------
 218 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
 219 Changed paths:
 220    M /trunk/samtools/bam_md.c
 221    M /trunk/samtools/bamtk.c
 222
 223  * samtools-0.1.3-4 (r242)
 224  * fixed a memory leak
 225
 226 ------------------------------------------------------------------------
 227 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 228 Changed paths:
 229    M /trunk/samtools/Makefile
 230    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 231    M /trunk/samtools/bam.h
 232    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 233    A /trunk/samtools/bam_md.c
 234    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 235    M /trunk/samtools/bamtk.c
 236
 237  * samtools-0.1.3-3 (r240)
 238  * generate MD tag
 239  * generate "=" bases
 240  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
 241
 242 ------------------------------------------------------------------------
 243 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 244 Changed paths:
 245    M /trunk/samtools/bam.h
 246    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 247    M /trunk/samtools/bamtk.c
 248
 249  * samtools-0.1.3-2 (r239)
 250  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
 251  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
 252  * added tagview for testing bam_aux
 253
 254 ------------------------------------------------------------------------
 255 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
 256 Changed paths:
 257    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 258    M /trunk/samtools/bamtk.c
 259
 260  * samtools-0.1.3-1
 261  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
 262
 263 ------------------------------------------------------------------------
 264 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
 265 Changed paths:
 266    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 267
 268 a missing file in Makefile.lite
 269
 270 ------------------------------------------------------------------------
 271 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 272 Changed paths:
 273    M /trunk/samtools/NEWS
 274    M /trunk/samtools/bamtk.c
 275
 276 Release samtools-0.1.3
 277
 278 ------------------------------------------------------------------------
 279 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 280 Changed paths:
 281    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 282    M /trunk/samtools/bamtk.c
 283
 284  * samtools-0.1.2-28
 285  * make samtools more robust to weird input such as empty file
 286
 287 ------------------------------------------------------------------------
 288 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 289 Changed paths:
 290    M /trunk/samtools/ChangeLog
 291    M /trunk/samtools/NEWS
 292    M /trunk/samtools/samtools.1
 293
 294 prepare for release 0.1.3
 295
 296 ------------------------------------------------------------------------
 297 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 298 Changed paths:
 299    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
 300
 301 convert NCBI-BLASTN to SAM
 302
 303 ------------------------------------------------------------------------
 304 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 305 Changed paths:
 306    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 307    M /trunk/samtools/bamtk.c
 308
 309  * samtools-0.1.2-27
 310  * fixed a small memory leak in tview
 311
 312 ------------------------------------------------------------------------
 313 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 314 Changed paths:
 315    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 316    M /trunk/samtools/bamtk.c
 317
 318  * samtools-0.1.2-26
 319  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
 320
 321 ------------------------------------------------------------------------
 322 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
 323 Changed paths:
 324    M /trunk/samtools/ChangeLog
 325    M /trunk/samtools/NEWS
 326
 327 proposed NEWS for the new release (have not yet)
 328
 329 ------------------------------------------------------------------------
 330 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 331 Changed paths:
 332    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 333
 334  * samtools.pl-0.1.1
 335  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
 336    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
 337
 338 ------------------------------------------------------------------------
 339 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 340 Changed paths:
 341    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 342    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 343    M /trunk/samtools/bamtk.c
 344    M /trunk/samtools/samtools.1
 345
 346  * samtools-0.1.2-25
 347  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
 348    containing indels
 349
 350 ------------------------------------------------------------------------
 351 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
 352 Changed paths:
 353    M /trunk/samtools/ChangeLog
 354
 355 update ChangeLog from "svn log"
 356
 357 ------------------------------------------------------------------------
 358 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
 359 Changed paths:
 360    M /trunk/samtools/bam.c
 361    M /trunk/samtools/bam_import.c
 362    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 363    M /trunk/samtools/bamtk.c
 364    M /trunk/samtools/kseq.h
 365
 366  * samtools-0.1.2-24
 367  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
 368  * allow empty header
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 372 Changed paths:
 373    M /trunk/samtools/bam.c
 374    M /trunk/samtools/bam_import.c
 375    M /trunk/samtools/bamtk.c
 376
 377  * samtools-0.1.2-23
 378  * recognize '*' at the QUAL field
 379
 380 ------------------------------------------------------------------------
 381 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 382 Changed paths:
 383    M /trunk/samtools/bam_import.c
 384    M /trunk/samtools/bamtk.c
 385    M /trunk/samtools/kseq.h
 386
 387  * samtools-0.1.2-22
 388  * the field separater is TAB only, now
 389
 390 ------------------------------------------------------------------------
 391 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 392 Changed paths:
 393    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 394
 395  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
 396
 397 ------------------------------------------------------------------------
 398 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
 399 Changed paths:
 400    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 401    M /trunk/samtools/bamtk.c
 402    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 403
 404  * samtools-0.1.2-21
 405  * fixed a nasty bug in `fixmate'
 406
 407 ------------------------------------------------------------------------
 408 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 409 Changed paths:
 410    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 411    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 412    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 413
 414 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
 415
 416 ------------------------------------------------------------------------
 417 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 418 Changed paths:
 419    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 420    M /trunk/samtools/bamtk.c
 421
 422  * samtools-0.1.2-20
 423  * check if file is truncated in flagstat
 424
 425 ------------------------------------------------------------------------
 426 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 427 Changed paths:
 428    M /trunk/samtools/bamtk.c
 429
 430  * samtools-0.1.2-19
 431  * print the header if requested
 432
 433 ------------------------------------------------------------------------
 434 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
 435 Changed paths:
 436    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 437    M /trunk/samtools/bamtk.c
 438
 439  * samtools-0.1.2-18
 440  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
 441
 442 ------------------------------------------------------------------------
 443 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
 444 Changed paths:
 445    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
 446    D /trunk/samtools/Makefile.std
 447    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
 448    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
 449
 450 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
 451
 452 ------------------------------------------------------------------------
 453 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 454 Changed paths:
 455    D /trunk/samtools/Makefile
 456    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
 457    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 458    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 459    M /trunk/samtools/bamtk.c
 460    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 461    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
 462    M /trunk/samtools/samtools.1
 463
 464  * samtools-0.1.2-17
 465  * incorporating Nils' changes
 466  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
 467
 468 ------------------------------------------------------------------------
 469 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 470 Changed paths:
 471    M /trunk/samtools/Makefile
 472    M /trunk/samtools/bam_import.c
 473    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 474    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 475    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 476    M /trunk/samtools/bamtk.c
 477    M /trunk/samtools/kseq.h
 478    A /trunk/samtools/kstring.c
 479    A /trunk/samtools/kstring.h
 480
 481  * samtools-0.1.2-16
 482  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 483  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
 484
 485 ------------------------------------------------------------------------
 486 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
 487 Changed paths:
 488    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 489
 490  * soap2sam.pl-0.1.2
 491  * more robust to truncated soap output
 492
 493 ------------------------------------------------------------------------
 494 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
 495 Changed paths:
 496    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 497
 498 added bam_stat.o to Makefile.lite
 499
 500 ------------------------------------------------------------------------
 501 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 502 Changed paths:
 503    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 504    M /trunk/samtools/bamtk.c
 505
 506  * samtools-0.1.2-15
 507  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
 508
 509 ------------------------------------------------------------------------
 510 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 511 Changed paths:
 512    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 513    M /trunk/samtools/bamtk.c
 514    M /trunk/samtools/glf.c
 515    M /trunk/samtools/glf.h
 516    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 517
 518  * samtools-0.1.2-14
 519  * implemented GLFv3
 520
 521 ------------------------------------------------------------------------
 522 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 523 Changed paths:
 524    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 525    M /trunk/samtools/bamtk.c
 526
 527  * samtools-0.1.2-13
 528  * fixed a minor bug in displaying pileup
 529
 530 ------------------------------------------------------------------------
 531 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 532 Changed paths:
 533    M /trunk/samtools/ChangeLog
 534    M /trunk/samtools/bamtk.c
 535
 536  * samtools-0.1.2-12
 537  * optionally print SAM header
 538
 539 ------------------------------------------------------------------------
 540 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
 541 Changed paths:
 542    M /trunk/samtools/bamtk.c
 543    M /trunk/samtools/glf.c
 544
 545  * samtools-0.1.2-11
 546  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
 547
 548 ------------------------------------------------------------------------
 549 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
 550 Changed paths:
 551    M /trunk/samtools/Makefile
 552    M /trunk/samtools/bam_import.c
 553    M /trunk/samtools/bam_index.c
 554    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 555    M /trunk/samtools/bamtk.c
 556    M /trunk/samtools/glf.c
 557    M /trunk/samtools/glf.h
 558
 559  * samtools-0.1.2-10
 560  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 561  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 562  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
 563
 564 ------------------------------------------------------------------------
 565 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
 566 Changed paths:
 567    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 568
 569  * wgsim-0.2.3
 570  * fixed a bug in simulating indels
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
 574 Changed paths:
 575    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 576
 577  * wgsim-0.2.2
 578  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
 579    not like long read names.
 580
 581 ------------------------------------------------------------------------
 582 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
 583 Changed paths:
 584    M /trunk/samtools/ChangeLog
 585    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 586    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 587
 588  * wgsim-0.2.1
 589  * fixed a bug about color read coordinates
 590  * fixed a bug in read names
 591  * wgsim_eval.pl-0.1.3
 592  * make the script work with color reads
 593
 594 ------------------------------------------------------------------------
 595 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
 596 Changed paths:
 597    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 598    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 599
 600  * wgsim: added a note
 601
 602 ------------------------------------------------------------------------
 603 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
 604 Changed paths:
 605    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 606    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 607
 608  * wgsim-0.2.0
 609  * considerable code clean up
 610  * print number of substitutions/indels/errors on each read
 611  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 612  * wgsim_eval.pl-0.1.2
 613  * change in accordant with wgsim
 614
 615 ------------------------------------------------------------------------
 616 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
 617 Changed paths:
 618    M /trunk/samtools/bam_index.c
 619    M /trunk/samtools/bamtk.c
 620
 621  * samtools-0.1.2-9
 622  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
 623
 624 ------------------------------------------------------------------------
 625 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
 626 Changed paths:
 627    M /trunk/samtools/bamtk.c
 628
 629 Fix annoying segv when invalid region specified.
 630
 631 ------------------------------------------------------------------------
 632 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
 633 Changed paths:
 634    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 635    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 636
 637  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 638
 639 ------------------------------------------------------------------------
 640 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 641 Changed paths:
 642    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 643    M /trunk/samtools/bamtk.c
 644
 645  * samtools-0.1.2-7
 646  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 647
 648 ------------------------------------------------------------------------
 649 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 650 Changed paths:
 651    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 652    M /trunk/samtools/bamtk.c
 653
 654  * samtools-0.1.2-7
 655  * fixed a minor bug in flagstat
 656
 657 ------------------------------------------------------------------------
 658 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 659 Changed paths:
 660    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 661    M /trunk/samtools/bamtk.c
 662    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 663
 664  * samtools-0.1.2-6
 665  * improve indel caller by setting maximum window size
 666
 667 ------------------------------------------------------------------------
 668 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
 669 Changed paths:
 670    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 671    M /trunk/samtools/bamtk.c
 672
 673  * output max mapping quality in indel line
 674
 675 ------------------------------------------------------------------------
 676 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
 677 Changed paths:
 678    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 679
 680 fixed a bug in generating tag AM
 681
 682 ------------------------------------------------------------------------
 683 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
 684 Changed paths:
 685    M /trunk/samtools/bam_index.c
 686    M /trunk/samtools/bamtk.c
 687
 688 fixed a potential memory problem in indexing
 689
 690 ------------------------------------------------------------------------
 691 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
 692 Changed paths:
 693    M /trunk/samtools/Makefile
 694
 695 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
 696
 697 ------------------------------------------------------------------------
 698 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
 699 Changed paths:
 700    M /trunk/samtools/ChangeLog
 701    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 702    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 703    M /trunk/samtools/bamtk.c
 704
 705  * samtools-0.1.2-3
 706  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 707  * improve flagstat report a little bit
 708
 709 ------------------------------------------------------------------------
 710 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
 711 Changed paths:
 712    M /trunk/samtools/Makefile
 713    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 714    M /trunk/samtools/bamtk.c
 715
 716  * samtools-0.1.2-1
 717  * added flagstat command
 718
 719 ------------------------------------------------------------------------
 720 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 721 Changed paths:
 722    M /trunk/samtools/ChangeLog
 723    M /trunk/samtools/NEWS
 724    M /trunk/samtools/bamtk.c
 725    M /trunk/samtools/samtools.1
 726
 727 Release SAMtools-0.1.2
 728
 729 ------------------------------------------------------------------------
 730 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 731 Changed paths:
 732    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 733
 734 Script for filtering indel results
 735
 736 ------------------------------------------------------------------------
 737 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 738 Changed paths:
 739    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 740
 741 convert ZOOM to SAM
 742
 743 ------------------------------------------------------------------------
 744 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 745 Changed paths:
 746    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 747
 748 add a script to convert novo alignment to SAM
 749
 750 ------------------------------------------------------------------------
 751 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 752 Changed paths:
 753    M /trunk/samtools/ChangeLog
 754    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 755    M /trunk/samtools/samtools.1
 756
 757 update documentation and ChangeLog
 758
 759 ------------------------------------------------------------------------
 760 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 761 Changed paths:
 762    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 763    M /trunk/samtools/bamtk.c
 764
 765  * samtools-0.1.1-19
 766  * fixed a bug in "merge" command line
 767
 768 ------------------------------------------------------------------------
 769 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 770 Changed paths:
 771    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 772    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 773    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 774    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 775    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 776    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 777
 778  * merge from branches/dev/
 779  * all future development will happen here
 780
 781 ------------------------------------------------------------------------
 782 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 783 Changed paths:
 784    M /trunk/samtools/COPYING
 785    M /trunk/samtools/ChangeLog
 786    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 787    M /trunk/samtools/Makefile
 788    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 789    M /trunk/samtools/bam.c
 790    M /trunk/samtools/bam.h
 791    M /trunk/samtools/bam_import.c
 792    M /trunk/samtools/bam_index.c
 793    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 794    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 795    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 796    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 797    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 798    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 799    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 800    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 801    M /trunk/samtools/bamtk.c
 802    M /trunk/samtools/bgzf.h
 803    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 804    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 805    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 806    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 807    M /trunk/samtools/faidx.c
 808    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 809    M /trunk/samtools/glf.h
 810    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 811    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 812    M /trunk/samtools/razf.c
 813    M /trunk/samtools/source.dot
 814
 815  * Merge from branches/dev/
 816  * all future development will happen here at trunk/
 817
 818 ------------------------------------------------------------------------
 819 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 820 Changed paths:
 821    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 822    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 823
 824 Fix problem with compiling without curses.
 825
 826 ------------------------------------------------------------------------
 827 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 828 Changed paths:
 829    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 830
 831 Create trunk copy
 832
 833 ------------------------------------------------------------------------
 834 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 835 Changed paths:
 836    A /branches/dev/samtools/NEWS
 837    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 838    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 839
 840 Release samtools-0.1.1
 841
 842 ------------------------------------------------------------------------
 843 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 844 Changed paths:
 845    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 846    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 847    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 848    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 849    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 850    M /branches/dev/samtools/razf.c
 851    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 852
 853  * samtools-0.1.0-66
 854  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 855  * fixed a memory leak in parsing a region
 856  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 857  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 858  * fixed a bug in indexing for small alignment
 859  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 860  * updated documentation
 861  * prepare to release 0.1.1
 862
 863 ------------------------------------------------------------------------
 864 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 865 Changed paths:
 866    A /branches/dev/samtools/examples
 867    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 868    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 869    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 870    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 871
 872 example
 873
 874 ------------------------------------------------------------------------
 875 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 876 Changed paths:
 877    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 878
 879 update ChangeLog
 880
 881 ------------------------------------------------------------------------
 882 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 883 Changed paths:
 884    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 885
 886  * added comments
 887  * fixed several bugs
 888
 889 ------------------------------------------------------------------------
 890 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 891 Changed paths:
 892    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 893
 894 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 895
 896 ------------------------------------------------------------------------
 897 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 898 Changed paths:
 899    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 900    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 901    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 902    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 903    A /branches/dev/samtools/source.dot
 904
 905  * samtools-0.1.0-65
 906  * pileup: generate maq-like simple output
 907  * pileup: allow to output pileup at required sites
 908  * source.dot: source file relationship graph
 909  * tview: fixed a minor bug
 910
 911 ------------------------------------------------------------------------
 912 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 913 Changed paths:
 914    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 915
 916 remove all2sam.pl
 917
 918 ------------------------------------------------------------------------
 919 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 920 Changed paths:
 921    A /branches/dev/samtools/COPYING
 922    M /branches/dev/samtools/bam.h
 923    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 924    M /branches/dev/samtools/khash.h
 925    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 926    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 927    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 928
 929 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 930
 931 ------------------------------------------------------------------------
 932 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 933 Changed paths:
 934    M /branches/dev/samtools/bam.c
 935    M /branches/dev/samtools/bam.h
 936    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 937    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 938    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 939
 940  * samtools-0.1.0-64
 941  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 942
 943 ------------------------------------------------------------------------
 944 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 945 Changed paths:
 946    M /branches/dev/samtools/bam.c
 947    M /branches/dev/samtools/bam.h
 948    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 949    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 950    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 951
 952  * samtools-0.1.0-63
 953  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 954
 955 ------------------------------------------------------------------------
 956 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 957 Changed paths:
 958    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 959    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 960    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 961
 962  * samtools-0.1.0-62
 963  * fixed a memory leak
 964
 965 ------------------------------------------------------------------------
 966 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 967 Changed paths:
 968    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 969    M /branches/dev/samtools/bam.h
 970    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 971
 972 update documentation, ChangeLog and a comment
 973
 974 ------------------------------------------------------------------------
 975 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 976 Changed paths:
 977    M /branches/dev/samtools/Makefile
 978    M /branches/dev/samtools/bam.h
 979    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 980    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 981    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 982    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 983    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 984    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 985
 986  * samtools-0.1.0-61
 987  * moved pileup command to a separate source file
 988  * added indel caller
 989  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 990  * updated documentation
 991
 992 ------------------------------------------------------------------------
 993 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 994 Changed paths:
 995    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 996    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 997
 998  * samtools-0.1.0-60
 999  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
1000
1001 ------------------------------------------------------------------------
1002 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
1003 Changed paths:
1004    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1005    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1006    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1007
1008  * samtools-0.1.0-59
1009  * pileup: outputing consensus is now optional
1010  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
1011    I am not quite sure why the previous version may have problem.
1012
1013 ------------------------------------------------------------------------
1014 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
1015 Changed paths:
1016    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1017    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1018
1019  * samtools-0.1.0-58
1020  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
1021    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
1022    and imposing it would make it harder to generate for other language
1023    bindings.
1024
1025 ------------------------------------------------------------------------
1026 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1027 Changed paths:
1028    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1029
1030 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
1031
1032 ------------------------------------------------------------------------
1033 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1034 Changed paths:
1035    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1036
1037 update manual
1038
1039 ------------------------------------------------------------------------
1040 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
1041 Changed paths:
1042    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1043    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1044
1045  * samtools-0.1.0-57
1046  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
1047  * made the parser a bit more robust
1048
1049 ------------------------------------------------------------------------
1050 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1051 Changed paths:
1052    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1053    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1054    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1055
1056  * samtools-0.1.0-56
1057  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
1058  * fixed a typo in bam_index.c
1059  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
1060
1061 ------------------------------------------------------------------------
1062 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
1063 Changed paths:
1064    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1065
1066 update manual
1067
1068 ------------------------------------------------------------------------
1069 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1070 Changed paths:
1071    M /branches/dev/samtools/bam.h
1072    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1073    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1074
1075  * samtools-0.1.0-55
1076  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
1077  * removed -v from pileup
1078  * made pileup take the reference sequence
1079
1080 ------------------------------------------------------------------------
1081 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
1082 Changed paths:
1083    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1084    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1085    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1086
1087  * samtools-0.1.0-54
1088  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
1089  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
1090
1091 ------------------------------------------------------------------------
1092 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1093 Changed paths:
1094    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1095
1096 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
1097
1098 ------------------------------------------------------------------------
1099 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1100 Changed paths:
1101    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1102
1103 also calculate unordered md5sum check
1104
1105 ------------------------------------------------------------------------
1106 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1107 Changed paths:
1108    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1109
1110 fixed a minor bug when there are space in the sequence
1111
1112 ------------------------------------------------------------------------
1113 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1114 Changed paths:
1115    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1116
1117 fixed a potential memory leak
1118
1119 ------------------------------------------------------------------------
1120 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1121 Changed paths:
1122    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1123    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1124    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1125
1126  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
1127
1128 ------------------------------------------------------------------------
1129 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1130 Changed paths:
1131    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1132
1133 nothing, really
1134
1135 ------------------------------------------------------------------------
1136 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1137 Changed paths:
1138    M /branches/dev/samtools/Makefile
1139    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1140    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1141    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
1142    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
1143    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1144
1145  * fixed two warnings in kseq.h
1146  * added md5sum utilities
1147
1148 ------------------------------------------------------------------------
1149 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
1150 Changed paths:
1151    M /branches/dev/samtools/Makefile
1152    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1153    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1154    A /branches/dev/samtools/kseq.h
1155    D /branches/dev/samtools/kstream.h
1156
1157  * samtools-0.1.0-52
1158  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
1159    extra functions in kseq.h.
1160  * also compile stand-alone faidx
1161
1162 ------------------------------------------------------------------------
1163 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1164 Changed paths:
1165    M /branches/dev/samtools/bam.h
1166    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1167    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1168
1169  * samtools-0.1.0-51
1170  * sorting by read names is available
1171
1172 ------------------------------------------------------------------------
1173 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1174 Changed paths:
1175    M /branches/dev/samtools/bam.c
1176    M /branches/dev/samtools/bam.h
1177    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1178    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1179    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1180    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1181    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1182    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1183    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1184
1185  * samtools-0.1.0-50
1186  * format change to meet the latest specification
1187
1188 ------------------------------------------------------------------------
1189 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
1190 Changed paths:
1191    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1192    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1193
1194  * minor change in maqcns: special care when n==0
1195  * change maq2sam to meet the latest specification
1196
1197 ------------------------------------------------------------------------
1198 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1199 Changed paths:
1200    M /branches/dev/samtools/razf.c
1201    M /branches/dev/samtools/razf.h
1202
1203 considerable code clean up in razf
1204
1205 ------------------------------------------------------------------------
1206 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1207 Changed paths:
1208    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1209    M /branches/dev/samtools/Makefile
1210    M /branches/dev/samtools/faidx.c
1211
1212 make RAZF optional in faidx.c
1213
1214 ------------------------------------------------------------------------
1215 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
1216 Changed paths:
1217    M /branches/dev/samtools/Makefile
1218    M /branches/dev/samtools/bam.h
1219    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1220    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1221    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1222
1223  * samtools-0.1.0-49
1224  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
1225
1226 ------------------------------------------------------------------------
1227 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
1228 Changed paths:
1229    M /branches/dev/samtools/bam.c
1230    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1231    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1232    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1233    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1234    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1235
1236  * samtools-0.1.0-48
1237  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
1238  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
1239  * supporting hex strings
1240
1241 ------------------------------------------------------------------------
1242 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1243 Changed paths:
1244    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1245    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1246
1247  * samtools-0.1.0-47
1248  * fixed the bug in maqcns
1249
1250 ------------------------------------------------------------------------
1251 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1252 Changed paths:
1253    M /branches/dev/samtools/Makefile
1254    M /branches/dev/samtools/bam.h
1255    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1256    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1257    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1258    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1259    A /branches/dev/samtools/glf.h
1260
1261  * samtools-0.1.0-46
1262  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
1263
1264 ------------------------------------------------------------------------
1265 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
1266 Changed paths:
1267    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1268    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1269    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1270
1271  * samtools-0.1.0-45
1272  * tview: display padded alignment (but not P operation)
1273  * better coordinates and reference sequence
1274
1275 ------------------------------------------------------------------------
1276 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
1277 Changed paths:
1278    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1279
1280 new ChangeLog
1281
1282 ------------------------------------------------------------------------
1283 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1284 Changed paths:
1285    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
1286    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
1287
1288 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
1289 the log of my personal SVN repository.
1290
1291 ------------------------------------------------------------------------
1292 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
1293 Changed paths:
1294    M /branches/dev/samtools/Makefile
1295    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1296    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1297
1298  * samtools-0.1.0-44
1299  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
1300    missing these declarations will make bgzf buggy
1301  * get rid of some harmless warings
1302  * use BGZF by default, now
1303
1304 ------------------------------------------------------------------------
1305 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1306 Changed paths:
1307    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1308    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1309    M /branches/dev/samtools/razf.c
1310
1311  * samtools-0.1.0-43
1312  * fixed a bug in razf_read()
1313  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
1314
1315 ------------------------------------------------------------------------
1316 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1317 Changed paths:
1318    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1319
1320 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
1321
1322 ------------------------------------------------------------------------
1323 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1324 Changed paths:
1325    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1326
1327  * samtools-0.1.0-42
1328  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
1329    also update the version number anyway to avoid confusion
1330
1331 ------------------------------------------------------------------------
1332 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1333 Changed paths:
1334    M /branches/dev/samtools/razf.c
1335
1336 a change from Jue, but I think it should not matter
1337
1338 ------------------------------------------------------------------------
1339 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
1340 Changed paths:
1341    M /branches/dev/samtools/razf.c
1342
1343 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
1344 rarely happens, very rarely.
1345
1346 ------------------------------------------------------------------------
1347 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1348 Changed paths:
1349    M /branches/dev/samtools/razf.c
1350
1351 fixed a bug in razf, with the help of Jue
1352
1353 ------------------------------------------------------------------------
1354 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1355 Changed paths:
1356    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1357
1358 remove a comment
1359
1360 ------------------------------------------------------------------------
1361 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1362 Changed paths:
1363    M /branches/dev/samtools/Makefile
1364    M /branches/dev/samtools/bam.h
1365    M /branches/dev/samtools/razf.c
1366    M /branches/dev/samtools/razf.h
1367
1368  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
1369
1370 ------------------------------------------------------------------------
1371 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1372 Changed paths:
1373    A /branches/dev/samtools/samtools.1
1374
1375 the manual page
1376
1377 ------------------------------------------------------------------------
1378 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
1379 Changed paths:
1380    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1381    A /branches/dev/samtools/Makefile
1382    A /branches/dev/samtools/bam.c
1383    A /branches/dev/samtools/bam.h
1384    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1385    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
1386    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
1387    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
1388    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
1389    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1390    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1391    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1392    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
1393    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
1394    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
1395    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
1396    A /branches/dev/samtools/faidx.c
1397    A /branches/dev/samtools/faidx.h
1398    A /branches/dev/samtools/khash.h
1399    A /branches/dev/samtools/ksort.h
1400    A /branches/dev/samtools/kstream.h
1401    A /branches/dev/samtools/misc
1402    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1403    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1404    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1405    A /branches/dev/samtools/razf.c
1406    A /branches/dev/samtools/razf.h
1407    A /branches/dev/samtools/razip.c
1408    A /branches/dev/samtools/zutil.h
1409
1410 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
1411 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
1412
1413 ------------------------------------------------------------------------
1414 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1415 Changed paths:
1416    A /branches/dev/samtools
1417
1418 samtools (C version)
1419
1420 ------------------------------------------------------------------------