ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 11:32:26 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam.c
   5    M /trunk/samtools/bam.h
   6    M /trunk/samtools/bam_aux.c
   7    M /trunk/samtools/bam_index.c
   8    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
   9    M /trunk/samtools/bam_md.c
  10    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  11    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
  12    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  13    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  14    M /trunk/samtools/bamtk.c
  15    M /trunk/samtools/faidx.c
  16    M /trunk/samtools/faidx.h
  17    M /trunk/samtools/glf.c
  18
  19  * samtools-0.1.4-21 (r368)
  20  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
  21    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
  22    inconsistency. I was just a bit lazy.
  23  * small memory leak may be present on failure, though
  24
  25 ------------------------------------------------------------------------
  26 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 16:18:42 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
  27 Changed paths:
  28    M /trunk/samtools/knetfile.c
  29
  30 reduce the chance of blocking in FTP connection
  31
  32 ------------------------------------------------------------------------
  33 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 15:35:21 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
  34 Changed paths:
  35    M /trunk/samtools/knetfile.c
  36
  37 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
  38
  39 ------------------------------------------------------------------------
  40 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 14:04:30 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
  41 Changed paths:
  42    M /trunk/samtools/bam_index.c
  43    M /trunk/samtools/bamtk.c
  44    M /trunk/samtools/knetfile.c
  45    M /trunk/samtools/knetfile.h
  46
  47  * samtools-0.1.4-20 (r365)
  48  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
  49
  50 ------------------------------------------------------------------------
  51 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 12:39:07 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
  52 Changed paths:
  53    M /trunk/samtools/bamtk.c
  54    M /trunk/samtools/knetfile.c
  55
  56  * samtools-0.1.4-19 (r364)
  57  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
  58
  59 ------------------------------------------------------------------------
  60 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 23:23:32 +0100 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
  61 Changed paths:
  62    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  63    M /trunk/samtools/bamtk.c
  64    M /trunk/samtools/bgzf.c
  65    M /trunk/samtools/bgzf.h
  66    M /trunk/samtools/knetfile.c
  67    M /trunk/samtools/knetfile.h
  68
  69  * samtools-0.1.4-18 (r363)
  70  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
  71  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
  72
  73 ------------------------------------------------------------------------
  74 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:04:34 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
  75 Changed paths:
  76    M /trunk/samtools/bgzf.c
  77
  78 write changelog
  79
  80 ------------------------------------------------------------------------
  81 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:03:10 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
  82 Changed paths:
  83    M /trunk/samtools/bam_index.c
  84    M /trunk/samtools/bamtk.c
  85
  86  * samtools-0.1.4-17 (r361)
  87  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
  88
  89 ------------------------------------------------------------------------
  90 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 20:44:52 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
  91 Changed paths:
  92    M /trunk/samtools/Makefile
  93    M /trunk/samtools/bam_import.c
  94    M /trunk/samtools/bam_index.c
  95    M /trunk/samtools/bamtk.c
  96    M /trunk/samtools/bgzf.c
  97    M /trunk/samtools/bgzf.h
  98    M /trunk/samtools/knetfile.c
  99    M /trunk/samtools/knetfile.h
 100
 101  * samtools-0.1.4-16 (r360)
 102  * report more information in index when the input is not sorted
 103  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
 104  * support knetfile library in BGZF
 105
 106 ------------------------------------------------------------------------
 107 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 17:10:55 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 108 Changed paths:
 109    M /trunk/samtools/knetfile.c
 110    M /trunk/samtools/knetfile.h
 111
 112 fixed bugs in knetfile.*
 113
 114 ------------------------------------------------------------------------
 115 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:53:19 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 116 Changed paths:
 117    A /trunk/samtools/knetfile.h
 118
 119 this is the header file
 120
 121 ------------------------------------------------------------------------
 122 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:52:03 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 123 Changed paths:
 124    A /trunk/samtools/knetfile.c
 125
 126  * open a file at FTP
 127  * preliminary version
 128
 129 ------------------------------------------------------------------------
 130 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 14:02:25 +0100 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
 131 Changed paths:
 132    M /trunk/samtools/bam.c
 133    M /trunk/samtools/bamtk.c
 134
 135  * samtools-0.1.4-15 (r354)
 136  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
 137
 138 ------------------------------------------------------------------------
 139 r351 | lh3lh3 | 2009-06-18 00:16:26 +0100 (Thu, 18 Jun 2009) | 4 lines
 140 Changed paths:
 141    M /trunk/samtools/bamtk.c
 142    M /trunk/samtools/faidx.c
 143
 144  * samtools-0.1.4-13 (r351)
 145  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
 146  * hope this does not introduce new bugs...
 147
 148 ------------------------------------------------------------------------
 149 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 14:37:01 +0100 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
 150 Changed paths:
 151    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 152    M /trunk/samtools/bamtk.c
 153
 154  * samtools-0.1.4-13 (r350)
 155  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
 156
 157 ------------------------------------------------------------------------
 158 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 21:20:49 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 159 Changed paths:
 160    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 161    M /trunk/samtools/bamtk.c
 162    M /trunk/samtools/sam_view.c
 163
 164  * samtools-0.1.4-12 (r347)
 165  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
 166
 167 ------------------------------------------------------------------------
 168 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 17:52:31 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 169 Changed paths:
 170    M /trunk/samtools/Makefile
 171    M /trunk/samtools/bamtk.c
 172    M /trunk/samtools/sam_view.c
 173    M /trunk/samtools/samtools.1
 174
 175  * samtools-0.1.4-11 (r346)
 176  * allow to select a read group at view command-line
 177
 178 ------------------------------------------------------------------------
 179 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:06:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 180 Changed paths:
 181    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 182
 183 added more comments
 184
 185 ------------------------------------------------------------------------
 186 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:01:22 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 187 Changed paths:
 188    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 189
 190 nothing really
 191
 192 ------------------------------------------------------------------------
 193 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:58:48 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 194 Changed paths:
 195    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 196    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 197
 198 added an example of calculating read depth
 199
 200 ------------------------------------------------------------------------
 201 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:00:08 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 202 Changed paths:
 203    M /trunk/samtools/Makefile
 204    M /trunk/samtools/bam.h
 205    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 206    A /trunk/samtools/bam_color.c
 207    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 208    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 209    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 210    M /trunk/samtools/bamtk.c
 211    M /trunk/samtools/sam.c
 212    M /trunk/samtools/sam.h
 213
 214  * samtools-0.1.4-10 (r341)
 215  * only include key APIs in libbam.a
 216  * move color-specific routines to bam_color.c
 217  * update documentations
 218  * remove the support of -q in pileup
 219
 220 ------------------------------------------------------------------------
 221 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 11:17:14 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 222 Changed paths:
 223    M /trunk/samtools/INSTALL
 224    M /trunk/samtools/Makefile
 225    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 226    M /trunk/samtools/bam_import.c
 227    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 228    M /trunk/samtools/bamtk.c
 229    M /trunk/samtools/razf.c
 230    M /trunk/samtools/sam_view.c
 231
 232  * samtools-0.1.4-9 (r340)
 233  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
 234  * fixed a compilation warning
 235  * fixed a segfault caused by @RG parsing
 236  * detect NCURSES in bam_tview.c
 237
 238 ------------------------------------------------------------------------
 239 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 10:35:19 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 240 Changed paths:
 241    M /trunk/samtools/INSTALL
 242
 243 update INSTALL
 244
 245 ------------------------------------------------------------------------
 246 r338 | lh3lh3 | 2009-06-13 00:15:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 4 lines
 247 Changed paths:
 248    M /trunk/samtools/bam.c
 249    M /trunk/samtools/bam.h
 250    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 251    M /trunk/samtools/bam_import.c
 252    M /trunk/samtools/bamtk.c
 253    M /trunk/samtools/kstring.h
 254    M /trunk/samtools/sam.c
 255    M /trunk/samtools/sam_view.c
 256
 257  * samtools-0.1.4-8 (r338)
 258  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
 259    command line
 260
 261 ------------------------------------------------------------------------
 262 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 21:25:50 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 263 Changed paths:
 264    M /trunk/samtools/bamtk.c
 265    M /trunk/samtools/bgzf.c
 266    M /trunk/samtools/bgzf.h
 267    M /trunk/samtools/sam.c
 268    M /trunk/samtools/sam_view.c
 269
 270  * samtools-0.1.4-7 (r337)
 271  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
 272  * "samtools view" support "-u" command-line option
 273
 274 ------------------------------------------------------------------------
 275 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 17:20:12 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 276 Changed paths:
 277    M /trunk/samtools/Makefile
 278    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 279    M /trunk/samtools/razf.c
 280    M /trunk/samtools/razf.h
 281    M /trunk/samtools/razip.c
 282
 283  * no changes to samtools itself
 284  * remove zlib source codes
 285  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
 286  * on old version of zlib, writing is not available
 287
 288 ------------------------------------------------------------------------
 289 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:47:33 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 290 Changed paths:
 291    D /trunk/samtools/zlib
 292
 293 remove zlib for simplification...
 294
 295 ------------------------------------------------------------------------
 296 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:43:36 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 297 Changed paths:
 298    M /trunk/samtools/bam.h
 299    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 300    M /trunk/samtools/bamtk.c
 301
 302  * samtools-0.1.4-6 (r334)
 303  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
 304    been implemented in that.
 305  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
 306
 307 ------------------------------------------------------------------------
 308 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:33:42 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 309 Changed paths:
 310    M /trunk/samtools/ChangeLog
 311
 312 update ChangeLog
 313
 314 ------------------------------------------------------------------------
 315 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:21:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 316 Changed paths:
 317    M /trunk/samtools/AUTHORS
 318    M /trunk/samtools/Makefile
 319    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 320
 321 fixed minor things in Makefile
 322
 323 ------------------------------------------------------------------------
 324 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:07:05 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 325 Changed paths:
 326    M /trunk/samtools/bamtk.c
 327
 328  * samtools-0.1.4-5 (r3310
 329  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
 330    changes in the Makefile building system.
 331
 332 ------------------------------------------------------------------------
 333 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:03:38 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 334 Changed paths:
 335    M /trunk/samtools/AUTHORS
 336    D /trunk/samtools/README
 337
 338 update information...
 339
 340 ------------------------------------------------------------------------
 341 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:52:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 342 Changed paths:
 343    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 344
 345  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
 346  * this version works with indels
 347
 348 ------------------------------------------------------------------------
 349 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:50:53 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 350 Changed paths:
 351    M /trunk/samtools/INSTALL
 352    M /trunk/samtools/Makefile
 353    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 354    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
 355
 356  * update Makefile
 357  * update INSTALL instruction
 358
 359 ------------------------------------------------------------------------
 360 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:18:29 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 361 Changed paths:
 362    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
 363    D /trunk/samtools/Makefile.am
 364    D /trunk/samtools/Makefile.generic
 365    D /trunk/samtools/Makefile.lite
 366    D /trunk/samtools/autogen.sh
 367    D /trunk/samtools/cleanup.sh
 368    D /trunk/samtools/configure.ac
 369    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
 370    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 371    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 372    M /trunk/samtools/razf.c
 373    A /trunk/samtools/zlib
 374    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
 375    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
 376    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
 377    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
 378    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
 379    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
 380    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
 381    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
 382    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
 383    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
 384    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
 385    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
 386    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
 387    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
 388    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
 389    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
 390    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
 391    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
 392    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
 393    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
 394    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
 395    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
 396    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
 397    D /trunk/samtools/zutil.h
 398
 399  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
 400  * prepare to changed back to the Makefile building system
 401  * unfinished! (will be soon)
 402
 403 ------------------------------------------------------------------------
 404 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:12:03 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 405 Changed paths:
 406    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 407
 408 Unfinished
 409
 410 ------------------------------------------------------------------------
 411 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 16:27:59 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 412 Changed paths:
 413    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 414    M /trunk/samtools/bamtk.c
 415
 416  * samtools-0.1.4-4 (r325)
 417  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
 418
 419 ------------------------------------------------------------------------
 420 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 15:56:17 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
 421 Changed paths:
 422    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 423    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 424    M /trunk/samtools/bamtk.c
 425    M /trunk/samtools/sam.c
 426    M /trunk/samtools/sam.h
 427
 428  * samtools-0.1.4-3 (r324)
 429  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
 430  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
 431
 432 ------------------------------------------------------------------------
 433 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:04:21 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 434 Changed paths:
 435    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 436
 437  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
 438  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
 439
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:03:22 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
 442 Changed paths:
 443    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 444
 445 fixed a typo
 446
 447 ------------------------------------------------------------------------
 448 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 09:21:48 +0100 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
 449 Changed paths:
 450    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 451
 452 just typo. no real change
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:32:51 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
 456 Changed paths:
 457    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 458
 459 a little bit code cleanup
 460
 461 ------------------------------------------------------------------------
 462 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:22:33 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
 463 Changed paths:
 464    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 465
 466  * samtools.pl-0.3.1
 467  * change default parameters
 468  * optionally print filtered variants
 469
 470 ------------------------------------------------------------------------
 471 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:14:26 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 472 Changed paths:
 473    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 474
 475  * samtools.pl-0.3.0
 476  * combine snpFilter and indelFilter
 477
 478 ------------------------------------------------------------------------
 479 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:31:42 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 480 Changed paths:
 481    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 482
 483  * samtools.pl-0.2.3
 484  * change a default parameter
 485
 486 ------------------------------------------------------------------------
 487 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:11:06 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
 488 Changed paths:
 489    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 490    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 491    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 492    M /trunk/samtools/bamtk.c
 493    M /trunk/samtools/sam.c
 494
 495  * samtools-0.1.4-2 (r316)
 496  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
 497  * pileup: always calculate RMS mapq
 498  * pileup: allow to output variant sites only
 499
 500 ------------------------------------------------------------------------
 501 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 13:01:10 +0100 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
 502 Changed paths:
 503    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 504
 505  * samtools.pl-0.2.2
 506  * added pileup2fq
 507
 508 ------------------------------------------------------------------------
 509 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 09:40:40 +0100 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
 510 Changed paths:
 511    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 512
 513  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
 514
 515 ------------------------------------------------------------------------
 516 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:35:13 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 517 Changed paths:
 518    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 519
 520  * samtools.pl-0.2.1
 521  * fixed a typo
 522
 523 ------------------------------------------------------------------------
 524 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:04:39 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 525 Changed paths:
 526    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 527
 528  * samtools.pl-0.2.0
 529  * snpFilter
 530
 531 ------------------------------------------------------------------------
 532 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:49:35 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 533 Changed paths:
 534    M /trunk/samtools/bgzf.c
 535
 536  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
 537  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
 538
 539 ------------------------------------------------------------------------
 540 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:16:08 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
 541 Changed paths:
 542    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
 543
 544 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
 545
 546 ------------------------------------------------------------------------
 547 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:08:49 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 548 Changed paths:
 549    M /trunk/samtools/bamtk.c
 550    M /trunk/samtools/sam.c
 551
 552  * samtools-0.1.4-1 (r304)
 553  * fixed a minor bug in printing headers
 554
 555 ------------------------------------------------------------------------
 556 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 16:06:16 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
 557 Changed paths:
 558    M /trunk/samtools/ChangeLog
 559    M /trunk/samtools/NEWS
 560    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 561    M /trunk/samtools/bamtk.c
 562    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 563    M /trunk/samtools/samtools.1
 564
 565 Release samtools-0.1.4
 566
 567 ------------------------------------------------------------------------
 568 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:53:14 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 569 Changed paths:
 570    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 571    M /trunk/samtools/bamtk.c
 572
 573  * samtools-0.1.3-24 (r296)
 574  * another similar bug in the indel caller
 575
 576 ------------------------------------------------------------------------
 577 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:50:28 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 578 Changed paths:
 579    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 580    M /trunk/samtools/bamtk.c
 581
 582  * samtools-0.1.3-23 (r295)
 583  * fixed a critical bug in the indel caller
 584
 585 ------------------------------------------------------------------------
 586 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 13:00:20 +0100 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
 587 Changed paths:
 588    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 589
 590 added a missing header file
 591
 592 ------------------------------------------------------------------------
 593 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 23:44:25 +0100 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
 594 Changed paths:
 595    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 596    M /trunk/samtools/bamtk.c
 597
 598  * samtools-0.1.3-22 (r293)
 599  * open tview in the dot-view mode by default
 600
 601 ------------------------------------------------------------------------
 602 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 21:01:23 +0100 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
 603 Changed paths:
 604    M /trunk/samtools/samtools.1
 605
 606 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
 607 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
 608 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
 609 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
 610
 611
 612 ------------------------------------------------------------------------
 613 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 15:23:13 +0100 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
 614 Changed paths:
 615    M /trunk/samtools/bam.h
 616    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 617    M /trunk/samtools/bamtk.c
 618
 619  * samtools-0.1.3-21 (286)
 620  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
 621
 622 ------------------------------------------------------------------------
 623 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 10:07:55 +0100 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
 624 Changed paths:
 625    M /trunk/samtools/bam.h
 626    M /trunk/samtools/bam_index.c
 627    M /trunk/samtools/bamtk.c
 628
 629  * samtools-0.1.3-20 (r276)
 630  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
 631    make it work with the latest SVN.
 632  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
 633
 634 ------------------------------------------------------------------------
 635 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 21:14:10 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
 636 Changed paths:
 637    M /trunk/samtools/ChangeLog
 638    M /trunk/samtools/bam.h
 639    M /trunk/samtools/bamtk.c
 640
 641  * samtools-0.1.3-19 (r275)
 642  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
 643    backward compatibility with Bio::DB::Sam
 644
 645 ------------------------------------------------------------------------
 646 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 647 Changed paths:
 648    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 649    M /trunk/samtools/bamtk.c
 650
 651  * samtools-0.1.3-18 (r273)
 652  * rmdupse: do not remove unmapped reads
 653
 654 ------------------------------------------------------------------------
 655 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
 656 Changed paths:
 657    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 658
 659 change a parameter. It does nothing
 660
 661 ------------------------------------------------------------------------
 662 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 663 Changed paths:
 664    M /trunk/samtools/Makefile.am
 665    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 666    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 667    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 668    M /trunk/samtools/bamtk.c
 669    M /trunk/samtools/configure.ac
 670
 671  * samtools-0.1.3-17 (r271)
 672  * added 'rmdupse' command
 673
 674 ------------------------------------------------------------------------
 675 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 676 Changed paths:
 677    M /trunk/samtools/bamtk.c
 678    M /trunk/samtools/sam_view.c
 679
 680  * samtools-0.1.3-16 (r267)
 681  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
 682
 683 ------------------------------------------------------------------------
 684 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 685 Changed paths:
 686    M /trunk/samtools/bam_import.c
 687    M /trunk/samtools/bamtk.c
 688
 689  * samtools-0.1.3-15 (r266)
 690  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
 691
 692 ------------------------------------------------------------------------
 693 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 694 Changed paths:
 695    M /trunk/samtools/bam.h
 696    M /trunk/samtools/bam_import.c
 697    M /trunk/samtools/bamtk.c
 698    M /trunk/samtools/sam.c
 699    M /trunk/samtools/sam_view.c
 700
 701  * samtools-0.1.3-14 (r262)
 702  * make samopen() recognize @SQ header lines
 703
 704 ------------------------------------------------------------------------
 705 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 706 Changed paths:
 707    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 708    M /trunk/samtools/bamtk.c
 709    M /trunk/samtools/bgzf.c
 710    M /trunk/samtools/sam.c
 711    M /trunk/samtools/sam_view.c
 712
 713  * samtools-0.1.3-13 (r260)
 714  * report error for file I/O error
 715
 716 ------------------------------------------------------------------------
 717 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
 718 Changed paths:
 719    M /trunk/samtools/Makefile.am
 720
 721 update Makefile.am
 722
 723 ------------------------------------------------------------------------
 724 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 725 Changed paths:
 726    M /trunk/samtools/bam.h
 727    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 728    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 729    M /trunk/samtools/bamtk.c
 730    M /trunk/samtools/sam.c
 731    M /trunk/samtools/sam.h
 732
 733  * samtools-0.1.3-12 (r259)
 734  * use the new I/O interface in pileup
 735
 736 ------------------------------------------------------------------------
 737 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 738 Changed paths:
 739    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 740    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 741    M /trunk/samtools/bam.c
 742    M /trunk/samtools/bam.h
 743    M /trunk/samtools/bam_import.c
 744    M /trunk/samtools/bamtk.c
 745    A /trunk/samtools/sam.c
 746    A /trunk/samtools/sam.h
 747    A /trunk/samtools/sam_view.c
 748
 749  * samtools-0.1.3-11 (r258)
 750  * unify the interface to BAM and SAM I/O
 751
 752 ------------------------------------------------------------------------
 753 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 754 Changed paths:
 755    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 756    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 757    M /trunk/samtools/bamtk.c
 758
 759  * samtools-0.1.3-10 (r257)
 760  * allow hex with "pileup -m"
 761
 762 ------------------------------------------------------------------------
 763 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
 764 Changed paths:
 765    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 766    M /trunk/samtools/bamtk.c
 767
 768  * samtools-0.1.3-9 (r256)
 769  * fixed a bug in bam_lpileup.c
 770  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
 771
 772 ------------------------------------------------------------------------
 773 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
 774 Changed paths:
 775    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 776    M /trunk/samtools/bamtk.c
 777
 778  * samtools-0.1.3-8 (r251)
 779  * fixed a bug when there are reads without coordinates
 780
 781 ------------------------------------------------------------------------
 782 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 783 Changed paths:
 784    A /trunk/samtools/AUTHORS
 785    A /trunk/samtools/README
 786    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 787
 788 added missing files
 789
 790 ------------------------------------------------------------------------
 791 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 792 Changed paths:
 793    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 794    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 795    M /trunk/samtools/configure.ac
 796    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 797
 798 improve large file support in compilation
 799
 800 ------------------------------------------------------------------------
 801 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 802 Changed paths:
 803    M /trunk/samtools/INSTALL
 804
 805 update INSTALL
 806
 807 ------------------------------------------------------------------------
 808 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 809 Changed paths:
 810    M /trunk/samtools/Makefile.am
 811    M /trunk/samtools/autogen.sh
 812    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 813    M /trunk/samtools/configure.ac
 814    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 815
 816 fixed various issues about the GNU building scripts
 817
 818 ------------------------------------------------------------------------
 819 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
 820 Changed paths:
 821    M /trunk/samtools/ChangeLog
 822    D /trunk/samtools/Makefile
 823    A /trunk/samtools/Makefile.am
 824    A /trunk/samtools/Makefile.generic
 825    A /trunk/samtools/autogen.sh
 826    M /trunk/samtools/bam.h
 827    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 828    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 829    M /trunk/samtools/bamtk.c
 830    A /trunk/samtools/cleanup.sh
 831    A /trunk/samtools/configure.ac
 832    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 833    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
 834
 835  * samtools-0.1.3-7 (r246)
 836  * incorporated revisions from Nils Homer
 837  * enhanced support of displaying color-space reads
 838
 839 ------------------------------------------------------------------------
 840 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
 841 Changed paths:
 842    M /trunk/samtools/bam_md.c
 843    M /trunk/samtools/bamtk.c
 844
 845  * samtools-0.1.3-6 (r244)
 846  * fixed segfault for unmapped reads
 847
 848 ------------------------------------------------------------------------
 849 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 850 Changed paths:
 851    M /trunk/samtools/bam.h
 852    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 853    M /trunk/samtools/bam_md.c
 854    M /trunk/samtools/bamtk.c
 855
 856  * samtools-0.1.3-5 (r243)
 857  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
 858  * check MD
 859  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
 860
 861 ------------------------------------------------------------------------
 862 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
 863 Changed paths:
 864    M /trunk/samtools/bam_md.c
 865    M /trunk/samtools/bamtk.c
 866
 867  * samtools-0.1.3-4 (r242)
 868  * fixed a memory leak
 869
 870 ------------------------------------------------------------------------
 871 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 872 Changed paths:
 873    M /trunk/samtools/Makefile
 874    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 875    M /trunk/samtools/bam.h
 876    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 877    A /trunk/samtools/bam_md.c
 878    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 879    M /trunk/samtools/bamtk.c
 880
 881  * samtools-0.1.3-3 (r240)
 882  * generate MD tag
 883  * generate "=" bases
 884  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
 885
 886 ------------------------------------------------------------------------
 887 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 888 Changed paths:
 889    M /trunk/samtools/bam.h
 890    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 891    M /trunk/samtools/bamtk.c
 892
 893  * samtools-0.1.3-2 (r239)
 894  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
 895  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
 896  * added tagview for testing bam_aux
 897
 898 ------------------------------------------------------------------------
 899 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
 900 Changed paths:
 901    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 902    M /trunk/samtools/bamtk.c
 903
 904  * samtools-0.1.3-1
 905  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
 906
 907 ------------------------------------------------------------------------
 908 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
 909 Changed paths:
 910    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 911
 912 a missing file in Makefile.lite
 913
 914 ------------------------------------------------------------------------
 915 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 916 Changed paths:
 917    M /trunk/samtools/NEWS
 918    M /trunk/samtools/bamtk.c
 919
 920 Release samtools-0.1.3
 921
 922 ------------------------------------------------------------------------
 923 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 924 Changed paths:
 925    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 926    M /trunk/samtools/bamtk.c
 927
 928  * samtools-0.1.2-28
 929  * make samtools more robust to weird input such as empty file
 930
 931 ------------------------------------------------------------------------
 932 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 933 Changed paths:
 934    M /trunk/samtools/ChangeLog
 935    M /trunk/samtools/NEWS
 936    M /trunk/samtools/samtools.1
 937
 938 prepare for release 0.1.3
 939
 940 ------------------------------------------------------------------------
 941 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 942 Changed paths:
 943    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
 944
 945 convert NCBI-BLASTN to SAM
 946
 947 ------------------------------------------------------------------------
 948 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 949 Changed paths:
 950    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 951    M /trunk/samtools/bamtk.c
 952
 953  * samtools-0.1.2-27
 954  * fixed a small memory leak in tview
 955
 956 ------------------------------------------------------------------------
 957 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 958 Changed paths:
 959    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 960    M /trunk/samtools/bamtk.c
 961
 962  * samtools-0.1.2-26
 963  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
 964
 965 ------------------------------------------------------------------------
 966 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
 967 Changed paths:
 968    M /trunk/samtools/ChangeLog
 969    M /trunk/samtools/NEWS
 970
 971 proposed NEWS for the new release (have not yet)
 972
 973 ------------------------------------------------------------------------
 974 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 975 Changed paths:
 976    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 977
 978  * samtools.pl-0.1.1
 979  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
 980    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
 981
 982 ------------------------------------------------------------------------
 983 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 984 Changed paths:
 985    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 986    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 987    M /trunk/samtools/bamtk.c
 988    M /trunk/samtools/samtools.1
 989
 990  * samtools-0.1.2-25
 991  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
 992    containing indels
 993
 994 ------------------------------------------------------------------------
 995 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
 996 Changed paths:
 997    M /trunk/samtools/ChangeLog
 998
 999 update ChangeLog from "svn log"
1000
1001 ------------------------------------------------------------------------
1002 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
1003 Changed paths:
1004    M /trunk/samtools/bam.c
1005    M /trunk/samtools/bam_import.c
1006    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1007    M /trunk/samtools/bamtk.c
1008    M /trunk/samtools/kseq.h
1009
1010  * samtools-0.1.2-24
1011  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
1012  * allow empty header
1013
1014 ------------------------------------------------------------------------
1015 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1016 Changed paths:
1017    M /trunk/samtools/bam.c
1018    M /trunk/samtools/bam_import.c
1019    M /trunk/samtools/bamtk.c
1020
1021  * samtools-0.1.2-23
1022  * recognize '*' at the QUAL field
1023
1024 ------------------------------------------------------------------------
1025 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1026 Changed paths:
1027    M /trunk/samtools/bam_import.c
1028    M /trunk/samtools/bamtk.c
1029    M /trunk/samtools/kseq.h
1030
1031  * samtools-0.1.2-22
1032  * the field separater is TAB only, now
1033
1034 ------------------------------------------------------------------------
1035 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1036 Changed paths:
1037    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1038
1039  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
1040
1041 ------------------------------------------------------------------------
1042 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
1043 Changed paths:
1044    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1045    M /trunk/samtools/bamtk.c
1046    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1047
1048  * samtools-0.1.2-21
1049  * fixed a nasty bug in `fixmate'
1050
1051 ------------------------------------------------------------------------
1052 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1053 Changed paths:
1054    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
1055    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1056    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1057
1058 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
1059
1060 ------------------------------------------------------------------------
1061 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1062 Changed paths:
1063    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1064    M /trunk/samtools/bamtk.c
1065
1066  * samtools-0.1.2-20
1067  * check if file is truncated in flagstat
1068
1069 ------------------------------------------------------------------------
1070 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1071 Changed paths:
1072    M /trunk/samtools/bamtk.c
1073
1074  * samtools-0.1.2-19
1075  * print the header if requested
1076
1077 ------------------------------------------------------------------------
1078 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
1079 Changed paths:
1080    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1081    M /trunk/samtools/bamtk.c
1082
1083  * samtools-0.1.2-18
1084  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
1085
1086 ------------------------------------------------------------------------
1087 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
1088 Changed paths:
1089    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
1090    D /trunk/samtools/Makefile.std
1091    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
1092    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
1093
1094 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
1095
1096 ------------------------------------------------------------------------
1097 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1098 Changed paths:
1099    D /trunk/samtools/Makefile
1100    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
1101    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1102    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1103    M /trunk/samtools/bamtk.c
1104    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1105    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
1106    M /trunk/samtools/samtools.1
1107
1108  * samtools-0.1.2-17
1109  * incorporating Nils' changes
1110  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
1111
1112 ------------------------------------------------------------------------
1113 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1114 Changed paths:
1115    M /trunk/samtools/Makefile
1116    M /trunk/samtools/bam_import.c
1117    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1118    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1119    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1120    M /trunk/samtools/bamtk.c
1121    M /trunk/samtools/kseq.h
1122    A /trunk/samtools/kstring.c
1123    A /trunk/samtools/kstring.h
1124
1125  * samtools-0.1.2-16
1126  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
1127  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
1128
1129 ------------------------------------------------------------------------
1130 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
1131 Changed paths:
1132    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1133
1134  * soap2sam.pl-0.1.2
1135  * more robust to truncated soap output
1136
1137 ------------------------------------------------------------------------
1138 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
1139 Changed paths:
1140    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1141
1142 added bam_stat.o to Makefile.lite
1143
1144 ------------------------------------------------------------------------
1145 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1146 Changed paths:
1147    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1148    M /trunk/samtools/bamtk.c
1149
1150  * samtools-0.1.2-15
1151  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
1152
1153 ------------------------------------------------------------------------
1154 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1155 Changed paths:
1156    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1157    M /trunk/samtools/bamtk.c
1158    M /trunk/samtools/glf.c
1159    M /trunk/samtools/glf.h
1160    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1161
1162  * samtools-0.1.2-14
1163  * implemented GLFv3
1164
1165 ------------------------------------------------------------------------
1166 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1167 Changed paths:
1168    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1169    M /trunk/samtools/bamtk.c
1170
1171  * samtools-0.1.2-13
1172  * fixed a minor bug in displaying pileup
1173
1174 ------------------------------------------------------------------------
1175 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1176 Changed paths:
1177    M /trunk/samtools/ChangeLog
1178    M /trunk/samtools/bamtk.c
1179
1180  * samtools-0.1.2-12
1181  * optionally print SAM header
1182
1183 ------------------------------------------------------------------------
1184 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
1185 Changed paths:
1186    M /trunk/samtools/bamtk.c
1187    M /trunk/samtools/glf.c
1188
1189  * samtools-0.1.2-11
1190  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
1191
1192 ------------------------------------------------------------------------
1193 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
1194 Changed paths:
1195    M /trunk/samtools/Makefile
1196    M /trunk/samtools/bam_import.c
1197    M /trunk/samtools/bam_index.c
1198    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1199    M /trunk/samtools/bamtk.c
1200    M /trunk/samtools/glf.c
1201    M /trunk/samtools/glf.h
1202
1203  * samtools-0.1.2-10
1204  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
1205  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
1206  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
1207
1208 ------------------------------------------------------------------------
1209 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
1210 Changed paths:
1211    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1212
1213  * wgsim-0.2.3
1214  * fixed a bug in simulating indels
1215
1216 ------------------------------------------------------------------------
1217 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
1218 Changed paths:
1219    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1220
1221  * wgsim-0.2.2
1222  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
1223    not like long read names.
1224
1225 ------------------------------------------------------------------------
1226 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
1227 Changed paths:
1228    M /trunk/samtools/ChangeLog
1229    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1230    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1231
1232  * wgsim-0.2.1
1233  * fixed a bug about color read coordinates
1234  * fixed a bug in read names
1235  * wgsim_eval.pl-0.1.3
1236  * make the script work with color reads
1237
1238 ------------------------------------------------------------------------
1239 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
1240 Changed paths:
1241    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1242    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1243
1244  * wgsim: added a note
1245
1246 ------------------------------------------------------------------------
1247 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
1248 Changed paths:
1249    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1250    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1251
1252  * wgsim-0.2.0
1253  * considerable code clean up
1254  * print number of substitutions/indels/errors on each read
1255  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
1256  * wgsim_eval.pl-0.1.2
1257  * change in accordant with wgsim
1258
1259 ------------------------------------------------------------------------
1260 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
1261 Changed paths:
1262    M /trunk/samtools/bam_index.c
1263    M /trunk/samtools/bamtk.c
1264
1265  * samtools-0.1.2-9
1266  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
1267
1268 ------------------------------------------------------------------------
1269 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
1270 Changed paths:
1271    M /trunk/samtools/bamtk.c
1272
1273 Fix annoying segv when invalid region specified.
1274
1275 ------------------------------------------------------------------------
1276 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
1277 Changed paths:
1278    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1279    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1280
1281  * move indel_filter.pl to samtools.pl
1282
1283 ------------------------------------------------------------------------
1284 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
1285 Changed paths:
1286    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1287    M /trunk/samtools/bamtk.c
1288
1289  * samtools-0.1.2-7
1290  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
1291
1292 ------------------------------------------------------------------------
1293 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
1294 Changed paths:
1295    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1296    M /trunk/samtools/bamtk.c
1297
1298  * samtools-0.1.2-7
1299  * fixed a minor bug in flagstat
1300
1301 ------------------------------------------------------------------------
1302 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
1303 Changed paths:
1304    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1305    M /trunk/samtools/bamtk.c
1306    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1307
1308  * samtools-0.1.2-6
1309  * improve indel caller by setting maximum window size
1310
1311 ------------------------------------------------------------------------
1312 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
1313 Changed paths:
1314    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1315    M /trunk/samtools/bamtk.c
1316
1317  * output max mapping quality in indel line
1318
1319 ------------------------------------------------------------------------
1320 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
1321 Changed paths:
1322    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1323
1324 fixed a bug in generating tag AM
1325
1326 ------------------------------------------------------------------------
1327 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
1328 Changed paths:
1329    M /trunk/samtools/bam_index.c
1330    M /trunk/samtools/bamtk.c
1331
1332 fixed a potential memory problem in indexing
1333
1334 ------------------------------------------------------------------------
1335 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
1336 Changed paths:
1337    M /trunk/samtools/Makefile
1338
1339 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
1340
1341 ------------------------------------------------------------------------
1342 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
1343 Changed paths:
1344    M /trunk/samtools/ChangeLog
1345    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1346    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1347    M /trunk/samtools/bamtk.c
1348
1349  * samtools-0.1.2-3
1350  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
1351  * improve flagstat report a little bit
1352
1353 ------------------------------------------------------------------------
1354 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
1355 Changed paths:
1356    M /trunk/samtools/Makefile
1357    A /trunk/samtools/bam_stat.c
1358    M /trunk/samtools/bamtk.c
1359
1360  * samtools-0.1.2-1
1361  * added flagstat command
1362
1363 ------------------------------------------------------------------------
1364 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1365 Changed paths:
1366    M /trunk/samtools/ChangeLog
1367    M /trunk/samtools/NEWS
1368    M /trunk/samtools/bamtk.c
1369    M /trunk/samtools/samtools.1
1370
1371 Release SAMtools-0.1.2
1372
1373 ------------------------------------------------------------------------
1374 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1375 Changed paths:
1376    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1377
1378 Script for filtering indel results
1379
1380 ------------------------------------------------------------------------
1381 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
1382 Changed paths:
1383    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
1384
1385 convert ZOOM to SAM
1386
1387 ------------------------------------------------------------------------
1388 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
1389 Changed paths:
1390    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1391
1392 add a script to convert novo alignment to SAM
1393
1394 ------------------------------------------------------------------------
1395 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
1396 Changed paths:
1397    M /trunk/samtools/ChangeLog
1398    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
1399    M /trunk/samtools/samtools.1
1400
1401 update documentation and ChangeLog
1402
1403 ------------------------------------------------------------------------
1404 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
1405 Changed paths:
1406    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1407    M /trunk/samtools/bamtk.c
1408
1409  * samtools-0.1.1-19
1410  * fixed a bug in "merge" command line
1411
1412 ------------------------------------------------------------------------
1413 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1414 Changed paths:
1415    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1416    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
1417    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1418    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
1419    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
1420    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
1421
1422  * merge from branches/dev/
1423  * all future development will happen here
1424
1425 ------------------------------------------------------------------------
1426 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1427 Changed paths:
1428    M /trunk/samtools/COPYING
1429    M /trunk/samtools/ChangeLog
1430    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
1431    M /trunk/samtools/Makefile
1432    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
1433    M /trunk/samtools/bam.c
1434    M /trunk/samtools/bam.h
1435    M /trunk/samtools/bam_import.c
1436    M /trunk/samtools/bam_index.c
1437    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1438    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1439    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1440    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
1441    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1442    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1443    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
1444    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1445    M /trunk/samtools/bamtk.c
1446    M /trunk/samtools/bgzf.h
1447    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
1448    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
1449    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
1450    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1451    M /trunk/samtools/faidx.c
1452    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
1453    M /trunk/samtools/glf.h
1454    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1455    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1456    M /trunk/samtools/razf.c
1457    M /trunk/samtools/source.dot
1458
1459  * Merge from branches/dev/
1460  * all future development will happen here at trunk/
1461
1462 ------------------------------------------------------------------------
1463 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
1464 Changed paths:
1465    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1466    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1467
1468 Fix problem with compiling without curses.
1469
1470 ------------------------------------------------------------------------
1471 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1472 Changed paths:
1473    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
1474
1475 Create trunk copy
1476
1477 ------------------------------------------------------------------------
1478 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1479 Changed paths:
1480    A /branches/dev/samtools/NEWS
1481    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1482    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1483
1484 Release samtools-0.1.1
1485
1486 ------------------------------------------------------------------------
1487 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
1488 Changed paths:
1489    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1490    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1491    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1492    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1493    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1494    M /branches/dev/samtools/razf.c
1495    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1496
1497  * samtools-0.1.0-66
1498  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
1499  * fixed a memory leak in parsing a region
1500  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
1501  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
1502  * fixed a bug in indexing for small alignment
1503  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
1504  * updated documentation
1505  * prepare to release 0.1.1
1506
1507 ------------------------------------------------------------------------
1508 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1509 Changed paths:
1510    A /branches/dev/samtools/examples
1511    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
1512    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
1513    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
1514    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
1515
1516 example
1517
1518 ------------------------------------------------------------------------
1519 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1520 Changed paths:
1521    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1522
1523 update ChangeLog
1524
1525 ------------------------------------------------------------------------
1526 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
1527 Changed paths:
1528    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1529
1530  * added comments
1531  * fixed several bugs
1532
1533 ------------------------------------------------------------------------
1534 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
1535 Changed paths:
1536    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1537
1538 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
1539
1540 ------------------------------------------------------------------------
1541 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
1542 Changed paths:
1543    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1544    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1545    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1546    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1547    A /branches/dev/samtools/source.dot
1548
1549  * samtools-0.1.0-65
1550  * pileup: generate maq-like simple output
1551  * pileup: allow to output pileup at required sites
1552  * source.dot: source file relationship graph
1553  * tview: fixed a minor bug
1554
1555 ------------------------------------------------------------------------
1556 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
1557 Changed paths:
1558    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1559
1560 remove all2sam.pl
1561
1562 ------------------------------------------------------------------------
1563 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
1564 Changed paths:
1565    A /branches/dev/samtools/COPYING
1566    M /branches/dev/samtools/bam.h
1567    M /branches/dev/samtools/faidx.h
1568    M /branches/dev/samtools/khash.h
1569    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1570    M /branches/dev/samtools/ksort.h
1571    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1572
1573 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
1574
1575 ------------------------------------------------------------------------
1576 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1577 Changed paths:
1578    M /branches/dev/samtools/bam.c
1579    M /branches/dev/samtools/bam.h
1580    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1581    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1582    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1583
1584  * samtools-0.1.0-64
1585  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
1586
1587 ------------------------------------------------------------------------
1588 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1589 Changed paths:
1590    M /branches/dev/samtools/bam.c
1591    M /branches/dev/samtools/bam.h
1592    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1593    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1594    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1595
1596  * samtools-0.1.0-63
1597  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
1598
1599 ------------------------------------------------------------------------
1600 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
1601 Changed paths:
1602    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1603    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1604    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1605
1606  * samtools-0.1.0-62
1607  * fixed a memory leak
1608
1609 ------------------------------------------------------------------------
1610 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
1611 Changed paths:
1612    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1613    M /branches/dev/samtools/bam.h
1614    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1615
1616 update documentation, ChangeLog and a comment
1617
1618 ------------------------------------------------------------------------
1619 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
1620 Changed paths:
1621    M /branches/dev/samtools/Makefile
1622    M /branches/dev/samtools/bam.h
1623    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1624    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1625    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1626    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1627    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1628    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1629
1630  * samtools-0.1.0-61
1631  * moved pileup command to a separate source file
1632  * added indel caller
1633  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
1634  * updated documentation
1635
1636 ------------------------------------------------------------------------
1637 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
1638 Changed paths:
1639    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1640    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1641
1642  * samtools-0.1.0-60
1643  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
1644
1645 ------------------------------------------------------------------------
1646 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
1647 Changed paths:
1648    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1649    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1650    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1651
1652  * samtools-0.1.0-59
1653  * pileup: outputing consensus is now optional
1654  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
1655    I am not quite sure why the previous version may have problem.
1656
1657 ------------------------------------------------------------------------
1658 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
1659 Changed paths:
1660    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1661    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1662
1663  * samtools-0.1.0-58
1664  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
1665    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
1666    and imposing it would make it harder to generate for other language
1667    bindings.
1668
1669 ------------------------------------------------------------------------
1670 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1671 Changed paths:
1672    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1673
1674 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
1675
1676 ------------------------------------------------------------------------
1677 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1678 Changed paths:
1679    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1680
1681 update manual
1682
1683 ------------------------------------------------------------------------
1684 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
1685 Changed paths:
1686    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1687    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1688
1689  * samtools-0.1.0-57
1690  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
1691  * made the parser a bit more robust
1692
1693 ------------------------------------------------------------------------
1694 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1695 Changed paths:
1696    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1697    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1698    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1699
1700  * samtools-0.1.0-56
1701  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
1702  * fixed a typo in bam_index.c
1703  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
1704
1705 ------------------------------------------------------------------------
1706 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
1707 Changed paths:
1708    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1709
1710 update manual
1711
1712 ------------------------------------------------------------------------
1713 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1714 Changed paths:
1715    M /branches/dev/samtools/bam.h
1716    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1717    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1718
1719  * samtools-0.1.0-55
1720  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
1721  * removed -v from pileup
1722  * made pileup take the reference sequence
1723
1724 ------------------------------------------------------------------------
1725 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
1726 Changed paths:
1727    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1728    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1729    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1730
1731  * samtools-0.1.0-54
1732  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
1733  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
1734
1735 ------------------------------------------------------------------------
1736 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1737 Changed paths:
1738    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1739
1740 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
1741
1742 ------------------------------------------------------------------------
1743 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1744 Changed paths:
1745    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1746
1747 also calculate unordered md5sum check
1748
1749 ------------------------------------------------------------------------
1750 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1751 Changed paths:
1752    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1753
1754 fixed a minor bug when there are space in the sequence
1755
1756 ------------------------------------------------------------------------
1757 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1758 Changed paths:
1759    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1760
1761 fixed a potential memory leak
1762
1763 ------------------------------------------------------------------------
1764 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1765 Changed paths:
1766    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1767    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1768    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1769
1770  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
1771
1772 ------------------------------------------------------------------------
1773 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1774 Changed paths:
1775    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1776
1777 nothing, really
1778
1779 ------------------------------------------------------------------------
1780 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1781 Changed paths:
1782    M /branches/dev/samtools/Makefile
1783    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1784    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1785    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
1786    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
1787    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1788
1789  * fixed two warnings in kseq.h
1790  * added md5sum utilities
1791
1792 ------------------------------------------------------------------------
1793 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
1794 Changed paths:
1795    M /branches/dev/samtools/Makefile
1796    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1797    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1798    A /branches/dev/samtools/kseq.h
1799    D /branches/dev/samtools/kstream.h
1800
1801  * samtools-0.1.0-52
1802  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
1803    extra functions in kseq.h.
1804  * also compile stand-alone faidx
1805
1806 ------------------------------------------------------------------------
1807 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1808 Changed paths:
1809    M /branches/dev/samtools/bam.h
1810    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1811    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1812
1813  * samtools-0.1.0-51
1814  * sorting by read names is available
1815
1816 ------------------------------------------------------------------------
1817 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1818 Changed paths:
1819    M /branches/dev/samtools/bam.c
1820    M /branches/dev/samtools/bam.h
1821    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1822    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1823    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1824    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1825    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1826    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1827    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1828
1829  * samtools-0.1.0-50
1830  * format change to meet the latest specification
1831
1832 ------------------------------------------------------------------------
1833 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
1834 Changed paths:
1835    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1836    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1837
1838  * minor change in maqcns: special care when n==0
1839  * change maq2sam to meet the latest specification
1840
1841 ------------------------------------------------------------------------
1842 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1843 Changed paths:
1844    M /branches/dev/samtools/razf.c
1845    M /branches/dev/samtools/razf.h
1846
1847 considerable code clean up in razf
1848
1849 ------------------------------------------------------------------------
1850 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1851 Changed paths:
1852    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1853    M /branches/dev/samtools/Makefile
1854    M /branches/dev/samtools/faidx.c
1855
1856 make RAZF optional in faidx.c
1857
1858 ------------------------------------------------------------------------
1859 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
1860 Changed paths:
1861    M /branches/dev/samtools/Makefile
1862    M /branches/dev/samtools/bam.h
1863    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1864    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1865    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1866
1867  * samtools-0.1.0-49
1868  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
1869
1870 ------------------------------------------------------------------------
1871 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
1872 Changed paths:
1873    M /branches/dev/samtools/bam.c
1874    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1875    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1876    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1877    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1878    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1879
1880  * samtools-0.1.0-48
1881  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
1882  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
1883  * supporting hex strings
1884
1885 ------------------------------------------------------------------------
1886 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1887 Changed paths:
1888    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1889    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1890
1891  * samtools-0.1.0-47
1892  * fixed the bug in maqcns
1893
1894 ------------------------------------------------------------------------
1895 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1896 Changed paths:
1897    M /branches/dev/samtools/Makefile
1898    M /branches/dev/samtools/bam.h
1899    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1900    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1901    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1902    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1903    A /branches/dev/samtools/glf.h
1904
1905  * samtools-0.1.0-46
1906  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
1907
1908 ------------------------------------------------------------------------
1909 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
1910 Changed paths:
1911    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1912    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1913    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1914
1915  * samtools-0.1.0-45
1916  * tview: display padded alignment (but not P operation)
1917  * better coordinates and reference sequence
1918
1919 ------------------------------------------------------------------------
1920 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
1921 Changed paths:
1922    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1923
1924 new ChangeLog
1925
1926 ------------------------------------------------------------------------
1927 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1928 Changed paths:
1929    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
1930    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
1931
1932 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
1933 the log of my personal SVN repository.
1934
1935 ------------------------------------------------------------------------
1936 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
1937 Changed paths:
1938    M /branches/dev/samtools/Makefile
1939    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1940    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1941
1942  * samtools-0.1.0-44
1943  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
1944    missing these declarations will make bgzf buggy
1945  * get rid of some harmless warings
1946  * use BGZF by default, now
1947
1948 ------------------------------------------------------------------------
1949 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1950 Changed paths:
1951    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1952    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1953    M /branches/dev/samtools/razf.c
1954
1955  * samtools-0.1.0-43
1956  * fixed a bug in razf_read()
1957  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
1958
1959 ------------------------------------------------------------------------
1960 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1961 Changed paths:
1962    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1963
1964 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
1965
1966 ------------------------------------------------------------------------
1967 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1968 Changed paths:
1969    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1970
1971  * samtools-0.1.0-42
1972  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
1973    also update the version number anyway to avoid confusion
1974
1975 ------------------------------------------------------------------------
1976 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1977 Changed paths:
1978    M /branches/dev/samtools/razf.c
1979
1980 a change from Jue, but I think it should not matter
1981
1982 ------------------------------------------------------------------------
1983 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
1984 Changed paths:
1985    M /branches/dev/samtools/razf.c
1986
1987 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
1988 rarely happens, very rarely.
1989
1990 ------------------------------------------------------------------------
1991 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1992 Changed paths:
1993    M /branches/dev/samtools/razf.c
1994
1995 fixed a bug in razf, with the help of Jue
1996
1997 ------------------------------------------------------------------------
1998 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1999 Changed paths:
2000    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2001
2002 remove a comment
2003
2004 ------------------------------------------------------------------------
2005 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2006 Changed paths:
2007    M /branches/dev/samtools/Makefile
2008    M /branches/dev/samtools/bam.h
2009    M /branches/dev/samtools/razf.c
2010    M /branches/dev/samtools/razf.h
2011
2012  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
2013
2014 ------------------------------------------------------------------------
2015 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2016 Changed paths:
2017    A /branches/dev/samtools/samtools.1
2018
2019 the manual page
2020
2021 ------------------------------------------------------------------------
2022 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
2023 Changed paths:
2024    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2025    A /branches/dev/samtools/Makefile
2026    A /branches/dev/samtools/bam.c
2027    A /branches/dev/samtools/bam.h
2028    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2029    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
2030    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
2031    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
2032    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
2033    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2034    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2035    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2036    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
2037    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
2038    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
2039    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
2040    A /branches/dev/samtools/faidx.c
2041    A /branches/dev/samtools/faidx.h
2042    A /branches/dev/samtools/khash.h
2043    A /branches/dev/samtools/ksort.h
2044    A /branches/dev/samtools/kstream.h
2045    A /branches/dev/samtools/misc
2046    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2047    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2048    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2049    A /branches/dev/samtools/razf.c
2050    A /branches/dev/samtools/razf.h
2051    A /branches/dev/samtools/razip.c
2052    A /branches/dev/samtools/zutil.h
2053
2054 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
2055 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
2056
2057 ------------------------------------------------------------------------
2058 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2059 Changed paths:
2060    A /branches/dev/samtools
2061
2062 samtools (C version)
2063
2064 ------------------------------------------------------------------------