ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r814 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:18:02 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 4 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
   5    M /trunk/samtools/bam_md.c
   6    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
   7    M /trunk/samtools/bamtk.c
   8
   9  * samtools-0.1.9-9 (r810)
  10  * use forward, instead of viterbi, for realignment
  11  * realignment is now quality aware
  12
  13 ------------------------------------------------------------------------
  14 r813 | lh3lh3 | 2010-11-10 22:45:24 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
  15 Changed paths:
  16    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  17    M /trunk/samtools/kprobaln.c
  18    M /trunk/samtools/kprobaln.h
  19
  20  * prepare to replace kaln with kprobaln in realignment
  21
  22 ------------------------------------------------------------------------
  23 r812 | lh3lh3 | 2010-11-10 17:28:50 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
  24 Changed paths:
  25    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
  26
  27 fixed a typo
  28
  29 ------------------------------------------------------------------------
  30 r811 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:54:46 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
  31 Changed paths:
  32    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
  33    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
  34
  35 use zlib for direct reading when BCF_LITE is in use
  36
  37 ------------------------------------------------------------------------
  38 r810 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:32:13 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
  39 Changed paths:
  40    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  41
  42  * do not use reads containing too many mismatches for indel calling
  43  * fixed a trivial bug in case of multi-allelic indels
  44
  45 ------------------------------------------------------------------------
  46 r809 | lh3lh3 | 2010-11-10 13:23:02 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
  47 Changed paths:
  48    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  49    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  50    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  51    M /trunk/samtools/bamtk.c
  52
  53  * samtools-0.1.9-8 (r809)
  54  * fixed a bug in the indel caller
  55
  56 ------------------------------------------------------------------------
  57 r808 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:24:10 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
  58 Changed paths:
  59    M /trunk/samtools/Makefile
  60
  61 minor change to makefile
  62
  63 ------------------------------------------------------------------------
  64 r807 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:10:21 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 4 lines
  65 Changed paths:
  66    M /trunk/samtools/Makefile
  67    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  68    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  69    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  70    M /trunk/samtools/bamtk.c
  71    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  72
  73  * samtools-0.1.9-8 (r807)
  74  * collect indel candidates only from specified platforms (@RG-PL)
  75  * merge varFilter and filter4vcf in vcfutils.pl
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r806 | lh3lh3 | 2010-11-09 22:05:46 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  81    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
  82    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
  83
  84 bcftools: compute equal-tail (Bayesian) credible interval
  85
  86 ------------------------------------------------------------------------
  87 r805 | lh3lh3 | 2010-11-09 16:28:39 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
  88 Changed paths:
  89    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  90
  91 added a double-hit filter to avoid overestimated indel likelihood
  92
  93 ------------------------------------------------------------------------
  94 r804 | lh3lh3 | 2010-11-09 14:12:06 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 3 lines
  95 Changed paths:
  96    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  97    M /trunk/samtools/bamtk.c
  98
  99  * samtools-0.1.9-7 (r804)
 100  * fixed a bug in the gap caller
 101
 102 ------------------------------------------------------------------------
 103 r803 | lh3lh3 | 2010-11-09 10:45:33 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 4 lines
 104 Changed paths:
 105    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 106    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 107    M /trunk/samtools/bamtk.c
 108    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 109    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 110    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 111
 112  * samtools-0.1.9-6 (r803)
 113  * mpileup: apply homopolymer correction when calculating GL, instead of before
 114  * bcftools: apply a different prior to indels
 115
 116 ------------------------------------------------------------------------
 117 r802 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:53:15 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 118 Changed paths:
 119    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 120    M /trunk/samtools/bamtk.c
 121
 122  * samtools-0.1.9-5 (r802)
 123  * relax tandem penalty. this will be made a command-line option in future.
 124
 125 ------------------------------------------------------------------------
 126 r801 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:35:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 127 Changed paths:
 128    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 129    M /trunk/samtools/bamtk.c
 130
 131  * samtools-0.1.9-4 (r801)
 132  * fixed a minor issue in printing indel VCF
 133
 134 ------------------------------------------------------------------------
 135 r800 | lh3lh3 | 2010-11-08 15:28:14 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 136 Changed paths:
 137    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 138    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 139
 140 fixed another silly bug in mpileup's indel caller
 141
 142 ------------------------------------------------------------------------
 143 r799 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:28:27 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 144 Changed paths:
 145    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 146
 147 fixed a silly bug in the indel caller
 148
 149 ------------------------------------------------------------------------
 150 r798 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:07:33 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 151 Changed paths:
 152    M /trunk/samtools/ChangeLog
 153    M /trunk/samtools/sam_view.c
 154    M /trunk/samtools/samtools.1
 155
 156 Incorporate patches by Marcel Martin for read counting.
 157
 158 ------------------------------------------------------------------------
 159 r797 | lh3lh3 | 2010-11-08 13:39:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 160 Changed paths:
 161    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 162    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 163    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 164    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 165    M /trunk/samtools/bamtk.c
 166
 167  * samtools-0.1.9-2 (r797)
 168  * mpileup: indel calling seems to be working
 169
 170 ------------------------------------------------------------------------
 171 r796 | lh3lh3 | 2010-11-08 10:54:46 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 172 Changed paths:
 173    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 174    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 175    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 176    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 177    M /trunk/samtools/kaln.c
 178
 179 indel calling is apparently working, but more information needs to be collected
 180
 181 ------------------------------------------------------------------------
 182 r795 | lh3lh3 | 2010-11-08 00:39:18 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 183 Changed paths:
 184    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 185    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 186
 187 fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.
 188
 189 ------------------------------------------------------------------------
 190 r794 | lh3lh3 | 2010-11-07 22:23:16 -0500 (Sun, 07 Nov 2010) | 2 lines
 191 Changed paths:
 192    M /trunk/samtools/Makefile
 193    M /trunk/samtools/bam.h
 194    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 195    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 196    A /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 197    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 198    M /trunk/samtools/kaln.c
 199    M /trunk/samtools/kaln.h
 200
 201 prepare for the indel caller. It is not ready yet.
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r793 | lh3lh3 | 2010-11-05 11:28:23 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 2 lines
 205 Changed paths:
 206    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 207    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 208    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 209
 210 Revert to r790. The recent changes are not good...
 211
 212 ------------------------------------------------------------------------
 213 r792 | lh3lh3 | 2010-11-05 00:19:14 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 6 lines
 214 Changed paths:
 215    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 216    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 217    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 218
 219  * this revision is UNSTABLE
 220
 221  * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
 222    several things I do not quite understand.
 223
 224
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r791 | lh3lh3 | 2010-11-04 22:58:43 -0400 (Thu, 04 Nov 2010) | 2 lines
 227 Changed paths:
 228    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 229    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 230    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 231
 232 for backup. no effective changes
 233
 234 ------------------------------------------------------------------------
 235 r790 | lh3lh3 | 2010-11-03 15:51:24 -0400 (Wed, 03 Nov 2010) | 2 lines
 236 Changed paths:
 237    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 238    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 239
 240 fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c
 241
 242 ------------------------------------------------------------------------
 243 r789 | lh3lh3 | 2010-11-02 15:41:27 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 4 lines
 244 Changed paths:
 245    M /trunk/samtools/Makefile
 246    M /trunk/samtools/bam_md.c
 247    M /trunk/samtools/kaln.c
 248    M /trunk/samtools/kaln.h
 249    A /trunk/samtools/kprobaln.c
 250    A /trunk/samtools/kprobaln.h
 251
 252 Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
 253 present, the results should be identical to the previous.
 254
 255
 256 ------------------------------------------------------------------------
 257 r788 | petulda | 2010-11-02 12:19:04 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 1 line
 258 Changed paths:
 259    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 260
 261 Added -b option: read file names from a file
 262 ------------------------------------------------------------------------
 263 r787 | lh3lh3 | 2010-10-29 23:17:22 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 7 lines
 264 Changed paths:
 265    M /trunk/samtools/bam.h
 266    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 267    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 268    M /trunk/samtools/bamtk.c
 269
 270  * samtools-0.1.9-2 (r787)
 271
 272  * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
 273    BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
 274    improved.
 275
 276
 277 ------------------------------------------------------------------------
 278 r786 | lh3lh3 | 2010-10-29 12:10:40 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 3 lines
 279 Changed paths:
 280    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 281    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 282    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 283    M /trunk/samtools/bamtk.c
 284    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 285    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 286
 287  * samtools-0.1.9-1 (r786)
 288  * samtools: optionally perform exact test for each sample
 289
 290 ------------------------------------------------------------------------
 291 r785 | lh3lh3 | 2010-10-29 09:42:25 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 2 lines
 292 Changed paths:
 293    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 294    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 295    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 296    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 297
 298 Optionally output "DP", the individual read depth
 299
 300 ------------------------------------------------------------------------
 301 r784 | lh3lh3 | 2010-10-27 23:10:27 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 302 Changed paths:
 303    M /trunk/samtools/samtools.1
 304
 305 acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.
 306
 307 ------------------------------------------------------------------------
 308 r783 | lh3lh3 | 2010-10-27 22:47:47 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 309 Changed paths:
 310    M /trunk/samtools/ChangeLog
 311    M /trunk/samtools/NEWS
 312    M /trunk/samtools/bamtk.c
 313    M /trunk/samtools/samtools.1
 314
 315 Release samtools-0.1.9 (r783)
 316
 317 ------------------------------------------------------------------------
 318 r782 | lh3lh3 | 2010-10-27 19:58:54 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 319 Changed paths:
 320    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 321
 322 fixed a silly bug in pileup
 323
 324 ------------------------------------------------------------------------
 325 r781 | lh3lh3 | 2010-10-27 14:39:48 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 5 lines
 326 Changed paths:
 327    M /trunk/samtools/ChangeLog
 328    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 329    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 330    M /trunk/samtools/bamtk.c
 331    M /trunk/samtools/samtools.1
 332
 333  * samtools-0.1.8-22 (r781)
 334  * made BAQ the default behavior of mpileup
 335  * updated manual
 336  * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.
 337
 338 ------------------------------------------------------------------------
 339 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 340 Changed paths:
 341    M /trunk/samtools/bam.h
 342    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 343    M /trunk/samtools/bamtk.c
 344
 345  * samtools-0.1.8-21 (r780)
 346  * minor speedup to pileup
 347
 348 ------------------------------------------------------------------------
 349 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 350 Changed paths:
 351    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 352    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 353    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 354
 355 improve pileup a little bit
 356
 357 ------------------------------------------------------------------------
 358 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 359 Changed paths:
 360    M /trunk/samtools/bam.h
 361    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 362    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 363    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 364    M /trunk/samtools/bamtk.c
 365
 366  * samtools-0.1.8-20 (r778)
 367  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
 368
 369 ------------------------------------------------------------------------
 370 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
 371 Changed paths:
 372    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 373    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 374    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 375    M /trunk/samtools/bamtk.c
 376    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 377
 378  * samtools-0.1.8-19 (r777)
 379  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
 380
 381 ------------------------------------------------------------------------
 382 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
 383 Changed paths:
 384    M /trunk/samtools/bam_md.c
 385
 386 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
 387
 388 ------------------------------------------------------------------------
 389 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
 390 Changed paths:
 391    M /trunk/samtools/sam_view.c
 392
 393 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
 394 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
 395
 396 ------------------------------------------------------------------------
 397 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
 398 Changed paths:
 399    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 400    M /trunk/samtools/kaln.c
 401
 402  * Minor code changes. No real effect.
 403  * change quality to 30 in toy.sam
 404
 405 ------------------------------------------------------------------------
 406 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
 407 Changed paths:
 408    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
 409    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 410
 411 added another toy example
 412
 413 ------------------------------------------------------------------------
 414 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
 415 Changed paths:
 416    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 417    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 418    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 419
 420 improve the LD statistics
 421
 422 ------------------------------------------------------------------------
 423 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
 424 Changed paths:
 425    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 426    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 427
 428  * a minor fix to the -L option
 429  * add ldstats to vcfutils.pl
 430
 431 ------------------------------------------------------------------------
 432 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 433 Changed paths:
 434    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 435
 436 a minor change
 437
 438 ------------------------------------------------------------------------
 439 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 440 Changed paths:
 441    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 442    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 443
 444 forget to add the key file
 445
 446 ------------------------------------------------------------------------
 447 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
 448 Changed paths:
 449    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 450    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 451    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 452    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 453    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 454    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 455
 456  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 457  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 458  * calculate adjacent LD
 459
 460 ------------------------------------------------------------------------
 461 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
 462 Changed paths:
 463    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 464
 465 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
 466
 467 ------------------------------------------------------------------------
 468 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
 469 Changed paths:
 470    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 471    M /trunk/samtools/kaln.c
 472
 473  * removed a comment line in kaln.c
 474  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
 475
 476 ------------------------------------------------------------------------
 477 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
 478 Changed paths:
 479    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
 480
 481 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
 482 ------------------------------------------------------------------------
 483 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
 484 Changed paths:
 485    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 486    M /trunk/samtools/bamtk.c
 487    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
 488    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 489    M /trunk/samtools/samtools.1
 490
 491  * samtools-0.1.8-18 (r763)
 492  * added bcftools manual page
 493  * minor fix to mpileup and view command lines
 494
 495 ------------------------------------------------------------------------
 496 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
 497 Changed paths:
 498    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 499    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 500    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 501
 502  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 503  * allow to call genotypes at variant sites
 504
 505 ------------------------------------------------------------------------
 506 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
 507 Changed paths:
 508    M /trunk/samtools/kaln.c
 509    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 510
 511 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
 512 being conservative here is a good thing...
 513
 514 ------------------------------------------------------------------------
 515 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
 516 Changed paths:
 517    M /trunk/samtools/bamtk.c
 518    M /trunk/samtools/kaln.c
 519    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 520
 521  * samtools-0.1.8-17 (r760)
 522  * the default gap open penalty is too small (a typo)
 523  * added comments on hmm_realn
 524  * Java implementation
 525
 526 ------------------------------------------------------------------------
 527 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 528 Changed paths:
 529    M /trunk/samtools/bamtk.c
 530
 531 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
 532
 533 ------------------------------------------------------------------------
 534 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 535 Changed paths:
 536    M /trunk/samtools/kaln.c
 537
 538 round to the nearest integer
 539
 540 ------------------------------------------------------------------------
 541 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
 542 Changed paths:
 543    M /trunk/samtools/kaln.c
 544
 545 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
 546 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
 547 multiplication. OK. I will stop.
 548
 549 ------------------------------------------------------------------------
 550 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 551 Changed paths:
 552    M /trunk/samtools/kaln.c
 553
 554 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
 555
 556 ------------------------------------------------------------------------
 557 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 558 Changed paths:
 559    M /trunk/samtools/kaln.c
 560
 561 minor changes
 562
 563 ------------------------------------------------------------------------
 564 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 565 Changed paths:
 566    M /trunk/samtools/bam_md.c
 567    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 568    M /trunk/samtools/kaln.c
 569
 570 prob_realn() seems working!
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 574 Changed paths:
 575    M /trunk/samtools/kaln.c
 576
 577 minor
 578
 579 ------------------------------------------------------------------------
 580 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 581 Changed paths:
 582    M /trunk/samtools/kaln.c
 583    M /trunk/samtools/kaln.h
 584
 585 Convert phredQ to probabilities
 586
 587 ------------------------------------------------------------------------
 588 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 589 Changed paths:
 590    M /trunk/samtools/kaln.c
 591    M /trunk/samtools/kaln.h
 592
 593 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
 594
 595 ------------------------------------------------------------------------
 596 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 597 Changed paths:
 598    M /trunk/samtools/kaln.c
 599
 600 improve numerical stability
 601
 602 ------------------------------------------------------------------------
 603 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 604 Changed paths:
 605    M /trunk/samtools/kaln.c
 606
 607 more comments
 608
 609 ------------------------------------------------------------------------
 610 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 611 Changed paths:
 612    M /trunk/samtools/kaln.c
 613
 614 fixed a bug in banded DP
 615
 616 ------------------------------------------------------------------------
 617 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
 618 Changed paths:
 619    M /trunk/samtools/kaln.c
 620
 621  * fixed that weird issue.
 622  * the banded version is NOT working
 623
 624 ------------------------------------------------------------------------
 625 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 626 Changed paths:
 627    M /trunk/samtools/kaln.c
 628
 629 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
 630
 631 ------------------------------------------------------------------------
 632 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 633 Changed paths:
 634    M /trunk/samtools/kaln.c
 635
 636 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
 637 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
 638 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
 639 the implementation may not be obvious.
 640
 641
 642 ------------------------------------------------------------------------
 643 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 644 Changed paths:
 645    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 646    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 647    M /trunk/samtools/kaln.c
 648    M /trunk/samtools/kaln.h
 649
 650 ...
 651
 652 ------------------------------------------------------------------------
 653 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 654 Changed paths:
 655    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 656
 657 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
 658 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
 659
 660 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
 661 to samtools merge's exit status.
 662
 663 ------------------------------------------------------------------------
 664 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
 665 Changed paths:
 666    M /trunk/samtools/bam_index.c
 667
 668 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
 669 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
 670 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
 671 call, so the cost is insignificant in the normal case.
 672
 673 ------------------------------------------------------------------------
 674 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
 675 Changed paths:
 676    M /trunk/samtools/bam.c
 677    M /trunk/samtools/bam.h
 678
 679 Add bam_validate1().
 680
 681 ------------------------------------------------------------------------
 682 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 683 Changed paths:
 684    M /trunk/samtools/bam_md.c
 685    M /trunk/samtools/bamtk.c
 686
 687  * samtools-0.1.8-15 (r379)
 688  * allow to change capQ parameter in calmd
 689
 690 ------------------------------------------------------------------------
 691 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
 692 Changed paths:
 693    M /trunk/samtools/bam_index.c
 694    M /trunk/samtools/sam_view.c
 695
 696 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
 697 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
 698 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
 699 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
 700 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
 701 returned) indicates corrupted input.
 702
 703 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
 704
 705 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
 706 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
 707 to the .bam file it is being used with.
 708
 709 ------------------------------------------------------------------------
 710 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 711 Changed paths:
 712    M /trunk/samtools/bam_index.c
 713
 714 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
 715 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
 716
 717 ------------------------------------------------------------------------
 718 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 719 Changed paths:
 720    M /trunk/samtools/bam.h
 721    M /trunk/samtools/bam_index.c
 722    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 723
 724  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
 725
 726 ------------------------------------------------------------------------
 727 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 728 Changed paths:
 729    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 730
 731 improve qstats by checking the alleles as well
 732
 733 ------------------------------------------------------------------------
 734 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 735 Changed paths:
 736    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 737
 738 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
 739
 740 ------------------------------------------------------------------------
 741 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 742 Changed paths:
 743    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 744
 745 hapmap2vcf convertor
 746
 747 ------------------------------------------------------------------------
 748 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
 749 Changed paths:
 750    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 751    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 752    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 753    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 754
 755  * added comments
 756  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
 757
 758 ------------------------------------------------------------------------
 759 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 760 Changed paths:
 761    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 762    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 763    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 764    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 765    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 766    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 767
 768  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
 769
 770 ------------------------------------------------------------------------
 771 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
 772 Changed paths:
 773    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 774    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 775    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
 776
 777 fixed a bug in indexing
 778
 779 ------------------------------------------------------------------------
 780 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 781 Changed paths:
 782    M /trunk/samtools/bam.c
 783    M /trunk/samtools/bam_md.c
 784    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 785
 786  * fixed a bug in capQ
 787  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
 788
 789 ------------------------------------------------------------------------
 790 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 791 Changed paths:
 792    M /trunk/samtools/bgzip.c
 793    M /trunk/samtools/razip.c
 794
 795  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
 796  * copy tabix/bgzip to here
 797
 798 ------------------------------------------------------------------------
 799 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 800 Changed paths:
 801    M /trunk/samtools/bam_md.c
 802    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 803    M /trunk/samtools/bamtk.c
 804
 805  * samtools-0.1.8-14 (r727)
 806  * allow to change the capQ parameter at the command line
 807
 808 ------------------------------------------------------------------------
 809 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
 810 Changed paths:
 811    M /trunk/samtools/bam_md.c
 812    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 813    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 814    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 815
 816  * added varFilter to vcfutils.pl
 817  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
 818  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
 819
 820 ------------------------------------------------------------------------
 821 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
 822 Changed paths:
 823    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 824    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
 825    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 826
 827  * convert BCF to QCALL input
 828
 829 ------------------------------------------------------------------------
 830 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 831 Changed paths:
 832    M /trunk/samtools/bam_md.c
 833
 834 dynamic band width in realignment
 835
 836 ------------------------------------------------------------------------
 837 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 838 Changed paths:
 839    M /trunk/samtools/bam_md.c
 840    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 841
 842 fixed a bug in realignment
 843
 844 ------------------------------------------------------------------------
 845 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 846 Changed paths:
 847    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 848
 849 fixed a minor issue
 850
 851 ------------------------------------------------------------------------
 852 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 853 Changed paths:
 854    M /trunk/samtools/Makefile
 855    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 856    M /trunk/samtools/bam_md.c
 857
 858 fixed a bug in realignment
 859
 860 ------------------------------------------------------------------------
 861 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 862 Changed paths:
 863    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 864
 865 minor changes. It is BUGGY now!
 866
 867 ------------------------------------------------------------------------
 868 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
 869 Changed paths:
 870    M /trunk/samtools/bam_md.c
 871    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 872    M /trunk/samtools/kaln.c
 873    M /trunk/samtools/kaln.h
 874
 875  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
 876  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
 877  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
 878
 879 ------------------------------------------------------------------------
 880 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 881 Changed paths:
 882    M /trunk/samtools
 883
 884 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
 885
 886 ------------------------------------------------------------------------
 887 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
 888 Changed paths:
 889    M /trunk/samtools
 890    M /trunk/samtools/bcftools
 891    M /trunk/samtools/misc
 892
 893 Add svn:ignore properties listing the generated files.
 894 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
 895
 896 ------------------------------------------------------------------------
 897 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
 898 Changed paths:
 899    M /trunk/samtools/bamtk.c
 900    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 901    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 902    M /trunk/samtools/sample.c
 903    M /trunk/samtools/sample.h
 904
 905  * samtools-0.1.8-13 (r715)
 906  * fixed a bug in identifying SM across files
 907  * bcftools: estimate heterozygosity
 908  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
 909
 910 ------------------------------------------------------------------------
 911 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
 912 Changed paths:
 913    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 914    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 915    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 916    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 917
 918 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
 919
 920 ------------------------------------------------------------------------
 921 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
 922 Changed paths:
 923    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 924    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 925    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 926    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 927
 928  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
 929  * fixed a bug in the contrast caller
 930  * calculate heterozygosity
 931
 932 ------------------------------------------------------------------------
 933 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 934 Changed paths:
 935    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 936    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 937    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 938
 939 SNP calling from the GL field
 940
 941 ------------------------------------------------------------------------
 942 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 943 Changed paths:
 944    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 945
 946 fixed another problem
 947
 948 ------------------------------------------------------------------------
 949 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
 950 Changed paths:
 951    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 952    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 953
 954  * fixed bugs in parsing VCF
 955  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
 956
 957 ------------------------------------------------------------------------
 958 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 959 Changed paths:
 960    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 961    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 962
 963 Do not compile _BCF_QUAD by default
 964
 965 ------------------------------------------------------------------------
 966 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 967 Changed paths:
 968    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 969    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 970    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 971    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 972
 973 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
 974
 975 ------------------------------------------------------------------------
 976 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 977 Changed paths:
 978    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 979
 980 more commands for my own uses
 981
 982 ------------------------------------------------------------------------
 983 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
 984 Changed paths:
 985    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 986
 987 Utilities for processing VCF
 988
 989 ------------------------------------------------------------------------
 990 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
 991 Changed paths:
 992    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 993    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 994    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 995    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 996
 997 preliminary contrast variant caller
 998
 999 ------------------------------------------------------------------------
1000 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1001 Changed paths:
1002    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1003    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1004    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1005
1006 z' and z'' can be calculated
1007
1008 ------------------------------------------------------------------------
1009 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
1010 Changed paths:
1011    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1012    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
1013    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1014    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1015
1016  * rename vcfout.c as call1.c
1017  * prepare to add two-sample comparison
1018
1019 ------------------------------------------------------------------------
1020 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1021 Changed paths:
1022    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1023
1024 fixed a bug in calculating the t statistics
1025
1026 ------------------------------------------------------------------------
1027 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
1028 Changed paths:
1029    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1030    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1031    M /trunk/samtools/bamtk.c
1032    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1033    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1034
1035  * samtools-0.1.8-13 (r698)
1036  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
1037
1038 ------------------------------------------------------------------------
1039 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1040 Changed paths:
1041    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1042
1043 added regularized incomplete beta function
1044
1045 ------------------------------------------------------------------------
1046 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1047 Changed paths:
1048    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1049    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1050
1051 change the default correlation coefficient
1052
1053 ------------------------------------------------------------------------
1054 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1055 Changed paths:
1056    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1057    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1058
1059 print QUAL as floating numbers
1060
1061 ------------------------------------------------------------------------
1062 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1063 Changed paths:
1064    M /trunk/samtools/Makefile
1065    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1066    M /trunk/samtools/bamtk.c
1067    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1068    A /trunk/samtools/sample.c
1069    A /trunk/samtools/sample.h
1070
1071  * samtools-0.1.8-12 (r692)
1072  * group data by samples in "mpileup -g"
1073
1074 ------------------------------------------------------------------------
1075 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1076 Changed paths:
1077    M /trunk/samtools/Makefile
1078    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
1079    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
1080    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1081
1082 remove VCF output in mpileup
1083
1084 ------------------------------------------------------------------------
1085 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1086 Changed paths:
1087    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1088    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1089
1090  * use the revised MAQ error model for mpileup
1091  * prepare to remove the independent model from mpileup
1092
1093 ------------------------------------------------------------------------
1094 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
1095 Changed paths:
1096    M /trunk/samtools/Makefile
1097    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1098    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1099    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1100    A /trunk/samtools/errmod.c
1101    A /trunk/samtools/errmod.h
1102    M /trunk/samtools/ksort.h
1103
1104 added revised MAQ error model
1105
1106 ------------------------------------------------------------------------
1107 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
1108 Changed paths:
1109    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1110    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1111    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1112
1113 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
1114
1115 ------------------------------------------------------------------------
1116 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
1117 Changed paths:
1118    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1119    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1120
1121  * write a little more VCF header
1122  * concatenate BCFs
1123
1124 ------------------------------------------------------------------------
1125 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
1126 Changed paths:
1127    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1128    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1129    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1130
1131 use float for QUAL
1132
1133 ------------------------------------------------------------------------
1134 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
1135 Changed paths:
1136    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1137    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1138
1139 faster for large sample size (in principle)
1140
1141 ------------------------------------------------------------------------
1142 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
1143 Changed paths:
1144    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1145
1146  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
1147  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
1148  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
1149
1150 ------------------------------------------------------------------------
1151 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
1152 Changed paths:
1153    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1154
1155 fixed an issue in parsing integer
1156
1157 ------------------------------------------------------------------------
1158 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1159 Changed paths:
1160    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1161
1162 do not print refname if file is converted from VCF
1163
1164 ------------------------------------------------------------------------
1165 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
1166 Changed paths:
1167    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1168
1169  * parse PL
1170  * fixed a bug in parsing VCF
1171
1172 ------------------------------------------------------------------------
1173 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1174 Changed paths:
1175    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1176    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1177    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1178    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1179    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1180    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1181    M /trunk/samtools/bgzf.c
1182    M /trunk/samtools/kstring.c
1183
1184  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
1185  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
1186  * improved view interface
1187
1188 ------------------------------------------------------------------------
1189 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1190 Changed paths:
1191    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1192    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1193    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1194    M /trunk/samtools/kstring.c
1195    M /trunk/samtools/kstring.h
1196
1197  * improved kstring (added kstrtok)
1198  * removed the limit on the format string length in bcftools
1199  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
1200
1201 ------------------------------------------------------------------------
1202 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1203 Changed paths:
1204    A /trunk/samtools/bcftools/README
1205    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1206
1207 help messages
1208
1209 ------------------------------------------------------------------------
1210 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1211 Changed paths:
1212    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1213
1214 perform single-tail test for ED4
1215
1216 ------------------------------------------------------------------------
1217 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1218 Changed paths:
1219    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1220    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1221    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1222
1223  * test depth, end distance and HWE
1224
1225 ------------------------------------------------------------------------
1226 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1227 Changed paths:
1228    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1229
1230 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
1231
1232 ------------------------------------------------------------------------
1233 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1234 Changed paths:
1235    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1236    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1237    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1238    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1239    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1240    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1241
1242  * bcftools: add HWE (no testing for now)
1243  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
1244
1245 ------------------------------------------------------------------------
1246 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1247 Changed paths:
1248    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1249
1250  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
1251  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
1252
1253 ------------------------------------------------------------------------
1254 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1255 Changed paths:
1256    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1257
1258 Fisher's exact test
1259
1260 ------------------------------------------------------------------------
1261 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1262 Changed paths:
1263    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1264    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1265    M /trunk/samtools/bamtk.c
1266    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1267
1268  * samtools-0.1.8-11 (r672)
1269  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
1270
1271 ------------------------------------------------------------------------
1272 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1273 Changed paths:
1274    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1275    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1276    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1277
1278  * the code base is stablized again.
1279  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
1280
1281 ------------------------------------------------------------------------
1282 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1283 Changed paths:
1284    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1285
1286 minor
1287
1288 ------------------------------------------------------------------------
1289 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1290 Changed paths:
1291    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1292
1293 unfinished vcf parser
1294
1295 ------------------------------------------------------------------------
1296 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1297 Changed paths:
1298    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1299    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1300    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1301    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1302    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1303    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1304    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1305    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1306
1307  * added prelimiary VCF parser (not finished)
1308  * change struct a bit
1309
1310 ------------------------------------------------------------------------
1311 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1312 Changed paths:
1313    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1314    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1315    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1316    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1317
1318  * allow to set min base q
1319  * fixed a bug in mpileup -u
1320
1321 ------------------------------------------------------------------------
1322 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1323 Changed paths:
1324    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1325
1326 spec
1327
1328 ------------------------------------------------------------------------
1329 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1330 Changed paths:
1331    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1332
1333 added more examples
1334
1335 ------------------------------------------------------------------------
1336 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1337 Changed paths:
1338    M /trunk/samtools/Makefile
1339    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1340    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1341    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1342
1343 fixed compilation error
1344
1345 ------------------------------------------------------------------------
1346 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1347 Changed paths:
1348    M /trunk/samtools/Makefile
1349    D /trunk/samtools/bcf.c
1350    D /trunk/samtools/bcf.h
1351    A /trunk/samtools/bcftools
1352    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1353    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1354    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1355    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1356    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1357    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1358    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1359    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1360    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1361
1362 move bcftools to samtools
1363
1364 ------------------------------------------------------------------------
1365 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1366 Changed paths:
1367    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1368
1369 fixed another minor bug
1370
1371 ------------------------------------------------------------------------
1372 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1373 Changed paths:
1374    M /trunk/samtools/bamtk.c
1375    M /trunk/samtools/bcf.c
1376
1377  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1378  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1379
1380 ------------------------------------------------------------------------
1381 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1382 Changed paths:
1383    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1384    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1385
1386  * fixed a bug
1387  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1388
1389 ------------------------------------------------------------------------
1390 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1391 Changed paths:
1392    M /trunk/bcftools/bcf.c
1393    M /trunk/samtools/bcf.c
1394
1395 missing a column in VCF output...
1396
1397 ------------------------------------------------------------------------
1398 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1399 Changed paths:
1400    M /trunk/samtools/bcf.c
1401
1402 fixed a memory leak
1403
1404 ------------------------------------------------------------------------
1405 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1406 Changed paths:
1407    M /trunk/samtools/bcf.c
1408
1409 fixed a bug in bcf reader
1410
1411 ------------------------------------------------------------------------
1412 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1413 Changed paths:
1414    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1415
1416 fixed a bug
1417
1418 ------------------------------------------------------------------------
1419 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
1420 Changed paths:
1421    M /trunk/samtools/Makefile
1422    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1423    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1424    M /trunk/samtools/bamtk.c
1425
1426  * samtools-0.1.8-9 (r649)
1427  * lossless representation of PL in BCF output
1428
1429 ------------------------------------------------------------------------
1430 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1431 Changed paths:
1432    M /trunk/samtools/Makefile
1433    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
1434    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
1435    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1436    A /trunk/samtools/bcf.c
1437    A /trunk/samtools/bcf.h
1438
1439 Generate binary VCF
1440
1441 ------------------------------------------------------------------------
1442 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
1443 Changed paths:
1444    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1445    M /trunk/samtools/bamtk.c
1446
1447  * samtools-0.1.8-8 (r644)
1448  * mpileup becomes a little stable again
1449  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
1450  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
1451
1452 ------------------------------------------------------------------------
1453 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
1454 Changed paths:
1455    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1456
1457  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
1458  * I am going to clean up mcns a little bit
1459
1460 ------------------------------------------------------------------------
1461 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1462 Changed paths:
1463    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1464    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1465    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1466
1467 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
1468
1469 ------------------------------------------------------------------------
1470 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1471 Changed paths:
1472    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1473
1474 NOT ready yet. Going to make further changes...
1475
1476 ------------------------------------------------------------------------
1477 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
1478 Changed paths:
1479    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1480    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1481    M /trunk/samtools/bamtk.c
1482
1483  * samtools-0.1.8-7 (r639)
1484  * fixed the reference allele assignment
1485
1486 ------------------------------------------------------------------------
1487 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
1488 Changed paths:
1489    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1490    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1491    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1492    M /trunk/samtools/bamtk.c
1493
1494  * samtools-0.1.8-6 (r638)
1495  * skip isnan/isinf in case of float underflow
1496  * added the flat prior
1497  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
1498
1499 ------------------------------------------------------------------------
1500 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1501 Changed paths:
1502    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1503
1504 minor changes
1505
1506 ------------------------------------------------------------------------
1507 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1508 Changed paths:
1509    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1510    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1511    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1512    M /trunk/samtools/bamtk.c
1513
1514 minor tweaks
1515
1516 ------------------------------------------------------------------------
1517 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1518 Changed paths:
1519    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1520    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1521    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1522
1523 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
1524
1525 ------------------------------------------------------------------------
1526 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1527 Changed paths:
1528    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1529
1530 another minor fix to mpileup
1531
1532 ------------------------------------------------------------------------
1533 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1534 Changed paths:
1535    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1536
1537 added the format column
1538
1539 ------------------------------------------------------------------------
1540 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1541 Changed paths:
1542    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1543    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1544    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1545    M /trunk/samtools/bamtk.c
1546
1547 added an alternative prior
1548
1549 ------------------------------------------------------------------------
1550 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1551 Changed paths:
1552    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1553    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1554    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1555
1556 calculate posterior allele frequency
1557
1558 ------------------------------------------------------------------------
1559 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1560 Changed paths:
1561    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1562    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1563    M /trunk/samtools/bamtk.c
1564
1565  * samtools-0.1.8-3 (r627)
1566  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
1567
1568 ------------------------------------------------------------------------
1569 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1570 Changed paths:
1571    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1572    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1573    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1574    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1575
1576  * preliminary multisample SNP caller.
1577  * something looks not so right, but it largely works
1578
1579 ------------------------------------------------------------------------
1580 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1581 Changed paths:
1582    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1583    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1584    M /trunk/samtools/bamtk.c
1585
1586  * samtools-0.1.8-2 (r617)
1587  * allele frequency calculation apparently works...
1588
1589 ------------------------------------------------------------------------
1590 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1591 Changed paths:
1592    M /trunk/samtools/Makefile
1593    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
1594    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
1595    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1596
1597  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
1598  * improved the mpileup interface
1599
1600 ------------------------------------------------------------------------
1601 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
1602 Changed paths:
1603    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1604    M /trunk/samtools/bamtk.c
1605    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1606
1607  * samtools-0.1.8-1 (r615)
1608  * allow to get mpileup at required sites
1609
1610 ------------------------------------------------------------------------
1611 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1612 Changed paths:
1613    M /trunk/samtools/ChangeLog
1614    M /trunk/samtools/NEWS
1615    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1616    M /trunk/samtools/bamtk.c
1617    M /trunk/samtools/samtools.1
1618
1619 Release samtools-0.1.8
1620
1621 ------------------------------------------------------------------------
1622 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1623 Changed paths:
1624    M /trunk/samtools/knetfile.c
1625
1626 fixed a compiling issue for Windows
1627
1628 ------------------------------------------------------------------------
1629 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1630 Changed paths:
1631    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1632
1633 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
1634
1635 ------------------------------------------------------------------------
1636 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1637 Changed paths:
1638    M /trunk/samtools/NEWS
1639    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1640
1641 change the command line option of pileup
1642
1643 ------------------------------------------------------------------------
1644 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1645 Changed paths:
1646    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1647    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
1648    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
1649
1650 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
1651
1652 ------------------------------------------------------------------------
1653 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
1654 Changed paths:
1655    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1656    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1657    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1658    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1659
1660  * make tview more friendly
1661  * a temporary remedy for an issue in indel calling
1662
1663 ------------------------------------------------------------------------
1664 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1665 Changed paths:
1666    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1667    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1668    M /trunk/samtools/bamtk.c
1669
1670  * samtools-0.1.7-r607
1671  * improved the genotype accuracy for indels
1672  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
1673
1674 ------------------------------------------------------------------------
1675 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
1676 Changed paths:
1677    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1678
1679 removed a debugging example
1680
1681 ------------------------------------------------------------------------
1682 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1683 Changed paths:
1684    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1685    M /trunk/samtools/bamtk.c
1686
1687  * samtools-.1.7-18 (r605)
1688  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
1689    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
1690
1691 ------------------------------------------------------------------------
1692 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
1693 Changed paths:
1694    M /trunk/samtools/bam.h
1695    M /trunk/samtools/bam_index.c
1696    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1697
1698 fixed a minor bug in idxstats
1699
1700 ------------------------------------------------------------------------
1701 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
1702 Changed paths:
1703    M /trunk/samtools/bam_index.c
1704
1705 fixed a minor bug in indexing
1706
1707 ------------------------------------------------------------------------
1708 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
1709 Changed paths:
1710    M /trunk/samtools/ChangeLog
1711    M /trunk/samtools/bam.c
1712
1713 change printf() to puts in exporting
1714
1715 ------------------------------------------------------------------------
1716 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1717 Changed paths:
1718    M /trunk/samtools/bamtk.c
1719
1720 minor fix. No actual effect.
1721
1722 ------------------------------------------------------------------------
1723 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1724 Changed paths:
1725    M /trunk/samtools/Makefile
1726
1727 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
1728
1729 ------------------------------------------------------------------------
1730 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1731 Changed paths:
1732    M /trunk/samtools/ChangeLog
1733    M /trunk/samtools/bam_index.c
1734    M /trunk/samtools/bamtk.c
1735
1736  * samtools-0.1.7-17 (r596)
1737  * also keep the number of coor-less reads in the index file
1738
1739 ------------------------------------------------------------------------
1740 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1741 Changed paths:
1742    M /trunk/samtools/bam_index.c
1743    M /trunk/samtools/bamtk.c
1744
1745  * samtools-0.1.7-16 (r595)
1746  * write additional information to bam index
1747
1748 ------------------------------------------------------------------------
1749 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1750 Changed paths:
1751    M /trunk/samtools/bam_index.c
1752
1753 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
1754
1755 ------------------------------------------------------------------------
1756 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
1757 Changed paths:
1758    M /trunk/samtools/bam.h
1759    M /trunk/samtools/bam_index.c
1760    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1761    M /trunk/samtools/samtools.1
1762
1763 rename iterf as iter
1764
1765 ------------------------------------------------------------------------
1766 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
1767 Changed paths:
1768    M /trunk/samtools/ChangeLog
1769    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1770    M /trunk/samtools/bam_index.c
1771    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1772    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1773    M /trunk/samtools/bamtk.c
1774
1775  * samtools-0.1.7-15 (r592)
1776  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
1777  * improved the functionality of mpileup
1778
1779 ------------------------------------------------------------------------
1780 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1781 Changed paths:
1782    M /trunk/samtools/bam.h
1783    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1784    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1785    M /trunk/samtools/bamtk.c
1786
1787  * samtools-0.1.7-14 (r591)
1788  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
1789
1790 ------------------------------------------------------------------------
1791 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1792 Changed paths:
1793    M /trunk/samtools/bam.h
1794    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1795    M /trunk/samtools/bamtk.c
1796
1797  * samtools-0.1.7-13 (r590)
1798  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
1799
1800 ------------------------------------------------------------------------
1801 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1802 Changed paths:
1803    M /trunk/samtools/bam.h
1804    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1805    M /trunk/samtools/bamtk.c
1806
1807  * samtools-0.1.7-12 (r589)
1808  * added iterator-like APIs for pileup
1809
1810 ------------------------------------------------------------------------
1811 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1812 Changed paths:
1813    M /trunk/samtools/bam_index.c
1814    M /trunk/samtools/bamtk.c
1815
1816  * samtools-0.1.7-11 (r588)
1817  * ported a few improvements from tabix back to samtools
1818
1819 ------------------------------------------------------------------------
1820 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1821 Changed paths:
1822    M /trunk/samtools/bam.h
1823    M /trunk/samtools/bam_index.c
1824    M /trunk/samtools/bamtk.c
1825
1826  * samtools-0.1.7-10 (r587)
1827  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
1828
1829 ------------------------------------------------------------------------
1830 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1831 Changed paths:
1832    M /trunk/samtools/Makefile
1833    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
1834    M /trunk/samtools/bamtk.c
1835    M /trunk/samtools/bgzf.c
1836
1837  * samtools-0.1.7-9 (r586)
1838  * added "reheader" to replace the BAM header
1839
1840 ------------------------------------------------------------------------
1841 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1842 Changed paths:
1843    M /trunk/samtools/bam.c
1844    M /trunk/samtools/bamtk.c
1845    M /trunk/samtools/kstring.h
1846
1847  * samtools-0.1.7-8 (r585)
1848  * speed up "view"
1849
1850 ------------------------------------------------------------------------
1851 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
1852 Changed paths:
1853    M /trunk/samtools/bam.c
1854    M /trunk/samtools/bamtk.c
1855    M /trunk/samtools/bgzf.c
1856    M /trunk/samtools/bgzf.h
1857    M /trunk/samtools/kstring.h
1858    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1859
1860  * samtools-0.1.7-7 (r584)
1861  * ported tabix BGZF to samtools
1862  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
1863
1864 ------------------------------------------------------------------------
1865 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
1866 Changed paths:
1867    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
1868
1869 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
1870 ------------------------------------------------------------------------
1871 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
1872 Changed paths:
1873    M /trunk/samtools/samtools.1
1874
1875 Added a note about the indels coordinates
1876 ------------------------------------------------------------------------
1877 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
1878 Changed paths:
1879    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1880
1881 Added the possibility to print or not to print the reference allele
1882 ------------------------------------------------------------------------
1883 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
1884 Changed paths:
1885    M /trunk/samtools/sam_header.c
1886
1887 More descriptive message for space separated tags
1888 ------------------------------------------------------------------------
1889 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
1890 Changed paths:
1891    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1892
1893 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
1894 ------------------------------------------------------------------------
1895 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
1896 Changed paths:
1897    M /trunk/samtools/sam_header.c
1898
1899 Fixed the order of sequences in the header
1900 ------------------------------------------------------------------------
1901 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
1902 Changed paths:
1903    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1904
1905 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
1906 ------------------------------------------------------------------------
1907 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
1908 Changed paths:
1909    M /trunk/samtools/bam.c
1910
1911 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
1912 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
1913 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
1914
1915 ------------------------------------------------------------------------
1916 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
1917 Changed paths:
1918    M /trunk/samtools/AUTHORS
1919    M /trunk/samtools/bam.h
1920    M /trunk/samtools/bam_import.c
1921    M /trunk/samtools/sam_header.c
1922
1923 Improved efficiency of header parsing
1924 ------------------------------------------------------------------------
1925 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
1926 Changed paths:
1927    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1928
1929 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
1930
1931
1932 ------------------------------------------------------------------------
1933 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
1934 Changed paths:
1935    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1936
1937 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
1938 ------------------------------------------------------------------------
1939 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
1940 Changed paths:
1941    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1942
1943 Print an error for pileups in simple format
1944 ------------------------------------------------------------------------
1945 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
1946 Changed paths:
1947    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1948
1949 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
1950
1951 ------------------------------------------------------------------------
1952 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1953 Changed paths:
1954    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1955
1956 Added possibility to specify a custom column title for the data column
1957 ------------------------------------------------------------------------
1958 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1959 Changed paths:
1960    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1961
1962 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
1963 ------------------------------------------------------------------------
1964 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
1965 Changed paths:
1966    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1967
1968 Added VCF header
1969 ------------------------------------------------------------------------
1970 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
1971 Changed paths:
1972    M /trunk/samtools/ChangeLog
1973    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1974    M /trunk/samtools/bamtk.c
1975    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1976    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1977
1978  * samtools-0.1.7-6
1979  * fixed a bug in faidx
1980
1981 ------------------------------------------------------------------------
1982 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
1983 Changed paths:
1984    M /trunk/samtools/faidx.c
1985
1986 Put the right filename in the error message.
1987
1988 ------------------------------------------------------------------------
1989 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
1990 Changed paths:
1991    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1992    M /trunk/samtools/bamtk.c
1993
1994  * samtools-0.1.7-5 (r528)
1995  * further add new consensus generation strategy
1996
1997 ------------------------------------------------------------------------
1998 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1999 Changed paths:
2000    M /trunk/samtools/knetfile.c
2001
2002 Fixed a bug in knet_seek
2003 ------------------------------------------------------------------------
2004 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2005 Changed paths:
2006    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2007
2008 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
2009 ------------------------------------------------------------------------
2010 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2011 Changed paths:
2012    M /trunk/samtools/sam_header.c
2013
2014 Allow tabs in the CO header field
2015 ------------------------------------------------------------------------
2016 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
2017 Changed paths:
2018    M /trunk/samtools/Makefile
2019    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2020
2021 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
2022 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
2023
2024 ------------------------------------------------------------------------
2025 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
2026 Changed paths:
2027    M /trunk/samtools/Makefile
2028    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2029
2030 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
2031 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
2032 facilitate non-knet builds.
2033
2034 ------------------------------------------------------------------------
2035 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2036 Changed paths:
2037    M /trunk/samtools/bamtk.c
2038    M /trunk/samtools/sam_view.c
2039
2040  * samtools-0.1.7-4 (r522)
2041  * fixed a bug in "view -r"
2042  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
2043
2044 ------------------------------------------------------------------------
2045 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
2046 Changed paths:
2047    M /trunk/samtools/bam_md.c
2048    M /trunk/samtools/bamtk.c
2049
2050  * samtools-0.1.7-3 (r521)
2051  * calmd: optionally mask matching bases as N
2052
2053 ------------------------------------------------------------------------
2054 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2055 Changed paths:
2056    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2057    M /trunk/samtools/bamtk.c
2058    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2059
2060  * samtools-0.1.7-2 (r520)
2061  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
2062  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
2063
2064 ------------------------------------------------------------------------
2065 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
2066 Changed paths:
2067    M /trunk/samtools/Makefile
2068
2069 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
2070 as well, even with old-fashioned linkers.
2071
2072 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
2073 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
2074
2075 ------------------------------------------------------------------------
2076 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2077 Changed paths:
2078    M /trunk/samtools/Makefile
2079    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2080
2081 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
2082
2083 ------------------------------------------------------------------------
2084 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2085 Changed paths:
2086    M /trunk/samtools/bam_index.c
2087
2088 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
2089
2090 ------------------------------------------------------------------------
2091 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
2092 Changed paths:
2093    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
2094
2095 another example program
2096
2097 ------------------------------------------------------------------------
2098 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
2099 Changed paths:
2100    M /trunk/samtools/bam_import.c
2101    M /trunk/samtools/bamtk.c
2102    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2103    M /trunk/samtools/sam.c
2104
2105  * samtools-0.1.7-1 (r515)
2106  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
2107
2108 ------------------------------------------------------------------------
2109 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
2110 Changed paths:
2111    M /trunk/samtools/bam.c
2112
2113 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
2114
2115 ------------------------------------------------------------------------
2116 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2117 Changed paths:
2118    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2119
2120 Update Makefile.mingw for the same reason
2121
2122 ------------------------------------------------------------------------
2123 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2124 Changed paths:
2125    M /trunk/samtools/Makefile
2126
2127 Fixed a bug in compiling razip
2128
2129 ------------------------------------------------------------------------
2130 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
2131 Changed paths:
2132    M /trunk/samtools/ChangeLog
2133    M /trunk/samtools/NEWS
2134    M /trunk/samtools/bamtk.c
2135    M /trunk/samtools/samtools.1
2136
2137 Release samtools-0.1.7 (r510)
2138
2139 ------------------------------------------------------------------------
2140 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2141 Changed paths:
2142    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2143    M /trunk/samtools/bamtk.c
2144
2145  * samtools-0.1.6-22 (r509)
2146  * forget to fix a similar problem in glfgen
2147
2148 ------------------------------------------------------------------------
2149 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2150 Changed paths:
2151    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2152    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2153    M /trunk/samtools/bamtk.c
2154    M /trunk/samtools/sam_view.c
2155
2156  * samtools-0.1.6-21 (r508)
2157  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
2158
2159 ------------------------------------------------------------------------
2160 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
2161 Changed paths:
2162    M /trunk/samtools/bamtk.c
2163    M /trunk/samtools/sam_view.c
2164
2165  * samtools-0.1.6-19 (r494)
2166  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
2167
2168 ------------------------------------------------------------------------
2169 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
2170 Changed paths:
2171    M /trunk/samtools/Makefile
2172    M /trunk/samtools/bam.c
2173    M /trunk/samtools/bam_import.c
2174    M /trunk/samtools/bamtk.c
2175    M /trunk/samtools/sam.c
2176    M /trunk/samtools/sam_header.c
2177
2178  * samtools-0.1.6-18 (r493)
2179  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
2180  * a little code clean up in sam_header.c
2181
2182 ------------------------------------------------------------------------
2183 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
2184 Changed paths:
2185    M /trunk/samtools/sam_header.c
2186
2187 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
2188 ------------------------------------------------------------------------
2189 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2190 Changed paths:
2191    M /trunk/samtools/sam_view.c
2192
2193  * BUGGY VERSION
2194  * fixed a minor bug
2195
2196 ------------------------------------------------------------------------
2197 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
2198 Changed paths:
2199    M /trunk/samtools/bam.c
2200    M /trunk/samtools/bam.h
2201    M /trunk/samtools/bam_import.c
2202    M /trunk/samtools/sam.c
2203
2204  * BUGGY VERSION
2205  * improved the interface a bit
2206  * bug unfixed
2207
2208 ------------------------------------------------------------------------
2209 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2210 Changed paths:
2211    M /trunk/samtools/bam_import.c
2212    M /trunk/samtools/sam_header.c
2213    M /trunk/samtools/sam_header.h
2214
2215  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
2216  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
2217
2218 ------------------------------------------------------------------------
2219 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2220 Changed paths:
2221    M /trunk/samtools/Makefile
2222    M /trunk/samtools/bam.c
2223    M /trunk/samtools/bam.h
2224    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2225    M /trunk/samtools/bam_import.c
2226    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2227    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2228    M /trunk/samtools/kaln.c
2229    M /trunk/samtools/sam.c
2230    M /trunk/samtools/sam_header.c
2231    M /trunk/samtools/sam_header.h
2232    M /trunk/samtools/sam_view.c
2233
2234  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
2235  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
2236
2237 ------------------------------------------------------------------------
2238 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
2239 Changed paths:
2240    M /trunk/samtools/sam_header.c
2241    M /trunk/samtools/sam_header.h
2242
2243 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
2244 ------------------------------------------------------------------------
2245 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2246 Changed paths:
2247    M /trunk/samtools/sam_header.c
2248
2249
2250 ------------------------------------------------------------------------
2251 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2252 Changed paths:
2253    A /trunk/samtools/sam_header.c
2254    A /trunk/samtools/sam_header.h
2255
2256
2257 ------------------------------------------------------------------------
2258 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
2259 Changed paths:
2260    M /trunk/samtools/bam_import.c
2261    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2262    M /trunk/samtools/bamtk.c
2263    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2264
2265  * samtools-0.1.6-17 (r484)
2266  * fixed a memory leak in rmdupse
2267  * fixed a bug in parsing @RG header lines
2268  * test rmdup in examples/
2269
2270 ------------------------------------------------------------------------
2271 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2272 Changed paths:
2273    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2274    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2275    M /trunk/samtools/bamtk.c
2276
2277  * samtools-0.1.6-16 (r483)
2278  * unify the interface of rmdup and rmdupse
2279  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
2280
2281 ------------------------------------------------------------------------
2282 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2283 Changed paths:
2284    M /trunk/samtools/bam.h
2285    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2286    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2287    M /trunk/samtools/bamtk.c
2288    A /trunk/samtools/klist.h
2289
2290  * samtools-0.1.6-15 (r482)
2291  * rewrite rmdupse
2292  * rmdupse is now library aware
2293
2294 ------------------------------------------------------------------------
2295 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
2296 Changed paths:
2297    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2298    M /trunk/samtools/bamtk.c
2299
2300  * samtools-0.1.6-14 (r480)
2301  * rmdup is now RG aware
2302
2303 ------------------------------------------------------------------------
2304 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
2305 Changed paths:
2306    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2307
2308 added a small unitity to parse SRA XML files
2309
2310 ------------------------------------------------------------------------
2311 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
2312 Changed paths:
2313    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2314    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2315    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2316    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2317    M /trunk/samtools/bamtk.c
2318
2319  * samtools-0.1.6-13 (r479)
2320  * merge: optionally use file names as RG tags
2321
2322 ------------------------------------------------------------------------
2323 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
2324 Changed paths:
2325    M /trunk/samtools/bam.c
2326    M /trunk/samtools/bam.h
2327    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2328    M /trunk/samtools/bamtk.c
2329    M /trunk/samtools/kaln.c
2330
2331  * samtools-0.1.6-12 (r478)
2332  * fixed a bug in the indel caller
2333
2334 ------------------------------------------------------------------------
2335 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
2336 Changed paths:
2337    M /trunk/samtools/bam_index.c
2338    M /trunk/samtools/bamtk.c
2339
2340  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2341  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2342
2343 ------------------------------------------------------------------------
2344 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2345 Changed paths:
2346    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2347
2348 Added the sam2vcf.pl script.
2349 ------------------------------------------------------------------------
2350 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2351 Changed paths:
2352    M /trunk/samtools/Makefile
2353    M /trunk/samtools/bam.c
2354    M /trunk/samtools/bam.h
2355    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2356    M /trunk/samtools/bamtk.c
2357    A /trunk/samtools/kaln.c
2358    A /trunk/samtools/kaln.h
2359
2360 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2361
2362 ------------------------------------------------------------------------
2363 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2364 Changed paths:
2365    M /trunk/samtools/knetfile.c
2366
2367 Removed the offending knet_seek message.
2368 ------------------------------------------------------------------------
2369 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2370 Changed paths:
2371    M /trunk/samtools/knetfile.c
2372    M /trunk/samtools/razf.c
2373
2374 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2375 ------------------------------------------------------------------------
2376 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2377 Changed paths:
2378    M /trunk/samtools/samtools.1
2379
2380 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2381
2382 ------------------------------------------------------------------------
2383 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2384 Changed paths:
2385    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2386
2387 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2388
2389 ------------------------------------------------------------------------
2390 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2391 Changed paths:
2392    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2393    M /trunk/samtools/bamtk.c
2394    M /trunk/samtools/knetfile.c
2395    M /trunk/samtools/knetfile.h
2396
2397  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2398  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2399
2400 ------------------------------------------------------------------------
2401 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2402 Changed paths:
2403    M /trunk/samtools/bam_index.c
2404    M /trunk/samtools/bamtk.c
2405
2406  * samtools-0.1.6-9 (r469)
2407  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
2408
2409 ------------------------------------------------------------------------
2410 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
2411 Changed paths:
2412    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2413    M /trunk/samtools/bamtk.c
2414    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2415
2416  * samtools-0.1.6-7 (r468)
2417  * make merge stable
2418
2419 ------------------------------------------------------------------------
2420 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
2421 Changed paths:
2422    M /trunk/samtools/bgzf.c
2423    M /trunk/samtools/bgzip.c
2424    M /trunk/samtools/razf.c
2425    M /trunk/samtools/razip.c
2426
2427 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
2428 ------------------------------------------------------------------------
2429 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
2430 Changed paths:
2431    M /trunk/samtools/ChangeLog
2432    M /trunk/samtools/bam_md.c
2433    M /trunk/samtools/bamtk.c
2434
2435  * samtools-0.1.6-6 (r466)
2436  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
2437
2438 ------------------------------------------------------------------------
2439 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
2440 Changed paths:
2441    M /trunk/samtools/bam.c
2442    M /trunk/samtools/knetfile.c
2443
2444 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
2445 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
2446
2447 ------------------------------------------------------------------------
2448 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
2449 Changed paths:
2450    M /trunk/samtools/knetfile.c
2451    M /trunk/samtools/razf.c
2452
2453 A bug fix, "samtools view" is now working again.
2454 ------------------------------------------------------------------------
2455 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
2456 Changed paths:
2457    M /trunk/samtools/bamtk.c
2458    M /trunk/samtools/faidx.c
2459    M /trunk/samtools/knetfile.c
2460    M /trunk/samtools/knetfile.h
2461    M /trunk/samtools/razf.c
2462    M /trunk/samtools/razf.h
2463
2464  * samtools-0.1.6-5 (r462)
2465  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
2466
2467 ------------------------------------------------------------------------
2468 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
2469 Changed paths:
2470    M /trunk/samtools/samtools.1
2471
2472 fixed a formatting issue
2473
2474 ------------------------------------------------------------------------
2475 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
2476 Changed paths:
2477    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2478    M /trunk/samtools/bamtk.c
2479
2480  * samtools-0.1.6-4 (r459)
2481  * make sort output the result to stdout when -o is in use
2482
2483 ------------------------------------------------------------------------
2484 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
2485 Changed paths:
2486    M /trunk/samtools/bamtk.c
2487    M /trunk/samtools/faidx.c
2488    M /trunk/samtools/faidx.h
2489    M /trunk/samtools/samtools.1
2490
2491  * samtools-0.1.6-2 (r458)
2492  * added more interface to faidx (by Nils)
2493  * updated documentation
2494
2495 ------------------------------------------------------------------------
2496 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
2497 Changed paths:
2498    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2499    M /trunk/samtools/bamtk.c
2500
2501  * samtools-0.1.6-2 (r457)
2502  * get rid of three assert() in bam_sort.c
2503
2504 ------------------------------------------------------------------------
2505 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
2506 Changed paths:
2507    M /trunk/samtools/razf.c
2508
2509 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
2510 when opening the file fails.
2511
2512 ------------------------------------------------------------------------
2513 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
2514 Changed paths:
2515    M /trunk/samtools/ChangeLog
2516    M /trunk/samtools/NEWS
2517    M /trunk/samtools/bamtk.c
2518    M /trunk/samtools/samtools.1
2519    D /trunk/samtools/source.dot
2520
2521 Release samtools-0.1.6
2522
2523 ------------------------------------------------------------------------
2524 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
2525 Changed paths:
2526    M /trunk/samtools/bam_md.c
2527    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2528    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2529    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2530    M /trunk/samtools/bamtk.c
2531    M /trunk/samtools/samtools.1
2532
2533  * samtools-0.1.5-34 (r451)
2534  * applied the patch by John
2535  * improved the help message a little bit
2536
2537 ------------------------------------------------------------------------
2538 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
2539 Changed paths:
2540    M /trunk/samtools/bam_color.c
2541    M /trunk/samtools/bamtk.c
2542
2543  * samtools-0.1.5-33 (r450)
2544  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
2545
2546 ------------------------------------------------------------------------
2547 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
2548 Changed paths:
2549    M /trunk/samtools/bam_import.c
2550    M /trunk/samtools/bam_md.c
2551    M /trunk/samtools/bamtk.c
2552    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2553
2554  * samtools-0.1.5-32 (r449)
2555  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
2556  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
2557
2558 ------------------------------------------------------------------------
2559 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
2560 Changed paths:
2561    M /trunk/samtools/ChangeLog
2562    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2563    M /trunk/samtools/bamtk.c
2564    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2565
2566  * samtools-0.1.5-31 (r448)
2567  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
2568
2569 ------------------------------------------------------------------------
2570 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
2571 Changed paths:
2572    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2573    M /trunk/samtools/bamtk.c
2574
2575  * samtools-0.1.5-30 (r447)
2576  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
2577
2578 ------------------------------------------------------------------------
2579 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
2580 Changed paths:
2581    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2582    M /trunk/samtools/bamtk.c
2583
2584  *
2585
2586 ------------------------------------------------------------------------
2587 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
2588 Changed paths:
2589    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2590    M /trunk/samtools/bamtk.c
2591
2592  * samtools-0.1.5-28 (r444)
2593  * bug in "merge -n"
2594
2595 ------------------------------------------------------------------------
2596 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
2597 Changed paths:
2598    M /trunk/samtools/bam.c
2599    M /trunk/samtools/bam_import.c
2600    M /trunk/samtools/bamtk.c
2601
2602  * samtools-0.1.5-27 (r443)
2603  * SEQ and QUAL can be "*"
2604  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
2605
2606 ------------------------------------------------------------------------
2607 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
2608 Changed paths:
2609    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2610    M /trunk/samtools/bamtk.c
2611    M /trunk/samtools/misc/md5.c
2612    M /trunk/samtools/misc/md5.h
2613    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
2614
2615  * samtools-0.1.5-26 (r442)
2616  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
2617  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
2618
2619 ------------------------------------------------------------------------
2620 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
2621 Changed paths:
2622    M /trunk/samtools/bgzf.c
2623    M /trunk/samtools/bgzf.h
2624    M /trunk/samtools/bgzip.c
2625
2626 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
2627
2628 ------------------------------------------------------------------------
2629 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
2630 Changed paths:
2631    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2632    M /trunk/samtools/bamtk.c
2633
2634  * samtools-0.1.5-25 (r436)
2635  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
2636
2637 ------------------------------------------------------------------------
2638 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2639 Changed paths:
2640    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2641
2642 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
2643
2644 ------------------------------------------------------------------------
2645 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2646 Changed paths:
2647    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2648
2649 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
2650
2651 ------------------------------------------------------------------------
2652 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
2653 Changed paths:
2654    M /trunk/samtools/bamtk.c
2655    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2656    M /trunk/samtools/sam_view.c
2657
2658  * samtools-0.1.5-24 (r435)
2659  * fixed a typo
2660
2661 ------------------------------------------------------------------------
2662 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
2663 Changed paths:
2664    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2665    M /trunk/samtools/bamtk.c
2666
2667  * samtools-0.1.5-23 (r434)
2668  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
2669
2670 ------------------------------------------------------------------------
2671 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
2672 Changed paths:
2673    M /trunk/samtools/knetfile.c
2674
2675  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
2676  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
2677
2678 ------------------------------------------------------------------------
2679 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
2680 Changed paths:
2681    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2682    M /trunk/samtools/bamtk.c
2683    M /trunk/samtools/faidx.c
2684    M /trunk/samtools/razf.c
2685    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
2686    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
2687
2688  * samtools-0.1.5-22 (r432)
2689  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
2690  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
2691  * PDCurses support in Windows
2692
2693 ------------------------------------------------------------------------
2694 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2695 Changed paths:
2696    M /trunk/samtools/win32/libz.a
2697
2698 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
2699
2700 ------------------------------------------------------------------------
2701 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2702 Changed paths:
2703    M /trunk/samtools/knetfile.c
2704
2705 add comments
2706
2707 ------------------------------------------------------------------------
2708 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
2709 Changed paths:
2710    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2711    M /trunk/samtools/bamtk.c
2712    M /trunk/samtools/knetfile.c
2713    M /trunk/samtools/knetfile.h
2714
2715  * samtools-0.1.5-21 (r428)
2716  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
2717
2718 ------------------------------------------------------------------------
2719 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2720 Changed paths:
2721    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2722
2723 simplify MinGW Makefile
2724
2725 ------------------------------------------------------------------------
2726 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2727 Changed paths:
2728    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
2729    M /trunk/samtools/bam_import.c
2730    M /trunk/samtools/bamtk.c
2731    A /trunk/samtools/win32
2732    A /trunk/samtools/win32/libz.a
2733    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
2734    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
2735
2736  * samtools-0.1.5-20 (r427)
2737  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
2738    functionality are not tested at the moment.
2739  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
2740
2741 ------------------------------------------------------------------------
2742 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
2743 Changed paths:
2744    M /trunk/samtools/bamtk.c
2745    M /trunk/samtools/sam_view.c
2746
2747  * samtools-0.1.5-19 (r426)
2748  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
2749
2750 ------------------------------------------------------------------------
2751 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2752 Changed paths:
2753    M /trunk/samtools/bgzf.c
2754
2755 compatible with Windows binary files
2756
2757 ------------------------------------------------------------------------
2758 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2759 Changed paths:
2760    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2761    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2762    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2763    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2764    M /trunk/samtools/bamtk.c
2765    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2766
2767  * samtools-0.1.5-18 (r423)
2768  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
2769    of debugging at the moment
2770  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
2771
2772 ------------------------------------------------------------------------
2773 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
2774 Changed paths:
2775    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
2776
2777 convert BLAT psl to SAM.
2778
2779 ------------------------------------------------------------------------
2780 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
2781 Changed paths:
2782    M /trunk/samtools/ChangeLog
2783    M /trunk/samtools/bam.c
2784    M /trunk/samtools/bamtk.c
2785    M /trunk/samtools/bgzf.c
2786    M /trunk/samtools/bgzf.h
2787    M /trunk/samtools/knetfile.c
2788    M /trunk/samtools/sam.c
2789    M /trunk/samtools/sam_view.c
2790
2791  * samtools-0.1.5-17 (r422)
2792  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
2793  * write an empty BGZF block to every BGZF file
2794  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
2795  * update ChangeLog
2796
2797 ------------------------------------------------------------------------
2798 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
2799 Changed paths:
2800    M /trunk/samtools/bam_import.c
2801    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2802    M /trunk/samtools/bamtk.c
2803    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2804    M /trunk/samtools/sam.c
2805    M /trunk/samtools/sam.h
2806    M /trunk/samtools/sam_view.c
2807
2808  * samtools-0.1.5-16 (r421)
2809  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
2810
2811 ------------------------------------------------------------------------
2812 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
2813 Changed paths:
2814    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2815
2816 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
2817
2818 ------------------------------------------------------------------------
2819 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
2820 Changed paths:
2821    M /trunk/samtools/bam_import.c
2822    M /trunk/samtools/bamtk.c
2823    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2824    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2825
2826  * samtools-0.1.5-15 (r419)
2827  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
2828  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
2829  * add "unique" command to samtools.pl
2830
2831 ------------------------------------------------------------------------
2832 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
2833 Changed paths:
2834    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2835
2836 skip @header lines in SAM
2837
2838 ------------------------------------------------------------------------
2839 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2840 Changed paths:
2841    M /trunk/samtools/bamtk.c
2842    M /trunk/samtools/sam_view.c
2843
2844  * samtools-0.1.5-14 (r417)
2845  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
2846
2847 ------------------------------------------------------------------------
2848 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2849 Changed paths:
2850    M /trunk/samtools/bam.c
2851    M /trunk/samtools/bam.h
2852    M /trunk/samtools/bam_import.c
2853    M /trunk/samtools/bamtk.c
2854    M /trunk/samtools/sam.c
2855    M /trunk/samtools/sam.h
2856    M /trunk/samtools/sam_view.c
2857
2858  * samtools-0.1.5-17 (r416)
2859  * support import/export SAM with string tags
2860
2861 ------------------------------------------------------------------------
2862 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2863 Changed paths:
2864    M /trunk/samtools/bam.c
2865    M /trunk/samtools/bam.h
2866    M /trunk/samtools/bam_import.c
2867    M /trunk/samtools/bamtk.c
2868    M /trunk/samtools/sam.c
2869    M /trunk/samtools/sam.h
2870    M /trunk/samtools/sam_view.c
2871
2872  * samtools-0.1.5-12 (r415)
2873  * FLAG now can be in HEX
2874
2875 ------------------------------------------------------------------------
2876 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
2877 Changed paths:
2878    M /trunk/samtools/kstring.h
2879
2880 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
2881
2882 ------------------------------------------------------------------------
2883 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
2884 Changed paths:
2885    M /trunk/samtools/kstring.c
2886    M /trunk/samtools/kstring.h
2887
2888 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
2889
2890 ------------------------------------------------------------------------
2891 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
2892 Changed paths:
2893    M /trunk/samtools/bam_index.c
2894
2895 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
2896
2897 ------------------------------------------------------------------------
2898 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2899 Changed paths:
2900    M /trunk/samtools/bam_md.c
2901    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2902    M /trunk/samtools/bamtk.c
2903    M /trunk/samtools/bgzf.c
2904
2905  * samtools-0.1.5-11 (r408)
2906  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
2907    from fillmd.
2908  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
2909
2910 ------------------------------------------------------------------------
2911 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2912 Changed paths:
2913    M /trunk/samtools/bam.h
2914    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2915    M /trunk/samtools/bam_md.c
2916    M /trunk/samtools/bamtk.c
2917    M /trunk/samtools/sam.h
2918
2919  * samtools-0.1.5-10 (r407)
2920  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
2921  * fillmd: generate the NM tag
2922  * fillmd: cmd interface improvement
2923
2924 ------------------------------------------------------------------------
2925 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
2926 Changed paths:
2927    M /trunk/samtools/Makefile
2928
2929 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
2930
2931 ------------------------------------------------------------------------
2932 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2933 Changed paths:
2934    M /trunk/samtools/Makefile
2935    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2936    M /trunk/samtools/bamtk.c
2937
2938  * samtools-0.1.5-9 (r405)
2939  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
2940
2941 ------------------------------------------------------------------------
2942 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2943 Changed paths:
2944    M /trunk/samtools/Makefile
2945    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2946    M /trunk/samtools/bamtk.c
2947
2948  * samtools-0.1.5-8 (r404)
2949  * compatible with PDCurses
2950
2951 ------------------------------------------------------------------------
2952 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2953 Changed paths:
2954    M /trunk/samtools/bamtk.c
2955    M /trunk/samtools/kseq.h
2956
2957  * samtools-0.1.5-7 (r403)
2958  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
2959
2960 ------------------------------------------------------------------------
2961 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
2962 Changed paths:
2963    M /trunk/samtools/bam_import.c
2964    M /trunk/samtools/bam_index.c
2965    M /trunk/samtools/bamtk.c
2966    M /trunk/samtools/bgzf.c
2967
2968  * samtools-0.1.5-6 (r402)
2969  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
2970  * improve portability to MinGW
2971
2972 ------------------------------------------------------------------------
2973 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2974 Changed paths:
2975    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
2976    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
2977    D /trunk/samtools/bam_lite.c
2978
2979  * move bam_lite.c to bam-lite
2980  * copy bam.h to bam-lite
2981
2982 ------------------------------------------------------------------------
2983 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2984 Changed paths:
2985    M /trunk/samtools/bam.h
2986    M /trunk/samtools/bam_lite.c
2987    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2988    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2989    M /trunk/samtools/bamtk.c
2990
2991  * samtools-0.1.5-5 (r395)
2992  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
2993
2994 ------------------------------------------------------------------------
2995 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
2996 Changed paths:
2997    M /trunk/samtools/bamtk.c
2998    M /trunk/samtools/knetfile.c
2999    M /trunk/samtools/knetfile.h
3000
3001  * samtools-0.1.5-4 (r394)
3002  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
3003
3004 ------------------------------------------------------------------------
3005 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
3006 Changed paths:
3007    M /trunk/samtools/bam_index.c
3008    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3009    M /trunk/samtools/bamtk.c
3010    M /trunk/samtools/knetfile.c
3011    M /trunk/samtools/knetfile.h
3012
3013  * samtools-0.1.5-3 (r393)
3014  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
3015  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
3016    not seen the sideeffect so far.
3017
3018 ------------------------------------------------------------------------
3019 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
3020 Changed paths:
3021    M /trunk/samtools/samtools.1
3022
3023 Remove the warning in tview
3024
3025 ------------------------------------------------------------------------
3026 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3027 Changed paths:
3028    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3029    M /trunk/samtools/bamtk.c
3030
3031  * samtools-0.1.5-2 (r391)
3032  * do not show a blank screen when no reads mapped
3033
3034 ------------------------------------------------------------------------
3035 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
3036 Changed paths:
3037    M /trunk/samtools/bam.h
3038    A /trunk/samtools/bam_lite.c
3039    M /trunk/samtools/bamtk.c
3040
3041  * samtools-0.1.5-1 (r390)
3042  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
3043  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
3044
3045 ------------------------------------------------------------------------
3046 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3047 Changed paths:
3048    M /trunk/samtools/bamtk.c
3049    M /trunk/samtools/knetfile.c
3050
3051 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
3052
3053 ------------------------------------------------------------------------
3054 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3055 Changed paths:
3056    M /trunk/samtools/bamtk.c
3057    M /trunk/samtools/sam.c
3058
3059 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
3060
3061 ------------------------------------------------------------------------
3062 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3063 Changed paths:
3064    M /trunk/samtools/Makefile
3065    M /trunk/samtools/bam.h
3066    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3067    M /trunk/samtools/bamtk.c
3068
3069 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
3070
3071 ------------------------------------------------------------------------
3072 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3073 Changed paths:
3074    M /trunk/samtools/ChangeLog
3075    M /trunk/samtools/NEWS
3076    M /trunk/samtools/bamtk.c
3077    M /trunk/samtools/samtools.1
3078
3079 Release samtools-0.1.5
3080
3081 ------------------------------------------------------------------------
3082 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
3083 Changed paths:
3084    M /trunk/samtools/bamtk.c
3085    M /trunk/samtools/sam.c
3086
3087  * samtools-0.1.4-23 (r372)
3088  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
3089
3090 ------------------------------------------------------------------------
3091 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
3092 Changed paths:
3093    M /trunk/samtools/samtools.1
3094
3095 update documentation
3096
3097 ------------------------------------------------------------------------
3098 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
3099 Changed paths:
3100    M /trunk/samtools/Makefile
3101
3102 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
3103
3104 ------------------------------------------------------------------------
3105 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
3106 Changed paths:
3107    M /trunk/samtools/ChangeLog
3108    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3109    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3110    M /trunk/samtools/bamtk.c
3111
3112  * samtools-0.1.4-22 (r369)
3113  * in pileup, optionally print E2 and U2
3114  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
3115
3116 ------------------------------------------------------------------------
3117 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
3118 Changed paths:
3119    M /trunk/samtools/bam.c
3120    M /trunk/samtools/bam.h
3121    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3122    M /trunk/samtools/bam_index.c
3123    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3124    M /trunk/samtools/bam_md.c
3125    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3126    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3127    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3128    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3129    M /trunk/samtools/bamtk.c
3130    M /trunk/samtools/faidx.c
3131    M /trunk/samtools/faidx.h
3132    M /trunk/samtools/glf.c
3133
3134  * samtools-0.1.4-21 (r368)
3135  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
3136    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
3137    inconsistency. I was just a bit lazy.
3138  * small memory leak may be present on failure, though
3139
3140 ------------------------------------------------------------------------
3141 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3142 Changed paths:
3143    M /trunk/samtools/knetfile.c
3144
3145 reduce the chance of blocking in FTP connection
3146
3147 ------------------------------------------------------------------------
3148 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3149 Changed paths:
3150    M /trunk/samtools/knetfile.c
3151
3152 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
3153
3154 ------------------------------------------------------------------------
3155 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3156 Changed paths:
3157    M /trunk/samtools/bam_index.c
3158    M /trunk/samtools/bamtk.c
3159    M /trunk/samtools/knetfile.c
3160    M /trunk/samtools/knetfile.h
3161
3162  * samtools-0.1.4-20 (r365)
3163  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
3164
3165 ------------------------------------------------------------------------
3166 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3167 Changed paths:
3168    M /trunk/samtools/bamtk.c
3169    M /trunk/samtools/knetfile.c
3170
3171  * samtools-0.1.4-19 (r364)
3172  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
3173
3174 ------------------------------------------------------------------------
3175 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
3176 Changed paths:
3177    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3178    M /trunk/samtools/bamtk.c
3179    M /trunk/samtools/bgzf.c
3180    M /trunk/samtools/bgzf.h
3181    M /trunk/samtools/knetfile.c
3182    M /trunk/samtools/knetfile.h
3183
3184  * samtools-0.1.4-18 (r363)
3185  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
3186  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
3187
3188 ------------------------------------------------------------------------
3189 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3190 Changed paths:
3191    M /trunk/samtools/bgzf.c
3192
3193 write changelog
3194
3195 ------------------------------------------------------------------------
3196 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3197 Changed paths:
3198    M /trunk/samtools/bam_index.c
3199    M /trunk/samtools/bamtk.c
3200
3201  * samtools-0.1.4-17 (r361)
3202  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
3203
3204 ------------------------------------------------------------------------
3205 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
3206 Changed paths:
3207    M /trunk/samtools/Makefile
3208    M /trunk/samtools/bam_import.c
3209    M /trunk/samtools/bam_index.c
3210    M /trunk/samtools/bamtk.c
3211    M /trunk/samtools/bgzf.c
3212    M /trunk/samtools/bgzf.h
3213    M /trunk/samtools/knetfile.c
3214    M /trunk/samtools/knetfile.h
3215
3216  * samtools-0.1.4-16 (r360)
3217  * report more information in index when the input is not sorted
3218  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
3219  * support knetfile library in BGZF
3220
3221 ------------------------------------------------------------------------
3222 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3223 Changed paths:
3224    M /trunk/samtools/knetfile.c
3225    M /trunk/samtools/knetfile.h
3226
3227 fixed bugs in knetfile.*
3228
3229 ------------------------------------------------------------------------
3230 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3231 Changed paths:
3232    A /trunk/samtools/knetfile.h
3233
3234 this is the header file
3235
3236 ------------------------------------------------------------------------
3237 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3238 Changed paths:
3239    A /trunk/samtools/knetfile.c
3240
3241  * open a file at FTP
3242  * preliminary version
3243
3244 ------------------------------------------------------------------------
3245 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
3246 Changed paths:
3247    M /trunk/samtools/bam.c
3248    M /trunk/samtools/bamtk.c
3249
3250  * samtools-0.1.4-15 (r354)
3251  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
3252
3253 ------------------------------------------------------------------------
3254 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
3255 Changed paths:
3256    M /trunk/samtools/bamtk.c
3257    M /trunk/samtools/faidx.c
3258
3259  * samtools-0.1.4-13 (r351)
3260  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
3261  * hope this does not introduce new bugs...
3262
3263 ------------------------------------------------------------------------
3264 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
3265 Changed paths:
3266    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3267    M /trunk/samtools/bamtk.c
3268
3269  * samtools-0.1.4-13 (r350)
3270  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
3271
3272 ------------------------------------------------------------------------
3273 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3274 Changed paths:
3275    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3276    M /trunk/samtools/bamtk.c
3277    M /trunk/samtools/sam_view.c
3278
3279  * samtools-0.1.4-12 (r347)
3280  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
3281
3282 ------------------------------------------------------------------------
3283 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3284 Changed paths:
3285    M /trunk/samtools/Makefile
3286    M /trunk/samtools/bamtk.c
3287    M /trunk/samtools/sam_view.c
3288    M /trunk/samtools/samtools.1
3289
3290  * samtools-0.1.4-11 (r346)
3291  * allow to select a read group at view command-line
3292
3293 ------------------------------------------------------------------------
3294 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3295 Changed paths:
3296    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3297
3298 added more comments
3299
3300 ------------------------------------------------------------------------
3301 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3302 Changed paths:
3303    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3304
3305 nothing really
3306
3307 ------------------------------------------------------------------------
3308 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3309 Changed paths:
3310    M /trunk/samtools/examples/Makefile
3311    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3312
3313 added an example of calculating read depth
3314
3315 ------------------------------------------------------------------------
3316 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3317 Changed paths:
3318    M /trunk/samtools/Makefile
3319    M /trunk/samtools/bam.h
3320    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3321    A /trunk/samtools/bam_color.c
3322    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3323    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3324    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3325    M /trunk/samtools/bamtk.c
3326    M /trunk/samtools/sam.c
3327    M /trunk/samtools/sam.h
3328
3329  * samtools-0.1.4-10 (r341)
3330  * only include key APIs in libbam.a
3331  * move color-specific routines to bam_color.c
3332  * update documentations
3333  * remove the support of -q in pileup
3334
3335 ------------------------------------------------------------------------
3336 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3337 Changed paths:
3338    M /trunk/samtools/INSTALL
3339    M /trunk/samtools/Makefile
3340    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3341    M /trunk/samtools/bam_import.c
3342    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3343    M /trunk/samtools/bamtk.c
3344    M /trunk/samtools/razf.c
3345    M /trunk/samtools/sam_view.c
3346
3347  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3348  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3349  * fixed a compilation warning
3350  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3351  * detect NCURSES in bam_tview.c
3352
3353 ------------------------------------------------------------------------
3354 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3355 Changed paths:
3356    M /trunk/samtools/INSTALL
3357
3358 update INSTALL
3359
3360 ------------------------------------------------------------------------
3361 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3362 Changed paths:
3363    M /trunk/samtools/bam.c
3364    M /trunk/samtools/bam.h
3365    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3366    M /trunk/samtools/bam_import.c
3367    M /trunk/samtools/bamtk.c
3368    M /trunk/samtools/kstring.h
3369    M /trunk/samtools/sam.c
3370    M /trunk/samtools/sam_view.c
3371
3372  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3373  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3374    command line
3375
3376 ------------------------------------------------------------------------
3377 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3378 Changed paths:
3379    M /trunk/samtools/bamtk.c
3380    M /trunk/samtools/bgzf.c
3381    M /trunk/samtools/bgzf.h
3382    M /trunk/samtools/sam.c
3383    M /trunk/samtools/sam_view.c
3384
3385  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3386  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3387  * "samtools view" support "-u" command-line option
3388
3389 ------------------------------------------------------------------------
3390 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3391 Changed paths:
3392    M /trunk/samtools/Makefile
3393    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3394    M /trunk/samtools/razf.c
3395    M /trunk/samtools/razf.h
3396    M /trunk/samtools/razip.c
3397
3398  * no changes to samtools itself
3399  * remove zlib source codes
3400  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3401  * on old version of zlib, writing is not available
3402
3403 ------------------------------------------------------------------------
3404 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3405 Changed paths:
3406    D /trunk/samtools/zlib
3407
3408 remove zlib for simplification...
3409
3410 ------------------------------------------------------------------------
3411 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3412 Changed paths:
3413    M /trunk/samtools/bam.h
3414    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3415    M /trunk/samtools/bamtk.c
3416
3417  * samtools-0.1.4-6 (r334)
3418  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
3419    been implemented in that.
3420  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
3421
3422 ------------------------------------------------------------------------
3423 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3424 Changed paths:
3425    M /trunk/samtools/ChangeLog
3426
3427 update ChangeLog
3428
3429 ------------------------------------------------------------------------
3430 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3431 Changed paths:
3432    M /trunk/samtools/AUTHORS
3433    M /trunk/samtools/Makefile
3434    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3435
3436 fixed minor things in Makefile
3437
3438 ------------------------------------------------------------------------
3439 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3440 Changed paths:
3441    M /trunk/samtools/bamtk.c
3442
3443  * samtools-0.1.4-5 (r3310
3444  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
3445    changes in the Makefile building system.
3446
3447 ------------------------------------------------------------------------
3448 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3449 Changed paths:
3450    M /trunk/samtools/AUTHORS
3451    D /trunk/samtools/README
3452
3453 update information...
3454
3455 ------------------------------------------------------------------------
3456 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3457 Changed paths:
3458    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
3459
3460  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
3461  * this version works with indels
3462
3463 ------------------------------------------------------------------------
3464 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3465 Changed paths:
3466    M /trunk/samtools/INSTALL
3467    M /trunk/samtools/Makefile
3468    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3469    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
3470
3471  * update Makefile
3472  * update INSTALL instruction
3473
3474 ------------------------------------------------------------------------
3475 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3476 Changed paths:
3477    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
3478    D /trunk/samtools/Makefile.am
3479    D /trunk/samtools/Makefile.generic
3480    D /trunk/samtools/Makefile.lite
3481    D /trunk/samtools/autogen.sh
3482    D /trunk/samtools/cleanup.sh
3483    D /trunk/samtools/configure.ac
3484    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
3485    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3486    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3487    M /trunk/samtools/razf.c
3488    A /trunk/samtools/zlib
3489    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
3490    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
3491    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
3492    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
3493    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
3494    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
3495    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
3496    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
3497    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
3498    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
3499    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
3500    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
3501    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
3502    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
3503    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
3504    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
3505    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
3506    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
3507    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
3508    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
3509    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
3510    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
3511    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
3512    D /trunk/samtools/zutil.h
3513
3514  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
3515  * prepare to changed back to the Makefile building system
3516  * unfinished! (will be soon)
3517
3518 ------------------------------------------------------------------------
3519 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3520 Changed paths:
3521    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3522
3523 Unfinished
3524
3525 ------------------------------------------------------------------------
3526 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3527 Changed paths:
3528    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3529    M /trunk/samtools/bamtk.c
3530
3531  * samtools-0.1.4-4 (r325)
3532  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
3533
3534 ------------------------------------------------------------------------
3535 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
3536 Changed paths:
3537    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3538    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3539    M /trunk/samtools/bamtk.c
3540    M /trunk/samtools/sam.c
3541    M /trunk/samtools/sam.h
3542
3543  * samtools-0.1.4-3 (r324)
3544  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
3545  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
3546
3547 ------------------------------------------------------------------------
3548 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3549 Changed paths:
3550    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3551
3552  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
3553  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
3554
3555 ------------------------------------------------------------------------
3556 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
3557 Changed paths:
3558    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
3559
3560 fixed a typo
3561
3562 ------------------------------------------------------------------------
3563 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
3564 Changed paths:
3565    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3566
3567 just typo. no real change
3568
3569 ------------------------------------------------------------------------
3570 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
3571 Changed paths:
3572    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3573
3574 a little bit code cleanup
3575
3576 ------------------------------------------------------------------------
3577 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
3578 Changed paths:
3579    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3580
3581  * samtools.pl-0.3.1
3582  * change default parameters
3583  * optionally print filtered variants
3584
3585 ------------------------------------------------------------------------
3586 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3587 Changed paths:
3588    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3589
3590  * samtools.pl-0.3.0
3591  * combine snpFilter and indelFilter
3592
3593 ------------------------------------------------------------------------
3594 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3595 Changed paths:
3596    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3597
3598  * samtools.pl-0.2.3
3599  * change a default parameter
3600
3601 ------------------------------------------------------------------------
3602 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
3603 Changed paths:
3604    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3605    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3606    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3607    M /trunk/samtools/bamtk.c
3608    M /trunk/samtools/sam.c
3609
3610  * samtools-0.1.4-2 (r316)
3611  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
3612  * pileup: always calculate RMS mapq
3613  * pileup: allow to output variant sites only
3614
3615 ------------------------------------------------------------------------
3616 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
3617 Changed paths:
3618    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3619
3620  * samtools.pl-0.2.2
3621  * added pileup2fq
3622
3623 ------------------------------------------------------------------------
3624 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
3625 Changed paths:
3626    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3627
3628  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
3629
3630 ------------------------------------------------------------------------
3631 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3632 Changed paths:
3633    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3634
3635  * samtools.pl-0.2.1
3636  * fixed a typo
3637
3638 ------------------------------------------------------------------------
3639 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3640 Changed paths:
3641    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3642
3643  * samtools.pl-0.2.0
3644  * snpFilter
3645
3646 ------------------------------------------------------------------------
3647 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3648 Changed paths:
3649    M /trunk/samtools/bgzf.c
3650
3651  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
3652  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
3653
3654 ------------------------------------------------------------------------
3655 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
3656 Changed paths:
3657    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
3658
3659 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
3660
3661 ------------------------------------------------------------------------
3662 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3663 Changed paths:
3664    M /trunk/samtools/bamtk.c
3665    M /trunk/samtools/sam.c
3666
3667  * samtools-0.1.4-1 (r304)
3668  * fixed a minor bug in printing headers
3669
3670 ------------------------------------------------------------------------
3671 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
3672 Changed paths:
3673    M /trunk/samtools/ChangeLog
3674    M /trunk/samtools/NEWS
3675    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3676    M /trunk/samtools/bamtk.c
3677    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3678    M /trunk/samtools/samtools.1
3679
3680 Release samtools-0.1.4
3681
3682 ------------------------------------------------------------------------
3683 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3684 Changed paths:
3685    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3686    M /trunk/samtools/bamtk.c
3687
3688  * samtools-0.1.3-24 (r296)
3689  * another similar bug in the indel caller
3690
3691 ------------------------------------------------------------------------
3692 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3693 Changed paths:
3694    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3695    M /trunk/samtools/bamtk.c
3696
3697  * samtools-0.1.3-23 (r295)
3698  * fixed a critical bug in the indel caller
3699
3700 ------------------------------------------------------------------------
3701 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
3702 Changed paths:
3703    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3704
3705 added a missing header file
3706
3707 ------------------------------------------------------------------------
3708 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
3709 Changed paths:
3710    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3711    M /trunk/samtools/bamtk.c
3712
3713  * samtools-0.1.3-22 (r293)
3714  * open tview in the dot-view mode by default
3715
3716 ------------------------------------------------------------------------
3717 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
3718 Changed paths:
3719    M /trunk/samtools/samtools.1
3720
3721 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
3722 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
3723 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
3724 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
3725
3726
3727 ------------------------------------------------------------------------
3728 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
3729 Changed paths:
3730    M /trunk/samtools/bam.h
3731    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3732    M /trunk/samtools/bamtk.c
3733
3734  * samtools-0.1.3-21 (286)
3735  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
3736
3737 ------------------------------------------------------------------------
3738 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
3739 Changed paths:
3740    M /trunk/samtools/bam.h
3741    M /trunk/samtools/bam_index.c
3742    M /trunk/samtools/bamtk.c
3743
3744  * samtools-0.1.3-20 (r276)
3745  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
3746    make it work with the latest SVN.
3747  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
3748
3749 ------------------------------------------------------------------------
3750 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
3751 Changed paths:
3752    M /trunk/samtools/ChangeLog
3753    M /trunk/samtools/bam.h
3754    M /trunk/samtools/bamtk.c
3755
3756  * samtools-0.1.3-19 (r275)
3757  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
3758    backward compatibility with Bio::DB::Sam
3759
3760 ------------------------------------------------------------------------
3761 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3762 Changed paths:
3763    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3764    M /trunk/samtools/bamtk.c
3765
3766  * samtools-0.1.3-18 (r273)
3767  * rmdupse: do not remove unmapped reads
3768
3769 ------------------------------------------------------------------------
3770 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
3771 Changed paths:
3772    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3773
3774 change a parameter. It does nothing
3775
3776 ------------------------------------------------------------------------
3777 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3778 Changed paths:
3779    M /trunk/samtools/Makefile.am
3780    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3781    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3782    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3783    M /trunk/samtools/bamtk.c
3784    M /trunk/samtools/configure.ac
3785
3786  * samtools-0.1.3-17 (r271)
3787  * added 'rmdupse' command
3788
3789 ------------------------------------------------------------------------
3790 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3791 Changed paths:
3792    M /trunk/samtools/bamtk.c
3793    M /trunk/samtools/sam_view.c
3794
3795  * samtools-0.1.3-16 (r267)
3796  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
3797
3798 ------------------------------------------------------------------------
3799 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3800 Changed paths:
3801    M /trunk/samtools/bam_import.c
3802    M /trunk/samtools/bamtk.c
3803
3804  * samtools-0.1.3-15 (r266)
3805  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
3806
3807 ------------------------------------------------------------------------
3808 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3809 Changed paths:
3810    M /trunk/samtools/bam.h
3811    M /trunk/samtools/bam_import.c
3812    M /trunk/samtools/bamtk.c
3813    M /trunk/samtools/sam.c
3814    M /trunk/samtools/sam_view.c
3815
3816  * samtools-0.1.3-14 (r262)
3817  * make samopen() recognize @SQ header lines
3818
3819 ------------------------------------------------------------------------
3820 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3821 Changed paths:
3822    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3823    M /trunk/samtools/bamtk.c
3824    M /trunk/samtools/bgzf.c
3825    M /trunk/samtools/sam.c
3826    M /trunk/samtools/sam_view.c
3827
3828  * samtools-0.1.3-13 (r260)
3829  * report error for file I/O error
3830
3831 ------------------------------------------------------------------------
3832 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
3833 Changed paths:
3834    M /trunk/samtools/Makefile.am
3835
3836 update Makefile.am
3837
3838 ------------------------------------------------------------------------
3839 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3840 Changed paths:
3841    M /trunk/samtools/bam.h
3842    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3843    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3844    M /trunk/samtools/bamtk.c
3845    M /trunk/samtools/sam.c
3846    M /trunk/samtools/sam.h
3847
3848  * samtools-0.1.3-12 (r259)
3849  * use the new I/O interface in pileup
3850
3851 ------------------------------------------------------------------------
3852 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3853 Changed paths:
3854    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3855    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3856    M /trunk/samtools/bam.c
3857    M /trunk/samtools/bam.h
3858    M /trunk/samtools/bam_import.c
3859    M /trunk/samtools/bamtk.c
3860    A /trunk/samtools/sam.c
3861    A /trunk/samtools/sam.h
3862    A /trunk/samtools/sam_view.c
3863
3864  * samtools-0.1.3-11 (r258)
3865  * unify the interface to BAM and SAM I/O
3866
3867 ------------------------------------------------------------------------
3868 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3869 Changed paths:
3870    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3871    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3872    M /trunk/samtools/bamtk.c
3873
3874  * samtools-0.1.3-10 (r257)
3875  * allow hex with "pileup -m"
3876
3877 ------------------------------------------------------------------------
3878 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
3879 Changed paths:
3880    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3881    M /trunk/samtools/bamtk.c
3882
3883  * samtools-0.1.3-9 (r256)
3884  * fixed a bug in bam_lpileup.c
3885  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
3886
3887 ------------------------------------------------------------------------
3888 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
3889 Changed paths:
3890    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3891    M /trunk/samtools/bamtk.c
3892
3893  * samtools-0.1.3-8 (r251)
3894  * fixed a bug when there are reads without coordinates
3895
3896 ------------------------------------------------------------------------
3897 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3898 Changed paths:
3899    A /trunk/samtools/AUTHORS
3900    A /trunk/samtools/README
3901    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3902
3903 added missing files
3904
3905 ------------------------------------------------------------------------
3906 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3907 Changed paths:
3908    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3909    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3910    M /trunk/samtools/configure.ac
3911    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3912
3913 improve large file support in compilation
3914
3915 ------------------------------------------------------------------------
3916 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3917 Changed paths:
3918    M /trunk/samtools/INSTALL
3919
3920 update INSTALL
3921
3922 ------------------------------------------------------------------------
3923 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3924 Changed paths:
3925    M /trunk/samtools/Makefile.am
3926    M /trunk/samtools/autogen.sh
3927    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3928    M /trunk/samtools/configure.ac
3929    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3930
3931 fixed various issues about the GNU building scripts
3932
3933 ------------------------------------------------------------------------
3934 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
3935 Changed paths:
3936    M /trunk/samtools/ChangeLog
3937    D /trunk/samtools/Makefile
3938    A /trunk/samtools/Makefile.am
3939    A /trunk/samtools/Makefile.generic
3940    A /trunk/samtools/autogen.sh
3941    M /trunk/samtools/bam.h
3942    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3943    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3944    M /trunk/samtools/bamtk.c
3945    A /trunk/samtools/cleanup.sh
3946    A /trunk/samtools/configure.ac
3947    D /trunk/samtools/misc/Makefile
3948    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
3949
3950  * samtools-0.1.3-7 (r246)
3951  * incorporated revisions from Nils Homer
3952  * enhanced support of displaying color-space reads
3953
3954 ------------------------------------------------------------------------
3955 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
3956 Changed paths:
3957    M /trunk/samtools/bam_md.c
3958    M /trunk/samtools/bamtk.c
3959
3960  * samtools-0.1.3-6 (r244)
3961  * fixed segfault for unmapped reads
3962
3963 ------------------------------------------------------------------------
3964 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3965 Changed paths:
3966    M /trunk/samtools/bam.h
3967    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3968    M /trunk/samtools/bam_md.c
3969    M /trunk/samtools/bamtk.c
3970
3971  * samtools-0.1.3-5 (r243)
3972  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
3973  * check MD
3974  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
3975
3976 ------------------------------------------------------------------------
3977 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
3978 Changed paths:
3979    M /trunk/samtools/bam_md.c
3980    M /trunk/samtools/bamtk.c
3981
3982  * samtools-0.1.3-4 (r242)
3983  * fixed a memory leak
3984
3985 ------------------------------------------------------------------------
3986 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3987 Changed paths:
3988    M /trunk/samtools/Makefile
3989    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3990    M /trunk/samtools/bam.h
3991    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3992    A /trunk/samtools/bam_md.c
3993    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3994    M /trunk/samtools/bamtk.c
3995
3996  * samtools-0.1.3-3 (r240)
3997  * generate MD tag
3998  * generate "=" bases
3999  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
4000
4001 ------------------------------------------------------------------------
4002 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4003 Changed paths:
4004    M /trunk/samtools/bam.h
4005    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4006    M /trunk/samtools/bamtk.c
4007
4008  * samtools-0.1.3-2 (r239)
4009  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
4010  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
4011  * added tagview for testing bam_aux
4012
4013 ------------------------------------------------------------------------
4014 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
4015 Changed paths:
4016    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4017    M /trunk/samtools/bamtk.c
4018
4019  * samtools-0.1.3-1
4020  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
4021
4022 ------------------------------------------------------------------------
4023 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
4024 Changed paths:
4025    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4026
4027 a missing file in Makefile.lite
4028
4029 ------------------------------------------------------------------------
4030 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4031 Changed paths:
4032    M /trunk/samtools/NEWS
4033    M /trunk/samtools/bamtk.c
4034
4035 Release samtools-0.1.3
4036
4037 ------------------------------------------------------------------------
4038 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4039 Changed paths:
4040    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4041    M /trunk/samtools/bamtk.c
4042
4043  * samtools-0.1.2-28
4044  * make samtools more robust to weird input such as empty file
4045
4046 ------------------------------------------------------------------------
4047 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4048 Changed paths:
4049    M /trunk/samtools/ChangeLog
4050    M /trunk/samtools/NEWS
4051    M /trunk/samtools/samtools.1
4052
4053 prepare for release 0.1.3
4054
4055 ------------------------------------------------------------------------
4056 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4057 Changed paths:
4058    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
4059
4060 convert NCBI-BLASTN to SAM
4061
4062 ------------------------------------------------------------------------
4063 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4064 Changed paths:
4065    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4066    M /trunk/samtools/bamtk.c
4067
4068  * samtools-0.1.2-27
4069  * fixed a small memory leak in tview
4070
4071 ------------------------------------------------------------------------
4072 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4073 Changed paths:
4074    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
4075    M /trunk/samtools/bamtk.c
4076
4077  * samtools-0.1.2-26
4078  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
4079
4080 ------------------------------------------------------------------------
4081 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
4082 Changed paths:
4083    M /trunk/samtools/ChangeLog
4084    M /trunk/samtools/NEWS
4085
4086 proposed NEWS for the new release (have not yet)
4087
4088 ------------------------------------------------------------------------
4089 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4090 Changed paths:
4091    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4092
4093  * samtools.pl-0.1.1
4094  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
4095    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
4096
4097 ------------------------------------------------------------------------
4098 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4099 Changed paths:
4100    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4101    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4102    M /trunk/samtools/bamtk.c
4103    M /trunk/samtools/samtools.1
4104
4105  * samtools-0.1.2-25
4106  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
4107    containing indels
4108
4109 ------------------------------------------------------------------------
4110 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
4111 Changed paths:
4112    M /trunk/samtools/ChangeLog
4113
4114 update ChangeLog from "svn log"
4115
4116 ------------------------------------------------------------------------
4117 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
4118 Changed paths:
4119    M /trunk/samtools/bam.c
4120    M /trunk/samtools/bam_import.c
4121    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4122    M /trunk/samtools/bamtk.c
4123    M /trunk/samtools/kseq.h
4124
4125  * samtools-0.1.2-24
4126  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
4127  * allow empty header
4128
4129 ------------------------------------------------------------------------
4130 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4131 Changed paths:
4132    M /trunk/samtools/bam.c
4133    M /trunk/samtools/bam_import.c
4134    M /trunk/samtools/bamtk.c
4135
4136  * samtools-0.1.2-23
4137  * recognize '*' at the QUAL field
4138
4139 ------------------------------------------------------------------------
4140 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4141 Changed paths:
4142    M /trunk/samtools/bam_import.c
4143    M /trunk/samtools/bamtk.c
4144    M /trunk/samtools/kseq.h
4145
4146  * samtools-0.1.2-22
4147  * the field separater is TAB only, now
4148
4149 ------------------------------------------------------------------------
4150 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4151 Changed paths:
4152    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4153
4154  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
4155
4156 ------------------------------------------------------------------------
4157 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
4158 Changed paths:
4159    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4160    M /trunk/samtools/bamtk.c
4161    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4162
4163  * samtools-0.1.2-21
4164  * fixed a nasty bug in `fixmate'
4165
4166 ------------------------------------------------------------------------
4167 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4168 Changed paths:
4169    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
4170    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4171    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4172
4173 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
4174
4175 ------------------------------------------------------------------------
4176 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4177 Changed paths:
4178    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4179    M /trunk/samtools/bamtk.c
4180
4181  * samtools-0.1.2-20
4182  * check if file is truncated in flagstat
4183
4184 ------------------------------------------------------------------------
4185 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4186 Changed paths:
4187    M /trunk/samtools/bamtk.c
4188
4189  * samtools-0.1.2-19
4190  * print the header if requested
4191
4192 ------------------------------------------------------------------------
4193 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
4194 Changed paths:
4195    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4196    M /trunk/samtools/bamtk.c
4197
4198  * samtools-0.1.2-18
4199  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
4200
4201 ------------------------------------------------------------------------
4202 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
4203 Changed paths:
4204    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
4205    D /trunk/samtools/Makefile.std
4206    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
4207    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
4208
4209 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
4210
4211 ------------------------------------------------------------------------
4212 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4213 Changed paths:
4214    D /trunk/samtools/Makefile
4215    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
4216    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4217    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4218    M /trunk/samtools/bamtk.c
4219    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4220    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
4221    M /trunk/samtools/samtools.1
4222
4223  * samtools-0.1.2-17
4224  * incorporating Nils' changes
4225  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
4226
4227 ------------------------------------------------------------------------
4228 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4229 Changed paths:
4230    M /trunk/samtools/Makefile
4231    M /trunk/samtools/bam_import.c
4232    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4233    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4234    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4235    M /trunk/samtools/bamtk.c
4236    M /trunk/samtools/kseq.h
4237    A /trunk/samtools/kstring.c
4238    A /trunk/samtools/kstring.h
4239
4240  * samtools-0.1.2-16
4241  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
4242  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
4243
4244 ------------------------------------------------------------------------
4245 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
4246 Changed paths:
4247    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4248
4249  * soap2sam.pl-0.1.2
4250  * more robust to truncated soap output
4251
4252 ------------------------------------------------------------------------
4253 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
4254 Changed paths:
4255    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4256
4257 added bam_stat.o to Makefile.lite
4258
4259 ------------------------------------------------------------------------
4260 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4261 Changed paths:
4262    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4263    M /trunk/samtools/bamtk.c
4264
4265  * samtools-0.1.2-15
4266  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
4267
4268 ------------------------------------------------------------------------
4269 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4270 Changed paths:
4271    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4272    M /trunk/samtools/bamtk.c
4273    M /trunk/samtools/glf.c
4274    M /trunk/samtools/glf.h
4275    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4276
4277  * samtools-0.1.2-14
4278  * implemented GLFv3
4279
4280 ------------------------------------------------------------------------
4281 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4282 Changed paths:
4283    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4284    M /trunk/samtools/bamtk.c
4285
4286  * samtools-0.1.2-13
4287  * fixed a minor bug in displaying pileup
4288
4289 ------------------------------------------------------------------------
4290 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4291 Changed paths:
4292    M /trunk/samtools/ChangeLog
4293    M /trunk/samtools/bamtk.c
4294
4295  * samtools-0.1.2-12
4296  * optionally print SAM header
4297
4298 ------------------------------------------------------------------------
4299 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
4300 Changed paths:
4301    M /trunk/samtools/bamtk.c
4302    M /trunk/samtools/glf.c
4303
4304  * samtools-0.1.2-11
4305  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
4306
4307 ------------------------------------------------------------------------
4308 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
4309 Changed paths:
4310    M /trunk/samtools/Makefile
4311    M /trunk/samtools/bam_import.c
4312    M /trunk/samtools/bam_index.c
4313    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4314    M /trunk/samtools/bamtk.c
4315    M /trunk/samtools/glf.c
4316    M /trunk/samtools/glf.h
4317
4318  * samtools-0.1.2-10
4319  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
4320  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
4321  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
4322
4323 ------------------------------------------------------------------------
4324 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
4325 Changed paths:
4326    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4327
4328  * wgsim-0.2.3
4329  * fixed a bug in simulating indels
4330
4331 ------------------------------------------------------------------------
4332 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
4333 Changed paths:
4334    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4335
4336  * wgsim-0.2.2
4337  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4338    not like long read names.
4339
4340 ------------------------------------------------------------------------
4341 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4342 Changed paths:
4343    M /trunk/samtools/ChangeLog
4344    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4345    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4346
4347  * wgsim-0.2.1
4348  * fixed a bug about color read coordinates
4349  * fixed a bug in read names
4350  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4351  * make the script work with color reads
4352
4353 ------------------------------------------------------------------------
4354 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4355 Changed paths:
4356    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4357    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4358
4359  * wgsim: added a note
4360
4361 ------------------------------------------------------------------------
4362 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4363 Changed paths:
4364    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4365    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4366
4367  * wgsim-0.2.0
4368  * considerable code clean up
4369  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4370  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4371  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4372  * change in accordant with wgsim
4373
4374 ------------------------------------------------------------------------
4375 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4376 Changed paths:
4377    M /trunk/samtools/bam_index.c
4378    M /trunk/samtools/bamtk.c
4379
4380  * samtools-0.1.2-9
4381  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
4382
4383 ------------------------------------------------------------------------
4384 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
4385 Changed paths:
4386    M /trunk/samtools/bamtk.c
4387
4388 Fix annoying segv when invalid region specified.
4389
4390 ------------------------------------------------------------------------
4391 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
4392 Changed paths:
4393    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4394    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4395
4396  * move indel_filter.pl to samtools.pl
4397
4398 ------------------------------------------------------------------------
4399 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
4400 Changed paths:
4401    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4402    M /trunk/samtools/bamtk.c
4403
4404  * samtools-0.1.2-7
4405  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
4406
4407 ------------------------------------------------------------------------
4408 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
4409 Changed paths:
4410    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4411    M /trunk/samtools/bamtk.c
4412
4413  * samtools-0.1.2-7
4414  * fixed a minor bug in flagstat
4415
4416 ------------------------------------------------------------------------
4417 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
4418 Changed paths:
4419    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4420    M /trunk/samtools/bamtk.c
4421    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4422
4423  * samtools-0.1.2-6
4424  * improve indel caller by setting maximum window size
4425
4426 ------------------------------------------------------------------------
4427 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
4428 Changed paths:
4429    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4430    M /trunk/samtools/bamtk.c
4431
4432  * output max mapping quality in indel line
4433
4434 ------------------------------------------------------------------------
4435 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
4436 Changed paths:
4437    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4438
4439 fixed a bug in generating tag AM
4440
4441 ------------------------------------------------------------------------
4442 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
4443 Changed paths:
4444    M /trunk/samtools/bam_index.c
4445    M /trunk/samtools/bamtk.c
4446
4447 fixed a potential memory problem in indexing
4448
4449 ------------------------------------------------------------------------
4450 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
4451 Changed paths:
4452    M /trunk/samtools/Makefile
4453
4454 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
4455
4456 ------------------------------------------------------------------------
4457 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
4458 Changed paths:
4459    M /trunk/samtools/ChangeLog
4460    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4461    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4462    M /trunk/samtools/bamtk.c
4463
4464  * samtools-0.1.2-3
4465  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
4466  * improve flagstat report a little bit
4467
4468 ------------------------------------------------------------------------
4469 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
4470 Changed paths:
4471    M /trunk/samtools/Makefile
4472    A /trunk/samtools/bam_stat.c
4473    M /trunk/samtools/bamtk.c
4474
4475  * samtools-0.1.2-1
4476  * added flagstat command
4477
4478 ------------------------------------------------------------------------
4479 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4480 Changed paths:
4481    M /trunk/samtools/ChangeLog
4482    M /trunk/samtools/NEWS
4483    M /trunk/samtools/bamtk.c
4484    M /trunk/samtools/samtools.1
4485
4486 Release SAMtools-0.1.2
4487
4488 ------------------------------------------------------------------------
4489 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4490 Changed paths:
4491    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4492
4493 Script for filtering indel results
4494
4495 ------------------------------------------------------------------------
4496 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
4497 Changed paths:
4498    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
4499
4500 convert ZOOM to SAM
4501
4502 ------------------------------------------------------------------------
4503 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
4504 Changed paths:
4505    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
4506
4507 add a script to convert novo alignment to SAM
4508
4509 ------------------------------------------------------------------------
4510 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
4511 Changed paths:
4512    M /trunk/samtools/ChangeLog
4513    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
4514    M /trunk/samtools/samtools.1
4515
4516 update documentation and ChangeLog
4517
4518 ------------------------------------------------------------------------
4519 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
4520 Changed paths:
4521    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4522    M /trunk/samtools/bamtk.c
4523
4524  * samtools-0.1.1-19
4525  * fixed a bug in "merge" command line
4526
4527 ------------------------------------------------------------------------
4528 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4529 Changed paths:
4530    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4531    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
4532    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
4533    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
4534    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
4535    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
4536
4537  * merge from branches/dev/
4538  * all future development will happen here
4539
4540 ------------------------------------------------------------------------
4541 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4542 Changed paths:
4543    M /trunk/samtools/COPYING
4544    M /trunk/samtools/ChangeLog
4545    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
4546    M /trunk/samtools/Makefile
4547    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
4548    M /trunk/samtools/bam.c
4549    M /trunk/samtools/bam.h
4550    M /trunk/samtools/bam_import.c
4551    M /trunk/samtools/bam_index.c
4552    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4553    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4554    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4555    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
4556    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4557    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4558    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
4559    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4560    M /trunk/samtools/bamtk.c
4561    M /trunk/samtools/bgzf.h
4562    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
4563    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
4564    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
4565    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4566    M /trunk/samtools/faidx.c
4567    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
4568    M /trunk/samtools/glf.h
4569    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4570    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4571    M /trunk/samtools/razf.c
4572    M /trunk/samtools/source.dot
4573
4574  * Merge from branches/dev/
4575  * all future development will happen here at trunk/
4576
4577 ------------------------------------------------------------------------
4578 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
4579 Changed paths:
4580    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4581    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4582
4583 Fix problem with compiling without curses.
4584
4585 ------------------------------------------------------------------------
4586 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4587 Changed paths:
4588    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
4589
4590 Create trunk copy
4591
4592 ------------------------------------------------------------------------
4593 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4594 Changed paths:
4595    A /branches/dev/samtools/NEWS
4596    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4597    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4598
4599 Release samtools-0.1.1
4600
4601 ------------------------------------------------------------------------
4602 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
4603 Changed paths:
4604    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4605    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4606    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4607    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4608    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4609    M /branches/dev/samtools/razf.c
4610    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4611
4612  * samtools-0.1.0-66
4613  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
4614  * fixed a memory leak in parsing a region
4615  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
4616  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
4617  * fixed a bug in indexing for small alignment
4618  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
4619  * updated documentation
4620  * prepare to release 0.1.1
4621
4622 ------------------------------------------------------------------------
4623 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4624 Changed paths:
4625    A /branches/dev/samtools/examples
4626    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
4627    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
4628    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
4629    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
4630
4631 example
4632
4633 ------------------------------------------------------------------------
4634 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4635 Changed paths:
4636    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4637
4638 update ChangeLog
4639
4640 ------------------------------------------------------------------------
4641 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
4642 Changed paths:
4643    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4644
4645  * added comments
4646  * fixed several bugs
4647
4648 ------------------------------------------------------------------------
4649 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
4650 Changed paths:
4651    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4652
4653 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
4654
4655 ------------------------------------------------------------------------
4656 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
4657 Changed paths:
4658    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4659    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4660    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4661    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4662    A /branches/dev/samtools/source.dot
4663
4664  * samtools-0.1.0-65
4665  * pileup: generate maq-like simple output
4666  * pileup: allow to output pileup at required sites
4667  * source.dot: source file relationship graph
4668  * tview: fixed a minor bug
4669
4670 ------------------------------------------------------------------------
4671 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
4672 Changed paths:
4673    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4674
4675 remove all2sam.pl
4676
4677 ------------------------------------------------------------------------
4678 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
4679 Changed paths:
4680    A /branches/dev/samtools/COPYING
4681    M /branches/dev/samtools/bam.h
4682    M /branches/dev/samtools/faidx.h
4683    M /branches/dev/samtools/khash.h
4684    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4685    M /branches/dev/samtools/ksort.h
4686    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4687
4688 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
4689
4690 ------------------------------------------------------------------------
4691 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4692 Changed paths:
4693    M /branches/dev/samtools/bam.c
4694    M /branches/dev/samtools/bam.h
4695    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4696    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4697    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4698
4699  * samtools-0.1.0-64
4700  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
4701
4702 ------------------------------------------------------------------------
4703 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4704 Changed paths:
4705    M /branches/dev/samtools/bam.c
4706    M /branches/dev/samtools/bam.h
4707    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4708    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4709    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4710
4711  * samtools-0.1.0-63
4712  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
4713
4714 ------------------------------------------------------------------------
4715 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
4716 Changed paths:
4717    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4718    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4719    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4720
4721  * samtools-0.1.0-62
4722  * fixed a memory leak
4723
4724 ------------------------------------------------------------------------
4725 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
4726 Changed paths:
4727    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4728    M /branches/dev/samtools/bam.h
4729    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4730
4731 update documentation, ChangeLog and a comment
4732
4733 ------------------------------------------------------------------------
4734 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
4735 Changed paths:
4736    M /branches/dev/samtools/Makefile
4737    M /branches/dev/samtools/bam.h
4738    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4739    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
4740    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4741    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4742    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4743    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4744
4745  * samtools-0.1.0-61
4746  * moved pileup command to a separate source file
4747  * added indel caller
4748  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
4749  * updated documentation
4750
4751 ------------------------------------------------------------------------
4752 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
4753 Changed paths:
4754    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4755    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4756
4757  * samtools-0.1.0-60
4758  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
4759
4760 ------------------------------------------------------------------------
4761 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
4762 Changed paths:
4763    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4764    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4765    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4766
4767  * samtools-0.1.0-59
4768  * pileup: outputing consensus is now optional
4769  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
4770    I am not quite sure why the previous version may have problem.
4771
4772 ------------------------------------------------------------------------
4773 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
4774 Changed paths:
4775    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4776    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4777
4778  * samtools-0.1.0-58
4779  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
4780    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
4781    and imposing it would make it harder to generate for other language
4782    bindings.
4783
4784 ------------------------------------------------------------------------
4785 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4786 Changed paths:
4787    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4788
4789 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
4790
4791 ------------------------------------------------------------------------
4792 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4793 Changed paths:
4794    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4795
4796 update manual
4797
4798 ------------------------------------------------------------------------
4799 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
4800 Changed paths:
4801    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4802    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4803
4804  * samtools-0.1.0-57
4805  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
4806  * made the parser a bit more robust
4807
4808 ------------------------------------------------------------------------
4809 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4810 Changed paths:
4811    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4812    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4813    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4814
4815  * samtools-0.1.0-56
4816  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
4817  * fixed a typo in bam_index.c
4818  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
4819
4820 ------------------------------------------------------------------------
4821 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
4822 Changed paths:
4823    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4824
4825 update manual
4826
4827 ------------------------------------------------------------------------
4828 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4829 Changed paths:
4830    M /branches/dev/samtools/bam.h
4831    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4832    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4833
4834  * samtools-0.1.0-55
4835  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
4836  * removed -v from pileup
4837  * made pileup take the reference sequence
4838
4839 ------------------------------------------------------------------------
4840 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
4841 Changed paths:
4842    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4843    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4844    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4845
4846  * samtools-0.1.0-54
4847  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
4848  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
4849
4850 ------------------------------------------------------------------------
4851 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4852 Changed paths:
4853    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4854
4855 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
4856
4857 ------------------------------------------------------------------------
4858 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4859 Changed paths:
4860    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4861
4862 also calculate unordered md5sum check
4863
4864 ------------------------------------------------------------------------
4865 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4866 Changed paths:
4867    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4868
4869 fixed a minor bug when there are space in the sequence
4870
4871 ------------------------------------------------------------------------
4872 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4873 Changed paths:
4874    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4875
4876 fixed a potential memory leak
4877
4878 ------------------------------------------------------------------------
4879 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
4880 Changed paths:
4881    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4882    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4883    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4884
4885  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
4886
4887 ------------------------------------------------------------------------
4888 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
4889 Changed paths:
4890    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4891
4892 nothing, really
4893
4894 ------------------------------------------------------------------------
4895 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4896 Changed paths:
4897    M /branches/dev/samtools/Makefile
4898    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4899    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
4900    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
4901    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
4902    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4903
4904  * fixed two warnings in kseq.h
4905  * added md5sum utilities
4906
4907 ------------------------------------------------------------------------
4908 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
4909 Changed paths:
4910    M /branches/dev/samtools/Makefile
4911    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4912    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4913    A /branches/dev/samtools/kseq.h
4914    D /branches/dev/samtools/kstream.h
4915
4916  * samtools-0.1.0-52
4917  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
4918    extra functions in kseq.h.
4919  * also compile stand-alone faidx
4920
4921 ------------------------------------------------------------------------
4922 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4923 Changed paths:
4924    M /branches/dev/samtools/bam.h
4925    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4926    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4927
4928  * samtools-0.1.0-51
4929  * sorting by read names is available
4930
4931 ------------------------------------------------------------------------
4932 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
4933 Changed paths:
4934    M /branches/dev/samtools/bam.c
4935    M /branches/dev/samtools/bam.h
4936    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4937    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4938    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4939    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
4940    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4941    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4942    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4943
4944  * samtools-0.1.0-50
4945  * format change to meet the latest specification
4946
4947 ------------------------------------------------------------------------
4948 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
4949 Changed paths:
4950    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4951    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4952
4953  * minor change in maqcns: special care when n==0
4954  * change maq2sam to meet the latest specification
4955
4956 ------------------------------------------------------------------------
4957 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
4958 Changed paths:
4959    M /branches/dev/samtools/razf.c
4960    M /branches/dev/samtools/razf.h
4961
4962 considerable code clean up in razf
4963
4964 ------------------------------------------------------------------------
4965 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
4966 Changed paths:
4967    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4968    M /branches/dev/samtools/Makefile
4969    M /branches/dev/samtools/faidx.c
4970
4971 make RAZF optional in faidx.c
4972
4973 ------------------------------------------------------------------------
4974 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
4975 Changed paths:
4976    M /branches/dev/samtools/Makefile
4977    M /branches/dev/samtools/bam.h
4978    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4979    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4980    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4981
4982  * samtools-0.1.0-49
4983  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
4984
4985 ------------------------------------------------------------------------
4986 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
4987 Changed paths:
4988    M /branches/dev/samtools/bam.c
4989    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4990    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4991    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4992    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4993    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4994
4995  * samtools-0.1.0-48
4996  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
4997  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
4998  * supporting hex strings
4999
5000 ------------------------------------------------------------------------
5001 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5002 Changed paths:
5003    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5004    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5005
5006  * samtools-0.1.0-47
5007  * fixed the bug in maqcns
5008
5009 ------------------------------------------------------------------------
5010 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5011 Changed paths:
5012    M /branches/dev/samtools/Makefile
5013    M /branches/dev/samtools/bam.h
5014    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5015    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
5016    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5017    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5018    A /branches/dev/samtools/glf.h
5019
5020  * samtools-0.1.0-46
5021  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
5022
5023 ------------------------------------------------------------------------
5024 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
5025 Changed paths:
5026    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5027    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5028    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5029
5030  * samtools-0.1.0-45
5031  * tview: display padded alignment (but not P operation)
5032  * better coordinates and reference sequence
5033
5034 ------------------------------------------------------------------------
5035 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
5036 Changed paths:
5037    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5038
5039 new ChangeLog
5040
5041 ------------------------------------------------------------------------
5042 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5043 Changed paths:
5044    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
5045    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
5046
5047 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
5048 the log of my personal SVN repository.
5049
5050 ------------------------------------------------------------------------
5051 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
5052 Changed paths:
5053    M /branches/dev/samtools/Makefile
5054    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5055    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5056
5057  * samtools-0.1.0-44
5058  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
5059    missing these declarations will make bgzf buggy
5060  * get rid of some harmless warings
5061  * use BGZF by default, now
5062
5063 ------------------------------------------------------------------------
5064 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5065 Changed paths:
5066    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5067    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5068    M /branches/dev/samtools/razf.c
5069
5070  * samtools-0.1.0-43
5071  * fixed a bug in razf_read()
5072  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
5073
5074 ------------------------------------------------------------------------
5075 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5076 Changed paths:
5077    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5078
5079 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
5080
5081 ------------------------------------------------------------------------
5082 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5083 Changed paths:
5084    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5085
5086  * samtools-0.1.0-42
5087  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
5088    also update the version number anyway to avoid confusion
5089
5090 ------------------------------------------------------------------------
5091 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5092 Changed paths:
5093    M /branches/dev/samtools/razf.c
5094
5095 a change from Jue, but I think it should not matter
5096
5097 ------------------------------------------------------------------------
5098 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
5099 Changed paths:
5100    M /branches/dev/samtools/razf.c
5101
5102 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
5103 rarely happens, very rarely.
5104
5105 ------------------------------------------------------------------------
5106 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5107 Changed paths:
5108    M /branches/dev/samtools/razf.c
5109
5110 fixed a bug in razf, with the help of Jue
5111
5112 ------------------------------------------------------------------------
5113 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5114 Changed paths:
5115    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5116
5117 remove a comment
5118
5119 ------------------------------------------------------------------------
5120 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5121 Changed paths:
5122    M /branches/dev/samtools/Makefile
5123    M /branches/dev/samtools/bam.h
5124    M /branches/dev/samtools/razf.c
5125    M /branches/dev/samtools/razf.h
5126
5127  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
5128
5129 ------------------------------------------------------------------------
5130 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5131 Changed paths:
5132    A /branches/dev/samtools/samtools.1
5133
5134 the manual page
5135
5136 ------------------------------------------------------------------------
5137 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
5138 Changed paths:
5139    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5140    A /branches/dev/samtools/Makefile
5141    A /branches/dev/samtools/bam.c
5142    A /branches/dev/samtools/bam.h
5143    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5144    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
5145    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
5146    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
5147    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
5148    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5149    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5150    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5151    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
5152    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
5153    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
5154    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
5155    A /branches/dev/samtools/faidx.c
5156    A /branches/dev/samtools/faidx.h
5157    A /branches/dev/samtools/khash.h
5158    A /branches/dev/samtools/ksort.h
5159    A /branches/dev/samtools/kstream.h
5160    A /branches/dev/samtools/misc
5161    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5162    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5163    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5164    A /branches/dev/samtools/razf.c
5165    A /branches/dev/samtools/razf.h
5166    A /branches/dev/samtools/razip.c
5167    A /branches/dev/samtools/zutil.h
5168
5169 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
5170 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
5171
5172 ------------------------------------------------------------------------
5173 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5174 Changed paths:
5175    A /branches/dev/samtools
5176
5177 samtools (C version)
5178
5179 ------------------------------------------------------------------------