ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_md.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.3-6 (r244)
   8  * fixed segfault for unmapped reads
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bam.h
  14    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  15    M /trunk/samtools/bam_md.c
  16    M /trunk/samtools/bamtk.c
  17
  18  * samtools-0.1.3-5 (r243)
  19  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
  20  * check MD
  21  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
  22
  23 ------------------------------------------------------------------------
  24 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
  25 Changed paths:
  26    M /trunk/samtools/bam_md.c
  27    M /trunk/samtools/bamtk.c
  28
  29  * samtools-0.1.3-4 (r242)
  30  * fixed a memory leak
  31
  32 ------------------------------------------------------------------------
  33 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
  34 Changed paths:
  35    M /trunk/samtools/Makefile
  36    M /trunk/samtools/Makefile.lite
  37    M /trunk/samtools/bam.h
  38    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  39    A /trunk/samtools/bam_md.c
  40    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  41    M /trunk/samtools/bamtk.c
  42
  43  * samtools-0.1.3-3 (r240)
  44  * generate MD tag
  45  * generate "=" bases
  46  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
  47
  48 ------------------------------------------------------------------------
  49 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
  50 Changed paths:
  51    M /trunk/samtools/bam.h
  52    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  53    M /trunk/samtools/bamtk.c
  54
  55  * samtools-0.1.3-2 (r239)
  56  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
  57  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
  58  * added tagview for testing bam_aux
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  64    M /trunk/samtools/bamtk.c
  65
  66  * samtools-0.1.3-1
  67  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
  68
  69 ------------------------------------------------------------------------
  70 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
  71 Changed paths:
  72    M /trunk/samtools/Makefile.lite
  73
  74 a missing file in Makefile.lite
  75
  76 ------------------------------------------------------------------------
  77 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
  78 Changed paths:
  79    M /trunk/samtools/NEWS
  80    M /trunk/samtools/bamtk.c
  81
  82 Release samtools-0.1.3
  83
  84 ------------------------------------------------------------------------
  85 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
  86 Changed paths:
  87    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  88    M /trunk/samtools/bamtk.c
  89
  90  * samtools-0.1.2-28
  91  * make samtools more robust to weird input such as empty file
  92
  93 ------------------------------------------------------------------------
  94 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
  95 Changed paths:
  96    M /trunk/samtools/ChangeLog
  97    M /trunk/samtools/NEWS
  98    M /trunk/samtools/samtools.1
  99
 100 prepare for release 0.1.3
 101
 102 ------------------------------------------------------------------------
 103 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 104 Changed paths:
 105    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
 106
 107 convert NCBI-BLASTN to SAM
 108
 109 ------------------------------------------------------------------------
 110 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 111 Changed paths:
 112    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 113    M /trunk/samtools/bamtk.c
 114
 115  * samtools-0.1.2-27
 116  * fixed a small memory leak in tview
 117
 118 ------------------------------------------------------------------------
 119 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 120 Changed paths:
 121    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 122    M /trunk/samtools/bamtk.c
 123
 124  * samtools-0.1.2-26
 125  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
 126
 127 ------------------------------------------------------------------------
 128 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
 129 Changed paths:
 130    M /trunk/samtools/ChangeLog
 131    M /trunk/samtools/NEWS
 132
 133 proposed NEWS for the new release (have not yet)
 134
 135 ------------------------------------------------------------------------
 136 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 137 Changed paths:
 138    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 139
 140  * samtools.pl-0.1.1
 141  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
 142    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
 143
 144 ------------------------------------------------------------------------
 145 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 146 Changed paths:
 147    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 148    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 149    M /trunk/samtools/bamtk.c
 150    M /trunk/samtools/samtools.1
 151
 152  * samtools-0.1.2-25
 153  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
 154    containing indels
 155
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
 158 Changed paths:
 159    M /trunk/samtools/ChangeLog
 160
 161 update ChangeLog from "svn log"
 162
 163 ------------------------------------------------------------------------
 164 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
 165 Changed paths:
 166    M /trunk/samtools/bam.c
 167    M /trunk/samtools/bam_import.c
 168    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 169    M /trunk/samtools/bamtk.c
 170    M /trunk/samtools/kseq.h
 171
 172  * samtools-0.1.2-24
 173  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
 174  * allow empty header
 175
 176 ------------------------------------------------------------------------
 177 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 178 Changed paths:
 179    M /trunk/samtools/bam.c
 180    M /trunk/samtools/bam_import.c
 181    M /trunk/samtools/bamtk.c
 182
 183  * samtools-0.1.2-23
 184  * recognize '*' at the QUAL field
 185
 186 ------------------------------------------------------------------------
 187 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 188 Changed paths:
 189    M /trunk/samtools/bam_import.c
 190    M /trunk/samtools/bamtk.c
 191    M /trunk/samtools/kseq.h
 192
 193  * samtools-0.1.2-22
 194  * the field separater is TAB only, now
 195
 196 ------------------------------------------------------------------------
 197 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 198 Changed paths:
 199    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 200
 201  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
 205 Changed paths:
 206    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 207    M /trunk/samtools/bamtk.c
 208    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 209
 210  * samtools-0.1.2-21
 211  * fixed a nasty bug in `fixmate'
 212
 213 ------------------------------------------------------------------------
 214 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 215 Changed paths:
 216    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 217    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 218    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 219
 220 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
 221
 222 ------------------------------------------------------------------------
 223 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 224 Changed paths:
 225    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 226    M /trunk/samtools/bamtk.c
 227
 228  * samtools-0.1.2-20
 229  * check if file is truncated in flagstat
 230
 231 ------------------------------------------------------------------------
 232 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 233 Changed paths:
 234    M /trunk/samtools/bamtk.c
 235
 236  * samtools-0.1.2-19
 237  * print the header if requested
 238
 239 ------------------------------------------------------------------------
 240 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
 241 Changed paths:
 242    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 243    M /trunk/samtools/bamtk.c
 244
 245  * samtools-0.1.2-18
 246  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
 247
 248 ------------------------------------------------------------------------
 249 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
 250 Changed paths:
 251    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
 252    D /trunk/samtools/Makefile.std
 253    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
 254    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
 255
 256 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
 257
 258 ------------------------------------------------------------------------
 259 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 260 Changed paths:
 261    D /trunk/samtools/Makefile
 262    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
 263    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 264    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 265    M /trunk/samtools/bamtk.c
 266    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 267    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
 268    M /trunk/samtools/samtools.1
 269
 270  * samtools-0.1.2-17
 271  * incorporating Nils' changes
 272  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
 273
 274 ------------------------------------------------------------------------
 275 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 276 Changed paths:
 277    M /trunk/samtools/Makefile
 278    M /trunk/samtools/bam_import.c
 279    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 280    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 281    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 282    M /trunk/samtools/bamtk.c
 283    M /trunk/samtools/kseq.h
 284    A /trunk/samtools/kstring.c
 285    A /trunk/samtools/kstring.h
 286
 287  * samtools-0.1.2-16
 288  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 289  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
 290
 291 ------------------------------------------------------------------------
 292 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
 293 Changed paths:
 294    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 295
 296  * soap2sam.pl-0.1.2
 297  * more robust to truncated soap output
 298
 299 ------------------------------------------------------------------------
 300 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
 301 Changed paths:
 302    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 303
 304 added bam_stat.o to Makefile.lite
 305
 306 ------------------------------------------------------------------------
 307 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 308 Changed paths:
 309    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 310    M /trunk/samtools/bamtk.c
 311
 312  * samtools-0.1.2-15
 313  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
 314
 315 ------------------------------------------------------------------------
 316 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 317 Changed paths:
 318    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 319    M /trunk/samtools/bamtk.c
 320    M /trunk/samtools/glf.c
 321    M /trunk/samtools/glf.h
 322    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 323
 324  * samtools-0.1.2-14
 325  * implemented GLFv3
 326
 327 ------------------------------------------------------------------------
 328 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 329 Changed paths:
 330    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 331    M /trunk/samtools/bamtk.c
 332
 333  * samtools-0.1.2-13
 334  * fixed a minor bug in displaying pileup
 335
 336 ------------------------------------------------------------------------
 337 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 338 Changed paths:
 339    M /trunk/samtools/ChangeLog
 340    M /trunk/samtools/bamtk.c
 341
 342  * samtools-0.1.2-12
 343  * optionally print SAM header
 344
 345 ------------------------------------------------------------------------
 346 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
 347 Changed paths:
 348    M /trunk/samtools/bamtk.c
 349    M /trunk/samtools/glf.c
 350
 351  * samtools-0.1.2-11
 352  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
 353
 354 ------------------------------------------------------------------------
 355 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
 356 Changed paths:
 357    M /trunk/samtools/Makefile
 358    M /trunk/samtools/bam_import.c
 359    M /trunk/samtools/bam_index.c
 360    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 361    M /trunk/samtools/bamtk.c
 362    M /trunk/samtools/glf.c
 363    M /trunk/samtools/glf.h
 364
 365  * samtools-0.1.2-10
 366  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 367  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 368  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
 372 Changed paths:
 373    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 374
 375  * wgsim-0.2.3
 376  * fixed a bug in simulating indels
 377
 378 ------------------------------------------------------------------------
 379 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
 380 Changed paths:
 381    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 382
 383  * wgsim-0.2.2
 384  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
 385    not like long read names.
 386
 387 ------------------------------------------------------------------------
 388 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
 389 Changed paths:
 390    M /trunk/samtools/ChangeLog
 391    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 392    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 393
 394  * wgsim-0.2.1
 395  * fixed a bug about color read coordinates
 396  * fixed a bug in read names
 397  * wgsim_eval.pl-0.1.3
 398  * make the script work with color reads
 399
 400 ------------------------------------------------------------------------
 401 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
 402 Changed paths:
 403    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 404    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 405
 406  * wgsim: added a note
 407
 408 ------------------------------------------------------------------------
 409 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
 410 Changed paths:
 411    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 412    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 413
 414  * wgsim-0.2.0
 415  * considerable code clean up
 416  * print number of substitutions/indels/errors on each read
 417  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 418  * wgsim_eval.pl-0.1.2
 419  * change in accordant with wgsim
 420
 421 ------------------------------------------------------------------------
 422 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
 423 Changed paths:
 424    M /trunk/samtools/bam_index.c
 425    M /trunk/samtools/bamtk.c
 426
 427  * samtools-0.1.2-9
 428  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
 429
 430 ------------------------------------------------------------------------
 431 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
 432 Changed paths:
 433    M /trunk/samtools/bamtk.c
 434
 435 Fix annoying segv when invalid region specified.
 436
 437 ------------------------------------------------------------------------
 438 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
 439 Changed paths:
 440    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 441    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 442
 443  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 444
 445 ------------------------------------------------------------------------
 446 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 447 Changed paths:
 448    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 449    M /trunk/samtools/bamtk.c
 450
 451  * samtools-0.1.2-7
 452  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 456 Changed paths:
 457    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 458    M /trunk/samtools/bamtk.c
 459
 460  * samtools-0.1.2-7
 461  * fixed a minor bug in flagstat
 462
 463 ------------------------------------------------------------------------
 464 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 465 Changed paths:
 466    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 467    M /trunk/samtools/bamtk.c
 468    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 469
 470  * samtools-0.1.2-6
 471  * improve indel caller by setting maximum window size
 472
 473 ------------------------------------------------------------------------
 474 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
 475 Changed paths:
 476    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 477    M /trunk/samtools/bamtk.c
 478
 479  * output max mapping quality in indel line
 480
 481 ------------------------------------------------------------------------
 482 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
 483 Changed paths:
 484    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 485
 486 fixed a bug in generating tag AM
 487
 488 ------------------------------------------------------------------------
 489 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
 490 Changed paths:
 491    M /trunk/samtools/bam_index.c
 492    M /trunk/samtools/bamtk.c
 493
 494 fixed a potential memory problem in indexing
 495
 496 ------------------------------------------------------------------------
 497 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
 498 Changed paths:
 499    M /trunk/samtools/Makefile
 500
 501 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
 502
 503 ------------------------------------------------------------------------
 504 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
 505 Changed paths:
 506    M /trunk/samtools/ChangeLog
 507    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 508    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 509    M /trunk/samtools/bamtk.c
 510
 511  * samtools-0.1.2-3
 512  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 513  * improve flagstat report a little bit
 514
 515 ------------------------------------------------------------------------
 516 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
 517 Changed paths:
 518    M /trunk/samtools/Makefile
 519    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 520    M /trunk/samtools/bamtk.c
 521
 522  * samtools-0.1.2-1
 523  * added flagstat command
 524
 525 ------------------------------------------------------------------------
 526 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 527 Changed paths:
 528    M /trunk/samtools/ChangeLog
 529    M /trunk/samtools/NEWS
 530    M /trunk/samtools/bamtk.c
 531    M /trunk/samtools/samtools.1
 532
 533 Release SAMtools-0.1.2
 534
 535 ------------------------------------------------------------------------
 536 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 537 Changed paths:
 538    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 539
 540 Script for filtering indel results
 541
 542 ------------------------------------------------------------------------
 543 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 544 Changed paths:
 545    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 546
 547 convert ZOOM to SAM
 548
 549 ------------------------------------------------------------------------
 550 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 551 Changed paths:
 552    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 553
 554 add a script to convert novo alignment to SAM
 555
 556 ------------------------------------------------------------------------
 557 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 558 Changed paths:
 559    M /trunk/samtools/ChangeLog
 560    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 561    M /trunk/samtools/samtools.1
 562
 563 update documentation and ChangeLog
 564
 565 ------------------------------------------------------------------------
 566 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 567 Changed paths:
 568    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 569    M /trunk/samtools/bamtk.c
 570
 571  * samtools-0.1.1-19
 572  * fixed a bug in "merge" command line
 573
 574 ------------------------------------------------------------------------
 575 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 576 Changed paths:
 577    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 578    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 579    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 580    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 581    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 582    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 583
 584  * merge from branches/dev/
 585  * all future development will happen here
 586
 587 ------------------------------------------------------------------------
 588 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 589 Changed paths:
 590    M /trunk/samtools/COPYING
 591    M /trunk/samtools/ChangeLog
 592    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 593    M /trunk/samtools/Makefile
 594    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 595    M /trunk/samtools/bam.c
 596    M /trunk/samtools/bam.h
 597    M /trunk/samtools/bam_import.c
 598    M /trunk/samtools/bam_index.c
 599    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 600    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 601    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 602    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 603    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 604    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 605    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 606    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 607    M /trunk/samtools/bamtk.c
 608    M /trunk/samtools/bgzf.h
 609    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 610    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 611    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 612    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 613    M /trunk/samtools/faidx.c
 614    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 615    M /trunk/samtools/glf.h
 616    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 617    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 618    M /trunk/samtools/razf.c
 619    M /trunk/samtools/source.dot
 620
 621  * Merge from branches/dev/
 622  * all future development will happen here at trunk/
 623
 624 ------------------------------------------------------------------------
 625 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 626 Changed paths:
 627    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 628    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 629
 630 Fix problem with compiling without curses.
 631
 632 ------------------------------------------------------------------------
 633 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 634 Changed paths:
 635    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 636
 637 Create trunk copy
 638
 639 ------------------------------------------------------------------------
 640 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 641 Changed paths:
 642    A /branches/dev/samtools/NEWS
 643    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 644    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 645
 646 Release samtools-0.1.1
 647
 648 ------------------------------------------------------------------------
 649 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 650 Changed paths:
 651    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 652    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 653    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 654    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 655    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 656    M /branches/dev/samtools/razf.c
 657    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 658
 659  * samtools-0.1.0-66
 660  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 661  * fixed a memory leak in parsing a region
 662  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 663  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 664  * fixed a bug in indexing for small alignment
 665  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 666  * updated documentation
 667  * prepare to release 0.1.1
 668
 669 ------------------------------------------------------------------------
 670 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 671 Changed paths:
 672    A /branches/dev/samtools/examples
 673    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 674    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 675    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 676    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 677
 678 example
 679
 680 ------------------------------------------------------------------------
 681 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 682 Changed paths:
 683    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 684
 685 update ChangeLog
 686
 687 ------------------------------------------------------------------------
 688 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 689 Changed paths:
 690    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 691
 692  * added comments
 693  * fixed several bugs
 694
 695 ------------------------------------------------------------------------
 696 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 697 Changed paths:
 698    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 699
 700 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 701
 702 ------------------------------------------------------------------------
 703 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 704 Changed paths:
 705    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 706    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 707    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 708    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 709    A /branches/dev/samtools/source.dot
 710
 711  * samtools-0.1.0-65
 712  * pileup: generate maq-like simple output
 713  * pileup: allow to output pileup at required sites
 714  * source.dot: source file relationship graph
 715  * tview: fixed a minor bug
 716
 717 ------------------------------------------------------------------------
 718 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 719 Changed paths:
 720    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 721
 722 remove all2sam.pl
 723
 724 ------------------------------------------------------------------------
 725 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 726 Changed paths:
 727    A /branches/dev/samtools/COPYING
 728    M /branches/dev/samtools/bam.h
 729    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 730    M /branches/dev/samtools/khash.h
 731    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 732    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 733    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 734
 735 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 736
 737 ------------------------------------------------------------------------
 738 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 739 Changed paths:
 740    M /branches/dev/samtools/bam.c
 741    M /branches/dev/samtools/bam.h
 742    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 743    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 744    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 745
 746  * samtools-0.1.0-64
 747  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 748
 749 ------------------------------------------------------------------------
 750 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 751 Changed paths:
 752    M /branches/dev/samtools/bam.c
 753    M /branches/dev/samtools/bam.h
 754    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 755    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 756    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 757
 758  * samtools-0.1.0-63
 759  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 760
 761 ------------------------------------------------------------------------
 762 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 763 Changed paths:
 764    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 765    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 766    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 767
 768  * samtools-0.1.0-62
 769  * fixed a memory leak
 770
 771 ------------------------------------------------------------------------
 772 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 773 Changed paths:
 774    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 775    M /branches/dev/samtools/bam.h
 776    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 777
 778 update documentation, ChangeLog and a comment
 779
 780 ------------------------------------------------------------------------
 781 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 782 Changed paths:
 783    M /branches/dev/samtools/Makefile
 784    M /branches/dev/samtools/bam.h
 785    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 786    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 787    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 788    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 789    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 790    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 791
 792  * samtools-0.1.0-61
 793  * moved pileup command to a separate source file
 794  * added indel caller
 795  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 796  * updated documentation
 797
 798 ------------------------------------------------------------------------
 799 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 800 Changed paths:
 801    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 802    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 803
 804  * samtools-0.1.0-60
 805  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 806
 807 ------------------------------------------------------------------------
 808 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 809 Changed paths:
 810    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 811    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 812    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 813
 814  * samtools-0.1.0-59
 815  * pileup: outputing consensus is now optional
 816  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 817    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 818
 819 ------------------------------------------------------------------------
 820 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 821 Changed paths:
 822    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 823    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 824
 825  * samtools-0.1.0-58
 826  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 827    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 828    and imposing it would make it harder to generate for other language
 829    bindings.
 830
 831 ------------------------------------------------------------------------
 832 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 833 Changed paths:
 834    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 835
 836 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 837
 838 ------------------------------------------------------------------------
 839 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 840 Changed paths:
 841    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 842
 843 update manual
 844
 845 ------------------------------------------------------------------------
 846 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 847 Changed paths:
 848    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 849    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 850
 851  * samtools-0.1.0-57
 852  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 853  * made the parser a bit more robust
 854
 855 ------------------------------------------------------------------------
 856 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 857 Changed paths:
 858    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 859    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 860    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 861
 862  * samtools-0.1.0-56
 863  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 864  * fixed a typo in bam_index.c
 865  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 866
 867 ------------------------------------------------------------------------
 868 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 869 Changed paths:
 870    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 871
 872 update manual
 873
 874 ------------------------------------------------------------------------
 875 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 876 Changed paths:
 877    M /branches/dev/samtools/bam.h
 878    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 879    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 880
 881  * samtools-0.1.0-55
 882  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 883  * removed -v from pileup
 884  * made pileup take the reference sequence
 885
 886 ------------------------------------------------------------------------
 887 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 888 Changed paths:
 889    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 890    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 891    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 892
 893  * samtools-0.1.0-54
 894  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 895  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 896
 897 ------------------------------------------------------------------------
 898 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 899 Changed paths:
 900    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 901
 902 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 903
 904 ------------------------------------------------------------------------
 905 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 906 Changed paths:
 907    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 908
 909 also calculate unordered md5sum check
 910
 911 ------------------------------------------------------------------------
 912 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 913 Changed paths:
 914    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 915
 916 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 917
 918 ------------------------------------------------------------------------
 919 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 920 Changed paths:
 921    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 922
 923 fixed a potential memory leak
 924
 925 ------------------------------------------------------------------------
 926 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 927 Changed paths:
 928    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 929    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 930    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 931
 932  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 933
 934 ------------------------------------------------------------------------
 935 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 936 Changed paths:
 937    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 938
 939 nothing, really
 940
 941 ------------------------------------------------------------------------
 942 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 943 Changed paths:
 944    M /branches/dev/samtools/Makefile
 945    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 946    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 947    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 948    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 949    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 950
 951  * fixed two warnings in kseq.h
 952  * added md5sum utilities
 953
 954 ------------------------------------------------------------------------
 955 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 956 Changed paths:
 957    M /branches/dev/samtools/Makefile
 958    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 959    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 960    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 961    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 962
 963  * samtools-0.1.0-52
 964  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 965    extra functions in kseq.h.
 966  * also compile stand-alone faidx
 967
 968 ------------------------------------------------------------------------
 969 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 970 Changed paths:
 971    M /branches/dev/samtools/bam.h
 972    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 973    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 974
 975  * samtools-0.1.0-51
 976  * sorting by read names is available
 977
 978 ------------------------------------------------------------------------
 979 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 980 Changed paths:
 981    M /branches/dev/samtools/bam.c
 982    M /branches/dev/samtools/bam.h
 983    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 984    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 985    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 986    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 987    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 988    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 989    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 990
 991  * samtools-0.1.0-50
 992  * format change to meet the latest specification
 993
 994 ------------------------------------------------------------------------
 995 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 996 Changed paths:
 997    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 998    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 999
1000  * minor change in maqcns: special care when n==0
1001  * change maq2sam to meet the latest specification
1002
1003 ------------------------------------------------------------------------
1004 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1005 Changed paths:
1006    M /branches/dev/samtools/razf.c
1007    M /branches/dev/samtools/razf.h
1008
1009 considerable code clean up in razf
1010
1011 ------------------------------------------------------------------------
1012 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1013 Changed paths:
1014    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1015    M /branches/dev/samtools/Makefile
1016    M /branches/dev/samtools/faidx.c
1017
1018 make RAZF optional in faidx.c
1019
1020 ------------------------------------------------------------------------
1021 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
1022 Changed paths:
1023    M /branches/dev/samtools/Makefile
1024    M /branches/dev/samtools/bam.h
1025    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1026    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1027    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1028
1029  * samtools-0.1.0-49
1030  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
1031
1032 ------------------------------------------------------------------------
1033 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
1034 Changed paths:
1035    M /branches/dev/samtools/bam.c
1036    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1037    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1038    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1039    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1040    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1041
1042  * samtools-0.1.0-48
1043  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
1044  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
1045  * supporting hex strings
1046
1047 ------------------------------------------------------------------------
1048 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1049 Changed paths:
1050    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1051    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1052
1053  * samtools-0.1.0-47
1054  * fixed the bug in maqcns
1055
1056 ------------------------------------------------------------------------
1057 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1058 Changed paths:
1059    M /branches/dev/samtools/Makefile
1060    M /branches/dev/samtools/bam.h
1061    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1062    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1063    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1064    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1065    A /branches/dev/samtools/glf.h
1066
1067  * samtools-0.1.0-46
1068  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
1069
1070 ------------------------------------------------------------------------
1071 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
1072 Changed paths:
1073    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1074    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1075    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1076
1077  * samtools-0.1.0-45
1078  * tview: display padded alignment (but not P operation)
1079  * better coordinates and reference sequence
1080
1081 ------------------------------------------------------------------------
1082 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
1083 Changed paths:
1084    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1085
1086 new ChangeLog
1087
1088 ------------------------------------------------------------------------
1089 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1090 Changed paths:
1091    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
1092    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
1093
1094 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
1095 the log of my personal SVN repository.
1096
1097 ------------------------------------------------------------------------
1098 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
1099 Changed paths:
1100    M /branches/dev/samtools/Makefile
1101    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1102    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1103
1104  * samtools-0.1.0-44
1105  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
1106    missing these declarations will make bgzf buggy
1107  * get rid of some harmless warings
1108  * use BGZF by default, now
1109
1110 ------------------------------------------------------------------------
1111 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1112 Changed paths:
1113    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1114    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1115    M /branches/dev/samtools/razf.c
1116
1117  * samtools-0.1.0-43
1118  * fixed a bug in razf_read()
1119  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
1120
1121 ------------------------------------------------------------------------
1122 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1123 Changed paths:
1124    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1125
1126 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
1127
1128 ------------------------------------------------------------------------
1129 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1130 Changed paths:
1131    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1132
1133  * samtools-0.1.0-42
1134  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
1135    also update the version number anyway to avoid confusion
1136
1137 ------------------------------------------------------------------------
1138 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1139 Changed paths:
1140    M /branches/dev/samtools/razf.c
1141
1142 a change from Jue, but I think it should not matter
1143
1144 ------------------------------------------------------------------------
1145 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
1146 Changed paths:
1147    M /branches/dev/samtools/razf.c
1148
1149 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
1150 rarely happens, very rarely.
1151
1152 ------------------------------------------------------------------------
1153 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1154 Changed paths:
1155    M /branches/dev/samtools/razf.c
1156
1157 fixed a bug in razf, with the help of Jue
1158
1159 ------------------------------------------------------------------------
1160 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1161 Changed paths:
1162    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1163
1164 remove a comment
1165
1166 ------------------------------------------------------------------------
1167 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1168 Changed paths:
1169    M /branches/dev/samtools/Makefile
1170    M /branches/dev/samtools/bam.h
1171    M /branches/dev/samtools/razf.c
1172    M /branches/dev/samtools/razf.h
1173
1174  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
1175
1176 ------------------------------------------------------------------------
1177 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1178 Changed paths:
1179    A /branches/dev/samtools/samtools.1
1180
1181 the manual page
1182
1183 ------------------------------------------------------------------------
1184 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
1185 Changed paths:
1186    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1187    A /branches/dev/samtools/Makefile
1188    A /branches/dev/samtools/bam.c
1189    A /branches/dev/samtools/bam.h
1190    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1191    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
1192    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
1193    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
1194    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
1195    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1196    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1197    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1198    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
1199    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
1200    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
1201    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
1202    A /branches/dev/samtools/faidx.c
1203    A /branches/dev/samtools/faidx.h
1204    A /branches/dev/samtools/khash.h
1205    A /branches/dev/samtools/ksort.h
1206    A /branches/dev/samtools/kstream.h
1207    A /branches/dev/samtools/misc
1208    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1209    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1210    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1211    A /branches/dev/samtools/razf.c
1212    A /branches/dev/samtools/razf.h
1213    A /branches/dev/samtools/razip.c
1214    A /branches/dev/samtools/zutil.h
1215
1216 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
1217 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
1218
1219 ------------------------------------------------------------------------
1220 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1221 Changed paths:
1222    A /branches/dev/samtools
1223
1224 samtools (C version)
1225
1226 ------------------------------------------------------------------------