ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bamtk.c
   5
   6 minor fix. No actual effect.
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
  10 Changed paths:
  11    M /trunk/samtools/Makefile
  12
  13 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
  14
  15 ------------------------------------------------------------------------
  16 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
  17 Changed paths:
  18    M /trunk/samtools/ChangeLog
  19    M /trunk/samtools/bam_index.c
  20    M /trunk/samtools/bamtk.c
  21
  22  * samtools-0.1.7-17 (r596)
  23  * also keep the number of coor-less reads in the index file
  24
  25 ------------------------------------------------------------------------
  26 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
  27 Changed paths:
  28    M /trunk/samtools/bam_index.c
  29    M /trunk/samtools/bamtk.c
  30
  31  * samtools-0.1.7-16 (r595)
  32  * write additional information to bam index
  33
  34 ------------------------------------------------------------------------
  35 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
  36 Changed paths:
  37    M /trunk/samtools/bam_index.c
  38
  39 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
  40
  41 ------------------------------------------------------------------------
  42 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
  43 Changed paths:
  44    M /trunk/samtools/bam.h
  45    M /trunk/samtools/bam_index.c
  46    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  47    M /trunk/samtools/samtools.1
  48
  49 rename iterf as iter
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/ChangeLog
  55    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  56    M /trunk/samtools/bam_index.c
  57    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  58    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  59    M /trunk/samtools/bamtk.c
  60
  61  * samtools-0.1.7-15 (r592)
  62  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
  63  * improved the functionality of mpileup
  64
  65 ------------------------------------------------------------------------
  66 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
  67 Changed paths:
  68    M /trunk/samtools/bam.h
  69    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  70    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  71    M /trunk/samtools/bamtk.c
  72
  73  * samtools-0.1.7-14 (r591)
  74  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
  75
  76 ------------------------------------------------------------------------
  77 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
  78 Changed paths:
  79    M /trunk/samtools/bam.h
  80    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  81    M /trunk/samtools/bamtk.c
  82
  83  * samtools-0.1.7-13 (r590)
  84  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
  85
  86 ------------------------------------------------------------------------
  87 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  88 Changed paths:
  89    M /trunk/samtools/bam.h
  90    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  91    M /trunk/samtools/bamtk.c
  92
  93  * samtools-0.1.7-12 (r589)
  94  * added iterator-like APIs for pileup
  95
  96 ------------------------------------------------------------------------
  97 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  98 Changed paths:
  99    M /trunk/samtools/bam_index.c
 100    M /trunk/samtools/bamtk.c
 101
 102  * samtools-0.1.7-11 (r588)
 103  * ported a few improvements from tabix back to samtools
 104
 105 ------------------------------------------------------------------------
 106 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
 107 Changed paths:
 108    M /trunk/samtools/bam.h
 109    M /trunk/samtools/bam_index.c
 110    M /trunk/samtools/bamtk.c
 111
 112  * samtools-0.1.7-10 (r587)
 113  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
 114
 115 ------------------------------------------------------------------------
 116 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
 117 Changed paths:
 118    M /trunk/samtools/Makefile
 119    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
 120    M /trunk/samtools/bamtk.c
 121    M /trunk/samtools/bgzf.c
 122
 123  * samtools-0.1.7-9 (r586)
 124  * added "reheader" to replace the BAM header
 125
 126 ------------------------------------------------------------------------
 127 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
 128 Changed paths:
 129    M /trunk/samtools/bam.c
 130    M /trunk/samtools/bamtk.c
 131    M /trunk/samtools/kstring.h
 132
 133  * samtools-0.1.7-8 (r585)
 134  * speed up "view"
 135
 136 ------------------------------------------------------------------------
 137 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
 138 Changed paths:
 139    M /trunk/samtools/bam.c
 140    M /trunk/samtools/bamtk.c
 141    M /trunk/samtools/bgzf.c
 142    M /trunk/samtools/bgzf.h
 143    M /trunk/samtools/kstring.h
 144    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 145
 146  * samtools-0.1.7-7 (r584)
 147  * ported tabix BGZF to samtools
 148  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
 149
 150 ------------------------------------------------------------------------
 151 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
 152 Changed paths:
 153    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
 154
 155 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
 158 Changed paths:
 159    M /trunk/samtools/samtools.1
 160
 161 Added a note about the indels coordinates
 162 ------------------------------------------------------------------------
 163 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
 164 Changed paths:
 165    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 166
 167 Added the possibility to print or not to print the reference allele
 168 ------------------------------------------------------------------------
 169 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
 170 Changed paths:
 171    M /trunk/samtools/sam_header.c
 172
 173 More descriptive message for space separated tags
 174 ------------------------------------------------------------------------
 175 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
 176 Changed paths:
 177    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 178
 179 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
 180 ------------------------------------------------------------------------
 181 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
 182 Changed paths:
 183    M /trunk/samtools/sam_header.c
 184
 185 Fixed the order of sequences in the header
 186 ------------------------------------------------------------------------
 187 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
 188 Changed paths:
 189    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 190
 191 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
 192 ------------------------------------------------------------------------
 193 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
 194 Changed paths:
 195    M /trunk/samtools/bam.c
 196
 197 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
 198 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
 199 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
 200
 201 ------------------------------------------------------------------------
 202 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
 203 Changed paths:
 204    M /trunk/samtools/AUTHORS
 205    M /trunk/samtools/bam.h
 206    M /trunk/samtools/bam_import.c
 207    M /trunk/samtools/sam_header.c
 208
 209 Improved efficiency of header parsing
 210 ------------------------------------------------------------------------
 211 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
 212 Changed paths:
 213    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 214
 215 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
 216
 217
 218 ------------------------------------------------------------------------
 219 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
 220 Changed paths:
 221    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 222
 223 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
 224 ------------------------------------------------------------------------
 225 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
 226 Changed paths:
 227    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 228
 229 Print an error for pileups in simple format
 230 ------------------------------------------------------------------------
 231 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
 232 Changed paths:
 233    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 234
 235 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
 236
 237 ------------------------------------------------------------------------
 238 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
 239 Changed paths:
 240    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 241
 242 Added possibility to specify a custom column title for the data column
 243 ------------------------------------------------------------------------
 244 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
 245 Changed paths:
 246    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 247
 248 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
 249 ------------------------------------------------------------------------
 250 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
 251 Changed paths:
 252    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 253
 254 Added VCF header
 255 ------------------------------------------------------------------------
 256 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
 257 Changed paths:
 258    M /trunk/samtools/ChangeLog
 259    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 260    M /trunk/samtools/bamtk.c
 261    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 262    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 263
 264  * samtools-0.1.7-6
 265  * fixed a bug in faidx
 266
 267 ------------------------------------------------------------------------
 268 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
 269 Changed paths:
 270    M /trunk/samtools/faidx.c
 271
 272 Put the right filename in the error message.
 273
 274 ------------------------------------------------------------------------
 275 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
 276 Changed paths:
 277    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 278    M /trunk/samtools/bamtk.c
 279
 280  * samtools-0.1.7-5 (r528)
 281  * further add new consensus generation strategy
 282
 283 ------------------------------------------------------------------------
 284 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 285 Changed paths:
 286    M /trunk/samtools/knetfile.c
 287
 288 Fixed a bug in knet_seek
 289 ------------------------------------------------------------------------
 290 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 291 Changed paths:
 292    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 293
 294 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
 295 ------------------------------------------------------------------------
 296 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 297 Changed paths:
 298    M /trunk/samtools/sam_header.c
 299
 300 Allow tabs in the CO header field
 301 ------------------------------------------------------------------------
 302 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
 303 Changed paths:
 304    M /trunk/samtools/Makefile
 305    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 306
 307 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
 308 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
 309
 310 ------------------------------------------------------------------------
 311 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
 312 Changed paths:
 313    M /trunk/samtools/Makefile
 314    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 315
 316 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
 317 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
 318 facilitate non-knet builds.
 319
 320 ------------------------------------------------------------------------
 321 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
 322 Changed paths:
 323    M /trunk/samtools/bamtk.c
 324    M /trunk/samtools/sam_view.c
 325
 326  * samtools-0.1.7-4 (r522)
 327  * fixed a bug in "view -r"
 328  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
 329
 330 ------------------------------------------------------------------------
 331 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
 332 Changed paths:
 333    M /trunk/samtools/bam_md.c
 334    M /trunk/samtools/bamtk.c
 335
 336  * samtools-0.1.7-3 (r521)
 337  * calmd: optionally mask matching bases as N
 338
 339 ------------------------------------------------------------------------
 340 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
 341 Changed paths:
 342    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 343    M /trunk/samtools/bamtk.c
 344    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 345
 346  * samtools-0.1.7-2 (r520)
 347  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
 348  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
 349
 350 ------------------------------------------------------------------------
 351 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
 352 Changed paths:
 353    M /trunk/samtools/Makefile
 354
 355 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
 356 as well, even with old-fashioned linkers.
 357
 358 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
 359 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
 360
 361 ------------------------------------------------------------------------
 362 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
 363 Changed paths:
 364    M /trunk/samtools/Makefile
 365    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 366
 367 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
 368
 369 ------------------------------------------------------------------------
 370 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
 371 Changed paths:
 372    M /trunk/samtools/bam_index.c
 373
 374 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
 375
 376 ------------------------------------------------------------------------
 377 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
 378 Changed paths:
 379    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
 380
 381 another example program
 382
 383 ------------------------------------------------------------------------
 384 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
 385 Changed paths:
 386    M /trunk/samtools/bam_import.c
 387    M /trunk/samtools/bamtk.c
 388    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 389    M /trunk/samtools/sam.c
 390
 391  * samtools-0.1.7-1 (r515)
 392  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
 393
 394 ------------------------------------------------------------------------
 395 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
 396 Changed paths:
 397    M /trunk/samtools/bam.c
 398
 399 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
 400
 401 ------------------------------------------------------------------------
 402 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 403 Changed paths:
 404    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 405
 406 Update Makefile.mingw for the same reason
 407
 408 ------------------------------------------------------------------------
 409 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 410 Changed paths:
 411    M /trunk/samtools/Makefile
 412
 413 Fixed a bug in compiling razip
 414
 415 ------------------------------------------------------------------------
 416 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
 417 Changed paths:
 418    M /trunk/samtools/ChangeLog
 419    M /trunk/samtools/NEWS
 420    M /trunk/samtools/bamtk.c
 421    M /trunk/samtools/samtools.1
 422
 423 Release samtools-0.1.7 (r510)
 424
 425 ------------------------------------------------------------------------
 426 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 427 Changed paths:
 428    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 429    M /trunk/samtools/bamtk.c
 430
 431  * samtools-0.1.6-22 (r509)
 432  * forget to fix a similar problem in glfgen
 433
 434 ------------------------------------------------------------------------
 435 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 436 Changed paths:
 437    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 438    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 439    M /trunk/samtools/bamtk.c
 440    M /trunk/samtools/sam_view.c
 441
 442  * samtools-0.1.6-21 (r508)
 443  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
 444
 445 ------------------------------------------------------------------------
 446 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
 447 Changed paths:
 448    M /trunk/samtools/bamtk.c
 449    M /trunk/samtools/sam_view.c
 450
 451  * samtools-0.1.6-19 (r494)
 452  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
 456 Changed paths:
 457    M /trunk/samtools/Makefile
 458    M /trunk/samtools/bam.c
 459    M /trunk/samtools/bam_import.c
 460    M /trunk/samtools/bamtk.c
 461    M /trunk/samtools/sam.c
 462    M /trunk/samtools/sam_header.c
 463
 464  * samtools-0.1.6-18 (r493)
 465  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 466  * a little code clean up in sam_header.c
 467
 468 ------------------------------------------------------------------------
 469 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
 470 Changed paths:
 471    M /trunk/samtools/sam_header.c
 472
 473 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
 474 ------------------------------------------------------------------------
 475 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 476 Changed paths:
 477    M /trunk/samtools/sam_view.c
 478
 479  * BUGGY VERSION
 480  * fixed a minor bug
 481
 482 ------------------------------------------------------------------------
 483 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
 484 Changed paths:
 485    M /trunk/samtools/bam.c
 486    M /trunk/samtools/bam.h
 487    M /trunk/samtools/bam_import.c
 488    M /trunk/samtools/sam.c
 489
 490  * BUGGY VERSION
 491  * improved the interface a bit
 492  * bug unfixed
 493
 494 ------------------------------------------------------------------------
 495 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 496 Changed paths:
 497    M /trunk/samtools/bam_import.c
 498    M /trunk/samtools/sam_header.c
 499    M /trunk/samtools/sam_header.h
 500
 501  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 502  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
 503
 504 ------------------------------------------------------------------------
 505 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 506 Changed paths:
 507    M /trunk/samtools/Makefile
 508    M /trunk/samtools/bam.c
 509    M /trunk/samtools/bam.h
 510    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 511    M /trunk/samtools/bam_import.c
 512    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 513    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 514    M /trunk/samtools/kaln.c
 515    M /trunk/samtools/sam.c
 516    M /trunk/samtools/sam_header.c
 517    M /trunk/samtools/sam_header.h
 518    M /trunk/samtools/sam_view.c
 519
 520  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 521  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
 522
 523 ------------------------------------------------------------------------
 524 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
 525 Changed paths:
 526    M /trunk/samtools/sam_header.c
 527    M /trunk/samtools/sam_header.h
 528
 529 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
 530 ------------------------------------------------------------------------
 531 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 532 Changed paths:
 533    M /trunk/samtools/sam_header.c
 534
 535
 536 ------------------------------------------------------------------------
 537 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 538 Changed paths:
 539    A /trunk/samtools/sam_header.c
 540    A /trunk/samtools/sam_header.h
 541
 542
 543 ------------------------------------------------------------------------
 544 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
 545 Changed paths:
 546    M /trunk/samtools/bam_import.c
 547    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 548    M /trunk/samtools/bamtk.c
 549    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 550
 551  * samtools-0.1.6-17 (r484)
 552  * fixed a memory leak in rmdupse
 553  * fixed a bug in parsing @RG header lines
 554  * test rmdup in examples/
 555
 556 ------------------------------------------------------------------------
 557 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 558 Changed paths:
 559    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 560    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 561    M /trunk/samtools/bamtk.c
 562
 563  * samtools-0.1.6-16 (r483)
 564  * unify the interface of rmdup and rmdupse
 565  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
 566
 567 ------------------------------------------------------------------------
 568 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 569 Changed paths:
 570    M /trunk/samtools/bam.h
 571    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 572    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 573    M /trunk/samtools/bamtk.c
 574    A /trunk/samtools/klist.h
 575
 576  * samtools-0.1.6-15 (r482)
 577  * rewrite rmdupse
 578  * rmdupse is now library aware
 579
 580 ------------------------------------------------------------------------
 581 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
 582 Changed paths:
 583    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 584    M /trunk/samtools/bamtk.c
 585
 586  * samtools-0.1.6-14 (r480)
 587  * rmdup is now RG aware
 588
 589 ------------------------------------------------------------------------
 590 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
 591 Changed paths:
 592    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 593
 594 added a small unitity to parse SRA XML files
 595
 596 ------------------------------------------------------------------------
 597 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
 598 Changed paths:
 599    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 600    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 601    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 602    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 603    M /trunk/samtools/bamtk.c
 604
 605  * samtools-0.1.6-13 (r479)
 606  * merge: optionally use file names as RG tags
 607
 608 ------------------------------------------------------------------------
 609 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
 610 Changed paths:
 611    M /trunk/samtools/bam.c
 612    M /trunk/samtools/bam.h
 613    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 614    M /trunk/samtools/bamtk.c
 615    M /trunk/samtools/kaln.c
 616
 617  * samtools-0.1.6-12 (r478)
 618  * fixed a bug in the indel caller
 619
 620 ------------------------------------------------------------------------
 621 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
 622 Changed paths:
 623    M /trunk/samtools/bam_index.c
 624    M /trunk/samtools/bamtk.c
 625
 626  * samtools-0.1.6-11 (r477)
 627  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
 628
 629 ------------------------------------------------------------------------
 630 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
 631 Changed paths:
 632    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 633
 634 Added the sam2vcf.pl script.
 635 ------------------------------------------------------------------------
 636 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
 637 Changed paths:
 638    M /trunk/samtools/Makefile
 639    M /trunk/samtools/bam.c
 640    M /trunk/samtools/bam.h
 641    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 642    M /trunk/samtools/bamtk.c
 643    A /trunk/samtools/kaln.c
 644    A /trunk/samtools/kaln.h
 645
 646 Unfinished modification. Please do not use this revision...
 647
 648 ------------------------------------------------------------------------
 649 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
 650 Changed paths:
 651    M /trunk/samtools/knetfile.c
 652
 653 Removed the offending knet_seek message.
 654 ------------------------------------------------------------------------
 655 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
 656 Changed paths:
 657    M /trunk/samtools/knetfile.c
 658    M /trunk/samtools/razf.c
 659
 660 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
 661 ------------------------------------------------------------------------
 662 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 663 Changed paths:
 664    M /trunk/samtools/samtools.1
 665
 666 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
 667
 668 ------------------------------------------------------------------------
 669 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 670 Changed paths:
 671    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 672
 673 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
 674
 675 ------------------------------------------------------------------------
 676 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 677 Changed paths:
 678    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 679    M /trunk/samtools/bamtk.c
 680    M /trunk/samtools/knetfile.c
 681    M /trunk/samtools/knetfile.h
 682
 683  * samtools-0.1.6-9 (r470)
 684  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
 685
 686 ------------------------------------------------------------------------
 687 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 688 Changed paths:
 689    M /trunk/samtools/bam_index.c
 690    M /trunk/samtools/bamtk.c
 691
 692  * samtools-0.1.6-9 (r469)
 693  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
 694
 695 ------------------------------------------------------------------------
 696 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
 697 Changed paths:
 698    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 699    M /trunk/samtools/bamtk.c
 700    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 701
 702  * samtools-0.1.6-7 (r468)
 703  * make merge stable
 704
 705 ------------------------------------------------------------------------
 706 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
 707 Changed paths:
 708    M /trunk/samtools/bgzf.c
 709    M /trunk/samtools/bgzip.c
 710    M /trunk/samtools/razf.c
 711    M /trunk/samtools/razip.c
 712
 713 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
 714 ------------------------------------------------------------------------
 715 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
 716 Changed paths:
 717    M /trunk/samtools/ChangeLog
 718    M /trunk/samtools/bam_md.c
 719    M /trunk/samtools/bamtk.c
 720
 721  * samtools-0.1.6-6 (r466)
 722  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
 723
 724 ------------------------------------------------------------------------
 725 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
 726 Changed paths:
 727    M /trunk/samtools/bam.c
 728    M /trunk/samtools/knetfile.c
 729
 730 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
 731 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
 732
 733 ------------------------------------------------------------------------
 734 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
 735 Changed paths:
 736    M /trunk/samtools/knetfile.c
 737    M /trunk/samtools/razf.c
 738
 739 A bug fix, "samtools view" is now working again.
 740 ------------------------------------------------------------------------
 741 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
 742 Changed paths:
 743    M /trunk/samtools/bamtk.c
 744    M /trunk/samtools/faidx.c
 745    M /trunk/samtools/knetfile.c
 746    M /trunk/samtools/knetfile.h
 747    M /trunk/samtools/razf.c
 748    M /trunk/samtools/razf.h
 749
 750  * samtools-0.1.6-5 (r462)
 751  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
 752
 753 ------------------------------------------------------------------------
 754 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
 755 Changed paths:
 756    M /trunk/samtools/samtools.1
 757
 758 fixed a formatting issue
 759
 760 ------------------------------------------------------------------------
 761 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
 762 Changed paths:
 763    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 764    M /trunk/samtools/bamtk.c
 765
 766  * samtools-0.1.6-4 (r459)
 767  * make sort output the result to stdout when -o is in use
 768
 769 ------------------------------------------------------------------------
 770 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
 771 Changed paths:
 772    M /trunk/samtools/bamtk.c
 773    M /trunk/samtools/faidx.c
 774    M /trunk/samtools/faidx.h
 775    M /trunk/samtools/samtools.1
 776
 777  * samtools-0.1.6-2 (r458)
 778  * added more interface to faidx (by Nils)
 779  * updated documentation
 780
 781 ------------------------------------------------------------------------
 782 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
 783 Changed paths:
 784    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 785    M /trunk/samtools/bamtk.c
 786
 787  * samtools-0.1.6-2 (r457)
 788  * get rid of three assert() in bam_sort.c
 789
 790 ------------------------------------------------------------------------
 791 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
 792 Changed paths:
 793    M /trunk/samtools/razf.c
 794
 795 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
 796 when opening the file fails.
 797
 798 ------------------------------------------------------------------------
 799 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
 800 Changed paths:
 801    M /trunk/samtools/ChangeLog
 802    M /trunk/samtools/NEWS
 803    M /trunk/samtools/bamtk.c
 804    M /trunk/samtools/samtools.1
 805    D /trunk/samtools/source.dot
 806
 807 Release samtools-0.1.6
 808
 809 ------------------------------------------------------------------------
 810 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
 811 Changed paths:
 812    M /trunk/samtools/bam_md.c
 813    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 814    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 815    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 816    M /trunk/samtools/bamtk.c
 817    M /trunk/samtools/samtools.1
 818
 819  * samtools-0.1.5-34 (r451)
 820  * applied the patch by John
 821  * improved the help message a little bit
 822
 823 ------------------------------------------------------------------------
 824 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
 825 Changed paths:
 826    M /trunk/samtools/bam_color.c
 827    M /trunk/samtools/bamtk.c
 828
 829  * samtools-0.1.5-33 (r450)
 830  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
 831
 832 ------------------------------------------------------------------------
 833 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
 834 Changed paths:
 835    M /trunk/samtools/bam_import.c
 836    M /trunk/samtools/bam_md.c
 837    M /trunk/samtools/bamtk.c
 838    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 839
 840  * samtools-0.1.5-32 (r449)
 841  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 842  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
 843
 844 ------------------------------------------------------------------------
 845 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
 846 Changed paths:
 847    M /trunk/samtools/ChangeLog
 848    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 849    M /trunk/samtools/bamtk.c
 850    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 851
 852  * samtools-0.1.5-31 (r448)
 853  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
 854
 855 ------------------------------------------------------------------------
 856 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
 857 Changed paths:
 858    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 859    M /trunk/samtools/bamtk.c
 860
 861  * samtools-0.1.5-30 (r447)
 862  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
 863
 864 ------------------------------------------------------------------------
 865 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
 866 Changed paths:
 867    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 868    M /trunk/samtools/bamtk.c
 869
 870  *
 871
 872 ------------------------------------------------------------------------
 873 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
 874 Changed paths:
 875    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 876    M /trunk/samtools/bamtk.c
 877
 878  * samtools-0.1.5-28 (r444)
 879  * bug in "merge -n"
 880
 881 ------------------------------------------------------------------------
 882 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
 883 Changed paths:
 884    M /trunk/samtools/bam.c
 885    M /trunk/samtools/bam_import.c
 886    M /trunk/samtools/bamtk.c
 887
 888  * samtools-0.1.5-27 (r443)
 889  * SEQ and QUAL can be "*"
 890  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
 891
 892 ------------------------------------------------------------------------
 893 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
 894 Changed paths:
 895    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 896    M /trunk/samtools/bamtk.c
 897    M /trunk/samtools/misc/md5.c
 898    M /trunk/samtools/misc/md5.h
 899    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
 900
 901  * samtools-0.1.5-26 (r442)
 902  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 903  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
 904
 905 ------------------------------------------------------------------------
 906 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
 907 Changed paths:
 908    M /trunk/samtools/bgzf.c
 909    M /trunk/samtools/bgzf.h
 910    M /trunk/samtools/bgzip.c
 911
 912 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
 913
 914 ------------------------------------------------------------------------
 915 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
 916 Changed paths:
 917    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 918    M /trunk/samtools/bamtk.c
 919
 920  * samtools-0.1.5-25 (r436)
 921  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
 922
 923 ------------------------------------------------------------------------
 924 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 925 Changed paths:
 926    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 927
 928 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
 929
 930 ------------------------------------------------------------------------
 931 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 932 Changed paths:
 933    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 934
 935 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
 936
 937 ------------------------------------------------------------------------
 938 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
 939 Changed paths:
 940    M /trunk/samtools/bamtk.c
 941    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 942    M /trunk/samtools/sam_view.c
 943
 944  * samtools-0.1.5-24 (r435)
 945  * fixed a typo
 946
 947 ------------------------------------------------------------------------
 948 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
 949 Changed paths:
 950    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 951    M /trunk/samtools/bamtk.c
 952
 953  * samtools-0.1.5-23 (r434)
 954  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
 955
 956 ------------------------------------------------------------------------
 957 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
 958 Changed paths:
 959    M /trunk/samtools/knetfile.c
 960
 961  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 962  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
 963
 964 ------------------------------------------------------------------------
 965 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
 966 Changed paths:
 967    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 968    M /trunk/samtools/bamtk.c
 969    M /trunk/samtools/faidx.c
 970    M /trunk/samtools/razf.c
 971    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
 972    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
 973
 974  * samtools-0.1.5-22 (r432)
 975  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 976  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 977  * PDCurses support in Windows
 978
 979 ------------------------------------------------------------------------
 980 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 981 Changed paths:
 982    M /trunk/samtools/win32/libz.a
 983
 984 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
 985
 986 ------------------------------------------------------------------------
 987 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 988 Changed paths:
 989    M /trunk/samtools/knetfile.c
 990
 991 add comments
 992
 993 ------------------------------------------------------------------------
 994 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
 995 Changed paths:
 996    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 997    M /trunk/samtools/bamtk.c
 998    M /trunk/samtools/knetfile.c
 999    M /trunk/samtools/knetfile.h
1000
1001  * samtools-0.1.5-21 (r428)
1002  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
1003
1004 ------------------------------------------------------------------------
1005 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
1006 Changed paths:
1007    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1008
1009 simplify MinGW Makefile
1010
1011 ------------------------------------------------------------------------
1012 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
1013 Changed paths:
1014    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
1015    M /trunk/samtools/bam_import.c
1016    M /trunk/samtools/bamtk.c
1017    A /trunk/samtools/win32
1018    A /trunk/samtools/win32/libz.a
1019    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
1020    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
1021
1022  * samtools-0.1.5-20 (r427)
1023  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
1024    functionality are not tested at the moment.
1025  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
1026
1027 ------------------------------------------------------------------------
1028 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
1029 Changed paths:
1030    M /trunk/samtools/bamtk.c
1031    M /trunk/samtools/sam_view.c
1032
1033  * samtools-0.1.5-19 (r426)
1034  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
1035
1036 ------------------------------------------------------------------------
1037 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
1038 Changed paths:
1039    M /trunk/samtools/bgzf.c
1040
1041 compatible with Windows binary files
1042
1043 ------------------------------------------------------------------------
1044 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
1045 Changed paths:
1046    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1047    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1048    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1049    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1050    M /trunk/samtools/bamtk.c
1051    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1052
1053  * samtools-0.1.5-18 (r423)
1054  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
1055    of debugging at the moment
1056  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
1057
1058 ------------------------------------------------------------------------
1059 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
1060 Changed paths:
1061    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
1062
1063 convert BLAT psl to SAM.
1064
1065 ------------------------------------------------------------------------
1066 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
1067 Changed paths:
1068    M /trunk/samtools/ChangeLog
1069    M /trunk/samtools/bam.c
1070    M /trunk/samtools/bamtk.c
1071    M /trunk/samtools/bgzf.c
1072    M /trunk/samtools/bgzf.h
1073    M /trunk/samtools/knetfile.c
1074    M /trunk/samtools/sam.c
1075    M /trunk/samtools/sam_view.c
1076
1077  * samtools-0.1.5-17 (r422)
1078  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
1079  * write an empty BGZF block to every BGZF file
1080  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
1081  * update ChangeLog
1082
1083 ------------------------------------------------------------------------
1084 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
1085 Changed paths:
1086    M /trunk/samtools/bam_import.c
1087    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1088    M /trunk/samtools/bamtk.c
1089    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1090    M /trunk/samtools/sam.c
1091    M /trunk/samtools/sam.h
1092    M /trunk/samtools/sam_view.c
1093
1094  * samtools-0.1.5-16 (r421)
1095  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
1096
1097 ------------------------------------------------------------------------
1098 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
1099 Changed paths:
1100    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1101
1102 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
1103
1104 ------------------------------------------------------------------------
1105 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
1106 Changed paths:
1107    M /trunk/samtools/bam_import.c
1108    M /trunk/samtools/bamtk.c
1109    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1110    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1111
1112  * samtools-0.1.5-15 (r419)
1113  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
1114  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
1115  * add "unique" command to samtools.pl
1116
1117 ------------------------------------------------------------------------
1118 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
1119 Changed paths:
1120    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1121
1122 skip @header lines in SAM
1123
1124 ------------------------------------------------------------------------
1125 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1126 Changed paths:
1127    M /trunk/samtools/bamtk.c
1128    M /trunk/samtools/sam_view.c
1129
1130  * samtools-0.1.5-14 (r417)
1131  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
1132
1133 ------------------------------------------------------------------------
1134 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1135 Changed paths:
1136    M /trunk/samtools/bam.c
1137    M /trunk/samtools/bam.h
1138    M /trunk/samtools/bam_import.c
1139    M /trunk/samtools/bamtk.c
1140    M /trunk/samtools/sam.c
1141    M /trunk/samtools/sam.h
1142    M /trunk/samtools/sam_view.c
1143
1144  * samtools-0.1.5-17 (r416)
1145  * support import/export SAM with string tags
1146
1147 ------------------------------------------------------------------------
1148 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1149 Changed paths:
1150    M /trunk/samtools/bam.c
1151    M /trunk/samtools/bam.h
1152    M /trunk/samtools/bam_import.c
1153    M /trunk/samtools/bamtk.c
1154    M /trunk/samtools/sam.c
1155    M /trunk/samtools/sam.h
1156    M /trunk/samtools/sam_view.c
1157
1158  * samtools-0.1.5-12 (r415)
1159  * FLAG now can be in HEX
1160
1161 ------------------------------------------------------------------------
1162 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
1163 Changed paths:
1164    M /trunk/samtools/kstring.h
1165
1166 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
1167
1168 ------------------------------------------------------------------------
1169 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
1170 Changed paths:
1171    M /trunk/samtools/kstring.c
1172    M /trunk/samtools/kstring.h
1173
1174 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
1175
1176 ------------------------------------------------------------------------
1177 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
1178 Changed paths:
1179    M /trunk/samtools/bam_index.c
1180
1181 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
1182
1183 ------------------------------------------------------------------------
1184 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1185 Changed paths:
1186    M /trunk/samtools/bam_md.c
1187    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1188    M /trunk/samtools/bamtk.c
1189    M /trunk/samtools/bgzf.c
1190
1191  * samtools-0.1.5-11 (r408)
1192  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
1193    from fillmd.
1194  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
1195
1196 ------------------------------------------------------------------------
1197 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1198 Changed paths:
1199    M /trunk/samtools/bam.h
1200    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1201    M /trunk/samtools/bam_md.c
1202    M /trunk/samtools/bamtk.c
1203    M /trunk/samtools/sam.h
1204
1205  * samtools-0.1.5-10 (r407)
1206  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
1207  * fillmd: generate the NM tag
1208  * fillmd: cmd interface improvement
1209
1210 ------------------------------------------------------------------------
1211 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
1212 Changed paths:
1213    M /trunk/samtools/Makefile
1214
1215 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
1216
1217 ------------------------------------------------------------------------
1218 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1219 Changed paths:
1220    M /trunk/samtools/Makefile
1221    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1222    M /trunk/samtools/bamtk.c
1223
1224  * samtools-0.1.5-9 (r405)
1225  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
1226
1227 ------------------------------------------------------------------------
1228 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1229 Changed paths:
1230    M /trunk/samtools/Makefile
1231    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1232    M /trunk/samtools/bamtk.c
1233
1234  * samtools-0.1.5-8 (r404)
1235  * compatible with PDCurses
1236
1237 ------------------------------------------------------------------------
1238 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1239 Changed paths:
1240    M /trunk/samtools/bamtk.c
1241    M /trunk/samtools/kseq.h
1242
1243  * samtools-0.1.5-7 (r403)
1244  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
1245
1246 ------------------------------------------------------------------------
1247 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
1248 Changed paths:
1249    M /trunk/samtools/bam_import.c
1250    M /trunk/samtools/bam_index.c
1251    M /trunk/samtools/bamtk.c
1252    M /trunk/samtools/bgzf.c
1253
1254  * samtools-0.1.5-6 (r402)
1255  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
1256  * improve portability to MinGW
1257
1258 ------------------------------------------------------------------------
1259 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1260 Changed paths:
1261    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
1262    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
1263    D /trunk/samtools/bam_lite.c
1264
1265  * move bam_lite.c to bam-lite
1266  * copy bam.h to bam-lite
1267
1268 ------------------------------------------------------------------------
1269 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1270 Changed paths:
1271    M /trunk/samtools/bam.h
1272    M /trunk/samtools/bam_lite.c
1273    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1274    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1275    M /trunk/samtools/bamtk.c
1276
1277  * samtools-0.1.5-5 (r395)
1278  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
1279
1280 ------------------------------------------------------------------------
1281 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1282 Changed paths:
1283    M /trunk/samtools/bamtk.c
1284    M /trunk/samtools/knetfile.c
1285    M /trunk/samtools/knetfile.h
1286
1287  * samtools-0.1.5-4 (r394)
1288  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
1289
1290 ------------------------------------------------------------------------
1291 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
1292 Changed paths:
1293    M /trunk/samtools/bam_index.c
1294    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1295    M /trunk/samtools/bamtk.c
1296    M /trunk/samtools/knetfile.c
1297    M /trunk/samtools/knetfile.h
1298
1299  * samtools-0.1.5-3 (r393)
1300  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
1301  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
1302    not seen the sideeffect so far.
1303
1304 ------------------------------------------------------------------------
1305 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
1306 Changed paths:
1307    M /trunk/samtools/samtools.1
1308
1309 Remove the warning in tview
1310
1311 ------------------------------------------------------------------------
1312 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1313 Changed paths:
1314    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1315    M /trunk/samtools/bamtk.c
1316
1317  * samtools-0.1.5-2 (r391)
1318  * do not show a blank screen when no reads mapped
1319
1320 ------------------------------------------------------------------------
1321 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
1322 Changed paths:
1323    M /trunk/samtools/bam.h
1324    A /trunk/samtools/bam_lite.c
1325    M /trunk/samtools/bamtk.c
1326
1327  * samtools-0.1.5-1 (r390)
1328  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
1329  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
1330
1331 ------------------------------------------------------------------------
1332 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1333 Changed paths:
1334    M /trunk/samtools/bamtk.c
1335    M /trunk/samtools/knetfile.c
1336
1337 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
1338
1339 ------------------------------------------------------------------------
1340 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1341 Changed paths:
1342    M /trunk/samtools/bamtk.c
1343    M /trunk/samtools/sam.c
1344
1345 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
1346
1347 ------------------------------------------------------------------------
1348 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1349 Changed paths:
1350    M /trunk/samtools/Makefile
1351    M /trunk/samtools/bam.h
1352    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1353    M /trunk/samtools/bamtk.c
1354
1355 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
1356
1357 ------------------------------------------------------------------------
1358 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1359 Changed paths:
1360    M /trunk/samtools/ChangeLog
1361    M /trunk/samtools/NEWS
1362    M /trunk/samtools/bamtk.c
1363    M /trunk/samtools/samtools.1
1364
1365 Release samtools-0.1.5
1366
1367 ------------------------------------------------------------------------
1368 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
1369 Changed paths:
1370    M /trunk/samtools/bamtk.c
1371    M /trunk/samtools/sam.c
1372
1373  * samtools-0.1.4-23 (r372)
1374  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
1375
1376 ------------------------------------------------------------------------
1377 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
1378 Changed paths:
1379    M /trunk/samtools/samtools.1
1380
1381 update documentation
1382
1383 ------------------------------------------------------------------------
1384 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
1385 Changed paths:
1386    M /trunk/samtools/Makefile
1387
1388 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
1389
1390 ------------------------------------------------------------------------
1391 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
1392 Changed paths:
1393    M /trunk/samtools/ChangeLog
1394    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1395    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1396    M /trunk/samtools/bamtk.c
1397
1398  * samtools-0.1.4-22 (r369)
1399  * in pileup, optionally print E2 and U2
1400  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
1401
1402 ------------------------------------------------------------------------
1403 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
1404 Changed paths:
1405    M /trunk/samtools/bam.c
1406    M /trunk/samtools/bam.h
1407    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1408    M /trunk/samtools/bam_index.c
1409    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1410    M /trunk/samtools/bam_md.c
1411    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1412    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1413    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1414    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1415    M /trunk/samtools/bamtk.c
1416    M /trunk/samtools/faidx.c
1417    M /trunk/samtools/faidx.h
1418    M /trunk/samtools/glf.c
1419
1420  * samtools-0.1.4-21 (r368)
1421  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
1422    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
1423    inconsistency. I was just a bit lazy.
1424  * small memory leak may be present on failure, though
1425
1426 ------------------------------------------------------------------------
1427 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1428 Changed paths:
1429    M /trunk/samtools/knetfile.c
1430
1431 reduce the chance of blocking in FTP connection
1432
1433 ------------------------------------------------------------------------
1434 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1435 Changed paths:
1436    M /trunk/samtools/knetfile.c
1437
1438 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
1439
1440 ------------------------------------------------------------------------
1441 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1442 Changed paths:
1443    M /trunk/samtools/bam_index.c
1444    M /trunk/samtools/bamtk.c
1445    M /trunk/samtools/knetfile.c
1446    M /trunk/samtools/knetfile.h
1447
1448  * samtools-0.1.4-20 (r365)
1449  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
1450
1451 ------------------------------------------------------------------------
1452 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1453 Changed paths:
1454    M /trunk/samtools/bamtk.c
1455    M /trunk/samtools/knetfile.c
1456
1457  * samtools-0.1.4-19 (r364)
1458  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
1459
1460 ------------------------------------------------------------------------
1461 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
1462 Changed paths:
1463    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1464    M /trunk/samtools/bamtk.c
1465    M /trunk/samtools/bgzf.c
1466    M /trunk/samtools/bgzf.h
1467    M /trunk/samtools/knetfile.c
1468    M /trunk/samtools/knetfile.h
1469
1470  * samtools-0.1.4-18 (r363)
1471  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
1472  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
1473
1474 ------------------------------------------------------------------------
1475 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1476 Changed paths:
1477    M /trunk/samtools/bgzf.c
1478
1479 write changelog
1480
1481 ------------------------------------------------------------------------
1482 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1483 Changed paths:
1484    M /trunk/samtools/bam_index.c
1485    M /trunk/samtools/bamtk.c
1486
1487  * samtools-0.1.4-17 (r361)
1488  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
1489
1490 ------------------------------------------------------------------------
1491 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
1492 Changed paths:
1493    M /trunk/samtools/Makefile
1494    M /trunk/samtools/bam_import.c
1495    M /trunk/samtools/bam_index.c
1496    M /trunk/samtools/bamtk.c
1497    M /trunk/samtools/bgzf.c
1498    M /trunk/samtools/bgzf.h
1499    M /trunk/samtools/knetfile.c
1500    M /trunk/samtools/knetfile.h
1501
1502  * samtools-0.1.4-16 (r360)
1503  * report more information in index when the input is not sorted
1504  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
1505  * support knetfile library in BGZF
1506
1507 ------------------------------------------------------------------------
1508 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1509 Changed paths:
1510    M /trunk/samtools/knetfile.c
1511    M /trunk/samtools/knetfile.h
1512
1513 fixed bugs in knetfile.*
1514
1515 ------------------------------------------------------------------------
1516 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1517 Changed paths:
1518    A /trunk/samtools/knetfile.h
1519
1520 this is the header file
1521
1522 ------------------------------------------------------------------------
1523 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1524 Changed paths:
1525    A /trunk/samtools/knetfile.c
1526
1527  * open a file at FTP
1528  * preliminary version
1529
1530 ------------------------------------------------------------------------
1531 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
1532 Changed paths:
1533    M /trunk/samtools/bam.c
1534    M /trunk/samtools/bamtk.c
1535
1536  * samtools-0.1.4-15 (r354)
1537  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
1538
1539 ------------------------------------------------------------------------
1540 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
1541 Changed paths:
1542    M /trunk/samtools/bamtk.c
1543    M /trunk/samtools/faidx.c
1544
1545  * samtools-0.1.4-13 (r351)
1546  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
1547  * hope this does not introduce new bugs...
1548
1549 ------------------------------------------------------------------------
1550 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
1551 Changed paths:
1552    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1553    M /trunk/samtools/bamtk.c
1554
1555  * samtools-0.1.4-13 (r350)
1556  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
1557
1558 ------------------------------------------------------------------------
1559 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1560 Changed paths:
1561    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1562    M /trunk/samtools/bamtk.c
1563    M /trunk/samtools/sam_view.c
1564
1565  * samtools-0.1.4-12 (r347)
1566  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
1567
1568 ------------------------------------------------------------------------
1569 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1570 Changed paths:
1571    M /trunk/samtools/Makefile
1572    M /trunk/samtools/bamtk.c
1573    M /trunk/samtools/sam_view.c
1574    M /trunk/samtools/samtools.1
1575
1576  * samtools-0.1.4-11 (r346)
1577  * allow to select a read group at view command-line
1578
1579 ------------------------------------------------------------------------
1580 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1581 Changed paths:
1582    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1583
1584 added more comments
1585
1586 ------------------------------------------------------------------------
1587 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1588 Changed paths:
1589    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1590
1591 nothing really
1592
1593 ------------------------------------------------------------------------
1594 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1595 Changed paths:
1596    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1597    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1598
1599 added an example of calculating read depth
1600
1601 ------------------------------------------------------------------------
1602 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1603 Changed paths:
1604    M /trunk/samtools/Makefile
1605    M /trunk/samtools/bam.h
1606    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1607    A /trunk/samtools/bam_color.c
1608    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1609    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1610    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1611    M /trunk/samtools/bamtk.c
1612    M /trunk/samtools/sam.c
1613    M /trunk/samtools/sam.h
1614
1615  * samtools-0.1.4-10 (r341)
1616  * only include key APIs in libbam.a
1617  * move color-specific routines to bam_color.c
1618  * update documentations
1619  * remove the support of -q in pileup
1620
1621 ------------------------------------------------------------------------
1622 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1623 Changed paths:
1624    M /trunk/samtools/INSTALL
1625    M /trunk/samtools/Makefile
1626    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1627    M /trunk/samtools/bam_import.c
1628    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1629    M /trunk/samtools/bamtk.c
1630    M /trunk/samtools/razf.c
1631    M /trunk/samtools/sam_view.c
1632
1633  * samtools-0.1.4-9 (r340)
1634  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
1635  * fixed a compilation warning
1636  * fixed a segfault caused by @RG parsing
1637  * detect NCURSES in bam_tview.c
1638
1639 ------------------------------------------------------------------------
1640 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1641 Changed paths:
1642    M /trunk/samtools/INSTALL
1643
1644 update INSTALL
1645
1646 ------------------------------------------------------------------------
1647 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1648 Changed paths:
1649    M /trunk/samtools/bam.c
1650    M /trunk/samtools/bam.h
1651    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1652    M /trunk/samtools/bam_import.c
1653    M /trunk/samtools/bamtk.c
1654    M /trunk/samtools/kstring.h
1655    M /trunk/samtools/sam.c
1656    M /trunk/samtools/sam_view.c
1657
1658  * samtools-0.1.4-8 (r338)
1659  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
1660    command line
1661
1662 ------------------------------------------------------------------------
1663 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1664 Changed paths:
1665    M /trunk/samtools/bamtk.c
1666    M /trunk/samtools/bgzf.c
1667    M /trunk/samtools/bgzf.h
1668    M /trunk/samtools/sam.c
1669    M /trunk/samtools/sam_view.c
1670
1671  * samtools-0.1.4-7 (r337)
1672  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
1673  * "samtools view" support "-u" command-line option
1674
1675 ------------------------------------------------------------------------
1676 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1677 Changed paths:
1678    M /trunk/samtools/Makefile
1679    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1680    M /trunk/samtools/razf.c
1681    M /trunk/samtools/razf.h
1682    M /trunk/samtools/razip.c
1683
1684  * no changes to samtools itself
1685  * remove zlib source codes
1686  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
1687  * on old version of zlib, writing is not available
1688
1689 ------------------------------------------------------------------------
1690 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1691 Changed paths:
1692    D /trunk/samtools/zlib
1693
1694 remove zlib for simplification...
1695
1696 ------------------------------------------------------------------------
1697 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1698 Changed paths:
1699    M /trunk/samtools/bam.h
1700    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1701    M /trunk/samtools/bamtk.c
1702
1703  * samtools-0.1.4-6 (r334)
1704  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
1705    been implemented in that.
1706  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
1707
1708 ------------------------------------------------------------------------
1709 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1710 Changed paths:
1711    M /trunk/samtools/ChangeLog
1712
1713 update ChangeLog
1714
1715 ------------------------------------------------------------------------
1716 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1717 Changed paths:
1718    M /trunk/samtools/AUTHORS
1719    M /trunk/samtools/Makefile
1720    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1721
1722 fixed minor things in Makefile
1723
1724 ------------------------------------------------------------------------
1725 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1726 Changed paths:
1727    M /trunk/samtools/bamtk.c
1728
1729  * samtools-0.1.4-5 (r3310
1730  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
1731    changes in the Makefile building system.
1732
1733 ------------------------------------------------------------------------
1734 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1735 Changed paths:
1736    M /trunk/samtools/AUTHORS
1737    D /trunk/samtools/README
1738
1739 update information...
1740
1741 ------------------------------------------------------------------------
1742 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1743 Changed paths:
1744    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1745
1746  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
1747  * this version works with indels
1748
1749 ------------------------------------------------------------------------
1750 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1751 Changed paths:
1752    M /trunk/samtools/INSTALL
1753    M /trunk/samtools/Makefile
1754    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1755    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
1756
1757  * update Makefile
1758  * update INSTALL instruction
1759
1760 ------------------------------------------------------------------------
1761 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1762 Changed paths:
1763    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
1764    D /trunk/samtools/Makefile.am
1765    D /trunk/samtools/Makefile.generic
1766    D /trunk/samtools/Makefile.lite
1767    D /trunk/samtools/autogen.sh
1768    D /trunk/samtools/cleanup.sh
1769    D /trunk/samtools/configure.ac
1770    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
1771    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1772    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1773    M /trunk/samtools/razf.c
1774    A /trunk/samtools/zlib
1775    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
1776    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
1777    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
1778    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
1779    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
1780    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
1781    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
1782    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
1783    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
1784    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
1785    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
1786    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
1787    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
1788    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
1789    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
1790    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
1791    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
1792    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
1793    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
1794    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
1795    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
1796    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
1797    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
1798    D /trunk/samtools/zutil.h
1799
1800  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
1801  * prepare to changed back to the Makefile building system
1802  * unfinished! (will be soon)
1803
1804 ------------------------------------------------------------------------
1805 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1806 Changed paths:
1807    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1808
1809 Unfinished
1810
1811 ------------------------------------------------------------------------
1812 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1813 Changed paths:
1814    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1815    M /trunk/samtools/bamtk.c
1816
1817  * samtools-0.1.4-4 (r325)
1818  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
1819
1820 ------------------------------------------------------------------------
1821 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
1822 Changed paths:
1823    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1824    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1825    M /trunk/samtools/bamtk.c
1826    M /trunk/samtools/sam.c
1827    M /trunk/samtools/sam.h
1828
1829  * samtools-0.1.4-3 (r324)
1830  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
1831  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
1832
1833 ------------------------------------------------------------------------
1834 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1835 Changed paths:
1836    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1837
1838  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
1839  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
1840
1841 ------------------------------------------------------------------------
1842 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
1843 Changed paths:
1844    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1845
1846 fixed a typo
1847
1848 ------------------------------------------------------------------------
1849 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
1850 Changed paths:
1851    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1852
1853 just typo. no real change
1854
1855 ------------------------------------------------------------------------
1856 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1857 Changed paths:
1858    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1859
1860 a little bit code cleanup
1861
1862 ------------------------------------------------------------------------
1863 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1864 Changed paths:
1865    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1866
1867  * samtools.pl-0.3.1
1868  * change default parameters
1869  * optionally print filtered variants
1870
1871 ------------------------------------------------------------------------
1872 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1873 Changed paths:
1874    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1875
1876  * samtools.pl-0.3.0
1877  * combine snpFilter and indelFilter
1878
1879 ------------------------------------------------------------------------
1880 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1881 Changed paths:
1882    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1883
1884  * samtools.pl-0.2.3
1885  * change a default parameter
1886
1887 ------------------------------------------------------------------------
1888 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1889 Changed paths:
1890    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1891    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1892    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1893    M /trunk/samtools/bamtk.c
1894    M /trunk/samtools/sam.c
1895
1896  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1897  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1898  * pileup: always calculate RMS mapq
1899  * pileup: allow to output variant sites only
1900
1901 ------------------------------------------------------------------------
1902 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1903 Changed paths:
1904    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1905
1906  * samtools.pl-0.2.2
1907  * added pileup2fq
1908
1909 ------------------------------------------------------------------------
1910 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
1911 Changed paths:
1912    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1913
1914  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
1915
1916 ------------------------------------------------------------------------
1917 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1918 Changed paths:
1919    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1920
1921  * samtools.pl-0.2.1
1922  * fixed a typo
1923
1924 ------------------------------------------------------------------------
1925 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1926 Changed paths:
1927    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1928
1929  * samtools.pl-0.2.0
1930  * snpFilter
1931
1932 ------------------------------------------------------------------------
1933 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1934 Changed paths:
1935    M /trunk/samtools/bgzf.c
1936
1937  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
1938  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
1939
1940 ------------------------------------------------------------------------
1941 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
1942 Changed paths:
1943    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
1944
1945 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
1946
1947 ------------------------------------------------------------------------
1948 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1949 Changed paths:
1950    M /trunk/samtools/bamtk.c
1951    M /trunk/samtools/sam.c
1952
1953  * samtools-0.1.4-1 (r304)
1954  * fixed a minor bug in printing headers
1955
1956 ------------------------------------------------------------------------
1957 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
1958 Changed paths:
1959    M /trunk/samtools/ChangeLog
1960    M /trunk/samtools/NEWS
1961    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1962    M /trunk/samtools/bamtk.c
1963    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1964    M /trunk/samtools/samtools.1
1965
1966 Release samtools-0.1.4
1967
1968 ------------------------------------------------------------------------
1969 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1970 Changed paths:
1971    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1972    M /trunk/samtools/bamtk.c
1973
1974  * samtools-0.1.3-24 (r296)
1975  * another similar bug in the indel caller
1976
1977 ------------------------------------------------------------------------
1978 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1979 Changed paths:
1980    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1981    M /trunk/samtools/bamtk.c
1982
1983  * samtools-0.1.3-23 (r295)
1984  * fixed a critical bug in the indel caller
1985
1986 ------------------------------------------------------------------------
1987 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
1988 Changed paths:
1989    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1990
1991 added a missing header file
1992
1993 ------------------------------------------------------------------------
1994 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
1995 Changed paths:
1996    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1997    M /trunk/samtools/bamtk.c
1998
1999  * samtools-0.1.3-22 (r293)
2000  * open tview in the dot-view mode by default
2001
2002 ------------------------------------------------------------------------
2003 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
2004 Changed paths:
2005    M /trunk/samtools/samtools.1
2006
2007 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
2008 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
2009 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
2010 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
2011
2012
2013 ------------------------------------------------------------------------
2014 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
2015 Changed paths:
2016    M /trunk/samtools/bam.h
2017    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2018    M /trunk/samtools/bamtk.c
2019
2020  * samtools-0.1.3-21 (286)
2021  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
2022
2023 ------------------------------------------------------------------------
2024 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
2025 Changed paths:
2026    M /trunk/samtools/bam.h
2027    M /trunk/samtools/bam_index.c
2028    M /trunk/samtools/bamtk.c
2029
2030  * samtools-0.1.3-20 (r276)
2031  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
2032    make it work with the latest SVN.
2033  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
2034
2035 ------------------------------------------------------------------------
2036 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
2037 Changed paths:
2038    M /trunk/samtools/ChangeLog
2039    M /trunk/samtools/bam.h
2040    M /trunk/samtools/bamtk.c
2041
2042  * samtools-0.1.3-19 (r275)
2043  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
2044    backward compatibility with Bio::DB::Sam
2045
2046 ------------------------------------------------------------------------
2047 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
2048 Changed paths:
2049    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2050    M /trunk/samtools/bamtk.c
2051
2052  * samtools-0.1.3-18 (r273)
2053  * rmdupse: do not remove unmapped reads
2054
2055 ------------------------------------------------------------------------
2056 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
2057 Changed paths:
2058    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2059
2060 change a parameter. It does nothing
2061
2062 ------------------------------------------------------------------------
2063 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
2064 Changed paths:
2065    M /trunk/samtools/Makefile.am
2066    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2067    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2068    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2069    M /trunk/samtools/bamtk.c
2070    M /trunk/samtools/configure.ac
2071
2072  * samtools-0.1.3-17 (r271)
2073  * added 'rmdupse' command
2074
2075 ------------------------------------------------------------------------
2076 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2077 Changed paths:
2078    M /trunk/samtools/bamtk.c
2079    M /trunk/samtools/sam_view.c
2080
2081  * samtools-0.1.3-16 (r267)
2082  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
2083
2084 ------------------------------------------------------------------------
2085 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2086 Changed paths:
2087    M /trunk/samtools/bam_import.c
2088    M /trunk/samtools/bamtk.c
2089
2090  * samtools-0.1.3-15 (r266)
2091  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
2092
2093 ------------------------------------------------------------------------
2094 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2095 Changed paths:
2096    M /trunk/samtools/bam.h
2097    M /trunk/samtools/bam_import.c
2098    M /trunk/samtools/bamtk.c
2099    M /trunk/samtools/sam.c
2100    M /trunk/samtools/sam_view.c
2101
2102  * samtools-0.1.3-14 (r262)
2103  * make samopen() recognize @SQ header lines
2104
2105 ------------------------------------------------------------------------
2106 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2107 Changed paths:
2108    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2109    M /trunk/samtools/bamtk.c
2110    M /trunk/samtools/bgzf.c
2111    M /trunk/samtools/sam.c
2112    M /trunk/samtools/sam_view.c
2113
2114  * samtools-0.1.3-13 (r260)
2115  * report error for file I/O error
2116
2117 ------------------------------------------------------------------------
2118 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
2119 Changed paths:
2120    M /trunk/samtools/Makefile.am
2121
2122 update Makefile.am
2123
2124 ------------------------------------------------------------------------
2125 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2126 Changed paths:
2127    M /trunk/samtools/bam.h
2128    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2129    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2130    M /trunk/samtools/bamtk.c
2131    M /trunk/samtools/sam.c
2132    M /trunk/samtools/sam.h
2133
2134  * samtools-0.1.3-12 (r259)
2135  * use the new I/O interface in pileup
2136
2137 ------------------------------------------------------------------------
2138 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2139 Changed paths:
2140    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2141    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2142    M /trunk/samtools/bam.c
2143    M /trunk/samtools/bam.h
2144    M /trunk/samtools/bam_import.c
2145    M /trunk/samtools/bamtk.c
2146    A /trunk/samtools/sam.c
2147    A /trunk/samtools/sam.h
2148    A /trunk/samtools/sam_view.c
2149
2150  * samtools-0.1.3-11 (r258)
2151  * unify the interface to BAM and SAM I/O
2152
2153 ------------------------------------------------------------------------
2154 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2155 Changed paths:
2156    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2157    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2158    M /trunk/samtools/bamtk.c
2159
2160  * samtools-0.1.3-10 (r257)
2161  * allow hex with "pileup -m"
2162
2163 ------------------------------------------------------------------------
2164 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
2165 Changed paths:
2166    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2167    M /trunk/samtools/bamtk.c
2168
2169  * samtools-0.1.3-9 (r256)
2170  * fixed a bug in bam_lpileup.c
2171  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
2172
2173 ------------------------------------------------------------------------
2174 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
2175 Changed paths:
2176    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2177    M /trunk/samtools/bamtk.c
2178
2179  * samtools-0.1.3-8 (r251)
2180  * fixed a bug when there are reads without coordinates
2181
2182 ------------------------------------------------------------------------
2183 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2184 Changed paths:
2185    A /trunk/samtools/AUTHORS
2186    A /trunk/samtools/README
2187    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2188
2189 added missing files
2190
2191 ------------------------------------------------------------------------
2192 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2193 Changed paths:
2194    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2195    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2196    M /trunk/samtools/configure.ac
2197    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
2198
2199 improve large file support in compilation
2200
2201 ------------------------------------------------------------------------
2202 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2203 Changed paths:
2204    M /trunk/samtools/INSTALL
2205
2206 update INSTALL
2207
2208 ------------------------------------------------------------------------
2209 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2210 Changed paths:
2211    M /trunk/samtools/Makefile.am
2212    M /trunk/samtools/autogen.sh
2213    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2214    M /trunk/samtools/configure.ac
2215    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
2216
2217 fixed various issues about the GNU building scripts
2218
2219 ------------------------------------------------------------------------
2220 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
2221 Changed paths:
2222    M /trunk/samtools/ChangeLog
2223    D /trunk/samtools/Makefile
2224    A /trunk/samtools/Makefile.am
2225    A /trunk/samtools/Makefile.generic
2226    A /trunk/samtools/autogen.sh
2227    M /trunk/samtools/bam.h
2228    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2229    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2230    M /trunk/samtools/bamtk.c
2231    A /trunk/samtools/cleanup.sh
2232    A /trunk/samtools/configure.ac
2233    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2234    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
2235
2236  * samtools-0.1.3-7 (r246)
2237  * incorporated revisions from Nils Homer
2238  * enhanced support of displaying color-space reads
2239
2240 ------------------------------------------------------------------------
2241 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
2242 Changed paths:
2243    M /trunk/samtools/bam_md.c
2244    M /trunk/samtools/bamtk.c
2245
2246  * samtools-0.1.3-6 (r244)
2247  * fixed segfault for unmapped reads
2248
2249 ------------------------------------------------------------------------
2250 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2251 Changed paths:
2252    M /trunk/samtools/bam.h
2253    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2254    M /trunk/samtools/bam_md.c
2255    M /trunk/samtools/bamtk.c
2256
2257  * samtools-0.1.3-5 (r243)
2258  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
2259  * check MD
2260  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
2261
2262 ------------------------------------------------------------------------
2263 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
2264 Changed paths:
2265    M /trunk/samtools/bam_md.c
2266    M /trunk/samtools/bamtk.c
2267
2268  * samtools-0.1.3-4 (r242)
2269  * fixed a memory leak
2270
2271 ------------------------------------------------------------------------
2272 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2273 Changed paths:
2274    M /trunk/samtools/Makefile
2275    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2276    M /trunk/samtools/bam.h
2277    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2278    A /trunk/samtools/bam_md.c
2279    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2280    M /trunk/samtools/bamtk.c
2281
2282  * samtools-0.1.3-3 (r240)
2283  * generate MD tag
2284  * generate "=" bases
2285  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
2286
2287 ------------------------------------------------------------------------
2288 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2289 Changed paths:
2290    M /trunk/samtools/bam.h
2291    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2292    M /trunk/samtools/bamtk.c
2293
2294  * samtools-0.1.3-2 (r239)
2295  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
2296  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
2297  * added tagview for testing bam_aux
2298
2299 ------------------------------------------------------------------------
2300 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
2301 Changed paths:
2302    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2303    M /trunk/samtools/bamtk.c
2304
2305  * samtools-0.1.3-1
2306  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
2307
2308 ------------------------------------------------------------------------
2309 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
2310 Changed paths:
2311    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2312
2313 a missing file in Makefile.lite
2314
2315 ------------------------------------------------------------------------
2316 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2317 Changed paths:
2318    M /trunk/samtools/NEWS
2319    M /trunk/samtools/bamtk.c
2320
2321 Release samtools-0.1.3
2322
2323 ------------------------------------------------------------------------
2324 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2325 Changed paths:
2326    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2327    M /trunk/samtools/bamtk.c
2328
2329  * samtools-0.1.2-28
2330  * make samtools more robust to weird input such as empty file
2331
2332 ------------------------------------------------------------------------
2333 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2334 Changed paths:
2335    M /trunk/samtools/ChangeLog
2336    M /trunk/samtools/NEWS
2337    M /trunk/samtools/samtools.1
2338
2339 prepare for release 0.1.3
2340
2341 ------------------------------------------------------------------------
2342 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2343 Changed paths:
2344    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
2345
2346 convert NCBI-BLASTN to SAM
2347
2348 ------------------------------------------------------------------------
2349 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2350 Changed paths:
2351    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2352    M /trunk/samtools/bamtk.c
2353
2354  * samtools-0.1.2-27
2355  * fixed a small memory leak in tview
2356
2357 ------------------------------------------------------------------------
2358 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2359 Changed paths:
2360    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2361    M /trunk/samtools/bamtk.c
2362
2363  * samtools-0.1.2-26
2364  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
2365
2366 ------------------------------------------------------------------------
2367 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
2368 Changed paths:
2369    M /trunk/samtools/ChangeLog
2370    M /trunk/samtools/NEWS
2371
2372 proposed NEWS for the new release (have not yet)
2373
2374 ------------------------------------------------------------------------
2375 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2376 Changed paths:
2377    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2378
2379  * samtools.pl-0.1.1
2380  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
2381    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
2382
2383 ------------------------------------------------------------------------
2384 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2385 Changed paths:
2386    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2387    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2388    M /trunk/samtools/bamtk.c
2389    M /trunk/samtools/samtools.1
2390
2391  * samtools-0.1.2-25
2392  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
2393    containing indels
2394
2395 ------------------------------------------------------------------------
2396 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
2397 Changed paths:
2398    M /trunk/samtools/ChangeLog
2399
2400 update ChangeLog from "svn log"
2401
2402 ------------------------------------------------------------------------
2403 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
2404 Changed paths:
2405    M /trunk/samtools/bam.c
2406    M /trunk/samtools/bam_import.c
2407    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2408    M /trunk/samtools/bamtk.c
2409    M /trunk/samtools/kseq.h
2410
2411  * samtools-0.1.2-24
2412  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
2413  * allow empty header
2414
2415 ------------------------------------------------------------------------
2416 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2417 Changed paths:
2418    M /trunk/samtools/bam.c
2419    M /trunk/samtools/bam_import.c
2420    M /trunk/samtools/bamtk.c
2421
2422  * samtools-0.1.2-23
2423  * recognize '*' at the QUAL field
2424
2425 ------------------------------------------------------------------------
2426 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2427 Changed paths:
2428    M /trunk/samtools/bam_import.c
2429    M /trunk/samtools/bamtk.c
2430    M /trunk/samtools/kseq.h
2431
2432  * samtools-0.1.2-22
2433  * the field separater is TAB only, now
2434
2435 ------------------------------------------------------------------------
2436 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2437 Changed paths:
2438    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2439
2440  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
2441
2442 ------------------------------------------------------------------------
2443 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
2444 Changed paths:
2445    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2446    M /trunk/samtools/bamtk.c
2447    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2448
2449  * samtools-0.1.2-21
2450  * fixed a nasty bug in `fixmate'
2451
2452 ------------------------------------------------------------------------
2453 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2454 Changed paths:
2455    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
2456    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2457    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2458
2459 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
2460
2461 ------------------------------------------------------------------------
2462 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2463 Changed paths:
2464    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2465    M /trunk/samtools/bamtk.c
2466
2467  * samtools-0.1.2-20
2468  * check if file is truncated in flagstat
2469
2470 ------------------------------------------------------------------------
2471 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2472 Changed paths:
2473    M /trunk/samtools/bamtk.c
2474
2475  * samtools-0.1.2-19
2476  * print the header if requested
2477
2478 ------------------------------------------------------------------------
2479 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
2480 Changed paths:
2481    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2482    M /trunk/samtools/bamtk.c
2483
2484  * samtools-0.1.2-18
2485  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
2486
2487 ------------------------------------------------------------------------
2488 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
2489 Changed paths:
2490    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
2491    D /trunk/samtools/Makefile.std
2492    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
2493    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
2494
2495 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
2496
2497 ------------------------------------------------------------------------
2498 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2499 Changed paths:
2500    D /trunk/samtools/Makefile
2501    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
2502    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2503    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2504    M /trunk/samtools/bamtk.c
2505    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2506    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
2507    M /trunk/samtools/samtools.1
2508
2509  * samtools-0.1.2-17
2510  * incorporating Nils' changes
2511  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
2512
2513 ------------------------------------------------------------------------
2514 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2515 Changed paths:
2516    M /trunk/samtools/Makefile
2517    M /trunk/samtools/bam_import.c
2518    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2519    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2520    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2521    M /trunk/samtools/bamtk.c
2522    M /trunk/samtools/kseq.h
2523    A /trunk/samtools/kstring.c
2524    A /trunk/samtools/kstring.h
2525
2526  * samtools-0.1.2-16
2527  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
2528  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
2529
2530 ------------------------------------------------------------------------
2531 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
2532 Changed paths:
2533    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2534
2535  * soap2sam.pl-0.1.2
2536  * more robust to truncated soap output
2537
2538 ------------------------------------------------------------------------
2539 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
2540 Changed paths:
2541    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2542
2543 added bam_stat.o to Makefile.lite
2544
2545 ------------------------------------------------------------------------
2546 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2547 Changed paths:
2548    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2549    M /trunk/samtools/bamtk.c
2550
2551  * samtools-0.1.2-15
2552  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
2553
2554 ------------------------------------------------------------------------
2555 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2556 Changed paths:
2557    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2558    M /trunk/samtools/bamtk.c
2559    M /trunk/samtools/glf.c
2560    M /trunk/samtools/glf.h
2561    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2562
2563  * samtools-0.1.2-14
2564  * implemented GLFv3
2565
2566 ------------------------------------------------------------------------
2567 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2568 Changed paths:
2569    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2570    M /trunk/samtools/bamtk.c
2571
2572  * samtools-0.1.2-13
2573  * fixed a minor bug in displaying pileup
2574
2575 ------------------------------------------------------------------------
2576 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2577 Changed paths:
2578    M /trunk/samtools/ChangeLog
2579    M /trunk/samtools/bamtk.c
2580
2581  * samtools-0.1.2-12
2582  * optionally print SAM header
2583
2584 ------------------------------------------------------------------------
2585 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
2586 Changed paths:
2587    M /trunk/samtools/bamtk.c
2588    M /trunk/samtools/glf.c
2589
2590  * samtools-0.1.2-11
2591  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
2592
2593 ------------------------------------------------------------------------
2594 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
2595 Changed paths:
2596    M /trunk/samtools/Makefile
2597    M /trunk/samtools/bam_import.c
2598    M /trunk/samtools/bam_index.c
2599    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2600    M /trunk/samtools/bamtk.c
2601    M /trunk/samtools/glf.c
2602    M /trunk/samtools/glf.h
2603
2604  * samtools-0.1.2-10
2605  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
2606  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
2607  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
2608
2609 ------------------------------------------------------------------------
2610 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
2611 Changed paths:
2612    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2613
2614  * wgsim-0.2.3
2615  * fixed a bug in simulating indels
2616
2617 ------------------------------------------------------------------------
2618 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
2619 Changed paths:
2620    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2621
2622  * wgsim-0.2.2
2623  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
2624    not like long read names.
2625
2626 ------------------------------------------------------------------------
2627 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
2628 Changed paths:
2629    M /trunk/samtools/ChangeLog
2630    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2631    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2632
2633  * wgsim-0.2.1
2634  * fixed a bug about color read coordinates
2635  * fixed a bug in read names
2636  * wgsim_eval.pl-0.1.3
2637  * make the script work with color reads
2638
2639 ------------------------------------------------------------------------
2640 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
2641 Changed paths:
2642    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2643    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2644
2645  * wgsim: added a note
2646
2647 ------------------------------------------------------------------------
2648 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
2649 Changed paths:
2650    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2651    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2652
2653  * wgsim-0.2.0
2654  * considerable code clean up
2655  * print number of substitutions/indels/errors on each read
2656  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
2657  * wgsim_eval.pl-0.1.2
2658  * change in accordant with wgsim
2659
2660 ------------------------------------------------------------------------
2661 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
2662 Changed paths:
2663    M /trunk/samtools/bam_index.c
2664    M /trunk/samtools/bamtk.c
2665
2666  * samtools-0.1.2-9
2667  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
2668
2669 ------------------------------------------------------------------------
2670 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
2671 Changed paths:
2672    M /trunk/samtools/bamtk.c
2673
2674 Fix annoying segv when invalid region specified.
2675
2676 ------------------------------------------------------------------------
2677 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
2678 Changed paths:
2679    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2680    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2681
2682  * move indel_filter.pl to samtools.pl
2683
2684 ------------------------------------------------------------------------
2685 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
2686 Changed paths:
2687    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2688    M /trunk/samtools/bamtk.c
2689
2690  * samtools-0.1.2-7
2691  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
2692
2693 ------------------------------------------------------------------------
2694 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
2695 Changed paths:
2696    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2697    M /trunk/samtools/bamtk.c
2698
2699  * samtools-0.1.2-7
2700  * fixed a minor bug in flagstat
2701
2702 ------------------------------------------------------------------------
2703 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
2704 Changed paths:
2705    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2706    M /trunk/samtools/bamtk.c
2707    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2708
2709  * samtools-0.1.2-6
2710  * improve indel caller by setting maximum window size
2711
2712 ------------------------------------------------------------------------
2713 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
2714 Changed paths:
2715    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2716    M /trunk/samtools/bamtk.c
2717
2718  * output max mapping quality in indel line
2719
2720 ------------------------------------------------------------------------
2721 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
2722 Changed paths:
2723    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2724
2725 fixed a bug in generating tag AM
2726
2727 ------------------------------------------------------------------------
2728 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
2729 Changed paths:
2730    M /trunk/samtools/bam_index.c
2731    M /trunk/samtools/bamtk.c
2732
2733 fixed a potential memory problem in indexing
2734
2735 ------------------------------------------------------------------------
2736 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
2737 Changed paths:
2738    M /trunk/samtools/Makefile
2739
2740 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
2741
2742 ------------------------------------------------------------------------
2743 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
2744 Changed paths:
2745    M /trunk/samtools/ChangeLog
2746    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2747    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2748    M /trunk/samtools/bamtk.c
2749
2750  * samtools-0.1.2-3
2751  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
2752  * improve flagstat report a little bit
2753
2754 ------------------------------------------------------------------------
2755 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
2756 Changed paths:
2757    M /trunk/samtools/Makefile
2758    A /trunk/samtools/bam_stat.c
2759    M /trunk/samtools/bamtk.c
2760
2761  * samtools-0.1.2-1
2762  * added flagstat command
2763
2764 ------------------------------------------------------------------------
2765 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2766 Changed paths:
2767    M /trunk/samtools/ChangeLog
2768    M /trunk/samtools/NEWS
2769    M /trunk/samtools/bamtk.c
2770    M /trunk/samtools/samtools.1
2771
2772 Release SAMtools-0.1.2
2773
2774 ------------------------------------------------------------------------
2775 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2776 Changed paths:
2777    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2778
2779 Script for filtering indel results
2780
2781 ------------------------------------------------------------------------
2782 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
2783 Changed paths:
2784    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
2785
2786 convert ZOOM to SAM
2787
2788 ------------------------------------------------------------------------
2789 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
2790 Changed paths:
2791    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2792
2793 add a script to convert novo alignment to SAM
2794
2795 ------------------------------------------------------------------------
2796 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
2797 Changed paths:
2798    M /trunk/samtools/ChangeLog
2799    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
2800    M /trunk/samtools/samtools.1
2801
2802 update documentation and ChangeLog
2803
2804 ------------------------------------------------------------------------
2805 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
2806 Changed paths:
2807    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2808    M /trunk/samtools/bamtk.c
2809
2810  * samtools-0.1.1-19
2811  * fixed a bug in "merge" command line
2812
2813 ------------------------------------------------------------------------
2814 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2815 Changed paths:
2816    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2817    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
2818    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2819    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
2820    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
2821    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
2822
2823  * merge from branches/dev/
2824  * all future development will happen here
2825
2826 ------------------------------------------------------------------------
2827 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2828 Changed paths:
2829    M /trunk/samtools/COPYING
2830    M /trunk/samtools/ChangeLog
2831    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
2832    M /trunk/samtools/Makefile
2833    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
2834    M /trunk/samtools/bam.c
2835    M /trunk/samtools/bam.h
2836    M /trunk/samtools/bam_import.c
2837    M /trunk/samtools/bam_index.c
2838    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2839    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2840    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2841    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
2842    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2843    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2844    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
2845    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2846    M /trunk/samtools/bamtk.c
2847    M /trunk/samtools/bgzf.h
2848    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
2849    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
2850    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
2851    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2852    M /trunk/samtools/faidx.c
2853    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2854    M /trunk/samtools/glf.h
2855    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2856    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2857    M /trunk/samtools/razf.c
2858    M /trunk/samtools/source.dot
2859
2860  * Merge from branches/dev/
2861  * all future development will happen here at trunk/
2862
2863 ------------------------------------------------------------------------
2864 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2865 Changed paths:
2866    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2867    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2868
2869 Fix problem with compiling without curses.
2870
2871 ------------------------------------------------------------------------
2872 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2873 Changed paths:
2874    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2875
2876 Create trunk copy
2877
2878 ------------------------------------------------------------------------
2879 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2880 Changed paths:
2881    A /branches/dev/samtools/NEWS
2882    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2883    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2884
2885 Release samtools-0.1.1
2886
2887 ------------------------------------------------------------------------
2888 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2889 Changed paths:
2890    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2891    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2892    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2893    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2894    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2895    M /branches/dev/samtools/razf.c
2896    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2897
2898  * samtools-0.1.0-66
2899  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2900  * fixed a memory leak in parsing a region
2901  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2902  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2903  * fixed a bug in indexing for small alignment
2904  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2905  * updated documentation
2906  * prepare to release 0.1.1
2907
2908 ------------------------------------------------------------------------
2909 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2910 Changed paths:
2911    A /branches/dev/samtools/examples
2912    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
2913    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
2914    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
2915    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
2916
2917 example
2918
2919 ------------------------------------------------------------------------
2920 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2921 Changed paths:
2922    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2923
2924 update ChangeLog
2925
2926 ------------------------------------------------------------------------
2927 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
2928 Changed paths:
2929    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2930
2931  * added comments
2932  * fixed several bugs
2933
2934 ------------------------------------------------------------------------
2935 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
2936 Changed paths:
2937    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2938
2939 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
2940
2941 ------------------------------------------------------------------------
2942 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
2943 Changed paths:
2944    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2945    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2946    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2947    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2948    A /branches/dev/samtools/source.dot
2949
2950  * samtools-0.1.0-65
2951  * pileup: generate maq-like simple output
2952  * pileup: allow to output pileup at required sites
2953  * source.dot: source file relationship graph
2954  * tview: fixed a minor bug
2955
2956 ------------------------------------------------------------------------
2957 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
2958 Changed paths:
2959    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2960
2961 remove all2sam.pl
2962
2963 ------------------------------------------------------------------------
2964 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
2965 Changed paths:
2966    A /branches/dev/samtools/COPYING
2967    M /branches/dev/samtools/bam.h
2968    M /branches/dev/samtools/faidx.h
2969    M /branches/dev/samtools/khash.h
2970    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2971    M /branches/dev/samtools/ksort.h
2972    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2973
2974 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
2975
2976 ------------------------------------------------------------------------
2977 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2978 Changed paths:
2979    M /branches/dev/samtools/bam.c
2980    M /branches/dev/samtools/bam.h
2981    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2982    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2983    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2984
2985  * samtools-0.1.0-64
2986  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
2987
2988 ------------------------------------------------------------------------
2989 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2990 Changed paths:
2991    M /branches/dev/samtools/bam.c
2992    M /branches/dev/samtools/bam.h
2993    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2994    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2995    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2996
2997  * samtools-0.1.0-63
2998  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
2999
3000 ------------------------------------------------------------------------
3001 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
3002 Changed paths:
3003    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3004    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
3005    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3006
3007  * samtools-0.1.0-62
3008  * fixed a memory leak
3009
3010 ------------------------------------------------------------------------
3011 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
3012 Changed paths:
3013    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
3014    M /branches/dev/samtools/bam.h
3015    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3016
3017 update documentation, ChangeLog and a comment
3018
3019 ------------------------------------------------------------------------
3020 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
3021 Changed paths:
3022    M /branches/dev/samtools/Makefile
3023    M /branches/dev/samtools/bam.h
3024    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3025    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3026    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3027    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
3028    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3029    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3030
3031  * samtools-0.1.0-61
3032  * moved pileup command to a separate source file
3033  * added indel caller
3034  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
3035  * updated documentation
3036
3037 ------------------------------------------------------------------------
3038 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
3039 Changed paths:
3040    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3041    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3042
3043  * samtools-0.1.0-60
3044  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
3045
3046 ------------------------------------------------------------------------
3047 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
3048 Changed paths:
3049    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3050    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3051    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3052
3053  * samtools-0.1.0-59
3054  * pileup: outputing consensus is now optional
3055  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
3056    I am not quite sure why the previous version may have problem.
3057
3058 ------------------------------------------------------------------------
3059 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
3060 Changed paths:
3061    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3062    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3063
3064  * samtools-0.1.0-58
3065  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
3066    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
3067    and imposing it would make it harder to generate for other language
3068    bindings.
3069
3070 ------------------------------------------------------------------------
3071 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3072 Changed paths:
3073    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3074
3075 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
3076
3077 ------------------------------------------------------------------------
3078 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3079 Changed paths:
3080    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3081
3082 update manual
3083
3084 ------------------------------------------------------------------------
3085 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
3086 Changed paths:
3087    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3088    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3089
3090  * samtools-0.1.0-57
3091  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
3092  * made the parser a bit more robust
3093
3094 ------------------------------------------------------------------------
3095 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3096 Changed paths:
3097    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3098    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3099    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3100
3101  * samtools-0.1.0-56
3102  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
3103  * fixed a typo in bam_index.c
3104  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
3105
3106 ------------------------------------------------------------------------
3107 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
3108 Changed paths:
3109    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3110
3111 update manual
3112
3113 ------------------------------------------------------------------------
3114 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3115 Changed paths:
3116    M /branches/dev/samtools/bam.h
3117    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3118    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3119
3120  * samtools-0.1.0-55
3121  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
3122  * removed -v from pileup
3123  * made pileup take the reference sequence
3124
3125 ------------------------------------------------------------------------
3126 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
3127 Changed paths:
3128    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3129    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3130    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3131
3132  * samtools-0.1.0-54
3133  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
3134  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
3135
3136 ------------------------------------------------------------------------
3137 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3138 Changed paths:
3139    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3140
3141 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
3142
3143 ------------------------------------------------------------------------
3144 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3145 Changed paths:
3146    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3147
3148 also calculate unordered md5sum check
3149
3150 ------------------------------------------------------------------------
3151 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3152 Changed paths:
3153    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3154
3155 fixed a minor bug when there are space in the sequence
3156
3157 ------------------------------------------------------------------------
3158 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3159 Changed paths:
3160    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3161
3162 fixed a potential memory leak
3163
3164 ------------------------------------------------------------------------
3165 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3166 Changed paths:
3167    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3168    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3169    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3170
3171  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
3172
3173 ------------------------------------------------------------------------
3174 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3175 Changed paths:
3176    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3177
3178 nothing, really
3179
3180 ------------------------------------------------------------------------
3181 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3182 Changed paths:
3183    M /branches/dev/samtools/Makefile
3184    M /branches/dev/samtools/kseq.h
3185    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3186    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
3187    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
3188    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3189
3190  * fixed two warnings in kseq.h
3191  * added md5sum utilities
3192
3193 ------------------------------------------------------------------------
3194 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
3195 Changed paths:
3196    M /branches/dev/samtools/Makefile
3197    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3198    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3199    A /branches/dev/samtools/kseq.h
3200    D /branches/dev/samtools/kstream.h
3201
3202  * samtools-0.1.0-52
3203  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
3204    extra functions in kseq.h.
3205  * also compile stand-alone faidx
3206
3207 ------------------------------------------------------------------------
3208 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3209 Changed paths:
3210    M /branches/dev/samtools/bam.h
3211    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3212    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3213
3214  * samtools-0.1.0-51
3215  * sorting by read names is available
3216
3217 ------------------------------------------------------------------------
3218 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3219 Changed paths:
3220    M /branches/dev/samtools/bam.c
3221    M /branches/dev/samtools/bam.h
3222    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3223    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3224    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3225    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3226    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3227    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3228    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3229
3230  * samtools-0.1.0-50
3231  * format change to meet the latest specification
3232
3233 ------------------------------------------------------------------------
3234 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
3235 Changed paths:
3236    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3237    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3238
3239  * minor change in maqcns: special care when n==0
3240  * change maq2sam to meet the latest specification
3241
3242 ------------------------------------------------------------------------
3243 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3244 Changed paths:
3245    M /branches/dev/samtools/razf.c
3246    M /branches/dev/samtools/razf.h
3247
3248 considerable code clean up in razf
3249
3250 ------------------------------------------------------------------------
3251 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3252 Changed paths:
3253    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
3254    M /branches/dev/samtools/Makefile
3255    M /branches/dev/samtools/faidx.c
3256
3257 make RAZF optional in faidx.c
3258
3259 ------------------------------------------------------------------------
3260 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
3261 Changed paths:
3262    M /branches/dev/samtools/Makefile
3263    M /branches/dev/samtools/bam.h
3264    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3265    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3266    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3267
3268  * samtools-0.1.0-49
3269  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
3270
3271 ------------------------------------------------------------------------
3272 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
3273 Changed paths:
3274    M /branches/dev/samtools/bam.c
3275    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3276    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3277    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3278    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3279    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3280
3281  * samtools-0.1.0-48
3282  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
3283  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
3284  * supporting hex strings
3285
3286 ------------------------------------------------------------------------
3287 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3288 Changed paths:
3289    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3290    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3291
3292  * samtools-0.1.0-47
3293  * fixed the bug in maqcns
3294
3295 ------------------------------------------------------------------------
3296 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3297 Changed paths:
3298    M /branches/dev/samtools/Makefile
3299    M /branches/dev/samtools/bam.h
3300    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3301    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3302    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3303    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3304    A /branches/dev/samtools/glf.h
3305
3306  * samtools-0.1.0-46
3307  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
3308
3309 ------------------------------------------------------------------------
3310 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
3311 Changed paths:
3312    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3313    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3314    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3315
3316  * samtools-0.1.0-45
3317  * tview: display padded alignment (but not P operation)
3318  * better coordinates and reference sequence
3319
3320 ------------------------------------------------------------------------
3321 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
3322 Changed paths:
3323    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3324
3325 new ChangeLog
3326
3327 ------------------------------------------------------------------------
3328 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3329 Changed paths:
3330    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
3331    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
3332
3333 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
3334 the log of my personal SVN repository.
3335
3336 ------------------------------------------------------------------------
3337 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
3338 Changed paths:
3339    M /branches/dev/samtools/Makefile
3340    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3341    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3342
3343  * samtools-0.1.0-44
3344  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
3345    missing these declarations will make bgzf buggy
3346  * get rid of some harmless warings
3347  * use BGZF by default, now
3348
3349 ------------------------------------------------------------------------
3350 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3351 Changed paths:
3352    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3353    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3354    M /branches/dev/samtools/razf.c
3355
3356  * samtools-0.1.0-43
3357  * fixed a bug in razf_read()
3358  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
3359
3360 ------------------------------------------------------------------------
3361 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3362 Changed paths:
3363    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3364
3365 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
3366
3367 ------------------------------------------------------------------------
3368 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3369 Changed paths:
3370    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3371
3372  * samtools-0.1.0-42
3373  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
3374    also update the version number anyway to avoid confusion
3375
3376 ------------------------------------------------------------------------
3377 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3378 Changed paths:
3379    M /branches/dev/samtools/razf.c
3380
3381 a change from Jue, but I think it should not matter
3382
3383 ------------------------------------------------------------------------
3384 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
3385 Changed paths:
3386    M /branches/dev/samtools/razf.c
3387
3388 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
3389 rarely happens, very rarely.
3390
3391 ------------------------------------------------------------------------
3392 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3393 Changed paths:
3394    M /branches/dev/samtools/razf.c
3395
3396 fixed a bug in razf, with the help of Jue
3397
3398 ------------------------------------------------------------------------
3399 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3400 Changed paths:
3401    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3402
3403 remove a comment
3404
3405 ------------------------------------------------------------------------
3406 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3407 Changed paths:
3408    M /branches/dev/samtools/Makefile
3409    M /branches/dev/samtools/bam.h
3410    M /branches/dev/samtools/razf.c
3411    M /branches/dev/samtools/razf.h
3412
3413  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
3414
3415 ------------------------------------------------------------------------
3416 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3417 Changed paths:
3418    A /branches/dev/samtools/samtools.1
3419
3420 the manual page
3421
3422 ------------------------------------------------------------------------
3423 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
3424 Changed paths:
3425    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3426    A /branches/dev/samtools/Makefile
3427    A /branches/dev/samtools/bam.c
3428    A /branches/dev/samtools/bam.h
3429    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3430    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
3431    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
3432    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
3433    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
3434    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3435    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3436    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3437    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
3438    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
3439    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
3440    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
3441    A /branches/dev/samtools/faidx.c
3442    A /branches/dev/samtools/faidx.h
3443    A /branches/dev/samtools/khash.h
3444    A /branches/dev/samtools/ksort.h
3445    A /branches/dev/samtools/kstream.h
3446    A /branches/dev/samtools/misc
3447    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3448    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3449    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3450    A /branches/dev/samtools/razf.c
3451    A /branches/dev/samtools/razf.h
3452    A /branches/dev/samtools/razip.c
3453    A /branches/dev/samtools/zutil.h
3454
3455 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
3456 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
3457
3458 ------------------------------------------------------------------------
3459 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3460 Changed paths:
3461    A /branches/dev/samtools
3462
3463 samtools (C version)
3464
3465 ------------------------------------------------------------------------