ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r839 | lh3lh3 | 2010-11-18 17:30:11 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 9 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
   5    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
   6    M /trunk/samtools/bamtk.c
   7
   8  * samtools-0.1.10-6 (r839)
   9
  10  * call MNPs without realignment because it seems to me that it is not
  11    worthwhile to significantly slow down SNP calling.
  12
  13  * the result looks quite different from the previous version. I have
  14    work to do...
  15
  16
  17 ------------------------------------------------------------------------
  18 r838 | lh3lh3 | 2010-11-18 11:26:09 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 2 lines
  19 Changed paths:
  20    M /trunk/samtools/knetfile.c
  21
  22 Apply a patch by Rob Davis, which improves fault detection.
  23
  24 ------------------------------------------------------------------------
  25 r836 | lh3lh3 | 2010-11-18 11:09:23 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 3 lines
  26 Changed paths:
  27    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  28    M /trunk/samtools/bamtk.c
  29
  30  * samtools-r836
  31  * initiate MNP realignment when the MNP has at least 0.2% frequency (otherwise too slow)
  32
  33 ------------------------------------------------------------------------
  34 r835 | lh3lh3 | 2010-11-18 00:25:13 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 3 lines
  35 Changed paths:
  36    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  37
  38  * modify the filtering rule: also filter SNPs around filtered indels
  39  * added MNP filter
  40
  41 ------------------------------------------------------------------------
  42 r834 | lh3lh3 | 2010-11-17 23:13:52 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 4 lines
  43 Changed paths:
  44    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  45    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  46    M /trunk/samtools/bamtk.c
  47
  48  * samtools-0.1.10-4 (r834)
  49  * fixed a silly bug in printing MNP
  50  * restrict to at most 1 alternative allele
  51
  52 ------------------------------------------------------------------------
  53 r833 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:58:58 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 2 lines
  54 Changed paths:
  55    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  56    M /trunk/samtools/bamtk.c
  57
  58 fixed a bug in printing MNPs
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r832 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:47:20 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 2 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  64    M /trunk/samtools/bamtk.c
  65
  66 minor change to how seqQ is applied
  67
  68 ------------------------------------------------------------------------
  69 r831 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:41:12 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 3 lines
  70 Changed paths:
  71    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  72    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  73    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  74    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  75    M /trunk/samtools/bamtk.c
  76
  77  * samtools-0.1.10 (r831)
  78  * initial MNP caller
  79
  80 ------------------------------------------------------------------------
  81 r829 | lh3lh3 | 2010-11-16 23:14:15 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
  82 Changed paths:
  83    M /trunk/samtools/ChangeLog
  84    M /trunk/samtools/NEWS
  85    M /trunk/samtools/bamtk.c
  86
  87 Release samtools-0.1.10 (r829)
  88
  89 ------------------------------------------------------------------------
  90 r828 | lh3lh3 | 2010-11-16 20:48:49 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
  91 Changed paths:
  92    M /trunk/samtools/bamtk.c
  93
  94 update version information: samtools-0.1.9-20 (r828)
  95
  96 ------------------------------------------------------------------------
  97 r827 | lh3lh3 | 2010-11-16 15:32:50 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
  98 Changed paths:
  99    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 100
 101 bcftools: allow to skip indels
 102
 103 ------------------------------------------------------------------------
 104 r826 | lh3lh3 | 2010-11-16 14:11:58 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 105 Changed paths:
 106    M /trunk/samtools/bam_md.c
 107
 108 remove ZQ if both BQ and ZQ are present
 109
 110 ------------------------------------------------------------------------
 111 r825 | lh3lh3 | 2010-11-16 13:51:33 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 3 lines
 112 Changed paths:
 113    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 114    M /trunk/samtools/bam_md.c
 115    M /trunk/samtools/bamtk.c
 116    M /trunk/samtools/samtools.1
 117
 118  * samtools-0.1.9-18 (r825)
 119  * change the behaviour of calmd such that by default it does not change the base quality
 120
 121 ------------------------------------------------------------------------
 122 r824 | lh3lh3 | 2010-11-15 23:31:53 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 4 lines
 123 Changed paths:
 124    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 125    M /trunk/samtools/bamtk.c
 126    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 127    M /trunk/samtools/samtools.1
 128
 129  * samtools-0.1.9-17 (r824)
 130  * added command line options to change the default parameters in indel calling
 131  * update the manual
 132
 133 ------------------------------------------------------------------------
 134 r823 | lh3lh3 | 2010-11-15 12:20:13 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
 135 Changed paths:
 136    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 137    M /trunk/samtools/bam_md.c
 138    M /trunk/samtools/bamtk.c
 139
 140  * samtools-0.1.9-r823
 141  * the BQ tag is now 64 shifted, not 33 shifted
 142
 143 ------------------------------------------------------------------------
 144 r822 | lh3lh3 | 2010-11-15 00:30:18 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
 145 Changed paths:
 146    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 147    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 148    M /trunk/samtools/bamtk.c
 149    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 150    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 151
 152  * samtools-0.1.9-16 (r822)
 153  * keep the raw depth because in indel calling, DP4 may be way off the true depth
 154
 155 ------------------------------------------------------------------------
 156 r821 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:18:31 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 4 lines
 157 Changed paths:
 158    M /trunk/samtools/bam_md.c
 159    M /trunk/samtools/bamtk.c
 160
 161  * samtools-0.1.9-15 (r821)
 162  * calmd: write BQ
 163  * skip realignment if BQ is present
 164
 165 ------------------------------------------------------------------------
 166 r820 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:08:26 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 3 lines
 167 Changed paths:
 168    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 169    M /trunk/samtools/bamtk.c
 170
 171  * samtools-0.1.9-14 (r820)
 172  * penalize reads with excessive differences in indel calling
 173
 174 ------------------------------------------------------------------------
 175 r819 | lh3lh3 | 2010-11-12 21:36:27 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
 176 Changed paths:
 177    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 178    M /trunk/samtools/bamtk.c
 179
 180  * samtools-0.1.9-13 (r819)
 181  * fixed a bug in pileup given refskip
 182
 183 ------------------------------------------------------------------------
 184 r818 | lh3lh3 | 2010-11-12 13:04:53 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
 185 Changed paths:
 186    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 187    M /trunk/samtools/bamtk.c
 188
 189  * samtools-r818
 190  * for indel calling, do two rounds of probabilistic realignments
 191
 192 ------------------------------------------------------------------------
 193 r817 | lh3lh3 | 2010-11-11 20:04:07 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 3 lines
 194 Changed paths:
 195    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 196    M /trunk/samtools/bamtk.c
 197    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 198
 199  * samtools-0.1.19-11 (r817)
 200  * only initiate indel calling when 0.2% of reads contain a gap
 201
 202 ------------------------------------------------------------------------
 203 r816 | lh3lh3 | 2010-11-11 01:22:59 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 7 lines
 204 Changed paths:
 205    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 206    M /trunk/samtools/bamtk.c
 207
 208  * samtools-0.1.9-10 (r816)
 209
 210  * I know why the forward method fails. it is because of zero base
 211    qualities. when that is fixed, the forward method seems to give
 212    better results than Viterbi, as it should be. I am tired...
 213
 214
 215 ------------------------------------------------------------------------
 216 r815 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:57:15 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 2 lines
 217 Changed paths:
 218    M /trunk/samtools/ChangeLog
 219    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 220
 221 effectively revert to the viterbi version. The forward realignment gives too many false positives.
 222
 223 ------------------------------------------------------------------------
 224 r814 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:18:02 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 4 lines
 225 Changed paths:
 226    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 227    M /trunk/samtools/bam_md.c
 228    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 229    M /trunk/samtools/bamtk.c
 230
 231  * samtools-0.1.9-9 (r810)
 232  * use forward, instead of viterbi, for realignment
 233  * realignment is now quality aware
 234
 235 ------------------------------------------------------------------------
 236 r813 | lh3lh3 | 2010-11-10 22:45:24 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 237 Changed paths:
 238    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 239    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 240    M /trunk/samtools/kprobaln.h
 241
 242  * prepare to replace kaln with kprobaln in realignment
 243
 244 ------------------------------------------------------------------------
 245 r812 | lh3lh3 | 2010-11-10 17:28:50 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 246 Changed paths:
 247    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 248
 249 fixed a typo
 250
 251 ------------------------------------------------------------------------
 252 r811 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:54:46 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 253 Changed paths:
 254    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 255    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 256
 257 use zlib for direct reading when BCF_LITE is in use
 258
 259 ------------------------------------------------------------------------
 260 r810 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:32:13 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 261 Changed paths:
 262    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 263
 264  * do not use reads containing too many mismatches for indel calling
 265  * fixed a trivial bug in case of multi-allelic indels
 266
 267 ------------------------------------------------------------------------
 268 r809 | lh3lh3 | 2010-11-10 13:23:02 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 269 Changed paths:
 270    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 271    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 272    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 273    M /trunk/samtools/bamtk.c
 274
 275  * samtools-0.1.9-8 (r809)
 276  * fixed a bug in the indel caller
 277
 278 ------------------------------------------------------------------------
 279 r808 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:24:10 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 280 Changed paths:
 281    M /trunk/samtools/Makefile
 282
 283 minor change to makefile
 284
 285 ------------------------------------------------------------------------
 286 r807 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:10:21 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 4 lines
 287 Changed paths:
 288    M /trunk/samtools/Makefile
 289    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 290    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 291    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 292    M /trunk/samtools/bamtk.c
 293    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 294
 295  * samtools-0.1.9-8 (r807)
 296  * collect indel candidates only from specified platforms (@RG-PL)
 297  * merge varFilter and filter4vcf in vcfutils.pl
 298
 299 ------------------------------------------------------------------------
 300 r806 | lh3lh3 | 2010-11-09 22:05:46 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 301 Changed paths:
 302    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 303    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 304    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 305
 306 bcftools: compute equal-tail (Bayesian) credible interval
 307
 308 ------------------------------------------------------------------------
 309 r805 | lh3lh3 | 2010-11-09 16:28:39 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 310 Changed paths:
 311    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 312
 313 added a double-hit filter to avoid overestimated indel likelihood
 314
 315 ------------------------------------------------------------------------
 316 r804 | lh3lh3 | 2010-11-09 14:12:06 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 3 lines
 317 Changed paths:
 318    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 319    M /trunk/samtools/bamtk.c
 320
 321  * samtools-0.1.9-7 (r804)
 322  * fixed a bug in the gap caller
 323
 324 ------------------------------------------------------------------------
 325 r803 | lh3lh3 | 2010-11-09 10:45:33 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 4 lines
 326 Changed paths:
 327    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 328    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 329    M /trunk/samtools/bamtk.c
 330    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 331    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 332    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 333
 334  * samtools-0.1.9-6 (r803)
 335  * mpileup: apply homopolymer correction when calculating GL, instead of before
 336  * bcftools: apply a different prior to indels
 337
 338 ------------------------------------------------------------------------
 339 r802 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:53:15 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 340 Changed paths:
 341    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 342    M /trunk/samtools/bamtk.c
 343
 344  * samtools-0.1.9-5 (r802)
 345  * relax tandem penalty. this will be made a command-line option in future.
 346
 347 ------------------------------------------------------------------------
 348 r801 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:35:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 349 Changed paths:
 350    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 351    M /trunk/samtools/bamtk.c
 352
 353  * samtools-0.1.9-4 (r801)
 354  * fixed a minor issue in printing indel VCF
 355
 356 ------------------------------------------------------------------------
 357 r800 | lh3lh3 | 2010-11-08 15:28:14 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 358 Changed paths:
 359    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 360    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 361
 362 fixed another silly bug in mpileup's indel caller
 363
 364 ------------------------------------------------------------------------
 365 r799 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:28:27 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 366 Changed paths:
 367    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 368
 369 fixed a silly bug in the indel caller
 370
 371 ------------------------------------------------------------------------
 372 r798 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:07:33 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 373 Changed paths:
 374    M /trunk/samtools/ChangeLog
 375    M /trunk/samtools/sam_view.c
 376    M /trunk/samtools/samtools.1
 377
 378 Incorporate patches by Marcel Martin for read counting.
 379
 380 ------------------------------------------------------------------------
 381 r797 | lh3lh3 | 2010-11-08 13:39:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 382 Changed paths:
 383    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 384    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 385    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 386    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 387    M /trunk/samtools/bamtk.c
 388
 389  * samtools-0.1.9-2 (r797)
 390  * mpileup: indel calling seems to be working
 391
 392 ------------------------------------------------------------------------
 393 r796 | lh3lh3 | 2010-11-08 10:54:46 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 394 Changed paths:
 395    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 396    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 397    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 398    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 399    M /trunk/samtools/kaln.c
 400
 401 indel calling is apparently working, but more information needs to be collected
 402
 403 ------------------------------------------------------------------------
 404 r795 | lh3lh3 | 2010-11-08 00:39:18 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 405 Changed paths:
 406    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 407    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 408
 409 fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.
 410
 411 ------------------------------------------------------------------------
 412 r794 | lh3lh3 | 2010-11-07 22:23:16 -0500 (Sun, 07 Nov 2010) | 2 lines
 413 Changed paths:
 414    M /trunk/samtools/Makefile
 415    M /trunk/samtools/bam.h
 416    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 417    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 418    A /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 419    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 420    M /trunk/samtools/kaln.c
 421    M /trunk/samtools/kaln.h
 422
 423 prepare for the indel caller. It is not ready yet.
 424
 425 ------------------------------------------------------------------------
 426 r793 | lh3lh3 | 2010-11-05 11:28:23 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 2 lines
 427 Changed paths:
 428    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 429    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 430    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 431
 432 Revert to r790. The recent changes are not good...
 433
 434 ------------------------------------------------------------------------
 435 r792 | lh3lh3 | 2010-11-05 00:19:14 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 6 lines
 436 Changed paths:
 437    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 438    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 439    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 440
 441  * this revision is UNSTABLE
 442
 443  * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
 444    several things I do not quite understand.
 445
 446
 447 ------------------------------------------------------------------------
 448 r791 | lh3lh3 | 2010-11-04 22:58:43 -0400 (Thu, 04 Nov 2010) | 2 lines
 449 Changed paths:
 450    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 451    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 452    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 453
 454 for backup. no effective changes
 455
 456 ------------------------------------------------------------------------
 457 r790 | lh3lh3 | 2010-11-03 15:51:24 -0400 (Wed, 03 Nov 2010) | 2 lines
 458 Changed paths:
 459    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 460    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 461
 462 fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c
 463
 464 ------------------------------------------------------------------------
 465 r789 | lh3lh3 | 2010-11-02 15:41:27 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 4 lines
 466 Changed paths:
 467    M /trunk/samtools/Makefile
 468    M /trunk/samtools/bam_md.c
 469    M /trunk/samtools/kaln.c
 470    M /trunk/samtools/kaln.h
 471    A /trunk/samtools/kprobaln.c
 472    A /trunk/samtools/kprobaln.h
 473
 474 Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
 475 present, the results should be identical to the previous.
 476
 477
 478 ------------------------------------------------------------------------
 479 r788 | petulda | 2010-11-02 12:19:04 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 1 line
 480 Changed paths:
 481    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 482
 483 Added -b option: read file names from a file
 484 ------------------------------------------------------------------------
 485 r787 | lh3lh3 | 2010-10-29 23:17:22 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 7 lines
 486 Changed paths:
 487    M /trunk/samtools/bam.h
 488    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 489    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 490    M /trunk/samtools/bamtk.c
 491
 492  * samtools-0.1.9-2 (r787)
 493
 494  * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
 495    BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
 496    improved.
 497
 498
 499 ------------------------------------------------------------------------
 500 r786 | lh3lh3 | 2010-10-29 12:10:40 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 3 lines
 501 Changed paths:
 502    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 503    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 504    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 505    M /trunk/samtools/bamtk.c
 506    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 507    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 508
 509  * samtools-0.1.9-1 (r786)
 510  * samtools: optionally perform exact test for each sample
 511
 512 ------------------------------------------------------------------------
 513 r785 | lh3lh3 | 2010-10-29 09:42:25 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 2 lines
 514 Changed paths:
 515    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 516    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 517    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 518    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 519
 520 Optionally output "DP", the individual read depth
 521
 522 ------------------------------------------------------------------------
 523 r784 | lh3lh3 | 2010-10-27 23:10:27 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 524 Changed paths:
 525    M /trunk/samtools/samtools.1
 526
 527 acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.
 528
 529 ------------------------------------------------------------------------
 530 r783 | lh3lh3 | 2010-10-27 22:47:47 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 531 Changed paths:
 532    M /trunk/samtools/ChangeLog
 533    M /trunk/samtools/NEWS
 534    M /trunk/samtools/bamtk.c
 535    M /trunk/samtools/samtools.1
 536
 537 Release samtools-0.1.9 (r783)
 538
 539 ------------------------------------------------------------------------
 540 r782 | lh3lh3 | 2010-10-27 19:58:54 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 541 Changed paths:
 542    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 543
 544 fixed a silly bug in pileup
 545
 546 ------------------------------------------------------------------------
 547 r781 | lh3lh3 | 2010-10-27 14:39:48 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 5 lines
 548 Changed paths:
 549    M /trunk/samtools/ChangeLog
 550    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 551    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 552    M /trunk/samtools/bamtk.c
 553    M /trunk/samtools/samtools.1
 554
 555  * samtools-0.1.8-22 (r781)
 556  * made BAQ the default behavior of mpileup
 557  * updated manual
 558  * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.
 559
 560 ------------------------------------------------------------------------
 561 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 562 Changed paths:
 563    M /trunk/samtools/bam.h
 564    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 565    M /trunk/samtools/bamtk.c
 566
 567  * samtools-0.1.8-21 (r780)
 568  * minor speedup to pileup
 569
 570 ------------------------------------------------------------------------
 571 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 572 Changed paths:
 573    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 574    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 575    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 576
 577 improve pileup a little bit
 578
 579 ------------------------------------------------------------------------
 580 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 581 Changed paths:
 582    M /trunk/samtools/bam.h
 583    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 584    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 585    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 586    M /trunk/samtools/bamtk.c
 587
 588  * samtools-0.1.8-20 (r778)
 589  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
 590
 591 ------------------------------------------------------------------------
 592 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
 593 Changed paths:
 594    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 595    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 596    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 597    M /trunk/samtools/bamtk.c
 598    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 599
 600  * samtools-0.1.8-19 (r777)
 601  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
 602
 603 ------------------------------------------------------------------------
 604 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
 605 Changed paths:
 606    M /trunk/samtools/bam_md.c
 607
 608 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
 609
 610 ------------------------------------------------------------------------
 611 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
 612 Changed paths:
 613    M /trunk/samtools/sam_view.c
 614
 615 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
 616 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
 617
 618 ------------------------------------------------------------------------
 619 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
 620 Changed paths:
 621    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 622    M /trunk/samtools/kaln.c
 623
 624  * Minor code changes. No real effect.
 625  * change quality to 30 in toy.sam
 626
 627 ------------------------------------------------------------------------
 628 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
 629 Changed paths:
 630    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
 631    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 632
 633 added another toy example
 634
 635 ------------------------------------------------------------------------
 636 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
 637 Changed paths:
 638    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 639    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 640    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 641
 642 improve the LD statistics
 643
 644 ------------------------------------------------------------------------
 645 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
 646 Changed paths:
 647    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 648    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 649
 650  * a minor fix to the -L option
 651  * add ldstats to vcfutils.pl
 652
 653 ------------------------------------------------------------------------
 654 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 655 Changed paths:
 656    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 657
 658 a minor change
 659
 660 ------------------------------------------------------------------------
 661 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 662 Changed paths:
 663    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 664    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 665
 666 forget to add the key file
 667
 668 ------------------------------------------------------------------------
 669 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
 670 Changed paths:
 671    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 672    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 673    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 674    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 675    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 676    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 677
 678  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 679  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 680  * calculate adjacent LD
 681
 682 ------------------------------------------------------------------------
 683 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
 684 Changed paths:
 685    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 686
 687 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
 688
 689 ------------------------------------------------------------------------
 690 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
 691 Changed paths:
 692    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 693    M /trunk/samtools/kaln.c
 694
 695  * removed a comment line in kaln.c
 696  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
 697
 698 ------------------------------------------------------------------------
 699 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
 700 Changed paths:
 701    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
 702
 703 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
 704 ------------------------------------------------------------------------
 705 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
 706 Changed paths:
 707    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 708    M /trunk/samtools/bamtk.c
 709    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
 710    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 711    M /trunk/samtools/samtools.1
 712
 713  * samtools-0.1.8-18 (r763)
 714  * added bcftools manual page
 715  * minor fix to mpileup and view command lines
 716
 717 ------------------------------------------------------------------------
 718 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
 719 Changed paths:
 720    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 721    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 722    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 723
 724  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 725  * allow to call genotypes at variant sites
 726
 727 ------------------------------------------------------------------------
 728 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
 729 Changed paths:
 730    M /trunk/samtools/kaln.c
 731    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 732
 733 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
 734 being conservative here is a good thing...
 735
 736 ------------------------------------------------------------------------
 737 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
 738 Changed paths:
 739    M /trunk/samtools/bamtk.c
 740    M /trunk/samtools/kaln.c
 741    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 742
 743  * samtools-0.1.8-17 (r760)
 744  * the default gap open penalty is too small (a typo)
 745  * added comments on hmm_realn
 746  * Java implementation
 747
 748 ------------------------------------------------------------------------
 749 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 750 Changed paths:
 751    M /trunk/samtools/bamtk.c
 752
 753 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
 754
 755 ------------------------------------------------------------------------
 756 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 757 Changed paths:
 758    M /trunk/samtools/kaln.c
 759
 760 round to the nearest integer
 761
 762 ------------------------------------------------------------------------
 763 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
 764 Changed paths:
 765    M /trunk/samtools/kaln.c
 766
 767 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
 768 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
 769 multiplication. OK. I will stop.
 770
 771 ------------------------------------------------------------------------
 772 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 773 Changed paths:
 774    M /trunk/samtools/kaln.c
 775
 776 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
 777
 778 ------------------------------------------------------------------------
 779 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 780 Changed paths:
 781    M /trunk/samtools/kaln.c
 782
 783 minor changes
 784
 785 ------------------------------------------------------------------------
 786 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 787 Changed paths:
 788    M /trunk/samtools/bam_md.c
 789    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 790    M /trunk/samtools/kaln.c
 791
 792 prob_realn() seems working!
 793
 794 ------------------------------------------------------------------------
 795 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 796 Changed paths:
 797    M /trunk/samtools/kaln.c
 798
 799 minor
 800
 801 ------------------------------------------------------------------------
 802 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 803 Changed paths:
 804    M /trunk/samtools/kaln.c
 805    M /trunk/samtools/kaln.h
 806
 807 Convert phredQ to probabilities
 808
 809 ------------------------------------------------------------------------
 810 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 811 Changed paths:
 812    M /trunk/samtools/kaln.c
 813    M /trunk/samtools/kaln.h
 814
 815 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
 816
 817 ------------------------------------------------------------------------
 818 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 819 Changed paths:
 820    M /trunk/samtools/kaln.c
 821
 822 improve numerical stability
 823
 824 ------------------------------------------------------------------------
 825 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 826 Changed paths:
 827    M /trunk/samtools/kaln.c
 828
 829 more comments
 830
 831 ------------------------------------------------------------------------
 832 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 833 Changed paths:
 834    M /trunk/samtools/kaln.c
 835
 836 fixed a bug in banded DP
 837
 838 ------------------------------------------------------------------------
 839 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
 840 Changed paths:
 841    M /trunk/samtools/kaln.c
 842
 843  * fixed that weird issue.
 844  * the banded version is NOT working
 845
 846 ------------------------------------------------------------------------
 847 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 848 Changed paths:
 849    M /trunk/samtools/kaln.c
 850
 851 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
 852
 853 ------------------------------------------------------------------------
 854 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 855 Changed paths:
 856    M /trunk/samtools/kaln.c
 857
 858 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
 859 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
 860 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
 861 the implementation may not be obvious.
 862
 863
 864 ------------------------------------------------------------------------
 865 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 866 Changed paths:
 867    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 868    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 869    M /trunk/samtools/kaln.c
 870    M /trunk/samtools/kaln.h
 871
 872 ...
 873
 874 ------------------------------------------------------------------------
 875 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 876 Changed paths:
 877    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 878
 879 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
 880 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
 881
 882 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
 883 to samtools merge's exit status.
 884
 885 ------------------------------------------------------------------------
 886 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
 887 Changed paths:
 888    M /trunk/samtools/bam_index.c
 889
 890 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
 891 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
 892 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
 893 call, so the cost is insignificant in the normal case.
 894
 895 ------------------------------------------------------------------------
 896 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
 897 Changed paths:
 898    M /trunk/samtools/bam.c
 899    M /trunk/samtools/bam.h
 900
 901 Add bam_validate1().
 902
 903 ------------------------------------------------------------------------
 904 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 905 Changed paths:
 906    M /trunk/samtools/bam_md.c
 907    M /trunk/samtools/bamtk.c
 908
 909  * samtools-0.1.8-15 (r379)
 910  * allow to change capQ parameter in calmd
 911
 912 ------------------------------------------------------------------------
 913 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
 914 Changed paths:
 915    M /trunk/samtools/bam_index.c
 916    M /trunk/samtools/sam_view.c
 917
 918 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
 919 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
 920 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
 921 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
 922 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
 923 returned) indicates corrupted input.
 924
 925 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
 926
 927 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
 928 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
 929 to the .bam file it is being used with.
 930
 931 ------------------------------------------------------------------------
 932 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 933 Changed paths:
 934    M /trunk/samtools/bam_index.c
 935
 936 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
 937 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
 938
 939 ------------------------------------------------------------------------
 940 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 941 Changed paths:
 942    M /trunk/samtools/bam.h
 943    M /trunk/samtools/bam_index.c
 944    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 945
 946  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
 947
 948 ------------------------------------------------------------------------
 949 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 950 Changed paths:
 951    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 952
 953 improve qstats by checking the alleles as well
 954
 955 ------------------------------------------------------------------------
 956 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 957 Changed paths:
 958    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 959
 960 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
 961
 962 ------------------------------------------------------------------------
 963 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 964 Changed paths:
 965    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 966
 967 hapmap2vcf convertor
 968
 969 ------------------------------------------------------------------------
 970 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
 971 Changed paths:
 972    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 973    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 974    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 975    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 976
 977  * added comments
 978  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
 979
 980 ------------------------------------------------------------------------
 981 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 982 Changed paths:
 983    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 984    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 985    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 986    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 987    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 988    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 989
 990  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
 991
 992 ------------------------------------------------------------------------
 993 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
 994 Changed paths:
 995    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 996    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 997    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
 998
 999 fixed a bug in indexing
1000
1001 ------------------------------------------------------------------------
1002 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1003 Changed paths:
1004    M /trunk/samtools/bam.c
1005    M /trunk/samtools/bam_md.c
1006    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1007
1008  * fixed a bug in capQ
1009  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
1010
1011 ------------------------------------------------------------------------
1012 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1013 Changed paths:
1014    M /trunk/samtools/bgzip.c
1015    M /trunk/samtools/razip.c
1016
1017  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
1018  * copy tabix/bgzip to here
1019
1020 ------------------------------------------------------------------------
1021 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1022 Changed paths:
1023    M /trunk/samtools/bam_md.c
1024    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1025    M /trunk/samtools/bamtk.c
1026
1027  * samtools-0.1.8-14 (r727)
1028  * allow to change the capQ parameter at the command line
1029
1030 ------------------------------------------------------------------------
1031 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
1032 Changed paths:
1033    M /trunk/samtools/bam_md.c
1034    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1035    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1036    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1037
1038  * added varFilter to vcfutils.pl
1039  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
1040  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
1041
1042 ------------------------------------------------------------------------
1043 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
1044 Changed paths:
1045    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1046    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
1047    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1048
1049  * convert BCF to QCALL input
1050
1051 ------------------------------------------------------------------------
1052 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1053 Changed paths:
1054    M /trunk/samtools/bam_md.c
1055
1056 dynamic band width in realignment
1057
1058 ------------------------------------------------------------------------
1059 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1060 Changed paths:
1061    M /trunk/samtools/bam_md.c
1062    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1063
1064 fixed a bug in realignment
1065
1066 ------------------------------------------------------------------------
1067 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1068 Changed paths:
1069    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1070
1071 fixed a minor issue
1072
1073 ------------------------------------------------------------------------
1074 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1075 Changed paths:
1076    M /trunk/samtools/Makefile
1077    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1078    M /trunk/samtools/bam_md.c
1079
1080 fixed a bug in realignment
1081
1082 ------------------------------------------------------------------------
1083 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1084 Changed paths:
1085    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1086
1087 minor changes. It is BUGGY now!
1088
1089 ------------------------------------------------------------------------
1090 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
1091 Changed paths:
1092    M /trunk/samtools/bam_md.c
1093    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1094    M /trunk/samtools/kaln.c
1095    M /trunk/samtools/kaln.h
1096
1097  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
1098  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
1099  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
1100
1101 ------------------------------------------------------------------------
1102 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1103 Changed paths:
1104    M /trunk/samtools
1105
1106 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
1107
1108 ------------------------------------------------------------------------
1109 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
1110 Changed paths:
1111    M /trunk/samtools
1112    M /trunk/samtools/bcftools
1113    M /trunk/samtools/misc
1114
1115 Add svn:ignore properties listing the generated files.
1116 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
1117
1118 ------------------------------------------------------------------------
1119 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
1120 Changed paths:
1121    M /trunk/samtools/bamtk.c
1122    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1123    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1124    M /trunk/samtools/sample.c
1125    M /trunk/samtools/sample.h
1126
1127  * samtools-0.1.8-13 (r715)
1128  * fixed a bug in identifying SM across files
1129  * bcftools: estimate heterozygosity
1130  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
1131
1132 ------------------------------------------------------------------------
1133 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
1134 Changed paths:
1135    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1136    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1137    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1138    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1139
1140 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
1141
1142 ------------------------------------------------------------------------
1143 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
1144 Changed paths:
1145    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1146    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1147    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1148    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1149
1150  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
1151  * fixed a bug in the contrast caller
1152  * calculate heterozygosity
1153
1154 ------------------------------------------------------------------------
1155 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1156 Changed paths:
1157    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1158    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1159    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1160
1161 SNP calling from the GL field
1162
1163 ------------------------------------------------------------------------
1164 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1165 Changed paths:
1166    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1167
1168 fixed another problem
1169
1170 ------------------------------------------------------------------------
1171 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
1172 Changed paths:
1173    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1174    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1175
1176  * fixed bugs in parsing VCF
1177  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
1178
1179 ------------------------------------------------------------------------
1180 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1181 Changed paths:
1182    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1183    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1184
1185 Do not compile _BCF_QUAD by default
1186
1187 ------------------------------------------------------------------------
1188 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1189 Changed paths:
1190    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1191    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1192    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1193    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1194
1195 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
1196
1197 ------------------------------------------------------------------------
1198 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1199 Changed paths:
1200    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1201
1202 more commands for my own uses
1203
1204 ------------------------------------------------------------------------
1205 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1206 Changed paths:
1207    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1208
1209 Utilities for processing VCF
1210
1211 ------------------------------------------------------------------------
1212 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1213 Changed paths:
1214    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1215    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1216    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1217    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1218
1219 preliminary contrast variant caller
1220
1221 ------------------------------------------------------------------------
1222 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1223 Changed paths:
1224    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1225    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1226    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1227
1228 z' and z'' can be calculated
1229
1230 ------------------------------------------------------------------------
1231 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
1232 Changed paths:
1233    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1234    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
1235    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1236    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1237
1238  * rename vcfout.c as call1.c
1239  * prepare to add two-sample comparison
1240
1241 ------------------------------------------------------------------------
1242 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1243 Changed paths:
1244    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1245
1246 fixed a bug in calculating the t statistics
1247
1248 ------------------------------------------------------------------------
1249 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
1250 Changed paths:
1251    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1252    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1253    M /trunk/samtools/bamtk.c
1254    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1255    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1256
1257  * samtools-0.1.8-13 (r698)
1258  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
1259
1260 ------------------------------------------------------------------------
1261 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1262 Changed paths:
1263    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1264
1265 added regularized incomplete beta function
1266
1267 ------------------------------------------------------------------------
1268 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1269 Changed paths:
1270    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1271    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1272
1273 change the default correlation coefficient
1274
1275 ------------------------------------------------------------------------
1276 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1277 Changed paths:
1278    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1279    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1280
1281 print QUAL as floating numbers
1282
1283 ------------------------------------------------------------------------
1284 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1285 Changed paths:
1286    M /trunk/samtools/Makefile
1287    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1288    M /trunk/samtools/bamtk.c
1289    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1290    A /trunk/samtools/sample.c
1291    A /trunk/samtools/sample.h
1292
1293  * samtools-0.1.8-12 (r692)
1294  * group data by samples in "mpileup -g"
1295
1296 ------------------------------------------------------------------------
1297 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1298 Changed paths:
1299    M /trunk/samtools/Makefile
1300    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
1301    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
1302    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1303
1304 remove VCF output in mpileup
1305
1306 ------------------------------------------------------------------------
1307 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1308 Changed paths:
1309    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1310    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1311
1312  * use the revised MAQ error model for mpileup
1313  * prepare to remove the independent model from mpileup
1314
1315 ------------------------------------------------------------------------
1316 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
1317 Changed paths:
1318    M /trunk/samtools/Makefile
1319    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1320    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1321    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1322    A /trunk/samtools/errmod.c
1323    A /trunk/samtools/errmod.h
1324    M /trunk/samtools/ksort.h
1325
1326 added revised MAQ error model
1327
1328 ------------------------------------------------------------------------
1329 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
1330 Changed paths:
1331    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1332    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1333    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1334
1335 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
1336
1337 ------------------------------------------------------------------------
1338 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
1339 Changed paths:
1340    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1341    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1342
1343  * write a little more VCF header
1344  * concatenate BCFs
1345
1346 ------------------------------------------------------------------------
1347 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
1348 Changed paths:
1349    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1350    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1351    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1352
1353 use float for QUAL
1354
1355 ------------------------------------------------------------------------
1356 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
1357 Changed paths:
1358    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1359    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1360
1361 faster for large sample size (in principle)
1362
1363 ------------------------------------------------------------------------
1364 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
1365 Changed paths:
1366    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1367
1368  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
1369  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
1370  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
1371
1372 ------------------------------------------------------------------------
1373 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
1374 Changed paths:
1375    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1376
1377 fixed an issue in parsing integer
1378
1379 ------------------------------------------------------------------------
1380 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1381 Changed paths:
1382    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1383
1384 do not print refname if file is converted from VCF
1385
1386 ------------------------------------------------------------------------
1387 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
1388 Changed paths:
1389    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1390
1391  * parse PL
1392  * fixed a bug in parsing VCF
1393
1394 ------------------------------------------------------------------------
1395 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1396 Changed paths:
1397    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1398    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1399    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1400    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1401    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1402    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1403    M /trunk/samtools/bgzf.c
1404    M /trunk/samtools/kstring.c
1405
1406  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
1407  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
1408  * improved view interface
1409
1410 ------------------------------------------------------------------------
1411 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1412 Changed paths:
1413    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1414    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1415    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1416    M /trunk/samtools/kstring.c
1417    M /trunk/samtools/kstring.h
1418
1419  * improved kstring (added kstrtok)
1420  * removed the limit on the format string length in bcftools
1421  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
1422
1423 ------------------------------------------------------------------------
1424 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1425 Changed paths:
1426    A /trunk/samtools/bcftools/README
1427    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1428
1429 help messages
1430
1431 ------------------------------------------------------------------------
1432 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1433 Changed paths:
1434    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1435
1436 perform single-tail test for ED4
1437
1438 ------------------------------------------------------------------------
1439 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1440 Changed paths:
1441    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1442    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1443    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1444
1445  * test depth, end distance and HWE
1446
1447 ------------------------------------------------------------------------
1448 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1449 Changed paths:
1450    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1451
1452 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
1453
1454 ------------------------------------------------------------------------
1455 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1456 Changed paths:
1457    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1458    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1459    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1460    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1461    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1462    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1463
1464  * bcftools: add HWE (no testing for now)
1465  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
1466
1467 ------------------------------------------------------------------------
1468 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1469 Changed paths:
1470    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1471
1472  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
1473  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
1474
1475 ------------------------------------------------------------------------
1476 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1477 Changed paths:
1478    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1479
1480 Fisher's exact test
1481
1482 ------------------------------------------------------------------------
1483 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1484 Changed paths:
1485    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1486    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1487    M /trunk/samtools/bamtk.c
1488    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1489
1490  * samtools-0.1.8-11 (r672)
1491  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
1492
1493 ------------------------------------------------------------------------
1494 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1495 Changed paths:
1496    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1497    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1498    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1499
1500  * the code base is stablized again.
1501  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
1502
1503 ------------------------------------------------------------------------
1504 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1505 Changed paths:
1506    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1507
1508 minor
1509
1510 ------------------------------------------------------------------------
1511 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1512 Changed paths:
1513    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1514
1515 unfinished vcf parser
1516
1517 ------------------------------------------------------------------------
1518 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1519 Changed paths:
1520    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1521    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1522    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1523    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1524    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1525    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1526    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1527    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1528
1529  * added prelimiary VCF parser (not finished)
1530  * change struct a bit
1531
1532 ------------------------------------------------------------------------
1533 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1534 Changed paths:
1535    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1536    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1537    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1538    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1539
1540  * allow to set min base q
1541  * fixed a bug in mpileup -u
1542
1543 ------------------------------------------------------------------------
1544 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1545 Changed paths:
1546    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1547
1548 spec
1549
1550 ------------------------------------------------------------------------
1551 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1552 Changed paths:
1553    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1554
1555 added more examples
1556
1557 ------------------------------------------------------------------------
1558 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1559 Changed paths:
1560    M /trunk/samtools/Makefile
1561    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1562    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1563    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1564
1565 fixed compilation error
1566
1567 ------------------------------------------------------------------------
1568 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1569 Changed paths:
1570    M /trunk/samtools/Makefile
1571    D /trunk/samtools/bcf.c
1572    D /trunk/samtools/bcf.h
1573    A /trunk/samtools/bcftools
1574    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1575    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1576    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1577    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1578    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1579    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1580    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1581    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1582    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1583
1584 move bcftools to samtools
1585
1586 ------------------------------------------------------------------------
1587 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1588 Changed paths:
1589    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1590
1591 fixed another minor bug
1592
1593 ------------------------------------------------------------------------
1594 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1595 Changed paths:
1596    M /trunk/samtools/bamtk.c
1597    M /trunk/samtools/bcf.c
1598
1599  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1600  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1601
1602 ------------------------------------------------------------------------
1603 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1604 Changed paths:
1605    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1606    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1607
1608  * fixed a bug
1609  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1610
1611 ------------------------------------------------------------------------
1612 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1613 Changed paths:
1614    M /trunk/bcftools/bcf.c
1615    M /trunk/samtools/bcf.c
1616
1617 missing a column in VCF output...
1618
1619 ------------------------------------------------------------------------
1620 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1621 Changed paths:
1622    M /trunk/samtools/bcf.c
1623
1624 fixed a memory leak
1625
1626 ------------------------------------------------------------------------
1627 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1628 Changed paths:
1629    M /trunk/samtools/bcf.c
1630
1631 fixed a bug in bcf reader
1632
1633 ------------------------------------------------------------------------
1634 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1635 Changed paths:
1636    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1637
1638 fixed a bug
1639
1640 ------------------------------------------------------------------------
1641 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
1642 Changed paths:
1643    M /trunk/samtools/Makefile
1644    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1645    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1646    M /trunk/samtools/bamtk.c
1647
1648  * samtools-0.1.8-9 (r649)
1649  * lossless representation of PL in BCF output
1650
1651 ------------------------------------------------------------------------
1652 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1653 Changed paths:
1654    M /trunk/samtools/Makefile
1655    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
1656    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
1657    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1658    A /trunk/samtools/bcf.c
1659    A /trunk/samtools/bcf.h
1660
1661 Generate binary VCF
1662
1663 ------------------------------------------------------------------------
1664 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
1665 Changed paths:
1666    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1667    M /trunk/samtools/bamtk.c
1668
1669  * samtools-0.1.8-8 (r644)
1670  * mpileup becomes a little stable again
1671  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
1672  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
1673
1674 ------------------------------------------------------------------------
1675 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
1676 Changed paths:
1677    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1678
1679  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
1680  * I am going to clean up mcns a little bit
1681
1682 ------------------------------------------------------------------------
1683 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1684 Changed paths:
1685    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1686    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1687    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1688
1689 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
1690
1691 ------------------------------------------------------------------------
1692 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1693 Changed paths:
1694    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1695
1696 NOT ready yet. Going to make further changes...
1697
1698 ------------------------------------------------------------------------
1699 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
1700 Changed paths:
1701    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1702    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1703    M /trunk/samtools/bamtk.c
1704
1705  * samtools-0.1.8-7 (r639)
1706  * fixed the reference allele assignment
1707
1708 ------------------------------------------------------------------------
1709 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
1710 Changed paths:
1711    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1712    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1713    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1714    M /trunk/samtools/bamtk.c
1715
1716  * samtools-0.1.8-6 (r638)
1717  * skip isnan/isinf in case of float underflow
1718  * added the flat prior
1719  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
1720
1721 ------------------------------------------------------------------------
1722 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1723 Changed paths:
1724    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1725
1726 minor changes
1727
1728 ------------------------------------------------------------------------
1729 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1730 Changed paths:
1731    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1732    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1733    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1734    M /trunk/samtools/bamtk.c
1735
1736 minor tweaks
1737
1738 ------------------------------------------------------------------------
1739 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1740 Changed paths:
1741    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1742    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1743    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1744
1745 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
1746
1747 ------------------------------------------------------------------------
1748 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1749 Changed paths:
1750    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1751
1752 another minor fix to mpileup
1753
1754 ------------------------------------------------------------------------
1755 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1756 Changed paths:
1757    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1758
1759 added the format column
1760
1761 ------------------------------------------------------------------------
1762 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1763 Changed paths:
1764    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1765    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1766    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1767    M /trunk/samtools/bamtk.c
1768
1769 added an alternative prior
1770
1771 ------------------------------------------------------------------------
1772 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1773 Changed paths:
1774    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1775    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1776    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1777
1778 calculate posterior allele frequency
1779
1780 ------------------------------------------------------------------------
1781 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1782 Changed paths:
1783    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1784    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1785    M /trunk/samtools/bamtk.c
1786
1787  * samtools-0.1.8-3 (r627)
1788  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
1789
1790 ------------------------------------------------------------------------
1791 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1792 Changed paths:
1793    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1794    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1795    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1796    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1797
1798  * preliminary multisample SNP caller.
1799  * something looks not so right, but it largely works
1800
1801 ------------------------------------------------------------------------
1802 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1803 Changed paths:
1804    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1805    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1806    M /trunk/samtools/bamtk.c
1807
1808  * samtools-0.1.8-2 (r617)
1809  * allele frequency calculation apparently works...
1810
1811 ------------------------------------------------------------------------
1812 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1813 Changed paths:
1814    M /trunk/samtools/Makefile
1815    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
1816    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
1817    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1818
1819  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
1820  * improved the mpileup interface
1821
1822 ------------------------------------------------------------------------
1823 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
1824 Changed paths:
1825    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1826    M /trunk/samtools/bamtk.c
1827    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1828
1829  * samtools-0.1.8-1 (r615)
1830  * allow to get mpileup at required sites
1831
1832 ------------------------------------------------------------------------
1833 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1834 Changed paths:
1835    M /trunk/samtools/ChangeLog
1836    M /trunk/samtools/NEWS
1837    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1838    M /trunk/samtools/bamtk.c
1839    M /trunk/samtools/samtools.1
1840
1841 Release samtools-0.1.8
1842
1843 ------------------------------------------------------------------------
1844 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1845 Changed paths:
1846    M /trunk/samtools/knetfile.c
1847
1848 fixed a compiling issue for Windows
1849
1850 ------------------------------------------------------------------------
1851 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1852 Changed paths:
1853    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1854
1855 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
1856
1857 ------------------------------------------------------------------------
1858 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1859 Changed paths:
1860    M /trunk/samtools/NEWS
1861    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1862
1863 change the command line option of pileup
1864
1865 ------------------------------------------------------------------------
1866 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1867 Changed paths:
1868    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1869    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
1870    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
1871
1872 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
1873
1874 ------------------------------------------------------------------------
1875 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
1876 Changed paths:
1877    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1878    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1879    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1880    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1881
1882  * make tview more friendly
1883  * a temporary remedy for an issue in indel calling
1884
1885 ------------------------------------------------------------------------
1886 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1887 Changed paths:
1888    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1889    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1890    M /trunk/samtools/bamtk.c
1891
1892  * samtools-0.1.7-r607
1893  * improved the genotype accuracy for indels
1894  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
1895
1896 ------------------------------------------------------------------------
1897 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
1898 Changed paths:
1899    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1900
1901 removed a debugging example
1902
1903 ------------------------------------------------------------------------
1904 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1905 Changed paths:
1906    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1907    M /trunk/samtools/bamtk.c
1908
1909  * samtools-.1.7-18 (r605)
1910  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
1911    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
1912
1913 ------------------------------------------------------------------------
1914 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
1915 Changed paths:
1916    M /trunk/samtools/bam.h
1917    M /trunk/samtools/bam_index.c
1918    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1919
1920 fixed a minor bug in idxstats
1921
1922 ------------------------------------------------------------------------
1923 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
1924 Changed paths:
1925    M /trunk/samtools/bam_index.c
1926
1927 fixed a minor bug in indexing
1928
1929 ------------------------------------------------------------------------
1930 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
1931 Changed paths:
1932    M /trunk/samtools/ChangeLog
1933    M /trunk/samtools/bam.c
1934
1935 change printf() to puts in exporting
1936
1937 ------------------------------------------------------------------------
1938 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1939 Changed paths:
1940    M /trunk/samtools/bamtk.c
1941
1942 minor fix. No actual effect.
1943
1944 ------------------------------------------------------------------------
1945 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1946 Changed paths:
1947    M /trunk/samtools/Makefile
1948
1949 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
1950
1951 ------------------------------------------------------------------------
1952 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1953 Changed paths:
1954    M /trunk/samtools/ChangeLog
1955    M /trunk/samtools/bam_index.c
1956    M /trunk/samtools/bamtk.c
1957
1958  * samtools-0.1.7-17 (r596)
1959  * also keep the number of coor-less reads in the index file
1960
1961 ------------------------------------------------------------------------
1962 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1963 Changed paths:
1964    M /trunk/samtools/bam_index.c
1965    M /trunk/samtools/bamtk.c
1966
1967  * samtools-0.1.7-16 (r595)
1968  * write additional information to bam index
1969
1970 ------------------------------------------------------------------------
1971 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1972 Changed paths:
1973    M /trunk/samtools/bam_index.c
1974
1975 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
1976
1977 ------------------------------------------------------------------------
1978 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
1979 Changed paths:
1980    M /trunk/samtools/bam.h
1981    M /trunk/samtools/bam_index.c
1982    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1983    M /trunk/samtools/samtools.1
1984
1985 rename iterf as iter
1986
1987 ------------------------------------------------------------------------
1988 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
1989 Changed paths:
1990    M /trunk/samtools/ChangeLog
1991    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1992    M /trunk/samtools/bam_index.c
1993    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1994    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1995    M /trunk/samtools/bamtk.c
1996
1997  * samtools-0.1.7-15 (r592)
1998  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
1999  * improved the functionality of mpileup
2000
2001 ------------------------------------------------------------------------
2002 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
2003 Changed paths:
2004    M /trunk/samtools/bam.h
2005    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2006    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2007    M /trunk/samtools/bamtk.c
2008
2009  * samtools-0.1.7-14 (r591)
2010  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
2011
2012 ------------------------------------------------------------------------
2013 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
2014 Changed paths:
2015    M /trunk/samtools/bam.h
2016    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2017    M /trunk/samtools/bamtk.c
2018
2019  * samtools-0.1.7-13 (r590)
2020  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
2021
2022 ------------------------------------------------------------------------
2023 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2024 Changed paths:
2025    M /trunk/samtools/bam.h
2026    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2027    M /trunk/samtools/bamtk.c
2028
2029  * samtools-0.1.7-12 (r589)
2030  * added iterator-like APIs for pileup
2031
2032 ------------------------------------------------------------------------
2033 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2034 Changed paths:
2035    M /trunk/samtools/bam_index.c
2036    M /trunk/samtools/bamtk.c
2037
2038  * samtools-0.1.7-11 (r588)
2039  * ported a few improvements from tabix back to samtools
2040
2041 ------------------------------------------------------------------------
2042 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2043 Changed paths:
2044    M /trunk/samtools/bam.h
2045    M /trunk/samtools/bam_index.c
2046    M /trunk/samtools/bamtk.c
2047
2048  * samtools-0.1.7-10 (r587)
2049  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
2050
2051 ------------------------------------------------------------------------
2052 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2053 Changed paths:
2054    M /trunk/samtools/Makefile
2055    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
2056    M /trunk/samtools/bamtk.c
2057    M /trunk/samtools/bgzf.c
2058
2059  * samtools-0.1.7-9 (r586)
2060  * added "reheader" to replace the BAM header
2061
2062 ------------------------------------------------------------------------
2063 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2064 Changed paths:
2065    M /trunk/samtools/bam.c
2066    M /trunk/samtools/bamtk.c
2067    M /trunk/samtools/kstring.h
2068
2069  * samtools-0.1.7-8 (r585)
2070  * speed up "view"
2071
2072 ------------------------------------------------------------------------
2073 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
2074 Changed paths:
2075    M /trunk/samtools/bam.c
2076    M /trunk/samtools/bamtk.c
2077    M /trunk/samtools/bgzf.c
2078    M /trunk/samtools/bgzf.h
2079    M /trunk/samtools/kstring.h
2080    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2081
2082  * samtools-0.1.7-7 (r584)
2083  * ported tabix BGZF to samtools
2084  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
2085
2086 ------------------------------------------------------------------------
2087 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
2088 Changed paths:
2089    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
2090
2091 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
2092 ------------------------------------------------------------------------
2093 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
2094 Changed paths:
2095    M /trunk/samtools/samtools.1
2096
2097 Added a note about the indels coordinates
2098 ------------------------------------------------------------------------
2099 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
2100 Changed paths:
2101    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2102
2103 Added the possibility to print or not to print the reference allele
2104 ------------------------------------------------------------------------
2105 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
2106 Changed paths:
2107    M /trunk/samtools/sam_header.c
2108
2109 More descriptive message for space separated tags
2110 ------------------------------------------------------------------------
2111 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
2112 Changed paths:
2113    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2114
2115 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
2116 ------------------------------------------------------------------------
2117 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
2118 Changed paths:
2119    M /trunk/samtools/sam_header.c
2120
2121 Fixed the order of sequences in the header
2122 ------------------------------------------------------------------------
2123 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
2124 Changed paths:
2125    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2126
2127 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
2128 ------------------------------------------------------------------------
2129 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
2130 Changed paths:
2131    M /trunk/samtools/bam.c
2132
2133 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
2134 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
2135 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
2136
2137 ------------------------------------------------------------------------
2138 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
2139 Changed paths:
2140    M /trunk/samtools/AUTHORS
2141    M /trunk/samtools/bam.h
2142    M /trunk/samtools/bam_import.c
2143    M /trunk/samtools/sam_header.c
2144
2145 Improved efficiency of header parsing
2146 ------------------------------------------------------------------------
2147 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
2148 Changed paths:
2149    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2150
2151 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
2152
2153
2154 ------------------------------------------------------------------------
2155 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
2156 Changed paths:
2157    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2158
2159 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
2160 ------------------------------------------------------------------------
2161 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
2162 Changed paths:
2163    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2164
2165 Print an error for pileups in simple format
2166 ------------------------------------------------------------------------
2167 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
2168 Changed paths:
2169    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2170
2171 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
2172
2173 ------------------------------------------------------------------------
2174 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2175 Changed paths:
2176    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2177
2178 Added possibility to specify a custom column title for the data column
2179 ------------------------------------------------------------------------
2180 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2181 Changed paths:
2182    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2183
2184 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
2185 ------------------------------------------------------------------------
2186 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
2187 Changed paths:
2188    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2189
2190 Added VCF header
2191 ------------------------------------------------------------------------
2192 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
2193 Changed paths:
2194    M /trunk/samtools/ChangeLog
2195    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2196    M /trunk/samtools/bamtk.c
2197    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2198    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2199
2200  * samtools-0.1.7-6
2201  * fixed a bug in faidx
2202
2203 ------------------------------------------------------------------------
2204 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
2205 Changed paths:
2206    M /trunk/samtools/faidx.c
2207
2208 Put the right filename in the error message.
2209
2210 ------------------------------------------------------------------------
2211 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
2212 Changed paths:
2213    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2214    M /trunk/samtools/bamtk.c
2215
2216  * samtools-0.1.7-5 (r528)
2217  * further add new consensus generation strategy
2218
2219 ------------------------------------------------------------------------
2220 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2221 Changed paths:
2222    M /trunk/samtools/knetfile.c
2223
2224 Fixed a bug in knet_seek
2225 ------------------------------------------------------------------------
2226 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2227 Changed paths:
2228    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2229
2230 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
2231 ------------------------------------------------------------------------
2232 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2233 Changed paths:
2234    M /trunk/samtools/sam_header.c
2235
2236 Allow tabs in the CO header field
2237 ------------------------------------------------------------------------
2238 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
2239 Changed paths:
2240    M /trunk/samtools/Makefile
2241    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2242
2243 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
2244 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
2245
2246 ------------------------------------------------------------------------
2247 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
2248 Changed paths:
2249    M /trunk/samtools/Makefile
2250    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2251
2252 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
2253 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
2254 facilitate non-knet builds.
2255
2256 ------------------------------------------------------------------------
2257 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2258 Changed paths:
2259    M /trunk/samtools/bamtk.c
2260    M /trunk/samtools/sam_view.c
2261
2262  * samtools-0.1.7-4 (r522)
2263  * fixed a bug in "view -r"
2264  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
2265
2266 ------------------------------------------------------------------------
2267 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
2268 Changed paths:
2269    M /trunk/samtools/bam_md.c
2270    M /trunk/samtools/bamtk.c
2271
2272  * samtools-0.1.7-3 (r521)
2273  * calmd: optionally mask matching bases as N
2274
2275 ------------------------------------------------------------------------
2276 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2277 Changed paths:
2278    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2279    M /trunk/samtools/bamtk.c
2280    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2281
2282  * samtools-0.1.7-2 (r520)
2283  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
2284  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
2285
2286 ------------------------------------------------------------------------
2287 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
2288 Changed paths:
2289    M /trunk/samtools/Makefile
2290
2291 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
2292 as well, even with old-fashioned linkers.
2293
2294 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
2295 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
2296
2297 ------------------------------------------------------------------------
2298 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2299 Changed paths:
2300    M /trunk/samtools/Makefile
2301    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2302
2303 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
2304
2305 ------------------------------------------------------------------------
2306 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2307 Changed paths:
2308    M /trunk/samtools/bam_index.c
2309
2310 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
2311
2312 ------------------------------------------------------------------------
2313 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
2314 Changed paths:
2315    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
2316
2317 another example program
2318
2319 ------------------------------------------------------------------------
2320 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
2321 Changed paths:
2322    M /trunk/samtools/bam_import.c
2323    M /trunk/samtools/bamtk.c
2324    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2325    M /trunk/samtools/sam.c
2326
2327  * samtools-0.1.7-1 (r515)
2328  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
2329
2330 ------------------------------------------------------------------------
2331 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
2332 Changed paths:
2333    M /trunk/samtools/bam.c
2334
2335 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
2336
2337 ------------------------------------------------------------------------
2338 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2339 Changed paths:
2340    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2341
2342 Update Makefile.mingw for the same reason
2343
2344 ------------------------------------------------------------------------
2345 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2346 Changed paths:
2347    M /trunk/samtools/Makefile
2348
2349 Fixed a bug in compiling razip
2350
2351 ------------------------------------------------------------------------
2352 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
2353 Changed paths:
2354    M /trunk/samtools/ChangeLog
2355    M /trunk/samtools/NEWS
2356    M /trunk/samtools/bamtk.c
2357    M /trunk/samtools/samtools.1
2358
2359 Release samtools-0.1.7 (r510)
2360
2361 ------------------------------------------------------------------------
2362 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2363 Changed paths:
2364    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2365    M /trunk/samtools/bamtk.c
2366
2367  * samtools-0.1.6-22 (r509)
2368  * forget to fix a similar problem in glfgen
2369
2370 ------------------------------------------------------------------------
2371 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2372 Changed paths:
2373    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2374    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2375    M /trunk/samtools/bamtk.c
2376    M /trunk/samtools/sam_view.c
2377
2378  * samtools-0.1.6-21 (r508)
2379  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
2380
2381 ------------------------------------------------------------------------
2382 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
2383 Changed paths:
2384    M /trunk/samtools/bamtk.c
2385    M /trunk/samtools/sam_view.c
2386
2387  * samtools-0.1.6-19 (r494)
2388  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
2389
2390 ------------------------------------------------------------------------
2391 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
2392 Changed paths:
2393    M /trunk/samtools/Makefile
2394    M /trunk/samtools/bam.c
2395    M /trunk/samtools/bam_import.c
2396    M /trunk/samtools/bamtk.c
2397    M /trunk/samtools/sam.c
2398    M /trunk/samtools/sam_header.c
2399
2400  * samtools-0.1.6-18 (r493)
2401  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
2402  * a little code clean up in sam_header.c
2403
2404 ------------------------------------------------------------------------
2405 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
2406 Changed paths:
2407    M /trunk/samtools/sam_header.c
2408
2409 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
2410 ------------------------------------------------------------------------
2411 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2412 Changed paths:
2413    M /trunk/samtools/sam_view.c
2414
2415  * BUGGY VERSION
2416  * fixed a minor bug
2417
2418 ------------------------------------------------------------------------
2419 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
2420 Changed paths:
2421    M /trunk/samtools/bam.c
2422    M /trunk/samtools/bam.h
2423    M /trunk/samtools/bam_import.c
2424    M /trunk/samtools/sam.c
2425
2426  * BUGGY VERSION
2427  * improved the interface a bit
2428  * bug unfixed
2429
2430 ------------------------------------------------------------------------
2431 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2432 Changed paths:
2433    M /trunk/samtools/bam_import.c
2434    M /trunk/samtools/sam_header.c
2435    M /trunk/samtools/sam_header.h
2436
2437  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
2438  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
2439
2440 ------------------------------------------------------------------------
2441 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2442 Changed paths:
2443    M /trunk/samtools/Makefile
2444    M /trunk/samtools/bam.c
2445    M /trunk/samtools/bam.h
2446    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2447    M /trunk/samtools/bam_import.c
2448    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2449    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2450    M /trunk/samtools/kaln.c
2451    M /trunk/samtools/sam.c
2452    M /trunk/samtools/sam_header.c
2453    M /trunk/samtools/sam_header.h
2454    M /trunk/samtools/sam_view.c
2455
2456  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
2457  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
2458
2459 ------------------------------------------------------------------------
2460 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
2461 Changed paths:
2462    M /trunk/samtools/sam_header.c
2463    M /trunk/samtools/sam_header.h
2464
2465 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
2466 ------------------------------------------------------------------------
2467 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2468 Changed paths:
2469    M /trunk/samtools/sam_header.c
2470
2471
2472 ------------------------------------------------------------------------
2473 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2474 Changed paths:
2475    A /trunk/samtools/sam_header.c
2476    A /trunk/samtools/sam_header.h
2477
2478
2479 ------------------------------------------------------------------------
2480 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
2481 Changed paths:
2482    M /trunk/samtools/bam_import.c
2483    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2484    M /trunk/samtools/bamtk.c
2485    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2486
2487  * samtools-0.1.6-17 (r484)
2488  * fixed a memory leak in rmdupse
2489  * fixed a bug in parsing @RG header lines
2490  * test rmdup in examples/
2491
2492 ------------------------------------------------------------------------
2493 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2494 Changed paths:
2495    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2496    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2497    M /trunk/samtools/bamtk.c
2498
2499  * samtools-0.1.6-16 (r483)
2500  * unify the interface of rmdup and rmdupse
2501  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
2502
2503 ------------------------------------------------------------------------
2504 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2505 Changed paths:
2506    M /trunk/samtools/bam.h
2507    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2508    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2509    M /trunk/samtools/bamtk.c
2510    A /trunk/samtools/klist.h
2511
2512  * samtools-0.1.6-15 (r482)
2513  * rewrite rmdupse
2514  * rmdupse is now library aware
2515
2516 ------------------------------------------------------------------------
2517 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
2518 Changed paths:
2519    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2520    M /trunk/samtools/bamtk.c
2521
2522  * samtools-0.1.6-14 (r480)
2523  * rmdup is now RG aware
2524
2525 ------------------------------------------------------------------------
2526 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
2527 Changed paths:
2528    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2529
2530 added a small unitity to parse SRA XML files
2531
2532 ------------------------------------------------------------------------
2533 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
2534 Changed paths:
2535    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2536    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2537    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2538    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2539    M /trunk/samtools/bamtk.c
2540
2541  * samtools-0.1.6-13 (r479)
2542  * merge: optionally use file names as RG tags
2543
2544 ------------------------------------------------------------------------
2545 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
2546 Changed paths:
2547    M /trunk/samtools/bam.c
2548    M /trunk/samtools/bam.h
2549    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2550    M /trunk/samtools/bamtk.c
2551    M /trunk/samtools/kaln.c
2552
2553  * samtools-0.1.6-12 (r478)
2554  * fixed a bug in the indel caller
2555
2556 ------------------------------------------------------------------------
2557 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
2558 Changed paths:
2559    M /trunk/samtools/bam_index.c
2560    M /trunk/samtools/bamtk.c
2561
2562  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2563  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2564
2565 ------------------------------------------------------------------------
2566 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2567 Changed paths:
2568    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2569
2570 Added the sam2vcf.pl script.
2571 ------------------------------------------------------------------------
2572 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2573 Changed paths:
2574    M /trunk/samtools/Makefile
2575    M /trunk/samtools/bam.c
2576    M /trunk/samtools/bam.h
2577    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2578    M /trunk/samtools/bamtk.c
2579    A /trunk/samtools/kaln.c
2580    A /trunk/samtools/kaln.h
2581
2582 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2583
2584 ------------------------------------------------------------------------
2585 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2586 Changed paths:
2587    M /trunk/samtools/knetfile.c
2588
2589 Removed the offending knet_seek message.
2590 ------------------------------------------------------------------------
2591 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2592 Changed paths:
2593    M /trunk/samtools/knetfile.c
2594    M /trunk/samtools/razf.c
2595
2596 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2597 ------------------------------------------------------------------------
2598 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2599 Changed paths:
2600    M /trunk/samtools/samtools.1
2601
2602 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2603
2604 ------------------------------------------------------------------------
2605 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2606 Changed paths:
2607    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2608
2609 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2610
2611 ------------------------------------------------------------------------
2612 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2613 Changed paths:
2614    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2615    M /trunk/samtools/bamtk.c
2616    M /trunk/samtools/knetfile.c
2617    M /trunk/samtools/knetfile.h
2618
2619  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2620  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2621
2622 ------------------------------------------------------------------------
2623 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2624 Changed paths:
2625    M /trunk/samtools/bam_index.c
2626    M /trunk/samtools/bamtk.c
2627
2628  * samtools-0.1.6-9 (r469)
2629  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
2630
2631 ------------------------------------------------------------------------
2632 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
2633 Changed paths:
2634    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2635    M /trunk/samtools/bamtk.c
2636    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2637
2638  * samtools-0.1.6-7 (r468)
2639  * make merge stable
2640
2641 ------------------------------------------------------------------------
2642 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
2643 Changed paths:
2644    M /trunk/samtools/bgzf.c
2645    M /trunk/samtools/bgzip.c
2646    M /trunk/samtools/razf.c
2647    M /trunk/samtools/razip.c
2648
2649 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
2650 ------------------------------------------------------------------------
2651 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
2652 Changed paths:
2653    M /trunk/samtools/ChangeLog
2654    M /trunk/samtools/bam_md.c
2655    M /trunk/samtools/bamtk.c
2656
2657  * samtools-0.1.6-6 (r466)
2658  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
2659
2660 ------------------------------------------------------------------------
2661 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
2662 Changed paths:
2663    M /trunk/samtools/bam.c
2664    M /trunk/samtools/knetfile.c
2665
2666 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
2667 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
2668
2669 ------------------------------------------------------------------------
2670 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
2671 Changed paths:
2672    M /trunk/samtools/knetfile.c
2673    M /trunk/samtools/razf.c
2674
2675 A bug fix, "samtools view" is now working again.
2676 ------------------------------------------------------------------------
2677 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
2678 Changed paths:
2679    M /trunk/samtools/bamtk.c
2680    M /trunk/samtools/faidx.c
2681    M /trunk/samtools/knetfile.c
2682    M /trunk/samtools/knetfile.h
2683    M /trunk/samtools/razf.c
2684    M /trunk/samtools/razf.h
2685
2686  * samtools-0.1.6-5 (r462)
2687  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
2688
2689 ------------------------------------------------------------------------
2690 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
2691 Changed paths:
2692    M /trunk/samtools/samtools.1
2693
2694 fixed a formatting issue
2695
2696 ------------------------------------------------------------------------
2697 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
2698 Changed paths:
2699    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2700    M /trunk/samtools/bamtk.c
2701
2702  * samtools-0.1.6-4 (r459)
2703  * make sort output the result to stdout when -o is in use
2704
2705 ------------------------------------------------------------------------
2706 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
2707 Changed paths:
2708    M /trunk/samtools/bamtk.c
2709    M /trunk/samtools/faidx.c
2710    M /trunk/samtools/faidx.h
2711    M /trunk/samtools/samtools.1
2712
2713  * samtools-0.1.6-2 (r458)
2714  * added more interface to faidx (by Nils)
2715  * updated documentation
2716
2717 ------------------------------------------------------------------------
2718 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
2719 Changed paths:
2720    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2721    M /trunk/samtools/bamtk.c
2722
2723  * samtools-0.1.6-2 (r457)
2724  * get rid of three assert() in bam_sort.c
2725
2726 ------------------------------------------------------------------------
2727 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
2728 Changed paths:
2729    M /trunk/samtools/razf.c
2730
2731 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
2732 when opening the file fails.
2733
2734 ------------------------------------------------------------------------
2735 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
2736 Changed paths:
2737    M /trunk/samtools/ChangeLog
2738    M /trunk/samtools/NEWS
2739    M /trunk/samtools/bamtk.c
2740    M /trunk/samtools/samtools.1
2741    D /trunk/samtools/source.dot
2742
2743 Release samtools-0.1.6
2744
2745 ------------------------------------------------------------------------
2746 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
2747 Changed paths:
2748    M /trunk/samtools/bam_md.c
2749    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2750    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2751    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2752    M /trunk/samtools/bamtk.c
2753    M /trunk/samtools/samtools.1
2754
2755  * samtools-0.1.5-34 (r451)
2756  * applied the patch by John
2757  * improved the help message a little bit
2758
2759 ------------------------------------------------------------------------
2760 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
2761 Changed paths:
2762    M /trunk/samtools/bam_color.c
2763    M /trunk/samtools/bamtk.c
2764
2765  * samtools-0.1.5-33 (r450)
2766  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
2767
2768 ------------------------------------------------------------------------
2769 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
2770 Changed paths:
2771    M /trunk/samtools/bam_import.c
2772    M /trunk/samtools/bam_md.c
2773    M /trunk/samtools/bamtk.c
2774    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2775
2776  * samtools-0.1.5-32 (r449)
2777  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
2778  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
2779
2780 ------------------------------------------------------------------------
2781 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
2782 Changed paths:
2783    M /trunk/samtools/ChangeLog
2784    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2785    M /trunk/samtools/bamtk.c
2786    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2787
2788  * samtools-0.1.5-31 (r448)
2789  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
2790
2791 ------------------------------------------------------------------------
2792 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
2793 Changed paths:
2794    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2795    M /trunk/samtools/bamtk.c
2796
2797  * samtools-0.1.5-30 (r447)
2798  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
2799
2800 ------------------------------------------------------------------------
2801 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
2802 Changed paths:
2803    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2804    M /trunk/samtools/bamtk.c
2805
2806  *
2807
2808 ------------------------------------------------------------------------
2809 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
2810 Changed paths:
2811    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2812    M /trunk/samtools/bamtk.c
2813
2814  * samtools-0.1.5-28 (r444)
2815  * bug in "merge -n"
2816
2817 ------------------------------------------------------------------------
2818 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
2819 Changed paths:
2820    M /trunk/samtools/bam.c
2821    M /trunk/samtools/bam_import.c
2822    M /trunk/samtools/bamtk.c
2823
2824  * samtools-0.1.5-27 (r443)
2825  * SEQ and QUAL can be "*"
2826  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
2827
2828 ------------------------------------------------------------------------
2829 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
2830 Changed paths:
2831    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2832    M /trunk/samtools/bamtk.c
2833    M /trunk/samtools/misc/md5.c
2834    M /trunk/samtools/misc/md5.h
2835    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
2836
2837  * samtools-0.1.5-26 (r442)
2838  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
2839  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
2840
2841 ------------------------------------------------------------------------
2842 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
2843 Changed paths:
2844    M /trunk/samtools/bgzf.c
2845    M /trunk/samtools/bgzf.h
2846    M /trunk/samtools/bgzip.c
2847
2848 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
2849
2850 ------------------------------------------------------------------------
2851 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
2852 Changed paths:
2853    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2854    M /trunk/samtools/bamtk.c
2855
2856  * samtools-0.1.5-25 (r436)
2857  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
2858
2859 ------------------------------------------------------------------------
2860 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2861 Changed paths:
2862    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2863
2864 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
2865
2866 ------------------------------------------------------------------------
2867 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2868 Changed paths:
2869    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2870
2871 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
2872
2873 ------------------------------------------------------------------------
2874 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
2875 Changed paths:
2876    M /trunk/samtools/bamtk.c
2877    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2878    M /trunk/samtools/sam_view.c
2879
2880  * samtools-0.1.5-24 (r435)
2881  * fixed a typo
2882
2883 ------------------------------------------------------------------------
2884 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
2885 Changed paths:
2886    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2887    M /trunk/samtools/bamtk.c
2888
2889  * samtools-0.1.5-23 (r434)
2890  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
2891
2892 ------------------------------------------------------------------------
2893 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
2894 Changed paths:
2895    M /trunk/samtools/knetfile.c
2896
2897  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
2898  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
2899
2900 ------------------------------------------------------------------------
2901 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
2902 Changed paths:
2903    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2904    M /trunk/samtools/bamtk.c
2905    M /trunk/samtools/faidx.c
2906    M /trunk/samtools/razf.c
2907    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
2908    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
2909
2910  * samtools-0.1.5-22 (r432)
2911  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
2912  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
2913  * PDCurses support in Windows
2914
2915 ------------------------------------------------------------------------
2916 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2917 Changed paths:
2918    M /trunk/samtools/win32/libz.a
2919
2920 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
2921
2922 ------------------------------------------------------------------------
2923 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2924 Changed paths:
2925    M /trunk/samtools/knetfile.c
2926
2927 add comments
2928
2929 ------------------------------------------------------------------------
2930 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
2931 Changed paths:
2932    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2933    M /trunk/samtools/bamtk.c
2934    M /trunk/samtools/knetfile.c
2935    M /trunk/samtools/knetfile.h
2936
2937  * samtools-0.1.5-21 (r428)
2938  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
2939
2940 ------------------------------------------------------------------------
2941 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2942 Changed paths:
2943    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2944
2945 simplify MinGW Makefile
2946
2947 ------------------------------------------------------------------------
2948 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2949 Changed paths:
2950    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
2951    M /trunk/samtools/bam_import.c
2952    M /trunk/samtools/bamtk.c
2953    A /trunk/samtools/win32
2954    A /trunk/samtools/win32/libz.a
2955    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
2956    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
2957
2958  * samtools-0.1.5-20 (r427)
2959  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
2960    functionality are not tested at the moment.
2961  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
2962
2963 ------------------------------------------------------------------------
2964 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
2965 Changed paths:
2966    M /trunk/samtools/bamtk.c
2967    M /trunk/samtools/sam_view.c
2968
2969  * samtools-0.1.5-19 (r426)
2970  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
2971
2972 ------------------------------------------------------------------------
2973 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2974 Changed paths:
2975    M /trunk/samtools/bgzf.c
2976
2977 compatible with Windows binary files
2978
2979 ------------------------------------------------------------------------
2980 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2981 Changed paths:
2982    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2983    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2984    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2985    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2986    M /trunk/samtools/bamtk.c
2987    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2988
2989  * samtools-0.1.5-18 (r423)
2990  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
2991    of debugging at the moment
2992  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
2993
2994 ------------------------------------------------------------------------
2995 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
2996 Changed paths:
2997    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
2998
2999 convert BLAT psl to SAM.
3000
3001 ------------------------------------------------------------------------
3002 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
3003 Changed paths:
3004    M /trunk/samtools/ChangeLog
3005    M /trunk/samtools/bam.c
3006    M /trunk/samtools/bamtk.c
3007    M /trunk/samtools/bgzf.c
3008    M /trunk/samtools/bgzf.h
3009    M /trunk/samtools/knetfile.c
3010    M /trunk/samtools/sam.c
3011    M /trunk/samtools/sam_view.c
3012
3013  * samtools-0.1.5-17 (r422)
3014  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
3015  * write an empty BGZF block to every BGZF file
3016  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
3017  * update ChangeLog
3018
3019 ------------------------------------------------------------------------
3020 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
3021 Changed paths:
3022    M /trunk/samtools/bam_import.c
3023    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3024    M /trunk/samtools/bamtk.c
3025    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3026    M /trunk/samtools/sam.c
3027    M /trunk/samtools/sam.h
3028    M /trunk/samtools/sam_view.c
3029
3030  * samtools-0.1.5-16 (r421)
3031  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
3032
3033 ------------------------------------------------------------------------
3034 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
3035 Changed paths:
3036    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3037
3038 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
3039
3040 ------------------------------------------------------------------------
3041 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
3042 Changed paths:
3043    M /trunk/samtools/bam_import.c
3044    M /trunk/samtools/bamtk.c
3045    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3046    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3047
3048  * samtools-0.1.5-15 (r419)
3049  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
3050  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
3051  * add "unique" command to samtools.pl
3052
3053 ------------------------------------------------------------------------
3054 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
3055 Changed paths:
3056    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3057
3058 skip @header lines in SAM
3059
3060 ------------------------------------------------------------------------
3061 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3062 Changed paths:
3063    M /trunk/samtools/bamtk.c
3064    M /trunk/samtools/sam_view.c
3065
3066  * samtools-0.1.5-14 (r417)
3067  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
3068
3069 ------------------------------------------------------------------------
3070 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3071 Changed paths:
3072    M /trunk/samtools/bam.c
3073    M /trunk/samtools/bam.h
3074    M /trunk/samtools/bam_import.c
3075    M /trunk/samtools/bamtk.c
3076    M /trunk/samtools/sam.c
3077    M /trunk/samtools/sam.h
3078    M /trunk/samtools/sam_view.c
3079
3080  * samtools-0.1.5-17 (r416)
3081  * support import/export SAM with string tags
3082
3083 ------------------------------------------------------------------------
3084 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3085 Changed paths:
3086    M /trunk/samtools/bam.c
3087    M /trunk/samtools/bam.h
3088    M /trunk/samtools/bam_import.c
3089    M /trunk/samtools/bamtk.c
3090    M /trunk/samtools/sam.c
3091    M /trunk/samtools/sam.h
3092    M /trunk/samtools/sam_view.c
3093
3094  * samtools-0.1.5-12 (r415)
3095  * FLAG now can be in HEX
3096
3097 ------------------------------------------------------------------------
3098 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
3099 Changed paths:
3100    M /trunk/samtools/kstring.h
3101
3102 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
3103
3104 ------------------------------------------------------------------------
3105 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
3106 Changed paths:
3107    M /trunk/samtools/kstring.c
3108    M /trunk/samtools/kstring.h
3109
3110 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
3111
3112 ------------------------------------------------------------------------
3113 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
3114 Changed paths:
3115    M /trunk/samtools/bam_index.c
3116
3117 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
3118
3119 ------------------------------------------------------------------------
3120 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3121 Changed paths:
3122    M /trunk/samtools/bam_md.c
3123    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3124    M /trunk/samtools/bamtk.c
3125    M /trunk/samtools/bgzf.c
3126
3127  * samtools-0.1.5-11 (r408)
3128  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
3129    from fillmd.
3130  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
3131
3132 ------------------------------------------------------------------------
3133 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3134 Changed paths:
3135    M /trunk/samtools/bam.h
3136    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3137    M /trunk/samtools/bam_md.c
3138    M /trunk/samtools/bamtk.c
3139    M /trunk/samtools/sam.h
3140
3141  * samtools-0.1.5-10 (r407)
3142  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
3143  * fillmd: generate the NM tag
3144  * fillmd: cmd interface improvement
3145
3146 ------------------------------------------------------------------------
3147 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
3148 Changed paths:
3149    M /trunk/samtools/Makefile
3150
3151 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
3152
3153 ------------------------------------------------------------------------
3154 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3155 Changed paths:
3156    M /trunk/samtools/Makefile
3157    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3158    M /trunk/samtools/bamtk.c
3159
3160  * samtools-0.1.5-9 (r405)
3161  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
3162
3163 ------------------------------------------------------------------------
3164 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3165 Changed paths:
3166    M /trunk/samtools/Makefile
3167    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3168    M /trunk/samtools/bamtk.c
3169
3170  * samtools-0.1.5-8 (r404)
3171  * compatible with PDCurses
3172
3173 ------------------------------------------------------------------------
3174 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3175 Changed paths:
3176    M /trunk/samtools/bamtk.c
3177    M /trunk/samtools/kseq.h
3178
3179  * samtools-0.1.5-7 (r403)
3180  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
3181
3182 ------------------------------------------------------------------------
3183 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
3184 Changed paths:
3185    M /trunk/samtools/bam_import.c
3186    M /trunk/samtools/bam_index.c
3187    M /trunk/samtools/bamtk.c
3188    M /trunk/samtools/bgzf.c
3189
3190  * samtools-0.1.5-6 (r402)
3191  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
3192  * improve portability to MinGW
3193
3194 ------------------------------------------------------------------------
3195 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3196 Changed paths:
3197    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
3198    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
3199    D /trunk/samtools/bam_lite.c
3200
3201  * move bam_lite.c to bam-lite
3202  * copy bam.h to bam-lite
3203
3204 ------------------------------------------------------------------------
3205 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3206 Changed paths:
3207    M /trunk/samtools/bam.h
3208    M /trunk/samtools/bam_lite.c
3209    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3210    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3211    M /trunk/samtools/bamtk.c
3212
3213  * samtools-0.1.5-5 (r395)
3214  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
3215
3216 ------------------------------------------------------------------------
3217 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3218 Changed paths:
3219    M /trunk/samtools/bamtk.c
3220    M /trunk/samtools/knetfile.c
3221    M /trunk/samtools/knetfile.h
3222
3223  * samtools-0.1.5-4 (r394)
3224  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
3225
3226 ------------------------------------------------------------------------
3227 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
3228 Changed paths:
3229    M /trunk/samtools/bam_index.c
3230    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3231    M /trunk/samtools/bamtk.c
3232    M /trunk/samtools/knetfile.c
3233    M /trunk/samtools/knetfile.h
3234
3235  * samtools-0.1.5-3 (r393)
3236  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
3237  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
3238    not seen the sideeffect so far.
3239
3240 ------------------------------------------------------------------------
3241 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
3242 Changed paths:
3243    M /trunk/samtools/samtools.1
3244
3245 Remove the warning in tview
3246
3247 ------------------------------------------------------------------------
3248 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3249 Changed paths:
3250    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3251    M /trunk/samtools/bamtk.c
3252
3253  * samtools-0.1.5-2 (r391)
3254  * do not show a blank screen when no reads mapped
3255
3256 ------------------------------------------------------------------------
3257 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
3258 Changed paths:
3259    M /trunk/samtools/bam.h
3260    A /trunk/samtools/bam_lite.c
3261    M /trunk/samtools/bamtk.c
3262
3263  * samtools-0.1.5-1 (r390)
3264  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
3265  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
3266
3267 ------------------------------------------------------------------------
3268 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3269 Changed paths:
3270    M /trunk/samtools/bamtk.c
3271    M /trunk/samtools/knetfile.c
3272
3273 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
3274
3275 ------------------------------------------------------------------------
3276 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3277 Changed paths:
3278    M /trunk/samtools/bamtk.c
3279    M /trunk/samtools/sam.c
3280
3281 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
3282
3283 ------------------------------------------------------------------------
3284 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3285 Changed paths:
3286    M /trunk/samtools/Makefile
3287    M /trunk/samtools/bam.h
3288    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3289    M /trunk/samtools/bamtk.c
3290
3291 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
3292
3293 ------------------------------------------------------------------------
3294 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3295 Changed paths:
3296    M /trunk/samtools/ChangeLog
3297    M /trunk/samtools/NEWS
3298    M /trunk/samtools/bamtk.c
3299    M /trunk/samtools/samtools.1
3300
3301 Release samtools-0.1.5
3302
3303 ------------------------------------------------------------------------
3304 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
3305 Changed paths:
3306    M /trunk/samtools/bamtk.c
3307    M /trunk/samtools/sam.c
3308
3309  * samtools-0.1.4-23 (r372)
3310  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
3311
3312 ------------------------------------------------------------------------
3313 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
3314 Changed paths:
3315    M /trunk/samtools/samtools.1
3316
3317 update documentation
3318
3319 ------------------------------------------------------------------------
3320 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
3321 Changed paths:
3322    M /trunk/samtools/Makefile
3323
3324 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
3325
3326 ------------------------------------------------------------------------
3327 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
3328 Changed paths:
3329    M /trunk/samtools/ChangeLog
3330    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3331    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3332    M /trunk/samtools/bamtk.c
3333
3334  * samtools-0.1.4-22 (r369)
3335  * in pileup, optionally print E2 and U2
3336  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
3337
3338 ------------------------------------------------------------------------
3339 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
3340 Changed paths:
3341    M /trunk/samtools/bam.c
3342    M /trunk/samtools/bam.h
3343    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3344    M /trunk/samtools/bam_index.c
3345    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3346    M /trunk/samtools/bam_md.c
3347    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3348    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3349    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3350    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3351    M /trunk/samtools/bamtk.c
3352    M /trunk/samtools/faidx.c
3353    M /trunk/samtools/faidx.h
3354    M /trunk/samtools/glf.c
3355
3356  * samtools-0.1.4-21 (r368)
3357  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
3358    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
3359    inconsistency. I was just a bit lazy.
3360  * small memory leak may be present on failure, though
3361
3362 ------------------------------------------------------------------------
3363 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3364 Changed paths:
3365    M /trunk/samtools/knetfile.c
3366
3367 reduce the chance of blocking in FTP connection
3368
3369 ------------------------------------------------------------------------
3370 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3371 Changed paths:
3372    M /trunk/samtools/knetfile.c
3373
3374 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
3375
3376 ------------------------------------------------------------------------
3377 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3378 Changed paths:
3379    M /trunk/samtools/bam_index.c
3380    M /trunk/samtools/bamtk.c
3381    M /trunk/samtools/knetfile.c
3382    M /trunk/samtools/knetfile.h
3383
3384  * samtools-0.1.4-20 (r365)
3385  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
3386
3387 ------------------------------------------------------------------------
3388 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3389 Changed paths:
3390    M /trunk/samtools/bamtk.c
3391    M /trunk/samtools/knetfile.c
3392
3393  * samtools-0.1.4-19 (r364)
3394  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
3395
3396 ------------------------------------------------------------------------
3397 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
3398 Changed paths:
3399    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3400    M /trunk/samtools/bamtk.c
3401    M /trunk/samtools/bgzf.c
3402    M /trunk/samtools/bgzf.h
3403    M /trunk/samtools/knetfile.c
3404    M /trunk/samtools/knetfile.h
3405
3406  * samtools-0.1.4-18 (r363)
3407  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
3408  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
3409
3410 ------------------------------------------------------------------------
3411 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3412 Changed paths:
3413    M /trunk/samtools/bgzf.c
3414
3415 write changelog
3416
3417 ------------------------------------------------------------------------
3418 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3419 Changed paths:
3420    M /trunk/samtools/bam_index.c
3421    M /trunk/samtools/bamtk.c
3422
3423  * samtools-0.1.4-17 (r361)
3424  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
3425
3426 ------------------------------------------------------------------------
3427 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
3428 Changed paths:
3429    M /trunk/samtools/Makefile
3430    M /trunk/samtools/bam_import.c
3431    M /trunk/samtools/bam_index.c
3432    M /trunk/samtools/bamtk.c
3433    M /trunk/samtools/bgzf.c
3434    M /trunk/samtools/bgzf.h
3435    M /trunk/samtools/knetfile.c
3436    M /trunk/samtools/knetfile.h
3437
3438  * samtools-0.1.4-16 (r360)
3439  * report more information in index when the input is not sorted
3440  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
3441  * support knetfile library in BGZF
3442
3443 ------------------------------------------------------------------------
3444 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3445 Changed paths:
3446    M /trunk/samtools/knetfile.c
3447    M /trunk/samtools/knetfile.h
3448
3449 fixed bugs in knetfile.*
3450
3451 ------------------------------------------------------------------------
3452 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3453 Changed paths:
3454    A /trunk/samtools/knetfile.h
3455
3456 this is the header file
3457
3458 ------------------------------------------------------------------------
3459 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3460 Changed paths:
3461    A /trunk/samtools/knetfile.c
3462
3463  * open a file at FTP
3464  * preliminary version
3465
3466 ------------------------------------------------------------------------
3467 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
3468 Changed paths:
3469    M /trunk/samtools/bam.c
3470    M /trunk/samtools/bamtk.c
3471
3472  * samtools-0.1.4-15 (r354)
3473  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
3474
3475 ------------------------------------------------------------------------
3476 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
3477 Changed paths:
3478    M /trunk/samtools/bamtk.c
3479    M /trunk/samtools/faidx.c
3480
3481  * samtools-0.1.4-13 (r351)
3482  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
3483  * hope this does not introduce new bugs...
3484
3485 ------------------------------------------------------------------------
3486 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
3487 Changed paths:
3488    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3489    M /trunk/samtools/bamtk.c
3490
3491  * samtools-0.1.4-13 (r350)
3492  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
3493
3494 ------------------------------------------------------------------------
3495 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3496 Changed paths:
3497    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3498    M /trunk/samtools/bamtk.c
3499    M /trunk/samtools/sam_view.c
3500
3501  * samtools-0.1.4-12 (r347)
3502  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
3503
3504 ------------------------------------------------------------------------
3505 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3506 Changed paths:
3507    M /trunk/samtools/Makefile
3508    M /trunk/samtools/bamtk.c
3509    M /trunk/samtools/sam_view.c
3510    M /trunk/samtools/samtools.1
3511
3512  * samtools-0.1.4-11 (r346)
3513  * allow to select a read group at view command-line
3514
3515 ------------------------------------------------------------------------
3516 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3517 Changed paths:
3518    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3519
3520 added more comments
3521
3522 ------------------------------------------------------------------------
3523 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3524 Changed paths:
3525    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3526
3527 nothing really
3528
3529 ------------------------------------------------------------------------
3530 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3531 Changed paths:
3532    M /trunk/samtools/examples/Makefile
3533    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3534
3535 added an example of calculating read depth
3536
3537 ------------------------------------------------------------------------
3538 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3539 Changed paths:
3540    M /trunk/samtools/Makefile
3541    M /trunk/samtools/bam.h
3542    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3543    A /trunk/samtools/bam_color.c
3544    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3545    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3546    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3547    M /trunk/samtools/bamtk.c
3548    M /trunk/samtools/sam.c
3549    M /trunk/samtools/sam.h
3550
3551  * samtools-0.1.4-10 (r341)
3552  * only include key APIs in libbam.a
3553  * move color-specific routines to bam_color.c
3554  * update documentations
3555  * remove the support of -q in pileup
3556
3557 ------------------------------------------------------------------------
3558 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3559 Changed paths:
3560    M /trunk/samtools/INSTALL
3561    M /trunk/samtools/Makefile
3562    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3563    M /trunk/samtools/bam_import.c
3564    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3565    M /trunk/samtools/bamtk.c
3566    M /trunk/samtools/razf.c
3567    M /trunk/samtools/sam_view.c
3568
3569  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3570  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3571  * fixed a compilation warning
3572  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3573  * detect NCURSES in bam_tview.c
3574
3575 ------------------------------------------------------------------------
3576 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3577 Changed paths:
3578    M /trunk/samtools/INSTALL
3579
3580 update INSTALL
3581
3582 ------------------------------------------------------------------------
3583 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3584 Changed paths:
3585    M /trunk/samtools/bam.c
3586    M /trunk/samtools/bam.h
3587    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3588    M /trunk/samtools/bam_import.c
3589    M /trunk/samtools/bamtk.c
3590    M /trunk/samtools/kstring.h
3591    M /trunk/samtools/sam.c
3592    M /trunk/samtools/sam_view.c
3593
3594  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3595  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3596    command line
3597
3598 ------------------------------------------------------------------------
3599 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3600 Changed paths:
3601    M /trunk/samtools/bamtk.c
3602    M /trunk/samtools/bgzf.c
3603    M /trunk/samtools/bgzf.h
3604    M /trunk/samtools/sam.c
3605    M /trunk/samtools/sam_view.c
3606
3607  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3608  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3609  * "samtools view" support "-u" command-line option
3610
3611 ------------------------------------------------------------------------
3612 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3613 Changed paths:
3614    M /trunk/samtools/Makefile
3615    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3616    M /trunk/samtools/razf.c
3617    M /trunk/samtools/razf.h
3618    M /trunk/samtools/razip.c
3619
3620  * no changes to samtools itself
3621  * remove zlib source codes
3622  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3623  * on old version of zlib, writing is not available
3624
3625 ------------------------------------------------------------------------
3626 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3627 Changed paths:
3628    D /trunk/samtools/zlib
3629
3630 remove zlib for simplification...
3631
3632 ------------------------------------------------------------------------
3633 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3634 Changed paths:
3635    M /trunk/samtools/bam.h
3636    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3637    M /trunk/samtools/bamtk.c
3638
3639  * samtools-0.1.4-6 (r334)
3640  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
3641    been implemented in that.
3642  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
3643
3644 ------------------------------------------------------------------------
3645 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3646 Changed paths:
3647    M /trunk/samtools/ChangeLog
3648
3649 update ChangeLog
3650
3651 ------------------------------------------------------------------------
3652 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3653 Changed paths:
3654    M /trunk/samtools/AUTHORS
3655    M /trunk/samtools/Makefile
3656    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3657
3658 fixed minor things in Makefile
3659
3660 ------------------------------------------------------------------------
3661 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3662 Changed paths:
3663    M /trunk/samtools/bamtk.c
3664
3665  * samtools-0.1.4-5 (r3310
3666  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
3667    changes in the Makefile building system.
3668
3669 ------------------------------------------------------------------------
3670 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3671 Changed paths:
3672    M /trunk/samtools/AUTHORS
3673    D /trunk/samtools/README
3674
3675 update information...
3676
3677 ------------------------------------------------------------------------
3678 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3679 Changed paths:
3680    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
3681
3682  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
3683  * this version works with indels
3684
3685 ------------------------------------------------------------------------
3686 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3687 Changed paths:
3688    M /trunk/samtools/INSTALL
3689    M /trunk/samtools/Makefile
3690    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3691    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
3692
3693  * update Makefile
3694  * update INSTALL instruction
3695
3696 ------------------------------------------------------------------------
3697 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3698 Changed paths:
3699    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
3700    D /trunk/samtools/Makefile.am
3701    D /trunk/samtools/Makefile.generic
3702    D /trunk/samtools/Makefile.lite
3703    D /trunk/samtools/autogen.sh
3704    D /trunk/samtools/cleanup.sh
3705    D /trunk/samtools/configure.ac
3706    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
3707    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3708    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3709    M /trunk/samtools/razf.c
3710    A /trunk/samtools/zlib
3711    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
3712    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
3713    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
3714    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
3715    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
3716    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
3717    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
3718    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
3719    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
3720    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
3721    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
3722    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
3723    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
3724    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
3725    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
3726    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
3727    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
3728    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
3729    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
3730    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
3731    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
3732    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
3733    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
3734    D /trunk/samtools/zutil.h
3735
3736  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
3737  * prepare to changed back to the Makefile building system
3738  * unfinished! (will be soon)
3739
3740 ------------------------------------------------------------------------
3741 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3742 Changed paths:
3743    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3744
3745 Unfinished
3746
3747 ------------------------------------------------------------------------
3748 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3749 Changed paths:
3750    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3751    M /trunk/samtools/bamtk.c
3752
3753  * samtools-0.1.4-4 (r325)
3754  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
3755
3756 ------------------------------------------------------------------------
3757 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
3758 Changed paths:
3759    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3760    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3761    M /trunk/samtools/bamtk.c
3762    M /trunk/samtools/sam.c
3763    M /trunk/samtools/sam.h
3764
3765  * samtools-0.1.4-3 (r324)
3766  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
3767  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
3768
3769 ------------------------------------------------------------------------
3770 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3771 Changed paths:
3772    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3773
3774  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
3775  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
3776
3777 ------------------------------------------------------------------------
3778 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
3779 Changed paths:
3780    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
3781
3782 fixed a typo
3783
3784 ------------------------------------------------------------------------
3785 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
3786 Changed paths:
3787    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3788
3789 just typo. no real change
3790
3791 ------------------------------------------------------------------------
3792 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
3793 Changed paths:
3794    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3795
3796 a little bit code cleanup
3797
3798 ------------------------------------------------------------------------
3799 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
3800 Changed paths:
3801    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3802
3803  * samtools.pl-0.3.1
3804  * change default parameters
3805  * optionally print filtered variants
3806
3807 ------------------------------------------------------------------------
3808 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3809 Changed paths:
3810    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3811
3812  * samtools.pl-0.3.0
3813  * combine snpFilter and indelFilter
3814
3815 ------------------------------------------------------------------------
3816 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3817 Changed paths:
3818    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3819
3820  * samtools.pl-0.2.3
3821  * change a default parameter
3822
3823 ------------------------------------------------------------------------
3824 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
3825 Changed paths:
3826    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3827    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3828    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3829    M /trunk/samtools/bamtk.c
3830    M /trunk/samtools/sam.c
3831
3832  * samtools-0.1.4-2 (r316)
3833  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
3834  * pileup: always calculate RMS mapq
3835  * pileup: allow to output variant sites only
3836
3837 ------------------------------------------------------------------------
3838 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
3839 Changed paths:
3840    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3841
3842  * samtools.pl-0.2.2
3843  * added pileup2fq
3844
3845 ------------------------------------------------------------------------
3846 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
3847 Changed paths:
3848    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3849
3850  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
3851
3852 ------------------------------------------------------------------------
3853 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3854 Changed paths:
3855    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3856
3857  * samtools.pl-0.2.1
3858  * fixed a typo
3859
3860 ------------------------------------------------------------------------
3861 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3862 Changed paths:
3863    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3864
3865  * samtools.pl-0.2.0
3866  * snpFilter
3867
3868 ------------------------------------------------------------------------
3869 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3870 Changed paths:
3871    M /trunk/samtools/bgzf.c
3872
3873  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
3874  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
3875
3876 ------------------------------------------------------------------------
3877 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
3878 Changed paths:
3879    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
3880
3881 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
3882
3883 ------------------------------------------------------------------------
3884 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3885 Changed paths:
3886    M /trunk/samtools/bamtk.c
3887    M /trunk/samtools/sam.c
3888
3889  * samtools-0.1.4-1 (r304)
3890  * fixed a minor bug in printing headers
3891
3892 ------------------------------------------------------------------------
3893 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
3894 Changed paths:
3895    M /trunk/samtools/ChangeLog
3896    M /trunk/samtools/NEWS
3897    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3898    M /trunk/samtools/bamtk.c
3899    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3900    M /trunk/samtools/samtools.1
3901
3902 Release samtools-0.1.4
3903
3904 ------------------------------------------------------------------------
3905 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3906 Changed paths:
3907    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3908    M /trunk/samtools/bamtk.c
3909
3910  * samtools-0.1.3-24 (r296)
3911  * another similar bug in the indel caller
3912
3913 ------------------------------------------------------------------------
3914 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3915 Changed paths:
3916    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3917    M /trunk/samtools/bamtk.c
3918
3919  * samtools-0.1.3-23 (r295)
3920  * fixed a critical bug in the indel caller
3921
3922 ------------------------------------------------------------------------
3923 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
3924 Changed paths:
3925    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3926
3927 added a missing header file
3928
3929 ------------------------------------------------------------------------
3930 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
3931 Changed paths:
3932    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3933    M /trunk/samtools/bamtk.c
3934
3935  * samtools-0.1.3-22 (r293)
3936  * open tview in the dot-view mode by default
3937
3938 ------------------------------------------------------------------------
3939 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
3940 Changed paths:
3941    M /trunk/samtools/samtools.1
3942
3943 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
3944 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
3945 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
3946 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
3947
3948
3949 ------------------------------------------------------------------------
3950 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
3951 Changed paths:
3952    M /trunk/samtools/bam.h
3953    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3954    M /trunk/samtools/bamtk.c
3955
3956  * samtools-0.1.3-21 (286)
3957  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
3958
3959 ------------------------------------------------------------------------
3960 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
3961 Changed paths:
3962    M /trunk/samtools/bam.h
3963    M /trunk/samtools/bam_index.c
3964    M /trunk/samtools/bamtk.c
3965
3966  * samtools-0.1.3-20 (r276)
3967  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
3968    make it work with the latest SVN.
3969  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
3970
3971 ------------------------------------------------------------------------
3972 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
3973 Changed paths:
3974    M /trunk/samtools/ChangeLog
3975    M /trunk/samtools/bam.h
3976    M /trunk/samtools/bamtk.c
3977
3978  * samtools-0.1.3-19 (r275)
3979  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
3980    backward compatibility with Bio::DB::Sam
3981
3982 ------------------------------------------------------------------------
3983 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3984 Changed paths:
3985    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3986    M /trunk/samtools/bamtk.c
3987
3988  * samtools-0.1.3-18 (r273)
3989  * rmdupse: do not remove unmapped reads
3990
3991 ------------------------------------------------------------------------
3992 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
3993 Changed paths:
3994    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3995
3996 change a parameter. It does nothing
3997
3998 ------------------------------------------------------------------------
3999 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
4000 Changed paths:
4001    M /trunk/samtools/Makefile.am
4002    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4003    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4004    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
4005    M /trunk/samtools/bamtk.c
4006    M /trunk/samtools/configure.ac
4007
4008  * samtools-0.1.3-17 (r271)
4009  * added 'rmdupse' command
4010
4011 ------------------------------------------------------------------------
4012 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4013 Changed paths:
4014    M /trunk/samtools/bamtk.c
4015    M /trunk/samtools/sam_view.c
4016
4017  * samtools-0.1.3-16 (r267)
4018  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
4019
4020 ------------------------------------------------------------------------
4021 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4022 Changed paths:
4023    M /trunk/samtools/bam_import.c
4024    M /trunk/samtools/bamtk.c
4025
4026  * samtools-0.1.3-15 (r266)
4027  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
4028
4029 ------------------------------------------------------------------------
4030 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4031 Changed paths:
4032    M /trunk/samtools/bam.h
4033    M /trunk/samtools/bam_import.c
4034    M /trunk/samtools/bamtk.c
4035    M /trunk/samtools/sam.c
4036    M /trunk/samtools/sam_view.c
4037
4038  * samtools-0.1.3-14 (r262)
4039  * make samopen() recognize @SQ header lines
4040
4041 ------------------------------------------------------------------------
4042 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4043 Changed paths:
4044    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4045    M /trunk/samtools/bamtk.c
4046    M /trunk/samtools/bgzf.c
4047    M /trunk/samtools/sam.c
4048    M /trunk/samtools/sam_view.c
4049
4050  * samtools-0.1.3-13 (r260)
4051  * report error for file I/O error
4052
4053 ------------------------------------------------------------------------
4054 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
4055 Changed paths:
4056    M /trunk/samtools/Makefile.am
4057
4058 update Makefile.am
4059
4060 ------------------------------------------------------------------------
4061 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4062 Changed paths:
4063    M /trunk/samtools/bam.h
4064    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4065    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4066    M /trunk/samtools/bamtk.c
4067    M /trunk/samtools/sam.c
4068    M /trunk/samtools/sam.h
4069
4070  * samtools-0.1.3-12 (r259)
4071  * use the new I/O interface in pileup
4072
4073 ------------------------------------------------------------------------
4074 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4075 Changed paths:
4076    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4077    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4078    M /trunk/samtools/bam.c
4079    M /trunk/samtools/bam.h
4080    M /trunk/samtools/bam_import.c
4081    M /trunk/samtools/bamtk.c
4082    A /trunk/samtools/sam.c
4083    A /trunk/samtools/sam.h
4084    A /trunk/samtools/sam_view.c
4085
4086  * samtools-0.1.3-11 (r258)
4087  * unify the interface to BAM and SAM I/O
4088
4089 ------------------------------------------------------------------------
4090 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4091 Changed paths:
4092    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4093    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4094    M /trunk/samtools/bamtk.c
4095
4096  * samtools-0.1.3-10 (r257)
4097  * allow hex with "pileup -m"
4098
4099 ------------------------------------------------------------------------
4100 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
4101 Changed paths:
4102    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4103    M /trunk/samtools/bamtk.c
4104
4105  * samtools-0.1.3-9 (r256)
4106  * fixed a bug in bam_lpileup.c
4107  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
4108
4109 ------------------------------------------------------------------------
4110 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
4111 Changed paths:
4112    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4113    M /trunk/samtools/bamtk.c
4114
4115  * samtools-0.1.3-8 (r251)
4116  * fixed a bug when there are reads without coordinates
4117
4118 ------------------------------------------------------------------------
4119 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4120 Changed paths:
4121    A /trunk/samtools/AUTHORS
4122    A /trunk/samtools/README
4123    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4124
4125 added missing files
4126
4127 ------------------------------------------------------------------------
4128 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4129 Changed paths:
4130    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4131    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4132    M /trunk/samtools/configure.ac
4133    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
4134
4135 improve large file support in compilation
4136
4137 ------------------------------------------------------------------------
4138 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4139 Changed paths:
4140    M /trunk/samtools/INSTALL
4141
4142 update INSTALL
4143
4144 ------------------------------------------------------------------------
4145 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4146 Changed paths:
4147    M /trunk/samtools/Makefile.am
4148    M /trunk/samtools/autogen.sh
4149    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4150    M /trunk/samtools/configure.ac
4151    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
4152
4153 fixed various issues about the GNU building scripts
4154
4155 ------------------------------------------------------------------------
4156 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
4157 Changed paths:
4158    M /trunk/samtools/ChangeLog
4159    D /trunk/samtools/Makefile
4160    A /trunk/samtools/Makefile.am
4161    A /trunk/samtools/Makefile.generic
4162    A /trunk/samtools/autogen.sh
4163    M /trunk/samtools/bam.h
4164    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4165    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4166    M /trunk/samtools/bamtk.c
4167    A /trunk/samtools/cleanup.sh
4168    A /trunk/samtools/configure.ac
4169    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4170    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
4171
4172  * samtools-0.1.3-7 (r246)
4173  * incorporated revisions from Nils Homer
4174  * enhanced support of displaying color-space reads
4175
4176 ------------------------------------------------------------------------
4177 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
4178 Changed paths:
4179    M /trunk/samtools/bam_md.c
4180    M /trunk/samtools/bamtk.c
4181
4182  * samtools-0.1.3-6 (r244)
4183  * fixed segfault for unmapped reads
4184
4185 ------------------------------------------------------------------------
4186 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4187 Changed paths:
4188    M /trunk/samtools/bam.h
4189    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4190    M /trunk/samtools/bam_md.c
4191    M /trunk/samtools/bamtk.c
4192
4193  * samtools-0.1.3-5 (r243)
4194  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
4195  * check MD
4196  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
4197
4198 ------------------------------------------------------------------------
4199 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
4200 Changed paths:
4201    M /trunk/samtools/bam_md.c
4202    M /trunk/samtools/bamtk.c
4203
4204  * samtools-0.1.3-4 (r242)
4205  * fixed a memory leak
4206
4207 ------------------------------------------------------------------------
4208 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4209 Changed paths:
4210    M /trunk/samtools/Makefile
4211    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4212    M /trunk/samtools/bam.h
4213    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4214    A /trunk/samtools/bam_md.c
4215    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4216    M /trunk/samtools/bamtk.c
4217
4218  * samtools-0.1.3-3 (r240)
4219  * generate MD tag
4220  * generate "=" bases
4221  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
4222
4223 ------------------------------------------------------------------------
4224 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4225 Changed paths:
4226    M /trunk/samtools/bam.h
4227    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4228    M /trunk/samtools/bamtk.c
4229
4230  * samtools-0.1.3-2 (r239)
4231  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
4232  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
4233  * added tagview for testing bam_aux
4234
4235 ------------------------------------------------------------------------
4236 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
4237 Changed paths:
4238    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4239    M /trunk/samtools/bamtk.c
4240
4241  * samtools-0.1.3-1
4242  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
4243
4244 ------------------------------------------------------------------------
4245 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
4246 Changed paths:
4247    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4248
4249 a missing file in Makefile.lite
4250
4251 ------------------------------------------------------------------------
4252 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4253 Changed paths:
4254    M /trunk/samtools/NEWS
4255    M /trunk/samtools/bamtk.c
4256
4257 Release samtools-0.1.3
4258
4259 ------------------------------------------------------------------------
4260 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4261 Changed paths:
4262    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4263    M /trunk/samtools/bamtk.c
4264
4265  * samtools-0.1.2-28
4266  * make samtools more robust to weird input such as empty file
4267
4268 ------------------------------------------------------------------------
4269 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4270 Changed paths:
4271    M /trunk/samtools/ChangeLog
4272    M /trunk/samtools/NEWS
4273    M /trunk/samtools/samtools.1
4274
4275 prepare for release 0.1.3
4276
4277 ------------------------------------------------------------------------
4278 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4279 Changed paths:
4280    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
4281
4282 convert NCBI-BLASTN to SAM
4283
4284 ------------------------------------------------------------------------
4285 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4286 Changed paths:
4287    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4288    M /trunk/samtools/bamtk.c
4289
4290  * samtools-0.1.2-27
4291  * fixed a small memory leak in tview
4292
4293 ------------------------------------------------------------------------
4294 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4295 Changed paths:
4296    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
4297    M /trunk/samtools/bamtk.c
4298
4299  * samtools-0.1.2-26
4300  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
4301
4302 ------------------------------------------------------------------------
4303 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
4304 Changed paths:
4305    M /trunk/samtools/ChangeLog
4306    M /trunk/samtools/NEWS
4307
4308 proposed NEWS for the new release (have not yet)
4309
4310 ------------------------------------------------------------------------
4311 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4312 Changed paths:
4313    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4314
4315  * samtools.pl-0.1.1
4316  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
4317    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
4318
4319 ------------------------------------------------------------------------
4320 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4321 Changed paths:
4322    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4323    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4324    M /trunk/samtools/bamtk.c
4325    M /trunk/samtools/samtools.1
4326
4327  * samtools-0.1.2-25
4328  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
4329    containing indels
4330
4331 ------------------------------------------------------------------------
4332 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
4333 Changed paths:
4334    M /trunk/samtools/ChangeLog
4335
4336 update ChangeLog from "svn log"
4337
4338 ------------------------------------------------------------------------
4339 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
4340 Changed paths:
4341    M /trunk/samtools/bam.c
4342    M /trunk/samtools/bam_import.c
4343    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4344    M /trunk/samtools/bamtk.c
4345    M /trunk/samtools/kseq.h
4346
4347  * samtools-0.1.2-24
4348  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
4349  * allow empty header
4350
4351 ------------------------------------------------------------------------
4352 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4353 Changed paths:
4354    M /trunk/samtools/bam.c
4355    M /trunk/samtools/bam_import.c
4356    M /trunk/samtools/bamtk.c
4357
4358  * samtools-0.1.2-23
4359  * recognize '*' at the QUAL field
4360
4361 ------------------------------------------------------------------------
4362 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4363 Changed paths:
4364    M /trunk/samtools/bam_import.c
4365    M /trunk/samtools/bamtk.c
4366    M /trunk/samtools/kseq.h
4367
4368  * samtools-0.1.2-22
4369  * the field separater is TAB only, now
4370
4371 ------------------------------------------------------------------------
4372 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4373 Changed paths:
4374    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4375
4376  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
4377
4378 ------------------------------------------------------------------------
4379 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
4380 Changed paths:
4381    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4382    M /trunk/samtools/bamtk.c
4383    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4384
4385  * samtools-0.1.2-21
4386  * fixed a nasty bug in `fixmate'
4387
4388 ------------------------------------------------------------------------
4389 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4390 Changed paths:
4391    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
4392    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4393    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4394
4395 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
4396
4397 ------------------------------------------------------------------------
4398 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4399 Changed paths:
4400    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4401    M /trunk/samtools/bamtk.c
4402
4403  * samtools-0.1.2-20
4404  * check if file is truncated in flagstat
4405
4406 ------------------------------------------------------------------------
4407 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4408 Changed paths:
4409    M /trunk/samtools/bamtk.c
4410
4411  * samtools-0.1.2-19
4412  * print the header if requested
4413
4414 ------------------------------------------------------------------------
4415 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
4416 Changed paths:
4417    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4418    M /trunk/samtools/bamtk.c
4419
4420  * samtools-0.1.2-18
4421  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
4422
4423 ------------------------------------------------------------------------
4424 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
4425 Changed paths:
4426    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
4427    D /trunk/samtools/Makefile.std
4428    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
4429    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
4430
4431 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
4432
4433 ------------------------------------------------------------------------
4434 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4435 Changed paths:
4436    D /trunk/samtools/Makefile
4437    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
4438    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4439    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4440    M /trunk/samtools/bamtk.c
4441    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4442    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
4443    M /trunk/samtools/samtools.1
4444
4445  * samtools-0.1.2-17
4446  * incorporating Nils' changes
4447  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
4448
4449 ------------------------------------------------------------------------
4450 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4451 Changed paths:
4452    M /trunk/samtools/Makefile
4453    M /trunk/samtools/bam_import.c
4454    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4455    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4456    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4457    M /trunk/samtools/bamtk.c
4458    M /trunk/samtools/kseq.h
4459    A /trunk/samtools/kstring.c
4460    A /trunk/samtools/kstring.h
4461
4462  * samtools-0.1.2-16
4463  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
4464  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
4465
4466 ------------------------------------------------------------------------
4467 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
4468 Changed paths:
4469    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4470
4471  * soap2sam.pl-0.1.2
4472  * more robust to truncated soap output
4473
4474 ------------------------------------------------------------------------
4475 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
4476 Changed paths:
4477    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4478
4479 added bam_stat.o to Makefile.lite
4480
4481 ------------------------------------------------------------------------
4482 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4483 Changed paths:
4484    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4485    M /trunk/samtools/bamtk.c
4486
4487  * samtools-0.1.2-15
4488  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
4489
4490 ------------------------------------------------------------------------
4491 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4492 Changed paths:
4493    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4494    M /trunk/samtools/bamtk.c
4495    M /trunk/samtools/glf.c
4496    M /trunk/samtools/glf.h
4497    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4498
4499  * samtools-0.1.2-14
4500  * implemented GLFv3
4501
4502 ------------------------------------------------------------------------
4503 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4504 Changed paths:
4505    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4506    M /trunk/samtools/bamtk.c
4507
4508  * samtools-0.1.2-13
4509  * fixed a minor bug in displaying pileup
4510
4511 ------------------------------------------------------------------------
4512 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4513 Changed paths:
4514    M /trunk/samtools/ChangeLog
4515    M /trunk/samtools/bamtk.c
4516
4517  * samtools-0.1.2-12
4518  * optionally print SAM header
4519
4520 ------------------------------------------------------------------------
4521 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
4522 Changed paths:
4523    M /trunk/samtools/bamtk.c
4524    M /trunk/samtools/glf.c
4525
4526  * samtools-0.1.2-11
4527  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
4528
4529 ------------------------------------------------------------------------
4530 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
4531 Changed paths:
4532    M /trunk/samtools/Makefile
4533    M /trunk/samtools/bam_import.c
4534    M /trunk/samtools/bam_index.c
4535    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4536    M /trunk/samtools/bamtk.c
4537    M /trunk/samtools/glf.c
4538    M /trunk/samtools/glf.h
4539
4540  * samtools-0.1.2-10
4541  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
4542  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
4543  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
4544
4545 ------------------------------------------------------------------------
4546 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
4547 Changed paths:
4548    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4549
4550  * wgsim-0.2.3
4551  * fixed a bug in simulating indels
4552
4553 ------------------------------------------------------------------------
4554 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
4555 Changed paths:
4556    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4557
4558  * wgsim-0.2.2
4559  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4560    not like long read names.
4561
4562 ------------------------------------------------------------------------
4563 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4564 Changed paths:
4565    M /trunk/samtools/ChangeLog
4566    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4567    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4568
4569  * wgsim-0.2.1
4570  * fixed a bug about color read coordinates
4571  * fixed a bug in read names
4572  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4573  * make the script work with color reads
4574
4575 ------------------------------------------------------------------------
4576 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4577 Changed paths:
4578    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4579    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4580
4581  * wgsim: added a note
4582
4583 ------------------------------------------------------------------------
4584 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4585 Changed paths:
4586    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4587    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4588
4589  * wgsim-0.2.0
4590  * considerable code clean up
4591  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4592  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4593  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4594  * change in accordant with wgsim
4595
4596 ------------------------------------------------------------------------
4597 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4598 Changed paths:
4599    M /trunk/samtools/bam_index.c
4600    M /trunk/samtools/bamtk.c
4601
4602  * samtools-0.1.2-9
4603  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
4604
4605 ------------------------------------------------------------------------
4606 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
4607 Changed paths:
4608    M /trunk/samtools/bamtk.c
4609
4610 Fix annoying segv when invalid region specified.
4611
4612 ------------------------------------------------------------------------
4613 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
4614 Changed paths:
4615    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4616    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4617
4618  * move indel_filter.pl to samtools.pl
4619
4620 ------------------------------------------------------------------------
4621 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
4622 Changed paths:
4623    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4624    M /trunk/samtools/bamtk.c
4625
4626  * samtools-0.1.2-7
4627  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
4628
4629 ------------------------------------------------------------------------
4630 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
4631 Changed paths:
4632    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4633    M /trunk/samtools/bamtk.c
4634
4635  * samtools-0.1.2-7
4636  * fixed a minor bug in flagstat
4637
4638 ------------------------------------------------------------------------
4639 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
4640 Changed paths:
4641    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4642    M /trunk/samtools/bamtk.c
4643    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4644
4645  * samtools-0.1.2-6
4646  * improve indel caller by setting maximum window size
4647
4648 ------------------------------------------------------------------------
4649 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
4650 Changed paths:
4651    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4652    M /trunk/samtools/bamtk.c
4653
4654  * output max mapping quality in indel line
4655
4656 ------------------------------------------------------------------------
4657 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
4658 Changed paths:
4659    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4660
4661 fixed a bug in generating tag AM
4662
4663 ------------------------------------------------------------------------
4664 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
4665 Changed paths:
4666    M /trunk/samtools/bam_index.c
4667    M /trunk/samtools/bamtk.c
4668
4669 fixed a potential memory problem in indexing
4670
4671 ------------------------------------------------------------------------
4672 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
4673 Changed paths:
4674    M /trunk/samtools/Makefile
4675
4676 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
4677
4678 ------------------------------------------------------------------------
4679 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
4680 Changed paths:
4681    M /trunk/samtools/ChangeLog
4682    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4683    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4684    M /trunk/samtools/bamtk.c
4685
4686  * samtools-0.1.2-3
4687  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
4688  * improve flagstat report a little bit
4689
4690 ------------------------------------------------------------------------
4691 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
4692 Changed paths:
4693    M /trunk/samtools/Makefile
4694    A /trunk/samtools/bam_stat.c
4695    M /trunk/samtools/bamtk.c
4696
4697  * samtools-0.1.2-1
4698  * added flagstat command
4699
4700 ------------------------------------------------------------------------
4701 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4702 Changed paths:
4703    M /trunk/samtools/ChangeLog
4704    M /trunk/samtools/NEWS
4705    M /trunk/samtools/bamtk.c
4706    M /trunk/samtools/samtools.1
4707
4708 Release SAMtools-0.1.2
4709
4710 ------------------------------------------------------------------------
4711 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4712 Changed paths:
4713    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4714
4715 Script for filtering indel results
4716
4717 ------------------------------------------------------------------------
4718 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
4719 Changed paths:
4720    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
4721
4722 convert ZOOM to SAM
4723
4724 ------------------------------------------------------------------------
4725 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
4726 Changed paths:
4727    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
4728
4729 add a script to convert novo alignment to SAM
4730
4731 ------------------------------------------------------------------------
4732 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
4733 Changed paths:
4734    M /trunk/samtools/ChangeLog
4735    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
4736    M /trunk/samtools/samtools.1
4737
4738 update documentation and ChangeLog
4739
4740 ------------------------------------------------------------------------
4741 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
4742 Changed paths:
4743    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4744    M /trunk/samtools/bamtk.c
4745
4746  * samtools-0.1.1-19
4747  * fixed a bug in "merge" command line
4748
4749 ------------------------------------------------------------------------
4750 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4751 Changed paths:
4752    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4753    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
4754    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
4755    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
4756    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
4757    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
4758
4759  * merge from branches/dev/
4760  * all future development will happen here
4761
4762 ------------------------------------------------------------------------
4763 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4764 Changed paths:
4765    M /trunk/samtools/COPYING
4766    M /trunk/samtools/ChangeLog
4767    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
4768    M /trunk/samtools/Makefile
4769    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
4770    M /trunk/samtools/bam.c
4771    M /trunk/samtools/bam.h
4772    M /trunk/samtools/bam_import.c
4773    M /trunk/samtools/bam_index.c
4774    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4775    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4776    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4777    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
4778    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4779    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4780    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
4781    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4782    M /trunk/samtools/bamtk.c
4783    M /trunk/samtools/bgzf.h
4784    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
4785    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
4786    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
4787    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4788    M /trunk/samtools/faidx.c
4789    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
4790    M /trunk/samtools/glf.h
4791    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4792    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4793    M /trunk/samtools/razf.c
4794    M /trunk/samtools/source.dot
4795
4796  * Merge from branches/dev/
4797  * all future development will happen here at trunk/
4798
4799 ------------------------------------------------------------------------
4800 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
4801 Changed paths:
4802    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4803    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4804
4805 Fix problem with compiling without curses.
4806
4807 ------------------------------------------------------------------------
4808 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4809 Changed paths:
4810    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
4811
4812 Create trunk copy
4813
4814 ------------------------------------------------------------------------
4815 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4816 Changed paths:
4817    A /branches/dev/samtools/NEWS
4818    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4819    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4820
4821 Release samtools-0.1.1
4822
4823 ------------------------------------------------------------------------
4824 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
4825 Changed paths:
4826    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4827    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4828    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4829    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4830    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4831    M /branches/dev/samtools/razf.c
4832    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4833
4834  * samtools-0.1.0-66
4835  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
4836  * fixed a memory leak in parsing a region
4837  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
4838  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
4839  * fixed a bug in indexing for small alignment
4840  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
4841  * updated documentation
4842  * prepare to release 0.1.1
4843
4844 ------------------------------------------------------------------------
4845 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4846 Changed paths:
4847    A /branches/dev/samtools/examples
4848    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
4849    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
4850    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
4851    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
4852
4853 example
4854
4855 ------------------------------------------------------------------------
4856 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4857 Changed paths:
4858    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4859
4860 update ChangeLog
4861
4862 ------------------------------------------------------------------------
4863 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
4864 Changed paths:
4865    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4866
4867  * added comments
4868  * fixed several bugs
4869
4870 ------------------------------------------------------------------------
4871 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
4872 Changed paths:
4873    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4874
4875 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
4876
4877 ------------------------------------------------------------------------
4878 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
4879 Changed paths:
4880    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4881    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4882    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4883    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4884    A /branches/dev/samtools/source.dot
4885
4886  * samtools-0.1.0-65
4887  * pileup: generate maq-like simple output
4888  * pileup: allow to output pileup at required sites
4889  * source.dot: source file relationship graph
4890  * tview: fixed a minor bug
4891
4892 ------------------------------------------------------------------------
4893 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
4894 Changed paths:
4895    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4896
4897 remove all2sam.pl
4898
4899 ------------------------------------------------------------------------
4900 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
4901 Changed paths:
4902    A /branches/dev/samtools/COPYING
4903    M /branches/dev/samtools/bam.h
4904    M /branches/dev/samtools/faidx.h
4905    M /branches/dev/samtools/khash.h
4906    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4907    M /branches/dev/samtools/ksort.h
4908    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4909
4910 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
4911
4912 ------------------------------------------------------------------------
4913 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4914 Changed paths:
4915    M /branches/dev/samtools/bam.c
4916    M /branches/dev/samtools/bam.h
4917    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4918    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4919    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4920
4921  * samtools-0.1.0-64
4922  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
4923
4924 ------------------------------------------------------------------------
4925 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4926 Changed paths:
4927    M /branches/dev/samtools/bam.c
4928    M /branches/dev/samtools/bam.h
4929    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4930    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4931    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4932
4933  * samtools-0.1.0-63
4934  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
4935
4936 ------------------------------------------------------------------------
4937 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
4938 Changed paths:
4939    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4940    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4941    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4942
4943  * samtools-0.1.0-62
4944  * fixed a memory leak
4945
4946 ------------------------------------------------------------------------
4947 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
4948 Changed paths:
4949    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4950    M /branches/dev/samtools/bam.h
4951    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4952
4953 update documentation, ChangeLog and a comment
4954
4955 ------------------------------------------------------------------------
4956 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
4957 Changed paths:
4958    M /branches/dev/samtools/Makefile
4959    M /branches/dev/samtools/bam.h
4960    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4961    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
4962    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4963    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4964    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4965    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4966
4967  * samtools-0.1.0-61
4968  * moved pileup command to a separate source file
4969  * added indel caller
4970  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
4971  * updated documentation
4972
4973 ------------------------------------------------------------------------
4974 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
4975 Changed paths:
4976    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4977    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4978
4979  * samtools-0.1.0-60
4980  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
4981
4982 ------------------------------------------------------------------------
4983 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
4984 Changed paths:
4985    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4986    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4987    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4988
4989  * samtools-0.1.0-59
4990  * pileup: outputing consensus is now optional
4991  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
4992    I am not quite sure why the previous version may have problem.
4993
4994 ------------------------------------------------------------------------
4995 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
4996 Changed paths:
4997    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4998    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4999
5000  * samtools-0.1.0-58
5001  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
5002    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
5003    and imposing it would make it harder to generate for other language
5004    bindings.
5005
5006 ------------------------------------------------------------------------
5007 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
5008 Changed paths:
5009    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5010
5011 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
5012
5013 ------------------------------------------------------------------------
5014 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
5015 Changed paths:
5016    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5017
5018 update manual
5019
5020 ------------------------------------------------------------------------
5021 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
5022 Changed paths:
5023    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5024    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5025
5026  * samtools-0.1.0-57
5027  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
5028  * made the parser a bit more robust
5029
5030 ------------------------------------------------------------------------
5031 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
5032 Changed paths:
5033    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5034    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5035    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5036
5037  * samtools-0.1.0-56
5038  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
5039  * fixed a typo in bam_index.c
5040  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
5041
5042 ------------------------------------------------------------------------
5043 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
5044 Changed paths:
5045    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5046
5047 update manual
5048
5049 ------------------------------------------------------------------------
5050 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
5051 Changed paths:
5052    M /branches/dev/samtools/bam.h
5053    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5054    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5055
5056  * samtools-0.1.0-55
5057  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
5058  * removed -v from pileup
5059  * made pileup take the reference sequence
5060
5061 ------------------------------------------------------------------------
5062 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
5063 Changed paths:
5064    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5065    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5066    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5067
5068  * samtools-0.1.0-54
5069  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
5070  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
5071
5072 ------------------------------------------------------------------------
5073 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5074 Changed paths:
5075    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5076
5077 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
5078
5079 ------------------------------------------------------------------------
5080 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5081 Changed paths:
5082    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5083
5084 also calculate unordered md5sum check
5085
5086 ------------------------------------------------------------------------
5087 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5088 Changed paths:
5089    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5090
5091 fixed a minor bug when there are space in the sequence
5092
5093 ------------------------------------------------------------------------
5094 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5095 Changed paths:
5096    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5097
5098 fixed a potential memory leak
5099
5100 ------------------------------------------------------------------------
5101 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5102 Changed paths:
5103    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5104    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5105    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5106
5107  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
5108
5109 ------------------------------------------------------------------------
5110 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5111 Changed paths:
5112    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5113
5114 nothing, really
5115
5116 ------------------------------------------------------------------------
5117 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5118 Changed paths:
5119    M /branches/dev/samtools/Makefile
5120    M /branches/dev/samtools/kseq.h
5121    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5122    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
5123    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
5124    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5125
5126  * fixed two warnings in kseq.h
5127  * added md5sum utilities
5128
5129 ------------------------------------------------------------------------
5130 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
5131 Changed paths:
5132    M /branches/dev/samtools/Makefile
5133    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5134    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5135    A /branches/dev/samtools/kseq.h
5136    D /branches/dev/samtools/kstream.h
5137
5138  * samtools-0.1.0-52
5139  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
5140    extra functions in kseq.h.
5141  * also compile stand-alone faidx
5142
5143 ------------------------------------------------------------------------
5144 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5145 Changed paths:
5146    M /branches/dev/samtools/bam.h
5147    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5148    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5149
5150  * samtools-0.1.0-51
5151  * sorting by read names is available
5152
5153 ------------------------------------------------------------------------
5154 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5155 Changed paths:
5156    M /branches/dev/samtools/bam.c
5157    M /branches/dev/samtools/bam.h
5158    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5159    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5160    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5161    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5162    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5163    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5164    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5165
5166  * samtools-0.1.0-50
5167  * format change to meet the latest specification
5168
5169 ------------------------------------------------------------------------
5170 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
5171 Changed paths:
5172    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5173    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5174
5175  * minor change in maqcns: special care when n==0
5176  * change maq2sam to meet the latest specification
5177
5178 ------------------------------------------------------------------------
5179 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5180 Changed paths:
5181    M /branches/dev/samtools/razf.c
5182    M /branches/dev/samtools/razf.h
5183
5184 considerable code clean up in razf
5185
5186 ------------------------------------------------------------------------
5187 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5188 Changed paths:
5189    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
5190    M /branches/dev/samtools/Makefile
5191    M /branches/dev/samtools/faidx.c
5192
5193 make RAZF optional in faidx.c
5194
5195 ------------------------------------------------------------------------
5196 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
5197 Changed paths:
5198    M /branches/dev/samtools/Makefile
5199    M /branches/dev/samtools/bam.h
5200    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5201    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5202    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5203
5204  * samtools-0.1.0-49
5205  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
5206
5207 ------------------------------------------------------------------------
5208 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
5209 Changed paths:
5210    M /branches/dev/samtools/bam.c
5211    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5212    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5213    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5214    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5215    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5216
5217  * samtools-0.1.0-48
5218  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
5219  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
5220  * supporting hex strings
5221
5222 ------------------------------------------------------------------------
5223 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5224 Changed paths:
5225    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5226    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5227
5228  * samtools-0.1.0-47
5229  * fixed the bug in maqcns
5230
5231 ------------------------------------------------------------------------
5232 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5233 Changed paths:
5234    M /branches/dev/samtools/Makefile
5235    M /branches/dev/samtools/bam.h
5236    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5237    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
5238    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5239    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5240    A /branches/dev/samtools/glf.h
5241
5242  * samtools-0.1.0-46
5243  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
5244
5245 ------------------------------------------------------------------------
5246 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
5247 Changed paths:
5248    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5249    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5250    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5251
5252  * samtools-0.1.0-45
5253  * tview: display padded alignment (but not P operation)
5254  * better coordinates and reference sequence
5255
5256 ------------------------------------------------------------------------
5257 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
5258 Changed paths:
5259    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5260
5261 new ChangeLog
5262
5263 ------------------------------------------------------------------------
5264 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5265 Changed paths:
5266    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
5267    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
5268
5269 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
5270 the log of my personal SVN repository.
5271
5272 ------------------------------------------------------------------------
5273 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
5274 Changed paths:
5275    M /branches/dev/samtools/Makefile
5276    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5277    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5278
5279  * samtools-0.1.0-44
5280  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
5281    missing these declarations will make bgzf buggy
5282  * get rid of some harmless warings
5283  * use BGZF by default, now
5284
5285 ------------------------------------------------------------------------
5286 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5287 Changed paths:
5288    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5289    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5290    M /branches/dev/samtools/razf.c
5291
5292  * samtools-0.1.0-43
5293  * fixed a bug in razf_read()
5294  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
5295
5296 ------------------------------------------------------------------------
5297 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5298 Changed paths:
5299    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5300
5301 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
5302
5303 ------------------------------------------------------------------------
5304 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5305 Changed paths:
5306    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5307
5308  * samtools-0.1.0-42
5309  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
5310    also update the version number anyway to avoid confusion
5311
5312 ------------------------------------------------------------------------
5313 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5314 Changed paths:
5315    M /branches/dev/samtools/razf.c
5316
5317 a change from Jue, but I think it should not matter
5318
5319 ------------------------------------------------------------------------
5320 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
5321 Changed paths:
5322    M /branches/dev/samtools/razf.c
5323
5324 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
5325 rarely happens, very rarely.
5326
5327 ------------------------------------------------------------------------
5328 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5329 Changed paths:
5330    M /branches/dev/samtools/razf.c
5331
5332 fixed a bug in razf, with the help of Jue
5333
5334 ------------------------------------------------------------------------
5335 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5336 Changed paths:
5337    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5338
5339 remove a comment
5340
5341 ------------------------------------------------------------------------
5342 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5343 Changed paths:
5344    M /branches/dev/samtools/Makefile
5345    M /branches/dev/samtools/bam.h
5346    M /branches/dev/samtools/razf.c
5347    M /branches/dev/samtools/razf.h
5348
5349  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
5350
5351 ------------------------------------------------------------------------
5352 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5353 Changed paths:
5354    A /branches/dev/samtools/samtools.1
5355
5356 the manual page
5357
5358 ------------------------------------------------------------------------
5359 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
5360 Changed paths:
5361    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5362    A /branches/dev/samtools/Makefile
5363    A /branches/dev/samtools/bam.c
5364    A /branches/dev/samtools/bam.h
5365    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5366    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
5367    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
5368    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
5369    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
5370    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5371    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5372    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5373    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
5374    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
5375    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
5376    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
5377    A /branches/dev/samtools/faidx.c
5378    A /branches/dev/samtools/faidx.h
5379    A /branches/dev/samtools/khash.h
5380    A /branches/dev/samtools/ksort.h
5381    A /branches/dev/samtools/kstream.h
5382    A /branches/dev/samtools/misc
5383    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5384    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5385    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5386    A /branches/dev/samtools/razf.c
5387    A /branches/dev/samtools/razf.h
5388    A /branches/dev/samtools/razip.c
5389    A /branches/dev/samtools/zutil.h
5390
5391 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
5392 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
5393
5394 ------------------------------------------------------------------------
5395 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5396 Changed paths:
5397    A /branches/dev/samtools
5398
5399 samtools (C version)
5400
5401 ------------------------------------------------------------------------