ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 09:34:57 +0100 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_aux.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.5-30 (r447)
   8  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 09:33:17 +0100 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  14    M /trunk/samtools/bamtk.c
  15
  16  *
  17
  18 ------------------------------------------------------------------------
  19 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 10:02:36 +0100 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
  20 Changed paths:
  21    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  22    M /trunk/samtools/bamtk.c
  23
  24  * samtools-0.1.5-28 (r444)
  25  * bug in "merge -n"
  26
  27 ------------------------------------------------------------------------
  28 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 09:29:11 +0100 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
  29 Changed paths:
  30    M /trunk/samtools/bam.c
  31    M /trunk/samtools/bam_import.c
  32    M /trunk/samtools/bamtk.c
  33
  34  * samtools-0.1.5-27 (r443)
  35  * SEQ and QUAL can be "*"
  36  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
  37
  38 ------------------------------------------------------------------------
  39 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 21:56:38 +0100 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
  40 Changed paths:
  41    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  42    M /trunk/samtools/bamtk.c
  43    M /trunk/samtools/misc/md5.c
  44    M /trunk/samtools/misc/md5.h
  45    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
  46
  47  * samtools-0.1.5-26 (r442)
  48  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
  49  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 14:41:28 +0100 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/bgzf.c
  55    M /trunk/samtools/bgzf.h
  56    M /trunk/samtools/bgzip.c
  57
  58 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 10:44:24 +0100 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  64    M /trunk/samtools/bamtk.c
  65
  66  * samtools-0.1.5-25 (r436)
  67  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
  68
  69 ------------------------------------------------------------------------
  70 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 22:16:51 +0100 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
  71 Changed paths:
  72    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
  73
  74 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
  75
  76 ------------------------------------------------------------------------
  77 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 21:50:43 +0100 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
  78 Changed paths:
  79    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  80
  81 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
  82
  83 ------------------------------------------------------------------------
  84 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 09:13:24 +0100 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
  85 Changed paths:
  86    M /trunk/samtools/bamtk.c
  87    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  88    M /trunk/samtools/sam_view.c
  89
  90  * samtools-0.1.5-24 (r435)
  91  * fixed a typo
  92
  93 ------------------------------------------------------------------------
  94 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 10:40:42 +0100 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
  95 Changed paths:
  96    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  97    M /trunk/samtools/bamtk.c
  98
  99  * samtools-0.1.5-23 (r434)
 100  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
 101
 102 ------------------------------------------------------------------------
 103 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 19:13:35 +0100 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
 104 Changed paths:
 105    M /trunk/samtools/knetfile.c
 106
 107  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 108  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
 109
 110 ------------------------------------------------------------------------
 111 r432 | lh3lh3 | 2009-08-02 00:32:07 +0100 (Sun, 02 Aug 2009) | 5 lines
 112 Changed paths:
 113    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 114    M /trunk/samtools/bamtk.c
 115    M /trunk/samtools/faidx.c
 116    M /trunk/samtools/razf.c
 117    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
 118    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
 119
 120  * samtools-0.1.5-22 (r432)
 121  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 122  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 123  * PDCurses support in Windows
 124
 125 ------------------------------------------------------------------------
 126 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 23:34:54 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 127 Changed paths:
 128    M /trunk/samtools/win32/libz.a
 129
 130 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
 131
 132 ------------------------------------------------------------------------
 133 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 23:21:07 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 134 Changed paths:
 135    M /trunk/samtools/knetfile.c
 136
 137 add comments
 138
 139 ------------------------------------------------------------------------
 140 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 22:41:19 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
 141 Changed paths:
 142    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 143    M /trunk/samtools/bamtk.c
 144    M /trunk/samtools/knetfile.c
 145    M /trunk/samtools/knetfile.h
 146
 147  * samtools-0.1.5-21 (r428)
 148  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
 149
 150 ------------------------------------------------------------------------
 151 r428 | lh3lh3 | 2009-08-01 00:39:07 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 152 Changed paths:
 153    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 154
 155 simplify MinGW Makefile
 156
 157 ------------------------------------------------------------------------
 158 r427 | lh3lh3 | 2009-08-01 00:30:54 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
 159 Changed paths:
 160    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
 161    M /trunk/samtools/bam_import.c
 162    M /trunk/samtools/bamtk.c
 163    A /trunk/samtools/win32
 164    A /trunk/samtools/win32/libz.a
 165    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
 166    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
 167
 168  * samtools-0.1.5-20 (r427)
 169  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
 170    functionality are not tested at the moment.
 171  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
 172
 173 ------------------------------------------------------------------------
 174 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 23:32:09 +0100 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
 175 Changed paths:
 176    M /trunk/samtools/bamtk.c
 177    M /trunk/samtools/sam_view.c
 178
 179  * samtools-0.1.5-19 (r426)
 180  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
 181
 182 ------------------------------------------------------------------------
 183 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 23:23:51 +0100 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 184 Changed paths:
 185    M /trunk/samtools/bgzf.c
 186
 187 compatible with Windows binary files
 188
 189 ------------------------------------------------------------------------
 190 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 10:19:59 +0100 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 191 Changed paths:
 192    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 193    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 194    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 195    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 196    M /trunk/samtools/bamtk.c
 197    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 198
 199  * samtools-0.1.5-18 (r423)
 200  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
 201    of debugging at the moment
 202  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
 203
 204 ------------------------------------------------------------------------
 205 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 22:00:36 +0100 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
 206 Changed paths:
 207    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
 208
 209 convert BLAT psl to SAM.
 210
 211 ------------------------------------------------------------------------
 212 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 11:24:39 +0100 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
 213 Changed paths:
 214    M /trunk/samtools/ChangeLog
 215    M /trunk/samtools/bam.c
 216    M /trunk/samtools/bamtk.c
 217    M /trunk/samtools/bgzf.c
 218    M /trunk/samtools/bgzf.h
 219    M /trunk/samtools/knetfile.c
 220    M /trunk/samtools/sam.c
 221    M /trunk/samtools/sam_view.c
 222
 223  * samtools-0.1.5-17 (r422)
 224  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
 225  * write an empty BGZF block to every BGZF file
 226  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
 227  * update ChangeLog
 228
 229 ------------------------------------------------------------------------
 230 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 10:03:39 +0100 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
 231 Changed paths:
 232    M /trunk/samtools/bam_import.c
 233    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 234    M /trunk/samtools/bamtk.c
 235    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 236    M /trunk/samtools/sam.c
 237    M /trunk/samtools/sam.h
 238    M /trunk/samtools/sam_view.c
 239
 240  * samtools-0.1.5-16 (r421)
 241  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
 242
 243 ------------------------------------------------------------------------
 244 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 09:18:55 +0100 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
 245 Changed paths:
 246    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 247
 248 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
 249
 250 ------------------------------------------------------------------------
 251 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 09:52:33 +0100 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
 252 Changed paths:
 253    M /trunk/samtools/bam_import.c
 254    M /trunk/samtools/bamtk.c
 255    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 256    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 257
 258  * samtools-0.1.5-15 (r419)
 259  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
 260  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
 261  * add "unique" command to samtools.pl
 262
 263 ------------------------------------------------------------------------
 264 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 14:04:19 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
 265 Changed paths:
 266    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 267
 268 skip @header lines in SAM
 269
 270 ------------------------------------------------------------------------
 271 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 12:42:38 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 272 Changed paths:
 273    M /trunk/samtools/bamtk.c
 274    M /trunk/samtools/sam_view.c
 275
 276  * samtools-0.1.5-14 (r417)
 277  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
 278
 279 ------------------------------------------------------------------------
 280 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 12:34:30 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 281 Changed paths:
 282    M /trunk/samtools/bam.c
 283    M /trunk/samtools/bam.h
 284    M /trunk/samtools/bam_import.c
 285    M /trunk/samtools/bamtk.c
 286    M /trunk/samtools/sam.c
 287    M /trunk/samtools/sam.h
 288    M /trunk/samtools/sam_view.c
 289
 290  * samtools-0.1.5-17 (r416)
 291  * support import/export SAM with string tags
 292
 293 ------------------------------------------------------------------------
 294 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 11:39:26 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 295 Changed paths:
 296    M /trunk/samtools/bam.c
 297    M /trunk/samtools/bam.h
 298    M /trunk/samtools/bam_import.c
 299    M /trunk/samtools/bamtk.c
 300    M /trunk/samtools/sam.c
 301    M /trunk/samtools/sam.h
 302    M /trunk/samtools/sam_view.c
 303
 304  * samtools-0.1.5-12 (r415)
 305  * FLAG now can be in HEX
 306
 307 ------------------------------------------------------------------------
 308 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 22:03:49 +0100 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
 309 Changed paths:
 310    M /trunk/samtools/kstring.h
 311
 312 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
 313
 314 ------------------------------------------------------------------------
 315 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 22:19:40 +0100 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
 316 Changed paths:
 317    M /trunk/samtools/kstring.c
 318    M /trunk/samtools/kstring.h
 319
 320 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
 321
 322 ------------------------------------------------------------------------
 323 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 17:10:20 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
 324 Changed paths:
 325    M /trunk/samtools/bam_index.c
 326
 327 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
 328
 329 ------------------------------------------------------------------------
 330 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 15:29:21 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 331 Changed paths:
 332    M /trunk/samtools/bam_md.c
 333    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 334    M /trunk/samtools/bamtk.c
 335    M /trunk/samtools/bgzf.c
 336
 337  * samtools-0.1.5-11 (r408)
 338  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
 339    from fillmd.
 340  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
 341
 342 ------------------------------------------------------------------------
 343 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 14:46:56 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 344 Changed paths:
 345    M /trunk/samtools/bam.h
 346    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 347    M /trunk/samtools/bam_md.c
 348    M /trunk/samtools/bamtk.c
 349    M /trunk/samtools/sam.h
 350
 351  * samtools-0.1.5-10 (r407)
 352  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 353  * fillmd: generate the NM tag
 354  * fillmd: cmd interface improvement
 355
 356 ------------------------------------------------------------------------
 357 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:30:40 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
 358 Changed paths:
 359    M /trunk/samtools/Makefile
 360
 361 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
 362
 363 ------------------------------------------------------------------------
 364 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:30:11 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 365 Changed paths:
 366    M /trunk/samtools/Makefile
 367    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 368    M /trunk/samtools/bamtk.c
 369
 370  * samtools-0.1.5-9 (r405)
 371  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
 372
 373 ------------------------------------------------------------------------
 374 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:23:52 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 375 Changed paths:
 376    M /trunk/samtools/Makefile
 377    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 378    M /trunk/samtools/bamtk.c
 379
 380  * samtools-0.1.5-8 (r404)
 381  * compatible with PDCurses
 382
 383 ------------------------------------------------------------------------
 384 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 22:39:39 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 385 Changed paths:
 386    M /trunk/samtools/bamtk.c
 387    M /trunk/samtools/kseq.h
 388
 389  * samtools-0.1.5-7 (r403)
 390  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
 391
 392 ------------------------------------------------------------------------
 393 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 11:49:53 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
 394 Changed paths:
 395    M /trunk/samtools/bam_import.c
 396    M /trunk/samtools/bam_index.c
 397    M /trunk/samtools/bamtk.c
 398    M /trunk/samtools/bgzf.c
 399
 400  * samtools-0.1.5-6 (r402)
 401  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
 402  * improve portability to MinGW
 403
 404 ------------------------------------------------------------------------
 405 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 10:21:36 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 406 Changed paths:
 407    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
 408    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
 409    D /trunk/samtools/bam_lite.c
 410
 411  * move bam_lite.c to bam-lite
 412  * copy bam.h to bam-lite
 413
 414 ------------------------------------------------------------------------
 415 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 10:12:57 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 416 Changed paths:
 417    M /trunk/samtools/bam.h
 418    M /trunk/samtools/bam_lite.c
 419    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 420    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 421    M /trunk/samtools/bamtk.c
 422
 423  * samtools-0.1.5-5 (r395)
 424  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
 425
 426 ------------------------------------------------------------------------
 427 r394 | lh3lh3 | 2009-07-13 00:35:10 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 428 Changed paths:
 429    M /trunk/samtools/bamtk.c
 430    M /trunk/samtools/knetfile.c
 431    M /trunk/samtools/knetfile.h
 432
 433  * samtools-0.1.5-4 (r394)
 434  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
 435
 436 ------------------------------------------------------------------------
 437 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 23:57:07 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
 438 Changed paths:
 439    M /trunk/samtools/bam_index.c
 440    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 441    M /trunk/samtools/bamtk.c
 442    M /trunk/samtools/knetfile.c
 443    M /trunk/samtools/knetfile.h
 444
 445  * samtools-0.1.5-3 (r393)
 446  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
 447  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
 448    not seen the sideeffect so far.
 449
 450 ------------------------------------------------------------------------
 451 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:50:55 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
 452 Changed paths:
 453    M /trunk/samtools/samtools.1
 454
 455 Remove the warning in tview
 456
 457 ------------------------------------------------------------------------
 458 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:42:43 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
 459 Changed paths:
 460    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 461    M /trunk/samtools/bamtk.c
 462
 463  * samtools-0.1.5-2 (r391)
 464  * do not show a blank screen when no reads mapped
 465
 466 ------------------------------------------------------------------------
 467 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 14:01:42 +0100 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
 468 Changed paths:
 469    M /trunk/samtools/bam.h
 470    A /trunk/samtools/bam_lite.c
 471    M /trunk/samtools/bamtk.c
 472
 473  * samtools-0.1.5-1 (r390)
 474  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
 475  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
 476
 477 ------------------------------------------------------------------------
 478 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 16:53:29 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 479 Changed paths:
 480    M /trunk/samtools/bamtk.c
 481    M /trunk/samtools/knetfile.c
 482
 483 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
 484
 485 ------------------------------------------------------------------------
 486 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:39:55 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 487 Changed paths:
 488    M /trunk/samtools/bamtk.c
 489    M /trunk/samtools/sam.c
 490
 491 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
 492
 493 ------------------------------------------------------------------------
 494 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:20:06 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 495 Changed paths:
 496    M /trunk/samtools/Makefile
 497    M /trunk/samtools/bam.h
 498    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 499    M /trunk/samtools/bamtk.c
 500
 501 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
 502
 503 ------------------------------------------------------------------------
 504 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 10:26:57 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 505 Changed paths:
 506    M /trunk/samtools/ChangeLog
 507    M /trunk/samtools/NEWS
 508    M /trunk/samtools/bamtk.c
 509    M /trunk/samtools/samtools.1
 510
 511 Release samtools-0.1.5
 512
 513 ------------------------------------------------------------------------
 514 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 09:49:27 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
 515 Changed paths:
 516    M /trunk/samtools/bamtk.c
 517    M /trunk/samtools/sam.c
 518
 519  * samtools-0.1.4-23 (r372)
 520  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
 521
 522 ------------------------------------------------------------------------
 523 r371 | lh3lh3 | 2009-07-07 01:13:32 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 524 Changed paths:
 525    M /trunk/samtools/samtools.1
 526
 527 update documentation
 528
 529 ------------------------------------------------------------------------
 530 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 22:24:34 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
 531 Changed paths:
 532    M /trunk/samtools/Makefile
 533
 534 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
 535
 536 ------------------------------------------------------------------------
 537 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 13:36:53 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
 538 Changed paths:
 539    M /trunk/samtools/ChangeLog
 540    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 541    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 542    M /trunk/samtools/bamtk.c
 543
 544  * samtools-0.1.4-22 (r369)
 545  * in pileup, optionally print E2 and U2
 546  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
 547
 548 ------------------------------------------------------------------------
 549 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 11:32:26 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
 550 Changed paths:
 551    M /trunk/samtools/bam.c
 552    M /trunk/samtools/bam.h
 553    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 554    M /trunk/samtools/bam_index.c
 555    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 556    M /trunk/samtools/bam_md.c
 557    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 558    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 559    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 560    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 561    M /trunk/samtools/bamtk.c
 562    M /trunk/samtools/faidx.c
 563    M /trunk/samtools/faidx.h
 564    M /trunk/samtools/glf.c
 565
 566  * samtools-0.1.4-21 (r368)
 567  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
 568    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
 569    inconsistency. I was just a bit lazy.
 570  * small memory leak may be present on failure, though
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 16:18:42 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
 574 Changed paths:
 575    M /trunk/samtools/knetfile.c
 576
 577 reduce the chance of blocking in FTP connection
 578
 579 ------------------------------------------------------------------------
 580 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 15:35:21 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
 581 Changed paths:
 582    M /trunk/samtools/knetfile.c
 583
 584 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
 585
 586 ------------------------------------------------------------------------
 587 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 14:04:30 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
 588 Changed paths:
 589    M /trunk/samtools/bam_index.c
 590    M /trunk/samtools/bamtk.c
 591    M /trunk/samtools/knetfile.c
 592    M /trunk/samtools/knetfile.h
 593
 594  * samtools-0.1.4-20 (r365)
 595  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
 596
 597 ------------------------------------------------------------------------
 598 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 12:39:07 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
 599 Changed paths:
 600    M /trunk/samtools/bamtk.c
 601    M /trunk/samtools/knetfile.c
 602
 603  * samtools-0.1.4-19 (r364)
 604  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
 605
 606 ------------------------------------------------------------------------
 607 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 23:23:32 +0100 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
 608 Changed paths:
 609    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 610    M /trunk/samtools/bamtk.c
 611    M /trunk/samtools/bgzf.c
 612    M /trunk/samtools/bgzf.h
 613    M /trunk/samtools/knetfile.c
 614    M /trunk/samtools/knetfile.h
 615
 616  * samtools-0.1.4-18 (r363)
 617  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
 618  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
 619
 620 ------------------------------------------------------------------------
 621 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:04:34 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 622 Changed paths:
 623    M /trunk/samtools/bgzf.c
 624
 625 write changelog
 626
 627 ------------------------------------------------------------------------
 628 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:03:10 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 629 Changed paths:
 630    M /trunk/samtools/bam_index.c
 631    M /trunk/samtools/bamtk.c
 632
 633  * samtools-0.1.4-17 (r361)
 634  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
 635
 636 ------------------------------------------------------------------------
 637 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 20:44:52 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
 638 Changed paths:
 639    M /trunk/samtools/Makefile
 640    M /trunk/samtools/bam_import.c
 641    M /trunk/samtools/bam_index.c
 642    M /trunk/samtools/bamtk.c
 643    M /trunk/samtools/bgzf.c
 644    M /trunk/samtools/bgzf.h
 645    M /trunk/samtools/knetfile.c
 646    M /trunk/samtools/knetfile.h
 647
 648  * samtools-0.1.4-16 (r360)
 649  * report more information in index when the input is not sorted
 650  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
 651  * support knetfile library in BGZF
 652
 653 ------------------------------------------------------------------------
 654 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 17:10:55 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 655 Changed paths:
 656    M /trunk/samtools/knetfile.c
 657    M /trunk/samtools/knetfile.h
 658
 659 fixed bugs in knetfile.*
 660
 661 ------------------------------------------------------------------------
 662 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:53:19 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 663 Changed paths:
 664    A /trunk/samtools/knetfile.h
 665
 666 this is the header file
 667
 668 ------------------------------------------------------------------------
 669 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:52:03 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 670 Changed paths:
 671    A /trunk/samtools/knetfile.c
 672
 673  * open a file at FTP
 674  * preliminary version
 675
 676 ------------------------------------------------------------------------
 677 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 14:02:25 +0100 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
 678 Changed paths:
 679    M /trunk/samtools/bam.c
 680    M /trunk/samtools/bamtk.c
 681
 682  * samtools-0.1.4-15 (r354)
 683  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
 684
 685 ------------------------------------------------------------------------
 686 r351 | lh3lh3 | 2009-06-18 00:16:26 +0100 (Thu, 18 Jun 2009) | 4 lines
 687 Changed paths:
 688    M /trunk/samtools/bamtk.c
 689    M /trunk/samtools/faidx.c
 690
 691  * samtools-0.1.4-13 (r351)
 692  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
 693  * hope this does not introduce new bugs...
 694
 695 ------------------------------------------------------------------------
 696 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 14:37:01 +0100 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
 697 Changed paths:
 698    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 699    M /trunk/samtools/bamtk.c
 700
 701  * samtools-0.1.4-13 (r350)
 702  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
 703
 704 ------------------------------------------------------------------------
 705 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 21:20:49 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 706 Changed paths:
 707    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 708    M /trunk/samtools/bamtk.c
 709    M /trunk/samtools/sam_view.c
 710
 711  * samtools-0.1.4-12 (r347)
 712  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
 713
 714 ------------------------------------------------------------------------
 715 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 17:52:31 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 716 Changed paths:
 717    M /trunk/samtools/Makefile
 718    M /trunk/samtools/bamtk.c
 719    M /trunk/samtools/sam_view.c
 720    M /trunk/samtools/samtools.1
 721
 722  * samtools-0.1.4-11 (r346)
 723  * allow to select a read group at view command-line
 724
 725 ------------------------------------------------------------------------
 726 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:06:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 727 Changed paths:
 728    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 729
 730 added more comments
 731
 732 ------------------------------------------------------------------------
 733 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:01:22 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 734 Changed paths:
 735    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 736
 737 nothing really
 738
 739 ------------------------------------------------------------------------
 740 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:58:48 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 741 Changed paths:
 742    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 743    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 744
 745 added an example of calculating read depth
 746
 747 ------------------------------------------------------------------------
 748 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:00:08 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 749 Changed paths:
 750    M /trunk/samtools/Makefile
 751    M /trunk/samtools/bam.h
 752    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 753    A /trunk/samtools/bam_color.c
 754    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 755    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 756    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 757    M /trunk/samtools/bamtk.c
 758    M /trunk/samtools/sam.c
 759    M /trunk/samtools/sam.h
 760
 761  * samtools-0.1.4-10 (r341)
 762  * only include key APIs in libbam.a
 763  * move color-specific routines to bam_color.c
 764  * update documentations
 765  * remove the support of -q in pileup
 766
 767 ------------------------------------------------------------------------
 768 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 11:17:14 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 769 Changed paths:
 770    M /trunk/samtools/INSTALL
 771    M /trunk/samtools/Makefile
 772    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 773    M /trunk/samtools/bam_import.c
 774    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 775    M /trunk/samtools/bamtk.c
 776    M /trunk/samtools/razf.c
 777    M /trunk/samtools/sam_view.c
 778
 779  * samtools-0.1.4-9 (r340)
 780  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
 781  * fixed a compilation warning
 782  * fixed a segfault caused by @RG parsing
 783  * detect NCURSES in bam_tview.c
 784
 785 ------------------------------------------------------------------------
 786 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 10:35:19 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 787 Changed paths:
 788    M /trunk/samtools/INSTALL
 789
 790 update INSTALL
 791
 792 ------------------------------------------------------------------------
 793 r338 | lh3lh3 | 2009-06-13 00:15:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 4 lines
 794 Changed paths:
 795    M /trunk/samtools/bam.c
 796    M /trunk/samtools/bam.h
 797    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 798    M /trunk/samtools/bam_import.c
 799    M /trunk/samtools/bamtk.c
 800    M /trunk/samtools/kstring.h
 801    M /trunk/samtools/sam.c
 802    M /trunk/samtools/sam_view.c
 803
 804  * samtools-0.1.4-8 (r338)
 805  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
 806    command line
 807
 808 ------------------------------------------------------------------------
 809 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 21:25:50 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 810 Changed paths:
 811    M /trunk/samtools/bamtk.c
 812    M /trunk/samtools/bgzf.c
 813    M /trunk/samtools/bgzf.h
 814    M /trunk/samtools/sam.c
 815    M /trunk/samtools/sam_view.c
 816
 817  * samtools-0.1.4-7 (r337)
 818  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
 819  * "samtools view" support "-u" command-line option
 820
 821 ------------------------------------------------------------------------
 822 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 17:20:12 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 823 Changed paths:
 824    M /trunk/samtools/Makefile
 825    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 826    M /trunk/samtools/razf.c
 827    M /trunk/samtools/razf.h
 828    M /trunk/samtools/razip.c
 829
 830  * no changes to samtools itself
 831  * remove zlib source codes
 832  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
 833  * on old version of zlib, writing is not available
 834
 835 ------------------------------------------------------------------------
 836 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:47:33 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 837 Changed paths:
 838    D /trunk/samtools/zlib
 839
 840 remove zlib for simplification...
 841
 842 ------------------------------------------------------------------------
 843 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:43:36 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 844 Changed paths:
 845    M /trunk/samtools/bam.h
 846    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 847    M /trunk/samtools/bamtk.c
 848
 849  * samtools-0.1.4-6 (r334)
 850  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
 851    been implemented in that.
 852  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
 853
 854 ------------------------------------------------------------------------
 855 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:33:42 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 856 Changed paths:
 857    M /trunk/samtools/ChangeLog
 858
 859 update ChangeLog
 860
 861 ------------------------------------------------------------------------
 862 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:21:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 863 Changed paths:
 864    M /trunk/samtools/AUTHORS
 865    M /trunk/samtools/Makefile
 866    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 867
 868 fixed minor things in Makefile
 869
 870 ------------------------------------------------------------------------
 871 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:07:05 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 872 Changed paths:
 873    M /trunk/samtools/bamtk.c
 874
 875  * samtools-0.1.4-5 (r3310
 876  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
 877    changes in the Makefile building system.
 878
 879 ------------------------------------------------------------------------
 880 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:03:38 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 881 Changed paths:
 882    M /trunk/samtools/AUTHORS
 883    D /trunk/samtools/README
 884
 885 update information...
 886
 887 ------------------------------------------------------------------------
 888 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:52:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 889 Changed paths:
 890    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 891
 892  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
 893  * this version works with indels
 894
 895 ------------------------------------------------------------------------
 896 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:50:53 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 897 Changed paths:
 898    M /trunk/samtools/INSTALL
 899    M /trunk/samtools/Makefile
 900    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 901    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
 902
 903  * update Makefile
 904  * update INSTALL instruction
 905
 906 ------------------------------------------------------------------------
 907 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:18:29 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 908 Changed paths:
 909    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
 910    D /trunk/samtools/Makefile.am
 911    D /trunk/samtools/Makefile.generic
 912    D /trunk/samtools/Makefile.lite
 913    D /trunk/samtools/autogen.sh
 914    D /trunk/samtools/cleanup.sh
 915    D /trunk/samtools/configure.ac
 916    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
 917    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 918    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 919    M /trunk/samtools/razf.c
 920    A /trunk/samtools/zlib
 921    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
 922    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
 923    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
 924    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
 925    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
 926    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
 927    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
 928    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
 929    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
 930    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
 931    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
 932    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
 933    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
 934    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
 935    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
 936    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
 937    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
 938    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
 939    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
 940    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
 941    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
 942    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
 943    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
 944    D /trunk/samtools/zutil.h
 945
 946  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
 947  * prepare to changed back to the Makefile building system
 948  * unfinished! (will be soon)
 949
 950 ------------------------------------------------------------------------
 951 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:12:03 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 952 Changed paths:
 953    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 954
 955 Unfinished
 956
 957 ------------------------------------------------------------------------
 958 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 16:27:59 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 959 Changed paths:
 960    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 961    M /trunk/samtools/bamtk.c
 962
 963  * samtools-0.1.4-4 (r325)
 964  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
 965
 966 ------------------------------------------------------------------------
 967 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 15:56:17 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
 968 Changed paths:
 969    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 970    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 971    M /trunk/samtools/bamtk.c
 972    M /trunk/samtools/sam.c
 973    M /trunk/samtools/sam.h
 974
 975  * samtools-0.1.4-3 (r324)
 976  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
 977  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
 978
 979 ------------------------------------------------------------------------
 980 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:04:21 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 981 Changed paths:
 982    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 983
 984  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
 985  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
 986
 987 ------------------------------------------------------------------------
 988 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:03:22 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
 989 Changed paths:
 990    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 991
 992 fixed a typo
 993
 994 ------------------------------------------------------------------------
 995 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 09:21:48 +0100 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
 996 Changed paths:
 997    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 998
 999 just typo. no real change
1000
1001 ------------------------------------------------------------------------
1002 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:32:51 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1003 Changed paths:
1004    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1005
1006 a little bit code cleanup
1007
1008 ------------------------------------------------------------------------
1009 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:22:33 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1010 Changed paths:
1011    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1012
1013  * samtools.pl-0.3.1
1014  * change default parameters
1015  * optionally print filtered variants
1016
1017 ------------------------------------------------------------------------
1018 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:14:26 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1019 Changed paths:
1020    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1021
1022  * samtools.pl-0.3.0
1023  * combine snpFilter and indelFilter
1024
1025 ------------------------------------------------------------------------
1026 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:31:42 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1027 Changed paths:
1028    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1029
1030  * samtools.pl-0.2.3
1031  * change a default parameter
1032
1033 ------------------------------------------------------------------------
1034 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:11:06 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1035 Changed paths:
1036    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1037    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1038    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1039    M /trunk/samtools/bamtk.c
1040    M /trunk/samtools/sam.c
1041
1042  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1043  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1044  * pileup: always calculate RMS mapq
1045  * pileup: allow to output variant sites only
1046
1047 ------------------------------------------------------------------------
1048 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 13:01:10 +0100 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1049 Changed paths:
1050    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1051
1052  * samtools.pl-0.2.2
1053  * added pileup2fq
1054
1055 ------------------------------------------------------------------------
1056 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 09:40:40 +0100 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
1057 Changed paths:
1058    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1059
1060  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
1061
1062 ------------------------------------------------------------------------
1063 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:35:13 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1064 Changed paths:
1065    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1066
1067  * samtools.pl-0.2.1
1068  * fixed a typo
1069
1070 ------------------------------------------------------------------------
1071 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:04:39 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1072 Changed paths:
1073    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1074
1075  * samtools.pl-0.2.0
1076  * snpFilter
1077
1078 ------------------------------------------------------------------------
1079 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:49:35 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1080 Changed paths:
1081    M /trunk/samtools/bgzf.c
1082
1083  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
1084  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
1085
1086 ------------------------------------------------------------------------
1087 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:16:08 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
1088 Changed paths:
1089    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
1090
1091 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
1092
1093 ------------------------------------------------------------------------
1094 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:08:49 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1095 Changed paths:
1096    M /trunk/samtools/bamtk.c
1097    M /trunk/samtools/sam.c
1098
1099  * samtools-0.1.4-1 (r304)
1100  * fixed a minor bug in printing headers
1101
1102 ------------------------------------------------------------------------
1103 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 16:06:16 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
1104 Changed paths:
1105    M /trunk/samtools/ChangeLog
1106    M /trunk/samtools/NEWS
1107    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1108    M /trunk/samtools/bamtk.c
1109    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1110    M /trunk/samtools/samtools.1
1111
1112 Release samtools-0.1.4
1113
1114 ------------------------------------------------------------------------
1115 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:53:14 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1116 Changed paths:
1117    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1118    M /trunk/samtools/bamtk.c
1119
1120  * samtools-0.1.3-24 (r296)
1121  * another similar bug in the indel caller
1122
1123 ------------------------------------------------------------------------
1124 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:50:28 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1125 Changed paths:
1126    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1127    M /trunk/samtools/bamtk.c
1128
1129  * samtools-0.1.3-23 (r295)
1130  * fixed a critical bug in the indel caller
1131
1132 ------------------------------------------------------------------------
1133 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 13:00:20 +0100 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
1134 Changed paths:
1135    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1136
1137 added a missing header file
1138
1139 ------------------------------------------------------------------------
1140 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 23:44:25 +0100 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
1141 Changed paths:
1142    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1143    M /trunk/samtools/bamtk.c
1144
1145  * samtools-0.1.3-22 (r293)
1146  * open tview in the dot-view mode by default
1147
1148 ------------------------------------------------------------------------
1149 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 21:01:23 +0100 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
1150 Changed paths:
1151    M /trunk/samtools/samtools.1
1152
1153 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
1154 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
1155 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
1156 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
1157
1158
1159 ------------------------------------------------------------------------
1160 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 15:23:13 +0100 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
1161 Changed paths:
1162    M /trunk/samtools/bam.h
1163    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1164    M /trunk/samtools/bamtk.c
1165
1166  * samtools-0.1.3-21 (286)
1167  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
1168
1169 ------------------------------------------------------------------------
1170 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 10:07:55 +0100 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
1171 Changed paths:
1172    M /trunk/samtools/bam.h
1173    M /trunk/samtools/bam_index.c
1174    M /trunk/samtools/bamtk.c
1175
1176  * samtools-0.1.3-20 (r276)
1177  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
1178    make it work with the latest SVN.
1179  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
1180
1181 ------------------------------------------------------------------------
1182 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 21:14:10 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
1183 Changed paths:
1184    M /trunk/samtools/ChangeLog
1185    M /trunk/samtools/bam.h
1186    M /trunk/samtools/bamtk.c
1187
1188  * samtools-0.1.3-19 (r275)
1189  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
1190    backward compatibility with Bio::DB::Sam
1191
1192 ------------------------------------------------------------------------
1193 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1194 Changed paths:
1195    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1196    M /trunk/samtools/bamtk.c
1197
1198  * samtools-0.1.3-18 (r273)
1199  * rmdupse: do not remove unmapped reads
1200
1201 ------------------------------------------------------------------------
1202 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
1203 Changed paths:
1204    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1205
1206 change a parameter. It does nothing
1207
1208 ------------------------------------------------------------------------
1209 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1210 Changed paths:
1211    M /trunk/samtools/Makefile.am
1212    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1213    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1214    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1215    M /trunk/samtools/bamtk.c
1216    M /trunk/samtools/configure.ac
1217
1218  * samtools-0.1.3-17 (r271)
1219  * added 'rmdupse' command
1220
1221 ------------------------------------------------------------------------
1222 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1223 Changed paths:
1224    M /trunk/samtools/bamtk.c
1225    M /trunk/samtools/sam_view.c
1226
1227  * samtools-0.1.3-16 (r267)
1228  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
1229
1230 ------------------------------------------------------------------------
1231 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1232 Changed paths:
1233    M /trunk/samtools/bam_import.c
1234    M /trunk/samtools/bamtk.c
1235
1236  * samtools-0.1.3-15 (r266)
1237  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
1238
1239 ------------------------------------------------------------------------
1240 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1241 Changed paths:
1242    M /trunk/samtools/bam.h
1243    M /trunk/samtools/bam_import.c
1244    M /trunk/samtools/bamtk.c
1245    M /trunk/samtools/sam.c
1246    M /trunk/samtools/sam_view.c
1247
1248  * samtools-0.1.3-14 (r262)
1249  * make samopen() recognize @SQ header lines
1250
1251 ------------------------------------------------------------------------
1252 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1253 Changed paths:
1254    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1255    M /trunk/samtools/bamtk.c
1256    M /trunk/samtools/bgzf.c
1257    M /trunk/samtools/sam.c
1258    M /trunk/samtools/sam_view.c
1259
1260  * samtools-0.1.3-13 (r260)
1261  * report error for file I/O error
1262
1263 ------------------------------------------------------------------------
1264 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
1265 Changed paths:
1266    M /trunk/samtools/Makefile.am
1267
1268 update Makefile.am
1269
1270 ------------------------------------------------------------------------
1271 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1272 Changed paths:
1273    M /trunk/samtools/bam.h
1274    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1275    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1276    M /trunk/samtools/bamtk.c
1277    M /trunk/samtools/sam.c
1278    M /trunk/samtools/sam.h
1279
1280  * samtools-0.1.3-12 (r259)
1281  * use the new I/O interface in pileup
1282
1283 ------------------------------------------------------------------------
1284 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1285 Changed paths:
1286    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1287    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1288    M /trunk/samtools/bam.c
1289    M /trunk/samtools/bam.h
1290    M /trunk/samtools/bam_import.c
1291    M /trunk/samtools/bamtk.c
1292    A /trunk/samtools/sam.c
1293    A /trunk/samtools/sam.h
1294    A /trunk/samtools/sam_view.c
1295
1296  * samtools-0.1.3-11 (r258)
1297  * unify the interface to BAM and SAM I/O
1298
1299 ------------------------------------------------------------------------
1300 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1301 Changed paths:
1302    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1303    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1304    M /trunk/samtools/bamtk.c
1305
1306  * samtools-0.1.3-10 (r257)
1307  * allow hex with "pileup -m"
1308
1309 ------------------------------------------------------------------------
1310 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
1311 Changed paths:
1312    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1313    M /trunk/samtools/bamtk.c
1314
1315  * samtools-0.1.3-9 (r256)
1316  * fixed a bug in bam_lpileup.c
1317  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
1318
1319 ------------------------------------------------------------------------
1320 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
1321 Changed paths:
1322    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1323    M /trunk/samtools/bamtk.c
1324
1325  * samtools-0.1.3-8 (r251)
1326  * fixed a bug when there are reads without coordinates
1327
1328 ------------------------------------------------------------------------
1329 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1330 Changed paths:
1331    A /trunk/samtools/AUTHORS
1332    A /trunk/samtools/README
1333    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1334
1335 added missing files
1336
1337 ------------------------------------------------------------------------
1338 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1339 Changed paths:
1340    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1341    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1342    M /trunk/samtools/configure.ac
1343    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1344
1345 improve large file support in compilation
1346
1347 ------------------------------------------------------------------------
1348 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1349 Changed paths:
1350    M /trunk/samtools/INSTALL
1351
1352 update INSTALL
1353
1354 ------------------------------------------------------------------------
1355 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1356 Changed paths:
1357    M /trunk/samtools/Makefile.am
1358    M /trunk/samtools/autogen.sh
1359    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1360    M /trunk/samtools/configure.ac
1361    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1362
1363 fixed various issues about the GNU building scripts
1364
1365 ------------------------------------------------------------------------
1366 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
1367 Changed paths:
1368    M /trunk/samtools/ChangeLog
1369    D /trunk/samtools/Makefile
1370    A /trunk/samtools/Makefile.am
1371    A /trunk/samtools/Makefile.generic
1372    A /trunk/samtools/autogen.sh
1373    M /trunk/samtools/bam.h
1374    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1375    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1376    M /trunk/samtools/bamtk.c
1377    A /trunk/samtools/cleanup.sh
1378    A /trunk/samtools/configure.ac
1379    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1380    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
1381
1382  * samtools-0.1.3-7 (r246)
1383  * incorporated revisions from Nils Homer
1384  * enhanced support of displaying color-space reads
1385
1386 ------------------------------------------------------------------------
1387 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
1388 Changed paths:
1389    M /trunk/samtools/bam_md.c
1390    M /trunk/samtools/bamtk.c
1391
1392  * samtools-0.1.3-6 (r244)
1393  * fixed segfault for unmapped reads
1394
1395 ------------------------------------------------------------------------
1396 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1397 Changed paths:
1398    M /trunk/samtools/bam.h
1399    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1400    M /trunk/samtools/bam_md.c
1401    M /trunk/samtools/bamtk.c
1402
1403  * samtools-0.1.3-5 (r243)
1404  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
1405  * check MD
1406  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
1407
1408 ------------------------------------------------------------------------
1409 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
1410 Changed paths:
1411    M /trunk/samtools/bam_md.c
1412    M /trunk/samtools/bamtk.c
1413
1414  * samtools-0.1.3-4 (r242)
1415  * fixed a memory leak
1416
1417 ------------------------------------------------------------------------
1418 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1419 Changed paths:
1420    M /trunk/samtools/Makefile
1421    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1422    M /trunk/samtools/bam.h
1423    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1424    A /trunk/samtools/bam_md.c
1425    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1426    M /trunk/samtools/bamtk.c
1427
1428  * samtools-0.1.3-3 (r240)
1429  * generate MD tag
1430  * generate "=" bases
1431  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
1432
1433 ------------------------------------------------------------------------
1434 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1435 Changed paths:
1436    M /trunk/samtools/bam.h
1437    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1438    M /trunk/samtools/bamtk.c
1439
1440  * samtools-0.1.3-2 (r239)
1441  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
1442  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
1443  * added tagview for testing bam_aux
1444
1445 ------------------------------------------------------------------------
1446 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
1447 Changed paths:
1448    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1449    M /trunk/samtools/bamtk.c
1450
1451  * samtools-0.1.3-1
1452  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
1453
1454 ------------------------------------------------------------------------
1455 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
1456 Changed paths:
1457    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1458
1459 a missing file in Makefile.lite
1460
1461 ------------------------------------------------------------------------
1462 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1463 Changed paths:
1464    M /trunk/samtools/NEWS
1465    M /trunk/samtools/bamtk.c
1466
1467 Release samtools-0.1.3
1468
1469 ------------------------------------------------------------------------
1470 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1471 Changed paths:
1472    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1473    M /trunk/samtools/bamtk.c
1474
1475  * samtools-0.1.2-28
1476  * make samtools more robust to weird input such as empty file
1477
1478 ------------------------------------------------------------------------
1479 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1480 Changed paths:
1481    M /trunk/samtools/ChangeLog
1482    M /trunk/samtools/NEWS
1483    M /trunk/samtools/samtools.1
1484
1485 prepare for release 0.1.3
1486
1487 ------------------------------------------------------------------------
1488 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1489 Changed paths:
1490    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
1491
1492 convert NCBI-BLASTN to SAM
1493
1494 ------------------------------------------------------------------------
1495 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1496 Changed paths:
1497    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1498    M /trunk/samtools/bamtk.c
1499
1500  * samtools-0.1.2-27
1501  * fixed a small memory leak in tview
1502
1503 ------------------------------------------------------------------------
1504 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1505 Changed paths:
1506    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1507    M /trunk/samtools/bamtk.c
1508
1509  * samtools-0.1.2-26
1510  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
1511
1512 ------------------------------------------------------------------------
1513 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
1514 Changed paths:
1515    M /trunk/samtools/ChangeLog
1516    M /trunk/samtools/NEWS
1517
1518 proposed NEWS for the new release (have not yet)
1519
1520 ------------------------------------------------------------------------
1521 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1522 Changed paths:
1523    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1524
1525  * samtools.pl-0.1.1
1526  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
1527    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
1528
1529 ------------------------------------------------------------------------
1530 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1531 Changed paths:
1532    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1533    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1534    M /trunk/samtools/bamtk.c
1535    M /trunk/samtools/samtools.1
1536
1537  * samtools-0.1.2-25
1538  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
1539    containing indels
1540
1541 ------------------------------------------------------------------------
1542 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
1543 Changed paths:
1544    M /trunk/samtools/ChangeLog
1545
1546 update ChangeLog from "svn log"
1547
1548 ------------------------------------------------------------------------
1549 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
1550 Changed paths:
1551    M /trunk/samtools/bam.c
1552    M /trunk/samtools/bam_import.c
1553    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1554    M /trunk/samtools/bamtk.c
1555    M /trunk/samtools/kseq.h
1556
1557  * samtools-0.1.2-24
1558  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
1559  * allow empty header
1560
1561 ------------------------------------------------------------------------
1562 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1563 Changed paths:
1564    M /trunk/samtools/bam.c
1565    M /trunk/samtools/bam_import.c
1566    M /trunk/samtools/bamtk.c
1567
1568  * samtools-0.1.2-23
1569  * recognize '*' at the QUAL field
1570
1571 ------------------------------------------------------------------------
1572 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1573 Changed paths:
1574    M /trunk/samtools/bam_import.c
1575    M /trunk/samtools/bamtk.c
1576    M /trunk/samtools/kseq.h
1577
1578  * samtools-0.1.2-22
1579  * the field separater is TAB only, now
1580
1581 ------------------------------------------------------------------------
1582 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1583 Changed paths:
1584    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1585
1586  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
1587
1588 ------------------------------------------------------------------------
1589 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
1590 Changed paths:
1591    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1592    M /trunk/samtools/bamtk.c
1593    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1594
1595  * samtools-0.1.2-21
1596  * fixed a nasty bug in `fixmate'
1597
1598 ------------------------------------------------------------------------
1599 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1600 Changed paths:
1601    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
1602    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1603    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1604
1605 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
1606
1607 ------------------------------------------------------------------------
1608 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1609 Changed paths:
1610    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1611    M /trunk/samtools/bamtk.c
1612
1613  * samtools-0.1.2-20
1614  * check if file is truncated in flagstat
1615
1616 ------------------------------------------------------------------------
1617 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1618 Changed paths:
1619    M /trunk/samtools/bamtk.c
1620
1621  * samtools-0.1.2-19
1622  * print the header if requested
1623
1624 ------------------------------------------------------------------------
1625 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
1626 Changed paths:
1627    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1628    M /trunk/samtools/bamtk.c
1629
1630  * samtools-0.1.2-18
1631  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
1632
1633 ------------------------------------------------------------------------
1634 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
1635 Changed paths:
1636    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
1637    D /trunk/samtools/Makefile.std
1638    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
1639    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
1640
1641 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
1642
1643 ------------------------------------------------------------------------
1644 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1645 Changed paths:
1646    D /trunk/samtools/Makefile
1647    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
1648    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1649    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1650    M /trunk/samtools/bamtk.c
1651    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1652    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
1653    M /trunk/samtools/samtools.1
1654
1655  * samtools-0.1.2-17
1656  * incorporating Nils' changes
1657  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
1658
1659 ------------------------------------------------------------------------
1660 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1661 Changed paths:
1662    M /trunk/samtools/Makefile
1663    M /trunk/samtools/bam_import.c
1664    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1665    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1666    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1667    M /trunk/samtools/bamtk.c
1668    M /trunk/samtools/kseq.h
1669    A /trunk/samtools/kstring.c
1670    A /trunk/samtools/kstring.h
1671
1672  * samtools-0.1.2-16
1673  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
1674  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
1675
1676 ------------------------------------------------------------------------
1677 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
1678 Changed paths:
1679    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1680
1681  * soap2sam.pl-0.1.2
1682  * more robust to truncated soap output
1683
1684 ------------------------------------------------------------------------
1685 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
1686 Changed paths:
1687    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1688
1689 added bam_stat.o to Makefile.lite
1690
1691 ------------------------------------------------------------------------
1692 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1693 Changed paths:
1694    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1695    M /trunk/samtools/bamtk.c
1696
1697  * samtools-0.1.2-15
1698  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
1699
1700 ------------------------------------------------------------------------
1701 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1702 Changed paths:
1703    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1704    M /trunk/samtools/bamtk.c
1705    M /trunk/samtools/glf.c
1706    M /trunk/samtools/glf.h
1707    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1708
1709  * samtools-0.1.2-14
1710  * implemented GLFv3
1711
1712 ------------------------------------------------------------------------
1713 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1714 Changed paths:
1715    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1716    M /trunk/samtools/bamtk.c
1717
1718  * samtools-0.1.2-13
1719  * fixed a minor bug in displaying pileup
1720
1721 ------------------------------------------------------------------------
1722 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1723 Changed paths:
1724    M /trunk/samtools/ChangeLog
1725    M /trunk/samtools/bamtk.c
1726
1727  * samtools-0.1.2-12
1728  * optionally print SAM header
1729
1730 ------------------------------------------------------------------------
1731 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
1732 Changed paths:
1733    M /trunk/samtools/bamtk.c
1734    M /trunk/samtools/glf.c
1735
1736  * samtools-0.1.2-11
1737  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
1738
1739 ------------------------------------------------------------------------
1740 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
1741 Changed paths:
1742    M /trunk/samtools/Makefile
1743    M /trunk/samtools/bam_import.c
1744    M /trunk/samtools/bam_index.c
1745    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1746    M /trunk/samtools/bamtk.c
1747    M /trunk/samtools/glf.c
1748    M /trunk/samtools/glf.h
1749
1750  * samtools-0.1.2-10
1751  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
1752  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
1753  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
1754
1755 ------------------------------------------------------------------------
1756 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
1757 Changed paths:
1758    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1759
1760  * wgsim-0.2.3
1761  * fixed a bug in simulating indels
1762
1763 ------------------------------------------------------------------------
1764 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
1765 Changed paths:
1766    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1767
1768  * wgsim-0.2.2
1769  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
1770    not like long read names.
1771
1772 ------------------------------------------------------------------------
1773 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
1774 Changed paths:
1775    M /trunk/samtools/ChangeLog
1776    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1777    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1778
1779  * wgsim-0.2.1
1780  * fixed a bug about color read coordinates
1781  * fixed a bug in read names
1782  * wgsim_eval.pl-0.1.3
1783  * make the script work with color reads
1784
1785 ------------------------------------------------------------------------
1786 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
1787 Changed paths:
1788    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1789    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1790
1791  * wgsim: added a note
1792
1793 ------------------------------------------------------------------------
1794 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
1795 Changed paths:
1796    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1797    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1798
1799  * wgsim-0.2.0
1800  * considerable code clean up
1801  * print number of substitutions/indels/errors on each read
1802  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
1803  * wgsim_eval.pl-0.1.2
1804  * change in accordant with wgsim
1805
1806 ------------------------------------------------------------------------
1807 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
1808 Changed paths:
1809    M /trunk/samtools/bam_index.c
1810    M /trunk/samtools/bamtk.c
1811
1812  * samtools-0.1.2-9
1813  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
1814
1815 ------------------------------------------------------------------------
1816 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
1817 Changed paths:
1818    M /trunk/samtools/bamtk.c
1819
1820 Fix annoying segv when invalid region specified.
1821
1822 ------------------------------------------------------------------------
1823 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
1824 Changed paths:
1825    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1826    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1827
1828  * move indel_filter.pl to samtools.pl
1829
1830 ------------------------------------------------------------------------
1831 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
1832 Changed paths:
1833    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1834    M /trunk/samtools/bamtk.c
1835
1836  * samtools-0.1.2-7
1837  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
1838
1839 ------------------------------------------------------------------------
1840 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
1841 Changed paths:
1842    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1843    M /trunk/samtools/bamtk.c
1844
1845  * samtools-0.1.2-7
1846  * fixed a minor bug in flagstat
1847
1848 ------------------------------------------------------------------------
1849 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
1850 Changed paths:
1851    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1852    M /trunk/samtools/bamtk.c
1853    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1854
1855  * samtools-0.1.2-6
1856  * improve indel caller by setting maximum window size
1857
1858 ------------------------------------------------------------------------
1859 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
1860 Changed paths:
1861    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1862    M /trunk/samtools/bamtk.c
1863
1864  * output max mapping quality in indel line
1865
1866 ------------------------------------------------------------------------
1867 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
1868 Changed paths:
1869    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1870
1871 fixed a bug in generating tag AM
1872
1873 ------------------------------------------------------------------------
1874 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
1875 Changed paths:
1876    M /trunk/samtools/bam_index.c
1877    M /trunk/samtools/bamtk.c
1878
1879 fixed a potential memory problem in indexing
1880
1881 ------------------------------------------------------------------------
1882 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
1883 Changed paths:
1884    M /trunk/samtools/Makefile
1885
1886 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
1887
1888 ------------------------------------------------------------------------
1889 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
1890 Changed paths:
1891    M /trunk/samtools/ChangeLog
1892    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1893    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1894    M /trunk/samtools/bamtk.c
1895
1896  * samtools-0.1.2-3
1897  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
1898  * improve flagstat report a little bit
1899
1900 ------------------------------------------------------------------------
1901 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
1902 Changed paths:
1903    M /trunk/samtools/Makefile
1904    A /trunk/samtools/bam_stat.c
1905    M /trunk/samtools/bamtk.c
1906
1907  * samtools-0.1.2-1
1908  * added flagstat command
1909
1910 ------------------------------------------------------------------------
1911 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1912 Changed paths:
1913    M /trunk/samtools/ChangeLog
1914    M /trunk/samtools/NEWS
1915    M /trunk/samtools/bamtk.c
1916    M /trunk/samtools/samtools.1
1917
1918 Release SAMtools-0.1.2
1919
1920 ------------------------------------------------------------------------
1921 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1922 Changed paths:
1923    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1924
1925 Script for filtering indel results
1926
1927 ------------------------------------------------------------------------
1928 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
1929 Changed paths:
1930    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
1931
1932 convert ZOOM to SAM
1933
1934 ------------------------------------------------------------------------
1935 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
1936 Changed paths:
1937    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1938
1939 add a script to convert novo alignment to SAM
1940
1941 ------------------------------------------------------------------------
1942 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
1943 Changed paths:
1944    M /trunk/samtools/ChangeLog
1945    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
1946    M /trunk/samtools/samtools.1
1947
1948 update documentation and ChangeLog
1949
1950 ------------------------------------------------------------------------
1951 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
1952 Changed paths:
1953    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1954    M /trunk/samtools/bamtk.c
1955
1956  * samtools-0.1.1-19
1957  * fixed a bug in "merge" command line
1958
1959 ------------------------------------------------------------------------
1960 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1961 Changed paths:
1962    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1963    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
1964    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1965    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
1966    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
1967    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
1968
1969  * merge from branches/dev/
1970  * all future development will happen here
1971
1972 ------------------------------------------------------------------------
1973 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1974 Changed paths:
1975    M /trunk/samtools/COPYING
1976    M /trunk/samtools/ChangeLog
1977    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
1978    M /trunk/samtools/Makefile
1979    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
1980    M /trunk/samtools/bam.c
1981    M /trunk/samtools/bam.h
1982    M /trunk/samtools/bam_import.c
1983    M /trunk/samtools/bam_index.c
1984    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1985    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1986    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1987    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
1988    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1989    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1990    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
1991    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1992    M /trunk/samtools/bamtk.c
1993    M /trunk/samtools/bgzf.h
1994    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
1995    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
1996    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
1997    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1998    M /trunk/samtools/faidx.c
1999    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2000    M /trunk/samtools/glf.h
2001    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2002    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2003    M /trunk/samtools/razf.c
2004    M /trunk/samtools/source.dot
2005
2006  * Merge from branches/dev/
2007  * all future development will happen here at trunk/
2008
2009 ------------------------------------------------------------------------
2010 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2011 Changed paths:
2012    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2013    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2014
2015 Fix problem with compiling without curses.
2016
2017 ------------------------------------------------------------------------
2018 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2019 Changed paths:
2020    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2021
2022 Create trunk copy
2023
2024 ------------------------------------------------------------------------
2025 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2026 Changed paths:
2027    A /branches/dev/samtools/NEWS
2028    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2029    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2030
2031 Release samtools-0.1.1
2032
2033 ------------------------------------------------------------------------
2034 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2035 Changed paths:
2036    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2037    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2038    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2039    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2040    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2041    M /branches/dev/samtools/razf.c
2042    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2043
2044  * samtools-0.1.0-66
2045  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2046  * fixed a memory leak in parsing a region
2047  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2048  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2049  * fixed a bug in indexing for small alignment
2050  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2051  * updated documentation
2052  * prepare to release 0.1.1
2053
2054 ------------------------------------------------------------------------
2055 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2056 Changed paths:
2057    A /branches/dev/samtools/examples
2058    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
2059    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
2060    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
2061    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
2062
2063 example
2064
2065 ------------------------------------------------------------------------
2066 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2067 Changed paths:
2068    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2069
2070 update ChangeLog
2071
2072 ------------------------------------------------------------------------
2073 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
2074 Changed paths:
2075    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2076
2077  * added comments
2078  * fixed several bugs
2079
2080 ------------------------------------------------------------------------
2081 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
2082 Changed paths:
2083    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2084
2085 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
2086
2087 ------------------------------------------------------------------------
2088 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
2089 Changed paths:
2090    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2091    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2092    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2093    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2094    A /branches/dev/samtools/source.dot
2095
2096  * samtools-0.1.0-65
2097  * pileup: generate maq-like simple output
2098  * pileup: allow to output pileup at required sites
2099  * source.dot: source file relationship graph
2100  * tview: fixed a minor bug
2101
2102 ------------------------------------------------------------------------
2103 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
2104 Changed paths:
2105    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2106
2107 remove all2sam.pl
2108
2109 ------------------------------------------------------------------------
2110 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
2111 Changed paths:
2112    A /branches/dev/samtools/COPYING
2113    M /branches/dev/samtools/bam.h
2114    M /branches/dev/samtools/faidx.h
2115    M /branches/dev/samtools/khash.h
2116    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2117    M /branches/dev/samtools/ksort.h
2118    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2119
2120 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
2121
2122 ------------------------------------------------------------------------
2123 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2124 Changed paths:
2125    M /branches/dev/samtools/bam.c
2126    M /branches/dev/samtools/bam.h
2127    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2128    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2129    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2130
2131  * samtools-0.1.0-64
2132  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
2133
2134 ------------------------------------------------------------------------
2135 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2136 Changed paths:
2137    M /branches/dev/samtools/bam.c
2138    M /branches/dev/samtools/bam.h
2139    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2140    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2141    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2142
2143  * samtools-0.1.0-63
2144  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
2145
2146 ------------------------------------------------------------------------
2147 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
2148 Changed paths:
2149    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2150    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2151    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2152
2153  * samtools-0.1.0-62
2154  * fixed a memory leak
2155
2156 ------------------------------------------------------------------------
2157 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
2158 Changed paths:
2159    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2160    M /branches/dev/samtools/bam.h
2161    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2162
2163 update documentation, ChangeLog and a comment
2164
2165 ------------------------------------------------------------------------
2166 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
2167 Changed paths:
2168    M /branches/dev/samtools/Makefile
2169    M /branches/dev/samtools/bam.h
2170    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2171    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2172    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2173    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2174    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2175    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2176
2177  * samtools-0.1.0-61
2178  * moved pileup command to a separate source file
2179  * added indel caller
2180  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
2181  * updated documentation
2182
2183 ------------------------------------------------------------------------
2184 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
2185 Changed paths:
2186    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2187    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2188
2189  * samtools-0.1.0-60
2190  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
2191
2192 ------------------------------------------------------------------------
2193 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
2194 Changed paths:
2195    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2196    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2197    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2198
2199  * samtools-0.1.0-59
2200  * pileup: outputing consensus is now optional
2201  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
2202    I am not quite sure why the previous version may have problem.
2203
2204 ------------------------------------------------------------------------
2205 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
2206 Changed paths:
2207    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2208    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2209
2210  * samtools-0.1.0-58
2211  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
2212    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
2213    and imposing it would make it harder to generate for other language
2214    bindings.
2215
2216 ------------------------------------------------------------------------
2217 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2218 Changed paths:
2219    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2220
2221 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
2222
2223 ------------------------------------------------------------------------
2224 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2225 Changed paths:
2226    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2227
2228 update manual
2229
2230 ------------------------------------------------------------------------
2231 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
2232 Changed paths:
2233    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2234    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2235
2236  * samtools-0.1.0-57
2237  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
2238  * made the parser a bit more robust
2239
2240 ------------------------------------------------------------------------
2241 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2242 Changed paths:
2243    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2244    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2245    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2246
2247  * samtools-0.1.0-56
2248  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
2249  * fixed a typo in bam_index.c
2250  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
2251
2252 ------------------------------------------------------------------------
2253 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
2254 Changed paths:
2255    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2256
2257 update manual
2258
2259 ------------------------------------------------------------------------
2260 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2261 Changed paths:
2262    M /branches/dev/samtools/bam.h
2263    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2264    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2265
2266  * samtools-0.1.0-55
2267  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
2268  * removed -v from pileup
2269  * made pileup take the reference sequence
2270
2271 ------------------------------------------------------------------------
2272 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
2273 Changed paths:
2274    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2275    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2276    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2277
2278  * samtools-0.1.0-54
2279  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
2280  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
2281
2282 ------------------------------------------------------------------------
2283 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2284 Changed paths:
2285    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2286
2287 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
2288
2289 ------------------------------------------------------------------------
2290 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2291 Changed paths:
2292    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2293
2294 also calculate unordered md5sum check
2295
2296 ------------------------------------------------------------------------
2297 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2298 Changed paths:
2299    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2300
2301 fixed a minor bug when there are space in the sequence
2302
2303 ------------------------------------------------------------------------
2304 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2305 Changed paths:
2306    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2307
2308 fixed a potential memory leak
2309
2310 ------------------------------------------------------------------------
2311 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2312 Changed paths:
2313    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2314    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2315    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2316
2317  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
2318
2319 ------------------------------------------------------------------------
2320 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2321 Changed paths:
2322    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2323
2324 nothing, really
2325
2326 ------------------------------------------------------------------------
2327 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2328 Changed paths:
2329    M /branches/dev/samtools/Makefile
2330    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2331    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2332    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
2333    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
2334    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2335
2336  * fixed two warnings in kseq.h
2337  * added md5sum utilities
2338
2339 ------------------------------------------------------------------------
2340 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
2341 Changed paths:
2342    M /branches/dev/samtools/Makefile
2343    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2344    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2345    A /branches/dev/samtools/kseq.h
2346    D /branches/dev/samtools/kstream.h
2347
2348  * samtools-0.1.0-52
2349  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
2350    extra functions in kseq.h.
2351  * also compile stand-alone faidx
2352
2353 ------------------------------------------------------------------------
2354 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2355 Changed paths:
2356    M /branches/dev/samtools/bam.h
2357    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2358    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2359
2360  * samtools-0.1.0-51
2361  * sorting by read names is available
2362
2363 ------------------------------------------------------------------------
2364 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2365 Changed paths:
2366    M /branches/dev/samtools/bam.c
2367    M /branches/dev/samtools/bam.h
2368    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2369    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2370    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2371    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2372    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2373    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2374    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2375
2376  * samtools-0.1.0-50
2377  * format change to meet the latest specification
2378
2379 ------------------------------------------------------------------------
2380 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
2381 Changed paths:
2382    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2383    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2384
2385  * minor change in maqcns: special care when n==0
2386  * change maq2sam to meet the latest specification
2387
2388 ------------------------------------------------------------------------
2389 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2390 Changed paths:
2391    M /branches/dev/samtools/razf.c
2392    M /branches/dev/samtools/razf.h
2393
2394 considerable code clean up in razf
2395
2396 ------------------------------------------------------------------------
2397 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2398 Changed paths:
2399    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2400    M /branches/dev/samtools/Makefile
2401    M /branches/dev/samtools/faidx.c
2402
2403 make RAZF optional in faidx.c
2404
2405 ------------------------------------------------------------------------
2406 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
2407 Changed paths:
2408    M /branches/dev/samtools/Makefile
2409    M /branches/dev/samtools/bam.h
2410    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2411    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2412    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2413
2414  * samtools-0.1.0-49
2415  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
2416
2417 ------------------------------------------------------------------------
2418 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
2419 Changed paths:
2420    M /branches/dev/samtools/bam.c
2421    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2422    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2423    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2424    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2425    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2426
2427  * samtools-0.1.0-48
2428  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
2429  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
2430  * supporting hex strings
2431
2432 ------------------------------------------------------------------------
2433 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2434 Changed paths:
2435    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2436    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2437
2438  * samtools-0.1.0-47
2439  * fixed the bug in maqcns
2440
2441 ------------------------------------------------------------------------
2442 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2443 Changed paths:
2444    M /branches/dev/samtools/Makefile
2445    M /branches/dev/samtools/bam.h
2446    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2447    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2448    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2449    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2450    A /branches/dev/samtools/glf.h
2451
2452  * samtools-0.1.0-46
2453  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
2454
2455 ------------------------------------------------------------------------
2456 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
2457 Changed paths:
2458    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2459    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2460    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2461
2462  * samtools-0.1.0-45
2463  * tview: display padded alignment (but not P operation)
2464  * better coordinates and reference sequence
2465
2466 ------------------------------------------------------------------------
2467 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
2468 Changed paths:
2469    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2470
2471 new ChangeLog
2472
2473 ------------------------------------------------------------------------
2474 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2475 Changed paths:
2476    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
2477    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
2478
2479 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
2480 the log of my personal SVN repository.
2481
2482 ------------------------------------------------------------------------
2483 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
2484 Changed paths:
2485    M /branches/dev/samtools/Makefile
2486    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2487    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2488
2489  * samtools-0.1.0-44
2490  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
2491    missing these declarations will make bgzf buggy
2492  * get rid of some harmless warings
2493  * use BGZF by default, now
2494
2495 ------------------------------------------------------------------------
2496 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2497 Changed paths:
2498    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2499    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2500    M /branches/dev/samtools/razf.c
2501
2502  * samtools-0.1.0-43
2503  * fixed a bug in razf_read()
2504  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
2505
2506 ------------------------------------------------------------------------
2507 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2508 Changed paths:
2509    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2510
2511 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
2512
2513 ------------------------------------------------------------------------
2514 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2515 Changed paths:
2516    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2517
2518  * samtools-0.1.0-42
2519  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
2520    also update the version number anyway to avoid confusion
2521
2522 ------------------------------------------------------------------------
2523 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2524 Changed paths:
2525    M /branches/dev/samtools/razf.c
2526
2527 a change from Jue, but I think it should not matter
2528
2529 ------------------------------------------------------------------------
2530 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
2531 Changed paths:
2532    M /branches/dev/samtools/razf.c
2533
2534 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
2535 rarely happens, very rarely.
2536
2537 ------------------------------------------------------------------------
2538 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2539 Changed paths:
2540    M /branches/dev/samtools/razf.c
2541
2542 fixed a bug in razf, with the help of Jue
2543
2544 ------------------------------------------------------------------------
2545 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2546 Changed paths:
2547    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2548
2549 remove a comment
2550
2551 ------------------------------------------------------------------------
2552 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2553 Changed paths:
2554    M /branches/dev/samtools/Makefile
2555    M /branches/dev/samtools/bam.h
2556    M /branches/dev/samtools/razf.c
2557    M /branches/dev/samtools/razf.h
2558
2559  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
2560
2561 ------------------------------------------------------------------------
2562 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2563 Changed paths:
2564    A /branches/dev/samtools/samtools.1
2565
2566 the manual page
2567
2568 ------------------------------------------------------------------------
2569 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
2570 Changed paths:
2571    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2572    A /branches/dev/samtools/Makefile
2573    A /branches/dev/samtools/bam.c
2574    A /branches/dev/samtools/bam.h
2575    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2576    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
2577    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
2578    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
2579    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
2580    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2581    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2582    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2583    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
2584    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
2585    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
2586    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
2587    A /branches/dev/samtools/faidx.c
2588    A /branches/dev/samtools/faidx.h
2589    A /branches/dev/samtools/khash.h
2590    A /branches/dev/samtools/ksort.h
2591    A /branches/dev/samtools/kstream.h
2592    A /branches/dev/samtools/misc
2593    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2594    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2595    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2596    A /branches/dev/samtools/razf.c
2597    A /branches/dev/samtools/razf.h
2598    A /branches/dev/samtools/razip.c
2599    A /branches/dev/samtools/zutil.h
2600
2601 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
2602 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
2603
2604 ------------------------------------------------------------------------
2605 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2606 Changed paths:
2607    A /branches/dev/samtools
2608
2609 samtools (C version)
2610
2611 ------------------------------------------------------------------------