ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
   5
   6  * samtools.pl-0.1.1
   7  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
   8    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  14    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  15    M /trunk/samtools/bamtk.c
  16    M /trunk/samtools/samtools.1
  17
  18  * samtools-0.1.2-25
  19  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
  20    containing indels
  21
  22 ------------------------------------------------------------------------
  23 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
  24 Changed paths:
  25    M /trunk/samtools/ChangeLog
  26
  27 update ChangeLog from "svn log"
  28
  29 ------------------------------------------------------------------------
  30 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
  31 Changed paths:
  32    M /trunk/samtools/bam.c
  33    M /trunk/samtools/bam_import.c
  34    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  35    M /trunk/samtools/bamtk.c
  36    M /trunk/samtools/kseq.h
  37
  38  * samtools-0.1.2-24
  39  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
  40  * allow empty header
  41
  42 ------------------------------------------------------------------------
  43 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
  44 Changed paths:
  45    M /trunk/samtools/bam.c
  46    M /trunk/samtools/bam_import.c
  47    M /trunk/samtools/bamtk.c
  48
  49  * samtools-0.1.2-23
  50  * recognize '*' at the QUAL field
  51
  52 ------------------------------------------------------------------------
  53 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
  54 Changed paths:
  55    M /trunk/samtools/bam_import.c
  56    M /trunk/samtools/bamtk.c
  57    M /trunk/samtools/kseq.h
  58
  59  * samtools-0.1.2-22
  60  * the field separater is TAB only, now
  61
  62 ------------------------------------------------------------------------
  63 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
  64 Changed paths:
  65    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
  66
  67  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
  68
  69 ------------------------------------------------------------------------
  70 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
  71 Changed paths:
  72    M /trunk/samtools/bam_mate.c
  73    M /trunk/samtools/bamtk.c
  74    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
  75
  76  * samtools-0.1.2-21
  77  * fixed a nasty bug in `fixmate'
  78
  79 ------------------------------------------------------------------------
  80 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
  81 Changed paths:
  82    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
  83    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
  84    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
  85
  86 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
  87
  88 ------------------------------------------------------------------------
  89 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
  90 Changed paths:
  91    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  92    M /trunk/samtools/bamtk.c
  93
  94  * samtools-0.1.2-20
  95  * check if file is truncated in flagstat
  96
  97 ------------------------------------------------------------------------
  98 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
  99 Changed paths:
 100    M /trunk/samtools/bamtk.c
 101
 102  * samtools-0.1.2-19
 103  * print the header if requested
 104
 105 ------------------------------------------------------------------------
 106 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
 107 Changed paths:
 108    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 109    M /trunk/samtools/bamtk.c
 110
 111  * samtools-0.1.2-18
 112  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
 113
 114 ------------------------------------------------------------------------
 115 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
 116 Changed paths:
 117    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
 118    D /trunk/samtools/Makefile.std
 119    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
 120    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
 121
 122 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
 123
 124 ------------------------------------------------------------------------
 125 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 126 Changed paths:
 127    D /trunk/samtools/Makefile
 128    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
 129    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 130    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 131    M /trunk/samtools/bamtk.c
 132    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 133    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
 134    M /trunk/samtools/samtools.1
 135
 136  * samtools-0.1.2-17
 137  * incorporating Nils' changes
 138  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
 139
 140 ------------------------------------------------------------------------
 141 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 142 Changed paths:
 143    M /trunk/samtools/Makefile
 144    M /trunk/samtools/bam_import.c
 145    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 146    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 147    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 148    M /trunk/samtools/bamtk.c
 149    M /trunk/samtools/kseq.h
 150    A /trunk/samtools/kstring.c
 151    A /trunk/samtools/kstring.h
 152
 153  * samtools-0.1.2-16
 154  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 155  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
 156
 157 ------------------------------------------------------------------------
 158 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
 159 Changed paths:
 160    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 161
 162  * soap2sam.pl-0.1.2
 163  * more robust to truncated soap output
 164
 165 ------------------------------------------------------------------------
 166 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
 167 Changed paths:
 168    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 169
 170 added bam_stat.o to Makefile.lite
 171
 172 ------------------------------------------------------------------------
 173 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 174 Changed paths:
 175    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 176    M /trunk/samtools/bamtk.c
 177
 178  * samtools-0.1.2-15
 179  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
 180
 181 ------------------------------------------------------------------------
 182 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 183 Changed paths:
 184    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 185    M /trunk/samtools/bamtk.c
 186    M /trunk/samtools/glf.c
 187    M /trunk/samtools/glf.h
 188    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 189
 190  * samtools-0.1.2-14
 191  * implemented GLFv3
 192
 193 ------------------------------------------------------------------------
 194 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 195 Changed paths:
 196    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 197    M /trunk/samtools/bamtk.c
 198
 199  * samtools-0.1.2-13
 200  * fixed a minor bug in displaying pileup
 201
 202 ------------------------------------------------------------------------
 203 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 204 Changed paths:
 205    M /trunk/samtools/ChangeLog
 206    M /trunk/samtools/bamtk.c
 207
 208  * samtools-0.1.2-12
 209  * optionally print SAM header
 210
 211 ------------------------------------------------------------------------
 212 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
 213 Changed paths:
 214    M /trunk/samtools/bamtk.c
 215    M /trunk/samtools/glf.c
 216
 217  * samtools-0.1.2-11
 218  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
 219
 220 ------------------------------------------------------------------------
 221 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
 222 Changed paths:
 223    M /trunk/samtools/Makefile
 224    M /trunk/samtools/bam_import.c
 225    M /trunk/samtools/bam_index.c
 226    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 227    M /trunk/samtools/bamtk.c
 228    M /trunk/samtools/glf.c
 229    M /trunk/samtools/glf.h
 230
 231  * samtools-0.1.2-10
 232  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 233  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 234  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
 235
 236 ------------------------------------------------------------------------
 237 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
 238 Changed paths:
 239    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 240
 241  * wgsim-0.2.3
 242  * fixed a bug in simulating indels
 243
 244 ------------------------------------------------------------------------
 245 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
 246 Changed paths:
 247    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 248
 249  * wgsim-0.2.2
 250  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
 251    not like long read names.
 252
 253 ------------------------------------------------------------------------
 254 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
 255 Changed paths:
 256    M /trunk/samtools/ChangeLog
 257    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 258    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 259
 260  * wgsim-0.2.1
 261  * fixed a bug about color read coordinates
 262  * fixed a bug in read names
 263  * wgsim_eval.pl-0.1.3
 264  * make the script work with color reads
 265
 266 ------------------------------------------------------------------------
 267 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
 268 Changed paths:
 269    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 270    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 271
 272  * wgsim: added a note
 273
 274 ------------------------------------------------------------------------
 275 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
 276 Changed paths:
 277    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 278    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 279
 280  * wgsim-0.2.0
 281  * considerable code clean up
 282  * print number of substitutions/indels/errors on each read
 283  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 284  * wgsim_eval.pl-0.1.2
 285  * change in accordant with wgsim
 286
 287 ------------------------------------------------------------------------
 288 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
 289 Changed paths:
 290    M /trunk/samtools/bam_index.c
 291    M /trunk/samtools/bamtk.c
 292
 293  * samtools-0.1.2-9
 294  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
 295
 296 ------------------------------------------------------------------------
 297 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
 298 Changed paths:
 299    M /trunk/samtools/bamtk.c
 300
 301 Fix annoying segv when invalid region specified.
 302
 303 ------------------------------------------------------------------------
 304 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
 305 Changed paths:
 306    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 307    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 308
 309  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 310
 311 ------------------------------------------------------------------------
 312 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 313 Changed paths:
 314    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 315    M /trunk/samtools/bamtk.c
 316
 317  * samtools-0.1.2-7
 318  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 319
 320 ------------------------------------------------------------------------
 321 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 322 Changed paths:
 323    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 324    M /trunk/samtools/bamtk.c
 325
 326  * samtools-0.1.2-7
 327  * fixed a minor bug in flagstat
 328
 329 ------------------------------------------------------------------------
 330 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 331 Changed paths:
 332    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 333    M /trunk/samtools/bamtk.c
 334    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 335
 336  * samtools-0.1.2-6
 337  * improve indel caller by setting maximum window size
 338
 339 ------------------------------------------------------------------------
 340 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
 341 Changed paths:
 342    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 343    M /trunk/samtools/bamtk.c
 344
 345  * output max mapping quality in indel line
 346
 347 ------------------------------------------------------------------------
 348 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
 349 Changed paths:
 350    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 351
 352 fixed a bug in generating tag AM
 353
 354 ------------------------------------------------------------------------
 355 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
 356 Changed paths:
 357    M /trunk/samtools/bam_index.c
 358    M /trunk/samtools/bamtk.c
 359
 360 fixed a potential memory problem in indexing
 361
 362 ------------------------------------------------------------------------
 363 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
 364 Changed paths:
 365    M /trunk/samtools/Makefile
 366
 367 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
 368
 369 ------------------------------------------------------------------------
 370 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
 371 Changed paths:
 372    M /trunk/samtools/ChangeLog
 373    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 374    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 375    M /trunk/samtools/bamtk.c
 376
 377  * samtools-0.1.2-3
 378  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 379  * improve flagstat report a little bit
 380
 381 ------------------------------------------------------------------------
 382 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
 383 Changed paths:
 384    M /trunk/samtools/Makefile
 385    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 386    M /trunk/samtools/bamtk.c
 387
 388  * samtools-0.1.2-1
 389  * added flagstat command
 390
 391 ------------------------------------------------------------------------
 392 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 393 Changed paths:
 394    M /trunk/samtools/ChangeLog
 395    M /trunk/samtools/NEWS
 396    M /trunk/samtools/bamtk.c
 397    M /trunk/samtools/samtools.1
 398
 399 Release SAMtools-0.1.2
 400
 401 ------------------------------------------------------------------------
 402 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 403 Changed paths:
 404    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 405
 406 Script for filtering indel results
 407
 408 ------------------------------------------------------------------------
 409 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 410 Changed paths:
 411    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 412
 413 convert ZOOM to SAM
 414
 415 ------------------------------------------------------------------------
 416 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 417 Changed paths:
 418    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 419
 420 add a script to convert novo alignment to SAM
 421
 422 ------------------------------------------------------------------------
 423 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 424 Changed paths:
 425    M /trunk/samtools/ChangeLog
 426    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 427    M /trunk/samtools/samtools.1
 428
 429 update documentation and ChangeLog
 430
 431 ------------------------------------------------------------------------
 432 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 433 Changed paths:
 434    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 435    M /trunk/samtools/bamtk.c
 436
 437  * samtools-0.1.1-19
 438  * fixed a bug in "merge" command line
 439
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 442 Changed paths:
 443    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 444    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 445    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 446    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 447    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 448    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 449
 450  * merge from branches/dev/
 451  * all future development will happen here
 452
 453 ------------------------------------------------------------------------
 454 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 455 Changed paths:
 456    M /trunk/samtools/COPYING
 457    M /trunk/samtools/ChangeLog
 458    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 459    M /trunk/samtools/Makefile
 460    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 461    M /trunk/samtools/bam.c
 462    M /trunk/samtools/bam.h
 463    M /trunk/samtools/bam_import.c
 464    M /trunk/samtools/bam_index.c
 465    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 466    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 467    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 468    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 469    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 470    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 471    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 472    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 473    M /trunk/samtools/bamtk.c
 474    M /trunk/samtools/bgzf.h
 475    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 476    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 477    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 478    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 479    M /trunk/samtools/faidx.c
 480    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 481    M /trunk/samtools/glf.h
 482    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 483    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 484    M /trunk/samtools/razf.c
 485    M /trunk/samtools/source.dot
 486
 487  * Merge from branches/dev/
 488  * all future development will happen here at trunk/
 489
 490 ------------------------------------------------------------------------
 491 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 492 Changed paths:
 493    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 494    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 495
 496 Fix problem with compiling without curses.
 497
 498 ------------------------------------------------------------------------
 499 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 500 Changed paths:
 501    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 502
 503 Create trunk copy
 504
 505 ------------------------------------------------------------------------
 506 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 507 Changed paths:
 508    A /branches/dev/samtools/NEWS
 509    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 510    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 511
 512 Release samtools-0.1.1
 513
 514 ------------------------------------------------------------------------
 515 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 516 Changed paths:
 517    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 518    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 519    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 520    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 521    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 522    M /branches/dev/samtools/razf.c
 523    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 524
 525  * samtools-0.1.0-66
 526  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 527  * fixed a memory leak in parsing a region
 528  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 529  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 530  * fixed a bug in indexing for small alignment
 531  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 532  * updated documentation
 533  * prepare to release 0.1.1
 534
 535 ------------------------------------------------------------------------
 536 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 537 Changed paths:
 538    A /branches/dev/samtools/examples
 539    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 540    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 541    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 542    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 543
 544 example
 545
 546 ------------------------------------------------------------------------
 547 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 548 Changed paths:
 549    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 550
 551 update ChangeLog
 552
 553 ------------------------------------------------------------------------
 554 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 555 Changed paths:
 556    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 557
 558  * added comments
 559  * fixed several bugs
 560
 561 ------------------------------------------------------------------------
 562 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 563 Changed paths:
 564    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 565
 566 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 567
 568 ------------------------------------------------------------------------
 569 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 570 Changed paths:
 571    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 572    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 573    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 574    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 575    A /branches/dev/samtools/source.dot
 576
 577  * samtools-0.1.0-65
 578  * pileup: generate maq-like simple output
 579  * pileup: allow to output pileup at required sites
 580  * source.dot: source file relationship graph
 581  * tview: fixed a minor bug
 582
 583 ------------------------------------------------------------------------
 584 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 585 Changed paths:
 586    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 587
 588 remove all2sam.pl
 589
 590 ------------------------------------------------------------------------
 591 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 592 Changed paths:
 593    A /branches/dev/samtools/COPYING
 594    M /branches/dev/samtools/bam.h
 595    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 596    M /branches/dev/samtools/khash.h
 597    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 598    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 599    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 600
 601 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 602
 603 ------------------------------------------------------------------------
 604 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 605 Changed paths:
 606    M /branches/dev/samtools/bam.c
 607    M /branches/dev/samtools/bam.h
 608    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 609    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 610    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 611
 612  * samtools-0.1.0-64
 613  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 614
 615 ------------------------------------------------------------------------
 616 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 617 Changed paths:
 618    M /branches/dev/samtools/bam.c
 619    M /branches/dev/samtools/bam.h
 620    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 621    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 622    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 623
 624  * samtools-0.1.0-63
 625  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 626
 627 ------------------------------------------------------------------------
 628 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 629 Changed paths:
 630    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 631    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 632    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 633
 634  * samtools-0.1.0-62
 635  * fixed a memory leak
 636
 637 ------------------------------------------------------------------------
 638 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 639 Changed paths:
 640    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 641    M /branches/dev/samtools/bam.h
 642    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 643
 644 update documentation, ChangeLog and a comment
 645
 646 ------------------------------------------------------------------------
 647 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 648 Changed paths:
 649    M /branches/dev/samtools/Makefile
 650    M /branches/dev/samtools/bam.h
 651    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 652    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 653    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 654    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 655    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 656    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 657
 658  * samtools-0.1.0-61
 659  * moved pileup command to a separate source file
 660  * added indel caller
 661  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 662  * updated documentation
 663
 664 ------------------------------------------------------------------------
 665 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 666 Changed paths:
 667    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 668    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 669
 670  * samtools-0.1.0-60
 671  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 672
 673 ------------------------------------------------------------------------
 674 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 675 Changed paths:
 676    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 677    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 678    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 679
 680  * samtools-0.1.0-59
 681  * pileup: outputing consensus is now optional
 682  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 683    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 684
 685 ------------------------------------------------------------------------
 686 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 687 Changed paths:
 688    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 689    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 690
 691  * samtools-0.1.0-58
 692  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 693    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 694    and imposing it would make it harder to generate for other language
 695    bindings.
 696
 697 ------------------------------------------------------------------------
 698 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 699 Changed paths:
 700    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 701
 702 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 703
 704 ------------------------------------------------------------------------
 705 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 706 Changed paths:
 707    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 708
 709 update manual
 710
 711 ------------------------------------------------------------------------
 712 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 713 Changed paths:
 714    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 715    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 716
 717  * samtools-0.1.0-57
 718  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 719  * made the parser a bit more robust
 720
 721 ------------------------------------------------------------------------
 722 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 723 Changed paths:
 724    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 725    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 726    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 727
 728  * samtools-0.1.0-56
 729  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 730  * fixed a typo in bam_index.c
 731  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 732
 733 ------------------------------------------------------------------------
 734 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 735 Changed paths:
 736    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 737
 738 update manual
 739
 740 ------------------------------------------------------------------------
 741 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 742 Changed paths:
 743    M /branches/dev/samtools/bam.h
 744    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 745    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 746
 747  * samtools-0.1.0-55
 748  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 749  * removed -v from pileup
 750  * made pileup take the reference sequence
 751
 752 ------------------------------------------------------------------------
 753 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 754 Changed paths:
 755    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 756    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 757    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 758
 759  * samtools-0.1.0-54
 760  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 761  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 762
 763 ------------------------------------------------------------------------
 764 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 765 Changed paths:
 766    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 767
 768 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 769
 770 ------------------------------------------------------------------------
 771 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 772 Changed paths:
 773    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 774
 775 also calculate unordered md5sum check
 776
 777 ------------------------------------------------------------------------
 778 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 779 Changed paths:
 780    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 781
 782 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 783
 784 ------------------------------------------------------------------------
 785 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 786 Changed paths:
 787    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 788
 789 fixed a potential memory leak
 790
 791 ------------------------------------------------------------------------
 792 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 793 Changed paths:
 794    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 795    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 796    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 797
 798  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 799
 800 ------------------------------------------------------------------------
 801 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 802 Changed paths:
 803    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 804
 805 nothing, really
 806
 807 ------------------------------------------------------------------------
 808 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 809 Changed paths:
 810    M /branches/dev/samtools/Makefile
 811    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 812    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 813    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 814    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 815    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 816
 817  * fixed two warnings in kseq.h
 818  * added md5sum utilities
 819
 820 ------------------------------------------------------------------------
 821 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 822 Changed paths:
 823    M /branches/dev/samtools/Makefile
 824    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 825    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 826    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 827    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 828
 829  * samtools-0.1.0-52
 830  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 831    extra functions in kseq.h.
 832  * also compile stand-alone faidx
 833
 834 ------------------------------------------------------------------------
 835 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 836 Changed paths:
 837    M /branches/dev/samtools/bam.h
 838    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 839    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 840
 841  * samtools-0.1.0-51
 842  * sorting by read names is available
 843
 844 ------------------------------------------------------------------------
 845 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 846 Changed paths:
 847    M /branches/dev/samtools/bam.c
 848    M /branches/dev/samtools/bam.h
 849    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 850    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 851    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 852    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 853    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 854    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 855    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 856
 857  * samtools-0.1.0-50
 858  * format change to meet the latest specification
 859
 860 ------------------------------------------------------------------------
 861 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 862 Changed paths:
 863    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 864    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 865
 866  * minor change in maqcns: special care when n==0
 867  * change maq2sam to meet the latest specification
 868
 869 ------------------------------------------------------------------------
 870 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 871 Changed paths:
 872    M /branches/dev/samtools/razf.c
 873    M /branches/dev/samtools/razf.h
 874
 875 considerable code clean up in razf
 876
 877 ------------------------------------------------------------------------
 878 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 879 Changed paths:
 880    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 881    M /branches/dev/samtools/Makefile
 882    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 883
 884 make RAZF optional in faidx.c
 885
 886 ------------------------------------------------------------------------
 887 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 888 Changed paths:
 889    M /branches/dev/samtools/Makefile
 890    M /branches/dev/samtools/bam.h
 891    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 892    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 893    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 894
 895  * samtools-0.1.0-49
 896  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 897
 898 ------------------------------------------------------------------------
 899 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 900 Changed paths:
 901    M /branches/dev/samtools/bam.c
 902    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 903    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 904    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 905    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 906    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 907
 908  * samtools-0.1.0-48
 909  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 910  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 911  * supporting hex strings
 912
 913 ------------------------------------------------------------------------
 914 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 915 Changed paths:
 916    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 917    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 918
 919  * samtools-0.1.0-47
 920  * fixed the bug in maqcns
 921
 922 ------------------------------------------------------------------------
 923 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 924 Changed paths:
 925    M /branches/dev/samtools/Makefile
 926    M /branches/dev/samtools/bam.h
 927    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 928    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 929    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 930    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 931    A /branches/dev/samtools/glf.h
 932
 933  * samtools-0.1.0-46
 934  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 935
 936 ------------------------------------------------------------------------
 937 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 938 Changed paths:
 939    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 940    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 941    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 942
 943  * samtools-0.1.0-45
 944  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 945  * better coordinates and reference sequence
 946
 947 ------------------------------------------------------------------------
 948 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 949 Changed paths:
 950    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 951
 952 new ChangeLog
 953
 954 ------------------------------------------------------------------------
 955 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 956 Changed paths:
 957    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 958    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 959
 960 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 961 the log of my personal SVN repository.
 962
 963 ------------------------------------------------------------------------
 964 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 965 Changed paths:
 966    M /branches/dev/samtools/Makefile
 967    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 968    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 969
 970  * samtools-0.1.0-44
 971  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 972    missing these declarations will make bgzf buggy
 973  * get rid of some harmless warings
 974  * use BGZF by default, now
 975
 976 ------------------------------------------------------------------------
 977 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 978 Changed paths:
 979    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 980    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 981    M /branches/dev/samtools/razf.c
 982
 983  * samtools-0.1.0-43
 984  * fixed a bug in razf_read()
 985  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 986
 987 ------------------------------------------------------------------------
 988 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 989 Changed paths:
 990    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 991
 992 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 993
 994 ------------------------------------------------------------------------
 995 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 996 Changed paths:
 997    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 998
 999  * samtools-0.1.0-42
1000  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
1001    also update the version number anyway to avoid confusion
1002
1003 ------------------------------------------------------------------------
1004 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1005 Changed paths:
1006    M /branches/dev/samtools/razf.c
1007
1008 a change from Jue, but I think it should not matter
1009
1010 ------------------------------------------------------------------------
1011 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
1012 Changed paths:
1013    M /branches/dev/samtools/razf.c
1014
1015 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
1016 rarely happens, very rarely.
1017
1018 ------------------------------------------------------------------------
1019 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1020 Changed paths:
1021    M /branches/dev/samtools/razf.c
1022
1023 fixed a bug in razf, with the help of Jue
1024
1025 ------------------------------------------------------------------------
1026 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1027 Changed paths:
1028    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1029
1030 remove a comment
1031
1032 ------------------------------------------------------------------------
1033 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1034 Changed paths:
1035    M /branches/dev/samtools/Makefile
1036    M /branches/dev/samtools/bam.h
1037    M /branches/dev/samtools/razf.c
1038    M /branches/dev/samtools/razf.h
1039
1040  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
1041
1042 ------------------------------------------------------------------------
1043 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1044 Changed paths:
1045    A /branches/dev/samtools/samtools.1
1046
1047 the manual page
1048
1049 ------------------------------------------------------------------------
1050 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
1051 Changed paths:
1052    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1053    A /branches/dev/samtools/Makefile
1054    A /branches/dev/samtools/bam.c
1055    A /branches/dev/samtools/bam.h
1056    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1057    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
1058    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
1059    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
1060    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
1061    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1062    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1063    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1064    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
1065    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
1066    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
1067    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
1068    A /branches/dev/samtools/faidx.c
1069    A /branches/dev/samtools/faidx.h
1070    A /branches/dev/samtools/khash.h
1071    A /branches/dev/samtools/ksort.h
1072    A /branches/dev/samtools/kstream.h
1073    A /branches/dev/samtools/misc
1074    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1075    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1076    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1077    A /branches/dev/samtools/razf.c
1078    A /branches/dev/samtools/razf.h
1079    A /branches/dev/samtools/razip.c
1080    A /branches/dev/samtools/zutil.h
1081
1082 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
1083 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
1084
1085 ------------------------------------------------------------------------
1086 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1087 Changed paths:
1088    A /branches/dev/samtools
1089
1090 samtools (C version)
1091
1092 ------------------------------------------------------------------------