ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/faidx.c
   5
   6 Put the right filename in the error message.
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
  10 Changed paths:
  11    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  12    M /trunk/samtools/bamtk.c
  13
  14  * samtools-0.1.7-5 (r528)
  15  * further add new consensus generation strategy
  16
  17 ------------------------------------------------------------------------
  18 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
  19 Changed paths:
  20    M /trunk/samtools/knetfile.c
  21
  22 Fixed a bug in knet_seek
  23 ------------------------------------------------------------------------
  24 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
  25 Changed paths:
  26    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
  27
  28 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
  29 ------------------------------------------------------------------------
  30 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
  31 Changed paths:
  32    M /trunk/samtools/sam_header.c
  33
  34 Allow tabs in the CO header field
  35 ------------------------------------------------------------------------
  36 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
  37 Changed paths:
  38    M /trunk/samtools/Makefile
  39    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
  40
  41 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
  42 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
  43
  44 ------------------------------------------------------------------------
  45 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
  46 Changed paths:
  47    M /trunk/samtools/Makefile
  48    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
  49
  50 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
  51 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
  52 facilitate non-knet builds.
  53
  54 ------------------------------------------------------------------------
  55 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
  56 Changed paths:
  57    M /trunk/samtools/bamtk.c
  58    M /trunk/samtools/sam_view.c
  59
  60  * samtools-0.1.7-4 (r522)
  61  * fixed a bug in "view -r"
  62  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
  63
  64 ------------------------------------------------------------------------
  65 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
  66 Changed paths:
  67    M /trunk/samtools/bam_md.c
  68    M /trunk/samtools/bamtk.c
  69
  70  * samtools-0.1.7-3 (r521)
  71  * calmd: optionally mask matching bases as N
  72
  73 ------------------------------------------------------------------------
  74 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
  75 Changed paths:
  76    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  77    M /trunk/samtools/bamtk.c
  78    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  79
  80  * samtools-0.1.7-2 (r520)
  81  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
  82  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
  83
  84 ------------------------------------------------------------------------
  85 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
  86 Changed paths:
  87    M /trunk/samtools/Makefile
  88
  89 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
  90 as well, even with old-fashioned linkers.
  91
  92 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
  93 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
  94
  95 ------------------------------------------------------------------------
  96 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
  97 Changed paths:
  98    M /trunk/samtools/Makefile
  99    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 100
 101 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
 102
 103 ------------------------------------------------------------------------
 104 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
 105 Changed paths:
 106    M /trunk/samtools/bam_index.c
 107
 108 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
 109
 110 ------------------------------------------------------------------------
 111 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
 112 Changed paths:
 113    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
 114
 115 another example program
 116
 117 ------------------------------------------------------------------------
 118 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
 119 Changed paths:
 120    M /trunk/samtools/bam_import.c
 121    M /trunk/samtools/bamtk.c
 122    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 123    M /trunk/samtools/sam.c
 124
 125  * samtools-0.1.7-1 (r515)
 126  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
 127
 128 ------------------------------------------------------------------------
 129 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
 130 Changed paths:
 131    M /trunk/samtools/bam.c
 132
 133 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
 134
 135 ------------------------------------------------------------------------
 136 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 137 Changed paths:
 138    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 139
 140 Update Makefile.mingw for the same reason
 141
 142 ------------------------------------------------------------------------
 143 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 144 Changed paths:
 145    M /trunk/samtools/Makefile
 146
 147 Fixed a bug in compiling razip
 148
 149 ------------------------------------------------------------------------
 150 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
 151 Changed paths:
 152    M /trunk/samtools/ChangeLog
 153    M /trunk/samtools/NEWS
 154    M /trunk/samtools/bamtk.c
 155    M /trunk/samtools/samtools.1
 156
 157 Release samtools-0.1.7 (r510)
 158
 159 ------------------------------------------------------------------------
 160 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 161 Changed paths:
 162    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 163    M /trunk/samtools/bamtk.c
 164
 165  * samtools-0.1.6-22 (r509)
 166  * forget to fix a similar problem in glfgen
 167
 168 ------------------------------------------------------------------------
 169 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 170 Changed paths:
 171    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 172    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 173    M /trunk/samtools/bamtk.c
 174    M /trunk/samtools/sam_view.c
 175
 176  * samtools-0.1.6-21 (r508)
 177  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
 178
 179 ------------------------------------------------------------------------
 180 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
 181 Changed paths:
 182    M /trunk/samtools/bamtk.c
 183    M /trunk/samtools/sam_view.c
 184
 185  * samtools-0.1.6-19 (r494)
 186  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
 187
 188 ------------------------------------------------------------------------
 189 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
 190 Changed paths:
 191    M /trunk/samtools/Makefile
 192    M /trunk/samtools/bam.c
 193    M /trunk/samtools/bam_import.c
 194    M /trunk/samtools/bamtk.c
 195    M /trunk/samtools/sam.c
 196    M /trunk/samtools/sam_header.c
 197
 198  * samtools-0.1.6-18 (r493)
 199  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 200  * a little code clean up in sam_header.c
 201
 202 ------------------------------------------------------------------------
 203 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
 204 Changed paths:
 205    M /trunk/samtools/sam_header.c
 206
 207 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
 208 ------------------------------------------------------------------------
 209 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 210 Changed paths:
 211    M /trunk/samtools/sam_view.c
 212
 213  * BUGGY VERSION
 214  * fixed a minor bug
 215
 216 ------------------------------------------------------------------------
 217 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
 218 Changed paths:
 219    M /trunk/samtools/bam.c
 220    M /trunk/samtools/bam.h
 221    M /trunk/samtools/bam_import.c
 222    M /trunk/samtools/sam.c
 223
 224  * BUGGY VERSION
 225  * improved the interface a bit
 226  * bug unfixed
 227
 228 ------------------------------------------------------------------------
 229 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 230 Changed paths:
 231    M /trunk/samtools/bam_import.c
 232    M /trunk/samtools/sam_header.c
 233    M /trunk/samtools/sam_header.h
 234
 235  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 236  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
 237
 238 ------------------------------------------------------------------------
 239 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 240 Changed paths:
 241    M /trunk/samtools/Makefile
 242    M /trunk/samtools/bam.c
 243    M /trunk/samtools/bam.h
 244    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 245    M /trunk/samtools/bam_import.c
 246    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 247    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 248    M /trunk/samtools/kaln.c
 249    M /trunk/samtools/sam.c
 250    M /trunk/samtools/sam_header.c
 251    M /trunk/samtools/sam_header.h
 252    M /trunk/samtools/sam_view.c
 253
 254  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 255  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
 256
 257 ------------------------------------------------------------------------
 258 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
 259 Changed paths:
 260    M /trunk/samtools/sam_header.c
 261    M /trunk/samtools/sam_header.h
 262
 263 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
 264 ------------------------------------------------------------------------
 265 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 266 Changed paths:
 267    M /trunk/samtools/sam_header.c
 268
 269
 270 ------------------------------------------------------------------------
 271 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 272 Changed paths:
 273    A /trunk/samtools/sam_header.c
 274    A /trunk/samtools/sam_header.h
 275
 276
 277 ------------------------------------------------------------------------
 278 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
 279 Changed paths:
 280    M /trunk/samtools/bam_import.c
 281    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 282    M /trunk/samtools/bamtk.c
 283    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 284
 285  * samtools-0.1.6-17 (r484)
 286  * fixed a memory leak in rmdupse
 287  * fixed a bug in parsing @RG header lines
 288  * test rmdup in examples/
 289
 290 ------------------------------------------------------------------------
 291 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 292 Changed paths:
 293    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 294    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 295    M /trunk/samtools/bamtk.c
 296
 297  * samtools-0.1.6-16 (r483)
 298  * unify the interface of rmdup and rmdupse
 299  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
 300
 301 ------------------------------------------------------------------------
 302 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 303 Changed paths:
 304    M /trunk/samtools/bam.h
 305    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 306    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 307    M /trunk/samtools/bamtk.c
 308    A /trunk/samtools/klist.h
 309
 310  * samtools-0.1.6-15 (r482)
 311  * rewrite rmdupse
 312  * rmdupse is now library aware
 313
 314 ------------------------------------------------------------------------
 315 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
 316 Changed paths:
 317    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 318    M /trunk/samtools/bamtk.c
 319
 320  * samtools-0.1.6-14 (r480)
 321  * rmdup is now RG aware
 322
 323 ------------------------------------------------------------------------
 324 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
 325 Changed paths:
 326    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 327
 328 added a small unitity to parse SRA XML files
 329
 330 ------------------------------------------------------------------------
 331 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
 332 Changed paths:
 333    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 334    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 335    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 336    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 337    M /trunk/samtools/bamtk.c
 338
 339  * samtools-0.1.6-13 (r479)
 340  * merge: optionally use file names as RG tags
 341
 342 ------------------------------------------------------------------------
 343 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
 344 Changed paths:
 345    M /trunk/samtools/bam.c
 346    M /trunk/samtools/bam.h
 347    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 348    M /trunk/samtools/bamtk.c
 349    M /trunk/samtools/kaln.c
 350
 351  * samtools-0.1.6-12 (r478)
 352  * fixed a bug in the indel caller
 353
 354 ------------------------------------------------------------------------
 355 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
 356 Changed paths:
 357    M /trunk/samtools/bam_index.c
 358    M /trunk/samtools/bamtk.c
 359
 360  * samtools-0.1.6-11 (r477)
 361  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
 362
 363 ------------------------------------------------------------------------
 364 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
 365 Changed paths:
 366    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 367
 368 Added the sam2vcf.pl script.
 369 ------------------------------------------------------------------------
 370 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
 371 Changed paths:
 372    M /trunk/samtools/Makefile
 373    M /trunk/samtools/bam.c
 374    M /trunk/samtools/bam.h
 375    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 376    M /trunk/samtools/bamtk.c
 377    A /trunk/samtools/kaln.c
 378    A /trunk/samtools/kaln.h
 379
 380 Unfinished modification. Please do not use this revision...
 381
 382 ------------------------------------------------------------------------
 383 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
 384 Changed paths:
 385    M /trunk/samtools/knetfile.c
 386
 387 Removed the offending knet_seek message.
 388 ------------------------------------------------------------------------
 389 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
 390 Changed paths:
 391    M /trunk/samtools/knetfile.c
 392    M /trunk/samtools/razf.c
 393
 394 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
 395 ------------------------------------------------------------------------
 396 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 397 Changed paths:
 398    M /trunk/samtools/samtools.1
 399
 400 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
 401
 402 ------------------------------------------------------------------------
 403 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 404 Changed paths:
 405    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 406
 407 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
 408
 409 ------------------------------------------------------------------------
 410 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 411 Changed paths:
 412    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 413    M /trunk/samtools/bamtk.c
 414    M /trunk/samtools/knetfile.c
 415    M /trunk/samtools/knetfile.h
 416
 417  * samtools-0.1.6-9 (r470)
 418  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
 419
 420 ------------------------------------------------------------------------
 421 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 422 Changed paths:
 423    M /trunk/samtools/bam_index.c
 424    M /trunk/samtools/bamtk.c
 425
 426  * samtools-0.1.6-9 (r469)
 427  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
 428
 429 ------------------------------------------------------------------------
 430 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
 431 Changed paths:
 432    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 433    M /trunk/samtools/bamtk.c
 434    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 435
 436  * samtools-0.1.6-7 (r468)
 437  * make merge stable
 438
 439 ------------------------------------------------------------------------
 440 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
 441 Changed paths:
 442    M /trunk/samtools/bgzf.c
 443    M /trunk/samtools/bgzip.c
 444    M /trunk/samtools/razf.c
 445    M /trunk/samtools/razip.c
 446
 447 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
 448 ------------------------------------------------------------------------
 449 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
 450 Changed paths:
 451    M /trunk/samtools/ChangeLog
 452    M /trunk/samtools/bam_md.c
 453    M /trunk/samtools/bamtk.c
 454
 455  * samtools-0.1.6-6 (r466)
 456  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
 457
 458 ------------------------------------------------------------------------
 459 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
 460 Changed paths:
 461    M /trunk/samtools/bam.c
 462    M /trunk/samtools/knetfile.c
 463
 464 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
 465 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
 466
 467 ------------------------------------------------------------------------
 468 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
 469 Changed paths:
 470    M /trunk/samtools/knetfile.c
 471    M /trunk/samtools/razf.c
 472
 473 A bug fix, "samtools view" is now working again.
 474 ------------------------------------------------------------------------
 475 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
 476 Changed paths:
 477    M /trunk/samtools/bamtk.c
 478    M /trunk/samtools/faidx.c
 479    M /trunk/samtools/knetfile.c
 480    M /trunk/samtools/knetfile.h
 481    M /trunk/samtools/razf.c
 482    M /trunk/samtools/razf.h
 483
 484  * samtools-0.1.6-5 (r462)
 485  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
 486
 487 ------------------------------------------------------------------------
 488 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
 489 Changed paths:
 490    M /trunk/samtools/samtools.1
 491
 492 fixed a formatting issue
 493
 494 ------------------------------------------------------------------------
 495 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
 496 Changed paths:
 497    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 498    M /trunk/samtools/bamtk.c
 499
 500  * samtools-0.1.6-4 (r459)
 501  * make sort output the result to stdout when -o is in use
 502
 503 ------------------------------------------------------------------------
 504 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
 505 Changed paths:
 506    M /trunk/samtools/bamtk.c
 507    M /trunk/samtools/faidx.c
 508    M /trunk/samtools/faidx.h
 509    M /trunk/samtools/samtools.1
 510
 511  * samtools-0.1.6-2 (r458)
 512  * added more interface to faidx (by Nils)
 513  * updated documentation
 514
 515 ------------------------------------------------------------------------
 516 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
 517 Changed paths:
 518    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 519    M /trunk/samtools/bamtk.c
 520
 521  * samtools-0.1.6-2 (r457)
 522  * get rid of three assert() in bam_sort.c
 523
 524 ------------------------------------------------------------------------
 525 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
 526 Changed paths:
 527    M /trunk/samtools/razf.c
 528
 529 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
 530 when opening the file fails.
 531
 532 ------------------------------------------------------------------------
 533 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
 534 Changed paths:
 535    M /trunk/samtools/ChangeLog
 536    M /trunk/samtools/NEWS
 537    M /trunk/samtools/bamtk.c
 538    M /trunk/samtools/samtools.1
 539    D /trunk/samtools/source.dot
 540
 541 Release samtools-0.1.6
 542
 543 ------------------------------------------------------------------------
 544 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
 545 Changed paths:
 546    M /trunk/samtools/bam_md.c
 547    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 548    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 549    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 550    M /trunk/samtools/bamtk.c
 551    M /trunk/samtools/samtools.1
 552
 553  * samtools-0.1.5-34 (r451)
 554  * applied the patch by John
 555  * improved the help message a little bit
 556
 557 ------------------------------------------------------------------------
 558 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
 559 Changed paths:
 560    M /trunk/samtools/bam_color.c
 561    M /trunk/samtools/bamtk.c
 562
 563  * samtools-0.1.5-33 (r450)
 564  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
 565
 566 ------------------------------------------------------------------------
 567 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
 568 Changed paths:
 569    M /trunk/samtools/bam_import.c
 570    M /trunk/samtools/bam_md.c
 571    M /trunk/samtools/bamtk.c
 572    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 573
 574  * samtools-0.1.5-32 (r449)
 575  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 576  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
 577
 578 ------------------------------------------------------------------------
 579 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
 580 Changed paths:
 581    M /trunk/samtools/ChangeLog
 582    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 583    M /trunk/samtools/bamtk.c
 584    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 585
 586  * samtools-0.1.5-31 (r448)
 587  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
 588
 589 ------------------------------------------------------------------------
 590 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
 591 Changed paths:
 592    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 593    M /trunk/samtools/bamtk.c
 594
 595  * samtools-0.1.5-30 (r447)
 596  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
 597
 598 ------------------------------------------------------------------------
 599 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
 600 Changed paths:
 601    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 602    M /trunk/samtools/bamtk.c
 603
 604  *
 605
 606 ------------------------------------------------------------------------
 607 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
 608 Changed paths:
 609    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 610    M /trunk/samtools/bamtk.c
 611
 612  * samtools-0.1.5-28 (r444)
 613  * bug in "merge -n"
 614
 615 ------------------------------------------------------------------------
 616 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
 617 Changed paths:
 618    M /trunk/samtools/bam.c
 619    M /trunk/samtools/bam_import.c
 620    M /trunk/samtools/bamtk.c
 621
 622  * samtools-0.1.5-27 (r443)
 623  * SEQ and QUAL can be "*"
 624  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
 625
 626 ------------------------------------------------------------------------
 627 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
 628 Changed paths:
 629    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 630    M /trunk/samtools/bamtk.c
 631    M /trunk/samtools/misc/md5.c
 632    M /trunk/samtools/misc/md5.h
 633    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
 634
 635  * samtools-0.1.5-26 (r442)
 636  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 637  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
 638
 639 ------------------------------------------------------------------------
 640 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
 641 Changed paths:
 642    M /trunk/samtools/bgzf.c
 643    M /trunk/samtools/bgzf.h
 644    M /trunk/samtools/bgzip.c
 645
 646 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
 647
 648 ------------------------------------------------------------------------
 649 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
 650 Changed paths:
 651    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 652    M /trunk/samtools/bamtk.c
 653
 654  * samtools-0.1.5-25 (r436)
 655  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
 656
 657 ------------------------------------------------------------------------
 658 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 659 Changed paths:
 660    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 661
 662 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
 663
 664 ------------------------------------------------------------------------
 665 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 666 Changed paths:
 667    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 668
 669 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
 670
 671 ------------------------------------------------------------------------
 672 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
 673 Changed paths:
 674    M /trunk/samtools/bamtk.c
 675    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 676    M /trunk/samtools/sam_view.c
 677
 678  * samtools-0.1.5-24 (r435)
 679  * fixed a typo
 680
 681 ------------------------------------------------------------------------
 682 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
 683 Changed paths:
 684    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 685    M /trunk/samtools/bamtk.c
 686
 687  * samtools-0.1.5-23 (r434)
 688  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
 689
 690 ------------------------------------------------------------------------
 691 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
 692 Changed paths:
 693    M /trunk/samtools/knetfile.c
 694
 695  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 696  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
 697
 698 ------------------------------------------------------------------------
 699 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
 700 Changed paths:
 701    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 702    M /trunk/samtools/bamtk.c
 703    M /trunk/samtools/faidx.c
 704    M /trunk/samtools/razf.c
 705    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
 706    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
 707
 708  * samtools-0.1.5-22 (r432)
 709  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 710  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 711  * PDCurses support in Windows
 712
 713 ------------------------------------------------------------------------
 714 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 715 Changed paths:
 716    M /trunk/samtools/win32/libz.a
 717
 718 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
 719
 720 ------------------------------------------------------------------------
 721 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 722 Changed paths:
 723    M /trunk/samtools/knetfile.c
 724
 725 add comments
 726
 727 ------------------------------------------------------------------------
 728 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
 729 Changed paths:
 730    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 731    M /trunk/samtools/bamtk.c
 732    M /trunk/samtools/knetfile.c
 733    M /trunk/samtools/knetfile.h
 734
 735  * samtools-0.1.5-21 (r428)
 736  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
 737
 738 ------------------------------------------------------------------------
 739 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 740 Changed paths:
 741    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 742
 743 simplify MinGW Makefile
 744
 745 ------------------------------------------------------------------------
 746 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 747 Changed paths:
 748    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
 749    M /trunk/samtools/bam_import.c
 750    M /trunk/samtools/bamtk.c
 751    A /trunk/samtools/win32
 752    A /trunk/samtools/win32/libz.a
 753    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
 754    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
 755
 756  * samtools-0.1.5-20 (r427)
 757  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
 758    functionality are not tested at the moment.
 759  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
 760
 761 ------------------------------------------------------------------------
 762 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
 763 Changed paths:
 764    M /trunk/samtools/bamtk.c
 765    M /trunk/samtools/sam_view.c
 766
 767  * samtools-0.1.5-19 (r426)
 768  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
 769
 770 ------------------------------------------------------------------------
 771 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 772 Changed paths:
 773    M /trunk/samtools/bgzf.c
 774
 775 compatible with Windows binary files
 776
 777 ------------------------------------------------------------------------
 778 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 779 Changed paths:
 780    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 781    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 782    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 783    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 784    M /trunk/samtools/bamtk.c
 785    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 786
 787  * samtools-0.1.5-18 (r423)
 788  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
 789    of debugging at the moment
 790  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
 791
 792 ------------------------------------------------------------------------
 793 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
 794 Changed paths:
 795    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
 796
 797 convert BLAT psl to SAM.
 798
 799 ------------------------------------------------------------------------
 800 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
 801 Changed paths:
 802    M /trunk/samtools/ChangeLog
 803    M /trunk/samtools/bam.c
 804    M /trunk/samtools/bamtk.c
 805    M /trunk/samtools/bgzf.c
 806    M /trunk/samtools/bgzf.h
 807    M /trunk/samtools/knetfile.c
 808    M /trunk/samtools/sam.c
 809    M /trunk/samtools/sam_view.c
 810
 811  * samtools-0.1.5-17 (r422)
 812  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
 813  * write an empty BGZF block to every BGZF file
 814  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
 815  * update ChangeLog
 816
 817 ------------------------------------------------------------------------
 818 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
 819 Changed paths:
 820    M /trunk/samtools/bam_import.c
 821    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 822    M /trunk/samtools/bamtk.c
 823    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 824    M /trunk/samtools/sam.c
 825    M /trunk/samtools/sam.h
 826    M /trunk/samtools/sam_view.c
 827
 828  * samtools-0.1.5-16 (r421)
 829  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
 830
 831 ------------------------------------------------------------------------
 832 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
 833 Changed paths:
 834    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 835
 836 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
 837
 838 ------------------------------------------------------------------------
 839 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
 840 Changed paths:
 841    M /trunk/samtools/bam_import.c
 842    M /trunk/samtools/bamtk.c
 843    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 844    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 845
 846  * samtools-0.1.5-15 (r419)
 847  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
 848  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
 849  * add "unique" command to samtools.pl
 850
 851 ------------------------------------------------------------------------
 852 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
 853 Changed paths:
 854    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 855
 856 skip @header lines in SAM
 857
 858 ------------------------------------------------------------------------
 859 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 860 Changed paths:
 861    M /trunk/samtools/bamtk.c
 862    M /trunk/samtools/sam_view.c
 863
 864  * samtools-0.1.5-14 (r417)
 865  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
 866
 867 ------------------------------------------------------------------------
 868 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 869 Changed paths:
 870    M /trunk/samtools/bam.c
 871    M /trunk/samtools/bam.h
 872    M /trunk/samtools/bam_import.c
 873    M /trunk/samtools/bamtk.c
 874    M /trunk/samtools/sam.c
 875    M /trunk/samtools/sam.h
 876    M /trunk/samtools/sam_view.c
 877
 878  * samtools-0.1.5-17 (r416)
 879  * support import/export SAM with string tags
 880
 881 ------------------------------------------------------------------------
 882 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 883 Changed paths:
 884    M /trunk/samtools/bam.c
 885    M /trunk/samtools/bam.h
 886    M /trunk/samtools/bam_import.c
 887    M /trunk/samtools/bamtk.c
 888    M /trunk/samtools/sam.c
 889    M /trunk/samtools/sam.h
 890    M /trunk/samtools/sam_view.c
 891
 892  * samtools-0.1.5-12 (r415)
 893  * FLAG now can be in HEX
 894
 895 ------------------------------------------------------------------------
 896 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
 897 Changed paths:
 898    M /trunk/samtools/kstring.h
 899
 900 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
 901
 902 ------------------------------------------------------------------------
 903 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
 904 Changed paths:
 905    M /trunk/samtools/kstring.c
 906    M /trunk/samtools/kstring.h
 907
 908 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
 909
 910 ------------------------------------------------------------------------
 911 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
 912 Changed paths:
 913    M /trunk/samtools/bam_index.c
 914
 915 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
 916
 917 ------------------------------------------------------------------------
 918 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 919 Changed paths:
 920    M /trunk/samtools/bam_md.c
 921    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 922    M /trunk/samtools/bamtk.c
 923    M /trunk/samtools/bgzf.c
 924
 925  * samtools-0.1.5-11 (r408)
 926  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
 927    from fillmd.
 928  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
 929
 930 ------------------------------------------------------------------------
 931 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 932 Changed paths:
 933    M /trunk/samtools/bam.h
 934    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 935    M /trunk/samtools/bam_md.c
 936    M /trunk/samtools/bamtk.c
 937    M /trunk/samtools/sam.h
 938
 939  * samtools-0.1.5-10 (r407)
 940  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 941  * fillmd: generate the NM tag
 942  * fillmd: cmd interface improvement
 943
 944 ------------------------------------------------------------------------
 945 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
 946 Changed paths:
 947    M /trunk/samtools/Makefile
 948
 949 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
 950
 951 ------------------------------------------------------------------------
 952 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 953 Changed paths:
 954    M /trunk/samtools/Makefile
 955    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 956    M /trunk/samtools/bamtk.c
 957
 958  * samtools-0.1.5-9 (r405)
 959  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
 960
 961 ------------------------------------------------------------------------
 962 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 963 Changed paths:
 964    M /trunk/samtools/Makefile
 965    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 966    M /trunk/samtools/bamtk.c
 967
 968  * samtools-0.1.5-8 (r404)
 969  * compatible with PDCurses
 970
 971 ------------------------------------------------------------------------
 972 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 973 Changed paths:
 974    M /trunk/samtools/bamtk.c
 975    M /trunk/samtools/kseq.h
 976
 977  * samtools-0.1.5-7 (r403)
 978  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
 979
 980 ------------------------------------------------------------------------
 981 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
 982 Changed paths:
 983    M /trunk/samtools/bam_import.c
 984    M /trunk/samtools/bam_index.c
 985    M /trunk/samtools/bamtk.c
 986    M /trunk/samtools/bgzf.c
 987
 988  * samtools-0.1.5-6 (r402)
 989  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
 990  * improve portability to MinGW
 991
 992 ------------------------------------------------------------------------
 993 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 994 Changed paths:
 995    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
 996    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
 997    D /trunk/samtools/bam_lite.c
 998
 999  * move bam_lite.c to bam-lite
1000  * copy bam.h to bam-lite
1001
1002 ------------------------------------------------------------------------
1003 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1004 Changed paths:
1005    M /trunk/samtools/bam.h
1006    M /trunk/samtools/bam_lite.c
1007    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1008    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1009    M /trunk/samtools/bamtk.c
1010
1011  * samtools-0.1.5-5 (r395)
1012  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
1013
1014 ------------------------------------------------------------------------
1015 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1016 Changed paths:
1017    M /trunk/samtools/bamtk.c
1018    M /trunk/samtools/knetfile.c
1019    M /trunk/samtools/knetfile.h
1020
1021  * samtools-0.1.5-4 (r394)
1022  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
1023
1024 ------------------------------------------------------------------------
1025 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
1026 Changed paths:
1027    M /trunk/samtools/bam_index.c
1028    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1029    M /trunk/samtools/bamtk.c
1030    M /trunk/samtools/knetfile.c
1031    M /trunk/samtools/knetfile.h
1032
1033  * samtools-0.1.5-3 (r393)
1034  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
1035  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
1036    not seen the sideeffect so far.
1037
1038 ------------------------------------------------------------------------
1039 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
1040 Changed paths:
1041    M /trunk/samtools/samtools.1
1042
1043 Remove the warning in tview
1044
1045 ------------------------------------------------------------------------
1046 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1047 Changed paths:
1048    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1049    M /trunk/samtools/bamtk.c
1050
1051  * samtools-0.1.5-2 (r391)
1052  * do not show a blank screen when no reads mapped
1053
1054 ------------------------------------------------------------------------
1055 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
1056 Changed paths:
1057    M /trunk/samtools/bam.h
1058    A /trunk/samtools/bam_lite.c
1059    M /trunk/samtools/bamtk.c
1060
1061  * samtools-0.1.5-1 (r390)
1062  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
1063  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
1064
1065 ------------------------------------------------------------------------
1066 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1067 Changed paths:
1068    M /trunk/samtools/bamtk.c
1069    M /trunk/samtools/knetfile.c
1070
1071 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
1072
1073 ------------------------------------------------------------------------
1074 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1075 Changed paths:
1076    M /trunk/samtools/bamtk.c
1077    M /trunk/samtools/sam.c
1078
1079 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
1080
1081 ------------------------------------------------------------------------
1082 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1083 Changed paths:
1084    M /trunk/samtools/Makefile
1085    M /trunk/samtools/bam.h
1086    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1087    M /trunk/samtools/bamtk.c
1088
1089 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
1090
1091 ------------------------------------------------------------------------
1092 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1093 Changed paths:
1094    M /trunk/samtools/ChangeLog
1095    M /trunk/samtools/NEWS
1096    M /trunk/samtools/bamtk.c
1097    M /trunk/samtools/samtools.1
1098
1099 Release samtools-0.1.5
1100
1101 ------------------------------------------------------------------------
1102 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
1103 Changed paths:
1104    M /trunk/samtools/bamtk.c
1105    M /trunk/samtools/sam.c
1106
1107  * samtools-0.1.4-23 (r372)
1108  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
1109
1110 ------------------------------------------------------------------------
1111 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
1112 Changed paths:
1113    M /trunk/samtools/samtools.1
1114
1115 update documentation
1116
1117 ------------------------------------------------------------------------
1118 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
1119 Changed paths:
1120    M /trunk/samtools/Makefile
1121
1122 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
1123
1124 ------------------------------------------------------------------------
1125 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
1126 Changed paths:
1127    M /trunk/samtools/ChangeLog
1128    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1129    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1130    M /trunk/samtools/bamtk.c
1131
1132  * samtools-0.1.4-22 (r369)
1133  * in pileup, optionally print E2 and U2
1134  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
1135
1136 ------------------------------------------------------------------------
1137 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
1138 Changed paths:
1139    M /trunk/samtools/bam.c
1140    M /trunk/samtools/bam.h
1141    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1142    M /trunk/samtools/bam_index.c
1143    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1144    M /trunk/samtools/bam_md.c
1145    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1146    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1147    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1148    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1149    M /trunk/samtools/bamtk.c
1150    M /trunk/samtools/faidx.c
1151    M /trunk/samtools/faidx.h
1152    M /trunk/samtools/glf.c
1153
1154  * samtools-0.1.4-21 (r368)
1155  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
1156    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
1157    inconsistency. I was just a bit lazy.
1158  * small memory leak may be present on failure, though
1159
1160 ------------------------------------------------------------------------
1161 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1162 Changed paths:
1163    M /trunk/samtools/knetfile.c
1164
1165 reduce the chance of blocking in FTP connection
1166
1167 ------------------------------------------------------------------------
1168 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1169 Changed paths:
1170    M /trunk/samtools/knetfile.c
1171
1172 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
1173
1174 ------------------------------------------------------------------------
1175 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1176 Changed paths:
1177    M /trunk/samtools/bam_index.c
1178    M /trunk/samtools/bamtk.c
1179    M /trunk/samtools/knetfile.c
1180    M /trunk/samtools/knetfile.h
1181
1182  * samtools-0.1.4-20 (r365)
1183  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
1184
1185 ------------------------------------------------------------------------
1186 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1187 Changed paths:
1188    M /trunk/samtools/bamtk.c
1189    M /trunk/samtools/knetfile.c
1190
1191  * samtools-0.1.4-19 (r364)
1192  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
1193
1194 ------------------------------------------------------------------------
1195 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
1196 Changed paths:
1197    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1198    M /trunk/samtools/bamtk.c
1199    M /trunk/samtools/bgzf.c
1200    M /trunk/samtools/bgzf.h
1201    M /trunk/samtools/knetfile.c
1202    M /trunk/samtools/knetfile.h
1203
1204  * samtools-0.1.4-18 (r363)
1205  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
1206  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
1207
1208 ------------------------------------------------------------------------
1209 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1210 Changed paths:
1211    M /trunk/samtools/bgzf.c
1212
1213 write changelog
1214
1215 ------------------------------------------------------------------------
1216 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1217 Changed paths:
1218    M /trunk/samtools/bam_index.c
1219    M /trunk/samtools/bamtk.c
1220
1221  * samtools-0.1.4-17 (r361)
1222  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
1223
1224 ------------------------------------------------------------------------
1225 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
1226 Changed paths:
1227    M /trunk/samtools/Makefile
1228    M /trunk/samtools/bam_import.c
1229    M /trunk/samtools/bam_index.c
1230    M /trunk/samtools/bamtk.c
1231    M /trunk/samtools/bgzf.c
1232    M /trunk/samtools/bgzf.h
1233    M /trunk/samtools/knetfile.c
1234    M /trunk/samtools/knetfile.h
1235
1236  * samtools-0.1.4-16 (r360)
1237  * report more information in index when the input is not sorted
1238  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
1239  * support knetfile library in BGZF
1240
1241 ------------------------------------------------------------------------
1242 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1243 Changed paths:
1244    M /trunk/samtools/knetfile.c
1245    M /trunk/samtools/knetfile.h
1246
1247 fixed bugs in knetfile.*
1248
1249 ------------------------------------------------------------------------
1250 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1251 Changed paths:
1252    A /trunk/samtools/knetfile.h
1253
1254 this is the header file
1255
1256 ------------------------------------------------------------------------
1257 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1258 Changed paths:
1259    A /trunk/samtools/knetfile.c
1260
1261  * open a file at FTP
1262  * preliminary version
1263
1264 ------------------------------------------------------------------------
1265 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
1266 Changed paths:
1267    M /trunk/samtools/bam.c
1268    M /trunk/samtools/bamtk.c
1269
1270  * samtools-0.1.4-15 (r354)
1271  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
1272
1273 ------------------------------------------------------------------------
1274 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
1275 Changed paths:
1276    M /trunk/samtools/bamtk.c
1277    M /trunk/samtools/faidx.c
1278
1279  * samtools-0.1.4-13 (r351)
1280  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
1281  * hope this does not introduce new bugs...
1282
1283 ------------------------------------------------------------------------
1284 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
1285 Changed paths:
1286    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1287    M /trunk/samtools/bamtk.c
1288
1289  * samtools-0.1.4-13 (r350)
1290  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
1291
1292 ------------------------------------------------------------------------
1293 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1294 Changed paths:
1295    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1296    M /trunk/samtools/bamtk.c
1297    M /trunk/samtools/sam_view.c
1298
1299  * samtools-0.1.4-12 (r347)
1300  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
1301
1302 ------------------------------------------------------------------------
1303 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1304 Changed paths:
1305    M /trunk/samtools/Makefile
1306    M /trunk/samtools/bamtk.c
1307    M /trunk/samtools/sam_view.c
1308    M /trunk/samtools/samtools.1
1309
1310  * samtools-0.1.4-11 (r346)
1311  * allow to select a read group at view command-line
1312
1313 ------------------------------------------------------------------------
1314 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1315 Changed paths:
1316    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1317
1318 added more comments
1319
1320 ------------------------------------------------------------------------
1321 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1322 Changed paths:
1323    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1324
1325 nothing really
1326
1327 ------------------------------------------------------------------------
1328 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1329 Changed paths:
1330    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1331    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1332
1333 added an example of calculating read depth
1334
1335 ------------------------------------------------------------------------
1336 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1337 Changed paths:
1338    M /trunk/samtools/Makefile
1339    M /trunk/samtools/bam.h
1340    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1341    A /trunk/samtools/bam_color.c
1342    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1343    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1344    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1345    M /trunk/samtools/bamtk.c
1346    M /trunk/samtools/sam.c
1347    M /trunk/samtools/sam.h
1348
1349  * samtools-0.1.4-10 (r341)
1350  * only include key APIs in libbam.a
1351  * move color-specific routines to bam_color.c
1352  * update documentations
1353  * remove the support of -q in pileup
1354
1355 ------------------------------------------------------------------------
1356 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1357 Changed paths:
1358    M /trunk/samtools/INSTALL
1359    M /trunk/samtools/Makefile
1360    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1361    M /trunk/samtools/bam_import.c
1362    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1363    M /trunk/samtools/bamtk.c
1364    M /trunk/samtools/razf.c
1365    M /trunk/samtools/sam_view.c
1366
1367  * samtools-0.1.4-9 (r340)
1368  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
1369  * fixed a compilation warning
1370  * fixed a segfault caused by @RG parsing
1371  * detect NCURSES in bam_tview.c
1372
1373 ------------------------------------------------------------------------
1374 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1375 Changed paths:
1376    M /trunk/samtools/INSTALL
1377
1378 update INSTALL
1379
1380 ------------------------------------------------------------------------
1381 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1382 Changed paths:
1383    M /trunk/samtools/bam.c
1384    M /trunk/samtools/bam.h
1385    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1386    M /trunk/samtools/bam_import.c
1387    M /trunk/samtools/bamtk.c
1388    M /trunk/samtools/kstring.h
1389    M /trunk/samtools/sam.c
1390    M /trunk/samtools/sam_view.c
1391
1392  * samtools-0.1.4-8 (r338)
1393  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
1394    command line
1395
1396 ------------------------------------------------------------------------
1397 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1398 Changed paths:
1399    M /trunk/samtools/bamtk.c
1400    M /trunk/samtools/bgzf.c
1401    M /trunk/samtools/bgzf.h
1402    M /trunk/samtools/sam.c
1403    M /trunk/samtools/sam_view.c
1404
1405  * samtools-0.1.4-7 (r337)
1406  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
1407  * "samtools view" support "-u" command-line option
1408
1409 ------------------------------------------------------------------------
1410 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1411 Changed paths:
1412    M /trunk/samtools/Makefile
1413    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1414    M /trunk/samtools/razf.c
1415    M /trunk/samtools/razf.h
1416    M /trunk/samtools/razip.c
1417
1418  * no changes to samtools itself
1419  * remove zlib source codes
1420  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
1421  * on old version of zlib, writing is not available
1422
1423 ------------------------------------------------------------------------
1424 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1425 Changed paths:
1426    D /trunk/samtools/zlib
1427
1428 remove zlib for simplification...
1429
1430 ------------------------------------------------------------------------
1431 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1432 Changed paths:
1433    M /trunk/samtools/bam.h
1434    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1435    M /trunk/samtools/bamtk.c
1436
1437  * samtools-0.1.4-6 (r334)
1438  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
1439    been implemented in that.
1440  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
1441
1442 ------------------------------------------------------------------------
1443 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1444 Changed paths:
1445    M /trunk/samtools/ChangeLog
1446
1447 update ChangeLog
1448
1449 ------------------------------------------------------------------------
1450 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1451 Changed paths:
1452    M /trunk/samtools/AUTHORS
1453    M /trunk/samtools/Makefile
1454    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1455
1456 fixed minor things in Makefile
1457
1458 ------------------------------------------------------------------------
1459 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1460 Changed paths:
1461    M /trunk/samtools/bamtk.c
1462
1463  * samtools-0.1.4-5 (r3310
1464  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
1465    changes in the Makefile building system.
1466
1467 ------------------------------------------------------------------------
1468 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1469 Changed paths:
1470    M /trunk/samtools/AUTHORS
1471    D /trunk/samtools/README
1472
1473 update information...
1474
1475 ------------------------------------------------------------------------
1476 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1477 Changed paths:
1478    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1479
1480  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
1481  * this version works with indels
1482
1483 ------------------------------------------------------------------------
1484 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1485 Changed paths:
1486    M /trunk/samtools/INSTALL
1487    M /trunk/samtools/Makefile
1488    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1489    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
1490
1491  * update Makefile
1492  * update INSTALL instruction
1493
1494 ------------------------------------------------------------------------
1495 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1496 Changed paths:
1497    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
1498    D /trunk/samtools/Makefile.am
1499    D /trunk/samtools/Makefile.generic
1500    D /trunk/samtools/Makefile.lite
1501    D /trunk/samtools/autogen.sh
1502    D /trunk/samtools/cleanup.sh
1503    D /trunk/samtools/configure.ac
1504    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
1505    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1506    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1507    M /trunk/samtools/razf.c
1508    A /trunk/samtools/zlib
1509    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
1510    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
1511    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
1512    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
1513    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
1514    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
1515    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
1516    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
1517    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
1518    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
1519    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
1520    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
1521    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
1522    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
1523    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
1524    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
1525    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
1526    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
1527    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
1528    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
1529    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
1530    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
1531    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
1532    D /trunk/samtools/zutil.h
1533
1534  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
1535  * prepare to changed back to the Makefile building system
1536  * unfinished! (will be soon)
1537
1538 ------------------------------------------------------------------------
1539 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1540 Changed paths:
1541    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1542
1543 Unfinished
1544
1545 ------------------------------------------------------------------------
1546 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1547 Changed paths:
1548    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1549    M /trunk/samtools/bamtk.c
1550
1551  * samtools-0.1.4-4 (r325)
1552  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
1553
1554 ------------------------------------------------------------------------
1555 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
1556 Changed paths:
1557    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1558    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1559    M /trunk/samtools/bamtk.c
1560    M /trunk/samtools/sam.c
1561    M /trunk/samtools/sam.h
1562
1563  * samtools-0.1.4-3 (r324)
1564  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
1565  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
1566
1567 ------------------------------------------------------------------------
1568 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1569 Changed paths:
1570    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1571
1572  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
1573  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
1574
1575 ------------------------------------------------------------------------
1576 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
1577 Changed paths:
1578    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1579
1580 fixed a typo
1581
1582 ------------------------------------------------------------------------
1583 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
1584 Changed paths:
1585    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1586
1587 just typo. no real change
1588
1589 ------------------------------------------------------------------------
1590 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1591 Changed paths:
1592    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1593
1594 a little bit code cleanup
1595
1596 ------------------------------------------------------------------------
1597 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1598 Changed paths:
1599    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1600
1601  * samtools.pl-0.3.1
1602  * change default parameters
1603  * optionally print filtered variants
1604
1605 ------------------------------------------------------------------------
1606 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1607 Changed paths:
1608    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1609
1610  * samtools.pl-0.3.0
1611  * combine snpFilter and indelFilter
1612
1613 ------------------------------------------------------------------------
1614 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1615 Changed paths:
1616    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1617
1618  * samtools.pl-0.2.3
1619  * change a default parameter
1620
1621 ------------------------------------------------------------------------
1622 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1623 Changed paths:
1624    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1625    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1626    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1627    M /trunk/samtools/bamtk.c
1628    M /trunk/samtools/sam.c
1629
1630  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1631  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1632  * pileup: always calculate RMS mapq
1633  * pileup: allow to output variant sites only
1634
1635 ------------------------------------------------------------------------
1636 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1637 Changed paths:
1638    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1639
1640  * samtools.pl-0.2.2
1641  * added pileup2fq
1642
1643 ------------------------------------------------------------------------
1644 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
1645 Changed paths:
1646    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1647
1648  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
1649
1650 ------------------------------------------------------------------------
1651 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1652 Changed paths:
1653    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1654
1655  * samtools.pl-0.2.1
1656  * fixed a typo
1657
1658 ------------------------------------------------------------------------
1659 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1660 Changed paths:
1661    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1662
1663  * samtools.pl-0.2.0
1664  * snpFilter
1665
1666 ------------------------------------------------------------------------
1667 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1668 Changed paths:
1669    M /trunk/samtools/bgzf.c
1670
1671  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
1672  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
1673
1674 ------------------------------------------------------------------------
1675 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
1676 Changed paths:
1677    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
1678
1679 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
1680
1681 ------------------------------------------------------------------------
1682 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1683 Changed paths:
1684    M /trunk/samtools/bamtk.c
1685    M /trunk/samtools/sam.c
1686
1687  * samtools-0.1.4-1 (r304)
1688  * fixed a minor bug in printing headers
1689
1690 ------------------------------------------------------------------------
1691 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
1692 Changed paths:
1693    M /trunk/samtools/ChangeLog
1694    M /trunk/samtools/NEWS
1695    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1696    M /trunk/samtools/bamtk.c
1697    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1698    M /trunk/samtools/samtools.1
1699
1700 Release samtools-0.1.4
1701
1702 ------------------------------------------------------------------------
1703 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1704 Changed paths:
1705    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1706    M /trunk/samtools/bamtk.c
1707
1708  * samtools-0.1.3-24 (r296)
1709  * another similar bug in the indel caller
1710
1711 ------------------------------------------------------------------------
1712 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1713 Changed paths:
1714    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1715    M /trunk/samtools/bamtk.c
1716
1717  * samtools-0.1.3-23 (r295)
1718  * fixed a critical bug in the indel caller
1719
1720 ------------------------------------------------------------------------
1721 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
1722 Changed paths:
1723    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1724
1725 added a missing header file
1726
1727 ------------------------------------------------------------------------
1728 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
1729 Changed paths:
1730    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1731    M /trunk/samtools/bamtk.c
1732
1733  * samtools-0.1.3-22 (r293)
1734  * open tview in the dot-view mode by default
1735
1736 ------------------------------------------------------------------------
1737 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
1738 Changed paths:
1739    M /trunk/samtools/samtools.1
1740
1741 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
1742 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
1743 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
1744 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
1745
1746
1747 ------------------------------------------------------------------------
1748 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
1749 Changed paths:
1750    M /trunk/samtools/bam.h
1751    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1752    M /trunk/samtools/bamtk.c
1753
1754  * samtools-0.1.3-21 (286)
1755  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
1756
1757 ------------------------------------------------------------------------
1758 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
1759 Changed paths:
1760    M /trunk/samtools/bam.h
1761    M /trunk/samtools/bam_index.c
1762    M /trunk/samtools/bamtk.c
1763
1764  * samtools-0.1.3-20 (r276)
1765  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
1766    make it work with the latest SVN.
1767  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
1768
1769 ------------------------------------------------------------------------
1770 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
1771 Changed paths:
1772    M /trunk/samtools/ChangeLog
1773    M /trunk/samtools/bam.h
1774    M /trunk/samtools/bamtk.c
1775
1776  * samtools-0.1.3-19 (r275)
1777  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
1778    backward compatibility with Bio::DB::Sam
1779
1780 ------------------------------------------------------------------------
1781 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1782 Changed paths:
1783    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1784    M /trunk/samtools/bamtk.c
1785
1786  * samtools-0.1.3-18 (r273)
1787  * rmdupse: do not remove unmapped reads
1788
1789 ------------------------------------------------------------------------
1790 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
1791 Changed paths:
1792    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1793
1794 change a parameter. It does nothing
1795
1796 ------------------------------------------------------------------------
1797 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1798 Changed paths:
1799    M /trunk/samtools/Makefile.am
1800    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1801    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1802    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1803    M /trunk/samtools/bamtk.c
1804    M /trunk/samtools/configure.ac
1805
1806  * samtools-0.1.3-17 (r271)
1807  * added 'rmdupse' command
1808
1809 ------------------------------------------------------------------------
1810 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1811 Changed paths:
1812    M /trunk/samtools/bamtk.c
1813    M /trunk/samtools/sam_view.c
1814
1815  * samtools-0.1.3-16 (r267)
1816  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
1817
1818 ------------------------------------------------------------------------
1819 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1820 Changed paths:
1821    M /trunk/samtools/bam_import.c
1822    M /trunk/samtools/bamtk.c
1823
1824  * samtools-0.1.3-15 (r266)
1825  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
1826
1827 ------------------------------------------------------------------------
1828 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1829 Changed paths:
1830    M /trunk/samtools/bam.h
1831    M /trunk/samtools/bam_import.c
1832    M /trunk/samtools/bamtk.c
1833    M /trunk/samtools/sam.c
1834    M /trunk/samtools/sam_view.c
1835
1836  * samtools-0.1.3-14 (r262)
1837  * make samopen() recognize @SQ header lines
1838
1839 ------------------------------------------------------------------------
1840 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1841 Changed paths:
1842    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1843    M /trunk/samtools/bamtk.c
1844    M /trunk/samtools/bgzf.c
1845    M /trunk/samtools/sam.c
1846    M /trunk/samtools/sam_view.c
1847
1848  * samtools-0.1.3-13 (r260)
1849  * report error for file I/O error
1850
1851 ------------------------------------------------------------------------
1852 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
1853 Changed paths:
1854    M /trunk/samtools/Makefile.am
1855
1856 update Makefile.am
1857
1858 ------------------------------------------------------------------------
1859 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1860 Changed paths:
1861    M /trunk/samtools/bam.h
1862    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1863    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1864    M /trunk/samtools/bamtk.c
1865    M /trunk/samtools/sam.c
1866    M /trunk/samtools/sam.h
1867
1868  * samtools-0.1.3-12 (r259)
1869  * use the new I/O interface in pileup
1870
1871 ------------------------------------------------------------------------
1872 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1873 Changed paths:
1874    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1875    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1876    M /trunk/samtools/bam.c
1877    M /trunk/samtools/bam.h
1878    M /trunk/samtools/bam_import.c
1879    M /trunk/samtools/bamtk.c
1880    A /trunk/samtools/sam.c
1881    A /trunk/samtools/sam.h
1882    A /trunk/samtools/sam_view.c
1883
1884  * samtools-0.1.3-11 (r258)
1885  * unify the interface to BAM and SAM I/O
1886
1887 ------------------------------------------------------------------------
1888 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1889 Changed paths:
1890    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1891    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1892    M /trunk/samtools/bamtk.c
1893
1894  * samtools-0.1.3-10 (r257)
1895  * allow hex with "pileup -m"
1896
1897 ------------------------------------------------------------------------
1898 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
1899 Changed paths:
1900    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1901    M /trunk/samtools/bamtk.c
1902
1903  * samtools-0.1.3-9 (r256)
1904  * fixed a bug in bam_lpileup.c
1905  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
1906
1907 ------------------------------------------------------------------------
1908 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
1909 Changed paths:
1910    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1911    M /trunk/samtools/bamtk.c
1912
1913  * samtools-0.1.3-8 (r251)
1914  * fixed a bug when there are reads without coordinates
1915
1916 ------------------------------------------------------------------------
1917 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1918 Changed paths:
1919    A /trunk/samtools/AUTHORS
1920    A /trunk/samtools/README
1921    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1922
1923 added missing files
1924
1925 ------------------------------------------------------------------------
1926 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1927 Changed paths:
1928    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1929    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1930    M /trunk/samtools/configure.ac
1931    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1932
1933 improve large file support in compilation
1934
1935 ------------------------------------------------------------------------
1936 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1937 Changed paths:
1938    M /trunk/samtools/INSTALL
1939
1940 update INSTALL
1941
1942 ------------------------------------------------------------------------
1943 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1944 Changed paths:
1945    M /trunk/samtools/Makefile.am
1946    M /trunk/samtools/autogen.sh
1947    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1948    M /trunk/samtools/configure.ac
1949    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1950
1951 fixed various issues about the GNU building scripts
1952
1953 ------------------------------------------------------------------------
1954 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
1955 Changed paths:
1956    M /trunk/samtools/ChangeLog
1957    D /trunk/samtools/Makefile
1958    A /trunk/samtools/Makefile.am
1959    A /trunk/samtools/Makefile.generic
1960    A /trunk/samtools/autogen.sh
1961    M /trunk/samtools/bam.h
1962    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1963    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1964    M /trunk/samtools/bamtk.c
1965    A /trunk/samtools/cleanup.sh
1966    A /trunk/samtools/configure.ac
1967    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1968    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
1969
1970  * samtools-0.1.3-7 (r246)
1971  * incorporated revisions from Nils Homer
1972  * enhanced support of displaying color-space reads
1973
1974 ------------------------------------------------------------------------
1975 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
1976 Changed paths:
1977    M /trunk/samtools/bam_md.c
1978    M /trunk/samtools/bamtk.c
1979
1980  * samtools-0.1.3-6 (r244)
1981  * fixed segfault for unmapped reads
1982
1983 ------------------------------------------------------------------------
1984 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1985 Changed paths:
1986    M /trunk/samtools/bam.h
1987    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1988    M /trunk/samtools/bam_md.c
1989    M /trunk/samtools/bamtk.c
1990
1991  * samtools-0.1.3-5 (r243)
1992  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
1993  * check MD
1994  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
1995
1996 ------------------------------------------------------------------------
1997 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
1998 Changed paths:
1999    M /trunk/samtools/bam_md.c
2000    M /trunk/samtools/bamtk.c
2001
2002  * samtools-0.1.3-4 (r242)
2003  * fixed a memory leak
2004
2005 ------------------------------------------------------------------------
2006 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2007 Changed paths:
2008    M /trunk/samtools/Makefile
2009    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2010    M /trunk/samtools/bam.h
2011    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2012    A /trunk/samtools/bam_md.c
2013    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2014    M /trunk/samtools/bamtk.c
2015
2016  * samtools-0.1.3-3 (r240)
2017  * generate MD tag
2018  * generate "=" bases
2019  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
2020
2021 ------------------------------------------------------------------------
2022 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2023 Changed paths:
2024    M /trunk/samtools/bam.h
2025    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2026    M /trunk/samtools/bamtk.c
2027
2028  * samtools-0.1.3-2 (r239)
2029  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
2030  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
2031  * added tagview for testing bam_aux
2032
2033 ------------------------------------------------------------------------
2034 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
2035 Changed paths:
2036    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2037    M /trunk/samtools/bamtk.c
2038
2039  * samtools-0.1.3-1
2040  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
2041
2042 ------------------------------------------------------------------------
2043 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
2044 Changed paths:
2045    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2046
2047 a missing file in Makefile.lite
2048
2049 ------------------------------------------------------------------------
2050 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2051 Changed paths:
2052    M /trunk/samtools/NEWS
2053    M /trunk/samtools/bamtk.c
2054
2055 Release samtools-0.1.3
2056
2057 ------------------------------------------------------------------------
2058 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2059 Changed paths:
2060    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2061    M /trunk/samtools/bamtk.c
2062
2063  * samtools-0.1.2-28
2064  * make samtools more robust to weird input such as empty file
2065
2066 ------------------------------------------------------------------------
2067 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2068 Changed paths:
2069    M /trunk/samtools/ChangeLog
2070    M /trunk/samtools/NEWS
2071    M /trunk/samtools/samtools.1
2072
2073 prepare for release 0.1.3
2074
2075 ------------------------------------------------------------------------
2076 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2077 Changed paths:
2078    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
2079
2080 convert NCBI-BLASTN to SAM
2081
2082 ------------------------------------------------------------------------
2083 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2084 Changed paths:
2085    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2086    M /trunk/samtools/bamtk.c
2087
2088  * samtools-0.1.2-27
2089  * fixed a small memory leak in tview
2090
2091 ------------------------------------------------------------------------
2092 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2093 Changed paths:
2094    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2095    M /trunk/samtools/bamtk.c
2096
2097  * samtools-0.1.2-26
2098  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
2099
2100 ------------------------------------------------------------------------
2101 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
2102 Changed paths:
2103    M /trunk/samtools/ChangeLog
2104    M /trunk/samtools/NEWS
2105
2106 proposed NEWS for the new release (have not yet)
2107
2108 ------------------------------------------------------------------------
2109 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2110 Changed paths:
2111    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2112
2113  * samtools.pl-0.1.1
2114  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
2115    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
2116
2117 ------------------------------------------------------------------------
2118 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2119 Changed paths:
2120    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2121    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2122    M /trunk/samtools/bamtk.c
2123    M /trunk/samtools/samtools.1
2124
2125  * samtools-0.1.2-25
2126  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
2127    containing indels
2128
2129 ------------------------------------------------------------------------
2130 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
2131 Changed paths:
2132    M /trunk/samtools/ChangeLog
2133
2134 update ChangeLog from "svn log"
2135
2136 ------------------------------------------------------------------------
2137 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
2138 Changed paths:
2139    M /trunk/samtools/bam.c
2140    M /trunk/samtools/bam_import.c
2141    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2142    M /trunk/samtools/bamtk.c
2143    M /trunk/samtools/kseq.h
2144
2145  * samtools-0.1.2-24
2146  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
2147  * allow empty header
2148
2149 ------------------------------------------------------------------------
2150 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2151 Changed paths:
2152    M /trunk/samtools/bam.c
2153    M /trunk/samtools/bam_import.c
2154    M /trunk/samtools/bamtk.c
2155
2156  * samtools-0.1.2-23
2157  * recognize '*' at the QUAL field
2158
2159 ------------------------------------------------------------------------
2160 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2161 Changed paths:
2162    M /trunk/samtools/bam_import.c
2163    M /trunk/samtools/bamtk.c
2164    M /trunk/samtools/kseq.h
2165
2166  * samtools-0.1.2-22
2167  * the field separater is TAB only, now
2168
2169 ------------------------------------------------------------------------
2170 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2171 Changed paths:
2172    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2173
2174  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
2175
2176 ------------------------------------------------------------------------
2177 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
2178 Changed paths:
2179    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2180    M /trunk/samtools/bamtk.c
2181    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2182
2183  * samtools-0.1.2-21
2184  * fixed a nasty bug in `fixmate'
2185
2186 ------------------------------------------------------------------------
2187 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2188 Changed paths:
2189    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
2190    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2191    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2192
2193 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
2194
2195 ------------------------------------------------------------------------
2196 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2197 Changed paths:
2198    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2199    M /trunk/samtools/bamtk.c
2200
2201  * samtools-0.1.2-20
2202  * check if file is truncated in flagstat
2203
2204 ------------------------------------------------------------------------
2205 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2206 Changed paths:
2207    M /trunk/samtools/bamtk.c
2208
2209  * samtools-0.1.2-19
2210  * print the header if requested
2211
2212 ------------------------------------------------------------------------
2213 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
2214 Changed paths:
2215    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2216    M /trunk/samtools/bamtk.c
2217
2218  * samtools-0.1.2-18
2219  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
2220
2221 ------------------------------------------------------------------------
2222 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
2223 Changed paths:
2224    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
2225    D /trunk/samtools/Makefile.std
2226    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
2227    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
2228
2229 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
2230
2231 ------------------------------------------------------------------------
2232 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2233 Changed paths:
2234    D /trunk/samtools/Makefile
2235    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
2236    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2237    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2238    M /trunk/samtools/bamtk.c
2239    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2240    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
2241    M /trunk/samtools/samtools.1
2242
2243  * samtools-0.1.2-17
2244  * incorporating Nils' changes
2245  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
2246
2247 ------------------------------------------------------------------------
2248 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2249 Changed paths:
2250    M /trunk/samtools/Makefile
2251    M /trunk/samtools/bam_import.c
2252    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2253    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2254    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2255    M /trunk/samtools/bamtk.c
2256    M /trunk/samtools/kseq.h
2257    A /trunk/samtools/kstring.c
2258    A /trunk/samtools/kstring.h
2259
2260  * samtools-0.1.2-16
2261  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
2262  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
2263
2264 ------------------------------------------------------------------------
2265 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
2266 Changed paths:
2267    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2268
2269  * soap2sam.pl-0.1.2
2270  * more robust to truncated soap output
2271
2272 ------------------------------------------------------------------------
2273 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
2274 Changed paths:
2275    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2276
2277 added bam_stat.o to Makefile.lite
2278
2279 ------------------------------------------------------------------------
2280 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2281 Changed paths:
2282    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2283    M /trunk/samtools/bamtk.c
2284
2285  * samtools-0.1.2-15
2286  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
2287
2288 ------------------------------------------------------------------------
2289 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2290 Changed paths:
2291    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2292    M /trunk/samtools/bamtk.c
2293    M /trunk/samtools/glf.c
2294    M /trunk/samtools/glf.h
2295    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2296
2297  * samtools-0.1.2-14
2298  * implemented GLFv3
2299
2300 ------------------------------------------------------------------------
2301 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2302 Changed paths:
2303    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2304    M /trunk/samtools/bamtk.c
2305
2306  * samtools-0.1.2-13
2307  * fixed a minor bug in displaying pileup
2308
2309 ------------------------------------------------------------------------
2310 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2311 Changed paths:
2312    M /trunk/samtools/ChangeLog
2313    M /trunk/samtools/bamtk.c
2314
2315  * samtools-0.1.2-12
2316  * optionally print SAM header
2317
2318 ------------------------------------------------------------------------
2319 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
2320 Changed paths:
2321    M /trunk/samtools/bamtk.c
2322    M /trunk/samtools/glf.c
2323
2324  * samtools-0.1.2-11
2325  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
2326
2327 ------------------------------------------------------------------------
2328 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
2329 Changed paths:
2330    M /trunk/samtools/Makefile
2331    M /trunk/samtools/bam_import.c
2332    M /trunk/samtools/bam_index.c
2333    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2334    M /trunk/samtools/bamtk.c
2335    M /trunk/samtools/glf.c
2336    M /trunk/samtools/glf.h
2337
2338  * samtools-0.1.2-10
2339  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
2340  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
2341  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
2342
2343 ------------------------------------------------------------------------
2344 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
2345 Changed paths:
2346    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2347
2348  * wgsim-0.2.3
2349  * fixed a bug in simulating indels
2350
2351 ------------------------------------------------------------------------
2352 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
2353 Changed paths:
2354    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2355
2356  * wgsim-0.2.2
2357  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
2358    not like long read names.
2359
2360 ------------------------------------------------------------------------
2361 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
2362 Changed paths:
2363    M /trunk/samtools/ChangeLog
2364    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2365    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2366
2367  * wgsim-0.2.1
2368  * fixed a bug about color read coordinates
2369  * fixed a bug in read names
2370  * wgsim_eval.pl-0.1.3
2371  * make the script work with color reads
2372
2373 ------------------------------------------------------------------------
2374 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
2375 Changed paths:
2376    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2377    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2378
2379  * wgsim: added a note
2380
2381 ------------------------------------------------------------------------
2382 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
2383 Changed paths:
2384    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2385    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2386
2387  * wgsim-0.2.0
2388  * considerable code clean up
2389  * print number of substitutions/indels/errors on each read
2390  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
2391  * wgsim_eval.pl-0.1.2
2392  * change in accordant with wgsim
2393
2394 ------------------------------------------------------------------------
2395 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
2396 Changed paths:
2397    M /trunk/samtools/bam_index.c
2398    M /trunk/samtools/bamtk.c
2399
2400  * samtools-0.1.2-9
2401  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
2402
2403 ------------------------------------------------------------------------
2404 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
2405 Changed paths:
2406    M /trunk/samtools/bamtk.c
2407
2408 Fix annoying segv when invalid region specified.
2409
2410 ------------------------------------------------------------------------
2411 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
2412 Changed paths:
2413    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2414    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2415
2416  * move indel_filter.pl to samtools.pl
2417
2418 ------------------------------------------------------------------------
2419 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
2420 Changed paths:
2421    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2422    M /trunk/samtools/bamtk.c
2423
2424  * samtools-0.1.2-7
2425  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
2426
2427 ------------------------------------------------------------------------
2428 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
2429 Changed paths:
2430    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2431    M /trunk/samtools/bamtk.c
2432
2433  * samtools-0.1.2-7
2434  * fixed a minor bug in flagstat
2435
2436 ------------------------------------------------------------------------
2437 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
2438 Changed paths:
2439    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2440    M /trunk/samtools/bamtk.c
2441    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2442
2443  * samtools-0.1.2-6
2444  * improve indel caller by setting maximum window size
2445
2446 ------------------------------------------------------------------------
2447 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
2448 Changed paths:
2449    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2450    M /trunk/samtools/bamtk.c
2451
2452  * output max mapping quality in indel line
2453
2454 ------------------------------------------------------------------------
2455 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
2456 Changed paths:
2457    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2458
2459 fixed a bug in generating tag AM
2460
2461 ------------------------------------------------------------------------
2462 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
2463 Changed paths:
2464    M /trunk/samtools/bam_index.c
2465    M /trunk/samtools/bamtk.c
2466
2467 fixed a potential memory problem in indexing
2468
2469 ------------------------------------------------------------------------
2470 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
2471 Changed paths:
2472    M /trunk/samtools/Makefile
2473
2474 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
2475
2476 ------------------------------------------------------------------------
2477 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
2478 Changed paths:
2479    M /trunk/samtools/ChangeLog
2480    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2481    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2482    M /trunk/samtools/bamtk.c
2483
2484  * samtools-0.1.2-3
2485  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
2486  * improve flagstat report a little bit
2487
2488 ------------------------------------------------------------------------
2489 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
2490 Changed paths:
2491    M /trunk/samtools/Makefile
2492    A /trunk/samtools/bam_stat.c
2493    M /trunk/samtools/bamtk.c
2494
2495  * samtools-0.1.2-1
2496  * added flagstat command
2497
2498 ------------------------------------------------------------------------
2499 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2500 Changed paths:
2501    M /trunk/samtools/ChangeLog
2502    M /trunk/samtools/NEWS
2503    M /trunk/samtools/bamtk.c
2504    M /trunk/samtools/samtools.1
2505
2506 Release SAMtools-0.1.2
2507
2508 ------------------------------------------------------------------------
2509 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2510 Changed paths:
2511    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2512
2513 Script for filtering indel results
2514
2515 ------------------------------------------------------------------------
2516 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
2517 Changed paths:
2518    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
2519
2520 convert ZOOM to SAM
2521
2522 ------------------------------------------------------------------------
2523 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
2524 Changed paths:
2525    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2526
2527 add a script to convert novo alignment to SAM
2528
2529 ------------------------------------------------------------------------
2530 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
2531 Changed paths:
2532    M /trunk/samtools/ChangeLog
2533    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
2534    M /trunk/samtools/samtools.1
2535
2536 update documentation and ChangeLog
2537
2538 ------------------------------------------------------------------------
2539 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
2540 Changed paths:
2541    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2542    M /trunk/samtools/bamtk.c
2543
2544  * samtools-0.1.1-19
2545  * fixed a bug in "merge" command line
2546
2547 ------------------------------------------------------------------------
2548 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2549 Changed paths:
2550    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2551    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
2552    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2553    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
2554    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
2555    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
2556
2557  * merge from branches/dev/
2558  * all future development will happen here
2559
2560 ------------------------------------------------------------------------
2561 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2562 Changed paths:
2563    M /trunk/samtools/COPYING
2564    M /trunk/samtools/ChangeLog
2565    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
2566    M /trunk/samtools/Makefile
2567    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
2568    M /trunk/samtools/bam.c
2569    M /trunk/samtools/bam.h
2570    M /trunk/samtools/bam_import.c
2571    M /trunk/samtools/bam_index.c
2572    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2573    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2574    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2575    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
2576    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2577    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2578    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
2579    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2580    M /trunk/samtools/bamtk.c
2581    M /trunk/samtools/bgzf.h
2582    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
2583    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
2584    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
2585    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2586    M /trunk/samtools/faidx.c
2587    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2588    M /trunk/samtools/glf.h
2589    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2590    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2591    M /trunk/samtools/razf.c
2592    M /trunk/samtools/source.dot
2593
2594  * Merge from branches/dev/
2595  * all future development will happen here at trunk/
2596
2597 ------------------------------------------------------------------------
2598 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2599 Changed paths:
2600    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2601    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2602
2603 Fix problem with compiling without curses.
2604
2605 ------------------------------------------------------------------------
2606 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2607 Changed paths:
2608    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2609
2610 Create trunk copy
2611
2612 ------------------------------------------------------------------------
2613 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2614 Changed paths:
2615    A /branches/dev/samtools/NEWS
2616    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2617    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2618
2619 Release samtools-0.1.1
2620
2621 ------------------------------------------------------------------------
2622 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2623 Changed paths:
2624    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2625    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2626    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2627    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2628    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2629    M /branches/dev/samtools/razf.c
2630    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2631
2632  * samtools-0.1.0-66
2633  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2634  * fixed a memory leak in parsing a region
2635  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2636  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2637  * fixed a bug in indexing for small alignment
2638  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2639  * updated documentation
2640  * prepare to release 0.1.1
2641
2642 ------------------------------------------------------------------------
2643 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2644 Changed paths:
2645    A /branches/dev/samtools/examples
2646    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
2647    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
2648    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
2649    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
2650
2651 example
2652
2653 ------------------------------------------------------------------------
2654 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2655 Changed paths:
2656    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2657
2658 update ChangeLog
2659
2660 ------------------------------------------------------------------------
2661 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
2662 Changed paths:
2663    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2664
2665  * added comments
2666  * fixed several bugs
2667
2668 ------------------------------------------------------------------------
2669 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
2670 Changed paths:
2671    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2672
2673 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
2674
2675 ------------------------------------------------------------------------
2676 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
2677 Changed paths:
2678    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2679    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2680    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2681    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2682    A /branches/dev/samtools/source.dot
2683
2684  * samtools-0.1.0-65
2685  * pileup: generate maq-like simple output
2686  * pileup: allow to output pileup at required sites
2687  * source.dot: source file relationship graph
2688  * tview: fixed a minor bug
2689
2690 ------------------------------------------------------------------------
2691 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
2692 Changed paths:
2693    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2694
2695 remove all2sam.pl
2696
2697 ------------------------------------------------------------------------
2698 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
2699 Changed paths:
2700    A /branches/dev/samtools/COPYING
2701    M /branches/dev/samtools/bam.h
2702    M /branches/dev/samtools/faidx.h
2703    M /branches/dev/samtools/khash.h
2704    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2705    M /branches/dev/samtools/ksort.h
2706    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2707
2708 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
2709
2710 ------------------------------------------------------------------------
2711 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2712 Changed paths:
2713    M /branches/dev/samtools/bam.c
2714    M /branches/dev/samtools/bam.h
2715    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2716    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2717    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2718
2719  * samtools-0.1.0-64
2720  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
2721
2722 ------------------------------------------------------------------------
2723 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2724 Changed paths:
2725    M /branches/dev/samtools/bam.c
2726    M /branches/dev/samtools/bam.h
2727    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2728    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2729    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2730
2731  * samtools-0.1.0-63
2732  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
2733
2734 ------------------------------------------------------------------------
2735 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
2736 Changed paths:
2737    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2738    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2739    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2740
2741  * samtools-0.1.0-62
2742  * fixed a memory leak
2743
2744 ------------------------------------------------------------------------
2745 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
2746 Changed paths:
2747    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2748    M /branches/dev/samtools/bam.h
2749    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2750
2751 update documentation, ChangeLog and a comment
2752
2753 ------------------------------------------------------------------------
2754 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
2755 Changed paths:
2756    M /branches/dev/samtools/Makefile
2757    M /branches/dev/samtools/bam.h
2758    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2759    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2760    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2761    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2762    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2763    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2764
2765  * samtools-0.1.0-61
2766  * moved pileup command to a separate source file
2767  * added indel caller
2768  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
2769  * updated documentation
2770
2771 ------------------------------------------------------------------------
2772 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
2773 Changed paths:
2774    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2775    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2776
2777  * samtools-0.1.0-60
2778  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
2779
2780 ------------------------------------------------------------------------
2781 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
2782 Changed paths:
2783    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2784    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2785    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2786
2787  * samtools-0.1.0-59
2788  * pileup: outputing consensus is now optional
2789  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
2790    I am not quite sure why the previous version may have problem.
2791
2792 ------------------------------------------------------------------------
2793 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
2794 Changed paths:
2795    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2796    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2797
2798  * samtools-0.1.0-58
2799  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
2800    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
2801    and imposing it would make it harder to generate for other language
2802    bindings.
2803
2804 ------------------------------------------------------------------------
2805 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2806 Changed paths:
2807    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2808
2809 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
2810
2811 ------------------------------------------------------------------------
2812 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2813 Changed paths:
2814    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2815
2816 update manual
2817
2818 ------------------------------------------------------------------------
2819 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
2820 Changed paths:
2821    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2822    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2823
2824  * samtools-0.1.0-57
2825  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
2826  * made the parser a bit more robust
2827
2828 ------------------------------------------------------------------------
2829 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2830 Changed paths:
2831    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2832    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2833    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2834
2835  * samtools-0.1.0-56
2836  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
2837  * fixed a typo in bam_index.c
2838  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
2839
2840 ------------------------------------------------------------------------
2841 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
2842 Changed paths:
2843    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2844
2845 update manual
2846
2847 ------------------------------------------------------------------------
2848 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2849 Changed paths:
2850    M /branches/dev/samtools/bam.h
2851    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2852    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2853
2854  * samtools-0.1.0-55
2855  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
2856  * removed -v from pileup
2857  * made pileup take the reference sequence
2858
2859 ------------------------------------------------------------------------
2860 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
2861 Changed paths:
2862    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2863    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2864    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2865
2866  * samtools-0.1.0-54
2867  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
2868  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
2869
2870 ------------------------------------------------------------------------
2871 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2872 Changed paths:
2873    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2874
2875 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
2876
2877 ------------------------------------------------------------------------
2878 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2879 Changed paths:
2880    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2881
2882 also calculate unordered md5sum check
2883
2884 ------------------------------------------------------------------------
2885 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2886 Changed paths:
2887    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2888
2889 fixed a minor bug when there are space in the sequence
2890
2891 ------------------------------------------------------------------------
2892 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2893 Changed paths:
2894    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2895
2896 fixed a potential memory leak
2897
2898 ------------------------------------------------------------------------
2899 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2900 Changed paths:
2901    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2902    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2903    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2904
2905  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
2906
2907 ------------------------------------------------------------------------
2908 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2909 Changed paths:
2910    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2911
2912 nothing, really
2913
2914 ------------------------------------------------------------------------
2915 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2916 Changed paths:
2917    M /branches/dev/samtools/Makefile
2918    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2919    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2920    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
2921    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
2922    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2923
2924  * fixed two warnings in kseq.h
2925  * added md5sum utilities
2926
2927 ------------------------------------------------------------------------
2928 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
2929 Changed paths:
2930    M /branches/dev/samtools/Makefile
2931    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2932    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2933    A /branches/dev/samtools/kseq.h
2934    D /branches/dev/samtools/kstream.h
2935
2936  * samtools-0.1.0-52
2937  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
2938    extra functions in kseq.h.
2939  * also compile stand-alone faidx
2940
2941 ------------------------------------------------------------------------
2942 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2943 Changed paths:
2944    M /branches/dev/samtools/bam.h
2945    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2946    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2947
2948  * samtools-0.1.0-51
2949  * sorting by read names is available
2950
2951 ------------------------------------------------------------------------
2952 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2953 Changed paths:
2954    M /branches/dev/samtools/bam.c
2955    M /branches/dev/samtools/bam.h
2956    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2957    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2958    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2959    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2960    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2961    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2962    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2963
2964  * samtools-0.1.0-50
2965  * format change to meet the latest specification
2966
2967 ------------------------------------------------------------------------
2968 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
2969 Changed paths:
2970    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2971    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2972
2973  * minor change in maqcns: special care when n==0
2974  * change maq2sam to meet the latest specification
2975
2976 ------------------------------------------------------------------------
2977 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2978 Changed paths:
2979    M /branches/dev/samtools/razf.c
2980    M /branches/dev/samtools/razf.h
2981
2982 considerable code clean up in razf
2983
2984 ------------------------------------------------------------------------
2985 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2986 Changed paths:
2987    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2988    M /branches/dev/samtools/Makefile
2989    M /branches/dev/samtools/faidx.c
2990
2991 make RAZF optional in faidx.c
2992
2993 ------------------------------------------------------------------------
2994 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
2995 Changed paths:
2996    M /branches/dev/samtools/Makefile
2997    M /branches/dev/samtools/bam.h
2998    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2999    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3000    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3001
3002  * samtools-0.1.0-49
3003  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
3004
3005 ------------------------------------------------------------------------
3006 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
3007 Changed paths:
3008    M /branches/dev/samtools/bam.c
3009    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3010    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3011    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3012    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3013    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3014
3015  * samtools-0.1.0-48
3016  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
3017  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
3018  * supporting hex strings
3019
3020 ------------------------------------------------------------------------
3021 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3022 Changed paths:
3023    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3024    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3025
3026  * samtools-0.1.0-47
3027  * fixed the bug in maqcns
3028
3029 ------------------------------------------------------------------------
3030 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3031 Changed paths:
3032    M /branches/dev/samtools/Makefile
3033    M /branches/dev/samtools/bam.h
3034    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3035    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3036    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3037    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3038    A /branches/dev/samtools/glf.h
3039
3040  * samtools-0.1.0-46
3041  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
3042
3043 ------------------------------------------------------------------------
3044 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
3045 Changed paths:
3046    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3047    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3048    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3049
3050  * samtools-0.1.0-45
3051  * tview: display padded alignment (but not P operation)
3052  * better coordinates and reference sequence
3053
3054 ------------------------------------------------------------------------
3055 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
3056 Changed paths:
3057    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3058
3059 new ChangeLog
3060
3061 ------------------------------------------------------------------------
3062 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3063 Changed paths:
3064    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
3065    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
3066
3067 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
3068 the log of my personal SVN repository.
3069
3070 ------------------------------------------------------------------------
3071 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
3072 Changed paths:
3073    M /branches/dev/samtools/Makefile
3074    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3075    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3076
3077  * samtools-0.1.0-44
3078  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
3079    missing these declarations will make bgzf buggy
3080  * get rid of some harmless warings
3081  * use BGZF by default, now
3082
3083 ------------------------------------------------------------------------
3084 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3085 Changed paths:
3086    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3087    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3088    M /branches/dev/samtools/razf.c
3089
3090  * samtools-0.1.0-43
3091  * fixed a bug in razf_read()
3092  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
3093
3094 ------------------------------------------------------------------------
3095 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3096 Changed paths:
3097    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3098
3099 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
3100
3101 ------------------------------------------------------------------------
3102 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3103 Changed paths:
3104    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3105
3106  * samtools-0.1.0-42
3107  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
3108    also update the version number anyway to avoid confusion
3109
3110 ------------------------------------------------------------------------
3111 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3112 Changed paths:
3113    M /branches/dev/samtools/razf.c
3114
3115 a change from Jue, but I think it should not matter
3116
3117 ------------------------------------------------------------------------
3118 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
3119 Changed paths:
3120    M /branches/dev/samtools/razf.c
3121
3122 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
3123 rarely happens, very rarely.
3124
3125 ------------------------------------------------------------------------
3126 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3127 Changed paths:
3128    M /branches/dev/samtools/razf.c
3129
3130 fixed a bug in razf, with the help of Jue
3131
3132 ------------------------------------------------------------------------
3133 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3134 Changed paths:
3135    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3136
3137 remove a comment
3138
3139 ------------------------------------------------------------------------
3140 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3141 Changed paths:
3142    M /branches/dev/samtools/Makefile
3143    M /branches/dev/samtools/bam.h
3144    M /branches/dev/samtools/razf.c
3145    M /branches/dev/samtools/razf.h
3146
3147  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
3148
3149 ------------------------------------------------------------------------
3150 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3151 Changed paths:
3152    A /branches/dev/samtools/samtools.1
3153
3154 the manual page
3155
3156 ------------------------------------------------------------------------
3157 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
3158 Changed paths:
3159    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3160    A /branches/dev/samtools/Makefile
3161    A /branches/dev/samtools/bam.c
3162    A /branches/dev/samtools/bam.h
3163    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3164    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
3165    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
3166    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
3167    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
3168    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3169    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3170    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3171    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
3172    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
3173    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
3174    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
3175    A /branches/dev/samtools/faidx.c
3176    A /branches/dev/samtools/faidx.h
3177    A /branches/dev/samtools/khash.h
3178    A /branches/dev/samtools/ksort.h
3179    A /branches/dev/samtools/kstream.h
3180    A /branches/dev/samtools/misc
3181    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3182    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3183    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3184    A /branches/dev/samtools/razf.c
3185    A /branches/dev/samtools/razf.h
3186    A /branches/dev/samtools/razip.c
3187    A /branches/dev/samtools/zutil.h
3188
3189 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
3190 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
3191
3192 ------------------------------------------------------------------------
3193 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3194 Changed paths:
3195    A /branches/dev/samtools
3196
3197 samtools (C version)
3198
3199 ------------------------------------------------------------------------