ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r896 | lh3lh3 | 2011-01-06 10:52:15 -0500 (Thu, 06 Jan 2011) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
   7    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
   8    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
   9
  10  * samtools-0.1.12-10 (r896)
  11  * allow to exclude read groups in mpileup
  12
  13 ------------------------------------------------------------------------
  14 r895 | lh3lh3 | 2011-01-04 11:31:29 -0500 (Tue, 04 Jan 2011) | 2 lines
  15 Changed paths:
  16    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
  17
  18 sorry. It is SP not ST
  19
  20 ------------------------------------------------------------------------
  21 r894 | lh3lh3 | 2011-01-04 11:29:06 -0500 (Tue, 04 Jan 2011) | 2 lines
  22 Changed paths:
  23    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
  24
  25 added ST
  26
  27 ------------------------------------------------------------------------
  28 r893 | petulda | 2011-01-04 06:55:56 -0500 (Tue, 04 Jan 2011) | 1 line
  29 Changed paths:
  30    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  31
  32 Fixed a typo in read_samples
  33 ------------------------------------------------------------------------
  34 r892 | jmarshall | 2010-12-28 08:06:49 -0500 (Tue, 28 Dec 2010) | 9 lines
  35 Changed paths:
  36    M /trunk/samtools/Makefile
  37    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
  38    M /trunk/samtools/examples/Makefile
  39
  40 System libraries go *after* user libraries in link commands, because
  41 the user libraries may themselves have dependencies that are satisfied
  42 by the system libraries.  It's not rocket science!
  43
  44 This makes a difference with some linkers; or with -static or --as-needed.
  45
  46 The examples/Makefile fix is from Charles Plessy.
  47 See also http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=606004
  48
  49 ------------------------------------------------------------------------
  50 r891 | lh3lh3 | 2010-12-21 12:16:33 -0500 (Tue, 21 Dec 2010) | 3 lines
  51 Changed paths:
  52    M /trunk/samtools/bamtk.c
  53    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
  54    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
  55    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  56
  57  * samtools-0.1.12-9 (r891)
  58  * allow to call SNPs from a subset of samples
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r889 | lh3lh3 | 2010-12-15 11:28:16 -0500 (Wed, 15 Dec 2010) | 3 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  64    M /trunk/samtools/bamtk.c
  65
  66  * samtools-0.1.12-12 (r889)
  67  * set mapQ as 20 if it equals 255
  68
  69 ------------------------------------------------------------------------
  70 r888 | lh3lh3 | 2010-12-14 22:41:09 -0500 (Tue, 14 Dec 2010) | 2 lines
  71 Changed paths:
  72    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  73    M /trunk/samtools/bamtk.c
  74
  75 When -B is applied to mpileup, still use paired reads only unless -A is flagged.
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r887 | lh3lh3 | 2010-12-14 22:37:05 -0500 (Tue, 14 Dec 2010) | 3 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/samtools/bam_md.c
  81    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  82    M /trunk/samtools/bamtk.c
  83
  84  * samtools-0.1.12-6 (r887)
  85  * added a hidden option -E to mpileup/calmd. -E triggers an alternative way to apply BAQ.
  86
  87 ------------------------------------------------------------------------
  88 r886 | lh3lh3 | 2010-12-14 12:51:03 -0500 (Tue, 14 Dec 2010) | 2 lines
  89 Changed paths:
  90    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  91    M /trunk/samtools/bamtk.c
  92
  93 (Arguably) improved the indel caller a tiny bit for lowCov data.
  94
  95 ------------------------------------------------------------------------
  96 r885 | petulda | 2010-12-14 04:55:46 -0500 (Tue, 14 Dec 2010) | 1 line
  97 Changed paths:
  98    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  99
 100 Fixed the VCF header to pass validation
 101 ------------------------------------------------------------------------
 102 r884 | lh3lh3 | 2010-12-12 23:02:19 -0500 (Sun, 12 Dec 2010) | 3 lines
 103 Changed paths:
 104    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 105    M /trunk/samtools/bamtk.c
 106    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 107
 108  * samtools-0.1.12-4 (r884)
 109  * fixed a long-existing flaw in the INDEL calling model
 110
 111 ------------------------------------------------------------------------
 112 r883 | lh3lh3 | 2010-12-11 20:05:42 -0500 (Sat, 11 Dec 2010) | 2 lines
 113 Changed paths:
 114    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 115    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 116    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 117
 118 compute max SP and max GQ from sample genotypes
 119
 120 ------------------------------------------------------------------------
 121 r880 | lh3lh3 | 2010-12-10 10:50:54 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 2 lines
 122 Changed paths:
 123    D /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
 124
 125 drop bcf-fix.pl as it is redundant by the latest changes
 126
 127 ------------------------------------------------------------------------
 128 r879 | lh3lh3 | 2010-12-10 10:50:29 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 3 lines
 129 Changed paths:
 130    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 131    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 132
 133  * fixed a minor issue in printing VCFs
 134  * write bcftools specific INFO and FORMAT in the header
 135
 136 ------------------------------------------------------------------------
 137 r878 | lh3lh3 | 2010-12-10 10:09:14 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 2 lines
 138 Changed paths:
 139    M /trunk/samtools/bamtk.c
 140    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 141    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 142
 143 Make sure that the GT genotype field is the first
 144
 145 ------------------------------------------------------------------------
 146 r877 | lh3lh3 | 2010-12-08 17:27:05 -0500 (Wed, 08 Dec 2010) | 7 lines
 147 Changed paths:
 148    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 149    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 150    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 151    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 152    M /trunk/samtools/bamtk.c
 153
 154  * samtools-0.1.12-2 (r877)
 155
 156  * allow to fine control the selection of indel candidates. The current
 157    setting is okay for lowCov and highCov with ~100 samples, but it
 158    skips too many indels for highCov with >250 samples.
 159
 160
 161 ------------------------------------------------------------------------
 162 r874 | lh3lh3 | 2010-12-07 22:40:35 -0500 (Tue, 07 Dec 2010) | 2 lines
 163 Changed paths:
 164    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 165
 166 a spelling error..
 167
 168 ------------------------------------------------------------------------
 169 r873 | lh3lh3 | 2010-12-07 22:39:57 -0500 (Tue, 07 Dec 2010) | 3 lines
 170 Changed paths:
 171    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 172    M /trunk/samtools/bamtk.c
 173
 174  * samtools-0.1.12-1 (r873)
 175  * added a switch to allow anomalous read pairs in calling
 176
 177 ------------------------------------------------------------------------
 178 r872 | lh3lh3 | 2010-12-07 14:43:54 -0500 (Tue, 07 Dec 2010) | 2 lines
 179 Changed paths:
 180    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 181
 182 fixed a bug in vcf2fq
 183
 184 ------------------------------------------------------------------------
 185 r869 | lh3lh3 | 2010-12-05 01:18:06 -0500 (Sun, 05 Dec 2010) | 2 lines
 186 Changed paths:
 187    M /trunk/samtools/bamtk.c
 188
 189 added a warning for the Windows version
 190
 191 ------------------------------------------------------------------------
 192 r868 | lh3lh3 | 2010-12-05 01:05:51 -0500 (Sun, 05 Dec 2010) | 4 lines
 193 Changed paths:
 194    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 195
 196 In ksprintf(), change "%lf" and "%lg" to "%f" and "%g", respectively.
 197 According to the manual page, this change is valid. However, MinGW seems
 198 to interpret "%lf" as "%Lf".
 199
 200 ------------------------------------------------------------------------
 201 r867 | lh3lh3 | 2010-12-05 00:35:43 -0500 (Sun, 05 Dec 2010) | 2 lines
 202 Changed paths:
 203    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 204    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 205
 206 bring back the windows support
 207
 208 ------------------------------------------------------------------------
 209 r866 | lh3lh3 | 2010-12-04 23:33:51 -0500 (Sat, 04 Dec 2010) | 2 lines
 210 Changed paths:
 211    M /trunk/samtools/bam_reheader.c
 212    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 213
 214 Fixed a compiling error when knetfile is not used.
 215
 216 ------------------------------------------------------------------------
 217 r865 | lh3lh3 | 2010-12-04 00:13:22 -0500 (Sat, 04 Dec 2010) | 2 lines
 218 Changed paths:
 219    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 220
 221 vcf->fastq
 222
 223 ------------------------------------------------------------------------
 224 r864 | lh3lh3 | 2010-12-03 17:12:30 -0500 (Fri, 03 Dec 2010) | 3 lines
 225 Changed paths:
 226    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 227    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 228    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 229
 230  * remove "-f". Instead always compute consensus quality
 231  * increase the upper limit of quality
 232
 233 ------------------------------------------------------------------------
 234 r863 | lh3lh3 | 2010-12-03 15:28:15 -0500 (Fri, 03 Dec 2010) | 2 lines
 235 Changed paths:
 236    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 237
 238 more informative error message
 239
 240 ------------------------------------------------------------------------
 241 r862 | lh3lh3 | 2010-12-02 16:16:08 -0500 (Thu, 02 Dec 2010) | 2 lines
 242 Changed paths:
 243    M /trunk/samtools/NEWS
 244    M /trunk/samtools/bamtk.c
 245
 246 Release samtools-0.1.12a
 247
 248 ------------------------------------------------------------------------
 249 r861 | lh3lh3 | 2010-12-02 15:55:06 -0500 (Thu, 02 Dec 2010) | 2 lines
 250 Changed paths:
 251    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 252
 253 a possible fix to DP4=0,0,0,0; have not tested, but should have no side-effect
 254
 255 ------------------------------------------------------------------------
 256 r859 | lh3lh3 | 2010-12-02 11:39:57 -0500 (Thu, 02 Dec 2010) | 2 lines
 257 Changed paths:
 258    M /trunk/samtools/NEWS
 259    M /trunk/samtools/bam_index.c
 260    M /trunk/samtools/bamtk.c
 261    M /trunk/samtools/samtools.1
 262
 263 Release samtools-0.1.12
 264
 265 ------------------------------------------------------------------------
 266 r858 | lh3lh3 | 2010-12-02 11:24:41 -0500 (Thu, 02 Dec 2010) | 4 lines
 267 Changed paths:
 268    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 269    M /trunk/samtools/bamtk.c
 270    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 271
 272  * samtools-0.1.11-1 (r858)
 273  * fixed a bug in mpileup which causes segfaults
 274  * bcftools: do not segfault when BCF contains errors
 275
 276 ------------------------------------------------------------------------
 277 r857 | lh3lh3 | 2010-11-30 23:52:50 -0500 (Tue, 30 Nov 2010) | 2 lines
 278 Changed paths:
 279    M /trunk/samtools/bam_index.c
 280
 281 fixed a memory leak in bam_fetch()
 282
 283 ------------------------------------------------------------------------
 284 r856 | lh3lh3 | 2010-11-26 00:07:31 -0500 (Fri, 26 Nov 2010) | 3 lines
 285 Changed paths:
 286    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 287    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 288
 289  * fixed a memory violation
 290  * added splitchr to vcfutils.pl
 291
 292 ------------------------------------------------------------------------
 293 r854 | lh3lh3 | 2010-11-23 09:05:08 -0500 (Tue, 23 Nov 2010) | 2 lines
 294 Changed paths:
 295    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 296
 297 fixed a typo/bug in r^2 computation
 298
 299 ------------------------------------------------------------------------
 300 r852 | lh3lh3 | 2010-11-21 22:20:20 -0500 (Sun, 21 Nov 2010) | 2 lines
 301 Changed paths:
 302    M /trunk/samtools/bamtk.c
 303
 304 forget to change the version information
 305
 306 ------------------------------------------------------------------------
 307 r851 | lh3lh3 | 2010-11-21 22:16:52 -0500 (Sun, 21 Nov 2010) | 2 lines
 308 Changed paths:
 309    M /trunk/samtools/ChangeLog
 310    M /trunk/samtools/NEWS
 311    M /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
 312    M /trunk/samtools/samtools.1
 313
 314 Release samtools-0.1.11
 315
 316 ------------------------------------------------------------------------
 317 r844 | lh3lh3 | 2010-11-19 23:16:08 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 3 lines
 318 Changed paths:
 319    M /trunk/samtools/bamtk.c
 320    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 321    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 322    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 323
 324  * samtools-0.1.10-9 (r844)
 325  * added the "folded" or reference-free mode for variant calling
 326
 327 ------------------------------------------------------------------------
 328 r843 | lh3lh3 | 2010-11-19 22:26:36 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 2 lines
 329 Changed paths:
 330    M /trunk/samtools/NEWS
 331    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 332
 333 In merging, if -R is specified, do not abort if the sequence dictionary is different.
 334
 335 ------------------------------------------------------------------------
 336 r842 | jmarshall | 2010-11-19 21:24:28 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 5 lines
 337 Changed paths:
 338    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 339
 340 When merging BAM headers, compare the list of target reference sequences
 341 strictly (and fail/abort if there is a mismatch), but allow one list to be a
 342 prefix of the other.  (i.e., check that the lists are identical up until the
 343 shorter runs out, and add the excess targets from the longer to the output.)
 344
 345 ------------------------------------------------------------------------
 346 r841 | lh3lh3 | 2010-11-19 14:49:27 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 4 lines
 347 Changed paths:
 348    M /trunk/samtools/bam_index.c
 349    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 350    M /trunk/samtools/bamtk.c
 351
 352  * samtools-0.1.10 (r841)
 353  * fixed a bug in pileup when the first CIGAR operation is D
 354  * fixed a bug in view with range query
 355
 356 ------------------------------------------------------------------------
 357 r840 | lh3lh3 | 2010-11-19 13:45:51 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 10 lines
 358 Changed paths:
 359    M /trunk/samtools/ChangeLog
 360    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 361    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 362    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 363    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 364    M /trunk/samtools/bamtk.c
 365
 366  * samtools-0.1.10-4 (r840)
 367
 368  * drop the MNP caller. It is slow while does not diliver too much
 369    benefit. Possibly I will work on it in future given more time.
 370
 371  * there is a segfault in pileup
 372
 373  * someone has reported segfault from view/index/sort
 374
 375
 376 ------------------------------------------------------------------------
 377 r839 | lh3lh3 | 2010-11-18 17:30:11 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 9 lines
 378 Changed paths:
 379    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 380    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 381    M /trunk/samtools/bamtk.c
 382
 383  * samtools-0.1.10-6 (r839)
 384
 385  * call MNPs without realignment because it seems to me that it is not
 386    worthwhile to significantly slow down SNP calling.
 387
 388  * the result looks quite different from the previous version. I have
 389    work to do...
 390
 391
 392 ------------------------------------------------------------------------
 393 r838 | lh3lh3 | 2010-11-18 11:26:09 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 2 lines
 394 Changed paths:
 395    M /trunk/samtools/knetfile.c
 396
 397 Apply a patch by Rob Davis, which improves fault detection.
 398
 399 ------------------------------------------------------------------------
 400 r836 | lh3lh3 | 2010-11-18 11:09:23 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 3 lines
 401 Changed paths:
 402    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 403    M /trunk/samtools/bamtk.c
 404
 405  * samtools-r836
 406  * initiate MNP realignment when the MNP has at least 0.2% frequency (otherwise too slow)
 407
 408 ------------------------------------------------------------------------
 409 r835 | lh3lh3 | 2010-11-18 00:25:13 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 3 lines
 410 Changed paths:
 411    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 412
 413  * modify the filtering rule: also filter SNPs around filtered indels
 414  * added MNP filter
 415
 416 ------------------------------------------------------------------------
 417 r834 | lh3lh3 | 2010-11-17 23:13:52 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 4 lines
 418 Changed paths:
 419    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 420    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 421    M /trunk/samtools/bamtk.c
 422
 423  * samtools-0.1.10-4 (r834)
 424  * fixed a silly bug in printing MNP
 425  * restrict to at most 1 alternative allele
 426
 427 ------------------------------------------------------------------------
 428 r833 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:58:58 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 2 lines
 429 Changed paths:
 430    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 431    M /trunk/samtools/bamtk.c
 432
 433 fixed a bug in printing MNPs
 434
 435 ------------------------------------------------------------------------
 436 r832 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:47:20 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 2 lines
 437 Changed paths:
 438    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 439    M /trunk/samtools/bamtk.c
 440
 441 minor change to how seqQ is applied
 442
 443 ------------------------------------------------------------------------
 444 r831 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:41:12 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 3 lines
 445 Changed paths:
 446    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 447    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 448    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 449    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 450    M /trunk/samtools/bamtk.c
 451
 452  * samtools-0.1.10 (r831)
 453  * initial MNP caller
 454
 455 ------------------------------------------------------------------------
 456 r829 | lh3lh3 | 2010-11-16 23:14:15 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 457 Changed paths:
 458    M /trunk/samtools/ChangeLog
 459    M /trunk/samtools/NEWS
 460    M /trunk/samtools/bamtk.c
 461
 462 Release samtools-0.1.10 (r829)
 463
 464 ------------------------------------------------------------------------
 465 r828 | lh3lh3 | 2010-11-16 20:48:49 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 466 Changed paths:
 467    M /trunk/samtools/bamtk.c
 468
 469 update version information: samtools-0.1.9-20 (r828)
 470
 471 ------------------------------------------------------------------------
 472 r827 | lh3lh3 | 2010-11-16 15:32:50 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 473 Changed paths:
 474    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 475
 476 bcftools: allow to skip indels
 477
 478 ------------------------------------------------------------------------
 479 r826 | lh3lh3 | 2010-11-16 14:11:58 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 480 Changed paths:
 481    M /trunk/samtools/bam_md.c
 482
 483 remove ZQ if both BQ and ZQ are present
 484
 485 ------------------------------------------------------------------------
 486 r825 | lh3lh3 | 2010-11-16 13:51:33 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 3 lines
 487 Changed paths:
 488    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 489    M /trunk/samtools/bam_md.c
 490    M /trunk/samtools/bamtk.c
 491    M /trunk/samtools/samtools.1
 492
 493  * samtools-0.1.9-18 (r825)
 494  * change the behaviour of calmd such that by default it does not change the base quality
 495
 496 ------------------------------------------------------------------------
 497 r824 | lh3lh3 | 2010-11-15 23:31:53 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 4 lines
 498 Changed paths:
 499    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 500    M /trunk/samtools/bamtk.c
 501    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 502    M /trunk/samtools/samtools.1
 503
 504  * samtools-0.1.9-17 (r824)
 505  * added command line options to change the default parameters in indel calling
 506  * update the manual
 507
 508 ------------------------------------------------------------------------
 509 r823 | lh3lh3 | 2010-11-15 12:20:13 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
 510 Changed paths:
 511    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 512    M /trunk/samtools/bam_md.c
 513    M /trunk/samtools/bamtk.c
 514
 515  * samtools-0.1.9-r823
 516  * the BQ tag is now 64 shifted, not 33 shifted
 517
 518 ------------------------------------------------------------------------
 519 r822 | lh3lh3 | 2010-11-15 00:30:18 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
 520 Changed paths:
 521    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 522    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 523    M /trunk/samtools/bamtk.c
 524    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 525    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 526
 527  * samtools-0.1.9-16 (r822)
 528  * keep the raw depth because in indel calling, DP4 may be way off the true depth
 529
 530 ------------------------------------------------------------------------
 531 r821 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:18:31 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 4 lines
 532 Changed paths:
 533    M /trunk/samtools/bam_md.c
 534    M /trunk/samtools/bamtk.c
 535
 536  * samtools-0.1.9-15 (r821)
 537  * calmd: write BQ
 538  * skip realignment if BQ is present
 539
 540 ------------------------------------------------------------------------
 541 r820 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:08:26 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 3 lines
 542 Changed paths:
 543    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 544    M /trunk/samtools/bamtk.c
 545
 546  * samtools-0.1.9-14 (r820)
 547  * penalize reads with excessive differences in indel calling
 548
 549 ------------------------------------------------------------------------
 550 r819 | lh3lh3 | 2010-11-12 21:36:27 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
 551 Changed paths:
 552    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 553    M /trunk/samtools/bamtk.c
 554
 555  * samtools-0.1.9-13 (r819)
 556  * fixed a bug in pileup given refskip
 557
 558 ------------------------------------------------------------------------
 559 r818 | lh3lh3 | 2010-11-12 13:04:53 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
 560 Changed paths:
 561    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 562    M /trunk/samtools/bamtk.c
 563
 564  * samtools-r818
 565  * for indel calling, do two rounds of probabilistic realignments
 566
 567 ------------------------------------------------------------------------
 568 r817 | lh3lh3 | 2010-11-11 20:04:07 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 3 lines
 569 Changed paths:
 570    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 571    M /trunk/samtools/bamtk.c
 572    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 573
 574  * samtools-0.1.19-11 (r817)
 575  * only initiate indel calling when 0.2% of reads contain a gap
 576
 577 ------------------------------------------------------------------------
 578 r816 | lh3lh3 | 2010-11-11 01:22:59 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 7 lines
 579 Changed paths:
 580    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 581    M /trunk/samtools/bamtk.c
 582
 583  * samtools-0.1.9-10 (r816)
 584
 585  * I know why the forward method fails. it is because of zero base
 586    qualities. when that is fixed, the forward method seems to give
 587    better results than Viterbi, as it should be. I am tired...
 588
 589
 590 ------------------------------------------------------------------------
 591 r815 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:57:15 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 2 lines
 592 Changed paths:
 593    M /trunk/samtools/ChangeLog
 594    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 595
 596 effectively revert to the viterbi version. The forward realignment gives too many false positives.
 597
 598 ------------------------------------------------------------------------
 599 r814 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:18:02 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 4 lines
 600 Changed paths:
 601    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 602    M /trunk/samtools/bam_md.c
 603    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 604    M /trunk/samtools/bamtk.c
 605
 606  * samtools-0.1.9-9 (r810)
 607  * use forward, instead of viterbi, for realignment
 608  * realignment is now quality aware
 609
 610 ------------------------------------------------------------------------
 611 r813 | lh3lh3 | 2010-11-10 22:45:24 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 612 Changed paths:
 613    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 614    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 615    M /trunk/samtools/kprobaln.h
 616
 617  * prepare to replace kaln with kprobaln in realignment
 618
 619 ------------------------------------------------------------------------
 620 r812 | lh3lh3 | 2010-11-10 17:28:50 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 621 Changed paths:
 622    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 623
 624 fixed a typo
 625
 626 ------------------------------------------------------------------------
 627 r811 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:54:46 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 628 Changed paths:
 629    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 630    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 631
 632 use zlib for direct reading when BCF_LITE is in use
 633
 634 ------------------------------------------------------------------------
 635 r810 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:32:13 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 636 Changed paths:
 637    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 638
 639  * do not use reads containing too many mismatches for indel calling
 640  * fixed a trivial bug in case of multi-allelic indels
 641
 642 ------------------------------------------------------------------------
 643 r809 | lh3lh3 | 2010-11-10 13:23:02 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 644 Changed paths:
 645    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 646    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 647    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 648    M /trunk/samtools/bamtk.c
 649
 650  * samtools-0.1.9-8 (r809)
 651  * fixed a bug in the indel caller
 652
 653 ------------------------------------------------------------------------
 654 r808 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:24:10 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 655 Changed paths:
 656    M /trunk/samtools/Makefile
 657
 658 minor change to makefile
 659
 660 ------------------------------------------------------------------------
 661 r807 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:10:21 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 4 lines
 662 Changed paths:
 663    M /trunk/samtools/Makefile
 664    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 665    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 666    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 667    M /trunk/samtools/bamtk.c
 668    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 669
 670  * samtools-0.1.9-8 (r807)
 671  * collect indel candidates only from specified platforms (@RG-PL)
 672  * merge varFilter and filter4vcf in vcfutils.pl
 673
 674 ------------------------------------------------------------------------
 675 r806 | lh3lh3 | 2010-11-09 22:05:46 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 676 Changed paths:
 677    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 678    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 679    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 680
 681 bcftools: compute equal-tail (Bayesian) credible interval
 682
 683 ------------------------------------------------------------------------
 684 r805 | lh3lh3 | 2010-11-09 16:28:39 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 685 Changed paths:
 686    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 687
 688 added a double-hit filter to avoid overestimated indel likelihood
 689
 690 ------------------------------------------------------------------------
 691 r804 | lh3lh3 | 2010-11-09 14:12:06 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 3 lines
 692 Changed paths:
 693    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 694    M /trunk/samtools/bamtk.c
 695
 696  * samtools-0.1.9-7 (r804)
 697  * fixed a bug in the gap caller
 698
 699 ------------------------------------------------------------------------
 700 r803 | lh3lh3 | 2010-11-09 10:45:33 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 4 lines
 701 Changed paths:
 702    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 703    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 704    M /trunk/samtools/bamtk.c
 705    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 706    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 707    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 708
 709  * samtools-0.1.9-6 (r803)
 710  * mpileup: apply homopolymer correction when calculating GL, instead of before
 711  * bcftools: apply a different prior to indels
 712
 713 ------------------------------------------------------------------------
 714 r802 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:53:15 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 715 Changed paths:
 716    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 717    M /trunk/samtools/bamtk.c
 718
 719  * samtools-0.1.9-5 (r802)
 720  * relax tandem penalty. this will be made a command-line option in future.
 721
 722 ------------------------------------------------------------------------
 723 r801 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:35:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 724 Changed paths:
 725    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 726    M /trunk/samtools/bamtk.c
 727
 728  * samtools-0.1.9-4 (r801)
 729  * fixed a minor issue in printing indel VCF
 730
 731 ------------------------------------------------------------------------
 732 r800 | lh3lh3 | 2010-11-08 15:28:14 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 733 Changed paths:
 734    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 735    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 736
 737 fixed another silly bug in mpileup's indel caller
 738
 739 ------------------------------------------------------------------------
 740 r799 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:28:27 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 741 Changed paths:
 742    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 743
 744 fixed a silly bug in the indel caller
 745
 746 ------------------------------------------------------------------------
 747 r798 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:07:33 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 748 Changed paths:
 749    M /trunk/samtools/ChangeLog
 750    M /trunk/samtools/sam_view.c
 751    M /trunk/samtools/samtools.1
 752
 753 Incorporate patches by Marcel Martin for read counting.
 754
 755 ------------------------------------------------------------------------
 756 r797 | lh3lh3 | 2010-11-08 13:39:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 757 Changed paths:
 758    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 759    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 760    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 761    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 762    M /trunk/samtools/bamtk.c
 763
 764  * samtools-0.1.9-2 (r797)
 765  * mpileup: indel calling seems to be working
 766
 767 ------------------------------------------------------------------------
 768 r796 | lh3lh3 | 2010-11-08 10:54:46 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 769 Changed paths:
 770    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 771    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 772    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 773    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 774    M /trunk/samtools/kaln.c
 775
 776 indel calling is apparently working, but more information needs to be collected
 777
 778 ------------------------------------------------------------------------
 779 r795 | lh3lh3 | 2010-11-08 00:39:18 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 780 Changed paths:
 781    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 782    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 783
 784 fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.
 785
 786 ------------------------------------------------------------------------
 787 r794 | lh3lh3 | 2010-11-07 22:23:16 -0500 (Sun, 07 Nov 2010) | 2 lines
 788 Changed paths:
 789    M /trunk/samtools/Makefile
 790    M /trunk/samtools/bam.h
 791    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 792    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 793    A /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 794    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 795    M /trunk/samtools/kaln.c
 796    M /trunk/samtools/kaln.h
 797
 798 prepare for the indel caller. It is not ready yet.
 799
 800 ------------------------------------------------------------------------
 801 r793 | lh3lh3 | 2010-11-05 11:28:23 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 2 lines
 802 Changed paths:
 803    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 804    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 805    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 806
 807 Revert to r790. The recent changes are not good...
 808
 809 ------------------------------------------------------------------------
 810 r792 | lh3lh3 | 2010-11-05 00:19:14 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 6 lines
 811 Changed paths:
 812    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 813    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 814    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 815
 816  * this revision is UNSTABLE
 817
 818  * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
 819    several things I do not quite understand.
 820
 821
 822 ------------------------------------------------------------------------
 823 r791 | lh3lh3 | 2010-11-04 22:58:43 -0400 (Thu, 04 Nov 2010) | 2 lines
 824 Changed paths:
 825    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 826    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 827    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 828
 829 for backup. no effective changes
 830
 831 ------------------------------------------------------------------------
 832 r790 | lh3lh3 | 2010-11-03 15:51:24 -0400 (Wed, 03 Nov 2010) | 2 lines
 833 Changed paths:
 834    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 835    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 836
 837 fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c
 838
 839 ------------------------------------------------------------------------
 840 r789 | lh3lh3 | 2010-11-02 15:41:27 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 4 lines
 841 Changed paths:
 842    M /trunk/samtools/Makefile
 843    M /trunk/samtools/bam_md.c
 844    M /trunk/samtools/kaln.c
 845    M /trunk/samtools/kaln.h
 846    A /trunk/samtools/kprobaln.c
 847    A /trunk/samtools/kprobaln.h
 848
 849 Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
 850 present, the results should be identical to the previous.
 851
 852
 853 ------------------------------------------------------------------------
 854 r788 | petulda | 2010-11-02 12:19:04 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 1 line
 855 Changed paths:
 856    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 857
 858 Added -b option: read file names from a file
 859 ------------------------------------------------------------------------
 860 r787 | lh3lh3 | 2010-10-29 23:17:22 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 7 lines
 861 Changed paths:
 862    M /trunk/samtools/bam.h
 863    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 864    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 865    M /trunk/samtools/bamtk.c
 866
 867  * samtools-0.1.9-2 (r787)
 868
 869  * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
 870    BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
 871    improved.
 872
 873
 874 ------------------------------------------------------------------------
 875 r786 | lh3lh3 | 2010-10-29 12:10:40 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 3 lines
 876 Changed paths:
 877    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 878    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 879    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 880    M /trunk/samtools/bamtk.c
 881    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 882    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 883
 884  * samtools-0.1.9-1 (r786)
 885  * samtools: optionally perform exact test for each sample
 886
 887 ------------------------------------------------------------------------
 888 r785 | lh3lh3 | 2010-10-29 09:42:25 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 2 lines
 889 Changed paths:
 890    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 891    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 892    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 893    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 894
 895 Optionally output "DP", the individual read depth
 896
 897 ------------------------------------------------------------------------
 898 r784 | lh3lh3 | 2010-10-27 23:10:27 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 899 Changed paths:
 900    M /trunk/samtools/samtools.1
 901
 902 acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.
 903
 904 ------------------------------------------------------------------------
 905 r783 | lh3lh3 | 2010-10-27 22:47:47 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 906 Changed paths:
 907    M /trunk/samtools/ChangeLog
 908    M /trunk/samtools/NEWS
 909    M /trunk/samtools/bamtk.c
 910    M /trunk/samtools/samtools.1
 911
 912 Release samtools-0.1.9 (r783)
 913
 914 ------------------------------------------------------------------------
 915 r782 | lh3lh3 | 2010-10-27 19:58:54 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 916 Changed paths:
 917    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 918
 919 fixed a silly bug in pileup
 920
 921 ------------------------------------------------------------------------
 922 r781 | lh3lh3 | 2010-10-27 14:39:48 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 5 lines
 923 Changed paths:
 924    M /trunk/samtools/ChangeLog
 925    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 926    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 927    M /trunk/samtools/bamtk.c
 928    M /trunk/samtools/samtools.1
 929
 930  * samtools-0.1.8-22 (r781)
 931  * made BAQ the default behavior of mpileup
 932  * updated manual
 933  * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.
 934
 935 ------------------------------------------------------------------------
 936 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 937 Changed paths:
 938    M /trunk/samtools/bam.h
 939    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 940    M /trunk/samtools/bamtk.c
 941
 942  * samtools-0.1.8-21 (r780)
 943  * minor speedup to pileup
 944
 945 ------------------------------------------------------------------------
 946 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 947 Changed paths:
 948    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 949    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 950    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 951
 952 improve pileup a little bit
 953
 954 ------------------------------------------------------------------------
 955 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 956 Changed paths:
 957    M /trunk/samtools/bam.h
 958    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 959    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 960    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 961    M /trunk/samtools/bamtk.c
 962
 963  * samtools-0.1.8-20 (r778)
 964  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
 965
 966 ------------------------------------------------------------------------
 967 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
 968 Changed paths:
 969    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 970    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 971    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 972    M /trunk/samtools/bamtk.c
 973    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 974
 975  * samtools-0.1.8-19 (r777)
 976  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
 977
 978 ------------------------------------------------------------------------
 979 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
 980 Changed paths:
 981    M /trunk/samtools/bam_md.c
 982
 983 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
 984
 985 ------------------------------------------------------------------------
 986 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
 987 Changed paths:
 988    M /trunk/samtools/sam_view.c
 989
 990 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
 991 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
 992
 993 ------------------------------------------------------------------------
 994 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
 995 Changed paths:
 996    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 997    M /trunk/samtools/kaln.c
 998
 999  * Minor code changes. No real effect.
1000  * change quality to 30 in toy.sam
1001
1002 ------------------------------------------------------------------------
1003 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
1004 Changed paths:
1005    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
1006    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
1007
1008 added another toy example
1009
1010 ------------------------------------------------------------------------
1011 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
1012 Changed paths:
1013    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1014    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
1015    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1016
1017 improve the LD statistics
1018
1019 ------------------------------------------------------------------------
1020 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
1021 Changed paths:
1022    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1023    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1024
1025  * a minor fix to the -L option
1026  * add ldstats to vcfutils.pl
1027
1028 ------------------------------------------------------------------------
1029 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
1030 Changed paths:
1031    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1032
1033 a minor change
1034
1035 ------------------------------------------------------------------------
1036 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
1037 Changed paths:
1038    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1039    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
1040
1041 forget to add the key file
1042
1043 ------------------------------------------------------------------------
1044 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
1045 Changed paths:
1046    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1047    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1048    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1049    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1050    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1051    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1052
1053  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
1054  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
1055  * calculate adjacent LD
1056
1057 ------------------------------------------------------------------------
1058 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
1059 Changed paths:
1060    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1061
1062 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
1063
1064 ------------------------------------------------------------------------
1065 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
1066 Changed paths:
1067    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1068    M /trunk/samtools/kaln.c
1069
1070  * removed a comment line in kaln.c
1071  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
1072
1073 ------------------------------------------------------------------------
1074 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
1075 Changed paths:
1076    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
1077
1078 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
1079 ------------------------------------------------------------------------
1080 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
1081 Changed paths:
1082    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1083    M /trunk/samtools/bamtk.c
1084    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
1085    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1086    M /trunk/samtools/samtools.1
1087
1088  * samtools-0.1.8-18 (r763)
1089  * added bcftools manual page
1090  * minor fix to mpileup and view command lines
1091
1092 ------------------------------------------------------------------------
1093 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
1094 Changed paths:
1095    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1096    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1097    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1098
1099  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
1100  * allow to call genotypes at variant sites
1101
1102 ------------------------------------------------------------------------
1103 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
1104 Changed paths:
1105    M /trunk/samtools/kaln.c
1106    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
1107
1108 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
1109 being conservative here is a good thing...
1110
1111 ------------------------------------------------------------------------
1112 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
1113 Changed paths:
1114    M /trunk/samtools/bamtk.c
1115    M /trunk/samtools/kaln.c
1116    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
1117
1118  * samtools-0.1.8-17 (r760)
1119  * the default gap open penalty is too small (a typo)
1120  * added comments on hmm_realn
1121  * Java implementation
1122
1123 ------------------------------------------------------------------------
1124 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
1125 Changed paths:
1126    M /trunk/samtools/bamtk.c
1127
1128 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
1129
1130 ------------------------------------------------------------------------
1131 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
1132 Changed paths:
1133    M /trunk/samtools/kaln.c
1134
1135 round to the nearest integer
1136
1137 ------------------------------------------------------------------------
1138 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
1139 Changed paths:
1140    M /trunk/samtools/kaln.c
1141
1142 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
1143 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
1144 multiplication. OK. I will stop.
1145
1146 ------------------------------------------------------------------------
1147 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
1148 Changed paths:
1149    M /trunk/samtools/kaln.c
1150
1151 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
1152
1153 ------------------------------------------------------------------------
1154 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
1155 Changed paths:
1156    M /trunk/samtools/kaln.c
1157
1158 minor changes
1159
1160 ------------------------------------------------------------------------
1161 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
1162 Changed paths:
1163    M /trunk/samtools/bam_md.c
1164    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1165    M /trunk/samtools/kaln.c
1166
1167 prob_realn() seems working!
1168
1169 ------------------------------------------------------------------------
1170 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
1171 Changed paths:
1172    M /trunk/samtools/kaln.c
1173
1174 minor
1175
1176 ------------------------------------------------------------------------
1177 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
1178 Changed paths:
1179    M /trunk/samtools/kaln.c
1180    M /trunk/samtools/kaln.h
1181
1182 Convert phredQ to probabilities
1183
1184 ------------------------------------------------------------------------
1185 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
1186 Changed paths:
1187    M /trunk/samtools/kaln.c
1188    M /trunk/samtools/kaln.h
1189
1190 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
1191
1192 ------------------------------------------------------------------------
1193 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
1194 Changed paths:
1195    M /trunk/samtools/kaln.c
1196
1197 improve numerical stability
1198
1199 ------------------------------------------------------------------------
1200 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
1201 Changed paths:
1202    M /trunk/samtools/kaln.c
1203
1204 more comments
1205
1206 ------------------------------------------------------------------------
1207 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
1208 Changed paths:
1209    M /trunk/samtools/kaln.c
1210
1211 fixed a bug in banded DP
1212
1213 ------------------------------------------------------------------------
1214 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
1215 Changed paths:
1216    M /trunk/samtools/kaln.c
1217
1218  * fixed that weird issue.
1219  * the banded version is NOT working
1220
1221 ------------------------------------------------------------------------
1222 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
1223 Changed paths:
1224    M /trunk/samtools/kaln.c
1225
1226 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
1227
1228 ------------------------------------------------------------------------
1229 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
1230 Changed paths:
1231    M /trunk/samtools/kaln.c
1232
1233 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
1234 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
1235 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
1236 the implementation may not be obvious.
1237
1238
1239 ------------------------------------------------------------------------
1240 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
1241 Changed paths:
1242    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1243    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1244    M /trunk/samtools/kaln.c
1245    M /trunk/samtools/kaln.h
1246
1247 ...
1248
1249 ------------------------------------------------------------------------
1250 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
1251 Changed paths:
1252    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1253
1254 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
1255 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
1256
1257 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
1258 to samtools merge's exit status.
1259
1260 ------------------------------------------------------------------------
1261 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
1262 Changed paths:
1263    M /trunk/samtools/bam_index.c
1264
1265 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
1266 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
1267 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
1268 call, so the cost is insignificant in the normal case.
1269
1270 ------------------------------------------------------------------------
1271 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
1272 Changed paths:
1273    M /trunk/samtools/bam.c
1274    M /trunk/samtools/bam.h
1275
1276 Add bam_validate1().
1277
1278 ------------------------------------------------------------------------
1279 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
1280 Changed paths:
1281    M /trunk/samtools/bam_md.c
1282    M /trunk/samtools/bamtk.c
1283
1284  * samtools-0.1.8-15 (r379)
1285  * allow to change capQ parameter in calmd
1286
1287 ------------------------------------------------------------------------
1288 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
1289 Changed paths:
1290    M /trunk/samtools/bam_index.c
1291    M /trunk/samtools/sam_view.c
1292
1293 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
1294 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
1295 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
1296 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
1297 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
1298 returned) indicates corrupted input.
1299
1300 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
1301
1302 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
1303 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
1304 to the .bam file it is being used with.
1305
1306 ------------------------------------------------------------------------
1307 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
1308 Changed paths:
1309    M /trunk/samtools/bam_index.c
1310
1311 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
1312 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
1313
1314 ------------------------------------------------------------------------
1315 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
1316 Changed paths:
1317    M /trunk/samtools/bam.h
1318    M /trunk/samtools/bam_index.c
1319    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1320
1321  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
1322
1323 ------------------------------------------------------------------------
1324 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
1325 Changed paths:
1326    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1327
1328 improve qstats by checking the alleles as well
1329
1330 ------------------------------------------------------------------------
1331 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
1332 Changed paths:
1333    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1334
1335 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
1336
1337 ------------------------------------------------------------------------
1338 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
1339 Changed paths:
1340    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1341
1342 hapmap2vcf convertor
1343
1344 ------------------------------------------------------------------------
1345 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
1346 Changed paths:
1347    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1348    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1349    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1350    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1351
1352  * added comments
1353  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
1354
1355 ------------------------------------------------------------------------
1356 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
1357 Changed paths:
1358    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1359    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1360    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1361    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1362    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1363    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1364
1365  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
1366
1367 ------------------------------------------------------------------------
1368 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
1369 Changed paths:
1370    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1371    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1372    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1373
1374 fixed a bug in indexing
1375
1376 ------------------------------------------------------------------------
1377 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1378 Changed paths:
1379    M /trunk/samtools/bam.c
1380    M /trunk/samtools/bam_md.c
1381    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1382
1383  * fixed a bug in capQ
1384  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
1385
1386 ------------------------------------------------------------------------
1387 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1388 Changed paths:
1389    M /trunk/samtools/bgzip.c
1390    M /trunk/samtools/razip.c
1391
1392  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
1393  * copy tabix/bgzip to here
1394
1395 ------------------------------------------------------------------------
1396 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1397 Changed paths:
1398    M /trunk/samtools/bam_md.c
1399    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1400    M /trunk/samtools/bamtk.c
1401
1402  * samtools-0.1.8-14 (r727)
1403  * allow to change the capQ parameter at the command line
1404
1405 ------------------------------------------------------------------------
1406 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
1407 Changed paths:
1408    M /trunk/samtools/bam_md.c
1409    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1410    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1411    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1412
1413  * added varFilter to vcfutils.pl
1414  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
1415  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
1416
1417 ------------------------------------------------------------------------
1418 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
1419 Changed paths:
1420    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1421    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
1422    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1423
1424  * convert BCF to QCALL input
1425
1426 ------------------------------------------------------------------------
1427 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1428 Changed paths:
1429    M /trunk/samtools/bam_md.c
1430
1431 dynamic band width in realignment
1432
1433 ------------------------------------------------------------------------
1434 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1435 Changed paths:
1436    M /trunk/samtools/bam_md.c
1437    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1438
1439 fixed a bug in realignment
1440
1441 ------------------------------------------------------------------------
1442 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1443 Changed paths:
1444    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1445
1446 fixed a minor issue
1447
1448 ------------------------------------------------------------------------
1449 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1450 Changed paths:
1451    M /trunk/samtools/Makefile
1452    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1453    M /trunk/samtools/bam_md.c
1454
1455 fixed a bug in realignment
1456
1457 ------------------------------------------------------------------------
1458 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1459 Changed paths:
1460    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1461
1462 minor changes. It is BUGGY now!
1463
1464 ------------------------------------------------------------------------
1465 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
1466 Changed paths:
1467    M /trunk/samtools/bam_md.c
1468    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1469    M /trunk/samtools/kaln.c
1470    M /trunk/samtools/kaln.h
1471
1472  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
1473  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
1474  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
1475
1476 ------------------------------------------------------------------------
1477 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1478 Changed paths:
1479    M /trunk/samtools
1480
1481 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
1482
1483 ------------------------------------------------------------------------
1484 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
1485 Changed paths:
1486    M /trunk/samtools
1487    M /trunk/samtools/bcftools
1488    M /trunk/samtools/misc
1489
1490 Add svn:ignore properties listing the generated files.
1491 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
1492
1493 ------------------------------------------------------------------------
1494 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
1495 Changed paths:
1496    M /trunk/samtools/bamtk.c
1497    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1498    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1499    M /trunk/samtools/sample.c
1500    M /trunk/samtools/sample.h
1501
1502  * samtools-0.1.8-13 (r715)
1503  * fixed a bug in identifying SM across files
1504  * bcftools: estimate heterozygosity
1505  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
1506
1507 ------------------------------------------------------------------------
1508 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
1509 Changed paths:
1510    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1511    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1512    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1513    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1514
1515 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
1516
1517 ------------------------------------------------------------------------
1518 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
1519 Changed paths:
1520    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1521    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1522    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1523    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1524
1525  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
1526  * fixed a bug in the contrast caller
1527  * calculate heterozygosity
1528
1529 ------------------------------------------------------------------------
1530 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1531 Changed paths:
1532    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1533    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1534    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1535
1536 SNP calling from the GL field
1537
1538 ------------------------------------------------------------------------
1539 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1540 Changed paths:
1541    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1542
1543 fixed another problem
1544
1545 ------------------------------------------------------------------------
1546 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
1547 Changed paths:
1548    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1549    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1550
1551  * fixed bugs in parsing VCF
1552  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
1553
1554 ------------------------------------------------------------------------
1555 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1556 Changed paths:
1557    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1558    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1559
1560 Do not compile _BCF_QUAD by default
1561
1562 ------------------------------------------------------------------------
1563 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1564 Changed paths:
1565    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1566    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1567    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1568    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1569
1570 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
1571
1572 ------------------------------------------------------------------------
1573 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1574 Changed paths:
1575    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1576
1577 more commands for my own uses
1578
1579 ------------------------------------------------------------------------
1580 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1581 Changed paths:
1582    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1583
1584 Utilities for processing VCF
1585
1586 ------------------------------------------------------------------------
1587 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1588 Changed paths:
1589    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1590    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1591    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1592    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1593
1594 preliminary contrast variant caller
1595
1596 ------------------------------------------------------------------------
1597 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1598 Changed paths:
1599    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1600    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1601    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1602
1603 z' and z'' can be calculated
1604
1605 ------------------------------------------------------------------------
1606 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
1607 Changed paths:
1608    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1609    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
1610    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1611    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1612
1613  * rename vcfout.c as call1.c
1614  * prepare to add two-sample comparison
1615
1616 ------------------------------------------------------------------------
1617 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1618 Changed paths:
1619    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1620
1621 fixed a bug in calculating the t statistics
1622
1623 ------------------------------------------------------------------------
1624 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
1625 Changed paths:
1626    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1627    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1628    M /trunk/samtools/bamtk.c
1629    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1630    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1631
1632  * samtools-0.1.8-13 (r698)
1633  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
1634
1635 ------------------------------------------------------------------------
1636 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1637 Changed paths:
1638    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1639
1640 added regularized incomplete beta function
1641
1642 ------------------------------------------------------------------------
1643 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1644 Changed paths:
1645    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1646    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1647
1648 change the default correlation coefficient
1649
1650 ------------------------------------------------------------------------
1651 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1652 Changed paths:
1653    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1654    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1655
1656 print QUAL as floating numbers
1657
1658 ------------------------------------------------------------------------
1659 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1660 Changed paths:
1661    M /trunk/samtools/Makefile
1662    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1663    M /trunk/samtools/bamtk.c
1664    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1665    A /trunk/samtools/sample.c
1666    A /trunk/samtools/sample.h
1667
1668  * samtools-0.1.8-12 (r692)
1669  * group data by samples in "mpileup -g"
1670
1671 ------------------------------------------------------------------------
1672 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1673 Changed paths:
1674    M /trunk/samtools/Makefile
1675    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
1676    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
1677    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1678
1679 remove VCF output in mpileup
1680
1681 ------------------------------------------------------------------------
1682 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1683 Changed paths:
1684    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1685    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1686
1687  * use the revised MAQ error model for mpileup
1688  * prepare to remove the independent model from mpileup
1689
1690 ------------------------------------------------------------------------
1691 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
1692 Changed paths:
1693    M /trunk/samtools/Makefile
1694    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1695    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1696    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1697    A /trunk/samtools/errmod.c
1698    A /trunk/samtools/errmod.h
1699    M /trunk/samtools/ksort.h
1700
1701 added revised MAQ error model
1702
1703 ------------------------------------------------------------------------
1704 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
1705 Changed paths:
1706    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1707    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1708    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1709
1710 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
1711
1712 ------------------------------------------------------------------------
1713 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
1714 Changed paths:
1715    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1716    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1717
1718  * write a little more VCF header
1719  * concatenate BCFs
1720
1721 ------------------------------------------------------------------------
1722 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
1723 Changed paths:
1724    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1725    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1726    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1727
1728 use float for QUAL
1729
1730 ------------------------------------------------------------------------
1731 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
1732 Changed paths:
1733    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1734    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1735
1736 faster for large sample size (in principle)
1737
1738 ------------------------------------------------------------------------
1739 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
1740 Changed paths:
1741    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1742
1743  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
1744  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
1745  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
1746
1747 ------------------------------------------------------------------------
1748 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
1749 Changed paths:
1750    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1751
1752 fixed an issue in parsing integer
1753
1754 ------------------------------------------------------------------------
1755 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1756 Changed paths:
1757    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1758
1759 do not print refname if file is converted from VCF
1760
1761 ------------------------------------------------------------------------
1762 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
1763 Changed paths:
1764    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1765
1766  * parse PL
1767  * fixed a bug in parsing VCF
1768
1769 ------------------------------------------------------------------------
1770 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1771 Changed paths:
1772    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1773    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1774    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1775    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1776    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1777    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1778    M /trunk/samtools/bgzf.c
1779    M /trunk/samtools/kstring.c
1780
1781  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
1782  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
1783  * improved view interface
1784
1785 ------------------------------------------------------------------------
1786 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1787 Changed paths:
1788    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1789    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1790    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1791    M /trunk/samtools/kstring.c
1792    M /trunk/samtools/kstring.h
1793
1794  * improved kstring (added kstrtok)
1795  * removed the limit on the format string length in bcftools
1796  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
1797
1798 ------------------------------------------------------------------------
1799 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1800 Changed paths:
1801    A /trunk/samtools/bcftools/README
1802    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1803
1804 help messages
1805
1806 ------------------------------------------------------------------------
1807 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1808 Changed paths:
1809    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1810
1811 perform single-tail test for ED4
1812
1813 ------------------------------------------------------------------------
1814 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1815 Changed paths:
1816    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1817    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1818    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1819
1820  * test depth, end distance and HWE
1821
1822 ------------------------------------------------------------------------
1823 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1824 Changed paths:
1825    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1826
1827 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
1828
1829 ------------------------------------------------------------------------
1830 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1831 Changed paths:
1832    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1833    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1834    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1835    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1836    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1837    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1838
1839  * bcftools: add HWE (no testing for now)
1840  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
1841
1842 ------------------------------------------------------------------------
1843 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1844 Changed paths:
1845    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1846
1847  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
1848  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
1849
1850 ------------------------------------------------------------------------
1851 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1852 Changed paths:
1853    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1854
1855 Fisher's exact test
1856
1857 ------------------------------------------------------------------------
1858 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1859 Changed paths:
1860    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1861    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1862    M /trunk/samtools/bamtk.c
1863    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1864
1865  * samtools-0.1.8-11 (r672)
1866  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
1867
1868 ------------------------------------------------------------------------
1869 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1870 Changed paths:
1871    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1872    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1873    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1874
1875  * the code base is stablized again.
1876  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
1877
1878 ------------------------------------------------------------------------
1879 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1880 Changed paths:
1881    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1882
1883 minor
1884
1885 ------------------------------------------------------------------------
1886 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1887 Changed paths:
1888    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1889
1890 unfinished vcf parser
1891
1892 ------------------------------------------------------------------------
1893 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1894 Changed paths:
1895    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1896    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1897    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1898    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1899    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1900    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1901    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1902    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1903
1904  * added prelimiary VCF parser (not finished)
1905  * change struct a bit
1906
1907 ------------------------------------------------------------------------
1908 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1909 Changed paths:
1910    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1911    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1912    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1913    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1914
1915  * allow to set min base q
1916  * fixed a bug in mpileup -u
1917
1918 ------------------------------------------------------------------------
1919 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1920 Changed paths:
1921    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1922
1923 spec
1924
1925 ------------------------------------------------------------------------
1926 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1927 Changed paths:
1928    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1929
1930 added more examples
1931
1932 ------------------------------------------------------------------------
1933 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1934 Changed paths:
1935    M /trunk/samtools/Makefile
1936    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1937    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1938    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1939
1940 fixed compilation error
1941
1942 ------------------------------------------------------------------------
1943 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1944 Changed paths:
1945    M /trunk/samtools/Makefile
1946    D /trunk/samtools/bcf.c
1947    D /trunk/samtools/bcf.h
1948    A /trunk/samtools/bcftools
1949    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1950    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1951    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1952    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1953    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1954    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1955    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1956    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1957    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1958
1959 move bcftools to samtools
1960
1961 ------------------------------------------------------------------------
1962 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1963 Changed paths:
1964    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1965
1966 fixed another minor bug
1967
1968 ------------------------------------------------------------------------
1969 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1970 Changed paths:
1971    M /trunk/samtools/bamtk.c
1972    M /trunk/samtools/bcf.c
1973
1974  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1975  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1976
1977 ------------------------------------------------------------------------
1978 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1979 Changed paths:
1980    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1981    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1982
1983  * fixed a bug
1984  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1985
1986 ------------------------------------------------------------------------
1987 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1988 Changed paths:
1989    M /trunk/bcftools/bcf.c
1990    M /trunk/samtools/bcf.c
1991
1992 missing a column in VCF output...
1993
1994 ------------------------------------------------------------------------
1995 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1996 Changed paths:
1997    M /trunk/samtools/bcf.c
1998
1999 fixed a memory leak
2000
2001 ------------------------------------------------------------------------
2002 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
2003 Changed paths:
2004    M /trunk/samtools/bcf.c
2005
2006 fixed a bug in bcf reader
2007
2008 ------------------------------------------------------------------------
2009 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
2010 Changed paths:
2011    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
2012
2013 fixed a bug
2014
2015 ------------------------------------------------------------------------
2016 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
2017 Changed paths:
2018    M /trunk/samtools/Makefile
2019    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
2020    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
2021    M /trunk/samtools/bamtk.c
2022
2023  * samtools-0.1.8-9 (r649)
2024  * lossless representation of PL in BCF output
2025
2026 ------------------------------------------------------------------------
2027 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
2028 Changed paths:
2029    M /trunk/samtools/Makefile
2030    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
2031    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
2032    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2033    A /trunk/samtools/bcf.c
2034    A /trunk/samtools/bcf.h
2035
2036 Generate binary VCF
2037
2038 ------------------------------------------------------------------------
2039 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
2040 Changed paths:
2041    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2042    M /trunk/samtools/bamtk.c
2043
2044  * samtools-0.1.8-8 (r644)
2045  * mpileup becomes a little stable again
2046  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
2047  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
2048
2049 ------------------------------------------------------------------------
2050 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
2051 Changed paths:
2052    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2053
2054  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
2055  * I am going to clean up mcns a little bit
2056
2057 ------------------------------------------------------------------------
2058 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
2059 Changed paths:
2060    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2061    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
2062    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2063
2064 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
2065
2066 ------------------------------------------------------------------------
2067 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
2068 Changed paths:
2069    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2070
2071 NOT ready yet. Going to make further changes...
2072
2073 ------------------------------------------------------------------------
2074 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
2075 Changed paths:
2076    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2077    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2078    M /trunk/samtools/bamtk.c
2079
2080  * samtools-0.1.8-7 (r639)
2081  * fixed the reference allele assignment
2082
2083 ------------------------------------------------------------------------
2084 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
2085 Changed paths:
2086    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2087    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
2088    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2089    M /trunk/samtools/bamtk.c
2090
2091  * samtools-0.1.8-6 (r638)
2092  * skip isnan/isinf in case of float underflow
2093  * added the flat prior
2094  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
2095
2096 ------------------------------------------------------------------------
2097 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
2098 Changed paths:
2099    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2100
2101 minor changes
2102
2103 ------------------------------------------------------------------------
2104 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
2105 Changed paths:
2106    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2107    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
2108    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2109    M /trunk/samtools/bamtk.c
2110
2111 minor tweaks
2112
2113 ------------------------------------------------------------------------
2114 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
2115 Changed paths:
2116    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2117    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
2118    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2119
2120 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
2121
2122 ------------------------------------------------------------------------
2123 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
2124 Changed paths:
2125    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2126
2127 another minor fix to mpileup
2128
2129 ------------------------------------------------------------------------
2130 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
2131 Changed paths:
2132    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2133
2134 added the format column
2135
2136 ------------------------------------------------------------------------
2137 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
2138 Changed paths:
2139    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2140    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
2141    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2142    M /trunk/samtools/bamtk.c
2143
2144 added an alternative prior
2145
2146 ------------------------------------------------------------------------
2147 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
2148 Changed paths:
2149    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2150    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
2151    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2152
2153 calculate posterior allele frequency
2154
2155 ------------------------------------------------------------------------
2156 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
2157 Changed paths:
2158    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2159    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2160    M /trunk/samtools/bamtk.c
2161
2162  * samtools-0.1.8-3 (r627)
2163  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
2164
2165 ------------------------------------------------------------------------
2166 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
2167 Changed paths:
2168    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2169    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
2170    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2171    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2172
2173  * preliminary multisample SNP caller.
2174  * something looks not so right, but it largely works
2175
2176 ------------------------------------------------------------------------
2177 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
2178 Changed paths:
2179    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
2180    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2181    M /trunk/samtools/bamtk.c
2182
2183  * samtools-0.1.8-2 (r617)
2184  * allele frequency calculation apparently works...
2185
2186 ------------------------------------------------------------------------
2187 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
2188 Changed paths:
2189    M /trunk/samtools/Makefile
2190    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
2191    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
2192    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2193
2194  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
2195  * improved the mpileup interface
2196
2197 ------------------------------------------------------------------------
2198 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
2199 Changed paths:
2200    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2201    M /trunk/samtools/bamtk.c
2202    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2203
2204  * samtools-0.1.8-1 (r615)
2205  * allow to get mpileup at required sites
2206
2207 ------------------------------------------------------------------------
2208 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
2209 Changed paths:
2210    M /trunk/samtools/ChangeLog
2211    M /trunk/samtools/NEWS
2212    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2213    M /trunk/samtools/bamtk.c
2214    M /trunk/samtools/samtools.1
2215
2216 Release samtools-0.1.8
2217
2218 ------------------------------------------------------------------------
2219 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
2220 Changed paths:
2221    M /trunk/samtools/knetfile.c
2222
2223 fixed a compiling issue for Windows
2224
2225 ------------------------------------------------------------------------
2226 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
2227 Changed paths:
2228    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2229
2230 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
2231
2232 ------------------------------------------------------------------------
2233 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
2234 Changed paths:
2235    M /trunk/samtools/NEWS
2236    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2237
2238 change the command line option of pileup
2239
2240 ------------------------------------------------------------------------
2241 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
2242 Changed paths:
2243    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2244    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
2245    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
2246
2247 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
2248
2249 ------------------------------------------------------------------------
2250 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
2251 Changed paths:
2252    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2253    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2254    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2255    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2256
2257  * make tview more friendly
2258  * a temporary remedy for an issue in indel calling
2259
2260 ------------------------------------------------------------------------
2261 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
2262 Changed paths:
2263    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2264    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2265    M /trunk/samtools/bamtk.c
2266
2267  * samtools-0.1.7-r607
2268  * improved the genotype accuracy for indels
2269  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
2270
2271 ------------------------------------------------------------------------
2272 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
2273 Changed paths:
2274    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2275
2276 removed a debugging example
2277
2278 ------------------------------------------------------------------------
2279 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
2280 Changed paths:
2281    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2282    M /trunk/samtools/bamtk.c
2283
2284  * samtools-.1.7-18 (r605)
2285  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
2286    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
2287
2288 ------------------------------------------------------------------------
2289 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
2290 Changed paths:
2291    M /trunk/samtools/bam.h
2292    M /trunk/samtools/bam_index.c
2293    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2294
2295 fixed a minor bug in idxstats
2296
2297 ------------------------------------------------------------------------
2298 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
2299 Changed paths:
2300    M /trunk/samtools/bam_index.c
2301
2302 fixed a minor bug in indexing
2303
2304 ------------------------------------------------------------------------
2305 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
2306 Changed paths:
2307    M /trunk/samtools/ChangeLog
2308    M /trunk/samtools/bam.c
2309
2310 change printf() to puts in exporting
2311
2312 ------------------------------------------------------------------------
2313 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
2314 Changed paths:
2315    M /trunk/samtools/bamtk.c
2316
2317 minor fix. No actual effect.
2318
2319 ------------------------------------------------------------------------
2320 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
2321 Changed paths:
2322    M /trunk/samtools/Makefile
2323
2324 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
2325
2326 ------------------------------------------------------------------------
2327 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
2328 Changed paths:
2329    M /trunk/samtools/ChangeLog
2330    M /trunk/samtools/bam_index.c
2331    M /trunk/samtools/bamtk.c
2332
2333  * samtools-0.1.7-17 (r596)
2334  * also keep the number of coor-less reads in the index file
2335
2336 ------------------------------------------------------------------------
2337 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
2338 Changed paths:
2339    M /trunk/samtools/bam_index.c
2340    M /trunk/samtools/bamtk.c
2341
2342  * samtools-0.1.7-16 (r595)
2343  * write additional information to bam index
2344
2345 ------------------------------------------------------------------------
2346 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
2347 Changed paths:
2348    M /trunk/samtools/bam_index.c
2349
2350 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
2351
2352 ------------------------------------------------------------------------
2353 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
2354 Changed paths:
2355    M /trunk/samtools/bam.h
2356    M /trunk/samtools/bam_index.c
2357    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2358    M /trunk/samtools/samtools.1
2359
2360 rename iterf as iter
2361
2362 ------------------------------------------------------------------------
2363 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
2364 Changed paths:
2365    M /trunk/samtools/ChangeLog
2366    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2367    M /trunk/samtools/bam_index.c
2368    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2369    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2370    M /trunk/samtools/bamtk.c
2371
2372  * samtools-0.1.7-15 (r592)
2373  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
2374  * improved the functionality of mpileup
2375
2376 ------------------------------------------------------------------------
2377 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
2378 Changed paths:
2379    M /trunk/samtools/bam.h
2380    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2381    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2382    M /trunk/samtools/bamtk.c
2383
2384  * samtools-0.1.7-14 (r591)
2385  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
2386
2387 ------------------------------------------------------------------------
2388 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
2389 Changed paths:
2390    M /trunk/samtools/bam.h
2391    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2392    M /trunk/samtools/bamtk.c
2393
2394  * samtools-0.1.7-13 (r590)
2395  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
2396
2397 ------------------------------------------------------------------------
2398 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2399 Changed paths:
2400    M /trunk/samtools/bam.h
2401    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2402    M /trunk/samtools/bamtk.c
2403
2404  * samtools-0.1.7-12 (r589)
2405  * added iterator-like APIs for pileup
2406
2407 ------------------------------------------------------------------------
2408 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2409 Changed paths:
2410    M /trunk/samtools/bam_index.c
2411    M /trunk/samtools/bamtk.c
2412
2413  * samtools-0.1.7-11 (r588)
2414  * ported a few improvements from tabix back to samtools
2415
2416 ------------------------------------------------------------------------
2417 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2418 Changed paths:
2419    M /trunk/samtools/bam.h
2420    M /trunk/samtools/bam_index.c
2421    M /trunk/samtools/bamtk.c
2422
2423  * samtools-0.1.7-10 (r587)
2424  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
2425
2426 ------------------------------------------------------------------------
2427 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2428 Changed paths:
2429    M /trunk/samtools/Makefile
2430    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
2431    M /trunk/samtools/bamtk.c
2432    M /trunk/samtools/bgzf.c
2433
2434  * samtools-0.1.7-9 (r586)
2435  * added "reheader" to replace the BAM header
2436
2437 ------------------------------------------------------------------------
2438 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2439 Changed paths:
2440    M /trunk/samtools/bam.c
2441    M /trunk/samtools/bamtk.c
2442    M /trunk/samtools/kstring.h
2443
2444  * samtools-0.1.7-8 (r585)
2445  * speed up "view"
2446
2447 ------------------------------------------------------------------------
2448 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
2449 Changed paths:
2450    M /trunk/samtools/bam.c
2451    M /trunk/samtools/bamtk.c
2452    M /trunk/samtools/bgzf.c
2453    M /trunk/samtools/bgzf.h
2454    M /trunk/samtools/kstring.h
2455    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2456
2457  * samtools-0.1.7-7 (r584)
2458  * ported tabix BGZF to samtools
2459  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
2460
2461 ------------------------------------------------------------------------
2462 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
2463 Changed paths:
2464    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
2465
2466 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
2467 ------------------------------------------------------------------------
2468 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
2469 Changed paths:
2470    M /trunk/samtools/samtools.1
2471
2472 Added a note about the indels coordinates
2473 ------------------------------------------------------------------------
2474 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
2475 Changed paths:
2476    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2477
2478 Added the possibility to print or not to print the reference allele
2479 ------------------------------------------------------------------------
2480 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
2481 Changed paths:
2482    M /trunk/samtools/sam_header.c
2483
2484 More descriptive message for space separated tags
2485 ------------------------------------------------------------------------
2486 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
2487 Changed paths:
2488    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2489
2490 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
2491 ------------------------------------------------------------------------
2492 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
2493 Changed paths:
2494    M /trunk/samtools/sam_header.c
2495
2496 Fixed the order of sequences in the header
2497 ------------------------------------------------------------------------
2498 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
2499 Changed paths:
2500    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2501
2502 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
2503 ------------------------------------------------------------------------
2504 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
2505 Changed paths:
2506    M /trunk/samtools/bam.c
2507
2508 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
2509 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
2510 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
2511
2512 ------------------------------------------------------------------------
2513 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
2514 Changed paths:
2515    M /trunk/samtools/AUTHORS
2516    M /trunk/samtools/bam.h
2517    M /trunk/samtools/bam_import.c
2518    M /trunk/samtools/sam_header.c
2519
2520 Improved efficiency of header parsing
2521 ------------------------------------------------------------------------
2522 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
2523 Changed paths:
2524    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2525
2526 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
2527
2528
2529 ------------------------------------------------------------------------
2530 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
2531 Changed paths:
2532    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2533
2534 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
2535 ------------------------------------------------------------------------
2536 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
2537 Changed paths:
2538    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2539
2540 Print an error for pileups in simple format
2541 ------------------------------------------------------------------------
2542 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
2543 Changed paths:
2544    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2545
2546 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
2547
2548 ------------------------------------------------------------------------
2549 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2550 Changed paths:
2551    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2552
2553 Added possibility to specify a custom column title for the data column
2554 ------------------------------------------------------------------------
2555 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2556 Changed paths:
2557    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2558
2559 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
2560 ------------------------------------------------------------------------
2561 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
2562 Changed paths:
2563    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2564
2565 Added VCF header
2566 ------------------------------------------------------------------------
2567 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
2568 Changed paths:
2569    M /trunk/samtools/ChangeLog
2570    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2571    M /trunk/samtools/bamtk.c
2572    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2573    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2574
2575  * samtools-0.1.7-6
2576  * fixed a bug in faidx
2577
2578 ------------------------------------------------------------------------
2579 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
2580 Changed paths:
2581    M /trunk/samtools/faidx.c
2582
2583 Put the right filename in the error message.
2584
2585 ------------------------------------------------------------------------
2586 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
2587 Changed paths:
2588    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2589    M /trunk/samtools/bamtk.c
2590
2591  * samtools-0.1.7-5 (r528)
2592  * further add new consensus generation strategy
2593
2594 ------------------------------------------------------------------------
2595 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2596 Changed paths:
2597    M /trunk/samtools/knetfile.c
2598
2599 Fixed a bug in knet_seek
2600 ------------------------------------------------------------------------
2601 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2602 Changed paths:
2603    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2604
2605 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
2606 ------------------------------------------------------------------------
2607 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2608 Changed paths:
2609    M /trunk/samtools/sam_header.c
2610
2611 Allow tabs in the CO header field
2612 ------------------------------------------------------------------------
2613 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
2614 Changed paths:
2615    M /trunk/samtools/Makefile
2616    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2617
2618 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
2619 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
2620
2621 ------------------------------------------------------------------------
2622 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
2623 Changed paths:
2624    M /trunk/samtools/Makefile
2625    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2626
2627 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
2628 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
2629 facilitate non-knet builds.
2630
2631 ------------------------------------------------------------------------
2632 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2633 Changed paths:
2634    M /trunk/samtools/bamtk.c
2635    M /trunk/samtools/sam_view.c
2636
2637  * samtools-0.1.7-4 (r522)
2638  * fixed a bug in "view -r"
2639  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
2640
2641 ------------------------------------------------------------------------
2642 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
2643 Changed paths:
2644    M /trunk/samtools/bam_md.c
2645    M /trunk/samtools/bamtk.c
2646
2647  * samtools-0.1.7-3 (r521)
2648  * calmd: optionally mask matching bases as N
2649
2650 ------------------------------------------------------------------------
2651 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2652 Changed paths:
2653    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2654    M /trunk/samtools/bamtk.c
2655    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2656
2657  * samtools-0.1.7-2 (r520)
2658  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
2659  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
2660
2661 ------------------------------------------------------------------------
2662 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
2663 Changed paths:
2664    M /trunk/samtools/Makefile
2665
2666 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
2667 as well, even with old-fashioned linkers.
2668
2669 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
2670 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
2671
2672 ------------------------------------------------------------------------
2673 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2674 Changed paths:
2675    M /trunk/samtools/Makefile
2676    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2677
2678 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
2679
2680 ------------------------------------------------------------------------
2681 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2682 Changed paths:
2683    M /trunk/samtools/bam_index.c
2684
2685 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
2686
2687 ------------------------------------------------------------------------
2688 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
2689 Changed paths:
2690    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
2691
2692 another example program
2693
2694 ------------------------------------------------------------------------
2695 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
2696 Changed paths:
2697    M /trunk/samtools/bam_import.c
2698    M /trunk/samtools/bamtk.c
2699    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2700    M /trunk/samtools/sam.c
2701
2702  * samtools-0.1.7-1 (r515)
2703  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
2704
2705 ------------------------------------------------------------------------
2706 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
2707 Changed paths:
2708    M /trunk/samtools/bam.c
2709
2710 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
2711
2712 ------------------------------------------------------------------------
2713 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2714 Changed paths:
2715    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2716
2717 Update Makefile.mingw for the same reason
2718
2719 ------------------------------------------------------------------------
2720 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2721 Changed paths:
2722    M /trunk/samtools/Makefile
2723
2724 Fixed a bug in compiling razip
2725
2726 ------------------------------------------------------------------------
2727 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
2728 Changed paths:
2729    M /trunk/samtools/ChangeLog
2730    M /trunk/samtools/NEWS
2731    M /trunk/samtools/bamtk.c
2732    M /trunk/samtools/samtools.1
2733
2734 Release samtools-0.1.7 (r510)
2735
2736 ------------------------------------------------------------------------
2737 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2738 Changed paths:
2739    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2740    M /trunk/samtools/bamtk.c
2741
2742  * samtools-0.1.6-22 (r509)
2743  * forget to fix a similar problem in glfgen
2744
2745 ------------------------------------------------------------------------
2746 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2747 Changed paths:
2748    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2749    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2750    M /trunk/samtools/bamtk.c
2751    M /trunk/samtools/sam_view.c
2752
2753  * samtools-0.1.6-21 (r508)
2754  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
2755
2756 ------------------------------------------------------------------------
2757 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
2758 Changed paths:
2759    M /trunk/samtools/bamtk.c
2760    M /trunk/samtools/sam_view.c
2761
2762  * samtools-0.1.6-19 (r494)
2763  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
2764
2765 ------------------------------------------------------------------------
2766 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
2767 Changed paths:
2768    M /trunk/samtools/Makefile
2769    M /trunk/samtools/bam.c
2770    M /trunk/samtools/bam_import.c
2771    M /trunk/samtools/bamtk.c
2772    M /trunk/samtools/sam.c
2773    M /trunk/samtools/sam_header.c
2774
2775  * samtools-0.1.6-18 (r493)
2776  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
2777  * a little code clean up in sam_header.c
2778
2779 ------------------------------------------------------------------------
2780 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
2781 Changed paths:
2782    M /trunk/samtools/sam_header.c
2783
2784 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
2785 ------------------------------------------------------------------------
2786 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2787 Changed paths:
2788    M /trunk/samtools/sam_view.c
2789
2790  * BUGGY VERSION
2791  * fixed a minor bug
2792
2793 ------------------------------------------------------------------------
2794 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
2795 Changed paths:
2796    M /trunk/samtools/bam.c
2797    M /trunk/samtools/bam.h
2798    M /trunk/samtools/bam_import.c
2799    M /trunk/samtools/sam.c
2800
2801  * BUGGY VERSION
2802  * improved the interface a bit
2803  * bug unfixed
2804
2805 ------------------------------------------------------------------------
2806 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2807 Changed paths:
2808    M /trunk/samtools/bam_import.c
2809    M /trunk/samtools/sam_header.c
2810    M /trunk/samtools/sam_header.h
2811
2812  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
2813  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
2814
2815 ------------------------------------------------------------------------
2816 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2817 Changed paths:
2818    M /trunk/samtools/Makefile
2819    M /trunk/samtools/bam.c
2820    M /trunk/samtools/bam.h
2821    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2822    M /trunk/samtools/bam_import.c
2823    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2824    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2825    M /trunk/samtools/kaln.c
2826    M /trunk/samtools/sam.c
2827    M /trunk/samtools/sam_header.c
2828    M /trunk/samtools/sam_header.h
2829    M /trunk/samtools/sam_view.c
2830
2831  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
2832  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
2833
2834 ------------------------------------------------------------------------
2835 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
2836 Changed paths:
2837    M /trunk/samtools/sam_header.c
2838    M /trunk/samtools/sam_header.h
2839
2840 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
2841 ------------------------------------------------------------------------
2842 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2843 Changed paths:
2844    M /trunk/samtools/sam_header.c
2845
2846
2847 ------------------------------------------------------------------------
2848 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2849 Changed paths:
2850    A /trunk/samtools/sam_header.c
2851    A /trunk/samtools/sam_header.h
2852
2853
2854 ------------------------------------------------------------------------
2855 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
2856 Changed paths:
2857    M /trunk/samtools/bam_import.c
2858    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2859    M /trunk/samtools/bamtk.c
2860    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2861
2862  * samtools-0.1.6-17 (r484)
2863  * fixed a memory leak in rmdupse
2864  * fixed a bug in parsing @RG header lines
2865  * test rmdup in examples/
2866
2867 ------------------------------------------------------------------------
2868 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2869 Changed paths:
2870    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2871    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2872    M /trunk/samtools/bamtk.c
2873
2874  * samtools-0.1.6-16 (r483)
2875  * unify the interface of rmdup and rmdupse
2876  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
2877
2878 ------------------------------------------------------------------------
2879 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2880 Changed paths:
2881    M /trunk/samtools/bam.h
2882    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2883    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2884    M /trunk/samtools/bamtk.c
2885    A /trunk/samtools/klist.h
2886
2887  * samtools-0.1.6-15 (r482)
2888  * rewrite rmdupse
2889  * rmdupse is now library aware
2890
2891 ------------------------------------------------------------------------
2892 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
2893 Changed paths:
2894    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2895    M /trunk/samtools/bamtk.c
2896
2897  * samtools-0.1.6-14 (r480)
2898  * rmdup is now RG aware
2899
2900 ------------------------------------------------------------------------
2901 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
2902 Changed paths:
2903    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2904
2905 added a small unitity to parse SRA XML files
2906
2907 ------------------------------------------------------------------------
2908 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
2909 Changed paths:
2910    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2911    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2912    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2913    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2914    M /trunk/samtools/bamtk.c
2915
2916  * samtools-0.1.6-13 (r479)
2917  * merge: optionally use file names as RG tags
2918
2919 ------------------------------------------------------------------------
2920 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
2921 Changed paths:
2922    M /trunk/samtools/bam.c
2923    M /trunk/samtools/bam.h
2924    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2925    M /trunk/samtools/bamtk.c
2926    M /trunk/samtools/kaln.c
2927
2928  * samtools-0.1.6-12 (r478)
2929  * fixed a bug in the indel caller
2930
2931 ------------------------------------------------------------------------
2932 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
2933 Changed paths:
2934    M /trunk/samtools/bam_index.c
2935    M /trunk/samtools/bamtk.c
2936
2937  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2938  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2939
2940 ------------------------------------------------------------------------
2941 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2942 Changed paths:
2943    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2944
2945 Added the sam2vcf.pl script.
2946 ------------------------------------------------------------------------
2947 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2948 Changed paths:
2949    M /trunk/samtools/Makefile
2950    M /trunk/samtools/bam.c
2951    M /trunk/samtools/bam.h
2952    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2953    M /trunk/samtools/bamtk.c
2954    A /trunk/samtools/kaln.c
2955    A /trunk/samtools/kaln.h
2956
2957 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2958
2959 ------------------------------------------------------------------------
2960 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2961 Changed paths:
2962    M /trunk/samtools/knetfile.c
2963
2964 Removed the offending knet_seek message.
2965 ------------------------------------------------------------------------
2966 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2967 Changed paths:
2968    M /trunk/samtools/knetfile.c
2969    M /trunk/samtools/razf.c
2970
2971 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2972 ------------------------------------------------------------------------
2973 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2974 Changed paths:
2975    M /trunk/samtools/samtools.1
2976
2977 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2978
2979 ------------------------------------------------------------------------
2980 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2981 Changed paths:
2982    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2983
2984 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2985
2986 ------------------------------------------------------------------------
2987 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2988 Changed paths:
2989    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2990    M /trunk/samtools/bamtk.c
2991    M /trunk/samtools/knetfile.c
2992    M /trunk/samtools/knetfile.h
2993
2994  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2995  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2996
2997 ------------------------------------------------------------------------
2998 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2999 Changed paths:
3000    M /trunk/samtools/bam_index.c
3001    M /trunk/samtools/bamtk.c
3002
3003  * samtools-0.1.6-9 (r469)
3004  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
3005
3006 ------------------------------------------------------------------------
3007 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
3008 Changed paths:
3009    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3010    M /trunk/samtools/bamtk.c
3011    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3012
3013  * samtools-0.1.6-7 (r468)
3014  * make merge stable
3015
3016 ------------------------------------------------------------------------
3017 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
3018 Changed paths:
3019    M /trunk/samtools/bgzf.c
3020    M /trunk/samtools/bgzip.c
3021    M /trunk/samtools/razf.c
3022    M /trunk/samtools/razip.c
3023
3024 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
3025 ------------------------------------------------------------------------
3026 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
3027 Changed paths:
3028    M /trunk/samtools/ChangeLog
3029    M /trunk/samtools/bam_md.c
3030    M /trunk/samtools/bamtk.c
3031
3032  * samtools-0.1.6-6 (r466)
3033  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
3034
3035 ------------------------------------------------------------------------
3036 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
3037 Changed paths:
3038    M /trunk/samtools/bam.c
3039    M /trunk/samtools/knetfile.c
3040
3041 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
3042 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
3043
3044 ------------------------------------------------------------------------
3045 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
3046 Changed paths:
3047    M /trunk/samtools/knetfile.c
3048    M /trunk/samtools/razf.c
3049
3050 A bug fix, "samtools view" is now working again.
3051 ------------------------------------------------------------------------
3052 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
3053 Changed paths:
3054    M /trunk/samtools/bamtk.c
3055    M /trunk/samtools/faidx.c
3056    M /trunk/samtools/knetfile.c
3057    M /trunk/samtools/knetfile.h
3058    M /trunk/samtools/razf.c
3059    M /trunk/samtools/razf.h
3060
3061  * samtools-0.1.6-5 (r462)
3062  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
3063
3064 ------------------------------------------------------------------------
3065 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
3066 Changed paths:
3067    M /trunk/samtools/samtools.1
3068
3069 fixed a formatting issue
3070
3071 ------------------------------------------------------------------------
3072 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
3073 Changed paths:
3074    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3075    M /trunk/samtools/bamtk.c
3076
3077  * samtools-0.1.6-4 (r459)
3078  * make sort output the result to stdout when -o is in use
3079
3080 ------------------------------------------------------------------------
3081 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
3082 Changed paths:
3083    M /trunk/samtools/bamtk.c
3084    M /trunk/samtools/faidx.c
3085    M /trunk/samtools/faidx.h
3086    M /trunk/samtools/samtools.1
3087
3088  * samtools-0.1.6-2 (r458)
3089  * added more interface to faidx (by Nils)
3090  * updated documentation
3091
3092 ------------------------------------------------------------------------
3093 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
3094 Changed paths:
3095    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3096    M /trunk/samtools/bamtk.c
3097
3098  * samtools-0.1.6-2 (r457)
3099  * get rid of three assert() in bam_sort.c
3100
3101 ------------------------------------------------------------------------
3102 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
3103 Changed paths:
3104    M /trunk/samtools/razf.c
3105
3106 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
3107 when opening the file fails.
3108
3109 ------------------------------------------------------------------------
3110 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
3111 Changed paths:
3112    M /trunk/samtools/ChangeLog
3113    M /trunk/samtools/NEWS
3114    M /trunk/samtools/bamtk.c
3115    M /trunk/samtools/samtools.1
3116    D /trunk/samtools/source.dot
3117
3118 Release samtools-0.1.6
3119
3120 ------------------------------------------------------------------------
3121 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
3122 Changed paths:
3123    M /trunk/samtools/bam_md.c
3124    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3125    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3126    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3127    M /trunk/samtools/bamtk.c
3128    M /trunk/samtools/samtools.1
3129
3130  * samtools-0.1.5-34 (r451)
3131  * applied the patch by John
3132  * improved the help message a little bit
3133
3134 ------------------------------------------------------------------------
3135 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
3136 Changed paths:
3137    M /trunk/samtools/bam_color.c
3138    M /trunk/samtools/bamtk.c
3139
3140  * samtools-0.1.5-33 (r450)
3141  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
3142
3143 ------------------------------------------------------------------------
3144 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
3145 Changed paths:
3146    M /trunk/samtools/bam_import.c
3147    M /trunk/samtools/bam_md.c
3148    M /trunk/samtools/bamtk.c
3149    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3150
3151  * samtools-0.1.5-32 (r449)
3152  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
3153  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
3154
3155 ------------------------------------------------------------------------
3156 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
3157 Changed paths:
3158    M /trunk/samtools/ChangeLog
3159    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3160    M /trunk/samtools/bamtk.c
3161    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3162
3163  * samtools-0.1.5-31 (r448)
3164  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
3165
3166 ------------------------------------------------------------------------
3167 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
3168 Changed paths:
3169    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3170    M /trunk/samtools/bamtk.c
3171
3172  * samtools-0.1.5-30 (r447)
3173  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
3174
3175 ------------------------------------------------------------------------
3176 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
3177 Changed paths:
3178    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3179    M /trunk/samtools/bamtk.c
3180
3181  *
3182
3183 ------------------------------------------------------------------------
3184 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
3185 Changed paths:
3186    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3187    M /trunk/samtools/bamtk.c
3188
3189  * samtools-0.1.5-28 (r444)
3190  * bug in "merge -n"
3191
3192 ------------------------------------------------------------------------
3193 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
3194 Changed paths:
3195    M /trunk/samtools/bam.c
3196    M /trunk/samtools/bam_import.c
3197    M /trunk/samtools/bamtk.c
3198
3199  * samtools-0.1.5-27 (r443)
3200  * SEQ and QUAL can be "*"
3201  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
3202
3203 ------------------------------------------------------------------------
3204 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
3205 Changed paths:
3206    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3207    M /trunk/samtools/bamtk.c
3208    M /trunk/samtools/misc/md5.c
3209    M /trunk/samtools/misc/md5.h
3210    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
3211
3212  * samtools-0.1.5-26 (r442)
3213  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
3214  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
3215
3216 ------------------------------------------------------------------------
3217 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
3218 Changed paths:
3219    M /trunk/samtools/bgzf.c
3220    M /trunk/samtools/bgzf.h
3221    M /trunk/samtools/bgzip.c
3222
3223 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
3224
3225 ------------------------------------------------------------------------
3226 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
3227 Changed paths:
3228    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3229    M /trunk/samtools/bamtk.c
3230
3231  * samtools-0.1.5-25 (r436)
3232  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
3233
3234 ------------------------------------------------------------------------
3235 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
3236 Changed paths:
3237    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3238
3239 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
3240
3241 ------------------------------------------------------------------------
3242 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
3243 Changed paths:
3244    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3245
3246 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
3247
3248 ------------------------------------------------------------------------
3249 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
3250 Changed paths:
3251    M /trunk/samtools/bamtk.c
3252    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3253    M /trunk/samtools/sam_view.c
3254
3255  * samtools-0.1.5-24 (r435)
3256  * fixed a typo
3257
3258 ------------------------------------------------------------------------
3259 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
3260 Changed paths:
3261    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3262    M /trunk/samtools/bamtk.c
3263
3264  * samtools-0.1.5-23 (r434)
3265  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
3266
3267 ------------------------------------------------------------------------
3268 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
3269 Changed paths:
3270    M /trunk/samtools/knetfile.c
3271
3272  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
3273  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
3274
3275 ------------------------------------------------------------------------
3276 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
3277 Changed paths:
3278    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
3279    M /trunk/samtools/bamtk.c
3280    M /trunk/samtools/faidx.c
3281    M /trunk/samtools/razf.c
3282    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
3283    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
3284
3285  * samtools-0.1.5-22 (r432)
3286  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
3287  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
3288  * PDCurses support in Windows
3289
3290 ------------------------------------------------------------------------
3291 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
3292 Changed paths:
3293    M /trunk/samtools/win32/libz.a
3294
3295 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
3296
3297 ------------------------------------------------------------------------
3298 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
3299 Changed paths:
3300    M /trunk/samtools/knetfile.c
3301
3302 add comments
3303
3304 ------------------------------------------------------------------------
3305 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
3306 Changed paths:
3307    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
3308    M /trunk/samtools/bamtk.c
3309    M /trunk/samtools/knetfile.c
3310    M /trunk/samtools/knetfile.h
3311
3312  * samtools-0.1.5-21 (r428)
3313  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
3314
3315 ------------------------------------------------------------------------
3316 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
3317 Changed paths:
3318    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
3319
3320 simplify MinGW Makefile
3321
3322 ------------------------------------------------------------------------
3323 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
3324 Changed paths:
3325    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
3326    M /trunk/samtools/bam_import.c
3327    M /trunk/samtools/bamtk.c
3328    A /trunk/samtools/win32
3329    A /trunk/samtools/win32/libz.a
3330    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
3331    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
3332
3333  * samtools-0.1.5-20 (r427)
3334  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
3335    functionality are not tested at the moment.
3336  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
3337
3338 ------------------------------------------------------------------------
3339 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
3340 Changed paths:
3341    M /trunk/samtools/bamtk.c
3342    M /trunk/samtools/sam_view.c
3343
3344  * samtools-0.1.5-19 (r426)
3345  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
3346
3347 ------------------------------------------------------------------------
3348 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
3349 Changed paths:
3350    M /trunk/samtools/bgzf.c
3351
3352 compatible with Windows binary files
3353
3354 ------------------------------------------------------------------------
3355 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
3356 Changed paths:
3357    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3358    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3359    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3360    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3361    M /trunk/samtools/bamtk.c
3362    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3363
3364  * samtools-0.1.5-18 (r423)
3365  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
3366    of debugging at the moment
3367  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
3368
3369 ------------------------------------------------------------------------
3370 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
3371 Changed paths:
3372    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
3373
3374 convert BLAT psl to SAM.
3375
3376 ------------------------------------------------------------------------
3377 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
3378 Changed paths:
3379    M /trunk/samtools/ChangeLog
3380    M /trunk/samtools/bam.c
3381    M /trunk/samtools/bamtk.c
3382    M /trunk/samtools/bgzf.c
3383    M /trunk/samtools/bgzf.h
3384    M /trunk/samtools/knetfile.c
3385    M /trunk/samtools/sam.c
3386    M /trunk/samtools/sam_view.c
3387
3388  * samtools-0.1.5-17 (r422)
3389  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
3390  * write an empty BGZF block to every BGZF file
3391  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
3392  * update ChangeLog
3393
3394 ------------------------------------------------------------------------
3395 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
3396 Changed paths:
3397    M /trunk/samtools/bam_import.c
3398    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3399    M /trunk/samtools/bamtk.c
3400    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3401    M /trunk/samtools/sam.c
3402    M /trunk/samtools/sam.h
3403    M /trunk/samtools/sam_view.c
3404
3405  * samtools-0.1.5-16 (r421)
3406  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
3407
3408 ------------------------------------------------------------------------
3409 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
3410 Changed paths:
3411    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3412
3413 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
3414
3415 ------------------------------------------------------------------------
3416 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
3417 Changed paths:
3418    M /trunk/samtools/bam_import.c
3419    M /trunk/samtools/bamtk.c
3420    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3421    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3422
3423  * samtools-0.1.5-15 (r419)
3424  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
3425  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
3426  * add "unique" command to samtools.pl
3427
3428 ------------------------------------------------------------------------
3429 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
3430 Changed paths:
3431    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3432
3433 skip @header lines in SAM
3434
3435 ------------------------------------------------------------------------
3436 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3437 Changed paths:
3438    M /trunk/samtools/bamtk.c
3439    M /trunk/samtools/sam_view.c
3440
3441  * samtools-0.1.5-14 (r417)
3442  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
3443
3444 ------------------------------------------------------------------------
3445 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3446 Changed paths:
3447    M /trunk/samtools/bam.c
3448    M /trunk/samtools/bam.h
3449    M /trunk/samtools/bam_import.c
3450    M /trunk/samtools/bamtk.c
3451    M /trunk/samtools/sam.c
3452    M /trunk/samtools/sam.h
3453    M /trunk/samtools/sam_view.c
3454
3455  * samtools-0.1.5-17 (r416)
3456  * support import/export SAM with string tags
3457
3458 ------------------------------------------------------------------------
3459 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3460 Changed paths:
3461    M /trunk/samtools/bam.c
3462    M /trunk/samtools/bam.h
3463    M /trunk/samtools/bam_import.c
3464    M /trunk/samtools/bamtk.c
3465    M /trunk/samtools/sam.c
3466    M /trunk/samtools/sam.h
3467    M /trunk/samtools/sam_view.c
3468
3469  * samtools-0.1.5-12 (r415)
3470  * FLAG now can be in HEX
3471
3472 ------------------------------------------------------------------------
3473 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
3474 Changed paths:
3475    M /trunk/samtools/kstring.h
3476
3477 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
3478
3479 ------------------------------------------------------------------------
3480 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
3481 Changed paths:
3482    M /trunk/samtools/kstring.c
3483    M /trunk/samtools/kstring.h
3484
3485 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
3486
3487 ------------------------------------------------------------------------
3488 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
3489 Changed paths:
3490    M /trunk/samtools/bam_index.c
3491
3492 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
3493
3494 ------------------------------------------------------------------------
3495 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3496 Changed paths:
3497    M /trunk/samtools/bam_md.c
3498    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3499    M /trunk/samtools/bamtk.c
3500    M /trunk/samtools/bgzf.c
3501
3502  * samtools-0.1.5-11 (r408)
3503  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
3504    from fillmd.
3505  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
3506
3507 ------------------------------------------------------------------------
3508 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3509 Changed paths:
3510    M /trunk/samtools/bam.h
3511    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3512    M /trunk/samtools/bam_md.c
3513    M /trunk/samtools/bamtk.c
3514    M /trunk/samtools/sam.h
3515
3516  * samtools-0.1.5-10 (r407)
3517  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
3518  * fillmd: generate the NM tag
3519  * fillmd: cmd interface improvement
3520
3521 ------------------------------------------------------------------------
3522 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
3523 Changed paths:
3524    M /trunk/samtools/Makefile
3525
3526 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
3527
3528 ------------------------------------------------------------------------
3529 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3530 Changed paths:
3531    M /trunk/samtools/Makefile
3532    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3533    M /trunk/samtools/bamtk.c
3534
3535  * samtools-0.1.5-9 (r405)
3536  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
3537
3538 ------------------------------------------------------------------------
3539 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3540 Changed paths:
3541    M /trunk/samtools/Makefile
3542    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3543    M /trunk/samtools/bamtk.c
3544
3545  * samtools-0.1.5-8 (r404)
3546  * compatible with PDCurses
3547
3548 ------------------------------------------------------------------------
3549 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3550 Changed paths:
3551    M /trunk/samtools/bamtk.c
3552    M /trunk/samtools/kseq.h
3553
3554  * samtools-0.1.5-7 (r403)
3555  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
3556
3557 ------------------------------------------------------------------------
3558 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
3559 Changed paths:
3560    M /trunk/samtools/bam_import.c
3561    M /trunk/samtools/bam_index.c
3562    M /trunk/samtools/bamtk.c
3563    M /trunk/samtools/bgzf.c
3564
3565  * samtools-0.1.5-6 (r402)
3566  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
3567  * improve portability to MinGW
3568
3569 ------------------------------------------------------------------------
3570 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3571 Changed paths:
3572    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
3573    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
3574    D /trunk/samtools/bam_lite.c
3575
3576  * move bam_lite.c to bam-lite
3577  * copy bam.h to bam-lite
3578
3579 ------------------------------------------------------------------------
3580 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3581 Changed paths:
3582    M /trunk/samtools/bam.h
3583    M /trunk/samtools/bam_lite.c
3584    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3585    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3586    M /trunk/samtools/bamtk.c
3587
3588  * samtools-0.1.5-5 (r395)
3589  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
3590
3591 ------------------------------------------------------------------------
3592 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3593 Changed paths:
3594    M /trunk/samtools/bamtk.c
3595    M /trunk/samtools/knetfile.c
3596    M /trunk/samtools/knetfile.h
3597
3598  * samtools-0.1.5-4 (r394)
3599  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
3600
3601 ------------------------------------------------------------------------
3602 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
3603 Changed paths:
3604    M /trunk/samtools/bam_index.c
3605    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3606    M /trunk/samtools/bamtk.c
3607    M /trunk/samtools/knetfile.c
3608    M /trunk/samtools/knetfile.h
3609
3610  * samtools-0.1.5-3 (r393)
3611  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
3612  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
3613    not seen the sideeffect so far.
3614
3615 ------------------------------------------------------------------------
3616 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
3617 Changed paths:
3618    M /trunk/samtools/samtools.1
3619
3620 Remove the warning in tview
3621
3622 ------------------------------------------------------------------------
3623 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3624 Changed paths:
3625    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3626    M /trunk/samtools/bamtk.c
3627
3628  * samtools-0.1.5-2 (r391)
3629  * do not show a blank screen when no reads mapped
3630
3631 ------------------------------------------------------------------------
3632 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
3633 Changed paths:
3634    M /trunk/samtools/bam.h
3635    A /trunk/samtools/bam_lite.c
3636    M /trunk/samtools/bamtk.c
3637
3638  * samtools-0.1.5-1 (r390)
3639  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
3640  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
3641
3642 ------------------------------------------------------------------------
3643 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3644 Changed paths:
3645    M /trunk/samtools/bamtk.c
3646    M /trunk/samtools/knetfile.c
3647
3648 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
3649
3650 ------------------------------------------------------------------------
3651 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3652 Changed paths:
3653    M /trunk/samtools/bamtk.c
3654    M /trunk/samtools/sam.c
3655
3656 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
3657
3658 ------------------------------------------------------------------------
3659 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3660 Changed paths:
3661    M /trunk/samtools/Makefile
3662    M /trunk/samtools/bam.h
3663    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3664    M /trunk/samtools/bamtk.c
3665
3666 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
3667
3668 ------------------------------------------------------------------------
3669 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3670 Changed paths:
3671    M /trunk/samtools/ChangeLog
3672    M /trunk/samtools/NEWS
3673    M /trunk/samtools/bamtk.c
3674    M /trunk/samtools/samtools.1
3675
3676 Release samtools-0.1.5
3677
3678 ------------------------------------------------------------------------
3679 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
3680 Changed paths:
3681    M /trunk/samtools/bamtk.c
3682    M /trunk/samtools/sam.c
3683
3684  * samtools-0.1.4-23 (r372)
3685  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
3686
3687 ------------------------------------------------------------------------
3688 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
3689 Changed paths:
3690    M /trunk/samtools/samtools.1
3691
3692 update documentation
3693
3694 ------------------------------------------------------------------------
3695 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
3696 Changed paths:
3697    M /trunk/samtools/Makefile
3698
3699 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
3700
3701 ------------------------------------------------------------------------
3702 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
3703 Changed paths:
3704    M /trunk/samtools/ChangeLog
3705    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3706    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3707    M /trunk/samtools/bamtk.c
3708
3709  * samtools-0.1.4-22 (r369)
3710  * in pileup, optionally print E2 and U2
3711  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
3712
3713 ------------------------------------------------------------------------
3714 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
3715 Changed paths:
3716    M /trunk/samtools/bam.c
3717    M /trunk/samtools/bam.h
3718    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3719    M /trunk/samtools/bam_index.c
3720    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3721    M /trunk/samtools/bam_md.c
3722    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3723    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3724    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3725    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3726    M /trunk/samtools/bamtk.c
3727    M /trunk/samtools/faidx.c
3728    M /trunk/samtools/faidx.h
3729    M /trunk/samtools/glf.c
3730
3731  * samtools-0.1.4-21 (r368)
3732  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
3733    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
3734    inconsistency. I was just a bit lazy.
3735  * small memory leak may be present on failure, though
3736
3737 ------------------------------------------------------------------------
3738 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3739 Changed paths:
3740    M /trunk/samtools/knetfile.c
3741
3742 reduce the chance of blocking in FTP connection
3743
3744 ------------------------------------------------------------------------
3745 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3746 Changed paths:
3747    M /trunk/samtools/knetfile.c
3748
3749 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
3750
3751 ------------------------------------------------------------------------
3752 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3753 Changed paths:
3754    M /trunk/samtools/bam_index.c
3755    M /trunk/samtools/bamtk.c
3756    M /trunk/samtools/knetfile.c
3757    M /trunk/samtools/knetfile.h
3758
3759  * samtools-0.1.4-20 (r365)
3760  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
3761
3762 ------------------------------------------------------------------------
3763 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3764 Changed paths:
3765    M /trunk/samtools/bamtk.c
3766    M /trunk/samtools/knetfile.c
3767
3768  * samtools-0.1.4-19 (r364)
3769  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
3770
3771 ------------------------------------------------------------------------
3772 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
3773 Changed paths:
3774    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3775    M /trunk/samtools/bamtk.c
3776    M /trunk/samtools/bgzf.c
3777    M /trunk/samtools/bgzf.h
3778    M /trunk/samtools/knetfile.c
3779    M /trunk/samtools/knetfile.h
3780
3781  * samtools-0.1.4-18 (r363)
3782  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
3783  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
3784
3785 ------------------------------------------------------------------------
3786 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3787 Changed paths:
3788    M /trunk/samtools/bgzf.c
3789
3790 write changelog
3791
3792 ------------------------------------------------------------------------
3793 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3794 Changed paths:
3795    M /trunk/samtools/bam_index.c
3796    M /trunk/samtools/bamtk.c
3797
3798  * samtools-0.1.4-17 (r361)
3799  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
3800
3801 ------------------------------------------------------------------------
3802 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
3803 Changed paths:
3804    M /trunk/samtools/Makefile
3805    M /trunk/samtools/bam_import.c
3806    M /trunk/samtools/bam_index.c
3807    M /trunk/samtools/bamtk.c
3808    M /trunk/samtools/bgzf.c
3809    M /trunk/samtools/bgzf.h
3810    M /trunk/samtools/knetfile.c
3811    M /trunk/samtools/knetfile.h
3812
3813  * samtools-0.1.4-16 (r360)
3814  * report more information in index when the input is not sorted
3815  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
3816  * support knetfile library in BGZF
3817
3818 ------------------------------------------------------------------------
3819 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3820 Changed paths:
3821    M /trunk/samtools/knetfile.c
3822    M /trunk/samtools/knetfile.h
3823
3824 fixed bugs in knetfile.*
3825
3826 ------------------------------------------------------------------------
3827 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3828 Changed paths:
3829    A /trunk/samtools/knetfile.h
3830
3831 this is the header file
3832
3833 ------------------------------------------------------------------------
3834 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3835 Changed paths:
3836    A /trunk/samtools/knetfile.c
3837
3838  * open a file at FTP
3839  * preliminary version
3840
3841 ------------------------------------------------------------------------
3842 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
3843 Changed paths:
3844    M /trunk/samtools/bam.c
3845    M /trunk/samtools/bamtk.c
3846
3847  * samtools-0.1.4-15 (r354)
3848  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
3849
3850 ------------------------------------------------------------------------
3851 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
3852 Changed paths:
3853    M /trunk/samtools/bamtk.c
3854    M /trunk/samtools/faidx.c
3855
3856  * samtools-0.1.4-13 (r351)
3857  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
3858  * hope this does not introduce new bugs...
3859
3860 ------------------------------------------------------------------------
3861 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
3862 Changed paths:
3863    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3864    M /trunk/samtools/bamtk.c
3865
3866  * samtools-0.1.4-13 (r350)
3867  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
3868
3869 ------------------------------------------------------------------------
3870 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3871 Changed paths:
3872    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3873    M /trunk/samtools/bamtk.c
3874    M /trunk/samtools/sam_view.c
3875
3876  * samtools-0.1.4-12 (r347)
3877  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
3878
3879 ------------------------------------------------------------------------
3880 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3881 Changed paths:
3882    M /trunk/samtools/Makefile
3883    M /trunk/samtools/bamtk.c
3884    M /trunk/samtools/sam_view.c
3885    M /trunk/samtools/samtools.1
3886
3887  * samtools-0.1.4-11 (r346)
3888  * allow to select a read group at view command-line
3889
3890 ------------------------------------------------------------------------
3891 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3892 Changed paths:
3893    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3894
3895 added more comments
3896
3897 ------------------------------------------------------------------------
3898 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3899 Changed paths:
3900    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3901
3902 nothing really
3903
3904 ------------------------------------------------------------------------
3905 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3906 Changed paths:
3907    M /trunk/samtools/examples/Makefile
3908    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3909
3910 added an example of calculating read depth
3911
3912 ------------------------------------------------------------------------
3913 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3914 Changed paths:
3915    M /trunk/samtools/Makefile
3916    M /trunk/samtools/bam.h
3917    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3918    A /trunk/samtools/bam_color.c
3919    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3920    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3921    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3922    M /trunk/samtools/bamtk.c
3923    M /trunk/samtools/sam.c
3924    M /trunk/samtools/sam.h
3925
3926  * samtools-0.1.4-10 (r341)
3927  * only include key APIs in libbam.a
3928  * move color-specific routines to bam_color.c
3929  * update documentations
3930  * remove the support of -q in pileup
3931
3932 ------------------------------------------------------------------------
3933 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3934 Changed paths:
3935    M /trunk/samtools/INSTALL
3936    M /trunk/samtools/Makefile
3937    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3938    M /trunk/samtools/bam_import.c
3939    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3940    M /trunk/samtools/bamtk.c
3941    M /trunk/samtools/razf.c
3942    M /trunk/samtools/sam_view.c
3943
3944  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3945  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3946  * fixed a compilation warning
3947  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3948  * detect NCURSES in bam_tview.c
3949
3950 ------------------------------------------------------------------------
3951 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3952 Changed paths:
3953    M /trunk/samtools/INSTALL
3954
3955 update INSTALL
3956
3957 ------------------------------------------------------------------------
3958 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3959 Changed paths:
3960    M /trunk/samtools/bam.c
3961    M /trunk/samtools/bam.h
3962    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3963    M /trunk/samtools/bam_import.c
3964    M /trunk/samtools/bamtk.c
3965    M /trunk/samtools/kstring.h
3966    M /trunk/samtools/sam.c
3967    M /trunk/samtools/sam_view.c
3968
3969  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3970  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3971    command line
3972
3973 ------------------------------------------------------------------------
3974 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3975 Changed paths:
3976    M /trunk/samtools/bamtk.c
3977    M /trunk/samtools/bgzf.c
3978    M /trunk/samtools/bgzf.h
3979    M /trunk/samtools/sam.c
3980    M /trunk/samtools/sam_view.c
3981
3982  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3983  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3984  * "samtools view" support "-u" command-line option
3985
3986 ------------------------------------------------------------------------
3987 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3988 Changed paths:
3989    M /trunk/samtools/Makefile
3990    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3991    M /trunk/samtools/razf.c
3992    M /trunk/samtools/razf.h
3993    M /trunk/samtools/razip.c
3994
3995  * no changes to samtools itself
3996  * remove zlib source codes
3997  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3998  * on old version of zlib, writing is not available
3999
4000 ------------------------------------------------------------------------
4001 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
4002 Changed paths:
4003    D /trunk/samtools/zlib
4004
4005 remove zlib for simplification...
4006
4007 ------------------------------------------------------------------------
4008 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
4009 Changed paths:
4010    M /trunk/samtools/bam.h
4011    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4012    M /trunk/samtools/bamtk.c
4013
4014  * samtools-0.1.4-6 (r334)
4015  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
4016    been implemented in that.
4017  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
4018
4019 ------------------------------------------------------------------------
4020 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
4021 Changed paths:
4022    M /trunk/samtools/ChangeLog
4023
4024 update ChangeLog
4025
4026 ------------------------------------------------------------------------
4027 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
4028 Changed paths:
4029    M /trunk/samtools/AUTHORS
4030    M /trunk/samtools/Makefile
4031    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4032
4033 fixed minor things in Makefile
4034
4035 ------------------------------------------------------------------------
4036 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
4037 Changed paths:
4038    M /trunk/samtools/bamtk.c
4039
4040  * samtools-0.1.4-5 (r3310
4041  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
4042    changes in the Makefile building system.
4043
4044 ------------------------------------------------------------------------
4045 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
4046 Changed paths:
4047    M /trunk/samtools/AUTHORS
4048    D /trunk/samtools/README
4049
4050 update information...
4051
4052 ------------------------------------------------------------------------
4053 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
4054 Changed paths:
4055    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
4056
4057  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
4058  * this version works with indels
4059
4060 ------------------------------------------------------------------------
4061 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
4062 Changed paths:
4063    M /trunk/samtools/INSTALL
4064    M /trunk/samtools/Makefile
4065    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4066    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
4067
4068  * update Makefile
4069  * update INSTALL instruction
4070
4071 ------------------------------------------------------------------------
4072 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
4073 Changed paths:
4074    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
4075    D /trunk/samtools/Makefile.am
4076    D /trunk/samtools/Makefile.generic
4077    D /trunk/samtools/Makefile.lite
4078    D /trunk/samtools/autogen.sh
4079    D /trunk/samtools/cleanup.sh
4080    D /trunk/samtools/configure.ac
4081    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
4082    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
4083    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
4084    M /trunk/samtools/razf.c
4085    A /trunk/samtools/zlib
4086    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
4087    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
4088    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
4089    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
4090    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
4091    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
4092    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
4093    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
4094    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
4095    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
4096    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
4097    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
4098    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
4099    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
4100    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
4101    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
4102    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
4103    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
4104    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
4105    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
4106    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
4107    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
4108    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
4109    D /trunk/samtools/zutil.h
4110
4111  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
4112  * prepare to changed back to the Makefile building system
4113  * unfinished! (will be soon)
4114
4115 ------------------------------------------------------------------------
4116 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
4117 Changed paths:
4118    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4119
4120 Unfinished
4121
4122 ------------------------------------------------------------------------
4123 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
4124 Changed paths:
4125    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4126    M /trunk/samtools/bamtk.c
4127
4128  * samtools-0.1.4-4 (r325)
4129  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
4130
4131 ------------------------------------------------------------------------
4132 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
4133 Changed paths:
4134    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4135    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4136    M /trunk/samtools/bamtk.c
4137    M /trunk/samtools/sam.c
4138    M /trunk/samtools/sam.h
4139
4140  * samtools-0.1.4-3 (r324)
4141  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
4142  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
4143
4144 ------------------------------------------------------------------------
4145 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
4146 Changed paths:
4147    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4148
4149  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
4150  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
4151
4152 ------------------------------------------------------------------------
4153 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
4154 Changed paths:
4155    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
4156
4157 fixed a typo
4158
4159 ------------------------------------------------------------------------
4160 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
4161 Changed paths:
4162    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4163
4164 just typo. no real change
4165
4166 ------------------------------------------------------------------------
4167 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
4168 Changed paths:
4169    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4170
4171 a little bit code cleanup
4172
4173 ------------------------------------------------------------------------
4174 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
4175 Changed paths:
4176    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4177
4178  * samtools.pl-0.3.1
4179  * change default parameters
4180  * optionally print filtered variants
4181
4182 ------------------------------------------------------------------------
4183 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
4184 Changed paths:
4185    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4186
4187  * samtools.pl-0.3.0
4188  * combine snpFilter and indelFilter
4189
4190 ------------------------------------------------------------------------
4191 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
4192 Changed paths:
4193    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4194
4195  * samtools.pl-0.2.3
4196  * change a default parameter
4197
4198 ------------------------------------------------------------------------
4199 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
4200 Changed paths:
4201    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4202    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4203    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4204    M /trunk/samtools/bamtk.c
4205    M /trunk/samtools/sam.c
4206
4207  * samtools-0.1.4-2 (r316)
4208  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
4209  * pileup: always calculate RMS mapq
4210  * pileup: allow to output variant sites only
4211
4212 ------------------------------------------------------------------------
4213 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
4214 Changed paths:
4215    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4216
4217  * samtools.pl-0.2.2
4218  * added pileup2fq
4219
4220 ------------------------------------------------------------------------
4221 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
4222 Changed paths:
4223    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4224
4225  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
4226
4227 ------------------------------------------------------------------------
4228 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
4229 Changed paths:
4230    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4231
4232  * samtools.pl-0.2.1
4233  * fixed a typo
4234
4235 ------------------------------------------------------------------------
4236 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
4237 Changed paths:
4238    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4239
4240  * samtools.pl-0.2.0
4241  * snpFilter
4242
4243 ------------------------------------------------------------------------
4244 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
4245 Changed paths:
4246    M /trunk/samtools/bgzf.c
4247
4248  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
4249  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
4250
4251 ------------------------------------------------------------------------
4252 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
4253 Changed paths:
4254    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
4255
4256 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
4257
4258 ------------------------------------------------------------------------
4259 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
4260 Changed paths:
4261    M /trunk/samtools/bamtk.c
4262    M /trunk/samtools/sam.c
4263
4264  * samtools-0.1.4-1 (r304)
4265  * fixed a minor bug in printing headers
4266
4267 ------------------------------------------------------------------------
4268 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
4269 Changed paths:
4270    M /trunk/samtools/ChangeLog
4271    M /trunk/samtools/NEWS
4272    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4273    M /trunk/samtools/bamtk.c
4274    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4275    M /trunk/samtools/samtools.1
4276
4277 Release samtools-0.1.4
4278
4279 ------------------------------------------------------------------------
4280 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
4281 Changed paths:
4282    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4283    M /trunk/samtools/bamtk.c
4284
4285  * samtools-0.1.3-24 (r296)
4286  * another similar bug in the indel caller
4287
4288 ------------------------------------------------------------------------
4289 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
4290 Changed paths:
4291    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4292    M /trunk/samtools/bamtk.c
4293
4294  * samtools-0.1.3-23 (r295)
4295  * fixed a critical bug in the indel caller
4296
4297 ------------------------------------------------------------------------
4298 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
4299 Changed paths:
4300    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4301
4302 added a missing header file
4303
4304 ------------------------------------------------------------------------
4305 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
4306 Changed paths:
4307    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4308    M /trunk/samtools/bamtk.c
4309
4310  * samtools-0.1.3-22 (r293)
4311  * open tview in the dot-view mode by default
4312
4313 ------------------------------------------------------------------------
4314 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
4315 Changed paths:
4316    M /trunk/samtools/samtools.1
4317
4318 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
4319 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
4320 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
4321 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
4322
4323
4324 ------------------------------------------------------------------------
4325 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
4326 Changed paths:
4327    M /trunk/samtools/bam.h
4328    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4329    M /trunk/samtools/bamtk.c
4330
4331  * samtools-0.1.3-21 (286)
4332  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
4333
4334 ------------------------------------------------------------------------
4335 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
4336 Changed paths:
4337    M /trunk/samtools/bam.h
4338    M /trunk/samtools/bam_index.c
4339    M /trunk/samtools/bamtk.c
4340
4341  * samtools-0.1.3-20 (r276)
4342  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
4343    make it work with the latest SVN.
4344  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
4345
4346 ------------------------------------------------------------------------
4347 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
4348 Changed paths:
4349    M /trunk/samtools/ChangeLog
4350    M /trunk/samtools/bam.h
4351    M /trunk/samtools/bamtk.c
4352
4353  * samtools-0.1.3-19 (r275)
4354  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
4355    backward compatibility with Bio::DB::Sam
4356
4357 ------------------------------------------------------------------------
4358 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
4359 Changed paths:
4360    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
4361    M /trunk/samtools/bamtk.c
4362
4363  * samtools-0.1.3-18 (r273)
4364  * rmdupse: do not remove unmapped reads
4365
4366 ------------------------------------------------------------------------
4367 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
4368 Changed paths:
4369    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
4370
4371 change a parameter. It does nothing
4372
4373 ------------------------------------------------------------------------
4374 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
4375 Changed paths:
4376    M /trunk/samtools/Makefile.am
4377    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4378    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4379    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
4380    M /trunk/samtools/bamtk.c
4381    M /trunk/samtools/configure.ac
4382
4383  * samtools-0.1.3-17 (r271)
4384  * added 'rmdupse' command
4385
4386 ------------------------------------------------------------------------
4387 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4388 Changed paths:
4389    M /trunk/samtools/bamtk.c
4390    M /trunk/samtools/sam_view.c
4391
4392  * samtools-0.1.3-16 (r267)
4393  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
4394
4395 ------------------------------------------------------------------------
4396 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4397 Changed paths:
4398    M /trunk/samtools/bam_import.c
4399    M /trunk/samtools/bamtk.c
4400
4401  * samtools-0.1.3-15 (r266)
4402  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
4403
4404 ------------------------------------------------------------------------
4405 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4406 Changed paths:
4407    M /trunk/samtools/bam.h
4408    M /trunk/samtools/bam_import.c
4409    M /trunk/samtools/bamtk.c
4410    M /trunk/samtools/sam.c
4411    M /trunk/samtools/sam_view.c
4412
4413  * samtools-0.1.3-14 (r262)
4414  * make samopen() recognize @SQ header lines
4415
4416 ------------------------------------------------------------------------
4417 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4418 Changed paths:
4419    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4420    M /trunk/samtools/bamtk.c
4421    M /trunk/samtools/bgzf.c
4422    M /trunk/samtools/sam.c
4423    M /trunk/samtools/sam_view.c
4424
4425  * samtools-0.1.3-13 (r260)
4426  * report error for file I/O error
4427
4428 ------------------------------------------------------------------------
4429 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
4430 Changed paths:
4431    M /trunk/samtools/Makefile.am
4432
4433 update Makefile.am
4434
4435 ------------------------------------------------------------------------
4436 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4437 Changed paths:
4438    M /trunk/samtools/bam.h
4439    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4440    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4441    M /trunk/samtools/bamtk.c
4442    M /trunk/samtools/sam.c
4443    M /trunk/samtools/sam.h
4444
4445  * samtools-0.1.3-12 (r259)
4446  * use the new I/O interface in pileup
4447
4448 ------------------------------------------------------------------------
4449 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4450 Changed paths:
4451    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4452    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4453    M /trunk/samtools/bam.c
4454    M /trunk/samtools/bam.h
4455    M /trunk/samtools/bam_import.c
4456    M /trunk/samtools/bamtk.c
4457    A /trunk/samtools/sam.c
4458    A /trunk/samtools/sam.h
4459    A /trunk/samtools/sam_view.c
4460
4461  * samtools-0.1.3-11 (r258)
4462  * unify the interface to BAM and SAM I/O
4463
4464 ------------------------------------------------------------------------
4465 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4466 Changed paths:
4467    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4468    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4469    M /trunk/samtools/bamtk.c
4470
4471  * samtools-0.1.3-10 (r257)
4472  * allow hex with "pileup -m"
4473
4474 ------------------------------------------------------------------------
4475 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
4476 Changed paths:
4477    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4478    M /trunk/samtools/bamtk.c
4479
4480  * samtools-0.1.3-9 (r256)
4481  * fixed a bug in bam_lpileup.c
4482  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
4483
4484 ------------------------------------------------------------------------
4485 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
4486 Changed paths:
4487    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4488    M /trunk/samtools/bamtk.c
4489
4490  * samtools-0.1.3-8 (r251)
4491  * fixed a bug when there are reads without coordinates
4492
4493 ------------------------------------------------------------------------
4494 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4495 Changed paths:
4496    A /trunk/samtools/AUTHORS
4497    A /trunk/samtools/README
4498    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4499
4500 added missing files
4501
4502 ------------------------------------------------------------------------
4503 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4504 Changed paths:
4505    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4506    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4507    M /trunk/samtools/configure.ac
4508    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
4509
4510 improve large file support in compilation
4511
4512 ------------------------------------------------------------------------
4513 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4514 Changed paths:
4515    M /trunk/samtools/INSTALL
4516
4517 update INSTALL
4518
4519 ------------------------------------------------------------------------
4520 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4521 Changed paths:
4522    M /trunk/samtools/Makefile.am
4523    M /trunk/samtools/autogen.sh
4524    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4525    M /trunk/samtools/configure.ac
4526    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
4527
4528 fixed various issues about the GNU building scripts
4529
4530 ------------------------------------------------------------------------
4531 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
4532 Changed paths:
4533    M /trunk/samtools/ChangeLog
4534    D /trunk/samtools/Makefile
4535    A /trunk/samtools/Makefile.am
4536    A /trunk/samtools/Makefile.generic
4537    A /trunk/samtools/autogen.sh
4538    M /trunk/samtools/bam.h
4539    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4540    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4541    M /trunk/samtools/bamtk.c
4542    A /trunk/samtools/cleanup.sh
4543    A /trunk/samtools/configure.ac
4544    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4545    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
4546
4547  * samtools-0.1.3-7 (r246)
4548  * incorporated revisions from Nils Homer
4549  * enhanced support of displaying color-space reads
4550
4551 ------------------------------------------------------------------------
4552 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
4553 Changed paths:
4554    M /trunk/samtools/bam_md.c
4555    M /trunk/samtools/bamtk.c
4556
4557  * samtools-0.1.3-6 (r244)
4558  * fixed segfault for unmapped reads
4559
4560 ------------------------------------------------------------------------
4561 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4562 Changed paths:
4563    M /trunk/samtools/bam.h
4564    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4565    M /trunk/samtools/bam_md.c
4566    M /trunk/samtools/bamtk.c
4567
4568  * samtools-0.1.3-5 (r243)
4569  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
4570  * check MD
4571  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
4572
4573 ------------------------------------------------------------------------
4574 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
4575 Changed paths:
4576    M /trunk/samtools/bam_md.c
4577    M /trunk/samtools/bamtk.c
4578
4579  * samtools-0.1.3-4 (r242)
4580  * fixed a memory leak
4581
4582 ------------------------------------------------------------------------
4583 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4584 Changed paths:
4585    M /trunk/samtools/Makefile
4586    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4587    M /trunk/samtools/bam.h
4588    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4589    A /trunk/samtools/bam_md.c
4590    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4591    M /trunk/samtools/bamtk.c
4592
4593  * samtools-0.1.3-3 (r240)
4594  * generate MD tag
4595  * generate "=" bases
4596  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
4597
4598 ------------------------------------------------------------------------
4599 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4600 Changed paths:
4601    M /trunk/samtools/bam.h
4602    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4603    M /trunk/samtools/bamtk.c
4604
4605  * samtools-0.1.3-2 (r239)
4606  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
4607  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
4608  * added tagview for testing bam_aux
4609
4610 ------------------------------------------------------------------------
4611 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
4612 Changed paths:
4613    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4614    M /trunk/samtools/bamtk.c
4615
4616  * samtools-0.1.3-1
4617  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
4618
4619 ------------------------------------------------------------------------
4620 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
4621 Changed paths:
4622    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4623
4624 a missing file in Makefile.lite
4625
4626 ------------------------------------------------------------------------
4627 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4628 Changed paths:
4629    M /trunk/samtools/NEWS
4630    M /trunk/samtools/bamtk.c
4631
4632 Release samtools-0.1.3
4633
4634 ------------------------------------------------------------------------
4635 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4636 Changed paths:
4637    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4638    M /trunk/samtools/bamtk.c
4639
4640  * samtools-0.1.2-28
4641  * make samtools more robust to weird input such as empty file
4642
4643 ------------------------------------------------------------------------
4644 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4645 Changed paths:
4646    M /trunk/samtools/ChangeLog
4647    M /trunk/samtools/NEWS
4648    M /trunk/samtools/samtools.1
4649
4650 prepare for release 0.1.3
4651
4652 ------------------------------------------------------------------------
4653 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4654 Changed paths:
4655    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
4656
4657 convert NCBI-BLASTN to SAM
4658
4659 ------------------------------------------------------------------------
4660 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4661 Changed paths:
4662    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4663    M /trunk/samtools/bamtk.c
4664
4665  * samtools-0.1.2-27
4666  * fixed a small memory leak in tview
4667
4668 ------------------------------------------------------------------------
4669 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4670 Changed paths:
4671    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
4672    M /trunk/samtools/bamtk.c
4673
4674  * samtools-0.1.2-26
4675  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
4676
4677 ------------------------------------------------------------------------
4678 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
4679 Changed paths:
4680    M /trunk/samtools/ChangeLog
4681    M /trunk/samtools/NEWS
4682
4683 proposed NEWS for the new release (have not yet)
4684
4685 ------------------------------------------------------------------------
4686 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4687 Changed paths:
4688    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4689
4690  * samtools.pl-0.1.1
4691  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
4692    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
4693
4694 ------------------------------------------------------------------------
4695 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4696 Changed paths:
4697    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4698    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4699    M /trunk/samtools/bamtk.c
4700    M /trunk/samtools/samtools.1
4701
4702  * samtools-0.1.2-25
4703  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
4704    containing indels
4705
4706 ------------------------------------------------------------------------
4707 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
4708 Changed paths:
4709    M /trunk/samtools/ChangeLog
4710
4711 update ChangeLog from "svn log"
4712
4713 ------------------------------------------------------------------------
4714 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
4715 Changed paths:
4716    M /trunk/samtools/bam.c
4717    M /trunk/samtools/bam_import.c
4718    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4719    M /trunk/samtools/bamtk.c
4720    M /trunk/samtools/kseq.h
4721
4722  * samtools-0.1.2-24
4723  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
4724  * allow empty header
4725
4726 ------------------------------------------------------------------------
4727 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4728 Changed paths:
4729    M /trunk/samtools/bam.c
4730    M /trunk/samtools/bam_import.c
4731    M /trunk/samtools/bamtk.c
4732
4733  * samtools-0.1.2-23
4734  * recognize '*' at the QUAL field
4735
4736 ------------------------------------------------------------------------
4737 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4738 Changed paths:
4739    M /trunk/samtools/bam_import.c
4740    M /trunk/samtools/bamtk.c
4741    M /trunk/samtools/kseq.h
4742
4743  * samtools-0.1.2-22
4744  * the field separater is TAB only, now
4745
4746 ------------------------------------------------------------------------
4747 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4748 Changed paths:
4749    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4750
4751  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
4752
4753 ------------------------------------------------------------------------
4754 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
4755 Changed paths:
4756    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4757    M /trunk/samtools/bamtk.c
4758    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4759
4760  * samtools-0.1.2-21
4761  * fixed a nasty bug in `fixmate'
4762
4763 ------------------------------------------------------------------------
4764 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4765 Changed paths:
4766    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
4767    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4768    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4769
4770 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
4771
4772 ------------------------------------------------------------------------
4773 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4774 Changed paths:
4775    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4776    M /trunk/samtools/bamtk.c
4777
4778  * samtools-0.1.2-20
4779  * check if file is truncated in flagstat
4780
4781 ------------------------------------------------------------------------
4782 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4783 Changed paths:
4784    M /trunk/samtools/bamtk.c
4785
4786  * samtools-0.1.2-19
4787  * print the header if requested
4788
4789 ------------------------------------------------------------------------
4790 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
4791 Changed paths:
4792    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4793    M /trunk/samtools/bamtk.c
4794
4795  * samtools-0.1.2-18
4796  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
4797
4798 ------------------------------------------------------------------------
4799 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
4800 Changed paths:
4801    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
4802    D /trunk/samtools/Makefile.std
4803    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
4804    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
4805
4806 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
4807
4808 ------------------------------------------------------------------------
4809 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4810 Changed paths:
4811    D /trunk/samtools/Makefile
4812    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
4813    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4814    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4815    M /trunk/samtools/bamtk.c
4816    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4817    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
4818    M /trunk/samtools/samtools.1
4819
4820  * samtools-0.1.2-17
4821  * incorporating Nils' changes
4822  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
4823
4824 ------------------------------------------------------------------------
4825 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4826 Changed paths:
4827    M /trunk/samtools/Makefile
4828    M /trunk/samtools/bam_import.c
4829    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4830    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4831    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4832    M /trunk/samtools/bamtk.c
4833    M /trunk/samtools/kseq.h
4834    A /trunk/samtools/kstring.c
4835    A /trunk/samtools/kstring.h
4836
4837  * samtools-0.1.2-16
4838  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
4839  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
4840
4841 ------------------------------------------------------------------------
4842 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
4843 Changed paths:
4844    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4845
4846  * soap2sam.pl-0.1.2
4847  * more robust to truncated soap output
4848
4849 ------------------------------------------------------------------------
4850 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
4851 Changed paths:
4852    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4853
4854 added bam_stat.o to Makefile.lite
4855
4856 ------------------------------------------------------------------------
4857 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4858 Changed paths:
4859    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4860    M /trunk/samtools/bamtk.c
4861
4862  * samtools-0.1.2-15
4863  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
4864
4865 ------------------------------------------------------------------------
4866 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4867 Changed paths:
4868    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4869    M /trunk/samtools/bamtk.c
4870    M /trunk/samtools/glf.c
4871    M /trunk/samtools/glf.h
4872    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4873
4874  * samtools-0.1.2-14
4875  * implemented GLFv3
4876
4877 ------------------------------------------------------------------------
4878 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4879 Changed paths:
4880    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4881    M /trunk/samtools/bamtk.c
4882
4883  * samtools-0.1.2-13
4884  * fixed a minor bug in displaying pileup
4885
4886 ------------------------------------------------------------------------
4887 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4888 Changed paths:
4889    M /trunk/samtools/ChangeLog
4890    M /trunk/samtools/bamtk.c
4891
4892  * samtools-0.1.2-12
4893  * optionally print SAM header
4894
4895 ------------------------------------------------------------------------
4896 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
4897 Changed paths:
4898    M /trunk/samtools/bamtk.c
4899    M /trunk/samtools/glf.c
4900
4901  * samtools-0.1.2-11
4902  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
4903
4904 ------------------------------------------------------------------------
4905 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
4906 Changed paths:
4907    M /trunk/samtools/Makefile
4908    M /trunk/samtools/bam_import.c
4909    M /trunk/samtools/bam_index.c
4910    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4911    M /trunk/samtools/bamtk.c
4912    M /trunk/samtools/glf.c
4913    M /trunk/samtools/glf.h
4914
4915  * samtools-0.1.2-10
4916  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
4917  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
4918  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
4919
4920 ------------------------------------------------------------------------
4921 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
4922 Changed paths:
4923    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4924
4925  * wgsim-0.2.3
4926  * fixed a bug in simulating indels
4927
4928 ------------------------------------------------------------------------
4929 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
4930 Changed paths:
4931    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4932
4933  * wgsim-0.2.2
4934  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4935    not like long read names.
4936
4937 ------------------------------------------------------------------------
4938 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4939 Changed paths:
4940    M /trunk/samtools/ChangeLog
4941    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4942    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4943
4944  * wgsim-0.2.1
4945  * fixed a bug about color read coordinates
4946  * fixed a bug in read names
4947  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4948  * make the script work with color reads
4949
4950 ------------------------------------------------------------------------
4951 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4952 Changed paths:
4953    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4954    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4955
4956  * wgsim: added a note
4957
4958 ------------------------------------------------------------------------
4959 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4960 Changed paths:
4961    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4962    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4963
4964  * wgsim-0.2.0
4965  * considerable code clean up
4966  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4967  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4968  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4969  * change in accordant with wgsim
4970
4971 ------------------------------------------------------------------------
4972 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4973 Changed paths:
4974    M /trunk/samtools/bam_index.c
4975    M /trunk/samtools/bamtk.c
4976
4977  * samtools-0.1.2-9
4978  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
4979
4980 ------------------------------------------------------------------------
4981 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
4982 Changed paths:
4983    M /trunk/samtools/bamtk.c
4984
4985 Fix annoying segv when invalid region specified.
4986
4987 ------------------------------------------------------------------------
4988 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
4989 Changed paths:
4990    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4991    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4992
4993  * move indel_filter.pl to samtools.pl
4994
4995 ------------------------------------------------------------------------
4996 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
4997 Changed paths:
4998    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4999    M /trunk/samtools/bamtk.c
5000
5001  * samtools-0.1.2-7
5002  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
5003
5004 ------------------------------------------------------------------------
5005 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
5006 Changed paths:
5007    M /trunk/samtools/bam_stat.c
5008    M /trunk/samtools/bamtk.c
5009
5010  * samtools-0.1.2-7
5011  * fixed a minor bug in flagstat
5012
5013 ------------------------------------------------------------------------
5014 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
5015 Changed paths:
5016    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
5017    M /trunk/samtools/bamtk.c
5018    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
5019
5020  * samtools-0.1.2-6
5021  * improve indel caller by setting maximum window size
5022
5023 ------------------------------------------------------------------------
5024 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
5025 Changed paths:
5026    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
5027    M /trunk/samtools/bamtk.c
5028
5029  * output max mapping quality in indel line
5030
5031 ------------------------------------------------------------------------
5032 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
5033 Changed paths:
5034    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
5035
5036 fixed a bug in generating tag AM
5037
5038 ------------------------------------------------------------------------
5039 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
5040 Changed paths:
5041    M /trunk/samtools/bam_index.c
5042    M /trunk/samtools/bamtk.c
5043
5044 fixed a potential memory problem in indexing
5045
5046 ------------------------------------------------------------------------
5047 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
5048 Changed paths:
5049    M /trunk/samtools/Makefile
5050
5051 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
5052
5053 ------------------------------------------------------------------------
5054 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
5055 Changed paths:
5056    M /trunk/samtools/ChangeLog
5057    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
5058    M /trunk/samtools/bam_stat.c
5059    M /trunk/samtools/bamtk.c
5060
5061  * samtools-0.1.2-3
5062  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
5063  * improve flagstat report a little bit
5064
5065 ------------------------------------------------------------------------
5066 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
5067 Changed paths:
5068    M /trunk/samtools/Makefile
5069    A /trunk/samtools/bam_stat.c
5070    M /trunk/samtools/bamtk.c
5071
5072  * samtools-0.1.2-1
5073  * added flagstat command
5074
5075 ------------------------------------------------------------------------
5076 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
5077 Changed paths:
5078    M /trunk/samtools/ChangeLog
5079    M /trunk/samtools/NEWS
5080    M /trunk/samtools/bamtk.c
5081    M /trunk/samtools/samtools.1
5082
5083 Release SAMtools-0.1.2
5084
5085 ------------------------------------------------------------------------
5086 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
5087 Changed paths:
5088    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
5089
5090 Script for filtering indel results
5091
5092 ------------------------------------------------------------------------
5093 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
5094 Changed paths:
5095    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
5096
5097 convert ZOOM to SAM
5098
5099 ------------------------------------------------------------------------
5100 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
5101 Changed paths:
5102    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
5103
5104 add a script to convert novo alignment to SAM
5105
5106 ------------------------------------------------------------------------
5107 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
5108 Changed paths:
5109    M /trunk/samtools/ChangeLog
5110    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
5111    M /trunk/samtools/samtools.1
5112
5113 update documentation and ChangeLog
5114
5115 ------------------------------------------------------------------------
5116 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
5117 Changed paths:
5118    M /trunk/samtools/bam_sort.c
5119    M /trunk/samtools/bamtk.c
5120
5121  * samtools-0.1.1-19
5122  * fixed a bug in "merge" command line
5123
5124 ------------------------------------------------------------------------
5125 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
5126 Changed paths:
5127    M /trunk/samtools/misc/Makefile
5128    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
5129    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
5130    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
5131    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
5132    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
5133
5134  * merge from branches/dev/
5135  * all future development will happen here
5136
5137 ------------------------------------------------------------------------
5138 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
5139 Changed paths:
5140    M /trunk/samtools/COPYING
5141    M /trunk/samtools/ChangeLog
5142    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
5143    M /trunk/samtools/Makefile
5144    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
5145    M /trunk/samtools/bam.c
5146    M /trunk/samtools/bam.h
5147    M /trunk/samtools/bam_import.c
5148    M /trunk/samtools/bam_index.c
5149    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
5150    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
5151    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
5152    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
5153    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
5154    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
5155    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
5156    M /trunk/samtools/bam_sort.c
5157    M /trunk/samtools/bamtk.c
5158    M /trunk/samtools/bgzf.h
5159    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
5160    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
5161    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
5162    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
5163    M /trunk/samtools/faidx.c
5164    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
5165    M /trunk/samtools/glf.h
5166    M /trunk/samtools/misc/Makefile
5167    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
5168    M /trunk/samtools/razf.c
5169    M /trunk/samtools/source.dot
5170
5171  * Merge from branches/dev/
5172  * all future development will happen here at trunk/
5173
5174 ------------------------------------------------------------------------
5175 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
5176 Changed paths:
5177    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
5178    M /trunk/samtools/bam_tview.c
5179
5180 Fix problem with compiling without curses.
5181
5182 ------------------------------------------------------------------------
5183 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
5184 Changed paths:
5185    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
5186
5187 Create trunk copy
5188
5189 ------------------------------------------------------------------------
5190 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
5191 Changed paths:
5192    A /branches/dev/samtools/NEWS
5193    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5194    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5195
5196 Release samtools-0.1.1
5197
5198 ------------------------------------------------------------------------
5199 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
5200 Changed paths:
5201    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5202    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5203    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
5204    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5205    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5206    M /branches/dev/samtools/razf.c
5207    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5208
5209  * samtools-0.1.0-66
5210  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
5211  * fixed a memory leak in parsing a region
5212  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
5213  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
5214  * fixed a bug in indexing for small alignment
5215  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
5216  * updated documentation
5217  * prepare to release 0.1.1
5218
5219 ------------------------------------------------------------------------
5220 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
5221 Changed paths:
5222    A /branches/dev/samtools/examples
5223    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
5224    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
5225    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
5226    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
5227
5228 example
5229
5230 ------------------------------------------------------------------------
5231 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
5232 Changed paths:
5233    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
5234
5235 update ChangeLog
5236
5237 ------------------------------------------------------------------------
5238 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
5239 Changed paths:
5240    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
5241
5242  * added comments
5243  * fixed several bugs
5244
5245 ------------------------------------------------------------------------
5246 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
5247 Changed paths:
5248    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
5249
5250 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
5251
5252 ------------------------------------------------------------------------
5253 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
5254 Changed paths:
5255    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5256    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
5257    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5258    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5259    A /branches/dev/samtools/source.dot
5260
5261  * samtools-0.1.0-65
5262  * pileup: generate maq-like simple output
5263  * pileup: allow to output pileup at required sites
5264  * source.dot: source file relationship graph
5265  * tview: fixed a minor bug
5266
5267 ------------------------------------------------------------------------
5268 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
5269 Changed paths:
5270    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5271
5272 remove all2sam.pl
5273
5274 ------------------------------------------------------------------------
5275 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
5276 Changed paths:
5277    A /branches/dev/samtools/COPYING
5278    M /branches/dev/samtools/bam.h
5279    M /branches/dev/samtools/faidx.h
5280    M /branches/dev/samtools/khash.h
5281    M /branches/dev/samtools/kseq.h
5282    M /branches/dev/samtools/ksort.h
5283    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5284
5285 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
5286
5287 ------------------------------------------------------------------------
5288 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
5289 Changed paths:
5290    M /branches/dev/samtools/bam.c
5291    M /branches/dev/samtools/bam.h
5292    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5293    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5294    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5295
5296  * samtools-0.1.0-64
5297  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
5298
5299 ------------------------------------------------------------------------
5300 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
5301 Changed paths:
5302    M /branches/dev/samtools/bam.c
5303    M /branches/dev/samtools/bam.h
5304    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5305    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5306    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5307
5308  * samtools-0.1.0-63
5309  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
5310
5311 ------------------------------------------------------------------------
5312 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
5313 Changed paths:
5314    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5315    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
5316    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5317
5318  * samtools-0.1.0-62
5319  * fixed a memory leak
5320
5321 ------------------------------------------------------------------------
5322 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
5323 Changed paths:
5324    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
5325    M /branches/dev/samtools/bam.h
5326    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5327
5328 update documentation, ChangeLog and a comment
5329
5330 ------------------------------------------------------------------------
5331 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
5332 Changed paths:
5333    M /branches/dev/samtools/Makefile
5334    M /branches/dev/samtools/bam.h
5335    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5336    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
5337    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5338    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
5339    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5340    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5341
5342  * samtools-0.1.0-61
5343  * moved pileup command to a separate source file
5344  * added indel caller
5345  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
5346  * updated documentation
5347
5348 ------------------------------------------------------------------------
5349 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
5350 Changed paths:
5351    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5352    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5353
5354  * samtools-0.1.0-60
5355  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
5356
5357 ------------------------------------------------------------------------
5358 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
5359 Changed paths:
5360    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5361    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5362    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5363
5364  * samtools-0.1.0-59
5365  * pileup: outputing consensus is now optional
5366  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
5367    I am not quite sure why the previous version may have problem.
5368
5369 ------------------------------------------------------------------------
5370 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
5371 Changed paths:
5372    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5373    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5374
5375  * samtools-0.1.0-58
5376  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
5377    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
5378    and imposing it would make it harder to generate for other language
5379    bindings.
5380
5381 ------------------------------------------------------------------------
5382 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
5383 Changed paths:
5384    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5385
5386 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
5387
5388 ------------------------------------------------------------------------
5389 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
5390 Changed paths:
5391    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5392
5393 update manual
5394
5395 ------------------------------------------------------------------------
5396 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
5397 Changed paths:
5398    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5399    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5400
5401  * samtools-0.1.0-57
5402  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
5403  * made the parser a bit more robust
5404
5405 ------------------------------------------------------------------------
5406 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
5407 Changed paths:
5408    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5409    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5410    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5411
5412  * samtools-0.1.0-56
5413  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
5414  * fixed a typo in bam_index.c
5415  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
5416
5417 ------------------------------------------------------------------------
5418 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
5419 Changed paths:
5420    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5421
5422 update manual
5423
5424 ------------------------------------------------------------------------
5425 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
5426 Changed paths:
5427    M /branches/dev/samtools/bam.h
5428    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5429    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5430
5431  * samtools-0.1.0-55
5432  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
5433  * removed -v from pileup
5434  * made pileup take the reference sequence
5435
5436 ------------------------------------------------------------------------
5437 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
5438 Changed paths:
5439    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5440    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5441    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5442
5443  * samtools-0.1.0-54
5444  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
5445  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
5446
5447 ------------------------------------------------------------------------
5448 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5449 Changed paths:
5450    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5451
5452 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
5453
5454 ------------------------------------------------------------------------
5455 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5456 Changed paths:
5457    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5458
5459 also calculate unordered md5sum check
5460
5461 ------------------------------------------------------------------------
5462 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5463 Changed paths:
5464    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5465
5466 fixed a minor bug when there are space in the sequence
5467
5468 ------------------------------------------------------------------------
5469 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5470 Changed paths:
5471    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5472
5473 fixed a potential memory leak
5474
5475 ------------------------------------------------------------------------
5476 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5477 Changed paths:
5478    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5479    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5480    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5481
5482  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
5483
5484 ------------------------------------------------------------------------
5485 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5486 Changed paths:
5487    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5488
5489 nothing, really
5490
5491 ------------------------------------------------------------------------
5492 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5493 Changed paths:
5494    M /branches/dev/samtools/Makefile
5495    M /branches/dev/samtools/kseq.h
5496    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5497    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
5498    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
5499    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5500
5501  * fixed two warnings in kseq.h
5502  * added md5sum utilities
5503
5504 ------------------------------------------------------------------------
5505 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
5506 Changed paths:
5507    M /branches/dev/samtools/Makefile
5508    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5509    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5510    A /branches/dev/samtools/kseq.h
5511    D /branches/dev/samtools/kstream.h
5512
5513  * samtools-0.1.0-52
5514  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
5515    extra functions in kseq.h.
5516  * also compile stand-alone faidx
5517
5518 ------------------------------------------------------------------------
5519 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5520 Changed paths:
5521    M /branches/dev/samtools/bam.h
5522    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5523    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5524
5525  * samtools-0.1.0-51
5526  * sorting by read names is available
5527
5528 ------------------------------------------------------------------------
5529 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5530 Changed paths:
5531    M /branches/dev/samtools/bam.c
5532    M /branches/dev/samtools/bam.h
5533    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5534    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5535    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5536    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5537    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5538    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5539    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5540
5541  * samtools-0.1.0-50
5542  * format change to meet the latest specification
5543
5544 ------------------------------------------------------------------------
5545 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
5546 Changed paths:
5547    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5548    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5549
5550  * minor change in maqcns: special care when n==0
5551  * change maq2sam to meet the latest specification
5552
5553 ------------------------------------------------------------------------
5554 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5555 Changed paths:
5556    M /branches/dev/samtools/razf.c
5557    M /branches/dev/samtools/razf.h
5558
5559 considerable code clean up in razf
5560
5561 ------------------------------------------------------------------------
5562 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5563 Changed paths:
5564    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
5565    M /branches/dev/samtools/Makefile
5566    M /branches/dev/samtools/faidx.c
5567
5568 make RAZF optional in faidx.c
5569
5570 ------------------------------------------------------------------------
5571 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
5572 Changed paths:
5573    M /branches/dev/samtools/Makefile
5574    M /branches/dev/samtools/bam.h
5575    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5576    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5577    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5578
5579  * samtools-0.1.0-49
5580  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
5581
5582 ------------------------------------------------------------------------
5583 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
5584 Changed paths:
5585    M /branches/dev/samtools/bam.c
5586    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5587    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5588    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5589    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5590    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5591
5592  * samtools-0.1.0-48
5593  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
5594  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
5595  * supporting hex strings
5596
5597 ------------------------------------------------------------------------
5598 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5599 Changed paths:
5600    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5601    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5602
5603  * samtools-0.1.0-47
5604  * fixed the bug in maqcns
5605
5606 ------------------------------------------------------------------------
5607 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5608 Changed paths:
5609    M /branches/dev/samtools/Makefile
5610    M /branches/dev/samtools/bam.h
5611    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5612    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
5613    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5614    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5615    A /branches/dev/samtools/glf.h
5616
5617  * samtools-0.1.0-46
5618  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
5619
5620 ------------------------------------------------------------------------
5621 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
5622 Changed paths:
5623    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5624    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5625    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5626
5627  * samtools-0.1.0-45
5628  * tview: display padded alignment (but not P operation)
5629  * better coordinates and reference sequence
5630
5631 ------------------------------------------------------------------------
5632 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
5633 Changed paths:
5634    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5635
5636 new ChangeLog
5637
5638 ------------------------------------------------------------------------
5639 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5640 Changed paths:
5641    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
5642    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
5643
5644 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
5645 the log of my personal SVN repository.
5646
5647 ------------------------------------------------------------------------
5648 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
5649 Changed paths:
5650    M /branches/dev/samtools/Makefile
5651    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5652    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5653
5654  * samtools-0.1.0-44
5655  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
5656    missing these declarations will make bgzf buggy
5657  * get rid of some harmless warings
5658  * use BGZF by default, now
5659
5660 ------------------------------------------------------------------------
5661 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5662 Changed paths:
5663    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5664    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5665    M /branches/dev/samtools/razf.c
5666
5667  * samtools-0.1.0-43
5668  * fixed a bug in razf_read()
5669  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
5670
5671 ------------------------------------------------------------------------
5672 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5673 Changed paths:
5674    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5675
5676 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
5677
5678 ------------------------------------------------------------------------
5679 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5680 Changed paths:
5681    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5682
5683  * samtools-0.1.0-42
5684  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
5685    also update the version number anyway to avoid confusion
5686
5687 ------------------------------------------------------------------------
5688 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5689 Changed paths:
5690    M /branches/dev/samtools/razf.c
5691
5692 a change from Jue, but I think it should not matter
5693
5694 ------------------------------------------------------------------------
5695 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
5696 Changed paths:
5697    M /branches/dev/samtools/razf.c
5698
5699 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
5700 rarely happens, very rarely.
5701
5702 ------------------------------------------------------------------------
5703 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5704 Changed paths:
5705    M /branches/dev/samtools/razf.c
5706
5707 fixed a bug in razf, with the help of Jue
5708
5709 ------------------------------------------------------------------------
5710 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5711 Changed paths:
5712    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5713
5714 remove a comment
5715
5716 ------------------------------------------------------------------------
5717 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5718 Changed paths:
5719    M /branches/dev/samtools/Makefile
5720    M /branches/dev/samtools/bam.h
5721    M /branches/dev/samtools/razf.c
5722    M /branches/dev/samtools/razf.h
5723
5724  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
5725
5726 ------------------------------------------------------------------------
5727 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5728 Changed paths:
5729    A /branches/dev/samtools/samtools.1
5730
5731 the manual page
5732
5733 ------------------------------------------------------------------------
5734 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
5735 Changed paths:
5736    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5737    A /branches/dev/samtools/Makefile
5738    A /branches/dev/samtools/bam.c
5739    A /branches/dev/samtools/bam.h
5740    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5741    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
5742    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
5743    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
5744    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
5745    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5746    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5747    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5748    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
5749    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
5750    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
5751    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
5752    A /branches/dev/samtools/faidx.c
5753    A /branches/dev/samtools/faidx.h
5754    A /branches/dev/samtools/khash.h
5755    A /branches/dev/samtools/ksort.h
5756    A /branches/dev/samtools/kstream.h
5757    A /branches/dev/samtools/misc
5758    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5759    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5760    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5761    A /branches/dev/samtools/razf.c
5762    A /branches/dev/samtools/razf.h
5763    A /branches/dev/samtools/razip.c
5764    A /branches/dev/samtools/zutil.h
5765
5766 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
5767 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
5768
5769 ------------------------------------------------------------------------
5770 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5771 Changed paths:
5772    A /branches/dev/samtools
5773
5774 samtools (C version)
5775
5776 ------------------------------------------------------------------------