ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
   5
   6  * added comments
   7  * fixed several bugs
   8
   9 ------------------------------------------------------------------------
  10 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
  11 Changed paths:
  12    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
  13
  14 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
  15
  16 ------------------------------------------------------------------------
  17 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
  18 Changed paths:
  19    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
  20    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
  21    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
  22    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  23    A /branches/dev/samtools/source.dot
  24
  25  * samtools-0.1.0-65
  26  * pileup: generate maq-like simple output
  27  * pileup: allow to output pileup at required sites
  28  * source.dot: source file relationship graph
  29  * tview: fixed a minor bug
  30
  31 ------------------------------------------------------------------------
  32 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
  33 Changed paths:
  34    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
  35
  36 remove all2sam.pl
  37
  38 ------------------------------------------------------------------------
  39 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
  40 Changed paths:
  41    A /branches/dev/samtools/COPYING
  42    M /branches/dev/samtools/bam.h
  43    M /branches/dev/samtools/faidx.h
  44    M /branches/dev/samtools/khash.h
  45    M /branches/dev/samtools/kseq.h
  46    M /branches/dev/samtools/ksort.h
  47    M /branches/dev/samtools/samtools.1
  48
  49 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
  53 Changed paths:
  54    M /branches/dev/samtools/bam.c
  55    M /branches/dev/samtools/bam.h
  56    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
  57    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
  58    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  59
  60  * samtools-0.1.0-64
  61  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
  62
  63 ------------------------------------------------------------------------
  64 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
  65 Changed paths:
  66    M /branches/dev/samtools/bam.c
  67    M /branches/dev/samtools/bam.h
  68    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
  69    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
  70    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  71
  72  * samtools-0.1.0-63
  73  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
  74
  75 ------------------------------------------------------------------------
  76 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
  77 Changed paths:
  78    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
  79    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
  80    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  81
  82  * samtools-0.1.0-62
  83  * fixed a memory leak
  84
  85 ------------------------------------------------------------------------
  86 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
  87 Changed paths:
  88    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
  89    M /branches/dev/samtools/bam.h
  90    M /branches/dev/samtools/samtools.1
  91
  92 update documentation, ChangeLog and a comment
  93
  94 ------------------------------------------------------------------------
  95 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
  96 Changed paths:
  97    M /branches/dev/samtools/Makefile
  98    M /branches/dev/samtools/bam.h
  99    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 100    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 101    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 102    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 103    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 104    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 105
 106  * samtools-0.1.0-61
 107  * moved pileup command to a separate source file
 108  * added indel caller
 109  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 110  * updated documentation
 111
 112 ------------------------------------------------------------------------
 113 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 114 Changed paths:
 115    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 116    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 117
 118  * samtools-0.1.0-60
 119  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 120
 121 ------------------------------------------------------------------------
 122 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 123 Changed paths:
 124    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 125    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 126    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 127
 128  * samtools-0.1.0-59
 129  * pileup: outputing consensus is now optional
 130  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 131    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 132
 133 ------------------------------------------------------------------------
 134 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 135 Changed paths:
 136    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 137    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 138
 139  * samtools-0.1.0-58
 140  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 141    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 142    and imposing it would make it harder to generate for other language
 143    bindings.
 144
 145 ------------------------------------------------------------------------
 146 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 147 Changed paths:
 148    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 149
 150 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 151
 152 ------------------------------------------------------------------------
 153 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 154 Changed paths:
 155    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 156
 157 update manual
 158
 159 ------------------------------------------------------------------------
 160 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 161 Changed paths:
 162    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 163    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 164
 165  * samtools-0.1.0-57
 166  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 167  * made the parser a bit more robust
 168
 169 ------------------------------------------------------------------------
 170 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 171 Changed paths:
 172    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 173    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 174    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 175
 176  * samtools-0.1.0-56
 177  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 178  * fixed a typo in bam_index.c
 179  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 180
 181 ------------------------------------------------------------------------
 182 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 183 Changed paths:
 184    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 185
 186 update manual
 187
 188 ------------------------------------------------------------------------
 189 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 190 Changed paths:
 191    M /branches/dev/samtools/bam.h
 192    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 193    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 194
 195  * samtools-0.1.0-55
 196  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 197  * removed -v from pileup
 198  * made pileup take the reference sequence
 199
 200 ------------------------------------------------------------------------
 201 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 202 Changed paths:
 203    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 204    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 205    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 206
 207  * samtools-0.1.0-54
 208  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 209  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 210
 211 ------------------------------------------------------------------------
 212 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 213 Changed paths:
 214    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 215
 216 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 217
 218 ------------------------------------------------------------------------
 219 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 220 Changed paths:
 221    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 222
 223 also calculate unordered md5sum check
 224
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 227 Changed paths:
 228    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 229
 230 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 231
 232 ------------------------------------------------------------------------
 233 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 234 Changed paths:
 235    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 236
 237 fixed a potential memory leak
 238
 239 ------------------------------------------------------------------------
 240 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 241 Changed paths:
 242    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 243    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 244    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 245
 246  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 247
 248 ------------------------------------------------------------------------
 249 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 250 Changed paths:
 251    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 252
 253 nothing, really
 254
 255 ------------------------------------------------------------------------
 256 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 257 Changed paths:
 258    M /branches/dev/samtools/Makefile
 259    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 260    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 261    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 262    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 263    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 264
 265  * fixed two warnings in kseq.h
 266  * added md5sum utilities
 267
 268 ------------------------------------------------------------------------
 269 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 270 Changed paths:
 271    M /branches/dev/samtools/Makefile
 272    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 273    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 274    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 275    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 276
 277  * samtools-0.1.0-52
 278  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 279    extra functions in kseq.h.
 280  * also compile stand-alone faidx
 281
 282 ------------------------------------------------------------------------
 283 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 284 Changed paths:
 285    M /branches/dev/samtools/bam.h
 286    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 287    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 288
 289  * samtools-0.1.0-51
 290  * sorting by read names is available
 291
 292 ------------------------------------------------------------------------
 293 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 294 Changed paths:
 295    M /branches/dev/samtools/bam.c
 296    M /branches/dev/samtools/bam.h
 297    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 298    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 299    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 300    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 301    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 302    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 303    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 304
 305  * samtools-0.1.0-50
 306  * format change to meet the latest specification
 307
 308 ------------------------------------------------------------------------
 309 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 310 Changed paths:
 311    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 312    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 313
 314  * minor change in maqcns: special care when n==0
 315  * change maq2sam to meet the latest specification
 316
 317 ------------------------------------------------------------------------
 318 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 319 Changed paths:
 320    M /branches/dev/samtools/razf.c
 321    M /branches/dev/samtools/razf.h
 322
 323 considerable code clean up in razf
 324
 325 ------------------------------------------------------------------------
 326 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 327 Changed paths:
 328    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 329    M /branches/dev/samtools/Makefile
 330    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 331
 332 make RAZF optional in faidx.c
 333
 334 ------------------------------------------------------------------------
 335 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 336 Changed paths:
 337    M /branches/dev/samtools/Makefile
 338    M /branches/dev/samtools/bam.h
 339    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 340    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 341    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 342
 343  * samtools-0.1.0-49
 344  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 345
 346 ------------------------------------------------------------------------
 347 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 348 Changed paths:
 349    M /branches/dev/samtools/bam.c
 350    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 351    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 352    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 353    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 354    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 355
 356  * samtools-0.1.0-48
 357  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 358  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 359  * supporting hex strings
 360
 361 ------------------------------------------------------------------------
 362 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 363 Changed paths:
 364    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 365    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 366
 367  * samtools-0.1.0-47
 368  * fixed the bug in maqcns
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 372 Changed paths:
 373    M /branches/dev/samtools/Makefile
 374    M /branches/dev/samtools/bam.h
 375    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 376    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 377    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 378    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 379    A /branches/dev/samtools/glf.h
 380
 381  * samtools-0.1.0-46
 382  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 383
 384 ------------------------------------------------------------------------
 385 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 386 Changed paths:
 387    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 388    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 389    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 390
 391  * samtools-0.1.0-45
 392  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 393  * better coordinates and reference sequence
 394
 395 ------------------------------------------------------------------------
 396 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 397 Changed paths:
 398    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 399
 400 new ChangeLog
 401
 402 ------------------------------------------------------------------------
 403 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 404 Changed paths:
 405    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 406    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 407
 408 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 409 the log of my personal SVN repository.
 410
 411 ------------------------------------------------------------------------
 412 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 413 Changed paths:
 414    M /branches/dev/samtools/Makefile
 415    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 416    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 417
 418  * samtools-0.1.0-44
 419  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 420    missing these declarations will make bgzf buggy
 421  * get rid of some harmless warings
 422  * use BGZF by default, now
 423
 424 ------------------------------------------------------------------------
 425 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 426 Changed paths:
 427    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 428    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 429    M /branches/dev/samtools/razf.c
 430
 431  * samtools-0.1.0-43
 432  * fixed a bug in razf_read()
 433  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 434
 435 ------------------------------------------------------------------------
 436 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 437 Changed paths:
 438    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 439
 440 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 441
 442 ------------------------------------------------------------------------
 443 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 444 Changed paths:
 445    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 446
 447  * samtools-0.1.0-42
 448  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 449    also update the version number anyway to avoid confusion
 450
 451 ------------------------------------------------------------------------
 452 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 453 Changed paths:
 454    M /branches/dev/samtools/razf.c
 455
 456 a change from Jue, but I think it should not matter
 457
 458 ------------------------------------------------------------------------
 459 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 460 Changed paths:
 461    M /branches/dev/samtools/razf.c
 462
 463 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 464 rarely happens, very rarely.
 465
 466 ------------------------------------------------------------------------
 467 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 468 Changed paths:
 469    M /branches/dev/samtools/razf.c
 470
 471 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 472
 473 ------------------------------------------------------------------------
 474 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 475 Changed paths:
 476    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 477
 478 remove a comment
 479
 480 ------------------------------------------------------------------------
 481 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 482 Changed paths:
 483    M /branches/dev/samtools/Makefile
 484    M /branches/dev/samtools/bam.h
 485    M /branches/dev/samtools/razf.c
 486    M /branches/dev/samtools/razf.h
 487
 488  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 489
 490 ------------------------------------------------------------------------
 491 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 492 Changed paths:
 493    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 494
 495 the manual page
 496
 497 ------------------------------------------------------------------------
 498 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 499 Changed paths:
 500    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 501    A /branches/dev/samtools/Makefile
 502    A /branches/dev/samtools/bam.c
 503    A /branches/dev/samtools/bam.h
 504    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 505    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 506    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 507    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 508    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 509    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 510    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 511    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 512    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 513    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 514    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 515    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 516    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 517    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 518    A /branches/dev/samtools/khash.h
 519    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 520    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 521    A /branches/dev/samtools/misc
 522    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 523    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 524    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 525    A /branches/dev/samtools/razf.c
 526    A /branches/dev/samtools/razf.h
 527    A /branches/dev/samtools/razip.c
 528    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 529
 530 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 531 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 532
 533 ------------------------------------------------------------------------
 534 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 535 Changed paths:
 536    A /branches/dev/samtools
 537
 538 samtools (C version)
 539
 540 ------------------------------------------------------------------------