ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r104 | lh3lh3 | 2009-01-18 17:31:21 +0000 (Sun, 18 Jan 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /branches/dev/samtools/bam.h
   5    M /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
   6    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
   7
   8  * samtools-0.1.1-18
   9  * fixed a bug in bam_lpileup.c: segment start and end are not correctly recognized
  10
  11 ------------------------------------------------------------------------
  12 r103 | lh3lh3 | 2009-01-18 16:34:03 +0000 (Sun, 18 Jan 2009) | 5 lines
  13 Changed paths:
  14    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
  15    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
  16    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  17
  18  * samtools-0.1.1-17
  19  * fixed a bug when there are reads without coordinates
  20  * also recognize type 'c' as 'A'
  21  * found a bug in bam_lpileup.c; NOT fixed yet
  22
  23 ------------------------------------------------------------------------
  24 r102 | lh3lh3 | 2009-01-17 19:46:49 +0000 (Sat, 17 Jan 2009) | 2 lines
  25 Changed paths:
  26    A /branches/dev/samtools/INSTALL
  27
  28 Instruction for compilation
  29
  30 ------------------------------------------------------------------------
  31 r101 | lh3lh3 | 2009-01-17 19:31:36 +0000 (Sat, 17 Jan 2009) | 3 lines
  32 Changed paths:
  33    M /branches/dev/samtools/Makefile
  34    A /branches/dev/samtools/Makefile.lite
  35    M /branches/dev/samtools/bam.h
  36    M /branches/dev/samtools/faidx.c
  37    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
  38    M /branches/dev/samtools/razf.c
  39
  40  * replaced HAVE_RAZF with _NO_RAZF
  41  * added Makefile.lite for people who have trouble with razf.c
  42
  43 ------------------------------------------------------------------------
  44 r100 | lh3lh3 | 2009-01-16 10:03:37 +0000 (Fri, 16 Jan 2009) | 3 lines
  45 Changed paths:
  46    M /branches/dev/samtools/bam_mate.c
  47    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  48    M /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c
  49
  50  * samtools-0.1.1-15
  51  * fixed another bug in fixmate: unmapped pair has non-zero isize
  52
  53 ------------------------------------------------------------------------
  54 r99 | lh3lh3 | 2009-01-16 09:13:36 +0000 (Fri, 16 Jan 2009) | 4 lines
  55 Changed paths:
  56    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
  57    M /branches/dev/samtools/bam_mate.c
  58    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  59
  60  * samtools-0.1.1-14
  61  * fixed a bug in fixmate: isize not equal to zero if two ends mapped to
  62    different chr
  63
  64 ------------------------------------------------------------------------
  65 r98 | lh3lh3 | 2009-01-15 16:47:41 +0000 (Thu, 15 Jan 2009) | 3 lines
  66 Changed paths:
  67    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
  68    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  69
  70  * samtools-0.1.1-13
  71  * fixed the prior for hom indels (Richard pointed this out)
  72
  73 ------------------------------------------------------------------------
  74 r97 | lh3lh3 | 2009-01-15 16:38:47 +0000 (Thu, 15 Jan 2009) | 4 lines
  75 Changed paths:
  76    M /branches/dev/samtools/COPYING
  77    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
  78    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  79    M /branches/dev/samtools/source.dot
  80
  81  * samtools-0.1.1-12
  82  * fixed a bug in sort
  83  * update source file graph and copyright information
  84
  85 ------------------------------------------------------------------------
  86 r96 | lh3lh3 | 2009-01-14 21:46:14 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 2 lines
  87 Changed paths:
  88    M /branches/dev/samtools/glf.c
  89
  90 fixed a typo
  91
  92 ------------------------------------------------------------------------
  93 r95 | lh3lh3 | 2009-01-14 21:44:53 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 2 lines
  94 Changed paths:
  95    M /branches/dev/samtools/glf.c
  96
  97 added a main function for glf.c
  98
  99 ------------------------------------------------------------------------
 100 r94 | lh3lh3 | 2009-01-14 17:14:59 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 4 lines
 101 Changed paths:
 102    M /branches/dev/samtools/Makefile
 103    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 104    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 105    M /branches/dev/samtools/bgzf.h
 106    A /branches/dev/samtools/glf.c
 107    M /branches/dev/samtools/glf.h
 108
 109  * samtools-0.1.1-11
 110  * generate binary GLFv2
 111  * added glfview command to dump GLFv2 binary file
 112
 113 ------------------------------------------------------------------------
 114 r93 | lh3lh3 | 2009-01-14 15:07:44 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 4 lines
 115 Changed paths:
 116    M /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c
 117    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 118    M /branches/dev/samtools/glf.h
 119
 120  * samtools-0.1.1-10
 121  * fixed several bugs in rmdup
 122  * prepare to generate GLF2
 123
 124 ------------------------------------------------------------------------
 125 r92 | lh3lh3 | 2009-01-14 13:27:44 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 3 lines
 126 Changed paths:
 127    M /branches/dev/samtools/Makefile
 128    M /branches/dev/samtools/bam.h
 129    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 130    A /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c
 131    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 132
 133  * samtools-0.1.1-9
 134  * implemented rmdup; NOT tested yet
 135
 136 ------------------------------------------------------------------------
 137 r91 | lh3lh3 | 2009-01-13 20:15:43 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 2 lines
 138 Changed paths:
 139    M /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 140
 141 update README for typos
 142
 143 ------------------------------------------------------------------------
 144 r90 | lh3lh3 | 2009-01-13 19:57:50 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 2 lines
 145 Changed paths:
 146    M /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 147
 148 update example
 149
 150 ------------------------------------------------------------------------
 151 r89 | lh3lh3 | 2009-01-13 17:21:38 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 3 lines
 152 Changed paths:
 153    M /branches/dev/samtools/Makefile
 154    M /branches/dev/samtools/bam.c
 155    A /branches/dev/samtools/bam_mate.c
 156    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 157
 158  * samtools-0.1.1-8
 159  * added fixmate command
 160
 161 ------------------------------------------------------------------------
 162 r88 | lh3lh3 | 2009-01-13 10:48:23 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 3 lines
 163 Changed paths:
 164    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 165    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 166
 167  * samtools-0.1.1-7
 168  * change the reported indel position to the previous way
 169
 170 ------------------------------------------------------------------------
 171 r87 | lh3lh3 | 2009-01-12 22:12:12 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 4 lines
 172 Changed paths:
 173    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 174    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 175
 176  * samtools-0.1.1-6
 177  * addd glt output
 178  * allow to change indel calling parameters at the command line
 179
 180 ------------------------------------------------------------------------
 181 r86 | lh3lh3 | 2009-01-12 21:16:48 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 4 lines
 182 Changed paths:
 183    M /branches/dev/samtools/bam.h
 184    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 185    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 186    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 187
 188  * samtools-0.1.1-5
 189  * added two more flags
 190  * allowed to select reads shown in pileup with a mask
 191
 192 ------------------------------------------------------------------------
 193 r85 | lh3lh3 | 2009-01-12 20:47:51 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 4 lines
 194 Changed paths:
 195    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 196    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 197    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 198
 199  * samtools-0.1.1-4
 200  * fixed a bug in indexing (linear index)
 201  * prepare to add glt output from pileup
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r84 | lh3lh3 | 2009-01-12 09:22:35 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 3 lines
 205 Changed paths:
 206    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 207    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 208
 209  * samtools-0.1.1-3
 210  * fixed a bug in outputing the coordinate of an indel
 211
 212 ------------------------------------------------------------------------
 213 r83 | lh3lh3 | 2009-01-11 15:18:01 +0000 (Sun, 11 Jan 2009) | 3 lines
 214 Changed paths:
 215    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 216    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 217
 218  * samtools-0.1.1-2
 219  * pileup: allows to output indel sites only
 220
 221 ------------------------------------------------------------------------
 222 r82 | lh3lh3 | 2009-01-10 23:34:31 +0000 (Sat, 10 Jan 2009) | 3 lines
 223 Changed paths:
 224    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 225    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 226    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 227    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 228
 229  * samtools-0.1.1-1
 230  * implemented a Bayesian indel caller
 231
 232 ------------------------------------------------------------------------
 233 r81 | lh3lh3 | 2009-01-09 09:54:28 +0000 (Fri, 09 Jan 2009) | 2 lines
 234 Changed paths:
 235    M /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 236    D /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 237
 238 Let users generate ex1.fa.fai.
 239
 240 ------------------------------------------------------------------------
 241 r80 | lh3lh3 | 2009-01-08 16:10:08 +0000 (Thu, 08 Jan 2009) | 2 lines
 242 Changed paths:
 243    M /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 244
 245 make the bowtie converter works for "-k 2"
 246
 247 ------------------------------------------------------------------------
 248 r78 | lh3lh3 | 2009-01-03 17:25:24 +0000 (Sat, 03 Jan 2009) | 2 lines
 249 Changed paths:
 250    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 251
 252 fixed a bug for "QC" reads
 253
 254 ------------------------------------------------------------------------
 255 r77 | lh3lh3 | 2009-01-01 18:32:06 +0000 (Thu, 01 Jan 2009) | 3 lines
 256 Changed paths:
 257    A /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 258    M /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl
 259
 260  * soap2sam.pl: added NM tag
 261  * bowtie2sam.pl: converter for bowtie
 262
 263 ------------------------------------------------------------------------
 264 r76 | lh3lh3 | 2008-12-31 23:24:24 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 265 Changed paths:
 266    A /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl
 267
 268 soap2sam.pl: convert soap output to SAM
 269
 270 ------------------------------------------------------------------------
 271 r75 | lh3lh3 | 2008-12-31 17:54:32 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 3 lines
 272 Changed paths:
 273    M /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 274
 275  * wgsim_eval.pl-0.1.1
 276  * fixed a bug for a contig name like "NT_012345"
 277
 278 ------------------------------------------------------------------------
 279 r74 | lh3lh3 | 2008-12-31 16:38:21 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 280 Changed paths:
 281    A /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 282
 283  * evaluate alignment for reads generated by wgsim
 284
 285 ------------------------------------------------------------------------
 286 r73 | lh3lh3 | 2008-12-31 15:11:22 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 287 Changed paths:
 288    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 289    M /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c
 290
 291 fixed compiling warnings for wgsim
 292
 293 ------------------------------------------------------------------------
 294 r72 | lh3lh3 | 2008-12-31 13:40:51 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 295 Changed paths:
 296    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 297
 298 remove an unused variable (a compiler warning only)
 299
 300 ------------------------------------------------------------------------
 301 r71 | lh3lh3 | 2008-12-31 13:37:16 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 302 Changed paths:
 303    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 304    A /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c
 305
 306 wgsim: Paired-end reads simulator
 307
 308 ------------------------------------------------------------------------
 309 r70 | bhandsaker | 2008-12-29 20:27:16 +0000 (Mon, 29 Dec 2008) | 2 lines
 310 Changed paths:
 311    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 312    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 313
 314 Move definition of bam_nt16_nt4_table so we can build without curses.
 315
 316 ------------------------------------------------------------------------
 317 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 318 Changed paths:
 319    A /branches/dev/samtools/NEWS
 320    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 321    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 322
 323 Release samtools-0.1.1
 324
 325 ------------------------------------------------------------------------
 326 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 327 Changed paths:
 328    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 329    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 330    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 331    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 332    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 333    M /branches/dev/samtools/razf.c
 334    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 335
 336  * samtools-0.1.0-66
 337  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 338  * fixed a memory leak in parsing a region
 339  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 340  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 341  * fixed a bug in indexing for small alignment
 342  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 343  * updated documentation
 344  * prepare to release 0.1.1
 345
 346 ------------------------------------------------------------------------
 347 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 348 Changed paths:
 349    A /branches/dev/samtools/examples
 350    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 351    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 352    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 353    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 354
 355 example
 356
 357 ------------------------------------------------------------------------
 358 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 359 Changed paths:
 360    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 361
 362 update ChangeLog
 363
 364 ------------------------------------------------------------------------
 365 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 366 Changed paths:
 367    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 368
 369  * added comments
 370  * fixed several bugs
 371
 372 ------------------------------------------------------------------------
 373 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 374 Changed paths:
 375    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 376
 377 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 378
 379 ------------------------------------------------------------------------
 380 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 381 Changed paths:
 382    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 383    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 384    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 385    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 386    A /branches/dev/samtools/source.dot
 387
 388  * samtools-0.1.0-65
 389  * pileup: generate maq-like simple output
 390  * pileup: allow to output pileup at required sites
 391  * source.dot: source file relationship graph
 392  * tview: fixed a minor bug
 393
 394 ------------------------------------------------------------------------
 395 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 396 Changed paths:
 397    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 398
 399 remove all2sam.pl
 400
 401 ------------------------------------------------------------------------
 402 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 403 Changed paths:
 404    A /branches/dev/samtools/COPYING
 405    M /branches/dev/samtools/bam.h
 406    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 407    M /branches/dev/samtools/khash.h
 408    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 409    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 410    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 411
 412 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 413
 414 ------------------------------------------------------------------------
 415 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 416 Changed paths:
 417    M /branches/dev/samtools/bam.c
 418    M /branches/dev/samtools/bam.h
 419    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 420    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 421    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 422
 423  * samtools-0.1.0-64
 424  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 425
 426 ------------------------------------------------------------------------
 427 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 428 Changed paths:
 429    M /branches/dev/samtools/bam.c
 430    M /branches/dev/samtools/bam.h
 431    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 432    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 433    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 434
 435  * samtools-0.1.0-63
 436  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 437
 438 ------------------------------------------------------------------------
 439 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 440 Changed paths:
 441    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 442    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 443    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 444
 445  * samtools-0.1.0-62
 446  * fixed a memory leak
 447
 448 ------------------------------------------------------------------------
 449 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 450 Changed paths:
 451    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 452    M /branches/dev/samtools/bam.h
 453    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 454
 455 update documentation, ChangeLog and a comment
 456
 457 ------------------------------------------------------------------------
 458 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 459 Changed paths:
 460    M /branches/dev/samtools/Makefile
 461    M /branches/dev/samtools/bam.h
 462    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 463    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 464    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 465    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 466    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 467    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 468
 469  * samtools-0.1.0-61
 470  * moved pileup command to a separate source file
 471  * added indel caller
 472  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 473  * updated documentation
 474
 475 ------------------------------------------------------------------------
 476 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 477 Changed paths:
 478    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 479    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 480
 481  * samtools-0.1.0-60
 482  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 483
 484 ------------------------------------------------------------------------
 485 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 486 Changed paths:
 487    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 488    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 489    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 490
 491  * samtools-0.1.0-59
 492  * pileup: outputing consensus is now optional
 493  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 494    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 495
 496 ------------------------------------------------------------------------
 497 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 498 Changed paths:
 499    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 500    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 501
 502  * samtools-0.1.0-58
 503  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 504    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 505    and imposing it would make it harder to generate for other language
 506    bindings.
 507
 508 ------------------------------------------------------------------------
 509 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 510 Changed paths:
 511    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 512
 513 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 514
 515 ------------------------------------------------------------------------
 516 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 517 Changed paths:
 518    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 519
 520 update manual
 521
 522 ------------------------------------------------------------------------
 523 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 524 Changed paths:
 525    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 526    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 527
 528  * samtools-0.1.0-57
 529  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 530  * made the parser a bit more robust
 531
 532 ------------------------------------------------------------------------
 533 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 534 Changed paths:
 535    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 536    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 537    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 538
 539  * samtools-0.1.0-56
 540  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 541  * fixed a typo in bam_index.c
 542  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 543
 544 ------------------------------------------------------------------------
 545 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 546 Changed paths:
 547    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 548
 549 update manual
 550
 551 ------------------------------------------------------------------------
 552 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 553 Changed paths:
 554    M /branches/dev/samtools/bam.h
 555    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 556    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 557
 558  * samtools-0.1.0-55
 559  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 560  * removed -v from pileup
 561  * made pileup take the reference sequence
 562
 563 ------------------------------------------------------------------------
 564 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 565 Changed paths:
 566    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 567    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 568    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 569
 570  * samtools-0.1.0-54
 571  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 572  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 573
 574 ------------------------------------------------------------------------
 575 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 576 Changed paths:
 577    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 578
 579 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 580
 581 ------------------------------------------------------------------------
 582 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 583 Changed paths:
 584    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 585
 586 also calculate unordered md5sum check
 587
 588 ------------------------------------------------------------------------
 589 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 590 Changed paths:
 591    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 592
 593 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 594
 595 ------------------------------------------------------------------------
 596 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 597 Changed paths:
 598    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 599
 600 fixed a potential memory leak
 601
 602 ------------------------------------------------------------------------
 603 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 604 Changed paths:
 605    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 606    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 607    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 608
 609  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 610
 611 ------------------------------------------------------------------------
 612 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 613 Changed paths:
 614    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 615
 616 nothing, really
 617
 618 ------------------------------------------------------------------------
 619 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 620 Changed paths:
 621    M /branches/dev/samtools/Makefile
 622    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 623    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 624    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 625    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 626    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 627
 628  * fixed two warnings in kseq.h
 629  * added md5sum utilities
 630
 631 ------------------------------------------------------------------------
 632 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 633 Changed paths:
 634    M /branches/dev/samtools/Makefile
 635    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 636    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 637    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 638    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 639
 640  * samtools-0.1.0-52
 641  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 642    extra functions in kseq.h.
 643  * also compile stand-alone faidx
 644
 645 ------------------------------------------------------------------------
 646 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 647 Changed paths:
 648    M /branches/dev/samtools/bam.h
 649    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 650    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 651
 652  * samtools-0.1.0-51
 653  * sorting by read names is available
 654
 655 ------------------------------------------------------------------------
 656 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 657 Changed paths:
 658    M /branches/dev/samtools/bam.c
 659    M /branches/dev/samtools/bam.h
 660    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 661    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 662    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 663    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 664    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 665    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 666    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 667
 668  * samtools-0.1.0-50
 669  * format change to meet the latest specification
 670
 671 ------------------------------------------------------------------------
 672 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 673 Changed paths:
 674    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 675    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 676
 677  * minor change in maqcns: special care when n==0
 678  * change maq2sam to meet the latest specification
 679
 680 ------------------------------------------------------------------------
 681 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 682 Changed paths:
 683    M /branches/dev/samtools/razf.c
 684    M /branches/dev/samtools/razf.h
 685
 686 considerable code clean up in razf
 687
 688 ------------------------------------------------------------------------
 689 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 690 Changed paths:
 691    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 692    M /branches/dev/samtools/Makefile
 693    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 694
 695 make RAZF optional in faidx.c
 696
 697 ------------------------------------------------------------------------
 698 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 699 Changed paths:
 700    M /branches/dev/samtools/Makefile
 701    M /branches/dev/samtools/bam.h
 702    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 703    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 704    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 705
 706  * samtools-0.1.0-49
 707  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 708
 709 ------------------------------------------------------------------------
 710 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 711 Changed paths:
 712    M /branches/dev/samtools/bam.c
 713    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 714    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 715    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 716    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 717    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 718
 719  * samtools-0.1.0-48
 720  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 721  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 722  * supporting hex strings
 723
 724 ------------------------------------------------------------------------
 725 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 726 Changed paths:
 727    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 728    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 729
 730  * samtools-0.1.0-47
 731  * fixed the bug in maqcns
 732
 733 ------------------------------------------------------------------------
 734 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 735 Changed paths:
 736    M /branches/dev/samtools/Makefile
 737    M /branches/dev/samtools/bam.h
 738    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 739    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 740    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 741    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 742    A /branches/dev/samtools/glf.h
 743
 744  * samtools-0.1.0-46
 745  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 746
 747 ------------------------------------------------------------------------
 748 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 749 Changed paths:
 750    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 751    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 752    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 753
 754  * samtools-0.1.0-45
 755  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 756  * better coordinates and reference sequence
 757
 758 ------------------------------------------------------------------------
 759 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 760 Changed paths:
 761    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 762
 763 new ChangeLog
 764
 765 ------------------------------------------------------------------------
 766 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 767 Changed paths:
 768    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 769    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 770
 771 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 772 the log of my personal SVN repository.
 773
 774 ------------------------------------------------------------------------
 775 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 776 Changed paths:
 777    M /branches/dev/samtools/Makefile
 778    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 779    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 780
 781  * samtools-0.1.0-44
 782  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 783    missing these declarations will make bgzf buggy
 784  * get rid of some harmless warings
 785  * use BGZF by default, now
 786
 787 ------------------------------------------------------------------------
 788 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 789 Changed paths:
 790    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 791    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 792    M /branches/dev/samtools/razf.c
 793
 794  * samtools-0.1.0-43
 795  * fixed a bug in razf_read()
 796  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 797
 798 ------------------------------------------------------------------------
 799 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 800 Changed paths:
 801    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 802
 803 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 804
 805 ------------------------------------------------------------------------
 806 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 807 Changed paths:
 808    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 809
 810  * samtools-0.1.0-42
 811  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 812    also update the version number anyway to avoid confusion
 813
 814 ------------------------------------------------------------------------
 815 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 816 Changed paths:
 817    M /branches/dev/samtools/razf.c
 818
 819 a change from Jue, but I think it should not matter
 820
 821 ------------------------------------------------------------------------
 822 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 823 Changed paths:
 824    M /branches/dev/samtools/razf.c
 825
 826 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 827 rarely happens, very rarely.
 828
 829 ------------------------------------------------------------------------
 830 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 831 Changed paths:
 832    M /branches/dev/samtools/razf.c
 833
 834 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 835
 836 ------------------------------------------------------------------------
 837 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 838 Changed paths:
 839    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 840
 841 remove a comment
 842
 843 ------------------------------------------------------------------------
 844 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 845 Changed paths:
 846    M /branches/dev/samtools/Makefile
 847    M /branches/dev/samtools/bam.h
 848    M /branches/dev/samtools/razf.c
 849    M /branches/dev/samtools/razf.h
 850
 851  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 852
 853 ------------------------------------------------------------------------
 854 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 855 Changed paths:
 856    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 857
 858 the manual page
 859
 860 ------------------------------------------------------------------------
 861 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 862 Changed paths:
 863    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 864    A /branches/dev/samtools/Makefile
 865    A /branches/dev/samtools/bam.c
 866    A /branches/dev/samtools/bam.h
 867    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 868    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 869    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 870    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 871    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 872    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 873    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 874    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 875    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 876    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 877    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 878    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 879    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 880    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 881    A /branches/dev/samtools/khash.h
 882    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 883    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 884    A /branches/dev/samtools/misc
 885    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 886    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 887    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 888    A /branches/dev/samtools/razf.c
 889    A /branches/dev/samtools/razf.h
 890    A /branches/dev/samtools/razip.c
 891    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 892
 893 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 894 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 895
 896 ------------------------------------------------------------------------
 897 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 898 Changed paths:
 899    A /branches/dev/samtools
 900
 901 samtools (C version)
 902
 903 ------------------------------------------------------------------------