ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam.h
   5    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
   6    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
   7    M /trunk/samtools/bamtk.c
   8
   9  * samtools-0.1.7-14 (r591)
  10  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
  11
  12 ------------------------------------------------------------------------
  13 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
  14 Changed paths:
  15    M /trunk/samtools/bam.h
  16    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  17    M /trunk/samtools/bamtk.c
  18
  19  * samtools-0.1.7-13 (r590)
  20  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
  21
  22 ------------------------------------------------------------------------
  23 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  24 Changed paths:
  25    M /trunk/samtools/bam.h
  26    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  27    M /trunk/samtools/bamtk.c
  28
  29  * samtools-0.1.7-12 (r589)
  30  * added iterator-like APIs for pileup
  31
  32 ------------------------------------------------------------------------
  33 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  34 Changed paths:
  35    M /trunk/samtools/bam_index.c
  36    M /trunk/samtools/bamtk.c
  37
  38  * samtools-0.1.7-11 (r588)
  39  * ported a few improvements from tabix back to samtools
  40
  41 ------------------------------------------------------------------------
  42 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  43 Changed paths:
  44    M /trunk/samtools/bam.h
  45    M /trunk/samtools/bam_index.c
  46    M /trunk/samtools/bamtk.c
  47
  48  * samtools-0.1.7-10 (r587)
  49  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/Makefile
  55    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
  56    M /trunk/samtools/bamtk.c
  57    M /trunk/samtools/bgzf.c
  58
  59  * samtools-0.1.7-9 (r586)
  60  * added "reheader" to replace the BAM header
  61
  62 ------------------------------------------------------------------------
  63 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  64 Changed paths:
  65    M /trunk/samtools/bam.c
  66    M /trunk/samtools/bamtk.c
  67    M /trunk/samtools/kstring.h
  68
  69  * samtools-0.1.7-8 (r585)
  70  * speed up "view"
  71
  72 ------------------------------------------------------------------------
  73 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
  74 Changed paths:
  75    M /trunk/samtools/bam.c
  76    M /trunk/samtools/bamtk.c
  77    M /trunk/samtools/bgzf.c
  78    M /trunk/samtools/bgzf.h
  79    M /trunk/samtools/kstring.h
  80    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
  81
  82  * samtools-0.1.7-7 (r584)
  83  * ported tabix BGZF to samtools
  84  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
  85
  86 ------------------------------------------------------------------------
  87 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
  88 Changed paths:
  89    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
  90
  91 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
  92 ------------------------------------------------------------------------
  93 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
  94 Changed paths:
  95    M /trunk/samtools/samtools.1
  96
  97 Added a note about the indels coordinates
  98 ------------------------------------------------------------------------
  99 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
 100 Changed paths:
 101    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 102
 103 Added the possibility to print or not to print the reference allele
 104 ------------------------------------------------------------------------
 105 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
 106 Changed paths:
 107    M /trunk/samtools/sam_header.c
 108
 109 More descriptive message for space separated tags
 110 ------------------------------------------------------------------------
 111 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
 112 Changed paths:
 113    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 114
 115 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
 116 ------------------------------------------------------------------------
 117 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
 118 Changed paths:
 119    M /trunk/samtools/sam_header.c
 120
 121 Fixed the order of sequences in the header
 122 ------------------------------------------------------------------------
 123 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
 124 Changed paths:
 125    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 126
 127 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
 128 ------------------------------------------------------------------------
 129 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
 130 Changed paths:
 131    M /trunk/samtools/bam.c
 132
 133 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
 134 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
 135 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
 136
 137 ------------------------------------------------------------------------
 138 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
 139 Changed paths:
 140    M /trunk/samtools/AUTHORS
 141    M /trunk/samtools/bam.h
 142    M /trunk/samtools/bam_import.c
 143    M /trunk/samtools/sam_header.c
 144
 145 Improved efficiency of header parsing
 146 ------------------------------------------------------------------------
 147 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
 148 Changed paths:
 149    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 150
 151 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
 152
 153
 154 ------------------------------------------------------------------------
 155 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
 156 Changed paths:
 157    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 158
 159 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
 160 ------------------------------------------------------------------------
 161 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
 162 Changed paths:
 163    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 164
 165 Print an error for pileups in simple format
 166 ------------------------------------------------------------------------
 167 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
 168 Changed paths:
 169    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 170
 171 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
 172
 173 ------------------------------------------------------------------------
 174 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
 175 Changed paths:
 176    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 177
 178 Added possibility to specify a custom column title for the data column
 179 ------------------------------------------------------------------------
 180 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
 181 Changed paths:
 182    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 183
 184 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
 185 ------------------------------------------------------------------------
 186 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
 187 Changed paths:
 188    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 189
 190 Added VCF header
 191 ------------------------------------------------------------------------
 192 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
 193 Changed paths:
 194    M /trunk/samtools/ChangeLog
 195    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 196    M /trunk/samtools/bamtk.c
 197    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 198    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 199
 200  * samtools-0.1.7-6
 201  * fixed a bug in faidx
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
 205 Changed paths:
 206    M /trunk/samtools/faidx.c
 207
 208 Put the right filename in the error message.
 209
 210 ------------------------------------------------------------------------
 211 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
 212 Changed paths:
 213    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 214    M /trunk/samtools/bamtk.c
 215
 216  * samtools-0.1.7-5 (r528)
 217  * further add new consensus generation strategy
 218
 219 ------------------------------------------------------------------------
 220 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 221 Changed paths:
 222    M /trunk/samtools/knetfile.c
 223
 224 Fixed a bug in knet_seek
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 227 Changed paths:
 228    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 229
 230 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
 231 ------------------------------------------------------------------------
 232 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 233 Changed paths:
 234    M /trunk/samtools/sam_header.c
 235
 236 Allow tabs in the CO header field
 237 ------------------------------------------------------------------------
 238 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
 239 Changed paths:
 240    M /trunk/samtools/Makefile
 241    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 242
 243 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
 244 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
 245
 246 ------------------------------------------------------------------------
 247 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
 248 Changed paths:
 249    M /trunk/samtools/Makefile
 250    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 251
 252 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
 253 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
 254 facilitate non-knet builds.
 255
 256 ------------------------------------------------------------------------
 257 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
 258 Changed paths:
 259    M /trunk/samtools/bamtk.c
 260    M /trunk/samtools/sam_view.c
 261
 262  * samtools-0.1.7-4 (r522)
 263  * fixed a bug in "view -r"
 264  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
 265
 266 ------------------------------------------------------------------------
 267 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
 268 Changed paths:
 269    M /trunk/samtools/bam_md.c
 270    M /trunk/samtools/bamtk.c
 271
 272  * samtools-0.1.7-3 (r521)
 273  * calmd: optionally mask matching bases as N
 274
 275 ------------------------------------------------------------------------
 276 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
 277 Changed paths:
 278    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 279    M /trunk/samtools/bamtk.c
 280    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 281
 282  * samtools-0.1.7-2 (r520)
 283  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
 284  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
 285
 286 ------------------------------------------------------------------------
 287 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
 288 Changed paths:
 289    M /trunk/samtools/Makefile
 290
 291 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
 292 as well, even with old-fashioned linkers.
 293
 294 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
 295 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
 296
 297 ------------------------------------------------------------------------
 298 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
 299 Changed paths:
 300    M /trunk/samtools/Makefile
 301    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 302
 303 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
 304
 305 ------------------------------------------------------------------------
 306 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
 307 Changed paths:
 308    M /trunk/samtools/bam_index.c
 309
 310 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
 311
 312 ------------------------------------------------------------------------
 313 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
 314 Changed paths:
 315    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
 316
 317 another example program
 318
 319 ------------------------------------------------------------------------
 320 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
 321 Changed paths:
 322    M /trunk/samtools/bam_import.c
 323    M /trunk/samtools/bamtk.c
 324    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 325    M /trunk/samtools/sam.c
 326
 327  * samtools-0.1.7-1 (r515)
 328  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
 329
 330 ------------------------------------------------------------------------
 331 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
 332 Changed paths:
 333    M /trunk/samtools/bam.c
 334
 335 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
 336
 337 ------------------------------------------------------------------------
 338 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 339 Changed paths:
 340    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 341
 342 Update Makefile.mingw for the same reason
 343
 344 ------------------------------------------------------------------------
 345 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 346 Changed paths:
 347    M /trunk/samtools/Makefile
 348
 349 Fixed a bug in compiling razip
 350
 351 ------------------------------------------------------------------------
 352 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
 353 Changed paths:
 354    M /trunk/samtools/ChangeLog
 355    M /trunk/samtools/NEWS
 356    M /trunk/samtools/bamtk.c
 357    M /trunk/samtools/samtools.1
 358
 359 Release samtools-0.1.7 (r510)
 360
 361 ------------------------------------------------------------------------
 362 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 363 Changed paths:
 364    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 365    M /trunk/samtools/bamtk.c
 366
 367  * samtools-0.1.6-22 (r509)
 368  * forget to fix a similar problem in glfgen
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 372 Changed paths:
 373    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 374    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 375    M /trunk/samtools/bamtk.c
 376    M /trunk/samtools/sam_view.c
 377
 378  * samtools-0.1.6-21 (r508)
 379  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
 380
 381 ------------------------------------------------------------------------
 382 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
 383 Changed paths:
 384    M /trunk/samtools/bamtk.c
 385    M /trunk/samtools/sam_view.c
 386
 387  * samtools-0.1.6-19 (r494)
 388  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
 389
 390 ------------------------------------------------------------------------
 391 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
 392 Changed paths:
 393    M /trunk/samtools/Makefile
 394    M /trunk/samtools/bam.c
 395    M /trunk/samtools/bam_import.c
 396    M /trunk/samtools/bamtk.c
 397    M /trunk/samtools/sam.c
 398    M /trunk/samtools/sam_header.c
 399
 400  * samtools-0.1.6-18 (r493)
 401  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 402  * a little code clean up in sam_header.c
 403
 404 ------------------------------------------------------------------------
 405 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
 406 Changed paths:
 407    M /trunk/samtools/sam_header.c
 408
 409 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
 410 ------------------------------------------------------------------------
 411 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 412 Changed paths:
 413    M /trunk/samtools/sam_view.c
 414
 415  * BUGGY VERSION
 416  * fixed a minor bug
 417
 418 ------------------------------------------------------------------------
 419 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
 420 Changed paths:
 421    M /trunk/samtools/bam.c
 422    M /trunk/samtools/bam.h
 423    M /trunk/samtools/bam_import.c
 424    M /trunk/samtools/sam.c
 425
 426  * BUGGY VERSION
 427  * improved the interface a bit
 428  * bug unfixed
 429
 430 ------------------------------------------------------------------------
 431 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 432 Changed paths:
 433    M /trunk/samtools/bam_import.c
 434    M /trunk/samtools/sam_header.c
 435    M /trunk/samtools/sam_header.h
 436
 437  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 438  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
 439
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 442 Changed paths:
 443    M /trunk/samtools/Makefile
 444    M /trunk/samtools/bam.c
 445    M /trunk/samtools/bam.h
 446    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 447    M /trunk/samtools/bam_import.c
 448    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 449    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 450    M /trunk/samtools/kaln.c
 451    M /trunk/samtools/sam.c
 452    M /trunk/samtools/sam_header.c
 453    M /trunk/samtools/sam_header.h
 454    M /trunk/samtools/sam_view.c
 455
 456  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 457  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
 458
 459 ------------------------------------------------------------------------
 460 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
 461 Changed paths:
 462    M /trunk/samtools/sam_header.c
 463    M /trunk/samtools/sam_header.h
 464
 465 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
 466 ------------------------------------------------------------------------
 467 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 468 Changed paths:
 469    M /trunk/samtools/sam_header.c
 470
 471
 472 ------------------------------------------------------------------------
 473 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 474 Changed paths:
 475    A /trunk/samtools/sam_header.c
 476    A /trunk/samtools/sam_header.h
 477
 478
 479 ------------------------------------------------------------------------
 480 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
 481 Changed paths:
 482    M /trunk/samtools/bam_import.c
 483    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 484    M /trunk/samtools/bamtk.c
 485    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 486
 487  * samtools-0.1.6-17 (r484)
 488  * fixed a memory leak in rmdupse
 489  * fixed a bug in parsing @RG header lines
 490  * test rmdup in examples/
 491
 492 ------------------------------------------------------------------------
 493 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 494 Changed paths:
 495    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 496    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 497    M /trunk/samtools/bamtk.c
 498
 499  * samtools-0.1.6-16 (r483)
 500  * unify the interface of rmdup and rmdupse
 501  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
 502
 503 ------------------------------------------------------------------------
 504 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 505 Changed paths:
 506    M /trunk/samtools/bam.h
 507    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 508    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 509    M /trunk/samtools/bamtk.c
 510    A /trunk/samtools/klist.h
 511
 512  * samtools-0.1.6-15 (r482)
 513  * rewrite rmdupse
 514  * rmdupse is now library aware
 515
 516 ------------------------------------------------------------------------
 517 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
 518 Changed paths:
 519    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 520    M /trunk/samtools/bamtk.c
 521
 522  * samtools-0.1.6-14 (r480)
 523  * rmdup is now RG aware
 524
 525 ------------------------------------------------------------------------
 526 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
 527 Changed paths:
 528    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 529
 530 added a small unitity to parse SRA XML files
 531
 532 ------------------------------------------------------------------------
 533 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
 534 Changed paths:
 535    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 536    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 537    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 538    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 539    M /trunk/samtools/bamtk.c
 540
 541  * samtools-0.1.6-13 (r479)
 542  * merge: optionally use file names as RG tags
 543
 544 ------------------------------------------------------------------------
 545 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
 546 Changed paths:
 547    M /trunk/samtools/bam.c
 548    M /trunk/samtools/bam.h
 549    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 550    M /trunk/samtools/bamtk.c
 551    M /trunk/samtools/kaln.c
 552
 553  * samtools-0.1.6-12 (r478)
 554  * fixed a bug in the indel caller
 555
 556 ------------------------------------------------------------------------
 557 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
 558 Changed paths:
 559    M /trunk/samtools/bam_index.c
 560    M /trunk/samtools/bamtk.c
 561
 562  * samtools-0.1.6-11 (r477)
 563  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
 564
 565 ------------------------------------------------------------------------
 566 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
 567 Changed paths:
 568    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 569
 570 Added the sam2vcf.pl script.
 571 ------------------------------------------------------------------------
 572 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
 573 Changed paths:
 574    M /trunk/samtools/Makefile
 575    M /trunk/samtools/bam.c
 576    M /trunk/samtools/bam.h
 577    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 578    M /trunk/samtools/bamtk.c
 579    A /trunk/samtools/kaln.c
 580    A /trunk/samtools/kaln.h
 581
 582 Unfinished modification. Please do not use this revision...
 583
 584 ------------------------------------------------------------------------
 585 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
 586 Changed paths:
 587    M /trunk/samtools/knetfile.c
 588
 589 Removed the offending knet_seek message.
 590 ------------------------------------------------------------------------
 591 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
 592 Changed paths:
 593    M /trunk/samtools/knetfile.c
 594    M /trunk/samtools/razf.c
 595
 596 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
 597 ------------------------------------------------------------------------
 598 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 599 Changed paths:
 600    M /trunk/samtools/samtools.1
 601
 602 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
 603
 604 ------------------------------------------------------------------------
 605 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 606 Changed paths:
 607    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 608
 609 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
 610
 611 ------------------------------------------------------------------------
 612 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 613 Changed paths:
 614    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 615    M /trunk/samtools/bamtk.c
 616    M /trunk/samtools/knetfile.c
 617    M /trunk/samtools/knetfile.h
 618
 619  * samtools-0.1.6-9 (r470)
 620  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
 621
 622 ------------------------------------------------------------------------
 623 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 624 Changed paths:
 625    M /trunk/samtools/bam_index.c
 626    M /trunk/samtools/bamtk.c
 627
 628  * samtools-0.1.6-9 (r469)
 629  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
 630
 631 ------------------------------------------------------------------------
 632 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
 633 Changed paths:
 634    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 635    M /trunk/samtools/bamtk.c
 636    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 637
 638  * samtools-0.1.6-7 (r468)
 639  * make merge stable
 640
 641 ------------------------------------------------------------------------
 642 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
 643 Changed paths:
 644    M /trunk/samtools/bgzf.c
 645    M /trunk/samtools/bgzip.c
 646    M /trunk/samtools/razf.c
 647    M /trunk/samtools/razip.c
 648
 649 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
 650 ------------------------------------------------------------------------
 651 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
 652 Changed paths:
 653    M /trunk/samtools/ChangeLog
 654    M /trunk/samtools/bam_md.c
 655    M /trunk/samtools/bamtk.c
 656
 657  * samtools-0.1.6-6 (r466)
 658  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
 659
 660 ------------------------------------------------------------------------
 661 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
 662 Changed paths:
 663    M /trunk/samtools/bam.c
 664    M /trunk/samtools/knetfile.c
 665
 666 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
 667 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
 668
 669 ------------------------------------------------------------------------
 670 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
 671 Changed paths:
 672    M /trunk/samtools/knetfile.c
 673    M /trunk/samtools/razf.c
 674
 675 A bug fix, "samtools view" is now working again.
 676 ------------------------------------------------------------------------
 677 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
 678 Changed paths:
 679    M /trunk/samtools/bamtk.c
 680    M /trunk/samtools/faidx.c
 681    M /trunk/samtools/knetfile.c
 682    M /trunk/samtools/knetfile.h
 683    M /trunk/samtools/razf.c
 684    M /trunk/samtools/razf.h
 685
 686  * samtools-0.1.6-5 (r462)
 687  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
 688
 689 ------------------------------------------------------------------------
 690 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
 691 Changed paths:
 692    M /trunk/samtools/samtools.1
 693
 694 fixed a formatting issue
 695
 696 ------------------------------------------------------------------------
 697 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
 698 Changed paths:
 699    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 700    M /trunk/samtools/bamtk.c
 701
 702  * samtools-0.1.6-4 (r459)
 703  * make sort output the result to stdout when -o is in use
 704
 705 ------------------------------------------------------------------------
 706 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
 707 Changed paths:
 708    M /trunk/samtools/bamtk.c
 709    M /trunk/samtools/faidx.c
 710    M /trunk/samtools/faidx.h
 711    M /trunk/samtools/samtools.1
 712
 713  * samtools-0.1.6-2 (r458)
 714  * added more interface to faidx (by Nils)
 715  * updated documentation
 716
 717 ------------------------------------------------------------------------
 718 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
 719 Changed paths:
 720    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 721    M /trunk/samtools/bamtk.c
 722
 723  * samtools-0.1.6-2 (r457)
 724  * get rid of three assert() in bam_sort.c
 725
 726 ------------------------------------------------------------------------
 727 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
 728 Changed paths:
 729    M /trunk/samtools/razf.c
 730
 731 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
 732 when opening the file fails.
 733
 734 ------------------------------------------------------------------------
 735 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
 736 Changed paths:
 737    M /trunk/samtools/ChangeLog
 738    M /trunk/samtools/NEWS
 739    M /trunk/samtools/bamtk.c
 740    M /trunk/samtools/samtools.1
 741    D /trunk/samtools/source.dot
 742
 743 Release samtools-0.1.6
 744
 745 ------------------------------------------------------------------------
 746 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
 747 Changed paths:
 748    M /trunk/samtools/bam_md.c
 749    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 750    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 751    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 752    M /trunk/samtools/bamtk.c
 753    M /trunk/samtools/samtools.1
 754
 755  * samtools-0.1.5-34 (r451)
 756  * applied the patch by John
 757  * improved the help message a little bit
 758
 759 ------------------------------------------------------------------------
 760 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
 761 Changed paths:
 762    M /trunk/samtools/bam_color.c
 763    M /trunk/samtools/bamtk.c
 764
 765  * samtools-0.1.5-33 (r450)
 766  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
 767
 768 ------------------------------------------------------------------------
 769 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
 770 Changed paths:
 771    M /trunk/samtools/bam_import.c
 772    M /trunk/samtools/bam_md.c
 773    M /trunk/samtools/bamtk.c
 774    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 775
 776  * samtools-0.1.5-32 (r449)
 777  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 778  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
 779
 780 ------------------------------------------------------------------------
 781 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
 782 Changed paths:
 783    M /trunk/samtools/ChangeLog
 784    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 785    M /trunk/samtools/bamtk.c
 786    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 787
 788  * samtools-0.1.5-31 (r448)
 789  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
 790
 791 ------------------------------------------------------------------------
 792 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
 793 Changed paths:
 794    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 795    M /trunk/samtools/bamtk.c
 796
 797  * samtools-0.1.5-30 (r447)
 798  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
 799
 800 ------------------------------------------------------------------------
 801 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
 802 Changed paths:
 803    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 804    M /trunk/samtools/bamtk.c
 805
 806  *
 807
 808 ------------------------------------------------------------------------
 809 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
 810 Changed paths:
 811    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 812    M /trunk/samtools/bamtk.c
 813
 814  * samtools-0.1.5-28 (r444)
 815  * bug in "merge -n"
 816
 817 ------------------------------------------------------------------------
 818 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
 819 Changed paths:
 820    M /trunk/samtools/bam.c
 821    M /trunk/samtools/bam_import.c
 822    M /trunk/samtools/bamtk.c
 823
 824  * samtools-0.1.5-27 (r443)
 825  * SEQ and QUAL can be "*"
 826  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
 827
 828 ------------------------------------------------------------------------
 829 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
 830 Changed paths:
 831    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 832    M /trunk/samtools/bamtk.c
 833    M /trunk/samtools/misc/md5.c
 834    M /trunk/samtools/misc/md5.h
 835    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
 836
 837  * samtools-0.1.5-26 (r442)
 838  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 839  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
 840
 841 ------------------------------------------------------------------------
 842 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
 843 Changed paths:
 844    M /trunk/samtools/bgzf.c
 845    M /trunk/samtools/bgzf.h
 846    M /trunk/samtools/bgzip.c
 847
 848 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
 849
 850 ------------------------------------------------------------------------
 851 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
 852 Changed paths:
 853    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 854    M /trunk/samtools/bamtk.c
 855
 856  * samtools-0.1.5-25 (r436)
 857  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
 858
 859 ------------------------------------------------------------------------
 860 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 861 Changed paths:
 862    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 863
 864 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
 865
 866 ------------------------------------------------------------------------
 867 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 868 Changed paths:
 869    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 870
 871 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
 872
 873 ------------------------------------------------------------------------
 874 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
 875 Changed paths:
 876    M /trunk/samtools/bamtk.c
 877    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 878    M /trunk/samtools/sam_view.c
 879
 880  * samtools-0.1.5-24 (r435)
 881  * fixed a typo
 882
 883 ------------------------------------------------------------------------
 884 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
 885 Changed paths:
 886    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 887    M /trunk/samtools/bamtk.c
 888
 889  * samtools-0.1.5-23 (r434)
 890  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
 891
 892 ------------------------------------------------------------------------
 893 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
 894 Changed paths:
 895    M /trunk/samtools/knetfile.c
 896
 897  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 898  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
 899
 900 ------------------------------------------------------------------------
 901 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
 902 Changed paths:
 903    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 904    M /trunk/samtools/bamtk.c
 905    M /trunk/samtools/faidx.c
 906    M /trunk/samtools/razf.c
 907    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
 908    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
 909
 910  * samtools-0.1.5-22 (r432)
 911  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 912  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 913  * PDCurses support in Windows
 914
 915 ------------------------------------------------------------------------
 916 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 917 Changed paths:
 918    M /trunk/samtools/win32/libz.a
 919
 920 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
 921
 922 ------------------------------------------------------------------------
 923 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 924 Changed paths:
 925    M /trunk/samtools/knetfile.c
 926
 927 add comments
 928
 929 ------------------------------------------------------------------------
 930 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
 931 Changed paths:
 932    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 933    M /trunk/samtools/bamtk.c
 934    M /trunk/samtools/knetfile.c
 935    M /trunk/samtools/knetfile.h
 936
 937  * samtools-0.1.5-21 (r428)
 938  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
 939
 940 ------------------------------------------------------------------------
 941 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 942 Changed paths:
 943    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 944
 945 simplify MinGW Makefile
 946
 947 ------------------------------------------------------------------------
 948 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 949 Changed paths:
 950    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
 951    M /trunk/samtools/bam_import.c
 952    M /trunk/samtools/bamtk.c
 953    A /trunk/samtools/win32
 954    A /trunk/samtools/win32/libz.a
 955    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
 956    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
 957
 958  * samtools-0.1.5-20 (r427)
 959  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
 960    functionality are not tested at the moment.
 961  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
 962
 963 ------------------------------------------------------------------------
 964 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
 965 Changed paths:
 966    M /trunk/samtools/bamtk.c
 967    M /trunk/samtools/sam_view.c
 968
 969  * samtools-0.1.5-19 (r426)
 970  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
 971
 972 ------------------------------------------------------------------------
 973 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 974 Changed paths:
 975    M /trunk/samtools/bgzf.c
 976
 977 compatible with Windows binary files
 978
 979 ------------------------------------------------------------------------
 980 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 981 Changed paths:
 982    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 983    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 984    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 985    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 986    M /trunk/samtools/bamtk.c
 987    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 988
 989  * samtools-0.1.5-18 (r423)
 990  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
 991    of debugging at the moment
 992  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
 993
 994 ------------------------------------------------------------------------
 995 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
 996 Changed paths:
 997    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
 998
 999 convert BLAT psl to SAM.
1000
1001 ------------------------------------------------------------------------
1002 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
1003 Changed paths:
1004    M /trunk/samtools/ChangeLog
1005    M /trunk/samtools/bam.c
1006    M /trunk/samtools/bamtk.c
1007    M /trunk/samtools/bgzf.c
1008    M /trunk/samtools/bgzf.h
1009    M /trunk/samtools/knetfile.c
1010    M /trunk/samtools/sam.c
1011    M /trunk/samtools/sam_view.c
1012
1013  * samtools-0.1.5-17 (r422)
1014  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
1015  * write an empty BGZF block to every BGZF file
1016  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
1017  * update ChangeLog
1018
1019 ------------------------------------------------------------------------
1020 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
1021 Changed paths:
1022    M /trunk/samtools/bam_import.c
1023    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1024    M /trunk/samtools/bamtk.c
1025    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1026    M /trunk/samtools/sam.c
1027    M /trunk/samtools/sam.h
1028    M /trunk/samtools/sam_view.c
1029
1030  * samtools-0.1.5-16 (r421)
1031  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
1032
1033 ------------------------------------------------------------------------
1034 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
1035 Changed paths:
1036    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1037
1038 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
1039
1040 ------------------------------------------------------------------------
1041 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
1042 Changed paths:
1043    M /trunk/samtools/bam_import.c
1044    M /trunk/samtools/bamtk.c
1045    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1046    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1047
1048  * samtools-0.1.5-15 (r419)
1049  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
1050  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
1051  * add "unique" command to samtools.pl
1052
1053 ------------------------------------------------------------------------
1054 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
1055 Changed paths:
1056    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1057
1058 skip @header lines in SAM
1059
1060 ------------------------------------------------------------------------
1061 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1062 Changed paths:
1063    M /trunk/samtools/bamtk.c
1064    M /trunk/samtools/sam_view.c
1065
1066  * samtools-0.1.5-14 (r417)
1067  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
1068
1069 ------------------------------------------------------------------------
1070 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1071 Changed paths:
1072    M /trunk/samtools/bam.c
1073    M /trunk/samtools/bam.h
1074    M /trunk/samtools/bam_import.c
1075    M /trunk/samtools/bamtk.c
1076    M /trunk/samtools/sam.c
1077    M /trunk/samtools/sam.h
1078    M /trunk/samtools/sam_view.c
1079
1080  * samtools-0.1.5-17 (r416)
1081  * support import/export SAM with string tags
1082
1083 ------------------------------------------------------------------------
1084 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1085 Changed paths:
1086    M /trunk/samtools/bam.c
1087    M /trunk/samtools/bam.h
1088    M /trunk/samtools/bam_import.c
1089    M /trunk/samtools/bamtk.c
1090    M /trunk/samtools/sam.c
1091    M /trunk/samtools/sam.h
1092    M /trunk/samtools/sam_view.c
1093
1094  * samtools-0.1.5-12 (r415)
1095  * FLAG now can be in HEX
1096
1097 ------------------------------------------------------------------------
1098 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
1099 Changed paths:
1100    M /trunk/samtools/kstring.h
1101
1102 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
1103
1104 ------------------------------------------------------------------------
1105 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
1106 Changed paths:
1107    M /trunk/samtools/kstring.c
1108    M /trunk/samtools/kstring.h
1109
1110 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
1111
1112 ------------------------------------------------------------------------
1113 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
1114 Changed paths:
1115    M /trunk/samtools/bam_index.c
1116
1117 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
1118
1119 ------------------------------------------------------------------------
1120 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1121 Changed paths:
1122    M /trunk/samtools/bam_md.c
1123    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1124    M /trunk/samtools/bamtk.c
1125    M /trunk/samtools/bgzf.c
1126
1127  * samtools-0.1.5-11 (r408)
1128  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
1129    from fillmd.
1130  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
1131
1132 ------------------------------------------------------------------------
1133 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1134 Changed paths:
1135    M /trunk/samtools/bam.h
1136    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1137    M /trunk/samtools/bam_md.c
1138    M /trunk/samtools/bamtk.c
1139    M /trunk/samtools/sam.h
1140
1141  * samtools-0.1.5-10 (r407)
1142  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
1143  * fillmd: generate the NM tag
1144  * fillmd: cmd interface improvement
1145
1146 ------------------------------------------------------------------------
1147 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
1148 Changed paths:
1149    M /trunk/samtools/Makefile
1150
1151 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
1152
1153 ------------------------------------------------------------------------
1154 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1155 Changed paths:
1156    M /trunk/samtools/Makefile
1157    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1158    M /trunk/samtools/bamtk.c
1159
1160  * samtools-0.1.5-9 (r405)
1161  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
1162
1163 ------------------------------------------------------------------------
1164 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1165 Changed paths:
1166    M /trunk/samtools/Makefile
1167    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1168    M /trunk/samtools/bamtk.c
1169
1170  * samtools-0.1.5-8 (r404)
1171  * compatible with PDCurses
1172
1173 ------------------------------------------------------------------------
1174 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1175 Changed paths:
1176    M /trunk/samtools/bamtk.c
1177    M /trunk/samtools/kseq.h
1178
1179  * samtools-0.1.5-7 (r403)
1180  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
1181
1182 ------------------------------------------------------------------------
1183 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
1184 Changed paths:
1185    M /trunk/samtools/bam_import.c
1186    M /trunk/samtools/bam_index.c
1187    M /trunk/samtools/bamtk.c
1188    M /trunk/samtools/bgzf.c
1189
1190  * samtools-0.1.5-6 (r402)
1191  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
1192  * improve portability to MinGW
1193
1194 ------------------------------------------------------------------------
1195 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1196 Changed paths:
1197    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
1198    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
1199    D /trunk/samtools/bam_lite.c
1200
1201  * move bam_lite.c to bam-lite
1202  * copy bam.h to bam-lite
1203
1204 ------------------------------------------------------------------------
1205 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1206 Changed paths:
1207    M /trunk/samtools/bam.h
1208    M /trunk/samtools/bam_lite.c
1209    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1210    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1211    M /trunk/samtools/bamtk.c
1212
1213  * samtools-0.1.5-5 (r395)
1214  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
1215
1216 ------------------------------------------------------------------------
1217 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1218 Changed paths:
1219    M /trunk/samtools/bamtk.c
1220    M /trunk/samtools/knetfile.c
1221    M /trunk/samtools/knetfile.h
1222
1223  * samtools-0.1.5-4 (r394)
1224  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
1225
1226 ------------------------------------------------------------------------
1227 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
1228 Changed paths:
1229    M /trunk/samtools/bam_index.c
1230    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1231    M /trunk/samtools/bamtk.c
1232    M /trunk/samtools/knetfile.c
1233    M /trunk/samtools/knetfile.h
1234
1235  * samtools-0.1.5-3 (r393)
1236  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
1237  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
1238    not seen the sideeffect so far.
1239
1240 ------------------------------------------------------------------------
1241 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
1242 Changed paths:
1243    M /trunk/samtools/samtools.1
1244
1245 Remove the warning in tview
1246
1247 ------------------------------------------------------------------------
1248 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1249 Changed paths:
1250    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1251    M /trunk/samtools/bamtk.c
1252
1253  * samtools-0.1.5-2 (r391)
1254  * do not show a blank screen when no reads mapped
1255
1256 ------------------------------------------------------------------------
1257 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
1258 Changed paths:
1259    M /trunk/samtools/bam.h
1260    A /trunk/samtools/bam_lite.c
1261    M /trunk/samtools/bamtk.c
1262
1263  * samtools-0.1.5-1 (r390)
1264  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
1265  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
1266
1267 ------------------------------------------------------------------------
1268 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1269 Changed paths:
1270    M /trunk/samtools/bamtk.c
1271    M /trunk/samtools/knetfile.c
1272
1273 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
1274
1275 ------------------------------------------------------------------------
1276 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1277 Changed paths:
1278    M /trunk/samtools/bamtk.c
1279    M /trunk/samtools/sam.c
1280
1281 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
1282
1283 ------------------------------------------------------------------------
1284 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1285 Changed paths:
1286    M /trunk/samtools/Makefile
1287    M /trunk/samtools/bam.h
1288    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1289    M /trunk/samtools/bamtk.c
1290
1291 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
1292
1293 ------------------------------------------------------------------------
1294 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1295 Changed paths:
1296    M /trunk/samtools/ChangeLog
1297    M /trunk/samtools/NEWS
1298    M /trunk/samtools/bamtk.c
1299    M /trunk/samtools/samtools.1
1300
1301 Release samtools-0.1.5
1302
1303 ------------------------------------------------------------------------
1304 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
1305 Changed paths:
1306    M /trunk/samtools/bamtk.c
1307    M /trunk/samtools/sam.c
1308
1309  * samtools-0.1.4-23 (r372)
1310  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
1311
1312 ------------------------------------------------------------------------
1313 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
1314 Changed paths:
1315    M /trunk/samtools/samtools.1
1316
1317 update documentation
1318
1319 ------------------------------------------------------------------------
1320 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
1321 Changed paths:
1322    M /trunk/samtools/Makefile
1323
1324 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
1325
1326 ------------------------------------------------------------------------
1327 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
1328 Changed paths:
1329    M /trunk/samtools/ChangeLog
1330    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1331    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1332    M /trunk/samtools/bamtk.c
1333
1334  * samtools-0.1.4-22 (r369)
1335  * in pileup, optionally print E2 and U2
1336  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
1337
1338 ------------------------------------------------------------------------
1339 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
1340 Changed paths:
1341    M /trunk/samtools/bam.c
1342    M /trunk/samtools/bam.h
1343    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1344    M /trunk/samtools/bam_index.c
1345    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1346    M /trunk/samtools/bam_md.c
1347    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1348    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1349    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1350    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1351    M /trunk/samtools/bamtk.c
1352    M /trunk/samtools/faidx.c
1353    M /trunk/samtools/faidx.h
1354    M /trunk/samtools/glf.c
1355
1356  * samtools-0.1.4-21 (r368)
1357  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
1358    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
1359    inconsistency. I was just a bit lazy.
1360  * small memory leak may be present on failure, though
1361
1362 ------------------------------------------------------------------------
1363 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1364 Changed paths:
1365    M /trunk/samtools/knetfile.c
1366
1367 reduce the chance of blocking in FTP connection
1368
1369 ------------------------------------------------------------------------
1370 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1371 Changed paths:
1372    M /trunk/samtools/knetfile.c
1373
1374 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
1375
1376 ------------------------------------------------------------------------
1377 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1378 Changed paths:
1379    M /trunk/samtools/bam_index.c
1380    M /trunk/samtools/bamtk.c
1381    M /trunk/samtools/knetfile.c
1382    M /trunk/samtools/knetfile.h
1383
1384  * samtools-0.1.4-20 (r365)
1385  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
1386
1387 ------------------------------------------------------------------------
1388 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1389 Changed paths:
1390    M /trunk/samtools/bamtk.c
1391    M /trunk/samtools/knetfile.c
1392
1393  * samtools-0.1.4-19 (r364)
1394  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
1395
1396 ------------------------------------------------------------------------
1397 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
1398 Changed paths:
1399    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1400    M /trunk/samtools/bamtk.c
1401    M /trunk/samtools/bgzf.c
1402    M /trunk/samtools/bgzf.h
1403    M /trunk/samtools/knetfile.c
1404    M /trunk/samtools/knetfile.h
1405
1406  * samtools-0.1.4-18 (r363)
1407  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
1408  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
1409
1410 ------------------------------------------------------------------------
1411 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1412 Changed paths:
1413    M /trunk/samtools/bgzf.c
1414
1415 write changelog
1416
1417 ------------------------------------------------------------------------
1418 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1419 Changed paths:
1420    M /trunk/samtools/bam_index.c
1421    M /trunk/samtools/bamtk.c
1422
1423  * samtools-0.1.4-17 (r361)
1424  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
1425
1426 ------------------------------------------------------------------------
1427 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
1428 Changed paths:
1429    M /trunk/samtools/Makefile
1430    M /trunk/samtools/bam_import.c
1431    M /trunk/samtools/bam_index.c
1432    M /trunk/samtools/bamtk.c
1433    M /trunk/samtools/bgzf.c
1434    M /trunk/samtools/bgzf.h
1435    M /trunk/samtools/knetfile.c
1436    M /trunk/samtools/knetfile.h
1437
1438  * samtools-0.1.4-16 (r360)
1439  * report more information in index when the input is not sorted
1440  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
1441  * support knetfile library in BGZF
1442
1443 ------------------------------------------------------------------------
1444 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1445 Changed paths:
1446    M /trunk/samtools/knetfile.c
1447    M /trunk/samtools/knetfile.h
1448
1449 fixed bugs in knetfile.*
1450
1451 ------------------------------------------------------------------------
1452 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1453 Changed paths:
1454    A /trunk/samtools/knetfile.h
1455
1456 this is the header file
1457
1458 ------------------------------------------------------------------------
1459 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1460 Changed paths:
1461    A /trunk/samtools/knetfile.c
1462
1463  * open a file at FTP
1464  * preliminary version
1465
1466 ------------------------------------------------------------------------
1467 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
1468 Changed paths:
1469    M /trunk/samtools/bam.c
1470    M /trunk/samtools/bamtk.c
1471
1472  * samtools-0.1.4-15 (r354)
1473  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
1474
1475 ------------------------------------------------------------------------
1476 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
1477 Changed paths:
1478    M /trunk/samtools/bamtk.c
1479    M /trunk/samtools/faidx.c
1480
1481  * samtools-0.1.4-13 (r351)
1482  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
1483  * hope this does not introduce new bugs...
1484
1485 ------------------------------------------------------------------------
1486 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
1487 Changed paths:
1488    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1489    M /trunk/samtools/bamtk.c
1490
1491  * samtools-0.1.4-13 (r350)
1492  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
1493
1494 ------------------------------------------------------------------------
1495 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1496 Changed paths:
1497    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1498    M /trunk/samtools/bamtk.c
1499    M /trunk/samtools/sam_view.c
1500
1501  * samtools-0.1.4-12 (r347)
1502  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
1503
1504 ------------------------------------------------------------------------
1505 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1506 Changed paths:
1507    M /trunk/samtools/Makefile
1508    M /trunk/samtools/bamtk.c
1509    M /trunk/samtools/sam_view.c
1510    M /trunk/samtools/samtools.1
1511
1512  * samtools-0.1.4-11 (r346)
1513  * allow to select a read group at view command-line
1514
1515 ------------------------------------------------------------------------
1516 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1517 Changed paths:
1518    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1519
1520 added more comments
1521
1522 ------------------------------------------------------------------------
1523 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1524 Changed paths:
1525    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1526
1527 nothing really
1528
1529 ------------------------------------------------------------------------
1530 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1531 Changed paths:
1532    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1533    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1534
1535 added an example of calculating read depth
1536
1537 ------------------------------------------------------------------------
1538 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1539 Changed paths:
1540    M /trunk/samtools/Makefile
1541    M /trunk/samtools/bam.h
1542    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1543    A /trunk/samtools/bam_color.c
1544    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1545    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1546    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1547    M /trunk/samtools/bamtk.c
1548    M /trunk/samtools/sam.c
1549    M /trunk/samtools/sam.h
1550
1551  * samtools-0.1.4-10 (r341)
1552  * only include key APIs in libbam.a
1553  * move color-specific routines to bam_color.c
1554  * update documentations
1555  * remove the support of -q in pileup
1556
1557 ------------------------------------------------------------------------
1558 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1559 Changed paths:
1560    M /trunk/samtools/INSTALL
1561    M /trunk/samtools/Makefile
1562    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1563    M /trunk/samtools/bam_import.c
1564    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1565    M /trunk/samtools/bamtk.c
1566    M /trunk/samtools/razf.c
1567    M /trunk/samtools/sam_view.c
1568
1569  * samtools-0.1.4-9 (r340)
1570  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
1571  * fixed a compilation warning
1572  * fixed a segfault caused by @RG parsing
1573  * detect NCURSES in bam_tview.c
1574
1575 ------------------------------------------------------------------------
1576 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1577 Changed paths:
1578    M /trunk/samtools/INSTALL
1579
1580 update INSTALL
1581
1582 ------------------------------------------------------------------------
1583 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1584 Changed paths:
1585    M /trunk/samtools/bam.c
1586    M /trunk/samtools/bam.h
1587    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1588    M /trunk/samtools/bam_import.c
1589    M /trunk/samtools/bamtk.c
1590    M /trunk/samtools/kstring.h
1591    M /trunk/samtools/sam.c
1592    M /trunk/samtools/sam_view.c
1593
1594  * samtools-0.1.4-8 (r338)
1595  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
1596    command line
1597
1598 ------------------------------------------------------------------------
1599 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1600 Changed paths:
1601    M /trunk/samtools/bamtk.c
1602    M /trunk/samtools/bgzf.c
1603    M /trunk/samtools/bgzf.h
1604    M /trunk/samtools/sam.c
1605    M /trunk/samtools/sam_view.c
1606
1607  * samtools-0.1.4-7 (r337)
1608  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
1609  * "samtools view" support "-u" command-line option
1610
1611 ------------------------------------------------------------------------
1612 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1613 Changed paths:
1614    M /trunk/samtools/Makefile
1615    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1616    M /trunk/samtools/razf.c
1617    M /trunk/samtools/razf.h
1618    M /trunk/samtools/razip.c
1619
1620  * no changes to samtools itself
1621  * remove zlib source codes
1622  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
1623  * on old version of zlib, writing is not available
1624
1625 ------------------------------------------------------------------------
1626 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1627 Changed paths:
1628    D /trunk/samtools/zlib
1629
1630 remove zlib for simplification...
1631
1632 ------------------------------------------------------------------------
1633 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1634 Changed paths:
1635    M /trunk/samtools/bam.h
1636    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1637    M /trunk/samtools/bamtk.c
1638
1639  * samtools-0.1.4-6 (r334)
1640  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
1641    been implemented in that.
1642  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
1643
1644 ------------------------------------------------------------------------
1645 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1646 Changed paths:
1647    M /trunk/samtools/ChangeLog
1648
1649 update ChangeLog
1650
1651 ------------------------------------------------------------------------
1652 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1653 Changed paths:
1654    M /trunk/samtools/AUTHORS
1655    M /trunk/samtools/Makefile
1656    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1657
1658 fixed minor things in Makefile
1659
1660 ------------------------------------------------------------------------
1661 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1662 Changed paths:
1663    M /trunk/samtools/bamtk.c
1664
1665  * samtools-0.1.4-5 (r3310
1666  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
1667    changes in the Makefile building system.
1668
1669 ------------------------------------------------------------------------
1670 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1671 Changed paths:
1672    M /trunk/samtools/AUTHORS
1673    D /trunk/samtools/README
1674
1675 update information...
1676
1677 ------------------------------------------------------------------------
1678 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1679 Changed paths:
1680    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1681
1682  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
1683  * this version works with indels
1684
1685 ------------------------------------------------------------------------
1686 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1687 Changed paths:
1688    M /trunk/samtools/INSTALL
1689    M /trunk/samtools/Makefile
1690    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1691    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
1692
1693  * update Makefile
1694  * update INSTALL instruction
1695
1696 ------------------------------------------------------------------------
1697 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1698 Changed paths:
1699    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
1700    D /trunk/samtools/Makefile.am
1701    D /trunk/samtools/Makefile.generic
1702    D /trunk/samtools/Makefile.lite
1703    D /trunk/samtools/autogen.sh
1704    D /trunk/samtools/cleanup.sh
1705    D /trunk/samtools/configure.ac
1706    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
1707    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1708    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1709    M /trunk/samtools/razf.c
1710    A /trunk/samtools/zlib
1711    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
1712    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
1713    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
1714    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
1715    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
1716    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
1717    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
1718    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
1719    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
1720    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
1721    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
1722    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
1723    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
1724    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
1725    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
1726    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
1727    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
1728    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
1729    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
1730    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
1731    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
1732    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
1733    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
1734    D /trunk/samtools/zutil.h
1735
1736  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
1737  * prepare to changed back to the Makefile building system
1738  * unfinished! (will be soon)
1739
1740 ------------------------------------------------------------------------
1741 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1742 Changed paths:
1743    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1744
1745 Unfinished
1746
1747 ------------------------------------------------------------------------
1748 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1749 Changed paths:
1750    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1751    M /trunk/samtools/bamtk.c
1752
1753  * samtools-0.1.4-4 (r325)
1754  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
1755
1756 ------------------------------------------------------------------------
1757 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
1758 Changed paths:
1759    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1760    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1761    M /trunk/samtools/bamtk.c
1762    M /trunk/samtools/sam.c
1763    M /trunk/samtools/sam.h
1764
1765  * samtools-0.1.4-3 (r324)
1766  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
1767  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
1768
1769 ------------------------------------------------------------------------
1770 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1771 Changed paths:
1772    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1773
1774  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
1775  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
1776
1777 ------------------------------------------------------------------------
1778 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
1779 Changed paths:
1780    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1781
1782 fixed a typo
1783
1784 ------------------------------------------------------------------------
1785 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
1786 Changed paths:
1787    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1788
1789 just typo. no real change
1790
1791 ------------------------------------------------------------------------
1792 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1793 Changed paths:
1794    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1795
1796 a little bit code cleanup
1797
1798 ------------------------------------------------------------------------
1799 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1800 Changed paths:
1801    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1802
1803  * samtools.pl-0.3.1
1804  * change default parameters
1805  * optionally print filtered variants
1806
1807 ------------------------------------------------------------------------
1808 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1809 Changed paths:
1810    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1811
1812  * samtools.pl-0.3.0
1813  * combine snpFilter and indelFilter
1814
1815 ------------------------------------------------------------------------
1816 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1817 Changed paths:
1818    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1819
1820  * samtools.pl-0.2.3
1821  * change a default parameter
1822
1823 ------------------------------------------------------------------------
1824 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1825 Changed paths:
1826    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1827    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1828    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1829    M /trunk/samtools/bamtk.c
1830    M /trunk/samtools/sam.c
1831
1832  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1833  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1834  * pileup: always calculate RMS mapq
1835  * pileup: allow to output variant sites only
1836
1837 ------------------------------------------------------------------------
1838 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1839 Changed paths:
1840    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1841
1842  * samtools.pl-0.2.2
1843  * added pileup2fq
1844
1845 ------------------------------------------------------------------------
1846 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
1847 Changed paths:
1848    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1849
1850  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
1851
1852 ------------------------------------------------------------------------
1853 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1854 Changed paths:
1855    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1856
1857  * samtools.pl-0.2.1
1858  * fixed a typo
1859
1860 ------------------------------------------------------------------------
1861 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1862 Changed paths:
1863    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1864
1865  * samtools.pl-0.2.0
1866  * snpFilter
1867
1868 ------------------------------------------------------------------------
1869 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1870 Changed paths:
1871    M /trunk/samtools/bgzf.c
1872
1873  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
1874  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
1875
1876 ------------------------------------------------------------------------
1877 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
1878 Changed paths:
1879    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
1880
1881 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
1882
1883 ------------------------------------------------------------------------
1884 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1885 Changed paths:
1886    M /trunk/samtools/bamtk.c
1887    M /trunk/samtools/sam.c
1888
1889  * samtools-0.1.4-1 (r304)
1890  * fixed a minor bug in printing headers
1891
1892 ------------------------------------------------------------------------
1893 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
1894 Changed paths:
1895    M /trunk/samtools/ChangeLog
1896    M /trunk/samtools/NEWS
1897    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1898    M /trunk/samtools/bamtk.c
1899    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1900    M /trunk/samtools/samtools.1
1901
1902 Release samtools-0.1.4
1903
1904 ------------------------------------------------------------------------
1905 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1906 Changed paths:
1907    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1908    M /trunk/samtools/bamtk.c
1909
1910  * samtools-0.1.3-24 (r296)
1911  * another similar bug in the indel caller
1912
1913 ------------------------------------------------------------------------
1914 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1915 Changed paths:
1916    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1917    M /trunk/samtools/bamtk.c
1918
1919  * samtools-0.1.3-23 (r295)
1920  * fixed a critical bug in the indel caller
1921
1922 ------------------------------------------------------------------------
1923 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
1924 Changed paths:
1925    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1926
1927 added a missing header file
1928
1929 ------------------------------------------------------------------------
1930 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
1931 Changed paths:
1932    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1933    M /trunk/samtools/bamtk.c
1934
1935  * samtools-0.1.3-22 (r293)
1936  * open tview in the dot-view mode by default
1937
1938 ------------------------------------------------------------------------
1939 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
1940 Changed paths:
1941    M /trunk/samtools/samtools.1
1942
1943 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
1944 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
1945 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
1946 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
1947
1948
1949 ------------------------------------------------------------------------
1950 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
1951 Changed paths:
1952    M /trunk/samtools/bam.h
1953    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1954    M /trunk/samtools/bamtk.c
1955
1956  * samtools-0.1.3-21 (286)
1957  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
1958
1959 ------------------------------------------------------------------------
1960 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
1961 Changed paths:
1962    M /trunk/samtools/bam.h
1963    M /trunk/samtools/bam_index.c
1964    M /trunk/samtools/bamtk.c
1965
1966  * samtools-0.1.3-20 (r276)
1967  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
1968    make it work with the latest SVN.
1969  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
1970
1971 ------------------------------------------------------------------------
1972 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
1973 Changed paths:
1974    M /trunk/samtools/ChangeLog
1975    M /trunk/samtools/bam.h
1976    M /trunk/samtools/bamtk.c
1977
1978  * samtools-0.1.3-19 (r275)
1979  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
1980    backward compatibility with Bio::DB::Sam
1981
1982 ------------------------------------------------------------------------
1983 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1984 Changed paths:
1985    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1986    M /trunk/samtools/bamtk.c
1987
1988  * samtools-0.1.3-18 (r273)
1989  * rmdupse: do not remove unmapped reads
1990
1991 ------------------------------------------------------------------------
1992 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
1993 Changed paths:
1994    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1995
1996 change a parameter. It does nothing
1997
1998 ------------------------------------------------------------------------
1999 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
2000 Changed paths:
2001    M /trunk/samtools/Makefile.am
2002    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2003    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2004    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2005    M /trunk/samtools/bamtk.c
2006    M /trunk/samtools/configure.ac
2007
2008  * samtools-0.1.3-17 (r271)
2009  * added 'rmdupse' command
2010
2011 ------------------------------------------------------------------------
2012 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2013 Changed paths:
2014    M /trunk/samtools/bamtk.c
2015    M /trunk/samtools/sam_view.c
2016
2017  * samtools-0.1.3-16 (r267)
2018  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
2019
2020 ------------------------------------------------------------------------
2021 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2022 Changed paths:
2023    M /trunk/samtools/bam_import.c
2024    M /trunk/samtools/bamtk.c
2025
2026  * samtools-0.1.3-15 (r266)
2027  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
2028
2029 ------------------------------------------------------------------------
2030 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2031 Changed paths:
2032    M /trunk/samtools/bam.h
2033    M /trunk/samtools/bam_import.c
2034    M /trunk/samtools/bamtk.c
2035    M /trunk/samtools/sam.c
2036    M /trunk/samtools/sam_view.c
2037
2038  * samtools-0.1.3-14 (r262)
2039  * make samopen() recognize @SQ header lines
2040
2041 ------------------------------------------------------------------------
2042 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2043 Changed paths:
2044    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2045    M /trunk/samtools/bamtk.c
2046    M /trunk/samtools/bgzf.c
2047    M /trunk/samtools/sam.c
2048    M /trunk/samtools/sam_view.c
2049
2050  * samtools-0.1.3-13 (r260)
2051  * report error for file I/O error
2052
2053 ------------------------------------------------------------------------
2054 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
2055 Changed paths:
2056    M /trunk/samtools/Makefile.am
2057
2058 update Makefile.am
2059
2060 ------------------------------------------------------------------------
2061 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2062 Changed paths:
2063    M /trunk/samtools/bam.h
2064    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2065    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2066    M /trunk/samtools/bamtk.c
2067    M /trunk/samtools/sam.c
2068    M /trunk/samtools/sam.h
2069
2070  * samtools-0.1.3-12 (r259)
2071  * use the new I/O interface in pileup
2072
2073 ------------------------------------------------------------------------
2074 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2075 Changed paths:
2076    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2077    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2078    M /trunk/samtools/bam.c
2079    M /trunk/samtools/bam.h
2080    M /trunk/samtools/bam_import.c
2081    M /trunk/samtools/bamtk.c
2082    A /trunk/samtools/sam.c
2083    A /trunk/samtools/sam.h
2084    A /trunk/samtools/sam_view.c
2085
2086  * samtools-0.1.3-11 (r258)
2087  * unify the interface to BAM and SAM I/O
2088
2089 ------------------------------------------------------------------------
2090 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2091 Changed paths:
2092    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2093    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2094    M /trunk/samtools/bamtk.c
2095
2096  * samtools-0.1.3-10 (r257)
2097  * allow hex with "pileup -m"
2098
2099 ------------------------------------------------------------------------
2100 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
2101 Changed paths:
2102    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2103    M /trunk/samtools/bamtk.c
2104
2105  * samtools-0.1.3-9 (r256)
2106  * fixed a bug in bam_lpileup.c
2107  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
2108
2109 ------------------------------------------------------------------------
2110 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
2111 Changed paths:
2112    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2113    M /trunk/samtools/bamtk.c
2114
2115  * samtools-0.1.3-8 (r251)
2116  * fixed a bug when there are reads without coordinates
2117
2118 ------------------------------------------------------------------------
2119 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2120 Changed paths:
2121    A /trunk/samtools/AUTHORS
2122    A /trunk/samtools/README
2123    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2124
2125 added missing files
2126
2127 ------------------------------------------------------------------------
2128 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2129 Changed paths:
2130    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2131    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2132    M /trunk/samtools/configure.ac
2133    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
2134
2135 improve large file support in compilation
2136
2137 ------------------------------------------------------------------------
2138 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2139 Changed paths:
2140    M /trunk/samtools/INSTALL
2141
2142 update INSTALL
2143
2144 ------------------------------------------------------------------------
2145 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2146 Changed paths:
2147    M /trunk/samtools/Makefile.am
2148    M /trunk/samtools/autogen.sh
2149    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2150    M /trunk/samtools/configure.ac
2151    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
2152
2153 fixed various issues about the GNU building scripts
2154
2155 ------------------------------------------------------------------------
2156 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
2157 Changed paths:
2158    M /trunk/samtools/ChangeLog
2159    D /trunk/samtools/Makefile
2160    A /trunk/samtools/Makefile.am
2161    A /trunk/samtools/Makefile.generic
2162    A /trunk/samtools/autogen.sh
2163    M /trunk/samtools/bam.h
2164    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2165    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2166    M /trunk/samtools/bamtk.c
2167    A /trunk/samtools/cleanup.sh
2168    A /trunk/samtools/configure.ac
2169    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2170    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
2171
2172  * samtools-0.1.3-7 (r246)
2173  * incorporated revisions from Nils Homer
2174  * enhanced support of displaying color-space reads
2175
2176 ------------------------------------------------------------------------
2177 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
2178 Changed paths:
2179    M /trunk/samtools/bam_md.c
2180    M /trunk/samtools/bamtk.c
2181
2182  * samtools-0.1.3-6 (r244)
2183  * fixed segfault for unmapped reads
2184
2185 ------------------------------------------------------------------------
2186 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2187 Changed paths:
2188    M /trunk/samtools/bam.h
2189    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2190    M /trunk/samtools/bam_md.c
2191    M /trunk/samtools/bamtk.c
2192
2193  * samtools-0.1.3-5 (r243)
2194  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
2195  * check MD
2196  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
2197
2198 ------------------------------------------------------------------------
2199 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
2200 Changed paths:
2201    M /trunk/samtools/bam_md.c
2202    M /trunk/samtools/bamtk.c
2203
2204  * samtools-0.1.3-4 (r242)
2205  * fixed a memory leak
2206
2207 ------------------------------------------------------------------------
2208 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2209 Changed paths:
2210    M /trunk/samtools/Makefile
2211    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2212    M /trunk/samtools/bam.h
2213    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2214    A /trunk/samtools/bam_md.c
2215    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2216    M /trunk/samtools/bamtk.c
2217
2218  * samtools-0.1.3-3 (r240)
2219  * generate MD tag
2220  * generate "=" bases
2221  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
2222
2223 ------------------------------------------------------------------------
2224 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2225 Changed paths:
2226    M /trunk/samtools/bam.h
2227    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2228    M /trunk/samtools/bamtk.c
2229
2230  * samtools-0.1.3-2 (r239)
2231  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
2232  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
2233  * added tagview for testing bam_aux
2234
2235 ------------------------------------------------------------------------
2236 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
2237 Changed paths:
2238    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2239    M /trunk/samtools/bamtk.c
2240
2241  * samtools-0.1.3-1
2242  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
2243
2244 ------------------------------------------------------------------------
2245 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
2246 Changed paths:
2247    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2248
2249 a missing file in Makefile.lite
2250
2251 ------------------------------------------------------------------------
2252 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2253 Changed paths:
2254    M /trunk/samtools/NEWS
2255    M /trunk/samtools/bamtk.c
2256
2257 Release samtools-0.1.3
2258
2259 ------------------------------------------------------------------------
2260 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2261 Changed paths:
2262    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2263    M /trunk/samtools/bamtk.c
2264
2265  * samtools-0.1.2-28
2266  * make samtools more robust to weird input such as empty file
2267
2268 ------------------------------------------------------------------------
2269 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2270 Changed paths:
2271    M /trunk/samtools/ChangeLog
2272    M /trunk/samtools/NEWS
2273    M /trunk/samtools/samtools.1
2274
2275 prepare for release 0.1.3
2276
2277 ------------------------------------------------------------------------
2278 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2279 Changed paths:
2280    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
2281
2282 convert NCBI-BLASTN to SAM
2283
2284 ------------------------------------------------------------------------
2285 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2286 Changed paths:
2287    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2288    M /trunk/samtools/bamtk.c
2289
2290  * samtools-0.1.2-27
2291  * fixed a small memory leak in tview
2292
2293 ------------------------------------------------------------------------
2294 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2295 Changed paths:
2296    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2297    M /trunk/samtools/bamtk.c
2298
2299  * samtools-0.1.2-26
2300  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
2301
2302 ------------------------------------------------------------------------
2303 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
2304 Changed paths:
2305    M /trunk/samtools/ChangeLog
2306    M /trunk/samtools/NEWS
2307
2308 proposed NEWS for the new release (have not yet)
2309
2310 ------------------------------------------------------------------------
2311 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2312 Changed paths:
2313    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2314
2315  * samtools.pl-0.1.1
2316  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
2317    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
2318
2319 ------------------------------------------------------------------------
2320 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2321 Changed paths:
2322    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2323    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2324    M /trunk/samtools/bamtk.c
2325    M /trunk/samtools/samtools.1
2326
2327  * samtools-0.1.2-25
2328  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
2329    containing indels
2330
2331 ------------------------------------------------------------------------
2332 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
2333 Changed paths:
2334    M /trunk/samtools/ChangeLog
2335
2336 update ChangeLog from "svn log"
2337
2338 ------------------------------------------------------------------------
2339 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
2340 Changed paths:
2341    M /trunk/samtools/bam.c
2342    M /trunk/samtools/bam_import.c
2343    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2344    M /trunk/samtools/bamtk.c
2345    M /trunk/samtools/kseq.h
2346
2347  * samtools-0.1.2-24
2348  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
2349  * allow empty header
2350
2351 ------------------------------------------------------------------------
2352 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2353 Changed paths:
2354    M /trunk/samtools/bam.c
2355    M /trunk/samtools/bam_import.c
2356    M /trunk/samtools/bamtk.c
2357
2358  * samtools-0.1.2-23
2359  * recognize '*' at the QUAL field
2360
2361 ------------------------------------------------------------------------
2362 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2363 Changed paths:
2364    M /trunk/samtools/bam_import.c
2365    M /trunk/samtools/bamtk.c
2366    M /trunk/samtools/kseq.h
2367
2368  * samtools-0.1.2-22
2369  * the field separater is TAB only, now
2370
2371 ------------------------------------------------------------------------
2372 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2373 Changed paths:
2374    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2375
2376  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
2377
2378 ------------------------------------------------------------------------
2379 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
2380 Changed paths:
2381    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2382    M /trunk/samtools/bamtk.c
2383    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2384
2385  * samtools-0.1.2-21
2386  * fixed a nasty bug in `fixmate'
2387
2388 ------------------------------------------------------------------------
2389 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2390 Changed paths:
2391    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
2392    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2393    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2394
2395 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
2396
2397 ------------------------------------------------------------------------
2398 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2399 Changed paths:
2400    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2401    M /trunk/samtools/bamtk.c
2402
2403  * samtools-0.1.2-20
2404  * check if file is truncated in flagstat
2405
2406 ------------------------------------------------------------------------
2407 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2408 Changed paths:
2409    M /trunk/samtools/bamtk.c
2410
2411  * samtools-0.1.2-19
2412  * print the header if requested
2413
2414 ------------------------------------------------------------------------
2415 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
2416 Changed paths:
2417    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2418    M /trunk/samtools/bamtk.c
2419
2420  * samtools-0.1.2-18
2421  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
2422
2423 ------------------------------------------------------------------------
2424 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
2425 Changed paths:
2426    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
2427    D /trunk/samtools/Makefile.std
2428    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
2429    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
2430
2431 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
2432
2433 ------------------------------------------------------------------------
2434 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2435 Changed paths:
2436    D /trunk/samtools/Makefile
2437    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
2438    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2439    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2440    M /trunk/samtools/bamtk.c
2441    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2442    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
2443    M /trunk/samtools/samtools.1
2444
2445  * samtools-0.1.2-17
2446  * incorporating Nils' changes
2447  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
2448
2449 ------------------------------------------------------------------------
2450 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2451 Changed paths:
2452    M /trunk/samtools/Makefile
2453    M /trunk/samtools/bam_import.c
2454    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2455    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2456    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2457    M /trunk/samtools/bamtk.c
2458    M /trunk/samtools/kseq.h
2459    A /trunk/samtools/kstring.c
2460    A /trunk/samtools/kstring.h
2461
2462  * samtools-0.1.2-16
2463  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
2464  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
2465
2466 ------------------------------------------------------------------------
2467 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
2468 Changed paths:
2469    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2470
2471  * soap2sam.pl-0.1.2
2472  * more robust to truncated soap output
2473
2474 ------------------------------------------------------------------------
2475 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
2476 Changed paths:
2477    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2478
2479 added bam_stat.o to Makefile.lite
2480
2481 ------------------------------------------------------------------------
2482 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2483 Changed paths:
2484    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2485    M /trunk/samtools/bamtk.c
2486
2487  * samtools-0.1.2-15
2488  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
2489
2490 ------------------------------------------------------------------------
2491 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2492 Changed paths:
2493    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2494    M /trunk/samtools/bamtk.c
2495    M /trunk/samtools/glf.c
2496    M /trunk/samtools/glf.h
2497    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2498
2499  * samtools-0.1.2-14
2500  * implemented GLFv3
2501
2502 ------------------------------------------------------------------------
2503 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2504 Changed paths:
2505    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2506    M /trunk/samtools/bamtk.c
2507
2508  * samtools-0.1.2-13
2509  * fixed a minor bug in displaying pileup
2510
2511 ------------------------------------------------------------------------
2512 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2513 Changed paths:
2514    M /trunk/samtools/ChangeLog
2515    M /trunk/samtools/bamtk.c
2516
2517  * samtools-0.1.2-12
2518  * optionally print SAM header
2519
2520 ------------------------------------------------------------------------
2521 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
2522 Changed paths:
2523    M /trunk/samtools/bamtk.c
2524    M /trunk/samtools/glf.c
2525
2526  * samtools-0.1.2-11
2527  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
2528
2529 ------------------------------------------------------------------------
2530 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
2531 Changed paths:
2532    M /trunk/samtools/Makefile
2533    M /trunk/samtools/bam_import.c
2534    M /trunk/samtools/bam_index.c
2535    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2536    M /trunk/samtools/bamtk.c
2537    M /trunk/samtools/glf.c
2538    M /trunk/samtools/glf.h
2539
2540  * samtools-0.1.2-10
2541  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
2542  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
2543  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
2544
2545 ------------------------------------------------------------------------
2546 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
2547 Changed paths:
2548    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2549
2550  * wgsim-0.2.3
2551  * fixed a bug in simulating indels
2552
2553 ------------------------------------------------------------------------
2554 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
2555 Changed paths:
2556    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2557
2558  * wgsim-0.2.2
2559  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
2560    not like long read names.
2561
2562 ------------------------------------------------------------------------
2563 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
2564 Changed paths:
2565    M /trunk/samtools/ChangeLog
2566    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2567    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2568
2569  * wgsim-0.2.1
2570  * fixed a bug about color read coordinates
2571  * fixed a bug in read names
2572  * wgsim_eval.pl-0.1.3
2573  * make the script work with color reads
2574
2575 ------------------------------------------------------------------------
2576 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
2577 Changed paths:
2578    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2579    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2580
2581  * wgsim: added a note
2582
2583 ------------------------------------------------------------------------
2584 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
2585 Changed paths:
2586    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2587    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2588
2589  * wgsim-0.2.0
2590  * considerable code clean up
2591  * print number of substitutions/indels/errors on each read
2592  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
2593  * wgsim_eval.pl-0.1.2
2594  * change in accordant with wgsim
2595
2596 ------------------------------------------------------------------------
2597 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
2598 Changed paths:
2599    M /trunk/samtools/bam_index.c
2600    M /trunk/samtools/bamtk.c
2601
2602  * samtools-0.1.2-9
2603  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
2604
2605 ------------------------------------------------------------------------
2606 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
2607 Changed paths:
2608    M /trunk/samtools/bamtk.c
2609
2610 Fix annoying segv when invalid region specified.
2611
2612 ------------------------------------------------------------------------
2613 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
2614 Changed paths:
2615    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2616    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2617
2618  * move indel_filter.pl to samtools.pl
2619
2620 ------------------------------------------------------------------------
2621 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
2622 Changed paths:
2623    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2624    M /trunk/samtools/bamtk.c
2625
2626  * samtools-0.1.2-7
2627  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
2628
2629 ------------------------------------------------------------------------
2630 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
2631 Changed paths:
2632    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2633    M /trunk/samtools/bamtk.c
2634
2635  * samtools-0.1.2-7
2636  * fixed a minor bug in flagstat
2637
2638 ------------------------------------------------------------------------
2639 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
2640 Changed paths:
2641    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2642    M /trunk/samtools/bamtk.c
2643    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2644
2645  * samtools-0.1.2-6
2646  * improve indel caller by setting maximum window size
2647
2648 ------------------------------------------------------------------------
2649 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
2650 Changed paths:
2651    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2652    M /trunk/samtools/bamtk.c
2653
2654  * output max mapping quality in indel line
2655
2656 ------------------------------------------------------------------------
2657 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
2658 Changed paths:
2659    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2660
2661 fixed a bug in generating tag AM
2662
2663 ------------------------------------------------------------------------
2664 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
2665 Changed paths:
2666    M /trunk/samtools/bam_index.c
2667    M /trunk/samtools/bamtk.c
2668
2669 fixed a potential memory problem in indexing
2670
2671 ------------------------------------------------------------------------
2672 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
2673 Changed paths:
2674    M /trunk/samtools/Makefile
2675
2676 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
2677
2678 ------------------------------------------------------------------------
2679 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
2680 Changed paths:
2681    M /trunk/samtools/ChangeLog
2682    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2683    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2684    M /trunk/samtools/bamtk.c
2685
2686  * samtools-0.1.2-3
2687  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
2688  * improve flagstat report a little bit
2689
2690 ------------------------------------------------------------------------
2691 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
2692 Changed paths:
2693    M /trunk/samtools/Makefile
2694    A /trunk/samtools/bam_stat.c
2695    M /trunk/samtools/bamtk.c
2696
2697  * samtools-0.1.2-1
2698  * added flagstat command
2699
2700 ------------------------------------------------------------------------
2701 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2702 Changed paths:
2703    M /trunk/samtools/ChangeLog
2704    M /trunk/samtools/NEWS
2705    M /trunk/samtools/bamtk.c
2706    M /trunk/samtools/samtools.1
2707
2708 Release SAMtools-0.1.2
2709
2710 ------------------------------------------------------------------------
2711 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2712 Changed paths:
2713    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2714
2715 Script for filtering indel results
2716
2717 ------------------------------------------------------------------------
2718 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
2719 Changed paths:
2720    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
2721
2722 convert ZOOM to SAM
2723
2724 ------------------------------------------------------------------------
2725 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
2726 Changed paths:
2727    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2728
2729 add a script to convert novo alignment to SAM
2730
2731 ------------------------------------------------------------------------
2732 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
2733 Changed paths:
2734    M /trunk/samtools/ChangeLog
2735    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
2736    M /trunk/samtools/samtools.1
2737
2738 update documentation and ChangeLog
2739
2740 ------------------------------------------------------------------------
2741 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
2742 Changed paths:
2743    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2744    M /trunk/samtools/bamtk.c
2745
2746  * samtools-0.1.1-19
2747  * fixed a bug in "merge" command line
2748
2749 ------------------------------------------------------------------------
2750 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2751 Changed paths:
2752    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2753    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
2754    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2755    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
2756    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
2757    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
2758
2759  * merge from branches/dev/
2760  * all future development will happen here
2761
2762 ------------------------------------------------------------------------
2763 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2764 Changed paths:
2765    M /trunk/samtools/COPYING
2766    M /trunk/samtools/ChangeLog
2767    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
2768    M /trunk/samtools/Makefile
2769    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
2770    M /trunk/samtools/bam.c
2771    M /trunk/samtools/bam.h
2772    M /trunk/samtools/bam_import.c
2773    M /trunk/samtools/bam_index.c
2774    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2775    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2776    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2777    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
2778    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2779    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2780    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
2781    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2782    M /trunk/samtools/bamtk.c
2783    M /trunk/samtools/bgzf.h
2784    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
2785    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
2786    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
2787    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2788    M /trunk/samtools/faidx.c
2789    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2790    M /trunk/samtools/glf.h
2791    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2792    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2793    M /trunk/samtools/razf.c
2794    M /trunk/samtools/source.dot
2795
2796  * Merge from branches/dev/
2797  * all future development will happen here at trunk/
2798
2799 ------------------------------------------------------------------------
2800 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2801 Changed paths:
2802    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2803    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2804
2805 Fix problem with compiling without curses.
2806
2807 ------------------------------------------------------------------------
2808 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2809 Changed paths:
2810    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2811
2812 Create trunk copy
2813
2814 ------------------------------------------------------------------------
2815 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2816 Changed paths:
2817    A /branches/dev/samtools/NEWS
2818    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2819    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2820
2821 Release samtools-0.1.1
2822
2823 ------------------------------------------------------------------------
2824 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2825 Changed paths:
2826    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2827    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2828    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2829    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2830    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2831    M /branches/dev/samtools/razf.c
2832    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2833
2834  * samtools-0.1.0-66
2835  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2836  * fixed a memory leak in parsing a region
2837  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2838  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2839  * fixed a bug in indexing for small alignment
2840  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2841  * updated documentation
2842  * prepare to release 0.1.1
2843
2844 ------------------------------------------------------------------------
2845 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2846 Changed paths:
2847    A /branches/dev/samtools/examples
2848    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
2849    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
2850    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
2851    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
2852
2853 example
2854
2855 ------------------------------------------------------------------------
2856 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2857 Changed paths:
2858    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2859
2860 update ChangeLog
2861
2862 ------------------------------------------------------------------------
2863 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
2864 Changed paths:
2865    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2866
2867  * added comments
2868  * fixed several bugs
2869
2870 ------------------------------------------------------------------------
2871 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
2872 Changed paths:
2873    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2874
2875 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
2876
2877 ------------------------------------------------------------------------
2878 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
2879 Changed paths:
2880    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2881    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2882    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2883    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2884    A /branches/dev/samtools/source.dot
2885
2886  * samtools-0.1.0-65
2887  * pileup: generate maq-like simple output
2888  * pileup: allow to output pileup at required sites
2889  * source.dot: source file relationship graph
2890  * tview: fixed a minor bug
2891
2892 ------------------------------------------------------------------------
2893 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
2894 Changed paths:
2895    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2896
2897 remove all2sam.pl
2898
2899 ------------------------------------------------------------------------
2900 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
2901 Changed paths:
2902    A /branches/dev/samtools/COPYING
2903    M /branches/dev/samtools/bam.h
2904    M /branches/dev/samtools/faidx.h
2905    M /branches/dev/samtools/khash.h
2906    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2907    M /branches/dev/samtools/ksort.h
2908    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2909
2910 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
2911
2912 ------------------------------------------------------------------------
2913 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2914 Changed paths:
2915    M /branches/dev/samtools/bam.c
2916    M /branches/dev/samtools/bam.h
2917    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2918    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2919    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2920
2921  * samtools-0.1.0-64
2922  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
2923
2924 ------------------------------------------------------------------------
2925 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2926 Changed paths:
2927    M /branches/dev/samtools/bam.c
2928    M /branches/dev/samtools/bam.h
2929    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2930    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2931    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2932
2933  * samtools-0.1.0-63
2934  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
2935
2936 ------------------------------------------------------------------------
2937 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
2938 Changed paths:
2939    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2940    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2941    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2942
2943  * samtools-0.1.0-62
2944  * fixed a memory leak
2945
2946 ------------------------------------------------------------------------
2947 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
2948 Changed paths:
2949    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2950    M /branches/dev/samtools/bam.h
2951    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2952
2953 update documentation, ChangeLog and a comment
2954
2955 ------------------------------------------------------------------------
2956 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
2957 Changed paths:
2958    M /branches/dev/samtools/Makefile
2959    M /branches/dev/samtools/bam.h
2960    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2961    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2962    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2963    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2964    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2965    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2966
2967  * samtools-0.1.0-61
2968  * moved pileup command to a separate source file
2969  * added indel caller
2970  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
2971  * updated documentation
2972
2973 ------------------------------------------------------------------------
2974 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
2975 Changed paths:
2976    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2977    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2978
2979  * samtools-0.1.0-60
2980  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
2981
2982 ------------------------------------------------------------------------
2983 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
2984 Changed paths:
2985    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2986    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2987    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2988
2989  * samtools-0.1.0-59
2990  * pileup: outputing consensus is now optional
2991  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
2992    I am not quite sure why the previous version may have problem.
2993
2994 ------------------------------------------------------------------------
2995 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
2996 Changed paths:
2997    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2998    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2999
3000  * samtools-0.1.0-58
3001  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
3002    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
3003    and imposing it would make it harder to generate for other language
3004    bindings.
3005
3006 ------------------------------------------------------------------------
3007 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3008 Changed paths:
3009    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3010
3011 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
3012
3013 ------------------------------------------------------------------------
3014 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3015 Changed paths:
3016    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3017
3018 update manual
3019
3020 ------------------------------------------------------------------------
3021 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
3022 Changed paths:
3023    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3024    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3025
3026  * samtools-0.1.0-57
3027  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
3028  * made the parser a bit more robust
3029
3030 ------------------------------------------------------------------------
3031 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3032 Changed paths:
3033    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3034    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3035    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3036
3037  * samtools-0.1.0-56
3038  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
3039  * fixed a typo in bam_index.c
3040  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
3041
3042 ------------------------------------------------------------------------
3043 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
3044 Changed paths:
3045    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3046
3047 update manual
3048
3049 ------------------------------------------------------------------------
3050 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3051 Changed paths:
3052    M /branches/dev/samtools/bam.h
3053    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3054    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3055
3056  * samtools-0.1.0-55
3057  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
3058  * removed -v from pileup
3059  * made pileup take the reference sequence
3060
3061 ------------------------------------------------------------------------
3062 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
3063 Changed paths:
3064    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3065    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3066    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3067
3068  * samtools-0.1.0-54
3069  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
3070  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
3071
3072 ------------------------------------------------------------------------
3073 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3074 Changed paths:
3075    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3076
3077 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
3078
3079 ------------------------------------------------------------------------
3080 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3081 Changed paths:
3082    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3083
3084 also calculate unordered md5sum check
3085
3086 ------------------------------------------------------------------------
3087 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3088 Changed paths:
3089    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3090
3091 fixed a minor bug when there are space in the sequence
3092
3093 ------------------------------------------------------------------------
3094 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3095 Changed paths:
3096    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3097
3098 fixed a potential memory leak
3099
3100 ------------------------------------------------------------------------
3101 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3102 Changed paths:
3103    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3104    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3105    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3106
3107  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
3108
3109 ------------------------------------------------------------------------
3110 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3111 Changed paths:
3112    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3113
3114 nothing, really
3115
3116 ------------------------------------------------------------------------
3117 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3118 Changed paths:
3119    M /branches/dev/samtools/Makefile
3120    M /branches/dev/samtools/kseq.h
3121    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3122    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
3123    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
3124    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3125
3126  * fixed two warnings in kseq.h
3127  * added md5sum utilities
3128
3129 ------------------------------------------------------------------------
3130 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
3131 Changed paths:
3132    M /branches/dev/samtools/Makefile
3133    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3134    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3135    A /branches/dev/samtools/kseq.h
3136    D /branches/dev/samtools/kstream.h
3137
3138  * samtools-0.1.0-52
3139  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
3140    extra functions in kseq.h.
3141  * also compile stand-alone faidx
3142
3143 ------------------------------------------------------------------------
3144 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3145 Changed paths:
3146    M /branches/dev/samtools/bam.h
3147    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3148    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3149
3150  * samtools-0.1.0-51
3151  * sorting by read names is available
3152
3153 ------------------------------------------------------------------------
3154 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3155 Changed paths:
3156    M /branches/dev/samtools/bam.c
3157    M /branches/dev/samtools/bam.h
3158    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3159    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3160    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3161    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3162    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3163    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3164    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3165
3166  * samtools-0.1.0-50
3167  * format change to meet the latest specification
3168
3169 ------------------------------------------------------------------------
3170 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
3171 Changed paths:
3172    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3173    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3174
3175  * minor change in maqcns: special care when n==0
3176  * change maq2sam to meet the latest specification
3177
3178 ------------------------------------------------------------------------
3179 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3180 Changed paths:
3181    M /branches/dev/samtools/razf.c
3182    M /branches/dev/samtools/razf.h
3183
3184 considerable code clean up in razf
3185
3186 ------------------------------------------------------------------------
3187 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3188 Changed paths:
3189    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
3190    M /branches/dev/samtools/Makefile
3191    M /branches/dev/samtools/faidx.c
3192
3193 make RAZF optional in faidx.c
3194
3195 ------------------------------------------------------------------------
3196 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
3197 Changed paths:
3198    M /branches/dev/samtools/Makefile
3199    M /branches/dev/samtools/bam.h
3200    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3201    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3202    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3203
3204  * samtools-0.1.0-49
3205  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
3206
3207 ------------------------------------------------------------------------
3208 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
3209 Changed paths:
3210    M /branches/dev/samtools/bam.c
3211    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3212    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3213    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3214    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3215    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3216
3217  * samtools-0.1.0-48
3218  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
3219  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
3220  * supporting hex strings
3221
3222 ------------------------------------------------------------------------
3223 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3224 Changed paths:
3225    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3226    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3227
3228  * samtools-0.1.0-47
3229  * fixed the bug in maqcns
3230
3231 ------------------------------------------------------------------------
3232 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3233 Changed paths:
3234    M /branches/dev/samtools/Makefile
3235    M /branches/dev/samtools/bam.h
3236    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3237    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3238    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3239    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3240    A /branches/dev/samtools/glf.h
3241
3242  * samtools-0.1.0-46
3243  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
3244
3245 ------------------------------------------------------------------------
3246 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
3247 Changed paths:
3248    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3249    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3250    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3251
3252  * samtools-0.1.0-45
3253  * tview: display padded alignment (but not P operation)
3254  * better coordinates and reference sequence
3255
3256 ------------------------------------------------------------------------
3257 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
3258 Changed paths:
3259    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3260
3261 new ChangeLog
3262
3263 ------------------------------------------------------------------------
3264 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3265 Changed paths:
3266    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
3267    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
3268
3269 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
3270 the log of my personal SVN repository.
3271
3272 ------------------------------------------------------------------------
3273 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
3274 Changed paths:
3275    M /branches/dev/samtools/Makefile
3276    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3277    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3278
3279  * samtools-0.1.0-44
3280  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
3281    missing these declarations will make bgzf buggy
3282  * get rid of some harmless warings
3283  * use BGZF by default, now
3284
3285 ------------------------------------------------------------------------
3286 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3287 Changed paths:
3288    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3289    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3290    M /branches/dev/samtools/razf.c
3291
3292  * samtools-0.1.0-43
3293  * fixed a bug in razf_read()
3294  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
3295
3296 ------------------------------------------------------------------------
3297 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3298 Changed paths:
3299    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3300
3301 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
3302
3303 ------------------------------------------------------------------------
3304 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3305 Changed paths:
3306    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3307
3308  * samtools-0.1.0-42
3309  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
3310    also update the version number anyway to avoid confusion
3311
3312 ------------------------------------------------------------------------
3313 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3314 Changed paths:
3315    M /branches/dev/samtools/razf.c
3316
3317 a change from Jue, but I think it should not matter
3318
3319 ------------------------------------------------------------------------
3320 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
3321 Changed paths:
3322    M /branches/dev/samtools/razf.c
3323
3324 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
3325 rarely happens, very rarely.
3326
3327 ------------------------------------------------------------------------
3328 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3329 Changed paths:
3330    M /branches/dev/samtools/razf.c
3331
3332 fixed a bug in razf, with the help of Jue
3333
3334 ------------------------------------------------------------------------
3335 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3336 Changed paths:
3337    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3338
3339 remove a comment
3340
3341 ------------------------------------------------------------------------
3342 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3343 Changed paths:
3344    M /branches/dev/samtools/Makefile
3345    M /branches/dev/samtools/bam.h
3346    M /branches/dev/samtools/razf.c
3347    M /branches/dev/samtools/razf.h
3348
3349  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
3350
3351 ------------------------------------------------------------------------
3352 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3353 Changed paths:
3354    A /branches/dev/samtools/samtools.1
3355
3356 the manual page
3357
3358 ------------------------------------------------------------------------
3359 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
3360 Changed paths:
3361    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3362    A /branches/dev/samtools/Makefile
3363    A /branches/dev/samtools/bam.c
3364    A /branches/dev/samtools/bam.h
3365    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3366    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
3367    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
3368    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
3369    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
3370    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3371    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3372    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3373    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
3374    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
3375    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
3376    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
3377    A /branches/dev/samtools/faidx.c
3378    A /branches/dev/samtools/faidx.h
3379    A /branches/dev/samtools/khash.h
3380    A /branches/dev/samtools/ksort.h
3381    A /branches/dev/samtools/kstream.h
3382    A /branches/dev/samtools/misc
3383    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3384    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3385    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3386    A /branches/dev/samtools/razf.c
3387    A /branches/dev/samtools/razf.h
3388    A /branches/dev/samtools/razip.c
3389    A /branches/dev/samtools/zutil.h
3390
3391 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
3392 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
3393
3394 ------------------------------------------------------------------------
3395 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3396 Changed paths:
3397    A /branches/dev/samtools
3398
3399 samtools (C version)
3400
3401 ------------------------------------------------------------------------