ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
   5
   6 Script for filtering indel results
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
  10 Changed paths:
  11    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
  12
  13 convert ZOOM to SAM
  14
  15 ------------------------------------------------------------------------
  16 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
  17 Changed paths:
  18    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
  19
  20 add a script to convert novo alignment to SAM
  21
  22 ------------------------------------------------------------------------
  23 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
  24 Changed paths:
  25    M /trunk/samtools/ChangeLog
  26    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
  27    M /trunk/samtools/samtools.1
  28
  29 update documentation and ChangeLog
  30
  31 ------------------------------------------------------------------------
  32 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
  33 Changed paths:
  34    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  35    M /trunk/samtools/bamtk.c
  36
  37  * samtools-0.1.1-19
  38  * fixed a bug in "merge" command line
  39
  40 ------------------------------------------------------------------------
  41 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
  42 Changed paths:
  43    M /trunk/samtools/misc/Makefile
  44    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
  45    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
  46    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
  47    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
  48    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
  49
  50  * merge from branches/dev/
  51  * all future development will happen here
  52
  53 ------------------------------------------------------------------------
  54 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
  55 Changed paths:
  56    M /trunk/samtools/COPYING
  57    M /trunk/samtools/ChangeLog
  58    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
  59    M /trunk/samtools/Makefile
  60    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
  61    M /trunk/samtools/bam.c
  62    M /trunk/samtools/bam.h
  63    M /trunk/samtools/bam_import.c
  64    M /trunk/samtools/bam_index.c
  65    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
  66    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  67    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
  68    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
  69    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  70    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  71    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
  72    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  73    M /trunk/samtools/bamtk.c
  74    M /trunk/samtools/bgzf.h
  75    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
  76    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
  77    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
  78    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
  79    M /trunk/samtools/faidx.c
  80    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
  81    M /trunk/samtools/glf.h
  82    M /trunk/samtools/misc/Makefile
  83    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
  84    M /trunk/samtools/razf.c
  85    M /trunk/samtools/source.dot
  86
  87  * Merge from branches/dev/
  88  * all future development will happen here at trunk/
  89
  90 ------------------------------------------------------------------------
  91 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
  92 Changed paths:
  93    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  94    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  95
  96 Fix problem with compiling without curses.
  97
  98 ------------------------------------------------------------------------
  99 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 100 Changed paths:
 101    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 102
 103 Create trunk copy
 104
 105 ------------------------------------------------------------------------
 106 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 107 Changed paths:
 108    A /branches/dev/samtools/NEWS
 109    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 110    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 111
 112 Release samtools-0.1.1
 113
 114 ------------------------------------------------------------------------
 115 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 116 Changed paths:
 117    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 118    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 119    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 120    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 121    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 122    M /branches/dev/samtools/razf.c
 123    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 124
 125  * samtools-0.1.0-66
 126  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 127  * fixed a memory leak in parsing a region
 128  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 129  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 130  * fixed a bug in indexing for small alignment
 131  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 132  * updated documentation
 133  * prepare to release 0.1.1
 134
 135 ------------------------------------------------------------------------
 136 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 137 Changed paths:
 138    A /branches/dev/samtools/examples
 139    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 140    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 141    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 142    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 143
 144 example
 145
 146 ------------------------------------------------------------------------
 147 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 148 Changed paths:
 149    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 150
 151 update ChangeLog
 152
 153 ------------------------------------------------------------------------
 154 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 155 Changed paths:
 156    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 157
 158  * added comments
 159  * fixed several bugs
 160
 161 ------------------------------------------------------------------------
 162 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 163 Changed paths:
 164    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 165
 166 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 167
 168 ------------------------------------------------------------------------
 169 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 170 Changed paths:
 171    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 172    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 173    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 174    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 175    A /branches/dev/samtools/source.dot
 176
 177  * samtools-0.1.0-65
 178  * pileup: generate maq-like simple output
 179  * pileup: allow to output pileup at required sites
 180  * source.dot: source file relationship graph
 181  * tview: fixed a minor bug
 182
 183 ------------------------------------------------------------------------
 184 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 185 Changed paths:
 186    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 187
 188 remove all2sam.pl
 189
 190 ------------------------------------------------------------------------
 191 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 192 Changed paths:
 193    A /branches/dev/samtools/COPYING
 194    M /branches/dev/samtools/bam.h
 195    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 196    M /branches/dev/samtools/khash.h
 197    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 198    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 199    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 200
 201 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 205 Changed paths:
 206    M /branches/dev/samtools/bam.c
 207    M /branches/dev/samtools/bam.h
 208    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 209    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 210    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 211
 212  * samtools-0.1.0-64
 213  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 214
 215 ------------------------------------------------------------------------
 216 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 217 Changed paths:
 218    M /branches/dev/samtools/bam.c
 219    M /branches/dev/samtools/bam.h
 220    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 221    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 222    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 223
 224  * samtools-0.1.0-63
 225  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 226
 227 ------------------------------------------------------------------------
 228 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 229 Changed paths:
 230    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 231    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 232    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 233
 234  * samtools-0.1.0-62
 235  * fixed a memory leak
 236
 237 ------------------------------------------------------------------------
 238 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 239 Changed paths:
 240    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 241    M /branches/dev/samtools/bam.h
 242    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 243
 244 update documentation, ChangeLog and a comment
 245
 246 ------------------------------------------------------------------------
 247 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 248 Changed paths:
 249    M /branches/dev/samtools/Makefile
 250    M /branches/dev/samtools/bam.h
 251    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 252    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 253    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 254    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 255    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 256    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 257
 258  * samtools-0.1.0-61
 259  * moved pileup command to a separate source file
 260  * added indel caller
 261  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 262  * updated documentation
 263
 264 ------------------------------------------------------------------------
 265 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 266 Changed paths:
 267    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 268    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 269
 270  * samtools-0.1.0-60
 271  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 272
 273 ------------------------------------------------------------------------
 274 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 275 Changed paths:
 276    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 277    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 278    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 279
 280  * samtools-0.1.0-59
 281  * pileup: outputing consensus is now optional
 282  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 283    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 284
 285 ------------------------------------------------------------------------
 286 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 287 Changed paths:
 288    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 289    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 290
 291  * samtools-0.1.0-58
 292  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 293    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 294    and imposing it would make it harder to generate for other language
 295    bindings.
 296
 297 ------------------------------------------------------------------------
 298 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 299 Changed paths:
 300    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 301
 302 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 303
 304 ------------------------------------------------------------------------
 305 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 306 Changed paths:
 307    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 308
 309 update manual
 310
 311 ------------------------------------------------------------------------
 312 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 313 Changed paths:
 314    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 315    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 316
 317  * samtools-0.1.0-57
 318  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 319  * made the parser a bit more robust
 320
 321 ------------------------------------------------------------------------
 322 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 323 Changed paths:
 324    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 325    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 326    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 327
 328  * samtools-0.1.0-56
 329  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 330  * fixed a typo in bam_index.c
 331  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 332
 333 ------------------------------------------------------------------------
 334 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 335 Changed paths:
 336    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 337
 338 update manual
 339
 340 ------------------------------------------------------------------------
 341 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 342 Changed paths:
 343    M /branches/dev/samtools/bam.h
 344    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 345    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 346
 347  * samtools-0.1.0-55
 348  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 349  * removed -v from pileup
 350  * made pileup take the reference sequence
 351
 352 ------------------------------------------------------------------------
 353 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 354 Changed paths:
 355    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 356    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 357    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 358
 359  * samtools-0.1.0-54
 360  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 361  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 362
 363 ------------------------------------------------------------------------
 364 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 365 Changed paths:
 366    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 367
 368 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 372 Changed paths:
 373    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 374
 375 also calculate unordered md5sum check
 376
 377 ------------------------------------------------------------------------
 378 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 379 Changed paths:
 380    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 381
 382 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 383
 384 ------------------------------------------------------------------------
 385 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 386 Changed paths:
 387    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 388
 389 fixed a potential memory leak
 390
 391 ------------------------------------------------------------------------
 392 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 393 Changed paths:
 394    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 395    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 396    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 397
 398  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 399
 400 ------------------------------------------------------------------------
 401 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 402 Changed paths:
 403    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 404
 405 nothing, really
 406
 407 ------------------------------------------------------------------------
 408 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 409 Changed paths:
 410    M /branches/dev/samtools/Makefile
 411    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 412    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 413    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 414    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 415    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 416
 417  * fixed two warnings in kseq.h
 418  * added md5sum utilities
 419
 420 ------------------------------------------------------------------------
 421 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 422 Changed paths:
 423    M /branches/dev/samtools/Makefile
 424    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 425    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 426    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 427    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 428
 429  * samtools-0.1.0-52
 430  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 431    extra functions in kseq.h.
 432  * also compile stand-alone faidx
 433
 434 ------------------------------------------------------------------------
 435 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 436 Changed paths:
 437    M /branches/dev/samtools/bam.h
 438    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 439    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 440
 441  * samtools-0.1.0-51
 442  * sorting by read names is available
 443
 444 ------------------------------------------------------------------------
 445 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 446 Changed paths:
 447    M /branches/dev/samtools/bam.c
 448    M /branches/dev/samtools/bam.h
 449    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 450    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 451    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 452    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 453    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 454    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 455    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 456
 457  * samtools-0.1.0-50
 458  * format change to meet the latest specification
 459
 460 ------------------------------------------------------------------------
 461 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 462 Changed paths:
 463    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 464    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 465
 466  * minor change in maqcns: special care when n==0
 467  * change maq2sam to meet the latest specification
 468
 469 ------------------------------------------------------------------------
 470 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 471 Changed paths:
 472    M /branches/dev/samtools/razf.c
 473    M /branches/dev/samtools/razf.h
 474
 475 considerable code clean up in razf
 476
 477 ------------------------------------------------------------------------
 478 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 479 Changed paths:
 480    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 481    M /branches/dev/samtools/Makefile
 482    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 483
 484 make RAZF optional in faidx.c
 485
 486 ------------------------------------------------------------------------
 487 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 488 Changed paths:
 489    M /branches/dev/samtools/Makefile
 490    M /branches/dev/samtools/bam.h
 491    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 492    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 493    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 494
 495  * samtools-0.1.0-49
 496  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 497
 498 ------------------------------------------------------------------------
 499 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 500 Changed paths:
 501    M /branches/dev/samtools/bam.c
 502    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 503    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 504    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 505    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 506    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 507
 508  * samtools-0.1.0-48
 509  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 510  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 511  * supporting hex strings
 512
 513 ------------------------------------------------------------------------
 514 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 515 Changed paths:
 516    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 517    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 518
 519  * samtools-0.1.0-47
 520  * fixed the bug in maqcns
 521
 522 ------------------------------------------------------------------------
 523 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 524 Changed paths:
 525    M /branches/dev/samtools/Makefile
 526    M /branches/dev/samtools/bam.h
 527    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 528    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 529    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 530    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 531    A /branches/dev/samtools/glf.h
 532
 533  * samtools-0.1.0-46
 534  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 535
 536 ------------------------------------------------------------------------
 537 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 538 Changed paths:
 539    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 540    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 541    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 542
 543  * samtools-0.1.0-45
 544  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 545  * better coordinates and reference sequence
 546
 547 ------------------------------------------------------------------------
 548 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 549 Changed paths:
 550    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 551
 552 new ChangeLog
 553
 554 ------------------------------------------------------------------------
 555 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 556 Changed paths:
 557    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 558    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 559
 560 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 561 the log of my personal SVN repository.
 562
 563 ------------------------------------------------------------------------
 564 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 565 Changed paths:
 566    M /branches/dev/samtools/Makefile
 567    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 568    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 569
 570  * samtools-0.1.0-44
 571  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 572    missing these declarations will make bgzf buggy
 573  * get rid of some harmless warings
 574  * use BGZF by default, now
 575
 576 ------------------------------------------------------------------------
 577 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 578 Changed paths:
 579    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 580    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 581    M /branches/dev/samtools/razf.c
 582
 583  * samtools-0.1.0-43
 584  * fixed a bug in razf_read()
 585  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 586
 587 ------------------------------------------------------------------------
 588 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 589 Changed paths:
 590    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 591
 592 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 593
 594 ------------------------------------------------------------------------
 595 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 596 Changed paths:
 597    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 598
 599  * samtools-0.1.0-42
 600  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 601    also update the version number anyway to avoid confusion
 602
 603 ------------------------------------------------------------------------
 604 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 605 Changed paths:
 606    M /branches/dev/samtools/razf.c
 607
 608 a change from Jue, but I think it should not matter
 609
 610 ------------------------------------------------------------------------
 611 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 612 Changed paths:
 613    M /branches/dev/samtools/razf.c
 614
 615 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 616 rarely happens, very rarely.
 617
 618 ------------------------------------------------------------------------
 619 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 620 Changed paths:
 621    M /branches/dev/samtools/razf.c
 622
 623 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 624
 625 ------------------------------------------------------------------------
 626 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 627 Changed paths:
 628    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 629
 630 remove a comment
 631
 632 ------------------------------------------------------------------------
 633 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 634 Changed paths:
 635    M /branches/dev/samtools/Makefile
 636    M /branches/dev/samtools/bam.h
 637    M /branches/dev/samtools/razf.c
 638    M /branches/dev/samtools/razf.h
 639
 640  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 641
 642 ------------------------------------------------------------------------
 643 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 644 Changed paths:
 645    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 646
 647 the manual page
 648
 649 ------------------------------------------------------------------------
 650 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 651 Changed paths:
 652    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 653    A /branches/dev/samtools/Makefile
 654    A /branches/dev/samtools/bam.c
 655    A /branches/dev/samtools/bam.h
 656    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 657    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 658    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 659    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 660    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 661    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 662    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 663    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 664    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 665    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 666    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 667    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 668    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 669    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 670    A /branches/dev/samtools/khash.h
 671    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 672    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 673    A /branches/dev/samtools/misc
 674    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 675    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 676    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 677    A /branches/dev/samtools/razf.c
 678    A /branches/dev/samtools/razf.h
 679    A /branches/dev/samtools/razip.c
 680    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 681
 682 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 683 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 684
 685 ------------------------------------------------------------------------
 686 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 687 Changed paths:
 688    A /branches/dev/samtools
 689
 690 samtools (C version)
 691
 692 ------------------------------------------------------------------------