ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam.c
   5    M /trunk/samtools/bam_import.c
   6    M /trunk/samtools/bam_sort.c
   7    M /trunk/samtools/bamtk.c
   8    M /trunk/samtools/kseq.h
   9
  10  * samtools-0.1.2-24
  11  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
  12  * allow empty header
  13
  14 ------------------------------------------------------------------------
  15 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
  16 Changed paths:
  17    M /trunk/samtools/bam.c
  18    M /trunk/samtools/bam_import.c
  19    M /trunk/samtools/bamtk.c
  20
  21  * samtools-0.1.2-23
  22  * recognize '*' at the QUAL field
  23
  24 ------------------------------------------------------------------------
  25 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
  26 Changed paths:
  27    M /trunk/samtools/bam_import.c
  28    M /trunk/samtools/bamtk.c
  29    M /trunk/samtools/kseq.h
  30
  31  * samtools-0.1.2-22
  32  * the field separater is TAB only, now
  33
  34 ------------------------------------------------------------------------
  35 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
  36 Changed paths:
  37    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
  38
  39  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
  40
  41 ------------------------------------------------------------------------
  42 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
  43 Changed paths:
  44    M /trunk/samtools/bam_mate.c
  45    M /trunk/samtools/bamtk.c
  46    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
  47
  48  * samtools-0.1.2-21
  49  * fixed a nasty bug in `fixmate'
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
  55    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
  56    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
  57
  58 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  64    M /trunk/samtools/bamtk.c
  65
  66  * samtools-0.1.2-20
  67  * check if file is truncated in flagstat
  68
  69 ------------------------------------------------------------------------
  70 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
  71 Changed paths:
  72    M /trunk/samtools/bamtk.c
  73
  74  * samtools-0.1.2-19
  75  * print the header if requested
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  81    M /trunk/samtools/bamtk.c
  82
  83  * samtools-0.1.2-18
  84  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
  85
  86 ------------------------------------------------------------------------
  87 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
  88 Changed paths:
  89    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
  90    D /trunk/samtools/Makefile.std
  91    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
  92    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
  93
  94 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
  95
  96 ------------------------------------------------------------------------
  97 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
  98 Changed paths:
  99    D /trunk/samtools/Makefile
 100    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
 101    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 102    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 103    M /trunk/samtools/bamtk.c
 104    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 105    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
 106    M /trunk/samtools/samtools.1
 107
 108  * samtools-0.1.2-17
 109  * incorporating Nils' changes
 110  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
 111
 112 ------------------------------------------------------------------------
 113 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 114 Changed paths:
 115    M /trunk/samtools/Makefile
 116    M /trunk/samtools/bam_import.c
 117    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 118    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 119    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 120    M /trunk/samtools/bamtk.c
 121    M /trunk/samtools/kseq.h
 122    A /trunk/samtools/kstring.c
 123    A /trunk/samtools/kstring.h
 124
 125  * samtools-0.1.2-16
 126  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 127  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
 128
 129 ------------------------------------------------------------------------
 130 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
 131 Changed paths:
 132    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 133
 134  * soap2sam.pl-0.1.2
 135  * more robust to truncated soap output
 136
 137 ------------------------------------------------------------------------
 138 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
 139 Changed paths:
 140    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 141
 142 added bam_stat.o to Makefile.lite
 143
 144 ------------------------------------------------------------------------
 145 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 146 Changed paths:
 147    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 148    M /trunk/samtools/bamtk.c
 149
 150  * samtools-0.1.2-15
 151  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
 152
 153 ------------------------------------------------------------------------
 154 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 155 Changed paths:
 156    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 157    M /trunk/samtools/bamtk.c
 158    M /trunk/samtools/glf.c
 159    M /trunk/samtools/glf.h
 160    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 161
 162  * samtools-0.1.2-14
 163  * implemented GLFv3
 164
 165 ------------------------------------------------------------------------
 166 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 167 Changed paths:
 168    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 169    M /trunk/samtools/bamtk.c
 170
 171  * samtools-0.1.2-13
 172  * fixed a minor bug in displaying pileup
 173
 174 ------------------------------------------------------------------------
 175 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 176 Changed paths:
 177    M /trunk/samtools/ChangeLog
 178    M /trunk/samtools/bamtk.c
 179
 180  * samtools-0.1.2-12
 181  * optionally print SAM header
 182
 183 ------------------------------------------------------------------------
 184 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
 185 Changed paths:
 186    M /trunk/samtools/bamtk.c
 187    M /trunk/samtools/glf.c
 188
 189  * samtools-0.1.2-11
 190  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
 191
 192 ------------------------------------------------------------------------
 193 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
 194 Changed paths:
 195    M /trunk/samtools/Makefile
 196    M /trunk/samtools/bam_import.c
 197    M /trunk/samtools/bam_index.c
 198    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 199    M /trunk/samtools/bamtk.c
 200    M /trunk/samtools/glf.c
 201    M /trunk/samtools/glf.h
 202
 203  * samtools-0.1.2-10
 204  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 205  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 206  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
 207
 208 ------------------------------------------------------------------------
 209 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
 210 Changed paths:
 211    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 212
 213  * wgsim-0.2.3
 214  * fixed a bug in simulating indels
 215
 216 ------------------------------------------------------------------------
 217 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
 218 Changed paths:
 219    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 220
 221  * wgsim-0.2.2
 222  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
 223    not like long read names.
 224
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
 227 Changed paths:
 228    M /trunk/samtools/ChangeLog
 229    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 230    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 231
 232  * wgsim-0.2.1
 233  * fixed a bug about color read coordinates
 234  * fixed a bug in read names
 235  * wgsim_eval.pl-0.1.3
 236  * make the script work with color reads
 237
 238 ------------------------------------------------------------------------
 239 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
 240 Changed paths:
 241    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 242    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 243
 244  * wgsim: added a note
 245
 246 ------------------------------------------------------------------------
 247 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
 248 Changed paths:
 249    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 250    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 251
 252  * wgsim-0.2.0
 253  * considerable code clean up
 254  * print number of substitutions/indels/errors on each read
 255  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 256  * wgsim_eval.pl-0.1.2
 257  * change in accordant with wgsim
 258
 259 ------------------------------------------------------------------------
 260 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
 261 Changed paths:
 262    M /trunk/samtools/bam_index.c
 263    M /trunk/samtools/bamtk.c
 264
 265  * samtools-0.1.2-9
 266  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
 267
 268 ------------------------------------------------------------------------
 269 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
 270 Changed paths:
 271    M /trunk/samtools/bamtk.c
 272
 273 Fix annoying segv when invalid region specified.
 274
 275 ------------------------------------------------------------------------
 276 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
 277 Changed paths:
 278    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 279    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 280
 281  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 282
 283 ------------------------------------------------------------------------
 284 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 285 Changed paths:
 286    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 287    M /trunk/samtools/bamtk.c
 288
 289  * samtools-0.1.2-7
 290  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 291
 292 ------------------------------------------------------------------------
 293 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 294 Changed paths:
 295    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 296    M /trunk/samtools/bamtk.c
 297
 298  * samtools-0.1.2-7
 299  * fixed a minor bug in flagstat
 300
 301 ------------------------------------------------------------------------
 302 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 303 Changed paths:
 304    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 305    M /trunk/samtools/bamtk.c
 306    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 307
 308  * samtools-0.1.2-6
 309  * improve indel caller by setting maximum window size
 310
 311 ------------------------------------------------------------------------
 312 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
 313 Changed paths:
 314    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 315    M /trunk/samtools/bamtk.c
 316
 317  * output max mapping quality in indel line
 318
 319 ------------------------------------------------------------------------
 320 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
 321 Changed paths:
 322    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 323
 324 fixed a bug in generating tag AM
 325
 326 ------------------------------------------------------------------------
 327 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
 328 Changed paths:
 329    M /trunk/samtools/bam_index.c
 330    M /trunk/samtools/bamtk.c
 331
 332 fixed a potential memory problem in indexing
 333
 334 ------------------------------------------------------------------------
 335 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
 336 Changed paths:
 337    M /trunk/samtools/Makefile
 338
 339 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
 340
 341 ------------------------------------------------------------------------
 342 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
 343 Changed paths:
 344    M /trunk/samtools/ChangeLog
 345    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 346    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 347    M /trunk/samtools/bamtk.c
 348
 349  * samtools-0.1.2-3
 350  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 351  * improve flagstat report a little bit
 352
 353 ------------------------------------------------------------------------
 354 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
 355 Changed paths:
 356    M /trunk/samtools/Makefile
 357    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 358    M /trunk/samtools/bamtk.c
 359
 360  * samtools-0.1.2-1
 361  * added flagstat command
 362
 363 ------------------------------------------------------------------------
 364 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 365 Changed paths:
 366    M /trunk/samtools/ChangeLog
 367    M /trunk/samtools/NEWS
 368    M /trunk/samtools/bamtk.c
 369    M /trunk/samtools/samtools.1
 370
 371 Release SAMtools-0.1.2
 372
 373 ------------------------------------------------------------------------
 374 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 375 Changed paths:
 376    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 377
 378 Script for filtering indel results
 379
 380 ------------------------------------------------------------------------
 381 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 382 Changed paths:
 383    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 384
 385 convert ZOOM to SAM
 386
 387 ------------------------------------------------------------------------
 388 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 389 Changed paths:
 390    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 391
 392 add a script to convert novo alignment to SAM
 393
 394 ------------------------------------------------------------------------
 395 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 396 Changed paths:
 397    M /trunk/samtools/ChangeLog
 398    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 399    M /trunk/samtools/samtools.1
 400
 401 update documentation and ChangeLog
 402
 403 ------------------------------------------------------------------------
 404 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 405 Changed paths:
 406    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 407    M /trunk/samtools/bamtk.c
 408
 409  * samtools-0.1.1-19
 410  * fixed a bug in "merge" command line
 411
 412 ------------------------------------------------------------------------
 413 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 414 Changed paths:
 415    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 416    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 417    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 418    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 419    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 420    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 421
 422  * merge from branches/dev/
 423  * all future development will happen here
 424
 425 ------------------------------------------------------------------------
 426 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 427 Changed paths:
 428    M /trunk/samtools/COPYING
 429    M /trunk/samtools/ChangeLog
 430    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 431    M /trunk/samtools/Makefile
 432    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 433    M /trunk/samtools/bam.c
 434    M /trunk/samtools/bam.h
 435    M /trunk/samtools/bam_import.c
 436    M /trunk/samtools/bam_index.c
 437    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 438    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 439    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 440    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 441    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 442    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 443    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 444    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 445    M /trunk/samtools/bamtk.c
 446    M /trunk/samtools/bgzf.h
 447    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 448    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 449    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 450    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 451    M /trunk/samtools/faidx.c
 452    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 453    M /trunk/samtools/glf.h
 454    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 455    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 456    M /trunk/samtools/razf.c
 457    M /trunk/samtools/source.dot
 458
 459  * Merge from branches/dev/
 460  * all future development will happen here at trunk/
 461
 462 ------------------------------------------------------------------------
 463 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 464 Changed paths:
 465    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 466    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 467
 468 Fix problem with compiling without curses.
 469
 470 ------------------------------------------------------------------------
 471 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 472 Changed paths:
 473    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 474
 475 Create trunk copy
 476
 477 ------------------------------------------------------------------------
 478 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 479 Changed paths:
 480    A /branches/dev/samtools/NEWS
 481    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 482    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 483
 484 Release samtools-0.1.1
 485
 486 ------------------------------------------------------------------------
 487 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 488 Changed paths:
 489    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 490    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 491    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 492    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 493    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 494    M /branches/dev/samtools/razf.c
 495    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 496
 497  * samtools-0.1.0-66
 498  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 499  * fixed a memory leak in parsing a region
 500  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 501  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 502  * fixed a bug in indexing for small alignment
 503  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 504  * updated documentation
 505  * prepare to release 0.1.1
 506
 507 ------------------------------------------------------------------------
 508 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 509 Changed paths:
 510    A /branches/dev/samtools/examples
 511    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 512    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 513    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 514    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 515
 516 example
 517
 518 ------------------------------------------------------------------------
 519 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 520 Changed paths:
 521    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 522
 523 update ChangeLog
 524
 525 ------------------------------------------------------------------------
 526 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 527 Changed paths:
 528    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 529
 530  * added comments
 531  * fixed several bugs
 532
 533 ------------------------------------------------------------------------
 534 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 535 Changed paths:
 536    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 537
 538 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 539
 540 ------------------------------------------------------------------------
 541 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 542 Changed paths:
 543    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 544    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 545    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 546    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 547    A /branches/dev/samtools/source.dot
 548
 549  * samtools-0.1.0-65
 550  * pileup: generate maq-like simple output
 551  * pileup: allow to output pileup at required sites
 552  * source.dot: source file relationship graph
 553  * tview: fixed a minor bug
 554
 555 ------------------------------------------------------------------------
 556 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 557 Changed paths:
 558    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 559
 560 remove all2sam.pl
 561
 562 ------------------------------------------------------------------------
 563 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 564 Changed paths:
 565    A /branches/dev/samtools/COPYING
 566    M /branches/dev/samtools/bam.h
 567    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 568    M /branches/dev/samtools/khash.h
 569    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 570    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 571    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 572
 573 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 574
 575 ------------------------------------------------------------------------
 576 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 577 Changed paths:
 578    M /branches/dev/samtools/bam.c
 579    M /branches/dev/samtools/bam.h
 580    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 581    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 582    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 583
 584  * samtools-0.1.0-64
 585  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 586
 587 ------------------------------------------------------------------------
 588 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 589 Changed paths:
 590    M /branches/dev/samtools/bam.c
 591    M /branches/dev/samtools/bam.h
 592    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 593    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 594    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 595
 596  * samtools-0.1.0-63
 597  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 598
 599 ------------------------------------------------------------------------
 600 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 601 Changed paths:
 602    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 603    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 604    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 605
 606  * samtools-0.1.0-62
 607  * fixed a memory leak
 608
 609 ------------------------------------------------------------------------
 610 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 611 Changed paths:
 612    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 613    M /branches/dev/samtools/bam.h
 614    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 615
 616 update documentation, ChangeLog and a comment
 617
 618 ------------------------------------------------------------------------
 619 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 620 Changed paths:
 621    M /branches/dev/samtools/Makefile
 622    M /branches/dev/samtools/bam.h
 623    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 624    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 625    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 626    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 627    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 628    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 629
 630  * samtools-0.1.0-61
 631  * moved pileup command to a separate source file
 632  * added indel caller
 633  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 634  * updated documentation
 635
 636 ------------------------------------------------------------------------
 637 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 638 Changed paths:
 639    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 640    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 641
 642  * samtools-0.1.0-60
 643  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 644
 645 ------------------------------------------------------------------------
 646 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 647 Changed paths:
 648    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 649    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 650    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 651
 652  * samtools-0.1.0-59
 653  * pileup: outputing consensus is now optional
 654  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 655    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 656
 657 ------------------------------------------------------------------------
 658 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 659 Changed paths:
 660    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 661    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 662
 663  * samtools-0.1.0-58
 664  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 665    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 666    and imposing it would make it harder to generate for other language
 667    bindings.
 668
 669 ------------------------------------------------------------------------
 670 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 671 Changed paths:
 672    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 673
 674 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 675
 676 ------------------------------------------------------------------------
 677 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 678 Changed paths:
 679    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 680
 681 update manual
 682
 683 ------------------------------------------------------------------------
 684 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 685 Changed paths:
 686    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 687    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 688
 689  * samtools-0.1.0-57
 690  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 691  * made the parser a bit more robust
 692
 693 ------------------------------------------------------------------------
 694 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 695 Changed paths:
 696    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 697    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 698    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 699
 700  * samtools-0.1.0-56
 701  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 702  * fixed a typo in bam_index.c
 703  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 704
 705 ------------------------------------------------------------------------
 706 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 707 Changed paths:
 708    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 709
 710 update manual
 711
 712 ------------------------------------------------------------------------
 713 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 714 Changed paths:
 715    M /branches/dev/samtools/bam.h
 716    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 717    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 718
 719  * samtools-0.1.0-55
 720  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 721  * removed -v from pileup
 722  * made pileup take the reference sequence
 723
 724 ------------------------------------------------------------------------
 725 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 726 Changed paths:
 727    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 728    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 729    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 730
 731  * samtools-0.1.0-54
 732  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 733  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 734
 735 ------------------------------------------------------------------------
 736 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 737 Changed paths:
 738    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 739
 740 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 741
 742 ------------------------------------------------------------------------
 743 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 744 Changed paths:
 745    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 746
 747 also calculate unordered md5sum check
 748
 749 ------------------------------------------------------------------------
 750 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 751 Changed paths:
 752    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 753
 754 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 755
 756 ------------------------------------------------------------------------
 757 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 758 Changed paths:
 759    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 760
 761 fixed a potential memory leak
 762
 763 ------------------------------------------------------------------------
 764 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 765 Changed paths:
 766    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 767    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 768    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 769
 770  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 771
 772 ------------------------------------------------------------------------
 773 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 774 Changed paths:
 775    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 776
 777 nothing, really
 778
 779 ------------------------------------------------------------------------
 780 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 781 Changed paths:
 782    M /branches/dev/samtools/Makefile
 783    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 784    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 785    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 786    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 787    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 788
 789  * fixed two warnings in kseq.h
 790  * added md5sum utilities
 791
 792 ------------------------------------------------------------------------
 793 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 794 Changed paths:
 795    M /branches/dev/samtools/Makefile
 796    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 797    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 798    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 799    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 800
 801  * samtools-0.1.0-52
 802  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 803    extra functions in kseq.h.
 804  * also compile stand-alone faidx
 805
 806 ------------------------------------------------------------------------
 807 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 808 Changed paths:
 809    M /branches/dev/samtools/bam.h
 810    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 811    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 812
 813  * samtools-0.1.0-51
 814  * sorting by read names is available
 815
 816 ------------------------------------------------------------------------
 817 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 818 Changed paths:
 819    M /branches/dev/samtools/bam.c
 820    M /branches/dev/samtools/bam.h
 821    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 822    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 823    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 824    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 825    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 826    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 827    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 828
 829  * samtools-0.1.0-50
 830  * format change to meet the latest specification
 831
 832 ------------------------------------------------------------------------
 833 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 834 Changed paths:
 835    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 836    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 837
 838  * minor change in maqcns: special care when n==0
 839  * change maq2sam to meet the latest specification
 840
 841 ------------------------------------------------------------------------
 842 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 843 Changed paths:
 844    M /branches/dev/samtools/razf.c
 845    M /branches/dev/samtools/razf.h
 846
 847 considerable code clean up in razf
 848
 849 ------------------------------------------------------------------------
 850 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 851 Changed paths:
 852    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 853    M /branches/dev/samtools/Makefile
 854    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 855
 856 make RAZF optional in faidx.c
 857
 858 ------------------------------------------------------------------------
 859 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 860 Changed paths:
 861    M /branches/dev/samtools/Makefile
 862    M /branches/dev/samtools/bam.h
 863    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 864    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 865    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 866
 867  * samtools-0.1.0-49
 868  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 869
 870 ------------------------------------------------------------------------
 871 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 872 Changed paths:
 873    M /branches/dev/samtools/bam.c
 874    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 875    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 876    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 877    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 878    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 879
 880  * samtools-0.1.0-48
 881  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 882  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 883  * supporting hex strings
 884
 885 ------------------------------------------------------------------------
 886 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 887 Changed paths:
 888    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 889    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 890
 891  * samtools-0.1.0-47
 892  * fixed the bug in maqcns
 893
 894 ------------------------------------------------------------------------
 895 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 896 Changed paths:
 897    M /branches/dev/samtools/Makefile
 898    M /branches/dev/samtools/bam.h
 899    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 900    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 901    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 902    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 903    A /branches/dev/samtools/glf.h
 904
 905  * samtools-0.1.0-46
 906  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 907
 908 ------------------------------------------------------------------------
 909 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 910 Changed paths:
 911    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 912    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 913    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 914
 915  * samtools-0.1.0-45
 916  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 917  * better coordinates and reference sequence
 918
 919 ------------------------------------------------------------------------
 920 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 921 Changed paths:
 922    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 923
 924 new ChangeLog
 925
 926 ------------------------------------------------------------------------
 927 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 928 Changed paths:
 929    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 930    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 931
 932 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 933 the log of my personal SVN repository.
 934
 935 ------------------------------------------------------------------------
 936 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 937 Changed paths:
 938    M /branches/dev/samtools/Makefile
 939    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 940    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 941
 942  * samtools-0.1.0-44
 943  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 944    missing these declarations will make bgzf buggy
 945  * get rid of some harmless warings
 946  * use BGZF by default, now
 947
 948 ------------------------------------------------------------------------
 949 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 950 Changed paths:
 951    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 952    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 953    M /branches/dev/samtools/razf.c
 954
 955  * samtools-0.1.0-43
 956  * fixed a bug in razf_read()
 957  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 958
 959 ------------------------------------------------------------------------
 960 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 961 Changed paths:
 962    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 963
 964 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 965
 966 ------------------------------------------------------------------------
 967 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 968 Changed paths:
 969    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 970
 971  * samtools-0.1.0-42
 972  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 973    also update the version number anyway to avoid confusion
 974
 975 ------------------------------------------------------------------------
 976 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 977 Changed paths:
 978    M /branches/dev/samtools/razf.c
 979
 980 a change from Jue, but I think it should not matter
 981
 982 ------------------------------------------------------------------------
 983 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 984 Changed paths:
 985    M /branches/dev/samtools/razf.c
 986
 987 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 988 rarely happens, very rarely.
 989
 990 ------------------------------------------------------------------------
 991 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 992 Changed paths:
 993    M /branches/dev/samtools/razf.c
 994
 995 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 996
 997 ------------------------------------------------------------------------
 998 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 999 Changed paths:
1000    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1001
1002 remove a comment
1003
1004 ------------------------------------------------------------------------
1005 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1006 Changed paths:
1007    M /branches/dev/samtools/Makefile
1008    M /branches/dev/samtools/bam.h
1009    M /branches/dev/samtools/razf.c
1010    M /branches/dev/samtools/razf.h
1011
1012  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
1013
1014 ------------------------------------------------------------------------
1015 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1016 Changed paths:
1017    A /branches/dev/samtools/samtools.1
1018
1019 the manual page
1020
1021 ------------------------------------------------------------------------
1022 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
1023 Changed paths:
1024    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1025    A /branches/dev/samtools/Makefile
1026    A /branches/dev/samtools/bam.c
1027    A /branches/dev/samtools/bam.h
1028    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1029    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
1030    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
1031    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
1032    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
1033    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1034    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1035    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1036    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
1037    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
1038    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
1039    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
1040    A /branches/dev/samtools/faidx.c
1041    A /branches/dev/samtools/faidx.h
1042    A /branches/dev/samtools/khash.h
1043    A /branches/dev/samtools/ksort.h
1044    A /branches/dev/samtools/kstream.h
1045    A /branches/dev/samtools/misc
1046    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1047    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1048    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1049    A /branches/dev/samtools/razf.c
1050    A /branches/dev/samtools/razf.h
1051    A /branches/dev/samtools/razip.c
1052    A /branches/dev/samtools/zutil.h
1053
1054 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
1055 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
1056
1057 ------------------------------------------------------------------------
1058 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1059 Changed paths:
1060    A /branches/dev/samtools
1061
1062 samtools (C version)
1063
1064 ------------------------------------------------------------------------