ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 09:51:07 +0100 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bamtk.c
   5    M /trunk/samtools/faidx.c
   6    M /trunk/samtools/knetfile.c
   7    M /trunk/samtools/knetfile.h
   8    M /trunk/samtools/razf.c
   9    M /trunk/samtools/razf.h
  10
  11  * samtools-0.1.6-5 (r462)
  12  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
  13
  14 ------------------------------------------------------------------------
  15 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 12:06:22 +0100 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
  16 Changed paths:
  17    M /trunk/samtools/samtools.1
  18
  19 fixed a formatting issue
  20
  21 ------------------------------------------------------------------------
  22 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 23:14:08 +0100 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
  23 Changed paths:
  24    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  25    M /trunk/samtools/bamtk.c
  26
  27  * samtools-0.1.6-4 (r459)
  28  * make sort output the result to stdout when -o is in use
  29
  30 ------------------------------------------------------------------------
  31 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 10:10:28 +0100 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
  32 Changed paths:
  33    M /trunk/samtools/bamtk.c
  34    M /trunk/samtools/faidx.c
  35    M /trunk/samtools/faidx.h
  36    M /trunk/samtools/samtools.1
  37
  38  * samtools-0.1.6-2 (r458)
  39  * added more interface to faidx (by Nils)
  40  * updated documentation
  41
  42 ------------------------------------------------------------------------
  43 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 21:12:04 +0100 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
  44 Changed paths:
  45    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  46    M /trunk/samtools/bamtk.c
  47
  48  * samtools-0.1.6-2 (r457)
  49  * get rid of three assert() in bam_sort.c
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r456 | jmarshall | 2009-09-04 17:46:25 +0100 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/razf.c
  55
  56 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
  57 when opening the file fails.
  58
  59 ------------------------------------------------------------------------
  60 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 13:56:33 +0100 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
  61 Changed paths:
  62    M /trunk/samtools/ChangeLog
  63    M /trunk/samtools/NEWS
  64    M /trunk/samtools/bamtk.c
  65    M /trunk/samtools/samtools.1
  66    D /trunk/samtools/source.dot
  67
  68 Release samtools-0.1.6
  69
  70 ------------------------------------------------------------------------
  71 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 10:44:48 +0100 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
  72 Changed paths:
  73    M /trunk/samtools/bam_md.c
  74    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
  75    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
  76    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  77    M /trunk/samtools/bamtk.c
  78    M /trunk/samtools/samtools.1
  79
  80  * samtools-0.1.5-34 (r451)
  81  * applied the patch by John
  82  * improved the help message a little bit
  83
  84 ------------------------------------------------------------------------
  85 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 09:55:55 +0100 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
  86 Changed paths:
  87    M /trunk/samtools/bam_color.c
  88    M /trunk/samtools/bamtk.c
  89
  90  * samtools-0.1.5-33 (r450)
  91  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
  92
  93 ------------------------------------------------------------------------
  94 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 20:36:41 +0100 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
  95 Changed paths:
  96    M /trunk/samtools/bam_import.c
  97    M /trunk/samtools/bam_md.c
  98    M /trunk/samtools/bamtk.c
  99    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 100
 101  * samtools-0.1.5-32 (r449)
 102  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 103  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
 104
 105 ------------------------------------------------------------------------
 106 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 09:44:28 +0100 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
 107 Changed paths:
 108    M /trunk/samtools/ChangeLog
 109    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 110    M /trunk/samtools/bamtk.c
 111    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 112
 113  * samtools-0.1.5-31 (r448)
 114  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
 115
 116 ------------------------------------------------------------------------
 117 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 09:34:57 +0100 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
 118 Changed paths:
 119    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 120    M /trunk/samtools/bamtk.c
 121
 122  * samtools-0.1.5-30 (r447)
 123  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
 124
 125 ------------------------------------------------------------------------
 126 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 09:33:17 +0100 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
 127 Changed paths:
 128    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 129    M /trunk/samtools/bamtk.c
 130
 131  *
 132
 133 ------------------------------------------------------------------------
 134 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 10:02:36 +0100 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
 135 Changed paths:
 136    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 137    M /trunk/samtools/bamtk.c
 138
 139  * samtools-0.1.5-28 (r444)
 140  * bug in "merge -n"
 141
 142 ------------------------------------------------------------------------
 143 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 09:29:11 +0100 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
 144 Changed paths:
 145    M /trunk/samtools/bam.c
 146    M /trunk/samtools/bam_import.c
 147    M /trunk/samtools/bamtk.c
 148
 149  * samtools-0.1.5-27 (r443)
 150  * SEQ and QUAL can be "*"
 151  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
 152
 153 ------------------------------------------------------------------------
 154 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 21:56:38 +0100 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
 155 Changed paths:
 156    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 157    M /trunk/samtools/bamtk.c
 158    M /trunk/samtools/misc/md5.c
 159    M /trunk/samtools/misc/md5.h
 160    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
 161
 162  * samtools-0.1.5-26 (r442)
 163  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 164  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
 165
 166 ------------------------------------------------------------------------
 167 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 14:41:28 +0100 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
 168 Changed paths:
 169    M /trunk/samtools/bgzf.c
 170    M /trunk/samtools/bgzf.h
 171    M /trunk/samtools/bgzip.c
 172
 173 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
 174
 175 ------------------------------------------------------------------------
 176 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 10:44:24 +0100 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
 177 Changed paths:
 178    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 179    M /trunk/samtools/bamtk.c
 180
 181  * samtools-0.1.5-25 (r436)
 182  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
 183
 184 ------------------------------------------------------------------------
 185 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 22:16:51 +0100 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 186 Changed paths:
 187    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 188
 189 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
 190
 191 ------------------------------------------------------------------------
 192 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 21:50:43 +0100 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 193 Changed paths:
 194    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 195
 196 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
 197
 198 ------------------------------------------------------------------------
 199 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 09:13:24 +0100 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
 200 Changed paths:
 201    M /trunk/samtools/bamtk.c
 202    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 203    M /trunk/samtools/sam_view.c
 204
 205  * samtools-0.1.5-24 (r435)
 206  * fixed a typo
 207
 208 ------------------------------------------------------------------------
 209 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 10:40:42 +0100 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
 210 Changed paths:
 211    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 212    M /trunk/samtools/bamtk.c
 213
 214  * samtools-0.1.5-23 (r434)
 215  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
 216
 217 ------------------------------------------------------------------------
 218 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 19:13:35 +0100 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
 219 Changed paths:
 220    M /trunk/samtools/knetfile.c
 221
 222  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 223  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
 224
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r432 | lh3lh3 | 2009-08-02 00:32:07 +0100 (Sun, 02 Aug 2009) | 5 lines
 227 Changed paths:
 228    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 229    M /trunk/samtools/bamtk.c
 230    M /trunk/samtools/faidx.c
 231    M /trunk/samtools/razf.c
 232    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
 233    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
 234
 235  * samtools-0.1.5-22 (r432)
 236  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 237  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 238  * PDCurses support in Windows
 239
 240 ------------------------------------------------------------------------
 241 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 23:34:54 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 242 Changed paths:
 243    M /trunk/samtools/win32/libz.a
 244
 245 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
 246
 247 ------------------------------------------------------------------------
 248 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 23:21:07 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 249 Changed paths:
 250    M /trunk/samtools/knetfile.c
 251
 252 add comments
 253
 254 ------------------------------------------------------------------------
 255 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 22:41:19 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
 256 Changed paths:
 257    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 258    M /trunk/samtools/bamtk.c
 259    M /trunk/samtools/knetfile.c
 260    M /trunk/samtools/knetfile.h
 261
 262  * samtools-0.1.5-21 (r428)
 263  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
 264
 265 ------------------------------------------------------------------------
 266 r428 | lh3lh3 | 2009-08-01 00:39:07 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 267 Changed paths:
 268    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 269
 270 simplify MinGW Makefile
 271
 272 ------------------------------------------------------------------------
 273 r427 | lh3lh3 | 2009-08-01 00:30:54 +0100 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
 274 Changed paths:
 275    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
 276    M /trunk/samtools/bam_import.c
 277    M /trunk/samtools/bamtk.c
 278    A /trunk/samtools/win32
 279    A /trunk/samtools/win32/libz.a
 280    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
 281    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
 282
 283  * samtools-0.1.5-20 (r427)
 284  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
 285    functionality are not tested at the moment.
 286  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
 287
 288 ------------------------------------------------------------------------
 289 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 23:32:09 +0100 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
 290 Changed paths:
 291    M /trunk/samtools/bamtk.c
 292    M /trunk/samtools/sam_view.c
 293
 294  * samtools-0.1.5-19 (r426)
 295  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
 296
 297 ------------------------------------------------------------------------
 298 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 23:23:51 +0100 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 299 Changed paths:
 300    M /trunk/samtools/bgzf.c
 301
 302 compatible with Windows binary files
 303
 304 ------------------------------------------------------------------------
 305 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 10:19:59 +0100 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 306 Changed paths:
 307    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 308    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 309    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 310    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 311    M /trunk/samtools/bamtk.c
 312    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 313
 314  * samtools-0.1.5-18 (r423)
 315  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
 316    of debugging at the moment
 317  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
 318
 319 ------------------------------------------------------------------------
 320 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 22:00:36 +0100 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
 321 Changed paths:
 322    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
 323
 324 convert BLAT psl to SAM.
 325
 326 ------------------------------------------------------------------------
 327 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 11:24:39 +0100 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
 328 Changed paths:
 329    M /trunk/samtools/ChangeLog
 330    M /trunk/samtools/bam.c
 331    M /trunk/samtools/bamtk.c
 332    M /trunk/samtools/bgzf.c
 333    M /trunk/samtools/bgzf.h
 334    M /trunk/samtools/knetfile.c
 335    M /trunk/samtools/sam.c
 336    M /trunk/samtools/sam_view.c
 337
 338  * samtools-0.1.5-17 (r422)
 339  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
 340  * write an empty BGZF block to every BGZF file
 341  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
 342  * update ChangeLog
 343
 344 ------------------------------------------------------------------------
 345 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 10:03:39 +0100 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
 346 Changed paths:
 347    M /trunk/samtools/bam_import.c
 348    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 349    M /trunk/samtools/bamtk.c
 350    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 351    M /trunk/samtools/sam.c
 352    M /trunk/samtools/sam.h
 353    M /trunk/samtools/sam_view.c
 354
 355  * samtools-0.1.5-16 (r421)
 356  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
 357
 358 ------------------------------------------------------------------------
 359 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 09:18:55 +0100 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
 360 Changed paths:
 361    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 362
 363 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
 364
 365 ------------------------------------------------------------------------
 366 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 09:52:33 +0100 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
 367 Changed paths:
 368    M /trunk/samtools/bam_import.c
 369    M /trunk/samtools/bamtk.c
 370    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 371    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 372
 373  * samtools-0.1.5-15 (r419)
 374  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
 375  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
 376  * add "unique" command to samtools.pl
 377
 378 ------------------------------------------------------------------------
 379 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 14:04:19 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
 380 Changed paths:
 381    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 382
 383 skip @header lines in SAM
 384
 385 ------------------------------------------------------------------------
 386 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 12:42:38 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 387 Changed paths:
 388    M /trunk/samtools/bamtk.c
 389    M /trunk/samtools/sam_view.c
 390
 391  * samtools-0.1.5-14 (r417)
 392  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
 393
 394 ------------------------------------------------------------------------
 395 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 12:34:30 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 396 Changed paths:
 397    M /trunk/samtools/bam.c
 398    M /trunk/samtools/bam.h
 399    M /trunk/samtools/bam_import.c
 400    M /trunk/samtools/bamtk.c
 401    M /trunk/samtools/sam.c
 402    M /trunk/samtools/sam.h
 403    M /trunk/samtools/sam_view.c
 404
 405  * samtools-0.1.5-17 (r416)
 406  * support import/export SAM with string tags
 407
 408 ------------------------------------------------------------------------
 409 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 11:39:26 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 410 Changed paths:
 411    M /trunk/samtools/bam.c
 412    M /trunk/samtools/bam.h
 413    M /trunk/samtools/bam_import.c
 414    M /trunk/samtools/bamtk.c
 415    M /trunk/samtools/sam.c
 416    M /trunk/samtools/sam.h
 417    M /trunk/samtools/sam_view.c
 418
 419  * samtools-0.1.5-12 (r415)
 420  * FLAG now can be in HEX
 421
 422 ------------------------------------------------------------------------
 423 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 22:03:49 +0100 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
 424 Changed paths:
 425    M /trunk/samtools/kstring.h
 426
 427 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
 428
 429 ------------------------------------------------------------------------
 430 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 22:19:40 +0100 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
 431 Changed paths:
 432    M /trunk/samtools/kstring.c
 433    M /trunk/samtools/kstring.h
 434
 435 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
 436
 437 ------------------------------------------------------------------------
 438 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 17:10:20 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
 439 Changed paths:
 440    M /trunk/samtools/bam_index.c
 441
 442 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
 443
 444 ------------------------------------------------------------------------
 445 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 15:29:21 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 446 Changed paths:
 447    M /trunk/samtools/bam_md.c
 448    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 449    M /trunk/samtools/bamtk.c
 450    M /trunk/samtools/bgzf.c
 451
 452  * samtools-0.1.5-11 (r408)
 453  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
 454    from fillmd.
 455  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
 456
 457 ------------------------------------------------------------------------
 458 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 14:46:56 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 459 Changed paths:
 460    M /trunk/samtools/bam.h
 461    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 462    M /trunk/samtools/bam_md.c
 463    M /trunk/samtools/bamtk.c
 464    M /trunk/samtools/sam.h
 465
 466  * samtools-0.1.5-10 (r407)
 467  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 468  * fillmd: generate the NM tag
 469  * fillmd: cmd interface improvement
 470
 471 ------------------------------------------------------------------------
 472 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:30:40 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
 473 Changed paths:
 474    M /trunk/samtools/Makefile
 475
 476 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
 477
 478 ------------------------------------------------------------------------
 479 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:30:11 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 480 Changed paths:
 481    M /trunk/samtools/Makefile
 482    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 483    M /trunk/samtools/bamtk.c
 484
 485  * samtools-0.1.5-9 (r405)
 486  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
 487
 488 ------------------------------------------------------------------------
 489 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:23:52 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 490 Changed paths:
 491    M /trunk/samtools/Makefile
 492    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 493    M /trunk/samtools/bamtk.c
 494
 495  * samtools-0.1.5-8 (r404)
 496  * compatible with PDCurses
 497
 498 ------------------------------------------------------------------------
 499 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 22:39:39 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 500 Changed paths:
 501    M /trunk/samtools/bamtk.c
 502    M /trunk/samtools/kseq.h
 503
 504  * samtools-0.1.5-7 (r403)
 505  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
 506
 507 ------------------------------------------------------------------------
 508 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 11:49:53 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
 509 Changed paths:
 510    M /trunk/samtools/bam_import.c
 511    M /trunk/samtools/bam_index.c
 512    M /trunk/samtools/bamtk.c
 513    M /trunk/samtools/bgzf.c
 514
 515  * samtools-0.1.5-6 (r402)
 516  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
 517  * improve portability to MinGW
 518
 519 ------------------------------------------------------------------------
 520 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 10:21:36 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 521 Changed paths:
 522    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
 523    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
 524    D /trunk/samtools/bam_lite.c
 525
 526  * move bam_lite.c to bam-lite
 527  * copy bam.h to bam-lite
 528
 529 ------------------------------------------------------------------------
 530 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 10:12:57 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 531 Changed paths:
 532    M /trunk/samtools/bam.h
 533    M /trunk/samtools/bam_lite.c
 534    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 535    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 536    M /trunk/samtools/bamtk.c
 537
 538  * samtools-0.1.5-5 (r395)
 539  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
 540
 541 ------------------------------------------------------------------------
 542 r394 | lh3lh3 | 2009-07-13 00:35:10 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 543 Changed paths:
 544    M /trunk/samtools/bamtk.c
 545    M /trunk/samtools/knetfile.c
 546    M /trunk/samtools/knetfile.h
 547
 548  * samtools-0.1.5-4 (r394)
 549  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
 550
 551 ------------------------------------------------------------------------
 552 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 23:57:07 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
 553 Changed paths:
 554    M /trunk/samtools/bam_index.c
 555    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 556    M /trunk/samtools/bamtk.c
 557    M /trunk/samtools/knetfile.c
 558    M /trunk/samtools/knetfile.h
 559
 560  * samtools-0.1.5-3 (r393)
 561  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
 562  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
 563    not seen the sideeffect so far.
 564
 565 ------------------------------------------------------------------------
 566 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:50:55 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
 567 Changed paths:
 568    M /trunk/samtools/samtools.1
 569
 570 Remove the warning in tview
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:42:43 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
 574 Changed paths:
 575    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 576    M /trunk/samtools/bamtk.c
 577
 578  * samtools-0.1.5-2 (r391)
 579  * do not show a blank screen when no reads mapped
 580
 581 ------------------------------------------------------------------------
 582 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 14:01:42 +0100 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
 583 Changed paths:
 584    M /trunk/samtools/bam.h
 585    A /trunk/samtools/bam_lite.c
 586    M /trunk/samtools/bamtk.c
 587
 588  * samtools-0.1.5-1 (r390)
 589  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
 590  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
 591
 592 ------------------------------------------------------------------------
 593 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 16:53:29 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 594 Changed paths:
 595    M /trunk/samtools/bamtk.c
 596    M /trunk/samtools/knetfile.c
 597
 598 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
 599
 600 ------------------------------------------------------------------------
 601 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:39:55 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 602 Changed paths:
 603    M /trunk/samtools/bamtk.c
 604    M /trunk/samtools/sam.c
 605
 606 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
 607
 608 ------------------------------------------------------------------------
 609 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:20:06 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 610 Changed paths:
 611    M /trunk/samtools/Makefile
 612    M /trunk/samtools/bam.h
 613    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 614    M /trunk/samtools/bamtk.c
 615
 616 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
 617
 618 ------------------------------------------------------------------------
 619 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 10:26:57 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 620 Changed paths:
 621    M /trunk/samtools/ChangeLog
 622    M /trunk/samtools/NEWS
 623    M /trunk/samtools/bamtk.c
 624    M /trunk/samtools/samtools.1
 625
 626 Release samtools-0.1.5
 627
 628 ------------------------------------------------------------------------
 629 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 09:49:27 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
 630 Changed paths:
 631    M /trunk/samtools/bamtk.c
 632    M /trunk/samtools/sam.c
 633
 634  * samtools-0.1.4-23 (r372)
 635  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
 636
 637 ------------------------------------------------------------------------
 638 r371 | lh3lh3 | 2009-07-07 01:13:32 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 639 Changed paths:
 640    M /trunk/samtools/samtools.1
 641
 642 update documentation
 643
 644 ------------------------------------------------------------------------
 645 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 22:24:34 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
 646 Changed paths:
 647    M /trunk/samtools/Makefile
 648
 649 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
 650
 651 ------------------------------------------------------------------------
 652 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 13:36:53 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
 653 Changed paths:
 654    M /trunk/samtools/ChangeLog
 655    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 656    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 657    M /trunk/samtools/bamtk.c
 658
 659  * samtools-0.1.4-22 (r369)
 660  * in pileup, optionally print E2 and U2
 661  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
 662
 663 ------------------------------------------------------------------------
 664 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 11:32:26 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
 665 Changed paths:
 666    M /trunk/samtools/bam.c
 667    M /trunk/samtools/bam.h
 668    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 669    M /trunk/samtools/bam_index.c
 670    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 671    M /trunk/samtools/bam_md.c
 672    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 673    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 674    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 675    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 676    M /trunk/samtools/bamtk.c
 677    M /trunk/samtools/faidx.c
 678    M /trunk/samtools/faidx.h
 679    M /trunk/samtools/glf.c
 680
 681  * samtools-0.1.4-21 (r368)
 682  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
 683    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
 684    inconsistency. I was just a bit lazy.
 685  * small memory leak may be present on failure, though
 686
 687 ------------------------------------------------------------------------
 688 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 16:18:42 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
 689 Changed paths:
 690    M /trunk/samtools/knetfile.c
 691
 692 reduce the chance of blocking in FTP connection
 693
 694 ------------------------------------------------------------------------
 695 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 15:35:21 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
 696 Changed paths:
 697    M /trunk/samtools/knetfile.c
 698
 699 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
 700
 701 ------------------------------------------------------------------------
 702 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 14:04:30 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
 703 Changed paths:
 704    M /trunk/samtools/bam_index.c
 705    M /trunk/samtools/bamtk.c
 706    M /trunk/samtools/knetfile.c
 707    M /trunk/samtools/knetfile.h
 708
 709  * samtools-0.1.4-20 (r365)
 710  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
 711
 712 ------------------------------------------------------------------------
 713 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 12:39:07 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
 714 Changed paths:
 715    M /trunk/samtools/bamtk.c
 716    M /trunk/samtools/knetfile.c
 717
 718  * samtools-0.1.4-19 (r364)
 719  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
 720
 721 ------------------------------------------------------------------------
 722 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 23:23:32 +0100 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
 723 Changed paths:
 724    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 725    M /trunk/samtools/bamtk.c
 726    M /trunk/samtools/bgzf.c
 727    M /trunk/samtools/bgzf.h
 728    M /trunk/samtools/knetfile.c
 729    M /trunk/samtools/knetfile.h
 730
 731  * samtools-0.1.4-18 (r363)
 732  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
 733  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
 734
 735 ------------------------------------------------------------------------
 736 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:04:34 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 737 Changed paths:
 738    M /trunk/samtools/bgzf.c
 739
 740 write changelog
 741
 742 ------------------------------------------------------------------------
 743 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:03:10 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 744 Changed paths:
 745    M /trunk/samtools/bam_index.c
 746    M /trunk/samtools/bamtk.c
 747
 748  * samtools-0.1.4-17 (r361)
 749  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
 750
 751 ------------------------------------------------------------------------
 752 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 20:44:52 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
 753 Changed paths:
 754    M /trunk/samtools/Makefile
 755    M /trunk/samtools/bam_import.c
 756    M /trunk/samtools/bam_index.c
 757    M /trunk/samtools/bamtk.c
 758    M /trunk/samtools/bgzf.c
 759    M /trunk/samtools/bgzf.h
 760    M /trunk/samtools/knetfile.c
 761    M /trunk/samtools/knetfile.h
 762
 763  * samtools-0.1.4-16 (r360)
 764  * report more information in index when the input is not sorted
 765  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
 766  * support knetfile library in BGZF
 767
 768 ------------------------------------------------------------------------
 769 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 17:10:55 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 770 Changed paths:
 771    M /trunk/samtools/knetfile.c
 772    M /trunk/samtools/knetfile.h
 773
 774 fixed bugs in knetfile.*
 775
 776 ------------------------------------------------------------------------
 777 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:53:19 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 778 Changed paths:
 779    A /trunk/samtools/knetfile.h
 780
 781 this is the header file
 782
 783 ------------------------------------------------------------------------
 784 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:52:03 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 785 Changed paths:
 786    A /trunk/samtools/knetfile.c
 787
 788  * open a file at FTP
 789  * preliminary version
 790
 791 ------------------------------------------------------------------------
 792 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 14:02:25 +0100 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
 793 Changed paths:
 794    M /trunk/samtools/bam.c
 795    M /trunk/samtools/bamtk.c
 796
 797  * samtools-0.1.4-15 (r354)
 798  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
 799
 800 ------------------------------------------------------------------------
 801 r351 | lh3lh3 | 2009-06-18 00:16:26 +0100 (Thu, 18 Jun 2009) | 4 lines
 802 Changed paths:
 803    M /trunk/samtools/bamtk.c
 804    M /trunk/samtools/faidx.c
 805
 806  * samtools-0.1.4-13 (r351)
 807  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
 808  * hope this does not introduce new bugs...
 809
 810 ------------------------------------------------------------------------
 811 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 14:37:01 +0100 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
 812 Changed paths:
 813    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 814    M /trunk/samtools/bamtk.c
 815
 816  * samtools-0.1.4-13 (r350)
 817  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
 818
 819 ------------------------------------------------------------------------
 820 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 21:20:49 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 821 Changed paths:
 822    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 823    M /trunk/samtools/bamtk.c
 824    M /trunk/samtools/sam_view.c
 825
 826  * samtools-0.1.4-12 (r347)
 827  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
 828
 829 ------------------------------------------------------------------------
 830 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 17:52:31 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 831 Changed paths:
 832    M /trunk/samtools/Makefile
 833    M /trunk/samtools/bamtk.c
 834    M /trunk/samtools/sam_view.c
 835    M /trunk/samtools/samtools.1
 836
 837  * samtools-0.1.4-11 (r346)
 838  * allow to select a read group at view command-line
 839
 840 ------------------------------------------------------------------------
 841 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:06:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 842 Changed paths:
 843    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 844
 845 added more comments
 846
 847 ------------------------------------------------------------------------
 848 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:01:22 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 849 Changed paths:
 850    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 851
 852 nothing really
 853
 854 ------------------------------------------------------------------------
 855 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:58:48 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 856 Changed paths:
 857    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 858    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 859
 860 added an example of calculating read depth
 861
 862 ------------------------------------------------------------------------
 863 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:00:08 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 864 Changed paths:
 865    M /trunk/samtools/Makefile
 866    M /trunk/samtools/bam.h
 867    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 868    A /trunk/samtools/bam_color.c
 869    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 870    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 871    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 872    M /trunk/samtools/bamtk.c
 873    M /trunk/samtools/sam.c
 874    M /trunk/samtools/sam.h
 875
 876  * samtools-0.1.4-10 (r341)
 877  * only include key APIs in libbam.a
 878  * move color-specific routines to bam_color.c
 879  * update documentations
 880  * remove the support of -q in pileup
 881
 882 ------------------------------------------------------------------------
 883 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 11:17:14 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 884 Changed paths:
 885    M /trunk/samtools/INSTALL
 886    M /trunk/samtools/Makefile
 887    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 888    M /trunk/samtools/bam_import.c
 889    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 890    M /trunk/samtools/bamtk.c
 891    M /trunk/samtools/razf.c
 892    M /trunk/samtools/sam_view.c
 893
 894  * samtools-0.1.4-9 (r340)
 895  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
 896  * fixed a compilation warning
 897  * fixed a segfault caused by @RG parsing
 898  * detect NCURSES in bam_tview.c
 899
 900 ------------------------------------------------------------------------
 901 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 10:35:19 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 902 Changed paths:
 903    M /trunk/samtools/INSTALL
 904
 905 update INSTALL
 906
 907 ------------------------------------------------------------------------
 908 r338 | lh3lh3 | 2009-06-13 00:15:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 4 lines
 909 Changed paths:
 910    M /trunk/samtools/bam.c
 911    M /trunk/samtools/bam.h
 912    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 913    M /trunk/samtools/bam_import.c
 914    M /trunk/samtools/bamtk.c
 915    M /trunk/samtools/kstring.h
 916    M /trunk/samtools/sam.c
 917    M /trunk/samtools/sam_view.c
 918
 919  * samtools-0.1.4-8 (r338)
 920  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
 921    command line
 922
 923 ------------------------------------------------------------------------
 924 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 21:25:50 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 925 Changed paths:
 926    M /trunk/samtools/bamtk.c
 927    M /trunk/samtools/bgzf.c
 928    M /trunk/samtools/bgzf.h
 929    M /trunk/samtools/sam.c
 930    M /trunk/samtools/sam_view.c
 931
 932  * samtools-0.1.4-7 (r337)
 933  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
 934  * "samtools view" support "-u" command-line option
 935
 936 ------------------------------------------------------------------------
 937 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 17:20:12 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 938 Changed paths:
 939    M /trunk/samtools/Makefile
 940    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 941    M /trunk/samtools/razf.c
 942    M /trunk/samtools/razf.h
 943    M /trunk/samtools/razip.c
 944
 945  * no changes to samtools itself
 946  * remove zlib source codes
 947  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
 948  * on old version of zlib, writing is not available
 949
 950 ------------------------------------------------------------------------
 951 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:47:33 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 952 Changed paths:
 953    D /trunk/samtools/zlib
 954
 955 remove zlib for simplification...
 956
 957 ------------------------------------------------------------------------
 958 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:43:36 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 959 Changed paths:
 960    M /trunk/samtools/bam.h
 961    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 962    M /trunk/samtools/bamtk.c
 963
 964  * samtools-0.1.4-6 (r334)
 965  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
 966    been implemented in that.
 967  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
 968
 969 ------------------------------------------------------------------------
 970 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:33:42 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 971 Changed paths:
 972    M /trunk/samtools/ChangeLog
 973
 974 update ChangeLog
 975
 976 ------------------------------------------------------------------------
 977 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:21:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 978 Changed paths:
 979    M /trunk/samtools/AUTHORS
 980    M /trunk/samtools/Makefile
 981    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 982
 983 fixed minor things in Makefile
 984
 985 ------------------------------------------------------------------------
 986 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:07:05 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 987 Changed paths:
 988    M /trunk/samtools/bamtk.c
 989
 990  * samtools-0.1.4-5 (r3310
 991  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
 992    changes in the Makefile building system.
 993
 994 ------------------------------------------------------------------------
 995 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:03:38 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 996 Changed paths:
 997    M /trunk/samtools/AUTHORS
 998    D /trunk/samtools/README
 999
1000 update information...
1001
1002 ------------------------------------------------------------------------
1003 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:52:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1004 Changed paths:
1005    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1006
1007  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
1008  * this version works with indels
1009
1010 ------------------------------------------------------------------------
1011 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:50:53 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1012 Changed paths:
1013    M /trunk/samtools/INSTALL
1014    M /trunk/samtools/Makefile
1015    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1016    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
1017
1018  * update Makefile
1019  * update INSTALL instruction
1020
1021 ------------------------------------------------------------------------
1022 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:18:29 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1023 Changed paths:
1024    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
1025    D /trunk/samtools/Makefile.am
1026    D /trunk/samtools/Makefile.generic
1027    D /trunk/samtools/Makefile.lite
1028    D /trunk/samtools/autogen.sh
1029    D /trunk/samtools/cleanup.sh
1030    D /trunk/samtools/configure.ac
1031    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
1032    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1033    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1034    M /trunk/samtools/razf.c
1035    A /trunk/samtools/zlib
1036    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
1037    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
1038    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
1039    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
1040    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
1041    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
1042    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
1043    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
1044    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
1045    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
1046    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
1047    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
1048    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
1049    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
1050    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
1051    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
1052    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
1053    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
1054    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
1055    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
1056    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
1057    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
1058    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
1059    D /trunk/samtools/zutil.h
1060
1061  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
1062  * prepare to changed back to the Makefile building system
1063  * unfinished! (will be soon)
1064
1065 ------------------------------------------------------------------------
1066 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:12:03 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1067 Changed paths:
1068    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1069
1070 Unfinished
1071
1072 ------------------------------------------------------------------------
1073 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 16:27:59 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1074 Changed paths:
1075    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1076    M /trunk/samtools/bamtk.c
1077
1078  * samtools-0.1.4-4 (r325)
1079  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
1080
1081 ------------------------------------------------------------------------
1082 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 15:56:17 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
1083 Changed paths:
1084    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1085    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1086    M /trunk/samtools/bamtk.c
1087    M /trunk/samtools/sam.c
1088    M /trunk/samtools/sam.h
1089
1090  * samtools-0.1.4-3 (r324)
1091  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
1092  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
1093
1094 ------------------------------------------------------------------------
1095 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:04:21 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1096 Changed paths:
1097    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1098
1099  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
1100  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
1101
1102 ------------------------------------------------------------------------
1103 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:03:22 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
1104 Changed paths:
1105    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1106
1107 fixed a typo
1108
1109 ------------------------------------------------------------------------
1110 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 09:21:48 +0100 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
1111 Changed paths:
1112    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1113
1114 just typo. no real change
1115
1116 ------------------------------------------------------------------------
1117 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:32:51 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1118 Changed paths:
1119    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1120
1121 a little bit code cleanup
1122
1123 ------------------------------------------------------------------------
1124 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:22:33 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1125 Changed paths:
1126    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1127
1128  * samtools.pl-0.3.1
1129  * change default parameters
1130  * optionally print filtered variants
1131
1132 ------------------------------------------------------------------------
1133 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:14:26 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1134 Changed paths:
1135    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1136
1137  * samtools.pl-0.3.0
1138  * combine snpFilter and indelFilter
1139
1140 ------------------------------------------------------------------------
1141 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:31:42 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1142 Changed paths:
1143    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1144
1145  * samtools.pl-0.2.3
1146  * change a default parameter
1147
1148 ------------------------------------------------------------------------
1149 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:11:06 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1150 Changed paths:
1151    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1152    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1153    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1154    M /trunk/samtools/bamtk.c
1155    M /trunk/samtools/sam.c
1156
1157  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1158  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1159  * pileup: always calculate RMS mapq
1160  * pileup: allow to output variant sites only
1161
1162 ------------------------------------------------------------------------
1163 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 13:01:10 +0100 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1164 Changed paths:
1165    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1166
1167  * samtools.pl-0.2.2
1168  * added pileup2fq
1169
1170 ------------------------------------------------------------------------
1171 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 09:40:40 +0100 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
1172 Changed paths:
1173    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1174
1175  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
1176
1177 ------------------------------------------------------------------------
1178 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:35:13 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1179 Changed paths:
1180    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1181
1182  * samtools.pl-0.2.1
1183  * fixed a typo
1184
1185 ------------------------------------------------------------------------
1186 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:04:39 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1187 Changed paths:
1188    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1189
1190  * samtools.pl-0.2.0
1191  * snpFilter
1192
1193 ------------------------------------------------------------------------
1194 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:49:35 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1195 Changed paths:
1196    M /trunk/samtools/bgzf.c
1197
1198  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
1199  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
1200
1201 ------------------------------------------------------------------------
1202 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:16:08 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
1203 Changed paths:
1204    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
1205
1206 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
1207
1208 ------------------------------------------------------------------------
1209 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:08:49 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1210 Changed paths:
1211    M /trunk/samtools/bamtk.c
1212    M /trunk/samtools/sam.c
1213
1214  * samtools-0.1.4-1 (r304)
1215  * fixed a minor bug in printing headers
1216
1217 ------------------------------------------------------------------------
1218 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 16:06:16 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
1219 Changed paths:
1220    M /trunk/samtools/ChangeLog
1221    M /trunk/samtools/NEWS
1222    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1223    M /trunk/samtools/bamtk.c
1224    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1225    M /trunk/samtools/samtools.1
1226
1227 Release samtools-0.1.4
1228
1229 ------------------------------------------------------------------------
1230 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:53:14 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1231 Changed paths:
1232    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1233    M /trunk/samtools/bamtk.c
1234
1235  * samtools-0.1.3-24 (r296)
1236  * another similar bug in the indel caller
1237
1238 ------------------------------------------------------------------------
1239 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:50:28 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1240 Changed paths:
1241    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1242    M /trunk/samtools/bamtk.c
1243
1244  * samtools-0.1.3-23 (r295)
1245  * fixed a critical bug in the indel caller
1246
1247 ------------------------------------------------------------------------
1248 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 13:00:20 +0100 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
1249 Changed paths:
1250    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1251
1252 added a missing header file
1253
1254 ------------------------------------------------------------------------
1255 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 23:44:25 +0100 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
1256 Changed paths:
1257    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1258    M /trunk/samtools/bamtk.c
1259
1260  * samtools-0.1.3-22 (r293)
1261  * open tview in the dot-view mode by default
1262
1263 ------------------------------------------------------------------------
1264 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 21:01:23 +0100 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
1265 Changed paths:
1266    M /trunk/samtools/samtools.1
1267
1268 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
1269 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
1270 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
1271 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
1272
1273
1274 ------------------------------------------------------------------------
1275 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 15:23:13 +0100 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
1276 Changed paths:
1277    M /trunk/samtools/bam.h
1278    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1279    M /trunk/samtools/bamtk.c
1280
1281  * samtools-0.1.3-21 (286)
1282  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
1283
1284 ------------------------------------------------------------------------
1285 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 10:07:55 +0100 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
1286 Changed paths:
1287    M /trunk/samtools/bam.h
1288    M /trunk/samtools/bam_index.c
1289    M /trunk/samtools/bamtk.c
1290
1291  * samtools-0.1.3-20 (r276)
1292  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
1293    make it work with the latest SVN.
1294  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
1295
1296 ------------------------------------------------------------------------
1297 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 21:14:10 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
1298 Changed paths:
1299    M /trunk/samtools/ChangeLog
1300    M /trunk/samtools/bam.h
1301    M /trunk/samtools/bamtk.c
1302
1303  * samtools-0.1.3-19 (r275)
1304  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
1305    backward compatibility with Bio::DB::Sam
1306
1307 ------------------------------------------------------------------------
1308 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1309 Changed paths:
1310    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1311    M /trunk/samtools/bamtk.c
1312
1313  * samtools-0.1.3-18 (r273)
1314  * rmdupse: do not remove unmapped reads
1315
1316 ------------------------------------------------------------------------
1317 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
1318 Changed paths:
1319    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1320
1321 change a parameter. It does nothing
1322
1323 ------------------------------------------------------------------------
1324 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1325 Changed paths:
1326    M /trunk/samtools/Makefile.am
1327    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1328    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1329    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1330    M /trunk/samtools/bamtk.c
1331    M /trunk/samtools/configure.ac
1332
1333  * samtools-0.1.3-17 (r271)
1334  * added 'rmdupse' command
1335
1336 ------------------------------------------------------------------------
1337 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1338 Changed paths:
1339    M /trunk/samtools/bamtk.c
1340    M /trunk/samtools/sam_view.c
1341
1342  * samtools-0.1.3-16 (r267)
1343  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
1344
1345 ------------------------------------------------------------------------
1346 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1347 Changed paths:
1348    M /trunk/samtools/bam_import.c
1349    M /trunk/samtools/bamtk.c
1350
1351  * samtools-0.1.3-15 (r266)
1352  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
1353
1354 ------------------------------------------------------------------------
1355 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1356 Changed paths:
1357    M /trunk/samtools/bam.h
1358    M /trunk/samtools/bam_import.c
1359    M /trunk/samtools/bamtk.c
1360    M /trunk/samtools/sam.c
1361    M /trunk/samtools/sam_view.c
1362
1363  * samtools-0.1.3-14 (r262)
1364  * make samopen() recognize @SQ header lines
1365
1366 ------------------------------------------------------------------------
1367 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1368 Changed paths:
1369    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1370    M /trunk/samtools/bamtk.c
1371    M /trunk/samtools/bgzf.c
1372    M /trunk/samtools/sam.c
1373    M /trunk/samtools/sam_view.c
1374
1375  * samtools-0.1.3-13 (r260)
1376  * report error for file I/O error
1377
1378 ------------------------------------------------------------------------
1379 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
1380 Changed paths:
1381    M /trunk/samtools/Makefile.am
1382
1383 update Makefile.am
1384
1385 ------------------------------------------------------------------------
1386 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1387 Changed paths:
1388    M /trunk/samtools/bam.h
1389    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1390    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1391    M /trunk/samtools/bamtk.c
1392    M /trunk/samtools/sam.c
1393    M /trunk/samtools/sam.h
1394
1395  * samtools-0.1.3-12 (r259)
1396  * use the new I/O interface in pileup
1397
1398 ------------------------------------------------------------------------
1399 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1400 Changed paths:
1401    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1402    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1403    M /trunk/samtools/bam.c
1404    M /trunk/samtools/bam.h
1405    M /trunk/samtools/bam_import.c
1406    M /trunk/samtools/bamtk.c
1407    A /trunk/samtools/sam.c
1408    A /trunk/samtools/sam.h
1409    A /trunk/samtools/sam_view.c
1410
1411  * samtools-0.1.3-11 (r258)
1412  * unify the interface to BAM and SAM I/O
1413
1414 ------------------------------------------------------------------------
1415 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1416 Changed paths:
1417    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1418    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1419    M /trunk/samtools/bamtk.c
1420
1421  * samtools-0.1.3-10 (r257)
1422  * allow hex with "pileup -m"
1423
1424 ------------------------------------------------------------------------
1425 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
1426 Changed paths:
1427    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1428    M /trunk/samtools/bamtk.c
1429
1430  * samtools-0.1.3-9 (r256)
1431  * fixed a bug in bam_lpileup.c
1432  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
1433
1434 ------------------------------------------------------------------------
1435 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
1436 Changed paths:
1437    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1438    M /trunk/samtools/bamtk.c
1439
1440  * samtools-0.1.3-8 (r251)
1441  * fixed a bug when there are reads without coordinates
1442
1443 ------------------------------------------------------------------------
1444 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1445 Changed paths:
1446    A /trunk/samtools/AUTHORS
1447    A /trunk/samtools/README
1448    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1449
1450 added missing files
1451
1452 ------------------------------------------------------------------------
1453 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1454 Changed paths:
1455    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1456    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1457    M /trunk/samtools/configure.ac
1458    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1459
1460 improve large file support in compilation
1461
1462 ------------------------------------------------------------------------
1463 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1464 Changed paths:
1465    M /trunk/samtools/INSTALL
1466
1467 update INSTALL
1468
1469 ------------------------------------------------------------------------
1470 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1471 Changed paths:
1472    M /trunk/samtools/Makefile.am
1473    M /trunk/samtools/autogen.sh
1474    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1475    M /trunk/samtools/configure.ac
1476    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1477
1478 fixed various issues about the GNU building scripts
1479
1480 ------------------------------------------------------------------------
1481 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
1482 Changed paths:
1483    M /trunk/samtools/ChangeLog
1484    D /trunk/samtools/Makefile
1485    A /trunk/samtools/Makefile.am
1486    A /trunk/samtools/Makefile.generic
1487    A /trunk/samtools/autogen.sh
1488    M /trunk/samtools/bam.h
1489    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1490    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1491    M /trunk/samtools/bamtk.c
1492    A /trunk/samtools/cleanup.sh
1493    A /trunk/samtools/configure.ac
1494    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1495    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
1496
1497  * samtools-0.1.3-7 (r246)
1498  * incorporated revisions from Nils Homer
1499  * enhanced support of displaying color-space reads
1500
1501 ------------------------------------------------------------------------
1502 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
1503 Changed paths:
1504    M /trunk/samtools/bam_md.c
1505    M /trunk/samtools/bamtk.c
1506
1507  * samtools-0.1.3-6 (r244)
1508  * fixed segfault for unmapped reads
1509
1510 ------------------------------------------------------------------------
1511 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1512 Changed paths:
1513    M /trunk/samtools/bam.h
1514    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1515    M /trunk/samtools/bam_md.c
1516    M /trunk/samtools/bamtk.c
1517
1518  * samtools-0.1.3-5 (r243)
1519  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
1520  * check MD
1521  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
1522
1523 ------------------------------------------------------------------------
1524 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
1525 Changed paths:
1526    M /trunk/samtools/bam_md.c
1527    M /trunk/samtools/bamtk.c
1528
1529  * samtools-0.1.3-4 (r242)
1530  * fixed a memory leak
1531
1532 ------------------------------------------------------------------------
1533 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1534 Changed paths:
1535    M /trunk/samtools/Makefile
1536    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1537    M /trunk/samtools/bam.h
1538    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1539    A /trunk/samtools/bam_md.c
1540    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1541    M /trunk/samtools/bamtk.c
1542
1543  * samtools-0.1.3-3 (r240)
1544  * generate MD tag
1545  * generate "=" bases
1546  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
1547
1548 ------------------------------------------------------------------------
1549 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1550 Changed paths:
1551    M /trunk/samtools/bam.h
1552    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1553    M /trunk/samtools/bamtk.c
1554
1555  * samtools-0.1.3-2 (r239)
1556  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
1557  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
1558  * added tagview for testing bam_aux
1559
1560 ------------------------------------------------------------------------
1561 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
1562 Changed paths:
1563    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1564    M /trunk/samtools/bamtk.c
1565
1566  * samtools-0.1.3-1
1567  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
1568
1569 ------------------------------------------------------------------------
1570 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
1571 Changed paths:
1572    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1573
1574 a missing file in Makefile.lite
1575
1576 ------------------------------------------------------------------------
1577 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1578 Changed paths:
1579    M /trunk/samtools/NEWS
1580    M /trunk/samtools/bamtk.c
1581
1582 Release samtools-0.1.3
1583
1584 ------------------------------------------------------------------------
1585 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1586 Changed paths:
1587    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1588    M /trunk/samtools/bamtk.c
1589
1590  * samtools-0.1.2-28
1591  * make samtools more robust to weird input such as empty file
1592
1593 ------------------------------------------------------------------------
1594 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1595 Changed paths:
1596    M /trunk/samtools/ChangeLog
1597    M /trunk/samtools/NEWS
1598    M /trunk/samtools/samtools.1
1599
1600 prepare for release 0.1.3
1601
1602 ------------------------------------------------------------------------
1603 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1604 Changed paths:
1605    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
1606
1607 convert NCBI-BLASTN to SAM
1608
1609 ------------------------------------------------------------------------
1610 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1611 Changed paths:
1612    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1613    M /trunk/samtools/bamtk.c
1614
1615  * samtools-0.1.2-27
1616  * fixed a small memory leak in tview
1617
1618 ------------------------------------------------------------------------
1619 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1620 Changed paths:
1621    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1622    M /trunk/samtools/bamtk.c
1623
1624  * samtools-0.1.2-26
1625  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
1626
1627 ------------------------------------------------------------------------
1628 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
1629 Changed paths:
1630    M /trunk/samtools/ChangeLog
1631    M /trunk/samtools/NEWS
1632
1633 proposed NEWS for the new release (have not yet)
1634
1635 ------------------------------------------------------------------------
1636 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1637 Changed paths:
1638    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1639
1640  * samtools.pl-0.1.1
1641  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
1642    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
1643
1644 ------------------------------------------------------------------------
1645 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1646 Changed paths:
1647    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1648    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1649    M /trunk/samtools/bamtk.c
1650    M /trunk/samtools/samtools.1
1651
1652  * samtools-0.1.2-25
1653  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
1654    containing indels
1655
1656 ------------------------------------------------------------------------
1657 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
1658 Changed paths:
1659    M /trunk/samtools/ChangeLog
1660
1661 update ChangeLog from "svn log"
1662
1663 ------------------------------------------------------------------------
1664 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
1665 Changed paths:
1666    M /trunk/samtools/bam.c
1667    M /trunk/samtools/bam_import.c
1668    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1669    M /trunk/samtools/bamtk.c
1670    M /trunk/samtools/kseq.h
1671
1672  * samtools-0.1.2-24
1673  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
1674  * allow empty header
1675
1676 ------------------------------------------------------------------------
1677 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1678 Changed paths:
1679    M /trunk/samtools/bam.c
1680    M /trunk/samtools/bam_import.c
1681    M /trunk/samtools/bamtk.c
1682
1683  * samtools-0.1.2-23
1684  * recognize '*' at the QUAL field
1685
1686 ------------------------------------------------------------------------
1687 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1688 Changed paths:
1689    M /trunk/samtools/bam_import.c
1690    M /trunk/samtools/bamtk.c
1691    M /trunk/samtools/kseq.h
1692
1693  * samtools-0.1.2-22
1694  * the field separater is TAB only, now
1695
1696 ------------------------------------------------------------------------
1697 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1698 Changed paths:
1699    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1700
1701  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
1702
1703 ------------------------------------------------------------------------
1704 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
1705 Changed paths:
1706    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1707    M /trunk/samtools/bamtk.c
1708    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1709
1710  * samtools-0.1.2-21
1711  * fixed a nasty bug in `fixmate'
1712
1713 ------------------------------------------------------------------------
1714 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1715 Changed paths:
1716    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
1717    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1718    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1719
1720 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
1721
1722 ------------------------------------------------------------------------
1723 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1724 Changed paths:
1725    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1726    M /trunk/samtools/bamtk.c
1727
1728  * samtools-0.1.2-20
1729  * check if file is truncated in flagstat
1730
1731 ------------------------------------------------------------------------
1732 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1733 Changed paths:
1734    M /trunk/samtools/bamtk.c
1735
1736  * samtools-0.1.2-19
1737  * print the header if requested
1738
1739 ------------------------------------------------------------------------
1740 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
1741 Changed paths:
1742    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1743    M /trunk/samtools/bamtk.c
1744
1745  * samtools-0.1.2-18
1746  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
1747
1748 ------------------------------------------------------------------------
1749 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
1750 Changed paths:
1751    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
1752    D /trunk/samtools/Makefile.std
1753    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
1754    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
1755
1756 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
1757
1758 ------------------------------------------------------------------------
1759 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1760 Changed paths:
1761    D /trunk/samtools/Makefile
1762    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
1763    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1764    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1765    M /trunk/samtools/bamtk.c
1766    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1767    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
1768    M /trunk/samtools/samtools.1
1769
1770  * samtools-0.1.2-17
1771  * incorporating Nils' changes
1772  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
1773
1774 ------------------------------------------------------------------------
1775 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1776 Changed paths:
1777    M /trunk/samtools/Makefile
1778    M /trunk/samtools/bam_import.c
1779    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1780    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1781    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1782    M /trunk/samtools/bamtk.c
1783    M /trunk/samtools/kseq.h
1784    A /trunk/samtools/kstring.c
1785    A /trunk/samtools/kstring.h
1786
1787  * samtools-0.1.2-16
1788  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
1789  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
1790
1791 ------------------------------------------------------------------------
1792 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
1793 Changed paths:
1794    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1795
1796  * soap2sam.pl-0.1.2
1797  * more robust to truncated soap output
1798
1799 ------------------------------------------------------------------------
1800 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
1801 Changed paths:
1802    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1803
1804 added bam_stat.o to Makefile.lite
1805
1806 ------------------------------------------------------------------------
1807 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1808 Changed paths:
1809    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1810    M /trunk/samtools/bamtk.c
1811
1812  * samtools-0.1.2-15
1813  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
1814
1815 ------------------------------------------------------------------------
1816 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1817 Changed paths:
1818    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1819    M /trunk/samtools/bamtk.c
1820    M /trunk/samtools/glf.c
1821    M /trunk/samtools/glf.h
1822    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1823
1824  * samtools-0.1.2-14
1825  * implemented GLFv3
1826
1827 ------------------------------------------------------------------------
1828 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1829 Changed paths:
1830    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1831    M /trunk/samtools/bamtk.c
1832
1833  * samtools-0.1.2-13
1834  * fixed a minor bug in displaying pileup
1835
1836 ------------------------------------------------------------------------
1837 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1838 Changed paths:
1839    M /trunk/samtools/ChangeLog
1840    M /trunk/samtools/bamtk.c
1841
1842  * samtools-0.1.2-12
1843  * optionally print SAM header
1844
1845 ------------------------------------------------------------------------
1846 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
1847 Changed paths:
1848    M /trunk/samtools/bamtk.c
1849    M /trunk/samtools/glf.c
1850
1851  * samtools-0.1.2-11
1852  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
1853
1854 ------------------------------------------------------------------------
1855 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
1856 Changed paths:
1857    M /trunk/samtools/Makefile
1858    M /trunk/samtools/bam_import.c
1859    M /trunk/samtools/bam_index.c
1860    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1861    M /trunk/samtools/bamtk.c
1862    M /trunk/samtools/glf.c
1863    M /trunk/samtools/glf.h
1864
1865  * samtools-0.1.2-10
1866  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
1867  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
1868  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
1869
1870 ------------------------------------------------------------------------
1871 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
1872 Changed paths:
1873    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1874
1875  * wgsim-0.2.3
1876  * fixed a bug in simulating indels
1877
1878 ------------------------------------------------------------------------
1879 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
1880 Changed paths:
1881    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1882
1883  * wgsim-0.2.2
1884  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
1885    not like long read names.
1886
1887 ------------------------------------------------------------------------
1888 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
1889 Changed paths:
1890    M /trunk/samtools/ChangeLog
1891    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1892    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1893
1894  * wgsim-0.2.1
1895  * fixed a bug about color read coordinates
1896  * fixed a bug in read names
1897  * wgsim_eval.pl-0.1.3
1898  * make the script work with color reads
1899
1900 ------------------------------------------------------------------------
1901 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
1902 Changed paths:
1903    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1904    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1905
1906  * wgsim: added a note
1907
1908 ------------------------------------------------------------------------
1909 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
1910 Changed paths:
1911    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1912    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1913
1914  * wgsim-0.2.0
1915  * considerable code clean up
1916  * print number of substitutions/indels/errors on each read
1917  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
1918  * wgsim_eval.pl-0.1.2
1919  * change in accordant with wgsim
1920
1921 ------------------------------------------------------------------------
1922 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
1923 Changed paths:
1924    M /trunk/samtools/bam_index.c
1925    M /trunk/samtools/bamtk.c
1926
1927  * samtools-0.1.2-9
1928  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
1929
1930 ------------------------------------------------------------------------
1931 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
1932 Changed paths:
1933    M /trunk/samtools/bamtk.c
1934
1935 Fix annoying segv when invalid region specified.
1936
1937 ------------------------------------------------------------------------
1938 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
1939 Changed paths:
1940    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1941    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1942
1943  * move indel_filter.pl to samtools.pl
1944
1945 ------------------------------------------------------------------------
1946 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
1947 Changed paths:
1948    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1949    M /trunk/samtools/bamtk.c
1950
1951  * samtools-0.1.2-7
1952  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
1953
1954 ------------------------------------------------------------------------
1955 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
1956 Changed paths:
1957    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1958    M /trunk/samtools/bamtk.c
1959
1960  * samtools-0.1.2-7
1961  * fixed a minor bug in flagstat
1962
1963 ------------------------------------------------------------------------
1964 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
1965 Changed paths:
1966    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1967    M /trunk/samtools/bamtk.c
1968    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1969
1970  * samtools-0.1.2-6
1971  * improve indel caller by setting maximum window size
1972
1973 ------------------------------------------------------------------------
1974 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
1975 Changed paths:
1976    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1977    M /trunk/samtools/bamtk.c
1978
1979  * output max mapping quality in indel line
1980
1981 ------------------------------------------------------------------------
1982 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
1983 Changed paths:
1984    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1985
1986 fixed a bug in generating tag AM
1987
1988 ------------------------------------------------------------------------
1989 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
1990 Changed paths:
1991    M /trunk/samtools/bam_index.c
1992    M /trunk/samtools/bamtk.c
1993
1994 fixed a potential memory problem in indexing
1995
1996 ------------------------------------------------------------------------
1997 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
1998 Changed paths:
1999    M /trunk/samtools/Makefile
2000
2001 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
2002
2003 ------------------------------------------------------------------------
2004 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
2005 Changed paths:
2006    M /trunk/samtools/ChangeLog
2007    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2008    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2009    M /trunk/samtools/bamtk.c
2010
2011  * samtools-0.1.2-3
2012  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
2013  * improve flagstat report a little bit
2014
2015 ------------------------------------------------------------------------
2016 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
2017 Changed paths:
2018    M /trunk/samtools/Makefile
2019    A /trunk/samtools/bam_stat.c
2020    M /trunk/samtools/bamtk.c
2021
2022  * samtools-0.1.2-1
2023  * added flagstat command
2024
2025 ------------------------------------------------------------------------
2026 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2027 Changed paths:
2028    M /trunk/samtools/ChangeLog
2029    M /trunk/samtools/NEWS
2030    M /trunk/samtools/bamtk.c
2031    M /trunk/samtools/samtools.1
2032
2033 Release SAMtools-0.1.2
2034
2035 ------------------------------------------------------------------------
2036 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2037 Changed paths:
2038    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2039
2040 Script for filtering indel results
2041
2042 ------------------------------------------------------------------------
2043 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
2044 Changed paths:
2045    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
2046
2047 convert ZOOM to SAM
2048
2049 ------------------------------------------------------------------------
2050 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
2051 Changed paths:
2052    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2053
2054 add a script to convert novo alignment to SAM
2055
2056 ------------------------------------------------------------------------
2057 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
2058 Changed paths:
2059    M /trunk/samtools/ChangeLog
2060    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
2061    M /trunk/samtools/samtools.1
2062
2063 update documentation and ChangeLog
2064
2065 ------------------------------------------------------------------------
2066 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
2067 Changed paths:
2068    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2069    M /trunk/samtools/bamtk.c
2070
2071  * samtools-0.1.1-19
2072  * fixed a bug in "merge" command line
2073
2074 ------------------------------------------------------------------------
2075 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2076 Changed paths:
2077    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2078    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
2079    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2080    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
2081    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
2082    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
2083
2084  * merge from branches/dev/
2085  * all future development will happen here
2086
2087 ------------------------------------------------------------------------
2088 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2089 Changed paths:
2090    M /trunk/samtools/COPYING
2091    M /trunk/samtools/ChangeLog
2092    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
2093    M /trunk/samtools/Makefile
2094    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
2095    M /trunk/samtools/bam.c
2096    M /trunk/samtools/bam.h
2097    M /trunk/samtools/bam_import.c
2098    M /trunk/samtools/bam_index.c
2099    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2100    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2101    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2102    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
2103    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2104    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2105    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
2106    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2107    M /trunk/samtools/bamtk.c
2108    M /trunk/samtools/bgzf.h
2109    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
2110    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
2111    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
2112    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2113    M /trunk/samtools/faidx.c
2114    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2115    M /trunk/samtools/glf.h
2116    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2117    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2118    M /trunk/samtools/razf.c
2119    M /trunk/samtools/source.dot
2120
2121  * Merge from branches/dev/
2122  * all future development will happen here at trunk/
2123
2124 ------------------------------------------------------------------------
2125 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2126 Changed paths:
2127    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2128    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2129
2130 Fix problem with compiling without curses.
2131
2132 ------------------------------------------------------------------------
2133 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2134 Changed paths:
2135    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2136
2137 Create trunk copy
2138
2139 ------------------------------------------------------------------------
2140 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2141 Changed paths:
2142    A /branches/dev/samtools/NEWS
2143    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2144    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2145
2146 Release samtools-0.1.1
2147
2148 ------------------------------------------------------------------------
2149 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2150 Changed paths:
2151    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2152    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2153    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2154    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2155    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2156    M /branches/dev/samtools/razf.c
2157    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2158
2159  * samtools-0.1.0-66
2160  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2161  * fixed a memory leak in parsing a region
2162  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2163  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2164  * fixed a bug in indexing for small alignment
2165  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2166  * updated documentation
2167  * prepare to release 0.1.1
2168
2169 ------------------------------------------------------------------------
2170 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2171 Changed paths:
2172    A /branches/dev/samtools/examples
2173    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
2174    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
2175    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
2176    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
2177
2178 example
2179
2180 ------------------------------------------------------------------------
2181 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2182 Changed paths:
2183    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2184
2185 update ChangeLog
2186
2187 ------------------------------------------------------------------------
2188 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
2189 Changed paths:
2190    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2191
2192  * added comments
2193  * fixed several bugs
2194
2195 ------------------------------------------------------------------------
2196 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
2197 Changed paths:
2198    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2199
2200 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
2201
2202 ------------------------------------------------------------------------
2203 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
2204 Changed paths:
2205    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2206    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2207    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2208    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2209    A /branches/dev/samtools/source.dot
2210
2211  * samtools-0.1.0-65
2212  * pileup: generate maq-like simple output
2213  * pileup: allow to output pileup at required sites
2214  * source.dot: source file relationship graph
2215  * tview: fixed a minor bug
2216
2217 ------------------------------------------------------------------------
2218 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
2219 Changed paths:
2220    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2221
2222 remove all2sam.pl
2223
2224 ------------------------------------------------------------------------
2225 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
2226 Changed paths:
2227    A /branches/dev/samtools/COPYING
2228    M /branches/dev/samtools/bam.h
2229    M /branches/dev/samtools/faidx.h
2230    M /branches/dev/samtools/khash.h
2231    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2232    M /branches/dev/samtools/ksort.h
2233    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2234
2235 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
2236
2237 ------------------------------------------------------------------------
2238 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2239 Changed paths:
2240    M /branches/dev/samtools/bam.c
2241    M /branches/dev/samtools/bam.h
2242    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2243    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2244    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2245
2246  * samtools-0.1.0-64
2247  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
2248
2249 ------------------------------------------------------------------------
2250 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2251 Changed paths:
2252    M /branches/dev/samtools/bam.c
2253    M /branches/dev/samtools/bam.h
2254    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2255    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2256    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2257
2258  * samtools-0.1.0-63
2259  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
2260
2261 ------------------------------------------------------------------------
2262 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
2263 Changed paths:
2264    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2265    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2266    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2267
2268  * samtools-0.1.0-62
2269  * fixed a memory leak
2270
2271 ------------------------------------------------------------------------
2272 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
2273 Changed paths:
2274    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2275    M /branches/dev/samtools/bam.h
2276    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2277
2278 update documentation, ChangeLog and a comment
2279
2280 ------------------------------------------------------------------------
2281 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
2282 Changed paths:
2283    M /branches/dev/samtools/Makefile
2284    M /branches/dev/samtools/bam.h
2285    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2286    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2287    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2288    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2289    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2290    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2291
2292  * samtools-0.1.0-61
2293  * moved pileup command to a separate source file
2294  * added indel caller
2295  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
2296  * updated documentation
2297
2298 ------------------------------------------------------------------------
2299 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
2300 Changed paths:
2301    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2302    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2303
2304  * samtools-0.1.0-60
2305  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
2306
2307 ------------------------------------------------------------------------
2308 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
2309 Changed paths:
2310    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2311    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2312    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2313
2314  * samtools-0.1.0-59
2315  * pileup: outputing consensus is now optional
2316  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
2317    I am not quite sure why the previous version may have problem.
2318
2319 ------------------------------------------------------------------------
2320 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
2321 Changed paths:
2322    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2323    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2324
2325  * samtools-0.1.0-58
2326  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
2327    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
2328    and imposing it would make it harder to generate for other language
2329    bindings.
2330
2331 ------------------------------------------------------------------------
2332 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2333 Changed paths:
2334    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2335
2336 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
2337
2338 ------------------------------------------------------------------------
2339 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2340 Changed paths:
2341    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2342
2343 update manual
2344
2345 ------------------------------------------------------------------------
2346 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
2347 Changed paths:
2348    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2349    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2350
2351  * samtools-0.1.0-57
2352  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
2353  * made the parser a bit more robust
2354
2355 ------------------------------------------------------------------------
2356 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2357 Changed paths:
2358    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2359    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2360    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2361
2362  * samtools-0.1.0-56
2363  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
2364  * fixed a typo in bam_index.c
2365  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
2366
2367 ------------------------------------------------------------------------
2368 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
2369 Changed paths:
2370    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2371
2372 update manual
2373
2374 ------------------------------------------------------------------------
2375 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2376 Changed paths:
2377    M /branches/dev/samtools/bam.h
2378    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2379    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2380
2381  * samtools-0.1.0-55
2382  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
2383  * removed -v from pileup
2384  * made pileup take the reference sequence
2385
2386 ------------------------------------------------------------------------
2387 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
2388 Changed paths:
2389    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2390    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2391    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2392
2393  * samtools-0.1.0-54
2394  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
2395  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
2396
2397 ------------------------------------------------------------------------
2398 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2399 Changed paths:
2400    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2401
2402 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
2403
2404 ------------------------------------------------------------------------
2405 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2406 Changed paths:
2407    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2408
2409 also calculate unordered md5sum check
2410
2411 ------------------------------------------------------------------------
2412 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2413 Changed paths:
2414    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2415
2416 fixed a minor bug when there are space in the sequence
2417
2418 ------------------------------------------------------------------------
2419 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2420 Changed paths:
2421    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2422
2423 fixed a potential memory leak
2424
2425 ------------------------------------------------------------------------
2426 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2427 Changed paths:
2428    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2429    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2430    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2431
2432  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
2433
2434 ------------------------------------------------------------------------
2435 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2436 Changed paths:
2437    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2438
2439 nothing, really
2440
2441 ------------------------------------------------------------------------
2442 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2443 Changed paths:
2444    M /branches/dev/samtools/Makefile
2445    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2446    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2447    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
2448    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
2449    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2450
2451  * fixed two warnings in kseq.h
2452  * added md5sum utilities
2453
2454 ------------------------------------------------------------------------
2455 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
2456 Changed paths:
2457    M /branches/dev/samtools/Makefile
2458    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2459    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2460    A /branches/dev/samtools/kseq.h
2461    D /branches/dev/samtools/kstream.h
2462
2463  * samtools-0.1.0-52
2464  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
2465    extra functions in kseq.h.
2466  * also compile stand-alone faidx
2467
2468 ------------------------------------------------------------------------
2469 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2470 Changed paths:
2471    M /branches/dev/samtools/bam.h
2472    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2473    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2474
2475  * samtools-0.1.0-51
2476  * sorting by read names is available
2477
2478 ------------------------------------------------------------------------
2479 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2480 Changed paths:
2481    M /branches/dev/samtools/bam.c
2482    M /branches/dev/samtools/bam.h
2483    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2484    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2485    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2486    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2487    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2488    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2489    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2490
2491  * samtools-0.1.0-50
2492  * format change to meet the latest specification
2493
2494 ------------------------------------------------------------------------
2495 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
2496 Changed paths:
2497    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2498    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2499
2500  * minor change in maqcns: special care when n==0
2501  * change maq2sam to meet the latest specification
2502
2503 ------------------------------------------------------------------------
2504 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2505 Changed paths:
2506    M /branches/dev/samtools/razf.c
2507    M /branches/dev/samtools/razf.h
2508
2509 considerable code clean up in razf
2510
2511 ------------------------------------------------------------------------
2512 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2513 Changed paths:
2514    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2515    M /branches/dev/samtools/Makefile
2516    M /branches/dev/samtools/faidx.c
2517
2518 make RAZF optional in faidx.c
2519
2520 ------------------------------------------------------------------------
2521 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
2522 Changed paths:
2523    M /branches/dev/samtools/Makefile
2524    M /branches/dev/samtools/bam.h
2525    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2526    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2527    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2528
2529  * samtools-0.1.0-49
2530  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
2531
2532 ------------------------------------------------------------------------
2533 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
2534 Changed paths:
2535    M /branches/dev/samtools/bam.c
2536    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2537    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2538    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2539    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2540    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2541
2542  * samtools-0.1.0-48
2543  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
2544  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
2545  * supporting hex strings
2546
2547 ------------------------------------------------------------------------
2548 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2549 Changed paths:
2550    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2551    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2552
2553  * samtools-0.1.0-47
2554  * fixed the bug in maqcns
2555
2556 ------------------------------------------------------------------------
2557 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2558 Changed paths:
2559    M /branches/dev/samtools/Makefile
2560    M /branches/dev/samtools/bam.h
2561    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2562    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2563    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2564    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2565    A /branches/dev/samtools/glf.h
2566
2567  * samtools-0.1.0-46
2568  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
2569
2570 ------------------------------------------------------------------------
2571 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
2572 Changed paths:
2573    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2574    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2575    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2576
2577  * samtools-0.1.0-45
2578  * tview: display padded alignment (but not P operation)
2579  * better coordinates and reference sequence
2580
2581 ------------------------------------------------------------------------
2582 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
2583 Changed paths:
2584    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2585
2586 new ChangeLog
2587
2588 ------------------------------------------------------------------------
2589 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2590 Changed paths:
2591    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
2592    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
2593
2594 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
2595 the log of my personal SVN repository.
2596
2597 ------------------------------------------------------------------------
2598 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
2599 Changed paths:
2600    M /branches/dev/samtools/Makefile
2601    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2602    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2603
2604  * samtools-0.1.0-44
2605  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
2606    missing these declarations will make bgzf buggy
2607  * get rid of some harmless warings
2608  * use BGZF by default, now
2609
2610 ------------------------------------------------------------------------
2611 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2612 Changed paths:
2613    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2614    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2615    M /branches/dev/samtools/razf.c
2616
2617  * samtools-0.1.0-43
2618  * fixed a bug in razf_read()
2619  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
2620
2621 ------------------------------------------------------------------------
2622 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2623 Changed paths:
2624    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2625
2626 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
2627
2628 ------------------------------------------------------------------------
2629 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2630 Changed paths:
2631    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2632
2633  * samtools-0.1.0-42
2634  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
2635    also update the version number anyway to avoid confusion
2636
2637 ------------------------------------------------------------------------
2638 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2639 Changed paths:
2640    M /branches/dev/samtools/razf.c
2641
2642 a change from Jue, but I think it should not matter
2643
2644 ------------------------------------------------------------------------
2645 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
2646 Changed paths:
2647    M /branches/dev/samtools/razf.c
2648
2649 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
2650 rarely happens, very rarely.
2651
2652 ------------------------------------------------------------------------
2653 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2654 Changed paths:
2655    M /branches/dev/samtools/razf.c
2656
2657 fixed a bug in razf, with the help of Jue
2658
2659 ------------------------------------------------------------------------
2660 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2661 Changed paths:
2662    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2663
2664 remove a comment
2665
2666 ------------------------------------------------------------------------
2667 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2668 Changed paths:
2669    M /branches/dev/samtools/Makefile
2670    M /branches/dev/samtools/bam.h
2671    M /branches/dev/samtools/razf.c
2672    M /branches/dev/samtools/razf.h
2673
2674  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
2675
2676 ------------------------------------------------------------------------
2677 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2678 Changed paths:
2679    A /branches/dev/samtools/samtools.1
2680
2681 the manual page
2682
2683 ------------------------------------------------------------------------
2684 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
2685 Changed paths:
2686    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2687    A /branches/dev/samtools/Makefile
2688    A /branches/dev/samtools/bam.c
2689    A /branches/dev/samtools/bam.h
2690    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2691    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
2692    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
2693    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
2694    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
2695    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2696    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2697    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2698    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
2699    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
2700    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
2701    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
2702    A /branches/dev/samtools/faidx.c
2703    A /branches/dev/samtools/faidx.h
2704    A /branches/dev/samtools/khash.h
2705    A /branches/dev/samtools/ksort.h
2706    A /branches/dev/samtools/kstream.h
2707    A /branches/dev/samtools/misc
2708    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2709    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2710    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2711    A /branches/dev/samtools/razf.c
2712    A /branches/dev/samtools/razf.h
2713    A /branches/dev/samtools/razip.c
2714    A /branches/dev/samtools/zutil.h
2715
2716 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
2717 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
2718
2719 ------------------------------------------------------------------------
2720 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2721 Changed paths:
2722    A /branches/dev/samtools
2723
2724 samtools (C version)
2725
2726 ------------------------------------------------------------------------