ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_sort.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.1-19
   8  * fixed a bug in "merge" command line
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/misc/Makefile
  14    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
  15    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
  16    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
  17    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
  18    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
  19
  20  * merge from branches/dev/
  21  * all future development will happen here
  22
  23 ------------------------------------------------------------------------
  24 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
  25 Changed paths:
  26    M /trunk/samtools/COPYING
  27    M /trunk/samtools/ChangeLog
  28    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
  29    M /trunk/samtools/Makefile
  30    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
  31    M /trunk/samtools/bam.c
  32    M /trunk/samtools/bam.h
  33    M /trunk/samtools/bam_import.c
  34    M /trunk/samtools/bam_index.c
  35    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
  36    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  37    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
  38    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
  39    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  40    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  41    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
  42    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  43    M /trunk/samtools/bamtk.c
  44    M /trunk/samtools/bgzf.h
  45    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
  46    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
  47    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
  48    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
  49    M /trunk/samtools/faidx.c
  50    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
  51    M /trunk/samtools/glf.h
  52    M /trunk/samtools/misc/Makefile
  53    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
  54    M /trunk/samtools/razf.c
  55    M /trunk/samtools/source.dot
  56
  57  * Merge from branches/dev/
  58  * all future development will happen here at trunk/
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  64    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  65
  66 Fix problem with compiling without curses.
  67
  68 ------------------------------------------------------------------------
  69 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
  70 Changed paths:
  71    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
  72
  73 Create trunk copy
  74
  75 ------------------------------------------------------------------------
  76 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
  77 Changed paths:
  78    A /branches/dev/samtools/NEWS
  79    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  80    M /branches/dev/samtools/samtools.1
  81
  82 Release samtools-0.1.1
  83
  84 ------------------------------------------------------------------------
  85 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
  86 Changed paths:
  87    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
  88    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
  89    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
  90    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
  91    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  92    M /branches/dev/samtools/razf.c
  93    M /branches/dev/samtools/samtools.1
  94
  95  * samtools-0.1.0-66
  96  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
  97  * fixed a memory leak in parsing a region
  98  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
  99  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 100  * fixed a bug in indexing for small alignment
 101  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 102  * updated documentation
 103  * prepare to release 0.1.1
 104
 105 ------------------------------------------------------------------------
 106 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 107 Changed paths:
 108    A /branches/dev/samtools/examples
 109    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 110    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 111    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 112    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 113
 114 example
 115
 116 ------------------------------------------------------------------------
 117 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 118 Changed paths:
 119    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 120
 121 update ChangeLog
 122
 123 ------------------------------------------------------------------------
 124 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 125 Changed paths:
 126    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 127
 128  * added comments
 129  * fixed several bugs
 130
 131 ------------------------------------------------------------------------
 132 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 133 Changed paths:
 134    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 135
 136 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 137
 138 ------------------------------------------------------------------------
 139 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 140 Changed paths:
 141    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 142    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 143    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 144    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 145    A /branches/dev/samtools/source.dot
 146
 147  * samtools-0.1.0-65
 148  * pileup: generate maq-like simple output
 149  * pileup: allow to output pileup at required sites
 150  * source.dot: source file relationship graph
 151  * tview: fixed a minor bug
 152
 153 ------------------------------------------------------------------------
 154 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 155 Changed paths:
 156    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 157
 158 remove all2sam.pl
 159
 160 ------------------------------------------------------------------------
 161 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 162 Changed paths:
 163    A /branches/dev/samtools/COPYING
 164    M /branches/dev/samtools/bam.h
 165    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 166    M /branches/dev/samtools/khash.h
 167    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 168    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 169    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 170
 171 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 172
 173 ------------------------------------------------------------------------
 174 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 175 Changed paths:
 176    M /branches/dev/samtools/bam.c
 177    M /branches/dev/samtools/bam.h
 178    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 179    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 180    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 181
 182  * samtools-0.1.0-64
 183  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 184
 185 ------------------------------------------------------------------------
 186 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 187 Changed paths:
 188    M /branches/dev/samtools/bam.c
 189    M /branches/dev/samtools/bam.h
 190    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 191    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 192    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 193
 194  * samtools-0.1.0-63
 195  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 196
 197 ------------------------------------------------------------------------
 198 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 199 Changed paths:
 200    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 201    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 202    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 203
 204  * samtools-0.1.0-62
 205  * fixed a memory leak
 206
 207 ------------------------------------------------------------------------
 208 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 209 Changed paths:
 210    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 211    M /branches/dev/samtools/bam.h
 212    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 213
 214 update documentation, ChangeLog and a comment
 215
 216 ------------------------------------------------------------------------
 217 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 218 Changed paths:
 219    M /branches/dev/samtools/Makefile
 220    M /branches/dev/samtools/bam.h
 221    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 222    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 223    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 224    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 225    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 226    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 227
 228  * samtools-0.1.0-61
 229  * moved pileup command to a separate source file
 230  * added indel caller
 231  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 232  * updated documentation
 233
 234 ------------------------------------------------------------------------
 235 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 236 Changed paths:
 237    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 238    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 239
 240  * samtools-0.1.0-60
 241  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 242
 243 ------------------------------------------------------------------------
 244 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 245 Changed paths:
 246    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 247    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 248    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 249
 250  * samtools-0.1.0-59
 251  * pileup: outputing consensus is now optional
 252  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 253    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 254
 255 ------------------------------------------------------------------------
 256 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 257 Changed paths:
 258    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 259    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 260
 261  * samtools-0.1.0-58
 262  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 263    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 264    and imposing it would make it harder to generate for other language
 265    bindings.
 266
 267 ------------------------------------------------------------------------
 268 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 269 Changed paths:
 270    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 271
 272 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 273
 274 ------------------------------------------------------------------------
 275 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 276 Changed paths:
 277    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 278
 279 update manual
 280
 281 ------------------------------------------------------------------------
 282 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 283 Changed paths:
 284    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 285    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 286
 287  * samtools-0.1.0-57
 288  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 289  * made the parser a bit more robust
 290
 291 ------------------------------------------------------------------------
 292 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 293 Changed paths:
 294    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 295    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 296    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 297
 298  * samtools-0.1.0-56
 299  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 300  * fixed a typo in bam_index.c
 301  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 302
 303 ------------------------------------------------------------------------
 304 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 305 Changed paths:
 306    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 307
 308 update manual
 309
 310 ------------------------------------------------------------------------
 311 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 312 Changed paths:
 313    M /branches/dev/samtools/bam.h
 314    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 315    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 316
 317  * samtools-0.1.0-55
 318  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 319  * removed -v from pileup
 320  * made pileup take the reference sequence
 321
 322 ------------------------------------------------------------------------
 323 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 324 Changed paths:
 325    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 326    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 327    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 328
 329  * samtools-0.1.0-54
 330  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 331  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 332
 333 ------------------------------------------------------------------------
 334 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 335 Changed paths:
 336    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 337
 338 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 339
 340 ------------------------------------------------------------------------
 341 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 342 Changed paths:
 343    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 344
 345 also calculate unordered md5sum check
 346
 347 ------------------------------------------------------------------------
 348 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 349 Changed paths:
 350    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 351
 352 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 353
 354 ------------------------------------------------------------------------
 355 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 356 Changed paths:
 357    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 358
 359 fixed a potential memory leak
 360
 361 ------------------------------------------------------------------------
 362 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 363 Changed paths:
 364    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 365    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 366    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 367
 368  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 372 Changed paths:
 373    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 374
 375 nothing, really
 376
 377 ------------------------------------------------------------------------
 378 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 379 Changed paths:
 380    M /branches/dev/samtools/Makefile
 381    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 382    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 383    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 384    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 385    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 386
 387  * fixed two warnings in kseq.h
 388  * added md5sum utilities
 389
 390 ------------------------------------------------------------------------
 391 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 392 Changed paths:
 393    M /branches/dev/samtools/Makefile
 394    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 395    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 396    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 397    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 398
 399  * samtools-0.1.0-52
 400  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 401    extra functions in kseq.h.
 402  * also compile stand-alone faidx
 403
 404 ------------------------------------------------------------------------
 405 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 406 Changed paths:
 407    M /branches/dev/samtools/bam.h
 408    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 409    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 410
 411  * samtools-0.1.0-51
 412  * sorting by read names is available
 413
 414 ------------------------------------------------------------------------
 415 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 416 Changed paths:
 417    M /branches/dev/samtools/bam.c
 418    M /branches/dev/samtools/bam.h
 419    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 420    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 421    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 422    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 423    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 424    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 425    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 426
 427  * samtools-0.1.0-50
 428  * format change to meet the latest specification
 429
 430 ------------------------------------------------------------------------
 431 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 432 Changed paths:
 433    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 434    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 435
 436  * minor change in maqcns: special care when n==0
 437  * change maq2sam to meet the latest specification
 438
 439 ------------------------------------------------------------------------
 440 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 441 Changed paths:
 442    M /branches/dev/samtools/razf.c
 443    M /branches/dev/samtools/razf.h
 444
 445 considerable code clean up in razf
 446
 447 ------------------------------------------------------------------------
 448 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 449 Changed paths:
 450    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 451    M /branches/dev/samtools/Makefile
 452    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 453
 454 make RAZF optional in faidx.c
 455
 456 ------------------------------------------------------------------------
 457 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 458 Changed paths:
 459    M /branches/dev/samtools/Makefile
 460    M /branches/dev/samtools/bam.h
 461    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 462    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 463    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 464
 465  * samtools-0.1.0-49
 466  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 467
 468 ------------------------------------------------------------------------
 469 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 470 Changed paths:
 471    M /branches/dev/samtools/bam.c
 472    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 473    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 474    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 475    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 476    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 477
 478  * samtools-0.1.0-48
 479  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 480  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 481  * supporting hex strings
 482
 483 ------------------------------------------------------------------------
 484 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 485 Changed paths:
 486    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 487    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 488
 489  * samtools-0.1.0-47
 490  * fixed the bug in maqcns
 491
 492 ------------------------------------------------------------------------
 493 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 494 Changed paths:
 495    M /branches/dev/samtools/Makefile
 496    M /branches/dev/samtools/bam.h
 497    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 498    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 499    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 500    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 501    A /branches/dev/samtools/glf.h
 502
 503  * samtools-0.1.0-46
 504  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 505
 506 ------------------------------------------------------------------------
 507 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 508 Changed paths:
 509    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 510    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 511    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 512
 513  * samtools-0.1.0-45
 514  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 515  * better coordinates and reference sequence
 516
 517 ------------------------------------------------------------------------
 518 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 519 Changed paths:
 520    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 521
 522 new ChangeLog
 523
 524 ------------------------------------------------------------------------
 525 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 526 Changed paths:
 527    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 528    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 529
 530 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 531 the log of my personal SVN repository.
 532
 533 ------------------------------------------------------------------------
 534 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 535 Changed paths:
 536    M /branches/dev/samtools/Makefile
 537    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 538    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 539
 540  * samtools-0.1.0-44
 541  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 542    missing these declarations will make bgzf buggy
 543  * get rid of some harmless warings
 544  * use BGZF by default, now
 545
 546 ------------------------------------------------------------------------
 547 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 548 Changed paths:
 549    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 550    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 551    M /branches/dev/samtools/razf.c
 552
 553  * samtools-0.1.0-43
 554  * fixed a bug in razf_read()
 555  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 556
 557 ------------------------------------------------------------------------
 558 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 559 Changed paths:
 560    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 561
 562 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 563
 564 ------------------------------------------------------------------------
 565 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 566 Changed paths:
 567    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 568
 569  * samtools-0.1.0-42
 570  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 571    also update the version number anyway to avoid confusion
 572
 573 ------------------------------------------------------------------------
 574 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 575 Changed paths:
 576    M /branches/dev/samtools/razf.c
 577
 578 a change from Jue, but I think it should not matter
 579
 580 ------------------------------------------------------------------------
 581 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 582 Changed paths:
 583    M /branches/dev/samtools/razf.c
 584
 585 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 586 rarely happens, very rarely.
 587
 588 ------------------------------------------------------------------------
 589 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 590 Changed paths:
 591    M /branches/dev/samtools/razf.c
 592
 593 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 594
 595 ------------------------------------------------------------------------
 596 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 597 Changed paths:
 598    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 599
 600 remove a comment
 601
 602 ------------------------------------------------------------------------
 603 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 604 Changed paths:
 605    M /branches/dev/samtools/Makefile
 606    M /branches/dev/samtools/bam.h
 607    M /branches/dev/samtools/razf.c
 608    M /branches/dev/samtools/razf.h
 609
 610  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 611
 612 ------------------------------------------------------------------------
 613 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 614 Changed paths:
 615    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 616
 617 the manual page
 618
 619 ------------------------------------------------------------------------
 620 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 621 Changed paths:
 622    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 623    A /branches/dev/samtools/Makefile
 624    A /branches/dev/samtools/bam.c
 625    A /branches/dev/samtools/bam.h
 626    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 627    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 628    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 629    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 630    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 631    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 632    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 633    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 634    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 635    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 636    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 637    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 638    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 639    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 640    A /branches/dev/samtools/khash.h
 641    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 642    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 643    A /branches/dev/samtools/misc
 644    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 645    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 646    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 647    A /branches/dev/samtools/razf.c
 648    A /branches/dev/samtools/razf.h
 649    A /branches/dev/samtools/razip.c
 650    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 651
 652 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 653 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 654
 655 ------------------------------------------------------------------------
 656 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 657 Changed paths:
 658    A /branches/dev/samtools
 659
 660 samtools (C version)
 661
 662 ------------------------------------------------------------------------