ChangeLog.old

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r703 | lh3 | 2008-11-25 20:20:02 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /branches/prog/bam/samtools.1
   5
   6 rename bamtk to samtools
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r702 | lh3 | 2008-11-25 20:15:09 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
  10 Changed paths:
  11    D /branches/prog/bam/bamtk.1
  12    A /branches/prog/bam/samtools.1 (from /branches/prog/bam/bamtk.1:679)
  13
  14 rename bamtk.1 to samtools.1
  15
  16 ------------------------------------------------------------------------
  17 r701 | lh3 | 2008-11-25 13:29:10 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
  18 Changed paths:
  19    M /branches/prog/bam/Makefile
  20    M /branches/prog/bam/bam.c
  21    M /branches/prog/bam/bam.h
  22    M /branches/prog/bam/bam_import.c
  23    M /branches/prog/bam/bam_index.c
  24    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
  25    M /branches/prog/bam/bamtk.c
  26    M /branches/prog/bam/misc/Makefile
  27
  28  * samtools-0.1.0-41
  29  * small (but a bit dangerous) changes to meet the latest specification
  30
  31 ------------------------------------------------------------------------
  32 r700 | lh3 | 2008-11-25 13:15:11 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
  33 Changed paths:
  34    A /branches/prog/bam/misc/all2sam.pl (from /branches/prog/bam/misc/all2tam.pl:649)
  35    D /branches/prog/bam/misc/all2tam.pl
  36    A /branches/prog/bam/misc/maq2sam.c (from /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c:699)
  37    D /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
  38
  39 rename tam to sam
  40
  41 ------------------------------------------------------------------------
  42 r699 | lh3 | 2008-11-25 13:14:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
  43 Changed paths:
  44    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
  45
  46 change for the new specification
  47
  48 ------------------------------------------------------------------------
  49 r698 | lh3 | 2008-11-24 13:15:20 +0000 (Mon, 24 Nov 2008) | 3 lines
  50 Changed paths:
  51    M /branches/prog/bam/bam.h
  52    M /branches/prog/bam/razf.c
  53    M /branches/prog/bam/razf.h
  54
  55  * add a fake BGZF mode to razf. It is fake in that it loads razf index into
  56    memory but gives BGZF like virtual offset
  57
  58 ------------------------------------------------------------------------
  59 r697 | lh3 | 2008-11-24 09:53:44 +0000 (Mon, 24 Nov 2008) | 2 lines
  60 Changed paths:
  61    A /branches/prog/bam/ChangeLog
  62
  63 change log
  64
  65 ------------------------------------------------------------------------
  66 r696 | lh3 | 2008-11-24 09:53:23 +0000 (Mon, 24 Nov 2008) | 2 lines
  67 Changed paths:
  68    M /branches/prog/bam/bgzf.c
  69
  70 updated bgzf, on behalf of Bob
  71
  72 ------------------------------------------------------------------------
  73 r695 | lh3 | 2008-11-23 11:40:31 +0000 (Sun, 23 Nov 2008) | 2 lines
  74 Changed paths:
  75    M /branches/prog/bam/bam_index.c
  76    M /branches/prog/bam/razf.c
  77
  78 fixed a bug in razf
  79
  80 ------------------------------------------------------------------------
  81 r694 | lh3 | 2008-11-22 16:23:52 +0000 (Sat, 22 Nov 2008) | 4 lines
  82 Changed paths:
  83    M /branches/prog/bam/bam_index.c
  84    M /branches/prog/bam/bam_lpileup.c
  85    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
  86    M /branches/prog/bam/bamtk.c
  87
  88  * bam-0.1.0-40
  89  * fixed two small memory leaks
  90  * fixed a memory problem when seek outside the length of the sequence
  91
  92 ------------------------------------------------------------------------
  93 r693 | lh3 | 2008-11-22 16:10:04 +0000 (Sat, 22 Nov 2008) | 3 lines
  94 Changed paths:
  95    M /branches/prog/bam/bam_index.c
  96    M /branches/prog/bam/bamtk.c
  97
  98  * bam-0.1.0-39
  99  * fixed an uninitialized warning. This does not matter in fact
 100
 101 ------------------------------------------------------------------------
 102 r692 | lh3 | 2008-11-22 15:44:05 +0000 (Sat, 22 Nov 2008) | 2 lines
 103 Changed paths:
 104    M /branches/prog/bam/razf.c
 105    M /branches/prog/bam/razf.h
 106
 107 Jue's new razf
 108
 109 ------------------------------------------------------------------------
 110 r691 | lh3 | 2008-11-21 21:30:39 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 4 lines
 111 Changed paths:
 112    M /branches/prog/bam/Makefile
 113    M /branches/prog/bam/bam.h
 114    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 115    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 116    M /branches/prog/bam/bgzip.c
 117
 118  * bam-0.1.0-38
 119  * get rid of some warings in bgzip.c
 120  * potentially improve performance in indexing for BGZF
 121
 122 ------------------------------------------------------------------------
 123 r690 | lh3 | 2008-11-21 21:15:51 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
 124 Changed paths:
 125    M /branches/prog/bam/bgzf.c
 126
 127 I think I have fixed the bug in bgzf
 128
 129 ------------------------------------------------------------------------
 130 r689 | lh3 | 2008-11-21 20:48:56 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
 131 Changed paths:
 132    M /branches/prog/bam/bgzf.c
 133
 134 bug fix by Bob
 135
 136 ------------------------------------------------------------------------
 137 r688 | lh3 | 2008-11-21 20:37:27 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
 138 Changed paths:
 139    M /branches/prog/bam/bam.h
 140    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 141
 142 fixed a bug due to the name change in _IOLIB
 143
 144 ------------------------------------------------------------------------
 145 r687 | lh3 | 2008-11-21 14:42:56 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
 146 Changed paths:
 147    M /branches/prog/bam/bgzf.c
 148
 149 fix small things
 150
 151 ------------------------------------------------------------------------
 152 r686 | lh3 | 2008-11-21 14:37:59 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
 153 Changed paths:
 154    A /branches/prog/bam/bgzf.c
 155    A /branches/prog/bam/bgzf.h
 156    A /branches/prog/bam/bgzip.c
 157
 158 Bob's BGZF format, although currently buggy
 159
 160 ------------------------------------------------------------------------
 161 r685 | lh3 | 2008-11-21 09:48:20 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 3 lines
 162 Changed paths:
 163    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 164    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 165    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 166
 167  * bam-0.1.0-37
 168  * improve interface a little bit
 169
 170 ------------------------------------------------------------------------
 171 r684 | lh3 | 2008-11-21 09:30:18 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 3 lines
 172 Changed paths:
 173    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 174    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 175
 176  * bam-0.1.0-36
 177  * improve the interface of tview, a little bit
 178
 179 ------------------------------------------------------------------------
 180 r683 | lh3 | 2008-11-20 22:33:54 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
 181 Changed paths:
 182    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 183
 184 a little better viewer
 185
 186 ------------------------------------------------------------------------
 187 r682 | lh3 | 2008-11-20 22:27:01 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 3 lines
 188 Changed paths:
 189    M /branches/prog/bam/bam.h
 190    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 191    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 192
 193  * bamtk-0.1.0-35
 194  * better viewer
 195
 196 ------------------------------------------------------------------------
 197 r681 | lh3 | 2008-11-20 20:51:16 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 3 lines
 198 Changed paths:
 199    M /branches/prog/bam/Makefile
 200    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 201    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 202
 203  * bamtk-0.1.0-34
 204  * tview is now a component of bamtk
 205
 206 ------------------------------------------------------------------------
 207 r680 | lh3 | 2008-11-20 19:17:30 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
 208 Changed paths:
 209    A /branches/prog/bam/bam_tview.c
 210
 211 text alignment viewer
 212
 213 ------------------------------------------------------------------------
 214 r679 | lh3 | 2008-11-20 19:17:15 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 5 lines
 215 Changed paths:
 216    M /branches/prog/bam/Makefile
 217    M /branches/prog/bam/bam.h
 218    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 219    M /branches/prog/bam/bam_lpileup.c
 220    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 221    M /branches/prog/bam/bamtk.1
 222    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 223    M /branches/prog/bam/faidx.c
 224
 225  * bamtk-0.1.0-33
 226  * added routines to reset pileup bufferes
 227  * fixed a bug in faidx
 228  * add text alignment viewer
 229
 230 ------------------------------------------------------------------------
 231 r678 | lh3 | 2008-11-20 11:05:02 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
 232 Changed paths:
 233    M /branches/prog/bam/Makefile
 234    A /branches/prog/bam/bam_lpileup.c (from /branches/prog/bam/bam_tview.c:668)
 235    D /branches/prog/bam/bam_tview.c
 236
 237 rename tview as lpileup
 238
 239 ------------------------------------------------------------------------
 240 r677 | lh3 | 2008-11-20 10:08:52 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
 241 Changed paths:
 242    M /branches/prog/bam/razf.c
 243
 244 fixed a bug in razf
 245
 246 ------------------------------------------------------------------------
 247 r676 | lh3 | 2008-11-19 22:52:20 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
 248 Changed paths:
 249    M /branches/prog/bam/bam.h
 250    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 251    M /branches/prog/bam/faidx.h
 252
 253 add documentations
 254
 255 ------------------------------------------------------------------------
 256 r674 | lh3 | 2008-11-19 21:39:17 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
 257 Changed paths:
 258    M /branches/prog/bam/bam.h
 259    M /branches/prog/bam/bamtk.1
 260    M /branches/prog/bam/faidx.h
 261
 262 update documentation
 263
 264 ------------------------------------------------------------------------
 265 r673 | lh3 | 2008-11-19 21:19:03 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
 266 Changed paths:
 267    A /branches/prog/bam/bamtk.1
 268
 269 add manual page
 270
 271 ------------------------------------------------------------------------
 272 r672 | lh3 | 2008-11-19 16:40:49 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 3 lines
 273 Changed paths:
 274    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 275    M /branches/prog/bam/faidx.c
 276
 277  * bamtk-0.1.0-32
 278  * make faidx more error resistant
 279
 280 ------------------------------------------------------------------------
 281 r671 | lh3 | 2008-11-19 16:09:55 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
 282 Changed paths:
 283    M /branches/prog/bam/faidx.h
 284
 285 add index
 286
 287 ------------------------------------------------------------------------
 288 r670 | lh3 | 2008-11-19 16:02:39 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 3 lines
 289 Changed paths:
 290    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 291    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 292    M /branches/prog/bam/faidx.c
 293
 294  * bamtk-0.1.0-31
 295  * show reference sequence in pileup -v (not in the default pileup)
 296
 297 ------------------------------------------------------------------------
 298 r669 | lh3 | 2008-11-19 14:51:17 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 3 lines
 299 Changed paths:
 300    M /branches/prog/bam/Makefile
 301    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 302    M /branches/prog/bam/faidx.c
 303
 304  * bamtk-0.1.0-30
 305  * put faidx in bamtk and remove faidx_main.c
 306
 307 ------------------------------------------------------------------------
 308 r668 | lh3 | 2008-11-19 14:15:05 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 4 lines
 309 Changed paths:
 310    M /branches/prog/bam/Makefile
 311    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 312    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 313    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 314    A /branches/prog/bam/faidx.c
 315    A /branches/prog/bam/faidx.h
 316    M /branches/prog/bam/razf.c
 317
 318  * bamtk-0.1.0-29
 319  * fixed a bug in tview.c
 320  * prepare to add faidx
 321
 322 ------------------------------------------------------------------------
 323 r667 | lh3 | 2008-11-19 10:20:45 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
 324 Changed paths:
 325    M /branches/prog/bam/bam.h
 326    M /branches/prog/bam/razf.c
 327    M /branches/prog/bam/razf.h
 328
 329 gzip-compatible razf
 330
 331 ------------------------------------------------------------------------
 332 r664 | lh3 | 2008-11-18 12:50:23 +0000 (Tue, 18 Nov 2008) | 5 lines
 333 Changed paths:
 334    M /branches/prog/bam/bam.h
 335    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 336    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 337
 338  * bamtk-0.1.0-28
 339  * fetch: fixed a bug at an array boundary
 340  * fetch: fixed a bug when the whole chromosome is retrieved
 341  * add linear index
 342
 343 ------------------------------------------------------------------------
 344 r663 | lh3 | 2008-11-17 21:29:22 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
 345 Changed paths:
 346    M /branches/prog/bam/Makefile
 347    M /branches/prog/bam/bam.c
 348    M /branches/prog/bam/bam.h
 349    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 350    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 351    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 352    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 353
 354  * bamtk-0.1.0-27
 355  * put l_qseq into core and move l_aux to bam1_t
 356
 357 ------------------------------------------------------------------------
 358 r662 | lh3 | 2008-11-17 20:55:16 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
 359 Changed paths:
 360    M /branches/prog/bam/bam.c
 361    M /branches/prog/bam/bam.h
 362    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 363    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 364    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 365    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 366
 367  * bamtk-0.1.0-26
 368  * save seq and qual separately
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r661 | lh3 | 2008-11-17 13:09:37 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 2 lines
 372 Changed paths:
 373    M /branches/prog/bam/bam.h
 374
 375 little
 376
 377 ------------------------------------------------------------------------
 378 r660 | lh3 | 2008-11-17 13:06:14 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 2 lines
 379 Changed paths:
 380    M /branches/prog/bam/bam.h
 381
 382 more documentations
 383
 384 ------------------------------------------------------------------------
 385 r659 | lh3 | 2008-11-17 12:55:08 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
 386 Changed paths:
 387    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 388    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 389
 390  * bamtk-0.1.0-25
 391  * make tview work for TAM
 392
 393 ------------------------------------------------------------------------
 394 r658 | lh3 | 2008-11-17 12:50:21 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
 395 Changed paths:
 396    M /branches/prog/bam/Makefile
 397    M /branches/prog/bam/bam.h
 398    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 399    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 400    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 401
 402  * bamtk-0.1.0-24
 403  * make tview as an independent module
 404
 405 ------------------------------------------------------------------------
 406 r657 | lh3 | 2008-11-17 11:26:06 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 2 lines
 407 Changed paths:
 408    M /branches/prog/bam/Makefile
 409    M /branches/prog/bam/bam.h
 410    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 411
 412 change little
 413
 414 ------------------------------------------------------------------------
 415 r656 | lh3 | 2008-11-16 21:33:19 +0000 (Sun, 16 Nov 2008) | 3 lines
 416 Changed paths:
 417    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 418    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 419
 420  * bamtk-0.1.0-23
 421  * also add tview for TAM
 422
 423 ------------------------------------------------------------------------
 424 r655 | lh3 | 2008-11-16 21:29:46 +0000 (Sun, 16 Nov 2008) | 3 lines
 425 Changed paths:
 426    M /branches/prog/bam/Makefile
 427    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
 428    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 429
 430  * bamtk-0.1.0-22
 431  * make tview more efficient for deep depth
 432
 433 ------------------------------------------------------------------------
 434 r654 | lh3 | 2008-11-16 20:52:19 +0000 (Sun, 16 Nov 2008) | 4 lines
 435 Changed paths:
 436    M /branches/prog/bam/Makefile
 437    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 438    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 439    A /branches/prog/bam/bam_tview.c
 440    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 441
 442  * bamtk-0.1.0-21
 443  * fixed bug in the TAM parser: lowercase not recognized
 444  * unfinished function to leveled pileup (tview)
 445
 446 ------------------------------------------------------------------------
 447 r653 | lh3 | 2008-11-15 12:58:36 +0000 (Sat, 15 Nov 2008) | 3 lines
 448 Changed paths:
 449    M /branches/prog/bam/bam.h
 450    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 451    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 452
 453  * bamtk-0.1.0-20
 454  * pileup now display deleted bases as '*'
 455
 456 ------------------------------------------------------------------------
 457 r652 | lh3 | 2008-11-15 09:58:39 +0000 (Sat, 15 Nov 2008) | 4 lines
 458 Changed paths:
 459    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 460    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 461
 462  * bamtk-0.1.0-19
 463  * fixed a bug in fetch()
 464  * reduce memory in indexing
 465
 466 ------------------------------------------------------------------------
 467 r651 | lh3 | 2008-11-14 21:56:05 +0000 (Fri, 14 Nov 2008) | 5 lines
 468 Changed paths:
 469    M /branches/prog/bam/Makefile
 470    M /branches/prog/bam/bam.h
 471    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 472    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 473
 474  * bamtk-0.1.0-18
 475  * important changes are made to index: the index size is increased, but
 476    now we have no limit on file sizes and the new method potentially
 477    works with BGZF, Bob's new compression format.
 478
 479 ------------------------------------------------------------------------
 480 r650 | lh3 | 2008-11-14 16:03:22 +0000 (Fri, 14 Nov 2008) | 4 lines
 481 Changed paths:
 482    M /branches/prog/bam/bam.h
 483    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 484    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 485
 486  * bamtk-0.1.0-17
 487  * more comments in bam.h
 488  * fixed a bug in bam_index.c
 489
 490 ------------------------------------------------------------------------
 491 r649 | lh3 | 2008-11-13 16:04:18 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 4 lines
 492 Changed paths:
 493    M /branches/prog/bam/bam.c
 494    M /branches/prog/bam/bam.h
 495    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 496    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 497    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 498    M /branches/prog/bam/bam_sort.c
 499    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 500
 501  * bamtk-0.1.0-16
 502  * use macros to retrieve pointers from bam1_t and thus reduce the size
 503    of bam1_t struct.
 504
 505 ------------------------------------------------------------------------
 506 r648 | lh3 | 2008-11-13 13:21:39 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 3 lines
 507 Changed paths:
 508    M /branches/prog/bam/bam_sort.c
 509    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 510
 511  * bamtk-0.1.0-15
 512  * make more things work over pipe
 513
 514 ------------------------------------------------------------------------
 515 r647 | lh3 | 2008-11-13 12:49:28 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
 516 Changed paths:
 517    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
 518
 519 fixed a bug in maq2tam
 520
 521 ------------------------------------------------------------------------
 522 r646 | lh3 | 2008-11-13 11:46:59 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 3 lines
 523 Changed paths:
 524    M /branches/prog/bam/Makefile
 525    M /branches/prog/bam/misc/Makefile
 526    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
 527
 528  * bug fix in maq2tam.c
 529  * improve Makefile
 530
 531 ------------------------------------------------------------------------
 532 r645 | lh3 | 2008-11-13 11:39:46 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 3 lines
 533 Changed paths:
 534    A /branches/prog/bam/misc/Makefile
 535    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
 536
 537  * corrected maq2tam
 538  * add Makefile
 539
 540 ------------------------------------------------------------------------
 541 r644 | lh3 | 2008-11-13 11:25:45 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
 542 Changed paths:
 543    M /branches/prog/bam/razf.c
 544
 545 fixed the bug in buffered write (on behalf of Jue)
 546
 547 ------------------------------------------------------------------------
 548 r643 | lh3 | 2008-11-13 10:53:42 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
 549 Changed paths:
 550    D /branches/prog/bam/all2tam.pl
 551    A /branches/prog/bam/misc/all2tam.pl (from /branches/prog/bam/all2tam.pl:642)
 552
 553 move to misc
 554
 555 ------------------------------------------------------------------------
 556 r642 | lh3 | 2008-11-13 10:53:23 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
 557 Changed paths:
 558    M /branches/prog/bam/all2tam.pl
 559
 560 change tag
 561
 562 ------------------------------------------------------------------------
 563 r641 | lh3 | 2008-11-13 10:53:12 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
 564 Changed paths:
 565    D /branches/prog/bam/utils
 566
 567 has been renamed
 568
 569 ------------------------------------------------------------------------
 570 r640 | lh3 | 2008-11-13 10:52:50 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
 571 Changed paths:
 572    A /branches/prog/bam/misc (from /branches/prog/bam/utils:639)
 573
 574 rename
 575
 576 ------------------------------------------------------------------------
 577 r639 | lh3 | 2008-11-13 10:52:35 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
 578 Changed paths:
 579    A /branches/prog/bam/utils
 580    A /branches/prog/bam/utils/maq2tam.c
 581
 582 utilities (converters and so on)
 583
 584 ------------------------------------------------------------------------
 585 r638 | lh3 | 2008-11-12 22:24:22 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 4 lines
 586 Changed paths:
 587    M /branches/prog/bam/bam.c
 588    M /branches/prog/bam/bam.h
 589    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 590    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 591
 592  * bamtk-0.1.0-14
 593  * copy the text header to BAM
 594  * add BAM1 header flag
 595
 596 ------------------------------------------------------------------------
 597 r637 | lh3 | 2008-11-12 14:56:08 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 4 lines
 598 Changed paths:
 599    M /branches/prog/bam/bam.h
 600    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 601    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 602    M /branches/prog/bam/razf.c
 603
 604  * bamtk-0.1.0-13
 605  * fixed a bug in razf
 606  * improved and fixed potential bugs in index
 607
 608 ------------------------------------------------------------------------
 609 r636 | lh3 | 2008-11-12 11:57:13 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 2 lines
 610 Changed paths:
 611    M /branches/prog/bam/bam.h
 612    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 613    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 614    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 615
 616 update documentation in the HeaderDOC format
 617
 618 ------------------------------------------------------------------------
 619 r635 | lh3 | 2008-11-12 10:08:38 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 4 lines
 620 Changed paths:
 621    M /branches/prog/bam/bam.c
 622    M /branches/prog/bam/bam.h
 623    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 624    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 625    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 626    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 627
 628  * bamtk-0.1.0-12
 629  * more documentations
 630  * rename baf1_core_t as bam1_core_t
 631
 632 ------------------------------------------------------------------------
 633 r634 | lh3 | 2008-11-11 23:00:35 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 2 lines
 634 Changed paths:
 635    M /branches/prog/bam/bam.h
 636    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 637
 638 documentation
 639
 640 ------------------------------------------------------------------------
 641 r633 | lh3 | 2008-11-11 21:23:49 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 4 lines
 642 Changed paths:
 643    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 644    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 645    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 646
 647  * bamtk-0.1.0-11
 648  * give up regional pileup. We can now use pipe to mimic that.
 649  * for index file, change suffix .idx to .bmi
 650
 651 ------------------------------------------------------------------------
 652 r632 | lh3 | 2008-11-11 21:00:11 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 3 lines
 653 Changed paths:
 654    M /branches/prog/bam/bam.h
 655    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 656    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 657    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 658    M /branches/prog/bam/razf.c
 659
 660  * bamtk-0.1.0-10
 661  * make pileup work on TAM
 662
 663 ------------------------------------------------------------------------
 664 r631 | lh3 | 2008-11-11 09:20:29 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 4 lines
 665 Changed paths:
 666    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 667    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 668    M /branches/prog/bam/razf.c
 669    M /branches/prog/bam/razf.h
 670    M /branches/prog/bam/razip.c
 671
 672  * bamtk-0.1.0-9
 673  * razf now supports streaming
 674  * prepare to improve pileup (have not yet)
 675
 676 ------------------------------------------------------------------------
 677 r630 | lh3 | 2008-11-10 18:34:40 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 3 lines
 678 Changed paths:
 679    M /branches/prog/bam/bam.h
 680    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 681    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 682    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 683
 684  * bamtk-0.1.0-8
 685  * improve the interface of TAM parser
 686
 687 ------------------------------------------------------------------------
 688 r629 | lh3 | 2008-11-10 13:06:13 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 3 lines
 689 Changed paths:
 690    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 691    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 692
 693  * bamtk-0.1.0-7
 694  * almost nothing
 695
 696 ------------------------------------------------------------------------
 697 r628 | lh3 | 2008-11-10 12:56:36 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 3 lines
 698 Changed paths:
 699    M /branches/prog/bam/bam.c
 700    M /branches/prog/bam/bam.h
 701    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 702    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 703
 704  * bamtk-0.1.0-6
 705  * fixed a bug in bam_pileup.c
 706
 707 ------------------------------------------------------------------------
 708 r627 | lh3 | 2008-11-10 11:32:46 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 4 lines
 709 Changed paths:
 710    M /branches/prog/bam/bam.h
 711    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 712    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 713    M /branches/prog/bam/razf.c
 714
 715  * bamtk-0.1.0-5
 716  * fixed a bug in razf.c, caused by my modifications
 717  * improve the interface of pileup. Now it will be slower but more flexible
 718
 719 ------------------------------------------------------------------------
 720 r626 | lh3 | 2008-11-09 20:51:04 +0000 (Sun, 09 Nov 2008) | 3 lines
 721 Changed paths:
 722    M /branches/prog/bam/bam.h
 723    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 724
 725  * bamtk-0.1.0-4
 726  * view: dumping binary output
 727
 728 ------------------------------------------------------------------------
 729 r625 | lh3 | 2008-11-09 20:31:54 +0000 (Sun, 09 Nov 2008) | 3 lines
 730 Changed paths:
 731    M /branches/prog/bam/bam.c
 732    M /branches/prog/bam/bam.h
 733    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 734    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 735    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 736    M /branches/prog/bam/bam_sort.c
 737    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 738
 739  * bamtk-0.1.0-3
 740  * rename functions
 741
 742 ------------------------------------------------------------------------
 743 r624 | lh3 | 2008-11-09 15:07:32 +0000 (Sun, 09 Nov 2008) | 2 lines
 744 Changed paths:
 745    M /branches/prog/bam/bam.h
 746
 747 add comments
 748
 749 ------------------------------------------------------------------------
 750 r623 | lh3 | 2008-11-08 22:32:49 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 4 lines
 751 Changed paths:
 752    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 753    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 754
 755  * bamtk-0.1.0-2
 756  * improve indexing for a mixture of long and short reads, although currently
 757    I do not know whether it really works...
 758
 759 ------------------------------------------------------------------------
 760 r622 | lh3 | 2008-11-08 22:13:58 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 3 lines
 761 Changed paths:
 762    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 763    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 764
 765  * bamtk-0.1.0-1
 766  * prepare for improving indexing algorithm
 767
 768 ------------------------------------------------------------------------
 769 r621 | lh3 | 2008-11-08 20:28:09 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 4 lines
 770 Changed paths:
 771    A /branches/prog/bam/all2tam.pl
 772    M /branches/prog/bam/bam.c
 773    M /branches/prog/bam/bam.h
 774    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 775    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 776    D /branches/prog/bam/tam_utils.pl
 777
 778  * bamtk-0.1.0
 779  * smarter integers
 780  * rename tam_utils.pl to all2tam.pl
 781
 782 ------------------------------------------------------------------------
 783 r620 | lh3 | 2008-11-08 17:17:22 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 2 lines
 784 Changed paths:
 785    A /branches/prog/bam
 786    A /branches/prog/bam/Makefile
 787    A /branches/prog/bam/bam.c
 788    A /branches/prog/bam/bam.h
 789    A /branches/prog/bam/bam_endian.h
 790    A /branches/prog/bam/bam_import.c
 791    A /branches/prog/bam/bam_index.c
 792    A /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 793    A /branches/prog/bam/bam_sort.c
 794    A /branches/prog/bam/bamtk.c
 795    A /branches/prog/bam/khash.h
 796    A /branches/prog/bam/ksort.h
 797    A /branches/prog/bam/kstream.h
 798    A /branches/prog/bam/razf.c
 799    A /branches/prog/bam/razf.h
 800    A /branches/prog/bam/razip.c
 801    A /branches/prog/bam/tam_utils.pl
 802    A /branches/prog/bam/zutil.h
 803
 804 The Binary Alignment/Mapping format.
 805
 806 ------------------------------------------------------------------------