ChangeLog.old

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r108 | lh3lh3 | 2009-01-20 11:56:45 +0000 (Tue, 20 Jan 2009) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /branches/dev/samtools/examples/Makefile
   5
   6 made it a little more convenient
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r107 | lh3lh3 | 2009-01-20 11:53:30 +0000 (Tue, 20 Jan 2009) | 2 lines
  10 Changed paths:
  11    A /branches/dev/samtools/examples/Makefile
  12
  13 added a Makefile
  14
  15 ------------------------------------------------------------------------
  16 r106 | lh3lh3 | 2009-01-20 11:25:05 +0000 (Tue, 20 Jan 2009) | 2 lines
  17 Changed paths:
  18    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
  19
  20 support RG tag
  21
  22 ------------------------------------------------------------------------
  23 r105 | lh3lh3 | 2009-01-18 17:37:20 +0000 (Sun, 18 Jan 2009) | 2 lines
  24 Changed paths:
  25    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
  26
  27 update changelog
  28
  29 ------------------------------------------------------------------------
  30 r104 | lh3lh3 | 2009-01-18 17:31:21 +0000 (Sun, 18 Jan 2009) | 3 lines
  31 Changed paths:
  32    M /branches/dev/samtools/bam.h
  33    M /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
  34    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  35
  36  * samtools-0.1.1-18
  37  * fixed a bug in bam_lpileup.c: segment start and end are not correctly recognized
  38
  39 ------------------------------------------------------------------------
  40 r103 | lh3lh3 | 2009-01-18 16:34:03 +0000 (Sun, 18 Jan 2009) | 5 lines
  41 Changed paths:
  42    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
  43    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
  44    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  45
  46  * samtools-0.1.1-17
  47  * fixed a bug when there are reads without coordinates
  48  * also recognize type 'c' as 'A'
  49  * found a bug in bam_lpileup.c; NOT fixed yet
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r102 | lh3lh3 | 2009-01-17 19:46:49 +0000 (Sat, 17 Jan 2009) | 2 lines
  53 Changed paths:
  54    A /branches/dev/samtools/INSTALL
  55
  56 Instruction for compilation
  57
  58 ------------------------------------------------------------------------
  59 r101 | lh3lh3 | 2009-01-17 19:31:36 +0000 (Sat, 17 Jan 2009) | 3 lines
  60 Changed paths:
  61    M /branches/dev/samtools/Makefile
  62    A /branches/dev/samtools/Makefile.lite
  63    M /branches/dev/samtools/bam.h
  64    M /branches/dev/samtools/faidx.c
  65    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
  66    M /branches/dev/samtools/razf.c
  67
  68  * replaced HAVE_RAZF with _NO_RAZF
  69  * added Makefile.lite for people who have trouble with razf.c
  70
  71 ------------------------------------------------------------------------
  72 r100 | lh3lh3 | 2009-01-16 10:03:37 +0000 (Fri, 16 Jan 2009) | 3 lines
  73 Changed paths:
  74    M /branches/dev/samtools/bam_mate.c
  75    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  76    M /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c
  77
  78  * samtools-0.1.1-15
  79  * fixed another bug in fixmate: unmapped pair has non-zero isize
  80
  81 ------------------------------------------------------------------------
  82 r99 | lh3lh3 | 2009-01-16 09:13:36 +0000 (Fri, 16 Jan 2009) | 4 lines
  83 Changed paths:
  84    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
  85    M /branches/dev/samtools/bam_mate.c
  86    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  87
  88  * samtools-0.1.1-14
  89  * fixed a bug in fixmate: isize not equal to zero if two ends mapped to
  90    different chr
  91
  92 ------------------------------------------------------------------------
  93 r98 | lh3lh3 | 2009-01-15 16:47:41 +0000 (Thu, 15 Jan 2009) | 3 lines
  94 Changed paths:
  95    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
  96    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
  97
  98  * samtools-0.1.1-13
  99  * fixed the prior for hom indels (Richard pointed this out)
 100
 101 ------------------------------------------------------------------------
 102 r97 | lh3lh3 | 2009-01-15 16:38:47 +0000 (Thu, 15 Jan 2009) | 4 lines
 103 Changed paths:
 104    M /branches/dev/samtools/COPYING
 105    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 106    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 107    M /branches/dev/samtools/source.dot
 108
 109  * samtools-0.1.1-12
 110  * fixed a bug in sort
 111  * update source file graph and copyright information
 112
 113 ------------------------------------------------------------------------
 114 r96 | lh3lh3 | 2009-01-14 21:46:14 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 2 lines
 115 Changed paths:
 116    M /branches/dev/samtools/glf.c
 117
 118 fixed a typo
 119
 120 ------------------------------------------------------------------------
 121 r95 | lh3lh3 | 2009-01-14 21:44:53 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 2 lines
 122 Changed paths:
 123    M /branches/dev/samtools/glf.c
 124
 125 added a main function for glf.c
 126
 127 ------------------------------------------------------------------------
 128 r94 | lh3lh3 | 2009-01-14 17:14:59 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 4 lines
 129 Changed paths:
 130    M /branches/dev/samtools/Makefile
 131    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 132    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 133    M /branches/dev/samtools/bgzf.h
 134    A /branches/dev/samtools/glf.c
 135    M /branches/dev/samtools/glf.h
 136
 137  * samtools-0.1.1-11
 138  * generate binary GLFv2
 139  * added glfview command to dump GLFv2 binary file
 140
 141 ------------------------------------------------------------------------
 142 r93 | lh3lh3 | 2009-01-14 15:07:44 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 4 lines
 143 Changed paths:
 144    M /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c
 145    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 146    M /branches/dev/samtools/glf.h
 147
 148  * samtools-0.1.1-10
 149  * fixed several bugs in rmdup
 150  * prepare to generate GLF2
 151
 152 ------------------------------------------------------------------------
 153 r92 | lh3lh3 | 2009-01-14 13:27:44 +0000 (Wed, 14 Jan 2009) | 3 lines
 154 Changed paths:
 155    M /branches/dev/samtools/Makefile
 156    M /branches/dev/samtools/bam.h
 157    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 158    A /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c
 159    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 160
 161  * samtools-0.1.1-9
 162  * implemented rmdup; NOT tested yet
 163
 164 ------------------------------------------------------------------------
 165 r91 | lh3lh3 | 2009-01-13 20:15:43 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 2 lines
 166 Changed paths:
 167    M /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 168
 169 update README for typos
 170
 171 ------------------------------------------------------------------------
 172 r90 | lh3lh3 | 2009-01-13 19:57:50 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 2 lines
 173 Changed paths:
 174    M /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 175
 176 update example
 177
 178 ------------------------------------------------------------------------
 179 r89 | lh3lh3 | 2009-01-13 17:21:38 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 3 lines
 180 Changed paths:
 181    M /branches/dev/samtools/Makefile
 182    M /branches/dev/samtools/bam.c
 183    A /branches/dev/samtools/bam_mate.c
 184    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 185
 186  * samtools-0.1.1-8
 187  * added fixmate command
 188
 189 ------------------------------------------------------------------------
 190 r88 | lh3lh3 | 2009-01-13 10:48:23 +0000 (Tue, 13 Jan 2009) | 3 lines
 191 Changed paths:
 192    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 193    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 194
 195  * samtools-0.1.1-7
 196  * change the reported indel position to the previous way
 197
 198 ------------------------------------------------------------------------
 199 r87 | lh3lh3 | 2009-01-12 22:12:12 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 4 lines
 200 Changed paths:
 201    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 202    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 203
 204  * samtools-0.1.1-6
 205  * addd glt output
 206  * allow to change indel calling parameters at the command line
 207
 208 ------------------------------------------------------------------------
 209 r86 | lh3lh3 | 2009-01-12 21:16:48 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 4 lines
 210 Changed paths:
 211    M /branches/dev/samtools/bam.h
 212    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 213    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 214    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 215
 216  * samtools-0.1.1-5
 217  * added two more flags
 218  * allowed to select reads shown in pileup with a mask
 219
 220 ------------------------------------------------------------------------
 221 r85 | lh3lh3 | 2009-01-12 20:47:51 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 4 lines
 222 Changed paths:
 223    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 224    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 225    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 226
 227  * samtools-0.1.1-4
 228  * fixed a bug in indexing (linear index)
 229  * prepare to add glt output from pileup
 230
 231 ------------------------------------------------------------------------
 232 r84 | lh3lh3 | 2009-01-12 09:22:35 +0000 (Mon, 12 Jan 2009) | 3 lines
 233 Changed paths:
 234    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 235    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 236
 237  * samtools-0.1.1-3
 238  * fixed a bug in outputing the coordinate of an indel
 239
 240 ------------------------------------------------------------------------
 241 r83 | lh3lh3 | 2009-01-11 15:18:01 +0000 (Sun, 11 Jan 2009) | 3 lines
 242 Changed paths:
 243    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 244    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 245
 246  * samtools-0.1.1-2
 247  * pileup: allows to output indel sites only
 248
 249 ------------------------------------------------------------------------
 250 r82 | lh3lh3 | 2009-01-10 23:34:31 +0000 (Sat, 10 Jan 2009) | 3 lines
 251 Changed paths:
 252    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 253    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 254    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 255    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 256
 257  * samtools-0.1.1-1
 258  * implemented a Bayesian indel caller
 259
 260 ------------------------------------------------------------------------
 261 r81 | lh3lh3 | 2009-01-09 09:54:28 +0000 (Fri, 09 Jan 2009) | 2 lines
 262 Changed paths:
 263    M /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 264    D /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 265
 266 Let users generate ex1.fa.fai.
 267
 268 ------------------------------------------------------------------------
 269 r80 | lh3lh3 | 2009-01-08 16:10:08 +0000 (Thu, 08 Jan 2009) | 2 lines
 270 Changed paths:
 271    M /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 272
 273 make the bowtie converter works for "-k 2"
 274
 275 ------------------------------------------------------------------------
 276 r78 | lh3lh3 | 2009-01-03 17:25:24 +0000 (Sat, 03 Jan 2009) | 2 lines
 277 Changed paths:
 278    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 279
 280 fixed a bug for "QC" reads
 281
 282 ------------------------------------------------------------------------
 283 r77 | lh3lh3 | 2009-01-01 18:32:06 +0000 (Thu, 01 Jan 2009) | 3 lines
 284 Changed paths:
 285    A /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 286    M /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl
 287
 288  * soap2sam.pl: added NM tag
 289  * bowtie2sam.pl: converter for bowtie
 290
 291 ------------------------------------------------------------------------
 292 r76 | lh3lh3 | 2008-12-31 23:24:24 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 293 Changed paths:
 294    A /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl
 295
 296 soap2sam.pl: convert soap output to SAM
 297
 298 ------------------------------------------------------------------------
 299 r75 | lh3lh3 | 2008-12-31 17:54:32 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 3 lines
 300 Changed paths:
 301    M /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 302
 303  * wgsim_eval.pl-0.1.1
 304  * fixed a bug for a contig name like "NT_012345"
 305
 306 ------------------------------------------------------------------------
 307 r74 | lh3lh3 | 2008-12-31 16:38:21 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 308 Changed paths:
 309    A /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 310
 311  * evaluate alignment for reads generated by wgsim
 312
 313 ------------------------------------------------------------------------
 314 r73 | lh3lh3 | 2008-12-31 15:11:22 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 315 Changed paths:
 316    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 317    M /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c
 318
 319 fixed compiling warnings for wgsim
 320
 321 ------------------------------------------------------------------------
 322 r72 | lh3lh3 | 2008-12-31 13:40:51 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 323 Changed paths:
 324    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 325
 326 remove an unused variable (a compiler warning only)
 327
 328 ------------------------------------------------------------------------
 329 r71 | lh3lh3 | 2008-12-31 13:37:16 +0000 (Wed, 31 Dec 2008) | 2 lines
 330 Changed paths:
 331    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 332    A /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c
 333
 334 wgsim: Paired-end reads simulator
 335
 336 ------------------------------------------------------------------------
 337 r70 | bhandsaker | 2008-12-29 20:27:16 +0000 (Mon, 29 Dec 2008) | 2 lines
 338 Changed paths:
 339    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 340    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 341
 342 Move definition of bam_nt16_nt4_table so we can build without curses.
 343
 344 ------------------------------------------------------------------------
 345 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 346 Changed paths:
 347    A /branches/dev/samtools/NEWS
 348    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 349    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 350
 351 Release samtools-0.1.1
 352
 353 ------------------------------------------------------------------------
 354 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 355 Changed paths:
 356    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 357    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 358    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 359    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 360    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 361    M /branches/dev/samtools/razf.c
 362    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 363
 364  * samtools-0.1.0-66
 365  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 366  * fixed a memory leak in parsing a region
 367  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 368  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 369  * fixed a bug in indexing for small alignment
 370  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 371  * updated documentation
 372  * prepare to release 0.1.1
 373
 374 ------------------------------------------------------------------------
 375 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 376 Changed paths:
 377    A /branches/dev/samtools/examples
 378    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 379    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 380    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 381    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 382
 383 example
 384
 385 ------------------------------------------------------------------------
 386 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 387 Changed paths:
 388    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 389
 390 update ChangeLog
 391
 392 ------------------------------------------------------------------------
 393 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 394 Changed paths:
 395    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 396
 397  * added comments
 398  * fixed several bugs
 399
 400 ------------------------------------------------------------------------
 401 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 402 Changed paths:
 403    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 404
 405 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 406
 407 ------------------------------------------------------------------------
 408 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 409 Changed paths:
 410    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 411    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 412    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 413    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 414    A /branches/dev/samtools/source.dot
 415
 416  * samtools-0.1.0-65
 417  * pileup: generate maq-like simple output
 418  * pileup: allow to output pileup at required sites
 419  * source.dot: source file relationship graph
 420  * tview: fixed a minor bug
 421
 422 ------------------------------------------------------------------------
 423 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 424 Changed paths:
 425    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 426
 427 remove all2sam.pl
 428
 429 ------------------------------------------------------------------------
 430 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 431 Changed paths:
 432    A /branches/dev/samtools/COPYING
 433    M /branches/dev/samtools/bam.h
 434    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 435    M /branches/dev/samtools/khash.h
 436    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 437    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 438    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 439
 440 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 441
 442 ------------------------------------------------------------------------
 443 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 444 Changed paths:
 445    M /branches/dev/samtools/bam.c
 446    M /branches/dev/samtools/bam.h
 447    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 448    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 449    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 450
 451  * samtools-0.1.0-64
 452  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 456 Changed paths:
 457    M /branches/dev/samtools/bam.c
 458    M /branches/dev/samtools/bam.h
 459    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 460    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 461    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 462
 463  * samtools-0.1.0-63
 464  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 465
 466 ------------------------------------------------------------------------
 467 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 468 Changed paths:
 469    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 470    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 471    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 472
 473  * samtools-0.1.0-62
 474  * fixed a memory leak
 475
 476 ------------------------------------------------------------------------
 477 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 478 Changed paths:
 479    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 480    M /branches/dev/samtools/bam.h
 481    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 482
 483 update documentation, ChangeLog and a comment
 484
 485 ------------------------------------------------------------------------
 486 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 487 Changed paths:
 488    M /branches/dev/samtools/Makefile
 489    M /branches/dev/samtools/bam.h
 490    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 491    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 492    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 493    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 494    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 495    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 496
 497  * samtools-0.1.0-61
 498  * moved pileup command to a separate source file
 499  * added indel caller
 500  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 501  * updated documentation
 502
 503 ------------------------------------------------------------------------
 504 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 505 Changed paths:
 506    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 507    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 508
 509  * samtools-0.1.0-60
 510  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 511
 512 ------------------------------------------------------------------------
 513 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 514 Changed paths:
 515    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 516    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 517    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 518
 519  * samtools-0.1.0-59
 520  * pileup: outputing consensus is now optional
 521  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 522    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 523
 524 ------------------------------------------------------------------------
 525 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 526 Changed paths:
 527    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 528    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 529
 530  * samtools-0.1.0-58
 531  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 532    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 533    and imposing it would make it harder to generate for other language
 534    bindings.
 535
 536 ------------------------------------------------------------------------
 537 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 538 Changed paths:
 539    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 540
 541 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 542
 543 ------------------------------------------------------------------------
 544 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 545 Changed paths:
 546    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 547
 548 update manual
 549
 550 ------------------------------------------------------------------------
 551 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 552 Changed paths:
 553    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 554    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 555
 556  * samtools-0.1.0-57
 557  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 558  * made the parser a bit more robust
 559
 560 ------------------------------------------------------------------------
 561 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 562 Changed paths:
 563    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 564    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 565    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 566
 567  * samtools-0.1.0-56
 568  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 569  * fixed a typo in bam_index.c
 570  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 574 Changed paths:
 575    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 576
 577 update manual
 578
 579 ------------------------------------------------------------------------
 580 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 581 Changed paths:
 582    M /branches/dev/samtools/bam.h
 583    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 584    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 585
 586  * samtools-0.1.0-55
 587  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 588  * removed -v from pileup
 589  * made pileup take the reference sequence
 590
 591 ------------------------------------------------------------------------
 592 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 593 Changed paths:
 594    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 595    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 596    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 597
 598  * samtools-0.1.0-54
 599  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 600  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 601
 602 ------------------------------------------------------------------------
 603 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 604 Changed paths:
 605    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 606
 607 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 608
 609 ------------------------------------------------------------------------
 610 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 611 Changed paths:
 612    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 613
 614 also calculate unordered md5sum check
 615
 616 ------------------------------------------------------------------------
 617 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 618 Changed paths:
 619    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 620
 621 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 622
 623 ------------------------------------------------------------------------
 624 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 625 Changed paths:
 626    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 627
 628 fixed a potential memory leak
 629
 630 ------------------------------------------------------------------------
 631 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 632 Changed paths:
 633    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 634    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 635    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 636
 637  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 638
 639 ------------------------------------------------------------------------
 640 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 641 Changed paths:
 642    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 643
 644 nothing, really
 645
 646 ------------------------------------------------------------------------
 647 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 648 Changed paths:
 649    M /branches/dev/samtools/Makefile
 650    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 651    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 652    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 653    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 654    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 655
 656  * fixed two warnings in kseq.h
 657  * added md5sum utilities
 658
 659 ------------------------------------------------------------------------
 660 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 661 Changed paths:
 662    M /branches/dev/samtools/Makefile
 663    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 664    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 665    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 666    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 667
 668  * samtools-0.1.0-52
 669  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 670    extra functions in kseq.h.
 671  * also compile stand-alone faidx
 672
 673 ------------------------------------------------------------------------
 674 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 675 Changed paths:
 676    M /branches/dev/samtools/bam.h
 677    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 678    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 679
 680  * samtools-0.1.0-51
 681  * sorting by read names is available
 682
 683 ------------------------------------------------------------------------
 684 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 685 Changed paths:
 686    M /branches/dev/samtools/bam.c
 687    M /branches/dev/samtools/bam.h
 688    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 689    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 690    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 691    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 692    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 693    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 694    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 695
 696  * samtools-0.1.0-50
 697  * format change to meet the latest specification
 698
 699 ------------------------------------------------------------------------
 700 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 701 Changed paths:
 702    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 703    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 704
 705  * minor change in maqcns: special care when n==0
 706  * change maq2sam to meet the latest specification
 707
 708 ------------------------------------------------------------------------
 709 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 710 Changed paths:
 711    M /branches/dev/samtools/razf.c
 712    M /branches/dev/samtools/razf.h
 713
 714 considerable code clean up in razf
 715
 716 ------------------------------------------------------------------------
 717 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 718 Changed paths:
 719    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 720    M /branches/dev/samtools/Makefile
 721    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 722
 723 make RAZF optional in faidx.c
 724
 725 ------------------------------------------------------------------------
 726 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 727 Changed paths:
 728    M /branches/dev/samtools/Makefile
 729    M /branches/dev/samtools/bam.h
 730    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 731    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 732    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 733
 734  * samtools-0.1.0-49
 735  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 736
 737 ------------------------------------------------------------------------
 738 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 739 Changed paths:
 740    M /branches/dev/samtools/bam.c
 741    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 742    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 743    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 744    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 745    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 746
 747  * samtools-0.1.0-48
 748  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 749  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 750  * supporting hex strings
 751
 752 ------------------------------------------------------------------------
 753 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 754 Changed paths:
 755    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 756    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 757
 758  * samtools-0.1.0-47
 759  * fixed the bug in maqcns
 760
 761 ------------------------------------------------------------------------
 762 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 763 Changed paths:
 764    M /branches/dev/samtools/Makefile
 765    M /branches/dev/samtools/bam.h
 766    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 767    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 768    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 769    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 770    A /branches/dev/samtools/glf.h
 771
 772  * samtools-0.1.0-46
 773  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 774
 775 ------------------------------------------------------------------------
 776 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 777 Changed paths:
 778    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 779    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 780    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 781
 782  * samtools-0.1.0-45
 783  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 784  * better coordinates and reference sequence
 785
 786 ------------------------------------------------------------------------
 787 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 788 Changed paths:
 789    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 790
 791 new ChangeLog
 792
 793 ------------------------------------------------------------------------
 794 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 795 Changed paths:
 796    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 797    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 798
 799 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 800 the log of my personal SVN repository.
 801
 802 ------------------------------------------------------------------------
 803 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 804 Changed paths:
 805    M /branches/dev/samtools/Makefile
 806    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 807    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 808
 809  * samtools-0.1.0-44
 810  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 811    missing these declarations will make bgzf buggy
 812  * get rid of some harmless warings
 813  * use BGZF by default, now
 814
 815 ------------------------------------------------------------------------
 816 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 817 Changed paths:
 818    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 819    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 820    M /branches/dev/samtools/razf.c
 821
 822  * samtools-0.1.0-43
 823  * fixed a bug in razf_read()
 824  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 825
 826 ------------------------------------------------------------------------
 827 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 828 Changed paths:
 829    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 830
 831 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 832
 833 ------------------------------------------------------------------------
 834 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 835 Changed paths:
 836    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 837
 838  * samtools-0.1.0-42
 839  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 840    also update the version number anyway to avoid confusion
 841
 842 ------------------------------------------------------------------------
 843 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 844 Changed paths:
 845    M /branches/dev/samtools/razf.c
 846
 847 a change from Jue, but I think it should not matter
 848
 849 ------------------------------------------------------------------------
 850 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 851 Changed paths:
 852    M /branches/dev/samtools/razf.c
 853
 854 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 855 rarely happens, very rarely.
 856
 857 ------------------------------------------------------------------------
 858 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 859 Changed paths:
 860    M /branches/dev/samtools/razf.c
 861
 862 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 863
 864 ------------------------------------------------------------------------
 865 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 866 Changed paths:
 867    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 868
 869 remove a comment
 870
 871 ------------------------------------------------------------------------
 872 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 873 Changed paths:
 874    M /branches/dev/samtools/Makefile
 875    M /branches/dev/samtools/bam.h
 876    M /branches/dev/samtools/razf.c
 877    M /branches/dev/samtools/razf.h
 878
 879  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 880
 881 ------------------------------------------------------------------------
 882 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 883 Changed paths:
 884    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 885
 886 the manual page
 887
 888 ------------------------------------------------------------------------
 889 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 890 Changed paths:
 891    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 892    A /branches/dev/samtools/Makefile
 893    A /branches/dev/samtools/bam.c
 894    A /branches/dev/samtools/bam.h
 895    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 896    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 897    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 898    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 899    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 900    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 901    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 902    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 903    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 904    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 905    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 906    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 907    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 908    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 909    A /branches/dev/samtools/khash.h
 910    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 911    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 912    A /branches/dev/samtools/misc
 913    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 914    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 915    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 916    A /branches/dev/samtools/razf.c
 917    A /branches/dev/samtools/razf.h
 918    A /branches/dev/samtools/razip.c
 919    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 920
 921 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 922 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 923
 924 ------------------------------------------------------------------------
 925 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 926 Changed paths:
 927    A /branches/dev/samtools
 928
 929 samtools (C version)
 930
 931 ------------------------------------------------------------------------
 932 ------------------------------------------------------------------------
 933 r703 | lh3 | 2008-11-25 20:20:02 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 934 Changed paths:
 935    M /branches/prog/bam/samtools.1
 936
 937 rename bamtk to samtools
 938
 939 ------------------------------------------------------------------------
 940 r702 | lh3 | 2008-11-25 20:15:09 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 941 Changed paths:
 942    D /branches/prog/bam/bamtk.1
 943    A /branches/prog/bam/samtools.1 (from /branches/prog/bam/bamtk.1:679)
 944
 945 rename bamtk.1 to samtools.1
 946
 947 ------------------------------------------------------------------------
 948 r701 | lh3 | 2008-11-25 13:29:10 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 949 Changed paths:
 950    M /branches/prog/bam/Makefile
 951    M /branches/prog/bam/bam.c
 952    M /branches/prog/bam/bam.h
 953    M /branches/prog/bam/bam_import.c
 954    M /branches/prog/bam/bam_index.c
 955    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
 956    M /branches/prog/bam/bamtk.c
 957    M /branches/prog/bam/misc/Makefile
 958
 959  * samtools-0.1.0-41
 960  * small (but a bit dangerous) changes to meet the latest specification
 961
 962 ------------------------------------------------------------------------
 963 r700 | lh3 | 2008-11-25 13:15:11 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 964 Changed paths:
 965    A /branches/prog/bam/misc/all2sam.pl (from /branches/prog/bam/misc/all2tam.pl:649)
 966    D /branches/prog/bam/misc/all2tam.pl
 967    A /branches/prog/bam/misc/maq2sam.c (from /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c:699)
 968    D /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
 969
 970 rename tam to sam
 971
 972 ------------------------------------------------------------------------
 973 r699 | lh3 | 2008-11-25 13:14:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 974 Changed paths:
 975    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
 976
 977 change for the new specification
 978
 979 ------------------------------------------------------------------------
 980 r698 | lh3 | 2008-11-24 13:15:20 +0000 (Mon, 24 Nov 2008) | 3 lines
 981 Changed paths:
 982    M /branches/prog/bam/bam.h
 983    M /branches/prog/bam/razf.c
 984    M /branches/prog/bam/razf.h
 985
 986  * add a fake BGZF mode to razf. It is fake in that it loads razf index into
 987    memory but gives BGZF like virtual offset
 988
 989 ------------------------------------------------------------------------
 990 r697 | lh3 | 2008-11-24 09:53:44 +0000 (Mon, 24 Nov 2008) | 2 lines
 991 Changed paths:
 992    A /branches/prog/bam/ChangeLog
 993
 994 change log
 995
 996 ------------------------------------------------------------------------
 997 r696 | lh3 | 2008-11-24 09:53:23 +0000 (Mon, 24 Nov 2008) | 2 lines
 998 Changed paths:
 999    M /branches/prog/bam/bgzf.c
1000
1001 updated bgzf, on behalf of Bob
1002
1003 ------------------------------------------------------------------------
1004 r695 | lh3 | 2008-11-23 11:40:31 +0000 (Sun, 23 Nov 2008) | 2 lines
1005 Changed paths:
1006    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1007    M /branches/prog/bam/razf.c
1008
1009 fixed a bug in razf
1010
1011 ------------------------------------------------------------------------
1012 r694 | lh3 | 2008-11-22 16:23:52 +0000 (Sat, 22 Nov 2008) | 4 lines
1013 Changed paths:
1014    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1015    M /branches/prog/bam/bam_lpileup.c
1016    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1017    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1018
1019  * bam-0.1.0-40
1020  * fixed two small memory leaks
1021  * fixed a memory problem when seek outside the length of the sequence
1022
1023 ------------------------------------------------------------------------
1024 r693 | lh3 | 2008-11-22 16:10:04 +0000 (Sat, 22 Nov 2008) | 3 lines
1025 Changed paths:
1026    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1027    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1028
1029  * bam-0.1.0-39
1030  * fixed an uninitialized warning. This does not matter in fact
1031
1032 ------------------------------------------------------------------------
1033 r692 | lh3 | 2008-11-22 15:44:05 +0000 (Sat, 22 Nov 2008) | 2 lines
1034 Changed paths:
1035    M /branches/prog/bam/razf.c
1036    M /branches/prog/bam/razf.h
1037
1038 Jue's new razf
1039
1040 ------------------------------------------------------------------------
1041 r691 | lh3 | 2008-11-21 21:30:39 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 4 lines
1042 Changed paths:
1043    M /branches/prog/bam/Makefile
1044    M /branches/prog/bam/bam.h
1045    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1046    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1047    M /branches/prog/bam/bgzip.c
1048
1049  * bam-0.1.0-38
1050  * get rid of some warings in bgzip.c
1051  * potentially improve performance in indexing for BGZF
1052
1053 ------------------------------------------------------------------------
1054 r690 | lh3 | 2008-11-21 21:15:51 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
1055 Changed paths:
1056    M /branches/prog/bam/bgzf.c
1057
1058 I think I have fixed the bug in bgzf
1059
1060 ------------------------------------------------------------------------
1061 r689 | lh3 | 2008-11-21 20:48:56 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
1062 Changed paths:
1063    M /branches/prog/bam/bgzf.c
1064
1065 bug fix by Bob
1066
1067 ------------------------------------------------------------------------
1068 r688 | lh3 | 2008-11-21 20:37:27 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
1069 Changed paths:
1070    M /branches/prog/bam/bam.h
1071    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1072
1073 fixed a bug due to the name change in _IOLIB
1074
1075 ------------------------------------------------------------------------
1076 r687 | lh3 | 2008-11-21 14:42:56 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
1077 Changed paths:
1078    M /branches/prog/bam/bgzf.c
1079
1080 fix small things
1081
1082 ------------------------------------------------------------------------
1083 r686 | lh3 | 2008-11-21 14:37:59 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 2 lines
1084 Changed paths:
1085    A /branches/prog/bam/bgzf.c
1086    A /branches/prog/bam/bgzf.h
1087    A /branches/prog/bam/bgzip.c
1088
1089 Bob's BGZF format, although currently buggy
1090
1091 ------------------------------------------------------------------------
1092 r685 | lh3 | 2008-11-21 09:48:20 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 3 lines
1093 Changed paths:
1094    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1095    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1096    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1097
1098  * bam-0.1.0-37
1099  * improve interface a little bit
1100
1101 ------------------------------------------------------------------------
1102 r684 | lh3 | 2008-11-21 09:30:18 +0000 (Fri, 21 Nov 2008) | 3 lines
1103 Changed paths:
1104    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1105    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1106
1107  * bam-0.1.0-36
1108  * improve the interface of tview, a little bit
1109
1110 ------------------------------------------------------------------------
1111 r683 | lh3 | 2008-11-20 22:33:54 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
1112 Changed paths:
1113    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1114
1115 a little better viewer
1116
1117 ------------------------------------------------------------------------
1118 r682 | lh3 | 2008-11-20 22:27:01 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 3 lines
1119 Changed paths:
1120    M /branches/prog/bam/bam.h
1121    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1122    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1123
1124  * bamtk-0.1.0-35
1125  * better viewer
1126
1127 ------------------------------------------------------------------------
1128 r681 | lh3 | 2008-11-20 20:51:16 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 3 lines
1129 Changed paths:
1130    M /branches/prog/bam/Makefile
1131    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1132    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1133
1134  * bamtk-0.1.0-34
1135  * tview is now a component of bamtk
1136
1137 ------------------------------------------------------------------------
1138 r680 | lh3 | 2008-11-20 19:17:30 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
1139 Changed paths:
1140    A /branches/prog/bam/bam_tview.c
1141
1142 text alignment viewer
1143
1144 ------------------------------------------------------------------------
1145 r679 | lh3 | 2008-11-20 19:17:15 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 5 lines
1146 Changed paths:
1147    M /branches/prog/bam/Makefile
1148    M /branches/prog/bam/bam.h
1149    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1150    M /branches/prog/bam/bam_lpileup.c
1151    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1152    M /branches/prog/bam/bamtk.1
1153    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1154    M /branches/prog/bam/faidx.c
1155
1156  * bamtk-0.1.0-33
1157  * added routines to reset pileup bufferes
1158  * fixed a bug in faidx
1159  * add text alignment viewer
1160
1161 ------------------------------------------------------------------------
1162 r678 | lh3 | 2008-11-20 11:05:02 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
1163 Changed paths:
1164    M /branches/prog/bam/Makefile
1165    A /branches/prog/bam/bam_lpileup.c (from /branches/prog/bam/bam_tview.c:668)
1166    D /branches/prog/bam/bam_tview.c
1167
1168 rename tview as lpileup
1169
1170 ------------------------------------------------------------------------
1171 r677 | lh3 | 2008-11-20 10:08:52 +0000 (Thu, 20 Nov 2008) | 2 lines
1172 Changed paths:
1173    M /branches/prog/bam/razf.c
1174
1175 fixed a bug in razf
1176
1177 ------------------------------------------------------------------------
1178 r676 | lh3 | 2008-11-19 22:52:20 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
1179 Changed paths:
1180    M /branches/prog/bam/bam.h
1181    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1182    M /branches/prog/bam/faidx.h
1183
1184 add documentations
1185
1186 ------------------------------------------------------------------------
1187 r674 | lh3 | 2008-11-19 21:39:17 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
1188 Changed paths:
1189    M /branches/prog/bam/bam.h
1190    M /branches/prog/bam/bamtk.1
1191    M /branches/prog/bam/faidx.h
1192
1193 update documentation
1194
1195 ------------------------------------------------------------------------
1196 r673 | lh3 | 2008-11-19 21:19:03 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
1197 Changed paths:
1198    A /branches/prog/bam/bamtk.1
1199
1200 add manual page
1201
1202 ------------------------------------------------------------------------
1203 r672 | lh3 | 2008-11-19 16:40:49 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 3 lines
1204 Changed paths:
1205    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1206    M /branches/prog/bam/faidx.c
1207
1208  * bamtk-0.1.0-32
1209  * make faidx more error resistant
1210
1211 ------------------------------------------------------------------------
1212 r671 | lh3 | 2008-11-19 16:09:55 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
1213 Changed paths:
1214    M /branches/prog/bam/faidx.h
1215
1216 add index
1217
1218 ------------------------------------------------------------------------
1219 r670 | lh3 | 2008-11-19 16:02:39 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 3 lines
1220 Changed paths:
1221    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1222    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1223    M /branches/prog/bam/faidx.c
1224
1225  * bamtk-0.1.0-31
1226  * show reference sequence in pileup -v (not in the default pileup)
1227
1228 ------------------------------------------------------------------------
1229 r669 | lh3 | 2008-11-19 14:51:17 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 3 lines
1230 Changed paths:
1231    M /branches/prog/bam/Makefile
1232    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1233    M /branches/prog/bam/faidx.c
1234
1235  * bamtk-0.1.0-30
1236  * put faidx in bamtk and remove faidx_main.c
1237
1238 ------------------------------------------------------------------------
1239 r668 | lh3 | 2008-11-19 14:15:05 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 4 lines
1240 Changed paths:
1241    M /branches/prog/bam/Makefile
1242    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1243    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1244    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1245    A /branches/prog/bam/faidx.c
1246    A /branches/prog/bam/faidx.h
1247    M /branches/prog/bam/razf.c
1248
1249  * bamtk-0.1.0-29
1250  * fixed a bug in tview.c
1251  * prepare to add faidx
1252
1253 ------------------------------------------------------------------------
1254 r667 | lh3 | 2008-11-19 10:20:45 +0000 (Wed, 19 Nov 2008) | 2 lines
1255 Changed paths:
1256    M /branches/prog/bam/bam.h
1257    M /branches/prog/bam/razf.c
1258    M /branches/prog/bam/razf.h
1259
1260 gzip-compatible razf
1261
1262 ------------------------------------------------------------------------
1263 r664 | lh3 | 2008-11-18 12:50:23 +0000 (Tue, 18 Nov 2008) | 5 lines
1264 Changed paths:
1265    M /branches/prog/bam/bam.h
1266    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1267    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1268
1269  * bamtk-0.1.0-28
1270  * fetch: fixed a bug at an array boundary
1271  * fetch: fixed a bug when the whole chromosome is retrieved
1272  * add linear index
1273
1274 ------------------------------------------------------------------------
1275 r663 | lh3 | 2008-11-17 21:29:22 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
1276 Changed paths:
1277    M /branches/prog/bam/Makefile
1278    M /branches/prog/bam/bam.c
1279    M /branches/prog/bam/bam.h
1280    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1281    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1282    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1283    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1284
1285  * bamtk-0.1.0-27
1286  * put l_qseq into core and move l_aux to bam1_t
1287
1288 ------------------------------------------------------------------------
1289 r662 | lh3 | 2008-11-17 20:55:16 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
1290 Changed paths:
1291    M /branches/prog/bam/bam.c
1292    M /branches/prog/bam/bam.h
1293    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1294    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1295    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1296    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1297
1298  * bamtk-0.1.0-26
1299  * save seq and qual separately
1300
1301 ------------------------------------------------------------------------
1302 r661 | lh3 | 2008-11-17 13:09:37 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 2 lines
1303 Changed paths:
1304    M /branches/prog/bam/bam.h
1305
1306 little
1307
1308 ------------------------------------------------------------------------
1309 r660 | lh3 | 2008-11-17 13:06:14 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 2 lines
1310 Changed paths:
1311    M /branches/prog/bam/bam.h
1312
1313 more documentations
1314
1315 ------------------------------------------------------------------------
1316 r659 | lh3 | 2008-11-17 12:55:08 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
1317 Changed paths:
1318    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1319    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1320
1321  * bamtk-0.1.0-25
1322  * make tview work for TAM
1323
1324 ------------------------------------------------------------------------
1325 r658 | lh3 | 2008-11-17 12:50:21 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 3 lines
1326 Changed paths:
1327    M /branches/prog/bam/Makefile
1328    M /branches/prog/bam/bam.h
1329    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1330    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1331    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1332
1333  * bamtk-0.1.0-24
1334  * make tview as an independent module
1335
1336 ------------------------------------------------------------------------
1337 r657 | lh3 | 2008-11-17 11:26:06 +0000 (Mon, 17 Nov 2008) | 2 lines
1338 Changed paths:
1339    M /branches/prog/bam/Makefile
1340    M /branches/prog/bam/bam.h
1341    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1342
1343 change little
1344
1345 ------------------------------------------------------------------------
1346 r656 | lh3 | 2008-11-16 21:33:19 +0000 (Sun, 16 Nov 2008) | 3 lines
1347 Changed paths:
1348    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1349    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1350
1351  * bamtk-0.1.0-23
1352  * also add tview for TAM
1353
1354 ------------------------------------------------------------------------
1355 r655 | lh3 | 2008-11-16 21:29:46 +0000 (Sun, 16 Nov 2008) | 3 lines
1356 Changed paths:
1357    M /branches/prog/bam/Makefile
1358    M /branches/prog/bam/bam_tview.c
1359    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1360
1361  * bamtk-0.1.0-22
1362  * make tview more efficient for deep depth
1363
1364 ------------------------------------------------------------------------
1365 r654 | lh3 | 2008-11-16 20:52:19 +0000 (Sun, 16 Nov 2008) | 4 lines
1366 Changed paths:
1367    M /branches/prog/bam/Makefile
1368    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1369    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1370    A /branches/prog/bam/bam_tview.c
1371    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1372
1373  * bamtk-0.1.0-21
1374  * fixed bug in the TAM parser: lowercase not recognized
1375  * unfinished function to leveled pileup (tview)
1376
1377 ------------------------------------------------------------------------
1378 r653 | lh3 | 2008-11-15 12:58:36 +0000 (Sat, 15 Nov 2008) | 3 lines
1379 Changed paths:
1380    M /branches/prog/bam/bam.h
1381    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1382    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1383
1384  * bamtk-0.1.0-20
1385  * pileup now display deleted bases as '*'
1386
1387 ------------------------------------------------------------------------
1388 r652 | lh3 | 2008-11-15 09:58:39 +0000 (Sat, 15 Nov 2008) | 4 lines
1389 Changed paths:
1390    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1391    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1392
1393  * bamtk-0.1.0-19
1394  * fixed a bug in fetch()
1395  * reduce memory in indexing
1396
1397 ------------------------------------------------------------------------
1398 r651 | lh3 | 2008-11-14 21:56:05 +0000 (Fri, 14 Nov 2008) | 5 lines
1399 Changed paths:
1400    M /branches/prog/bam/Makefile
1401    M /branches/prog/bam/bam.h
1402    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1403    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1404
1405  * bamtk-0.1.0-18
1406  * important changes are made to index: the index size is increased, but
1407    now we have no limit on file sizes and the new method potentially
1408    works with BGZF, Bob's new compression format.
1409
1410 ------------------------------------------------------------------------
1411 r650 | lh3 | 2008-11-14 16:03:22 +0000 (Fri, 14 Nov 2008) | 4 lines
1412 Changed paths:
1413    M /branches/prog/bam/bam.h
1414    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1415    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1416
1417  * bamtk-0.1.0-17
1418  * more comments in bam.h
1419  * fixed a bug in bam_index.c
1420
1421 ------------------------------------------------------------------------
1422 r649 | lh3 | 2008-11-13 16:04:18 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 4 lines
1423 Changed paths:
1424    M /branches/prog/bam/bam.c
1425    M /branches/prog/bam/bam.h
1426    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1427    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1428    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1429    M /branches/prog/bam/bam_sort.c
1430    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1431
1432  * bamtk-0.1.0-16
1433  * use macros to retrieve pointers from bam1_t and thus reduce the size
1434    of bam1_t struct.
1435
1436 ------------------------------------------------------------------------
1437 r648 | lh3 | 2008-11-13 13:21:39 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 3 lines
1438 Changed paths:
1439    M /branches/prog/bam/bam_sort.c
1440    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1441
1442  * bamtk-0.1.0-15
1443  * make more things work over pipe
1444
1445 ------------------------------------------------------------------------
1446 r647 | lh3 | 2008-11-13 12:49:28 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
1447 Changed paths:
1448    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
1449
1450 fixed a bug in maq2tam
1451
1452 ------------------------------------------------------------------------
1453 r646 | lh3 | 2008-11-13 11:46:59 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 3 lines
1454 Changed paths:
1455    M /branches/prog/bam/Makefile
1456    M /branches/prog/bam/misc/Makefile
1457    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
1458
1459  * bug fix in maq2tam.c
1460  * improve Makefile
1461
1462 ------------------------------------------------------------------------
1463 r645 | lh3 | 2008-11-13 11:39:46 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 3 lines
1464 Changed paths:
1465    A /branches/prog/bam/misc/Makefile
1466    M /branches/prog/bam/misc/maq2tam.c
1467
1468  * corrected maq2tam
1469  * add Makefile
1470
1471 ------------------------------------------------------------------------
1472 r644 | lh3 | 2008-11-13 11:25:45 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
1473 Changed paths:
1474    M /branches/prog/bam/razf.c
1475
1476 fixed the bug in buffered write (on behalf of Jue)
1477
1478 ------------------------------------------------------------------------
1479 r643 | lh3 | 2008-11-13 10:53:42 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
1480 Changed paths:
1481    D /branches/prog/bam/all2tam.pl
1482    A /branches/prog/bam/misc/all2tam.pl (from /branches/prog/bam/all2tam.pl:642)
1483
1484 move to misc
1485
1486 ------------------------------------------------------------------------
1487 r642 | lh3 | 2008-11-13 10:53:23 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
1488 Changed paths:
1489    M /branches/prog/bam/all2tam.pl
1490
1491 change tag
1492
1493 ------------------------------------------------------------------------
1494 r641 | lh3 | 2008-11-13 10:53:12 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
1495 Changed paths:
1496    D /branches/prog/bam/utils
1497
1498 has been renamed
1499
1500 ------------------------------------------------------------------------
1501 r640 | lh3 | 2008-11-13 10:52:50 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
1502 Changed paths:
1503    A /branches/prog/bam/misc (from /branches/prog/bam/utils:639)
1504
1505 rename
1506
1507 ------------------------------------------------------------------------
1508 r639 | lh3 | 2008-11-13 10:52:35 +0000 (Thu, 13 Nov 2008) | 2 lines
1509 Changed paths:
1510    A /branches/prog/bam/utils
1511    A /branches/prog/bam/utils/maq2tam.c
1512
1513 utilities (converters and so on)
1514
1515 ------------------------------------------------------------------------
1516 r638 | lh3 | 2008-11-12 22:24:22 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 4 lines
1517 Changed paths:
1518    M /branches/prog/bam/bam.c
1519    M /branches/prog/bam/bam.h
1520    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1521    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1522
1523  * bamtk-0.1.0-14
1524  * copy the text header to BAM
1525  * add BAM1 header flag
1526
1527 ------------------------------------------------------------------------
1528 r637 | lh3 | 2008-11-12 14:56:08 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 4 lines
1529 Changed paths:
1530    M /branches/prog/bam/bam.h
1531    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1532    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1533    M /branches/prog/bam/razf.c
1534
1535  * bamtk-0.1.0-13
1536  * fixed a bug in razf
1537  * improved and fixed potential bugs in index
1538
1539 ------------------------------------------------------------------------
1540 r636 | lh3 | 2008-11-12 11:57:13 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 2 lines
1541 Changed paths:
1542    M /branches/prog/bam/bam.h
1543    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1544    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1545    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1546
1547 update documentation in the HeaderDOC format
1548
1549 ------------------------------------------------------------------------
1550 r635 | lh3 | 2008-11-12 10:08:38 +0000 (Wed, 12 Nov 2008) | 4 lines
1551 Changed paths:
1552    M /branches/prog/bam/bam.c
1553    M /branches/prog/bam/bam.h
1554    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1555    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1556    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1557    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1558
1559  * bamtk-0.1.0-12
1560  * more documentations
1561  * rename baf1_core_t as bam1_core_t
1562
1563 ------------------------------------------------------------------------
1564 r634 | lh3 | 2008-11-11 23:00:35 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 2 lines
1565 Changed paths:
1566    M /branches/prog/bam/bam.h
1567    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1568
1569 documentation
1570
1571 ------------------------------------------------------------------------
1572 r633 | lh3 | 2008-11-11 21:23:49 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 4 lines
1573 Changed paths:
1574    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1575    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1576    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1577
1578  * bamtk-0.1.0-11
1579  * give up regional pileup. We can now use pipe to mimic that.
1580  * for index file, change suffix .idx to .bmi
1581
1582 ------------------------------------------------------------------------
1583 r632 | lh3 | 2008-11-11 21:00:11 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 3 lines
1584 Changed paths:
1585    M /branches/prog/bam/bam.h
1586    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1587    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1588    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1589    M /branches/prog/bam/razf.c
1590
1591  * bamtk-0.1.0-10
1592  * make pileup work on TAM
1593
1594 ------------------------------------------------------------------------
1595 r631 | lh3 | 2008-11-11 09:20:29 +0000 (Tue, 11 Nov 2008) | 4 lines
1596 Changed paths:
1597    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1598    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1599    M /branches/prog/bam/razf.c
1600    M /branches/prog/bam/razf.h
1601    M /branches/prog/bam/razip.c
1602
1603  * bamtk-0.1.0-9
1604  * razf now supports streaming
1605  * prepare to improve pileup (have not yet)
1606
1607 ------------------------------------------------------------------------
1608 r630 | lh3 | 2008-11-10 18:34:40 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 3 lines
1609 Changed paths:
1610    M /branches/prog/bam/bam.h
1611    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1612    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1613    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1614
1615  * bamtk-0.1.0-8
1616  * improve the interface of TAM parser
1617
1618 ------------------------------------------------------------------------
1619 r629 | lh3 | 2008-11-10 13:06:13 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 3 lines
1620 Changed paths:
1621    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1622    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1623
1624  * bamtk-0.1.0-7
1625  * almost nothing
1626
1627 ------------------------------------------------------------------------
1628 r628 | lh3 | 2008-11-10 12:56:36 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 3 lines
1629 Changed paths:
1630    M /branches/prog/bam/bam.c
1631    M /branches/prog/bam/bam.h
1632    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1633    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1634
1635  * bamtk-0.1.0-6
1636  * fixed a bug in bam_pileup.c
1637
1638 ------------------------------------------------------------------------
1639 r627 | lh3 | 2008-11-10 11:32:46 +0000 (Mon, 10 Nov 2008) | 4 lines
1640 Changed paths:
1641    M /branches/prog/bam/bam.h
1642    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1643    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1644    M /branches/prog/bam/razf.c
1645
1646  * bamtk-0.1.0-5
1647  * fixed a bug in razf.c, caused by my modifications
1648  * improve the interface of pileup. Now it will be slower but more flexible
1649
1650 ------------------------------------------------------------------------
1651 r626 | lh3 | 2008-11-09 20:51:04 +0000 (Sun, 09 Nov 2008) | 3 lines
1652 Changed paths:
1653    M /branches/prog/bam/bam.h
1654    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1655
1656  * bamtk-0.1.0-4
1657  * view: dumping binary output
1658
1659 ------------------------------------------------------------------------
1660 r625 | lh3 | 2008-11-09 20:31:54 +0000 (Sun, 09 Nov 2008) | 3 lines
1661 Changed paths:
1662    M /branches/prog/bam/bam.c
1663    M /branches/prog/bam/bam.h
1664    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1665    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1666    M /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1667    M /branches/prog/bam/bam_sort.c
1668    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1669
1670  * bamtk-0.1.0-3
1671  * rename functions
1672
1673 ------------------------------------------------------------------------
1674 r624 | lh3 | 2008-11-09 15:07:32 +0000 (Sun, 09 Nov 2008) | 2 lines
1675 Changed paths:
1676    M /branches/prog/bam/bam.h
1677
1678 add comments
1679
1680 ------------------------------------------------------------------------
1681 r623 | lh3 | 2008-11-08 22:32:49 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 4 lines
1682 Changed paths:
1683    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1684    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1685
1686  * bamtk-0.1.0-2
1687  * improve indexing for a mixture of long and short reads, although currently
1688    I do not know whether it really works...
1689
1690 ------------------------------------------------------------------------
1691 r622 | lh3 | 2008-11-08 22:13:58 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 3 lines
1692 Changed paths:
1693    M /branches/prog/bam/bam_index.c
1694    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1695
1696  * bamtk-0.1.0-1
1697  * prepare for improving indexing algorithm
1698
1699 ------------------------------------------------------------------------
1700 r621 | lh3 | 2008-11-08 20:28:09 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 4 lines
1701 Changed paths:
1702    A /branches/prog/bam/all2tam.pl
1703    M /branches/prog/bam/bam.c
1704    M /branches/prog/bam/bam.h
1705    M /branches/prog/bam/bam_import.c
1706    M /branches/prog/bam/bamtk.c
1707    D /branches/prog/bam/tam_utils.pl
1708
1709  * bamtk-0.1.0
1710  * smarter integers
1711  * rename tam_utils.pl to all2tam.pl
1712
1713 ------------------------------------------------------------------------
1714 r620 | lh3 | 2008-11-08 17:17:22 +0000 (Sat, 08 Nov 2008) | 2 lines
1715 Changed paths:
1716    A /branches/prog/bam
1717    A /branches/prog/bam/Makefile
1718    A /branches/prog/bam/bam.c
1719    A /branches/prog/bam/bam.h
1720    A /branches/prog/bam/bam_endian.h
1721    A /branches/prog/bam/bam_import.c
1722    A /branches/prog/bam/bam_index.c
1723    A /branches/prog/bam/bam_pileup.c
1724    A /branches/prog/bam/bam_sort.c
1725    A /branches/prog/bam/bamtk.c
1726    A /branches/prog/bam/khash.h
1727    A /branches/prog/bam/ksort.h
1728    A /branches/prog/bam/kstream.h
1729    A /branches/prog/bam/razf.c
1730    A /branches/prog/bam/razf.h
1731    A /branches/prog/bam/razip.c
1732    A /branches/prog/bam/tam_utils.pl
1733    A /branches/prog/bam/zutil.h
1734
1735 The Binary Alignment/Mapping format.
1736
1737 ------------------------------------------------------------------------