]> git.donarmstrong.com Git - rsem.git/tree
README.md modified to display correctly in github
-rw-r--r-- 383 AlignerRefSeqPolicy.h
-rw-r--r-- 16231 BamWriter.h
-rw-r--r-- 35147 COPYING
-rw-r--r-- 20897 EM.cpp
-rw-r--r-- 3375 GTFItem.h
-rw-r--r-- 8775 Gibbs.cpp
-rw-r--r-- 1086 GroupInfo.h
-rw-r--r-- 2388 HitContainer.h
-rw-r--r-- 590 HitWrapper.h
-rw-r--r-- 6769 LenDist.h
-rw-r--r-- 75 Model.h
-rw-r--r-- 727 ModelParams.h
-rw-r--r-- 3116 NoiseProfile.h
-rw-r--r-- 4230 NoiseQProfile.h
-rw-r--r-- 722 Orientation.h
-rw-r--r-- 686 PairedEndHit.h
-rw-r--r-- 11064 PairedEndModel.h
-rw-r--r-- 11949 PairedEndQModel.h
-rw-r--r-- 1518 PairedEndRead.h
-rw-r--r-- 1544 PairedEndReadQ.h
-rw-r--r-- 1312 PolyARules.h
-rw-r--r-- 5304 Profile.h
-rw-r--r-- 5225 QProfile.h
-rw-r--r-- 3254 QualDist.h
-rw-r--r-- 7169 README.md
-rw-r--r-- 4265 RSPD.h
-rw-r--r-- 722 Read.h
-rw-r--r-- 1248 ReadIndex.h
-rw-r--r-- 2466 ReadReader.h
-rw-r--r-- 3572 RefSeq.h
-rw-r--r-- 457 RefSeqPolicy.h
-rw-r--r-- 3743 Refs.h
-rw-r--r-- 8845 SamParser.h
-rw-r--r-- 1012 SingleHit.h
-rw-r--r-- 13251 SingleModel.h
-rw-r--r-- 14046 SingleQModel.h
-rw-r--r-- 2201 SingleRead.h
-rw-r--r-- 2423 SingleReadQ.h
-rw-r--r-- 3510 Transcript.h
-rw-r--r-- 1484 Transcripts.h
-rw-r--r-- 2347 bam2wig.cpp
drwxr-xr-x - boost
-rw-r--r-- 1748 buildReadIndex.cpp
-rw-r--r-- 9344 calcCI.cpp
-rw-r--r-- 7695 extractRef.cpp
-rw-r--r-- 4756 makefile
-rw-r--r-- 8139 mersenne.cpp
-rw-r--r-- 4747 parseIt.cpp
-rw-r--r-- 2510 preRef.cpp
-rw-r--r-- 7442 randomc.h
-rwxr-xr-x 24686 rsem-calculate-expression
-rwxr-xr-x 9622 rsem-prepare-reference
drwxr-xr-x - sam
-rw-r--r-- 688 simul.h
-rw-r--r-- 342 simul_mersenne.h
-rw-r--r-- 6871 simulation.cpp
-rw-r--r-- 4235 synthesisRef.cpp
-rw-r--r-- 3754 utils.h