git.donarmstrong.com Git

-rw-r--r--	383	AlignerRefSeqPolicy.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	16231	BamWriter.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	35147	COPYING	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	21509	EM.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3375	GTFItem.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8955	Gibbs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1086	GroupInfo.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2388	HitContainer.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	590	HitWrapper.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6769	LenDist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	75	Model.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	727	ModelParams.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3116	NoiseProfile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4230	NoiseQProfile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	722	Orientation.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	PairedEndHit.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11065	PairedEndModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11950	PairedEndQModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1518	PairedEndRead.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1544	PairedEndReadQ.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1312	PolyARules.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5304	Profile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5225	QProfile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3254	QualDist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7230	README.txt	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4240	RSPD.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	722	Read.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1248	ReadIndex.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2466	ReadReader.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3572	RefSeq.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	457	RefSeqPolicy.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3743	Refs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8845	SamParser.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1012	SingleHit.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13252	SingleModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14041	SingleQModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2201	SingleRead.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2423	SingleReadQ.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3510	Transcript.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1484	Transcripts.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2347	bam2wig.cpp	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	boost	tree \| history
-rw-r--r--	1748	buildReadIndex.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10268	calcCI.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7695	extractRef.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4756	makefile	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8139	mersenne.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4747	parseIt.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2510	preRef.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7442	randomc.h	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	24672	rsem-calculate-expression	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	9622	rsem-prepare-reference	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	sam	tree \| history
-rw-r--r--	688	simul.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	342	simul_mersenne.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6871	simulation.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4235	synthesisRef.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3754	utils.h	blob \| history \| raw