don_armstrong_resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+TITLE: Resume
   4 #+AUTHOR: Don L. Armstrong
   5 #+LATEX_CMD: xelatex
   6 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   7 # #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   8
   9 * Experience
  10 ** Team Lead Data Engineering at Bayer Crop Science \hfill 2018--Present
  11 + Hired, managed, and developed team of 5+ Data Engineers, Systems
  12   Administrators, and Business Analysts working within the Biologics
  13   R&D unit of Bayer Crop Science enabling data capture, data
  14   integration, and operationalization of data analysis pipelines
  15 + Developed and supervised implementation of data capture,
  16   integration, and analysis strategies to increase the value of
  17   genomics, metabolomics, transcriptomics, spectroscopic, phenotypic
  18   (/in vitro/ and /in planta/), and fermentation/formulation process
  19   data for discovery and development
  20 + Lead the development of multiple tools in python and R while
  21   coaching, mentoring, and developing multiple developers and
  22   engineers
  23 + Served as a key collaborator on multiple cross-function and
  24   cross-divisional projects, including leading the architecture of a
  25   life science collaboration using serverless architecture to provide
  26   machine-learning estimates of critical parameters from
  27   spectrographic measurements
  28 ** Debian Developer \hfill 2004--Present
  29 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
  30   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
  31 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
  32   provided leadership as the elected chair of the Technical Committee.
  33 + Developer of [[https://bugs.debian.org][Debbugs]], a perl and SQL-based issue-tracker with ≥ 100
  34   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
  35 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
  36   on Debian GNU/Linux systems.
  37 ** Research Scientist at UIUC \hfill 2015--2017
  38 + Primarily responsible for the planning, design, organization,
  39   execution, and analysis of multiple complex epidemiological studies
  40   involving epigenomics, transcriptomics, and genomics of diseases of
  41   pregnancy and post-traumatic stress disorder.
  42 + Published results in scientific publications and presented results
  43   orally at major scientific conferences.
  44 + Wrote and completed grants, including budgeting, scientific
  45   direction, project management, and reporting.
  46 + Mentored graduate students and collaborated with internal and
  47   external scientists.
  48 + Performed literature review, training, and applied new techniques to
  49   maintain abreast of current scientific literature, principles of
  50   scientific research, and modern statistical methodology.
  51 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
  52   SQL, make, and very large computational systems ([[https://bluewaters.ncsa.illinois.edu/][Blue Waters]])
  53 ** Postdoctoral Researcher at USC \hfill 2013--2015
  54 + Primarily responsible for the design, execution, and analysis of an
  55   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  56   systemic lupus erythematosus using targeted deep sequencing.
  57 + Designed, budgeted, configured, maintained, and supported a secure
  58   linux analysis cluster (MPI/torque) with a shared filesystem (NFS
  59   over gluster) for statistical analyses.
  60 + Wrote multiple pieces of software to reproducibly analyze and
  61   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
  62 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
  63   produce analyses and major reports.
  64 ** Postdoctoral Researcher at UCR \hfill 2010--2012
  65 + Primarily responsible for the execution and analysis of an
  66   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  67   systemic lupus erythematosus using prior information and array based
  68   approaches in a trio and cross sectional study of individuals from
  69   the Los Angeles and greater United States.
  70 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
  71   perform the analyses.
  72 ** Independent Systems Administrator \hfill 2004--2018
  73 + Researched, recommended, budgeted, designed, deployed, configured,
  74   operated, and monitored highly-available high-performance enterprise
  75   hardware and software for web applications, authentication, backup,
  76   email, and databases.
  77 + Full life-cycle support of medium and small business networking
  78   infrastructure, including VPN, network security, wireless networks,
  79   routing, DNS, DHCP, and authentication.
  80 * Education
  81 ** Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology \hfill UC Riverside
  82 ** Batchelor of Science (BS) in Biology \hfill UC Riverside
  83
  84 * Skills
  85 ** Leadership and Mentoring
  86 + Lead
  87 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  88   interns
  89 + Former chair of Debian's Technical Committee
  90 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  91 ** Software Development
  92 + Languages: python, R, perl, C, C++, python, groovy, sh (bash, POSIX,
  93   and zsh), make
  94 + Collaborative Development: git, Jira, github actions, Aha!, travis,
  95   continuous integration, automated testing, continuous deployment
  96 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
  97 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
  98 ** Big Data
  99 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 100 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
 101 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
 102 + Linux system administration
 103 ** Applications and Daemons
 104 + Web: apache, ngix, varnish (load balancing/caching), REST, SOAP,
 105   Tomcat
 106 + SQL servers: PostgreSQL, MySQL, SQLite, oracle
 107 + Build Tools: GNU make, cmake
 108 + Continuous Integration/Deployment: codebuild, travis, jenkins,
 109   github actions
 110 + Virtualization: libvirt, KVM, qemu, VMware, docker
 111 + Statistics: R, SAS
 112 + VCS: git, mercurial, subversion
 113 + Mail: postfix, exim, sendmail, spamassassin
 114 + Configuration Infrastructure: puppet, hiera, etckeeper, git
 115 + Documentation: \LaTeX, confluence, emacs, MarkDown, MediaWiki, ikiwiki, trac
 116 + Monitoring: munin, nagios, icinga, prometheus
 117 + Issue Tracking: Debbugs, Request Tracker, Trac, JIRA
 118 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
 119   Powerpoint
 120 ** Networking
 121    + Hardware, Linux routing and firewall experience, ferm, DHCP,
 122      openvpn, bonding, NAT, DNHS, SNMP, IPv4, and IPv6.
 123 ** Operating systems
 124    + GNU/Linux (Debian, Ubuntu, Red Hat)
 125    + Windows
 126    + MacOS
 127 ** Communication
 128 + Strong written communication skills as evidenced by publication
 129   record
 130 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
 131   and teaching record
 132 ** Genomics and Epigenomics
 133 + NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
 134   diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
 135   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
 136   publication.
 137 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
 138   nextflow, and cwl based workflows on cloud- and cluster-based
 139   systems on terabyte-scale datasets
 140 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
 141   software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto.
 142 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
 143   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
 144   frequentist methods approaches
 145 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
 146 ** Statistics
 147 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and
 148   learning in very large (> 1TB) datasets) using R and SAS.
 149 + Addressing confounders and batch effects
 150 + Reproducible research
 151 * Authored Open Source Software
 152 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 153    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
 154 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 155 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
 156    enables Bayesian approaches to significance testing.
 157 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
 158    protein projections.
 159 * Publications and Presentations
 160 + 24 peer-reviewed publications cited over 3000 times:
 161   https://dla2.us/pubs
 162 + Publication record in GWAS, expression analysis of microarrays, SLE,
 163   GBM, epigenetics, comparative evolution of mammals, and lipid
 164   membranes
 165 + H index >= 20
 166 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 167   Source: https://dla2.us/pres
 168
 169 * Funding and Awards
 170 ** Grants
 171 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 172   Co-PI
 173 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 174   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 175   Primary Investigator
 176 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 177   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 178 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 179   Role: Key Personnel
 180 ** Scholarships and Fellowships
 181 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 182 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 183
 184
 185