don_armstrong_resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+TITLE: Resume
   4 #+AUTHOR: Don L. Armstrong
   5 #+LATEX_CMD: xelatex
   6 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   7 # #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   8
   9 * Experience
  10 ** Research Scientist at UIUC \hfill 2015--2017
  11 + Epigenetic modifications associated with PTSD, the genomic basis of
  12   the development of parturition in mammals, and detecting adverse
  13   pregnancy outcomes using urinary exosomes.
  14 ** Postdoctoral Researcher at USC \hfill 2013--2015
  15 + Identifying genes and causal alleles associated with Systemic Lupus
  16   Erythematosus using genome-wide association, next-generation
  17   sequencing, computational and biochemical approaches.
  18 ** Postdoctoral Researcher at UCR \hfill 2010--2012
  19 + Identifying genes which are associated with Systemic Lupus
  20   Erythematosus using prior information and targeted trio-based
  21   studies.
  22 ** Debian Developer \hfill 2004--Present
  23 + \emph{Debian Project}, Developer; Technical Committee Member
  24   (2010--2016), Technical Committee Chair (2015--2016).
  25
  26 * Education
  27 ** Doctor of Philosophy (PhD) \hfill UC Riverside
  28  + Cell, Molecular and Developmental Biology.
  29 ** Batchelor of Science (BS) in Biology \hfill UC Riverside
  30
  31 * Skills
  32 ** Genomics and Epigenomics
  33 + *NGS* and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  34   diseases using *RNA-seq*, targeted DNA sequencing, *RRBS*, Illumina
  35   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  36   publication.
  37 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  38   *nextflow*, and *cwl* based workflows on cloud- and cluster-based
  39   systems on terabyte-scale datasets
  40 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
  41   software, including *GATK*, *bwa*, *STAR*, and *kallisto*.
  42 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  43   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  44   frequentist methods approaches
  45 # + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  46 ** Statistics
  47 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and
  48   learning in very large (> 1TB) datasets)
  49 + Addressing confounders and batch effects
  50 # + Reproducible research
  51 ** Big Data
  52 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
  53 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
  54 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  55 + Linux system administration
  56 ** Mentoring and Leadership
  57 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  58   interns
  59 + Former chair of Debian's Technical Committee
  60 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  61 ** Software Development
  62 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, sh, make
  63 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  64   automated testing
  65 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
  66 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
  67 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
  68   Powerpoint
  69 ** Communication
  70 + Strong written communication skills as evidenced by publication
  71   record
  72 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
  73   and teaching record
  74 # ** Consortia Involvement
  75 # + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for H3 Africa
  76 # + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
  77 #   variants which are correlated with PTSD.
  78 # + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
  79 * Authored Software
  80 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
  81    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
  82 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
  83 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
  84    enables Bayesian approaches to significance testing.
  85 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
  86    protein projections. [[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]]
  87 * Publications and Presentations
  88 + 24 peer-reviewed publications cited over 1800 times:
  89   https://dla2.us/pubs
  90 + Publication record in GWAS, expression analysis of microarrays, SLE,
  91   GBM, epigenetics, comparative evolution of mammals, and lipid
  92   membranes
  93 + H index of 11
  94 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
  95   Source: https://dla2.us/pres
  96
  97 * Funding and Awards
  98 ** Grants
  99 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 100   Co-PI
 101 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 102   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 103   Primary Investigator
 104 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 105   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 106 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 107   Role: Key Personnel
 108 ** Scholarships and Fellowships
 109 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 110 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 111
 112
 113